4MC1A

Hiv protease in complex with sa526p
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Structural Optimization of Cyclic Sulfonamide based Novel HIV-1 Protease Inhibitors to Pico Molar Affinities guided by X-ray Crystallographic Analysis
doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4mc1A00
3RTNA 5P3DA 1Z1RA 5P00A 4YCTA 4K4RA 2AVSA 3CKTA 5P13A 4L1AB 3NYGA 2PQZA 3UDMA 5P4SA 5P7SA 5P8OA 4APEA 3I7EA 2BPVA 3OADA 3I8WA 5P4LA 1UH8A 1FKNA 3OQFA 5J25A 5P6BA 5OZ2A 5P5WA 4H3GA 1MSNA 5P06A 3D20A 5P7PA 3DUYA 2P3BB 2BKSA 1EC0A 3KF0A 2HB3A 4IVTA 5P1DA 3SQFA 5P32A 3OXXA 3TOHA 1IVPA 1GVVA 5DQCA 2I0DA 2UXZA 4ER2E 3OQ7A 2QD8A 1LYAA 1GNOA 3URLA 1HPOA 3O9EA 3RU1A 5OZMA 3S45A 4Y3TA 3QRMA 2WHHA 5P3JA 5P44A 3D1XA 3I25A 3R0WA 2O4SA 1C6ZA 3CICA 3CMSA 5P6VA 4A4QA 1M43A 2JXRA 2F8GA 3EBZA 5OYVA 4KB9A 4EHCA 2EWYA 5OZVA 5P2UA 3F9QA 5P42A 1C6XA 1KJGA 5COKA 5AH7A 4OBHA 1LF3A 5P7XA 1KJFA 2FNTA 3PSYA 5CONA 2V16C 1LF4A 3L5FA 5OYZA 3WZ8A 5P4ZA 2Q63A 3Q6YA 4XKXA 5P3BA 4JECA 5P88A 2FS4A 2I1AA 2ZYEA 4Y4GA 3OU3A 4UPJA 3NSHA 5P4CA 2G94A 1G2KA 2I4VA 2FDDA 1AIDA 4ZPFA 4J0TA 5OZ4A 4L7GA 5P49A 4K4PA 3QPJA 3FX5A 4TVGA 2Q55A 5HDZA 4ACXA 5P6UA 1NSOA 4ZSPA 2QI3A 2OF0A 3SM1A 5P02A 1IZDA 5DR7A 3ZKQA 3O9GA 1EC3A 1QBUA 2R3TA 3UFLA 2V11C 3EL4A 3U6AA 1FQ7A 5P5GA 4TVHA 4I10A 3S7MA 3PBDA 2P83A 5OZLA 3Q3TA 3EKWA 3URIA 3T7PA 5DQ1A 3PCWA 5P59A 5P0TA 2B7FA 2UPJA 1BBSA 4ZEAA 5P7NA 3LZYA 3GGUA 5OZTA 2CEJA 5P7OA 1OEWA 2WF2A 4J1FA 3KT2A 5P4VA 5OZJA 3R1GB 3R2FA 4J0VA 5P3EA 4DVFA 4Y9WA 4DJOA 3Q4BA 3OXVA 3S43A 3ECGA 4CP7A 3QI1A 4RVXA 5P4PA 3VYDA 5P4XA 3INEA 4GJAA 2QI5A 4HZTA 2QP8A 3HAWA 3EM3A 1FGCC 2IGYA 2CENA 2OHLA 4CPQA 3BC4A 1SP5A 2QI0A 5P6GA 5OZUA 4Y54A 1B11A 2HIZA 5P64A 5P1NA 3IN3A 5P85A 1ZP8A 1TCXA 