4MC6A

Hiv protease in complex with sa499
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Structural Optimization of Cyclic Sulfonamide based Novel HIV-1 Protease Inhibitors to Pico Molar Affinities guided by X-ray Crystallographic Analysis
doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4mc6A00
1MVPA 5P2UA 5P1DA 4CPTA 4B05A 3K5CA 3TPPA 3EXOA 3I8WA 4Y38A 5P5CA 3ZLQA 5IE1A 5P52A 3ZMGA 5B18A 4J0PA 4TVGA 3DK1A 4HE9A 4XX4A 3APPA 5P6EA 2Q63A 4OBGA 2ER0E 3QROA 4QJ9A 1K6PA 3TH9A 4RCDA 5P6JA 3BVBA 5J25A 1YTHA 1B6KA 1A8GA 5P0ZA 1WKRA 3EL0A 3PMYA 4FM7A 1ZSFA 5P1XA 5P1RA 4J0YA 2F3KA 1IZDA 7UPJA 5P7AA 2VA6A 4M8XA 1EC3A 2A1EA 2NNKA 4WY1A 4GJ6A 5P85A 2SAMA 1BAIA 3I2LA 1NPVA 4QGIA 3VV8A 1HEGE 3GGXA 2H6TA 3ZL7A 5P1LA 2I4UA 4EPJA 5P3LA 4J1HA 2Q3KA 3EM3A 3OXVA 1IDAA 1QBUA 4DJPA 1TSUA 4Y54A 3Q3TA 3IAWA 5SZ9A 2VIYA 5P2AA 3S54A 3K4VA 4OC6B 2R5PA 5P5KA 4OD9A 4PZXA 5P8KA 5BWYA 4GYEA 4FAEA 5OZAA 5P42A 2WF4A 3HVPA 3HAWA 2UXZA 1B6MA 1MSNA 1HPVA 5P41A 5P4KA 1OEXA 2IGYA 4GJ8A 1ZTZA 4XX3A 3LPJA 4LL3A 5JG1A 5P1YA 1MRWA 5OZCA 5P5ZA 3EL5A 3SA3A 1ER8E 2PH6A 4EJ8A 2XYEA 5P8DA 4DQGA 1JLDA 5P33A 4RRSA 1HPSA 5P16A 2HB3A 3FX5A 3VYEA 5P3MA 4Y50A 4Y6MA 3OQAA 4X7IA 4TRYA 4B00A 1KJGA 5P1KA 5EZZA 1ENTE 3EKXA 3KDBA 3MXDA 3OTSA 5FIVA 1AZ5A 5P40A 5P4MA 4Z22A 4B77A 4Q1WA 3WSJA 4MC2A 3N4LA 4Y4TA 4XXSA 3QP0A 3UDNA 2AOFA 4Y4XA 1NH0A 3OOTA 4FE6A 2PYMA 5P3RA 3EKTA 3IVIA 3KA2A 3OXCA 4J0TA 2G26A 3VLAA 5P26A 2FXEA 5P3UA 5IVTA 1T7IA 2FLEA 5P3VA 3O9IA 4OC6A 2R43A 1HSGA 5P5SA 4OBKA 3TKGA 3SKGA 2ZJJA 1KJ7A 5P0LA 4LBTA 2EWYA 1C70A 5P4TA 1GNNA 4N00A 5P58A 4EJDA 1TW7A 5P0BA 3LZVA 4J5JA 5P3BA 1PPKE 1AJVA 5P2YA 5P28A 4Y3XA 3KDCA 4RCEA 3WZ6A 3D1YA 3MSKA 4QJ8A 2O4PA 2PSUA 3SLZA 5P46A 5P5YA 2BPWA 4FIVA 3UDJA 1K6CA 