The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
225
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structure length |
200
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Chain Sequence |
b'PHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYQKRQHRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis of Mos1 Transposase Inhibition by the Anti-retroviral Drug Raltegravir.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Mariner Mos1 transposase
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| source organism |
Drosophila mauritiana
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| total genus |
75
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| structure length |
200
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| sequence length |
225
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.-.-: |
| pdb deposition date | 2013-08-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01359 | Transposase_1 | Transposase (partial DDE domain) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3K9K A; 5CR4 A; 3F2K A; 3HOT A; 4MDB A; 2F7T A; 5HOO A; 4U7B A; 3K9J A; 4R79 A; 4MDA A; 3HOS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PYL A; 4DS5 A; 3THY B; 3IG1 A; 4DU3 A; 3UB5 A; 4OO1 J; 1S72 N; 3DLH A; 3MED A; 4KTZ A; 2NRV A; 1N36 K; 1UWB A; 1HQU A; 3VER A; 4CFC A; 1U2V A; 1XMQ K; 3O08 A; 3UKU A; 2XY5 A; 3GL1 A; 1Q86 O; 2BTF A; 1OVY A; 1L5U A; 3LZJ A; 4IOA L; 3VQ5 A; 4FYD A; 3PX6 A; 1D9F A; 1YAG A; 1NKE A; 1Z26 A; 4BVO A; 1D5A A; 3F9K A; 4CK2 A; 2A1S A; 4FLV A; 4BRE A; 5AQN A; 3K5M A; 1CZ9 A; 4IFV A; 4X64 K; 3GDQ A; 4JI0 K; 3NF6 A; 1GLC G; 1JLB A; 3AO3 A; 3BZC A; 4PHT X; 4JI3 K; 5M1F A; 4DQQ A; 4KRE A; 3IAY A; 4DU1 A; 1G99 A; 2YJE A; 1S1X A; 2G8V A; 4OLB A; 4WCE L; 4CGD A; 3SQ2 A; 1IBM K; 4GKJ K; 1FKO A; 3DLR A; 3I0S A; 4CJ5 A; 3VEZ A; 3QO9 A; 1MWM A; 4JKD A; 4NLC A; 4PA1 A; 1MWK A; 5JMV A; 3TAQ A; 3PLA A; 3LPT A; 3JXU A; 1IKX A; 2ZJP L; 4AM6 A; 1J53 A; 3AO5 A; 1W97 L; 