2WF3A 2PK6A 2ER6E 3T11A 3M9FA 1M4HA 5P01A 1FQ6A 2QMGA 4LXAA 3GGVA 5P37A 3LINA 1LF2A 4Y3YA 1XE6A 3BUGA 4I0FA 3OQAA 3NR6A 1K6CA 5P1XA 3OQDA 4J1KA 3JVWA 4OBZB 5KR1A 3BUFA 5OZKA 3L58A 1BV7A 1KZKA 1HWRA 5P8TA 5P5LA 2ZJIA 5P1ZA 7UPJA 4FCOA 5P27A 5P5SA 5P3LA 3TKWA 3DV5A 4JPEA 3TLHA 4B0QA 3H0BA 2V0ZC 3NLSA 3TH9A 3WB4A 1OD1A 5P38A 3IGBA 4Y50A 3HDKA 5P5HA 4Y3QA 3VYEA 5OZNA 3RTHA 4DQCA 5OYYA 1K1TA 2BQVA 3FSMA 4N00A 5P1CA 4TRYA 1D4LA 3UDQA 5P0WA 5P1EA 3APRE 1SMEA 3VFBA 5AH8A 4FIVA 2R8NA 2P3CA 4LL3A 2V12C 3VYFA 1F7AA 4D89A 3NU3A 3WZ6A 5P03A 3VFAA 5P6OA 3UF3A 2H6SA 4CMSA 4WY1A 1FFIC 5P5QA 3GI0A 3LHGA 2QHYA 1GVUA 4J0ZA 5ER2E 2HPFA 3PI5A 3KFPA 5P1TA 1FQXA 2ZHVA 1ZSFA 5P55A 5DQ4A 1VIJA 2NNPA 2G27A 5OZEA 5P82A 5P6YA 5P3QA 2AVVA 5P2GA 2F3KA 2QNNA 4LAPA 2FIVA 5P66A 4B00A 1XN2A 1SGZA 2I4DA 3OU4B 1C70A 3FV3A 5P8EA 3DV1A 2I4WA 5P1QA 4WY6A 3UQWA 1GVWA 1DP5A 5IS4A 4Q1NA 3ZL7A 2WKZA 4DJPA 2Q5KA 3SA5A 4R91A 5P1FA 3K5GA 3KDDA 4EJLA 4K4QA 1HTFA 5P8AA 4GIDA 3HD8A 1SDTA 5KR8A 3SLZA 2ZJNA 4DPFA 3O9DA 3CYWA 4X7IA 3OAGA 1HVRA 3Q70A 3O9AA 2G21A 1RV7A 1QBSA 5P0PA 5T4SA 5P3PA 5P75A 2HB2A 5OZGA 3QBHA 4L7HA 4DJRA 4Y5CA 2NNKA 5I3VA 3O9HA 5SY3A 5P6HA 2AZCA 3HVPA 4Y47A 1IBQA 5OZAA 5P34A 5P3RA 4FRIA 5P3YA 1XN3A 4I0GA 4FRJA 4QLHA 3K4VA 2PYMA 5P4KA 5P6CA 3LIQA 3TNEA 5JFUA 4ER1E 4DJVA 4J1HA 5P6JA 4EXHA 3OY4A 4I0DA 2QMPA 4D88A 3OOZA 4A6CA 4CPTA 3OUDB 5OZFA 2ZJJA 1VIKA 2VKMA 4Y4JA 4YHQA 4Z4XA 5P1OA 4B05A 5P0IA 4EJKA 5P4OA 5P08A 4I0ZA 4A6BA 5P3WA 2IL2A 2PSUA 3PEPA 4Y5EA 4B77A 1BILA 1HPSA 4RVJA 3TPRA 4PPHA 4D8CA 1W50A 2HS1A 2BPXA 4I0HA 5OZXA 3KMXA 2HM1A 5P7UA 1SIPA 2R5QA 5P53A 5P45A 6APRE 1E80E 4IVSA 1W6HA 3L5CA 5P0OA 5P47A 2OHUA 3DK1A 5DR3A 2I4XA 4OBFA 1AXAA 3N4LA 5JODA 3FNTA 1HOSA 1UH9A 5P12A 1META 1EPLE 1FIVA 