The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
185
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sequence length |
617
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structure length |
573
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Chain Sequence |
EDKVEELLSKNAHLENEVARLKKLQKQMSKKMNDQLELMESNIRRDIRQGFVDLQTEKSDLIDNVGAIPFLDYKHFASRIFFPEAGTLTAVMIRVDEKCLAFAELIRDKQFLSCFVHALEEQKNFSIKDKCTVASLLTLALHGDLLYLTEIMEDLLQSLMDQSSANPKLLLRRTESIVEKLLTNWMSICLYGFLRESVGQPLFLLVSALTQQISKGPVDSVTEKALYTLSEDWLLCQAQDFEPLKLKVVFAEISESLEVIALTCDTIQQVKEKILQTFQRKFGFRYTQQIRDIEIEYEKEFVMLQEVDDTSEIRGHVTMLNTLKHYQVGDGACIKVITPSVKDDKNFSIKYFHLVDKIKEMYLIKLLSTKVAVHSFVENLFKSIWGLPNNKAPLAVKYFFDFLDEQAERKKITDPDVLHIWKTNSLPLRFWVNILKNPDFVFSDMEKSPHLDGCLSVIAQAFMDSFSLTDTHLDKHSPTNKLLYGKDIPQYKQEVKSYYKLVKDQTSISSQELKTFLQEESKKHQNEFNESAALRELYKYMQRYFTEIFQKLEQTDAPSNLKENMHRVKELFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
GCN4 coiled-coil fused zebrafish PlexinC1
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| publication title |
Structural basis for activation and non-canonical catalysis of the Rap GTPase activating protein domain of plexin.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Danio rerio
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| molecule tags |
Signaling protein
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| total genus |
185
|
| structure length |
573
|
| sequence length |
617
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-08-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08337 | Plexin_cytopl | Plexin cytoplasmic RasGAP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | GTPase Activation - p120GAP; domain 1 | GTPase Activation - p120gap; domain 1 | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5L83 A; 2O2V A; 2MCN B; 4DDG D; 3W1Y A; 1Q0W B; 2KNB A; 1J8C A; 1OEY J; 2DZM A; 1GG3 A; 3EEC A; 4G50 A; 1HE8 A; 5D2M B; 4HCN B; 4DXA B; 2MBB B; 3PRE A; 4BFR A; 1WY8 A; 3SU8 X; 1WER A; 1KOT A; 3DVN U; 2CS4 A; 2G4S A; 4W9C A; 4DK5 A; 1V86 A; 3AU4 A; 2IO0 B; 2ZVN A; 5LXH A; 3BY4 B; 4GIV A; 3KUD B; 3ENE A; 1P9D U; 3NZS A; 3S2A A; 3VFK A; 4CYE A; 1D3Z A; 4KIK A; 3CST A; 3VTW A; 4DHZ B; 3LDZ E; 4IM0 A; 1WGY A; 3PLV A; 2BKF A; 