3QBFA 3NSHA 4Y3PA 5P60A 5TOLA 4DJYA 4HDBA 1IZIA 3GI4A 3BGCA 5P5UA 4ZE6A 2G27A 5JFPA 3PWMA 1XN2A 5OZHA 2UY0A 1MT7A 3KMYA 1VIKA 3S7MA 4ZSPA 4U8WA 5OZDA 5I3VA 1D4HA 5AH9A 5P8OA 5P7BA 1HVJA 4I0ZA 2AOCA 2P3BB 5P48A 5DGWA 1EC0A 2JJJA 3K5GA 5P8UA 4L7HA 4HA5A 2WEZA 3SA6A 4APEA 3PJ6A 5P69A 1QBSA 1T7KA 3UQRA 3K4VC 1MSMA 2F80A 3T7PA 5P0HA 5P1IA 3VSXA 2HB4A 5P3AA 1FQ7A 5P3XA 4Y3MA 2VJ6A 2QHCA 3SA9A 4Y4BA 5HCTA 3O99A 2HPEA 3QI1A 4Y47A 4FM8A 2PK5A 5P6SA 1G2KA 2ZJLA 1Z8CA 1EPQE 3PI5A 2RMPA 4DQHA 5P31A 1LS5A 1EPME 3HVGA 4Q1XA 3SABA 1ZP8A 5HE7A 1E82E 3QVCA 5P6KA 2BPVA 3OGPA 4ZPFA 3LZYA 3OU3A 1HSIA 4ZEAA 3QN8A 4Y3QA 3CKPA 3LIXA 4D89A 5P7FA 5P4VA 3RSXA 1UH7A 1MERA 2QU2A 3MWSA 4DQEA 2R38A 4BFDA 1BVEA 5ER1E 4ER1E 2I0DA 4PEPA 3UQXA 5P5QA 2PQZA 3NDWA 4Y4AA 5HE5A 4GMIA 1HVIA 1MESA 1K2CA 2P3BA 3GI0A 3BHEA 6UPJA 5P1VA 4I10A 3ZPTA 1Z1HA 1YT9A 5DR4A 1WBKA 3CIDA 3OUAA 2ER7E 2AZ9A 2ER9E 3NU6A 3SKFA 3D1XA 1SDVA 3G6ZA 3L5DA 3TOGA 1APVE 1HTRB 2FIVA 5P0GA 5OZXA 2I1AA 3LINA 3LZUA 5P6QA 3UQPA 1FQ5A 4YDGA 1B5FB 2ZYEA 5P7XA 3UTLA 4QJ6A 5P7WA 2J9JA 1META 5P0MA 2ZJKA 5P54A 4GJAA 1MIQA 4FL8A 2VJ9A 4JPCA 1CMSA 3OXXA 2F3EA 4YD4A 4OBDA 2NNPA 4ZSMA 1SMEA 5P1AA 4J1EA 2P8HA 3PI0A 4Y5KA 3TKWA 3D3TA 4NPUA 3SQFA 2XFJA 4QJAA 5P77A 1DMPA 3KF0A 5P2RA 2Q5KA 3AIDA 5P5FA 2WF1A 5OZ9A 3UDYA 1FFFC 5P2QA 3OWNA 3IXOA 4JP9A 5OYRA 3BVAA 1SH9A 3URLA 3RTNA 5OZ8A 1NSOA 3LITA 3RU1A 4GJ7A 3ZKXA 4J54A 5P25A 3PRSA 3PB5A 1BV7A 5DR3A 3VUCA 4DVFA 1HPXA 5P7HA 1SGZA 4IVTA 2V10C 5P7MA 5P7OA 4A4QA 1GNMA 3S56A 2G1SA 2QI1A 4J0VA 1MT9A 1KJ4A 3CIBA 5SXNA 4TRZA 5P2WA 4Y3EA 3T11A 2WF2A 1B5FA 3VV6A 1HRNA 5P05A 3R4BA 2G1YA 5P09A 1EPLE 2RKGA 4Z50A 5P7DA 3APRE 1XDHA 3S8IA 5P22A 5OYYA 3NXNA 3OUBA 2ZHRA 2ZHVA 1HWRA 1MT8A 2VNNA 1FEJC 3EKPA 2ER6E 