3QFP A; 3CG7 A; 4FVU A; 5J2N A; 1BA0 A; 3NGZ A; 4CGJ A; 3O3G A; 2QI2 A; 1GOB A; 4EP5 A; 1CXU A; 3ULD A; 4I7F A; 3PSI A; 2E6L A; 3NF9 A; 4JRP A; 4B9N A; 1QHT A; 1HPZ A; 3RSE B; 4CCH A; 3O8M A; 4CHQ A; 2X74 A; 1U4B A; 1IKY A; 4BRC A; 2D5R A; 3IFR A; 2UXB K; 2QM1 A; 2HHW A; 4CJL A; 2F9T A; 3NH2 A; 2UU9 K; 1HJO A; 4OGC A; 1SUQ A; 3ZSX A; 2ATQ A; 4FO0 A; 1N5Y A; 5BPL A; 3NAE A; 2NUB A; 4BE0 A; 4BDZ A; 2QWO A; 1RTJ A; 3ZT0 A; 3DXM B; 4UY8 O; 1NGG A; 3CPE A; 3OYE A; 1D9D A; 2P5G A; 2KQ2 A; 4GNI A; 3TSQ A; 3ISN C; 4CEZ A; 1WAJ A; 3F73 A; 5C25 A; 5GAH P; 3TAE A; 3MX2 A; 3S3M A; 3UKR B; 3TAB A; 1HUX A; 1OKJ A; 2QWM A; 5M1P A; 1ESV A; 4FZY A; 3NBP A; 3QIO A; 5AQR A; 2HST A; 4H4M A; 4N76 A; 4DUZ K; 2E5L K; 1HKB A; 3C0B A; 3VQ9 A; 4CF8 A; 4FJH A; 4CFD A; 5C2D A; 4PWD A; 1ZYQ A; 5F2R A; 4A59 A; 2HHX A; 4BR9 A; 4JS4 A; 3LPU A; 1CXQ A; 1Y97 A; 4DV2 K; 1RFQ A; 4CK1 A; 1WSE A; 2PAV A; 1C0T A; 3IS9 A; 4H4O A; 2VGM A; 2XRI A; 3QNO A; 2YCH A; 1XC9 A; 3CCU N; 3VPZ A; 3DWL A; 1WSF A; 4KHS A; 3DLB A; 5HBM A; 3CQ8 A; 5E26 A; 1NOZ A; 4OVL A; 2B5J A; 5HOO A; 3OYM A; 2HVI A; 4DLE A; 4FJ5 A; 1X9M A; 3QB0 A; 2YKN A; 4CJ4 A; 3EE9 A; 5F0X A; 4E7I A; 1NGI A; 2QEX N; 1RDU A; 2OPQ A; 1WSG A; 2ASO A; 4QAG A; 5KRT A; 4AHV A; 3A0I X; 4FPB A; 3OYB A; 4DWI A; 1NK0 A; 2YNF A; 1LWE A; 5JLH A; 5JS1 A; 1T6D A; 4BG9 A; 2GUP A; 5AZJ A; 3NDK A; 4EZ6 A; 4KB1 A; 2V52 B; 3RR7 A; 4CJ3 A; 2X78 A; 5C0Y A; 3ULE A; 4Y0W A; 1XHX A; 3PO5 A; 2F8T A; 3P39 A; 2KHO A; 3QIN A; 3T19 A; 4DSF A; 1W9H A; 4Z94 A; 1KCF A; 1ASU A; 1SL0 A; 4ZTF A; 4OJR A; 2DPN A; 2CH5 A; 4FLW A; 3CCV N; 1GLD G; 3FGU A; 1LV5 A; 3OBW A; 4O4G A; 1ASV A; 4IXC A; 3K2P A; 4Y1D A; 1UOC A; 3SAG A; 3CFR A; 4FZZ A; 2V7Z A; 4JI7 K; 2W40 A; 3V1O A; 3VEX A; 1VQP N; 2QTD A; 3C6A A; 1KAZ A; 3E9L A; 2ASP A; 4N5S A; 1OH6 A; 4WQ4 A; 3OYC A; 5HRN A; 4CEO A; 2V51 B; 1HMV A; 3PO4 A; 3J7Y P; 3CC4 N; 4V19 S; 4CHN A; 2I5J A; 1LAV A; 3CYM A; 1RGI A; 3ZET A; 5M1K A; 4C1N I; 3OYG A; 4KTQ A; 1NMN A; 3VET A; 3QDK A; 4W5T A; 3T7Z