2O6V D; 4I6N B; 1WJ4 A; 3SHQ A; 3WA0 A; 2JZZ A; 4EFO A; 4W9D A; 4FUL A; 1L7Y A; 2KFJ A; 1UZX B; 1E5W A; 2FCN A; 4M8M A; 1GUA B; 4AJY B; 4WJP A; 3HIZ A; 2CKH B; 3L08 A; 4MSQ B; 3UIP B; 3IVF A; 3ONS A; 4BKG A; 3QIJ A; 4WJO A; 4HXD A; 2JT4 B; 4KZC A; 4ICU A; 3VDZ A; 4HPM B; 2WYQ A; 2V3S A; 1K8R B; 3ZLZ A; 3APD A; 3PTF C; 1GNU A; 2KX0 A; 3UQA A; 2L8J A; 4TQ0 A; 2KMC A; 2PE6 B; 3PHW B; 2GBN A; 2KAN A; 1OGW A; 3U30 A; 3HM6 X; 2LGX A; 1WX7 A; 1ISN A; 3A4S C; 4K7W A; 3N30 A; 1T0Y A; 2Y5B B; 4URK A; 5JH5 C; 1VCB A; 3PGE A; 2Z0D B; 1WZ3 A; 4NPN A; 3ZRC A; 1WXS A; 4GDK B; 1WR6 E; 3SDL C; 3R7Q A; 4DDI D; 1ZKH A; 2ZVO A; 2J0M A; 4GB9 A; 4JQW C; 4AP4 C; 2FCM A; 4ZYN A; 1LQB A; 4GN1 A; 1E7V A; 4PS3 A; 4W9E A; 2CHW A; 4G3X B; 3ZO5 B; 3FAY A; 3VVW B; 4XX5 A; 1J19 A; 4LCD E; 5KHQ A; 2D11 A; 1E7U A; 2KDI A; 3AI5 A; 4W9I A; 4A3P A; 2JRI B; 4KDI C; 4CO7 A; 4EEW A; 2K8C A; 2MW5 A; 3H6N A; 3PT2 B; 2DAF A; 2KWU B; 4KZ0 A; 4YL8 A; 1WIA A; 2M0X A; 2UWQ A; 1V49 A; 1C3T A; 2K1F A; 2L05 A; 2L0T A; 3A9K B; 3H7P A; 3DBR I; 4WWN A; 4ANW A; 3KUZ A; 4WWP A; 2ZJD A; 1WM3 A; 2MSE D; 4K1R B; 4HLE A; 2CHX A; 5G2N A; 1J0G A; 4XC2 A; 5IAA C; 2C60 A; 4BVU C; 3W1S C; 3HM3 A; 1ZW7 A; 1P0R A; 3PRZ A; 3VTU A; 5AEK B; 3M62 B; 3VHT C; 2NBU A; 4WJQ A; 4E71 A; 2D3G A; 5E6P A; 2MWS B; 2ZNV C; 4K7U A; 4DHJ B; 4BBN F; 1E90 A; 4K7S A; 1KM7 A; 3JVZ X; 3ZKJ C; 1WXM A; 1EF5 A; 3PRM B; 4MDK E; 1WXV A; 2KXJ A; 2DYM A; 3CSF A; 2FIF A; 2LGD A; 1SGH A; 3AUL A; 4MGK E; 5CHF A; 4NJ7 A; 3APC A; 4M0W B; 4AWJ A; 2KLG A; 2CR5 A; 2LUE A; 4MH0 E; 2IZV B; 4N9F 4; 4GDL B; 3RCZ A; 3B1L X; 2LWP A; 2KVR A; 3WAM A; 2REX A; 1XD3 B; 1P3Q U; 2JF5 A; 3NS8 A; 3QAR A; 1WJN A; 2LVP A; 2MQJ A; 4MEL A; 4E3C A; 2LVO A; 4WWO A; 2GBR A; 1UBQ A; 3DVN V; 4HDO A; 5EDS A; 4IM3 A; 3QCA A; 2V4L A; 3R3M A; 2RR9 A; 3VUW A; 2ZEQ A; 3EFU A; 3V61 A; 1I35 A; 1WQ1 G; 2IO2 B; 2EMT A; 2ZCB A; 2DYB A; 2KN5 A; 2FAZ A; 2L76 A; 3VAW A; 5DPS A; 4IW0 A; 3BXJ A; 3ALB A; 2W9N A; 3ZUN A; 2NCN A; 3WAP A; 1XQQ A; 4LJP B; 5JHA A; 5JZE B; 3UQB A; 5DPW A; 2PPH A; 2Z59 B; 2KTR A; 2JRH A; 5CHV C; 2VRR B; 3T9L A; 2GBJ A; 2JY6 A; 1WE7 A; 3A1Q B; 2MX2 A; 3Q3J A; 3JSV B; 4ANX A; 3IBE A; 2BYF A; 1TTN A; 1G6J A; 1YX6 B; 3OLM D; 1JRU A; 3B0A A; 2OOB B; 3OJ4 B; 3IHP C; 3TCA A; 