4DPIA 2XFKA 4J0YA 1HIVA 5P69A 2AZ9A 1BIMA 3LITA 4GJ5A 4Z2ZA 5HE7A 3PSGA 3SA7A 2PH6A 3UDKA 2A4FA 5P6XA 2ZGAA 5P1KA 1APVE 5OZIA 2O4NA 5P6WA 4Y3WA 1OHRA 2IKUA 4Z50A 5HDVA 5DPZA 5EZXA 2FDEA 2I4UA 5P3FA 3S56A 1EPPE 1MT8A 3IN4A 5P15A 1MVPA 4Y4WA 5OZ3A 5P2QA 3ST5A 4H3IA 3R4BA 4GJ6A 2O40A 5PEPA 3D1ZA 4ZSRA 3S85A 4FM6A 3HZCA 3PWRA 1LZQA 2IQGA 2A1EA 3CIBA 4CPUA 1YTIA 3OADB 2WF4A 4ZLSA 5KQYA 3DOXA 5C9FA 5OZ1A 1BAIA 1FEJC 3QROA 5P1BA 5P0LA 2QI1A 2VJ7A 2ANLA 9HVPA 1IDAA 2FGUA 5P0KA 5AHCA 4I0JA 5P5VA 2NPHA 1EAGA 2B60A 2VJ9A 4I8WA 5SZ9A 1U8GA 2B42A 1EBWA 3O99A 2ZDZA 4PYVA 3URJA 3FNSA 1LYAB 1IDBA 3WSJA 1EPNE 4DI2A 2OHRA 5DR4A 4QJ6A 5P73A 1MERA 1G0VA 4Y37A 3OUAA 5P3GA 4RZ1A 4Y56A 1FG8C 2ZHUA 4FE6A 2QHCA 3EM6A 5ISKA 3O9LA 5OZWA 5P4NA 5P4FA 3LPKA 1B6LA 5OYQA 5P3SA 3ZPTA 5P7AA 5P5UA 4GJ8A 5P4WA 3UQXA 5P24A 5P3CA 1MT9A 2G69A 5P31A 3VF3A 4Q1YA 1EPQE 1YM2A 2XFIA 4COEA 1NPAA 5I3XA 2ZHTA 5P0GA 3EL9A 5P63A 5P0CA 5P5PA 1G35A 4ZIPA 2QZXA 1Q9PA 1N49A 4YD7A 4R95A 5P5BA 3BVBA 4CKUA 2IDWA 4J1CA 2QHZA 3LIVA 2PWCA 3KYRA 3BRAA 5P1JA 1HTRB 3ER3E 4GZFA 4HA5A 4FSEA 3PGIA 4ZPEA 5P84A 2G20A 5P2HA 2P8HA 3NDXA 1IIQA 5P4DA 4Y5AA 4I12A 5P8UA 5P1GA 4Y4XA 4EP2A 2WF1A 2V10C 1FMUA 5I3WA 1CZIE 4APRE 1EC1A 3OOTA 5P2NA 1W5YA 3MSJA 5P7ZA 3SA8A 3OTSA 3GI6A 3MXEA 4FS4A 5OZDA 4MC1A 3QBFA 1MEUA 5P7RA 4NKKA 4NJUA 4LC7A 3TPPA 5P16A 5P68A 3ZKIA 3O9IA 1MTBA 4BFBA 3SA9A 5P1HA 5P0HA 2FNSA 1TSQA 2ZJKA 4HEGA 4OD9A 5P8GA 5P7WA 2IRZA 3ZPSA 2RKFA 4ZSQA 5HD0A 4GJBA 5SXNA 3L5DA 2JE4A 2PK5A 3WZ7A 3APPA 5P4GA 2P3AA 3LZSA 1T6GA 2RENA 3IXOA 3TTPA 4RYGA 3BGCA 3KT5A 2F3FA 2WL0A 5ENKA 4J54A 1HEFE 4Q5MA 4Y4DA 3D91A 1XL2A 5P0SA 5OZHA 3T7XA 1B5FB 4NJSA 5P1WA 5P7CA 1GNMA 1MTRA 3BXSA 5OZ8A 4LXKA 1BDLA 1T7KA 3EMYA 3IA9A 1YTJA 2PWRA 2O4KA 