A; 4FWM A; 5AQK A; 2QWP A; 1NK4 A; 1YVN A; 2D0A A; 3LZI A; 1VSJ A; 1NWK A; 2O8E A; 5CHI A; 1BIS A; 1WSH A; 1Y64 A; 3FZL A; 4FLT A; 3SAF A; 3H08 A; 2XY6 A; 3OYL A; 3TU5 A; 3QES A; 1EKE A; 2FBT A; 1HYS A; 3VQ4 A; 1SL2 A; 4A62 A; 3KKR A; 1XQS C; 1JLC A; 3QML A; 4B3M K; 1KRP A; 2E4L A; 1G15 A; 3L3U A; 1RBT A; 2Q1N A; 1A5X A; 4BRP A; 4F3O A; 4DR3 K; 3OA9 A; 3EL2 A; 2VWK A; 1YTU A; 2VQE K; 1T7P A; 1K8K B; 4JKG A; 1EQY A; 1JL2 A; 1VQ9 N; 4CI6 A; 3KLF A; 3KK2 A; 2VG6 A; 3ZT1 A; 4ZHR A; 3L2Q A; 2O4I A; 4DS4 A; 3W3D A; 2KFN A; 2XO7 A; 3AAP A; 3HST B; 3NVK A; 5AQS A; 1X9S A; 3ASM A; 4CHP A; 3P4I A; 5I3U A; 3OJU A; 3C6T A; 4H0V B; 3QEX A; 2D0O A; 2F96 A; 4HUE A; 2XY8 A; 1TAU A; 2P9N A; 3PV8 A; 3J7A P; 1NJY A; 4AQY K; 4RW4 A; 2VQF K; 5FRM A; 1QQC A; 4H0T B; 1ATS A; 5AQX A; 5LMN K; 3CM6 A; 1MA9 B; 3SUO A; 4BRD A; 5AQW A; 3HT3 A; 3H6E A; 2OTJ N; 4YHH K; 1EXQ A; 1RTH A; 5E41 A; 3SNN A; 4CIE A; 4CJ7 A; 4HHT A; 3A2F A; 3VGK A; 5HL7 L; 2P9I B; 3SJH A; 4ILH A; 3K58 A; 1WB9 A; 3CJ7 A; 4H5W A; 3D45 A; 2JWK A; 3T1H K; 4MLE A; 3MXI A; 4CZL A; 3CF5 L; 3E9O A; 3RRH A; 3ZSR A; 2RKI A; 1IO2 A; 1TK0 A; 4HWI A; 1XWL A; 3VQ6 A; 4CZE A; 1WNS A; 2WC9 A; 4DSE A; 3O9R A; 3MXM A; 3ZSY A; 4F2R A; 4DQS A; 1D8Y A; 4DCH A; 4JKC A; 3M8R A; 3CCQ N; 3DXK A; 4YOU A; 5KGW A; 4M3W A; 3D2E A; 4B9Q A; 2A6A A; 4E1J A; 1VK0 A; 4BRL A; 1WSI A; 5EOY A; 2FSK A; 2QKB A; 2O8C B; 4B8A B; 2HHV A; 4JI8 K; 2O8F B; 3MCP A; 5LJV A; 5CYQ A; 1JCG A; 3D6R A; 2W42 A; 4JLH A; 4K43 A; 5AQJ A; 4CEE A; 2IAJ A; 5SZT A; 2V7Y A; 5CE3 A; 2HBL A; 4KBO A; 5AQQ A; 2E2N A; 4DTN A; 4IOC L; 4QOZ B; 3TTD A; 4FZX C; 4IG0 A; 3AVG A; 1BOT O; 2NZT A; 3LWL A; 1BA1 A; 3M5R A; 3E01 A; 4B3T K; 4KTW A; 4JYA K; 1Z6R A; 3IRX A; 3T3F A; 2IGI A; 4O44 A; 4FL9 A; 1QZ5 A; 3CCR N; 3TSP A; 1GOC A; 4RW9 A; 4KPY A; 1QZ6 A; 3HM9 A; 1YF5 L; 4IWV A; 2FBX A; 2I7P A; 1QTM A; 4DR2 K; 1EX4 A; 3AY9 A; 2W41 A; 4M3Z A; 3OHR A; 4FWL A; 5FPD A; 4DV7 K; 2P9U B; 1TVR A; 3LP3 A; 3I55 N; 3OS2 A; 1DKG D; 2F4V K; 4CEB A; 2FF3 B; 