2KFK B; 2R2Q A; 2UYZ B; 2L7R A; 3JSV A; 3D32 A; 4PS8 A; 4EZJ A; 4AJW A; 3MHS D; 4KV2 A; 4TUU A; 5GMV A; 2LRU A; 1YQB A; 1IPG A; 2Z0E B; 3PZD A; 2LI5 A; 4OVU A; 3RZF A; 3ZNH B; 5CHW A; 2K6Q A; 2FNJ B; 1GC7 A; 3AU5 A; 1RRB A; 3WAL A; 2KFK A; 3NY5 A; 5CTR C; 4DHJ D; 2RPQ A; 5FR6 A; 3N3K B; 2C7H A; 2GBK A; 1WI0 A; 3JW0 X; 3DOW A; 2C9W B; 3QAQ A; 4AUQ C; 4EOY A; 1RLF A; 1WX9 A; 3KYC D; 2I1J A; 4FJV B; 4PS7 A; 3V6E B; 3PPA A; 5J17 A; 4KDL B; 4FBJ B; 5AZF A; 3OJ3 A; 2EKE C; 4NQL B; 3I3T B; 4W9K A; 4WAA A; 2JXX A; 4M8N A; 3RUL A; 1PQS A; 3U8Z A; 2DZK A; 4IC7 B; 3UIO B; 4FA6 A; 4MJS B; 1V5T A; 4MGY E; 2KX3 A; 5E6O A; 4F8C B; 2B3A A; 1V6E A; 1WJ6 A; 2IO1 B; 2KHW B; 3C0R B; 1V5O A; 3CF6 E; 4ZDV A; 5D94 A; 4EZK A; 3QX1 A; 2MLB A; 2KJ6 A; 2KJR A; 1WF9 A; 2A4Z A; 3ML8 A; 3V60 A; 2AL3 A; 4F7Z A; 1CMX B; 3VXW A; 1TBE A; 2FUH B; 4ICV A; 1WGD A; 4GDK A; 2MBO A; 2LJ5 A; 2RGF A; 2G4D B; 3NOB A; 1WE6 A; 2M17 A; 3K9O B; 2CHZ A; 2WX0 A; 3RUI B; 3TIX A; 1WFY A; 4W9H A; 3A33 B; 3DBS A; 2FID A; 1SE9 A; 4IWP A; 2YVC A; 2BPS A; 1UD7 A; 4IM2 A; 2KDB A; 2XBB C; 3ECI A; 3AXC A; 1WM2 A; 3KUC B; 2J7Q B; 1MG8 A; 4NNJ B; 2ZCC A; 3VQI A; 2JWZ A; 2G45 B; 3ZIM A; 2KMA A; 3A9J B; 3KYD D; 1IYF A; 2BYE A; 3L16 A; 2WDT B; 2N9E B; 4HWI B; 2KTF A; 4TKN A; 5TR5 A; 1Y8R C; 2KK8 A; 3A9K A; 3B08 A; 3RT3 B; 3ZNI D; 2OJR A; 3DBL I; 2AEH A; 1U4A A; 3LJ3 A; 1S1Q B; 4TV3 A; 2XK5 B; 1WJU A; 1V81 A; 1WRD B; 4IWO A; 3V62 A; 2WWZ A; 3DPD A; 3VH3 B; 1KLV A; 5BO4 B; 2D07 B; 2DX5 B; 2DEN B; 2AWT A; 1F9J A; 5AZG A; 2XK5 A; 3M63 B; 2KDF B; 2LXC A; 4MSM B; 1WR1 A; 2IY0 B; 3TL5 A; 1NDD A; 4BOZ B; 3QQ8 B; 3M95 A; 2MBE A; 2KD0 A; 4NQK E; 2KDE B; 4HJK A; 2K6D B; 4BKS A; 4JL9 A; 3L0W B; 1M94 A; 1V9J A; 2MBH A; 2N9P C; 4FHJ A; 2LAS A; 4GDL A; 2J0J A; 3A4R A; 3PHX B; 1NBF C; 4I6L B; 4JIO U; 4MEM A; 3R7R A; 4ANV A; 4X57 B; 1WMH B; 2K8B A; 4NY0 A; 4K81 A; 4KSK C; 3IG3 A; 1OEY A; 1Z5S B; 2L0F A; 3N32 A; 4G11 A; 3HHM A; 2BWF A; 2FCS A; 2BWE S; 2D10 A; 2KOX A; 3NZU A; 2LVQ A; 2NR2 A; 2ZNV B; 1V2Y A; 2MBQ A; 2L3Z A; 2N9X A; 2G3Q B; 5DCN A; 2D2Q A; 4HPL B; 5IA7 A; 4G0N B; 4GOC A; 3DVG X; 4OVV A; 4W9F A; 3PSE B; 3UF8 A; 2JVC A; 2LXA A; 2M1M A; 3H1U A; 3DQV A; 2N7D A; 4RMA A; 1AAR A; 4DHZ E; 1I42 A; 2IBI B; 2KO3 A; 4E74 A; 5G55 