2IS0A 3PMUA 4OC6A 3VCMA 2PMAA 5OYSA 2VIJA 3KFRA 5DGWA 1HVIA 2R5PA 1ER8E 3AIDA 3UPJA 5P0RA 3TPJA 5P09A 5P2FA 4EXGA 5HU0A 1BDQA 4YCYA 5APRE 3VV6A 5P2KA 5P18A 4EWOA 5P2MA 3RSXA 3B7VA 4Y3GA 4Y3RA 2Z4OA 5P2WA 2NMZA 4GYEA 4PZWA 4CPXA 1RQ9A 5P2RA 1AAQA 1HSHA 3QP0A 3L38A 4YD5A 3OTYA 3NUJA 1UPJA 5P7EA 3OGQA 2G24A 2QNPA 1TCWA 2AVQA 3EKXA 3OGPA 5P6SA 1D4KA 2ER9E 2Z54A 1PPLE 4Y4AA 1E5OE 4M8XA 4DJQA 1HVKA 2ZJHA 4J5JA 4Y4UA 5P22A 1LV1A 1AM5A 5P2OA 3OK9A 5ER1E 4RCDA 3B80A 4FRSA 4GJ7A 4TRWA 3BUHA 4RVIA 5P3MA 3FNUA 2HC0A 2G26A 2FGVA 1LYWB 3NDTA 4Y6MA 2QMDA 3LPJA 2I4QA 3OQKA 1PPKE 2PSVA 1IZHA 5P52A 2H6TA 2OHNA 2XYEA 5P7FA 5P5RA 4Z22A 3SKFA 2Q54A 3EC0A 5P05A 1SDUA 4RYCA 3VLBA 5IVTA 4Y5GA 5OYRA 3VV8A 4K9HA 2VS2A 1PFZA 2BPZA 1APUE 5P2DA 3VLAA 1ZJ7A 5DR0A 5OZPA 5P54A 3OAGB 1TSUA 2MIPA 2Q15A 2NR6A 2VIYA 3VEUA 4D83A 1PROA 3CIDA 1A8KA 3UHLA 1PPME 1HRNA 5KQXA 4YD3A 3UDYA 2R43A 5P4JA 2PSGA 3NDWA 4Y3XA 1D4SA 4YOAA 4R92A 5P7KA 5P6MA 1ODXA 4Y57A 1XL5A 5P72A 4YDGA 5P6PA 2IEOA 3ZKNA 2F3EA 3T3CA 1FG6C 2J9KA 2VA6A 3ZKGA 3NU9A 5P25A 4GMIA 3EL1A 3CKPA 4LBTA 1E81E 3SKGA 2AOJA 1T3RA 1HIHA 4Y3EA 3SACA 1YT9A 4HVPA 3NUOA 5P28A 1EBKC 2OAHA 5P7VA 1BWBA 1B6MA 1GVTA 4XX4A 1CPIA 5P48A 1SBGA 4FAEA 4CPWA 1K2BA 3S53A 4NPTA 2WEDA 2Q3KA 2HS2A 5OZ9A 4Y39A 5P4QA 3S2OA 2QK5A 3QVIA 5P6DA 1FQ4A 5COOA 5P39A 5P5TA 4Y45A 4DQHA 5P46A 5ISJA 2J9JB 3SPKA 1ZTZA 3TPLA 3NXNA 2BBBA 1D4YA 2P3DA 3UCBA 3FKTA 3PHVA 3L59A 1DW6C 5P76A 5OZ0A 5OZQA 1HIIA 4D85A 4Y4EA 4OBGA 1ZLFA 4LXMA 5P8BA 1DAZC 1KJHA 4Y4ZA 4QJ8A 5P5MA 5P4EA 4BEKA 4Y3LA 4LHHA 4Y44A 1BVEA 1BVGA 4Y5NA 3KMYA 3KDBA 4FSLA 4YE3A 4MC9A 4CPSA 5I3YA 4Y3FA 5DR8A 2Q11A 5P8FA 4EPJA 5P3OA 3LPIA 5AHAA 5P4BA 5P6RA 4B1DA 4R93A 4U7VA 4Y5LA 2OHTA 3HBOA 2AZ8A 3VG1A 4YCKA 5P7HA 5HDXA 