2HM1A 2V12C 5ER2E 1HHPA 2O4NA 5OZRA 3KYRA 4Y5GA 5OZOA 3VEUA 3NYGA 5P1WA 1GNOA 5OZMA 3L59A 4OBHA 1BDRA 5P50A 5AHAA 3GW5A 5P4YA 1LYBB 1YTGA 4Y41A 5P0OA 3NU3A 4R5NA 4R92A 5P24A 4DJOA 1T6GA 4RYCA 1QBTA 5P7RA 3T7XA 2QI3A 3U7SA 3SO9A 3EL9A 4MC6A 5P8JA 3L5CA 3CKRA 2QI4A 5P8IA 4GZFA 5P0WA 2IDWA 1W5YA 5P1QA 1MRXA 2G24A 4F75A 2BQVA 1Z1RA 2WEDA 2I0AA 4Y3FA 5P32A 3I7EA 1FMUA 1HVLA 3KFPA 2VIJA 2CENA 1D4IA 4YD6A 5P2MA 5P67A 1KJHA 2NXLA 3HBOA 1HPOA 1EBZA 3LNKA 4YCKA 3VF5A 5P3GA 1ME6A 3NDUA 3S43B 3KMXA 1RV7A 5OZUA 5P0RA 4Y56A 5P63A 5P07A 3OQKA 3A2OA 5HDZA 2V11C 4FSLA 5P84A 3O9BA 5OZ3A 5P4IA 2G20A 5UPJA 3EKYA 4FSEA 4J1KA 2AVQA 5KOSA 1BWAA 1HOSA 4I0EA 5KR1A 1LYBA 2PC0A 3GGVA 5IS4A 2Q64A 2BKSA 5AHCA 5P01A 5P0CA 1QRPE 5P5IA 3HDKA 3VCMA 3ZKGA 3DUYA 3BXSA 5P6IA 5COOA 5P4PA 4Y43A 5P6MA 1BVGA 3RTMA 1RNEA 2PYNA 1MEUA 5KOQA 1LEEA 1G35A 4ZSQA 4L6BA 2WEAA 1EBWA 3EC0A 2P3CA 2QHZA 1GVWA 5P02A 1EPOE 5P5TA 5P8TA 1DPJA 3Q6YA 5OZQA 5P5MA 5P2GA 3QAAA 5P8EA 4HEGA 1K6TA 1TZSA 3QVIA 5P87A 4Q1YA 2AVMA 3VFAA 1A30A 4YDFA 3U6AA 4Y5LA 4EHCA 4KUPA 4FRSA 3HZCA 3VYDA 4EJKA 1FMXA 3S43A 3PMUA 4J1IA 5DQ1A 4Y3RA 5P0QA 1MUIA 1AM5A 4Y3GA 3KT5A 3KM4A 4Y9WA 3NXEA 4I1CA 5BRYA 4DQCA 5OZIA 5P81A 5KQXA 3OGQA 3OU1B 2ANLA 5DQ2A 2G1NA 1NPWA 3PWWA 5HU1A 5P4HA 2ZJIA 3NU9A 1RQ9A 4DJRA 4Y3HA 3T3CA 9HVPA 3OQDA 3UCBA 4BELA 3FKTA 5P74A 1K2BA 2R3WA 3LIZA 3Q4BA 3ZKNA 1AAQA 1K6VA 3DJKA 4CPWA 2HC0A 1FG8C 2Q54A 3SACA 2R5QA 3PBZA 2G1OA 1C6XA 5SY2A 4CPRA 4ER2E 4FLGA 2FNSA 3UDKA 1XL2A 4IVSA 5P5JA 5AHBA 4RLDA 5P44A 5P0JA 3QRVA 4LXKA 5P49A 3NUOA 5KQFA 5P6AA 1IVQA 3OAGB 4B1EA 1ZJ7A 4R95A 5P2HA 1YM2A 4Y36A 3M9FA 6APRE 2QMDA 5P2FA 4B1CA 4AZYA 2FDDA 4NKKA 5KAOA 4Y3ZA 1LF4A 3WZ8A 4I0JA 5P3OA 5P4BA 5IVSA 1W5VA 3INFA 2B7FA 5P12A 1SIPA 5P27A 