A; 5D6J B; 1GJZ A; 3A1Q A; 3DBH I; 3QWZ B; 4FAD A; 2ZPN A; 2KWC A; 1XT9 B; 3PS6 A; 1E8Y A; 1WGR A; 1LXD A; 2JUO A; 1WXA A; 4DBG A; 1NI2 A; 1E8Z A; 1OQY A; 1EF1 A; 3ZW3 A; 5D7G A; 5J18 A; 3BIN A; 4JLC A; 2LGY A; 3O65 B; 2C7N B; 3PVL A; 1Q5W B; 4HCP B; 4KIK B; 3WIM A; 1EUV B; 4IUM B; 2HJ8 A; 3ZRF A; 4AOF A; 3TBL D; 1YJ1 A; 4NJ6 A; 1E8W A; 2JZ3 B; 1YD8 U; 2KWV B; 1YX5 B; 3PRP B; 2K25 A; 4BKS D; 4BKT A; 4F1S A; 3L54 A; 4IG7 B; 4FN2 A; 2PEA A; 4MM3 A; 4FJY A; 5L95 C; 1IP9 A; 2NBV B; 2M8S A; 1WH3 A; 3H9D A; 4FHK A; 4J6I A; 4ZRI A; 3RZW C; 4ASW C; 2LD9 A; 3DVG Y; 4LJO B; 2C5L C; 1BT0 A; 3L17 A; 4WJN A; 4W9G A; 3ZNZ B; 5E6N A; 3ZNG C; 1V80 A; 3M3J A; 2MRP A; 1NF1 A; 2KJH B; 2HD5 B; 4XZ4 A; 2MA9 B; 2BGF A; 1A5R A; 1RAX A; 1UH6 A; 1R4N I; 1P98 A; 4GMV A; 4PYZ A; 3ZDT A; 3ZTC A; 2NBW B; 4HK2 A; 2NPT B; 2K8H A; 4II2 B; 4ANU A; 3QC8 B; 1SIF A; 4MJS A; 4KSL C; 4P7I A; 2N1V A; 4ZRJ A; 3ZDM C; 4TQ1 A; 4B9K A; 2GMI C; 3ZVV A; 2LZ6 A; 2N1W A; 2N7E A; 2LRW A; 3DCG A; 4W9L A; 4HDQ A; 3L10 B; 2GBM A; 2NPT A; 3KW5 B; 2L00 B; 4RM8 A; 4PYU A; 1P1A A; 2YLM A; 5LLI A; 2KC1 A; 3WAN A; 2WX1 A; 5DPR A; 3PLU A; 3ZTD A; 4BOS C; 3H7S A; 4MGI E; 2DZI A; 2R2O A; 5LXI B; 2HE7 A; 2IY1 B; 2K39 A; 3QJZ A; 2MP2 B; 1UBI A; 3RYT A; 4IWQ A; 3UIN B; 3K9P B; 3TMP B; 1UEL A; 4JGH B; 4ZRK A; 1H4R A; 1Z2M A; 3NHE B; 2GOW A; 3CMM B; 3MJW A; 1VD2 A; 4FJZ A; 1L2N A; 4LDT B; 4RM9 A; 1OTR B; 3KVF B; 1C1Y B; 2I1K A; 3P2B A; 4EKU A; 4GGQ A; 4DWF A; 4GXB A; 2MP2 A; 4CHK A; 2BF8 B; 4MGZ E; 3VUY A; 2DZJ A; 4NAW B; 5AZH A; 1ZGU B; 3PV1 A; 5C1Z A; 5CX3 A; 3H7P B; 3X0W A; 1FXT B; 2PE9 A; 3QA8 A; 3R66 C; 3SD5 A; 1S3S G; 3A9J A; 3U7D A; 3VTV A; 5C23 A; 4HVB A; 2CU1 A; 3QK0 A; 3GOE A; 1Q1O A; 2AL6 A; 3KH0 A; 1LM8 B; 4NAW A; 4KVG B; 4WQO B; 1E8X A; 3DDC B; 3EHV A; 2C7M B; 2DYO A; 2NVU I; 3VH4 B; 2KKC A; 4FLH A; 3JYU A; 2FCQ A; 3OAW A; 1WZ0 A; 4I6P A; 4GSW A; 1RFA A; 5KHO A; 2RSU A; 4EUT A; 2ZPY A; 1H8C A; 5J2R A; 1UGM A; 4A20 A; 4B95 A; 5HKH A; 2O6V B; 3MTN B; 2IYD B; 3TJP A; 1GC6 A; 2V1Y A; 4EZL A; 2BKR B; 3VUX A; 3ML9 A; 2XEW A; 5DPT A; 3WAO A; 1LFD A; 1X1M A; 1WGG A; 4A3O A; 2O6V A; 1R4M I; 2KZR A; 3EC8 A; 4BBN C; 1EO6 A; 2JPH A; 1QZE A; 2KQS A; 3GZN I; 1TGZ B; 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