5P07A 4EQJA 3PJ6A 4Y5BA 5P26A 5P8JA 5P8NA 1BXQA 4Y48A 1IVQA 2ASIA 4QJ7A 3G70A 5P4TA 3GI5A 2FXEA 1UH7A 5P8IA 5P0ZA 2QCIA 5P7DA 3NU5A 2UY0A 3NU6A 1AZ5A 2VA5A 3CYXA 5P14A 2BPYA 4NPUA 1RNEA 2RMPA 2AOGA 2BJUA 1KJ7A 4DQGA 3VSWA 3O9FA 4LP9A 5P7LA 1YTGA 2RKGA 3EKYA 3SO9A 1ZBGA 5P0VA 5P36A 5P35A 4EJDA 4FAFA 5P4AA 1K1UA 5KQZA 5OZOA 3QS1A 4JPCA 5P2CA 3MSKA 1YTHA 3INFA 1A94A 5IVSA 3VSXA 3UFNA 5P6NA 2IENA 5P5OA 5OZSA 6UPJA 5P77A 3EKTA 5P80A 2G1RA 5P6ZA 2FXDA 4DH6A 1NH0A 2VA7A 2G1SA 2CEMA 5P7JA 1NPWA 5P2JA 3PSUA 3BVAA 3O9LB 1ODYA 3SABA 1MESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  5P3D A;  1Z1R A;  5P00 A;  4YCT A;  4K4R A;  2AVS A;  3CKT A;  5P13 A;  4L1A B;  3NYG A;  2PQZ A;  3UDM A;  5P4S A;  5P7S A;  5P8O A;  4APE A;  3I7E A;  2BPV A;  3OAD A;  3I8W A;  5P4L A;  1UH8 A;  1FKN A;  3OQF A;  5J25 A;  5P6B A;  5OZ2 A;  5P5W A;  4H3G A;  1MSN A;  5P06 A;  3D20 A;  5P7P A;  3DUY A;  2P3B B;  2BKS A;  1EC0 A;  3KF0 A;  2HB3 A;  4IVT A;  5P1D A;  3SQF A;  5P32 A;  3OXX A;  3TOH A;  1IVP A;  1GVV A;  5DQC A;  2I0D A;  2UXZ A;  4ER2 E;  3OQ7 A;  2QD8 A;  1LYA A;  1GNO A;  3URL A;  1HPO A;  3O9E A;  3RU1 A;  5OZM A;  3S45 A;  4Y3T A;  3QRM A;  2WHH A;  5P3J A;  5P44 A;  3D1X A;  3I25 A;  3R0W A;  2O4S A;  1C6Z A;  3CIC A;  3CMS A;  5P6V A;  4A4Q A;  1M43 A;  2JXR A;  2F8G A;  3EBZ A;  5OYV A;  4KB9 A;  4EHC A;  2EWY A;  5OZV A;  5P2U A;  3F9Q A;  5P42 A;  1C6X A;  1KJG A;  5COK A;  5AH7 A;  4OBH A;  1LF3 A;  5P7X A;  1KJF A;  2FNT A;  3PSY A;  5CON A;  2V16 C;  1LF4 A;  3L5F A;  5OYZ A;  3WZ8 A;  5P4Z A;  2Q63 A;  3Q6Y A;  4XKX A;  5P3B A;  4JEC A;  5P88 A;  2FS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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