1HTFA 2WL0A 2AQUA 4QLHA 3UF3A 3EM4A 2QI6A 3JVWA 2QI7A 4CP7A 3GI5A 3BXRA 5P34A 3UDQA 5IVQA 4HDFA 1TCXA 4JECA 4B0QA 5HTZA 1QDMA 5P39A 4KB9A 5P75A 2H6SA 5JFUA 3NWXA 2VA5A 5P51A 3GGUA 1AXAA 2QNPA 4TVHA 1SIVA 5P37A 2B8VA 2OHPA 5P2LA 1SDTA 2BPZA 1T7JA 5P78A 4Y57A 1MTRA 3O9GA 4Y4ZA 4JOOA 4Y4GA 4DJXA 4HVPA 4LAPA 1QBRA 3OUDB 1EBYA 4I11A 4Y37A 2IRZA 5OYSA 4Y3NA 4CPQA 3OAGA 3LIYA 3NWQA 2OHKA 2QD7A 5DQCA 2VJ7A 5P3ZA 5P6WA 1FQ8A 4EP3A 5P66A 2AVOA 1WBMA 3KFSA 5P6GA 3PSUA 2OF0A 3Q70A 4Y58A 1LF3A 5P4OA 4TRWA 5KR0A 1HEFE 3UDHA 5P0TA 1N49A 5P5RA 4ZIPA 3R1GB 4YBFA 3PVKA 5OZWA 1IIQA 4YOAA 5P5OA 1BIMA 3B7VA 2QMGA 5P43A 1EPNE 2AOIA 5P2SA 4CKUA 3OU4B 5P89A 5P56A 1LYWB 1EPRE 4GJ5A 4E43A 5I3XA 3R2FA 2Z54A 2A4FA 1PSNA 2G22A 2FGUA 4CMSA 1OHRA 1D4JA 2FDPA 3OOZA 2OHSA 2OHTA 5CONA 3PBDA 4PZWA 4DJWA 1IZEA 3O9CA 1M43A 3OUDA 4H3IA 1HVHA 5HCOA 1ZPAA 1LF2A 5P0YA 2NXMA 2HS1A 1HXWA 1W51A 4GJCA 2V00A 2IEOA 5P5DA 3CYXA 3LIQA 5P08A 5P7UA 5P0DA 5P35A 2QZLA 5P2NA 1SGUA 4DH6A 5C9BA 4KE0A 1TCWA 2OHLA 4DJUA 3OQ7A 2AOGA 2QMPA 1TSQA 3BUHA 5P86A 1GVUA 5P8HA 4DQFA 4K4PA 5COKA 5P5XA 2ZGAA 5P6CA 3TLHA 5P14A 5P4RA 5P1EA 5PEPA 4Y44A 3CKTA 4ACXA 5P4GA 3ER5E 5P7SA 5P0AA 1LYWA 4NPTA 1GKTA 3VYFA 5P5WA 3ZPSA 3UFNA 5P68A 2MIPA 4WY6A 4U7VA 5P4ZA 3I6OA 5P2JA 3CYWA 2WKZA 4GJDA 4Y5AA 4OBZB 3SM2A 1CZIE 4Y39A 2P3DA 2I4QA 2VNMA 5OYTA 1KJFA 3LPIA 4RVXA 4EQJA 1DIFA 4AA9A 2ZJMA 3IA9A 4Y3AA 3NDTA 3SFCA 3BGBA 4D85A 2I4XA 3S45A 3UFLA 4Y5NA 4I0FA 3SM1A 4YBIA 4NJVA 3PCWA 4J17A 3KT2A 5OZ1A 4K8SA 3G72A 3I25A 5P65A 3UDPA 5P2XA 5P7NA 4J1CA 5P1HA 4FCOA 2ZHUA 5OZTA 5P2EA 3ZKMA 2OHQA 1YM4A 3NU5A 5OZFA 5P0KA 4EXGA 3VSWA 4NJTA 2JXRA 1C6YA 5P61A 1E5OE 4H3FA 4Y45A 5P0FA 1EC1A 4Y3LA 1BV9A 5P8BA 4LXMA 3S85A 5P6LA 1PPLE 1W5XA 2CEMA 5P4FA 3VV7A 1PPME 2OHNA 2QMFA 4APRE 3PM4A 4LP9A 4D8CA 5P5PA 4I8ZA 4FS4A 4RVJA 3IVHA 4H3JA 5P3SA 3VLBA 1K1TA 4OBZA 3DM6A 4F74A 3TL9A 4CPUA 1XL5A 5P10A 2V16C 5P6YA 5P8CA 4X2LA 1FB7A 4Y3SA 1EEDP 3FV3A 4ACUA 2CEJA 1FQ6A 5AGZA 5P72A 3TPLA 1E80E 3EL1A 4R8YA 5P7PA 1PSOE 5P6FA 5OYWA 3S2OA 4R91A 3L58A 5P04A 4Y5BA 5P8AA 5HVPA 2R9BA 2ZHTA 4L7GA 4I12A 3QS1A 3KDDA 2O4KA 4HZTA 1U8GA 1T6EX 5CLMA 5OZ5A 3WB4A 3D20A 3IN4A 4LHHA 8HVPA 4K4QA 3QPJA 5P1OA 5BS4A 5C9FA 4R93A 5P5BA 5P11A 5P3NA 1HBVA 1APTE 5P0IA 2V13A 5P6HA 3PEPA 4H3GA 3RTHA 5P20A 4GJBA 5DR0A 3OHFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MVP A;  5P2U A;  5P1D A;  4CPT A;  4B05 A;  3K5C A;  3TPP A;  3EXO A;  3I8W A;  4Y38 A;  5P5C A;  3ZLQ A;  5IE1 A;  5P52 A;  3ZMG A;  5B18 A;  4J0P A;  4TVG A;  3DK1 A;  4HE9 A;  4XX4 A;  3APP A;  5P6E A;  2Q63 A;  4OBG A;  2ER0 E;  3QRO A;  4QJ9 A;  1K6P A;  3TH9 A;  4RCD A;  5P6J A;  3BVB A;  5J25 A;  1YTH A;  1B6K A;  1A8G A;  5P0Z A;  1WKR A;  3EL0 A;  3PMY A;  4FM7 A;  1ZSF A;  5P1X A;  5P1R A;  4J0Y A;  2F3K A;  1IZD A;  7UPJ A;  5P7A A;  2VA6 A;  4M8X A;  1EC3 A;  2A1E A;  2NNK A;  4WY1 A;  4GJ6 A;  5P85 A;  2SAM A;  1BAI A;  3I2L A;  1NPV A;  4QGI A;  3VV8 A;  1HEG E;  3GGX A;  2H6T A;  3ZL7 A;  5P1L A;  2I4U A;  4EPJ A;  5P3L A;  4J1H A;  2Q3K A;  3EM3 A;  3OXV A;  1IDA A;  1QBU A;  4DJP A;  1TSU A;  4Y54 A;  3Q3T A;  3IAW A;  5SZ9 A;  2VIY A;  5P2A A;  3S54 A;  3K4V A;  4OC6 B;  2R5P A;  5P5K A;  4OD9 A;  4PZX A;  5P8K A;  5BWY A;  4GYE A;  4FAE A;  5OZA A;  5P42 A;  2WF4 A;  3HVP A;  3HAW A;  2UXZ A;  1B6M A;  1MSN A;  1HPV A;  5P41 A;  5P4K A;  1OEX A;  2IGY A;  4GJ8 A;  1ZTZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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