4FWQ A; 5KRS A; 5J2M A; 4R5P A; 5M1O A; 4KFB A; 5FPN A; 3WXK A; 4DFJ A; 4DFP A; 2O8B B; 4PQU A; 4AHT A; 5HRR A; 4EZ9 A; 4IZ9 A; 5BR9 A; 5KQD A; 4AH9 A; 3MAQ A; 4GVE A; 4U7B A; 3ATU A; 3EY1 A; 4IG3 A; 4H5N A; 2FBY A; 4OKE A; 1NOY A; 2OAN A; 3THY A; 4B9S A; 3CMA N; 3CHW A; 3D7E O; 4XH4 A; 2P9K B; 1ZBH A; 2KW4 A; 1JLF A; 1NLV A; 2LSN A; 5KPT A; 3AO2 A; 3CI5 A; 2QK9 A; 3LM2 A; 4LSL A; 4H8K A; 2NRW A; 2E2Q A; 3ZYY X; 4ISE A; 2D4W A; 3WQT A; 3M8P A; 5F1X A; 3U6F A; 5AFU A; 5BRE A; 3JAM O; 4DTM A; 3CD6 N; 3VEY A; 4NYF A; 4RG8 A; 2WFB A; 4JI2 K; 5A2Q O; 3LWM A; 4ISG A; 1BL3 A; 1C0U A; 4M3T A; 3FZK A; 2A40 A; 3NF8 A; 4I6M A; 3ZT4 A; 4B1Y B; 4OPK A; 2Z1J A; 4E7J A; 2HBM A; 3HP6 A; 4CF2 A; 3UIQ A; 1W2B M; 1Z25 A; 2HHT A; 2DTU A; 3KWG A; 4F4K A; 1MU2 A; 2F8S A; 3U8X A; 3ATV A; 3HP9 A; 4B1W B; 3VQC A; 1ZBL A; 4FOI A; 3OBY A; 5BN8 A; 2VG5 A; 4PL7 A; 1JXB A; 3ENH A; 3PY8 A; 2A41 A; 3ID6 A; 3BZK A; 3H46 O; 4H0O A; 4HUF A; 3THW B; 4ID1 A; 3RSE A; 3HM8 A; 1I94 K; 5CZ2 A; 4W5R A; 2FBV A; 4EFH A; 5C10 A; 1NGA A; 3ZSW A; 1UA0 A; 3FLC O; 1NKC A; 3M8S A; 3VQ8 A; 1KD1 O; 3WEE A; 3QEW A; 4JD2 B; 2KKZ A; 3Q7C A; 3LP1 A; 5AQU A; 4H0P A; 4NCG A; 4LH4 A; 1CZB A; 4DTR A; 1L3U A; 1WLJ A; 4B3O A; 4CIG A; 3VF4 A; 1JLE A; 4O0I A; 4Z0U A; 1NJX A; 1WBD A; 3DXM A; 3ZEU B; 1X9W A; 1O13 A; 5TKW A; 4DQR A; 1XI1 A; 1J5E K; 2IVP A; 4XH1 A; 1GLB G; 1L3S A; 4CF0 A; 1DEJ A; 5GIP A; 1YUW A; 3R3L A; 1S9G A; 5H1S Q; 4JK9 A; 3O3H A; 5GAE P; 2OTL N; 3A5L C; 4PUO A; 1BQN A; 2YI1 A; 3QEP A; 4IEI A; 1JJ2 M; 4IKF A; 3GG4 A; 1IV0 A; 3EEQ A; 3G6E N; 2YHX A; 3GOI A; 3AVL A; 4RWT A; 4LF4 K; 4CBU A; 2WOM A; 4M7X A; 4DR5 K; 4E1M A; 3RRG A; 4MQ3 A; 1DT9 A; 2ZWH A; 4IFE A; 1REV A; 1V4T A; 1M90 O; 2QW9 A; 3PUF A; 1EET A; 5D3G A; 3O9U A; 4B3R K; 3CJC A; 2X6S A; 1VRU A; 3SBG A; 4BGB A; 4JRQ A; 3AVJ A; 3L2V A; 3SQ1 A; 1RTD A; 3F5T A; 3L2R A; 2NRH A; 1E4G T; 3HVT A; 4JEP A; 5AQL A; 3TWH A; 5KI6 A; 3GE1 A; 3VES A; 2FLO A; 3S41 A; 1DGK N; 2H3G X; 2PZS A; 3MCA B; 3K57 A; 4NO7 A; 4DTS A; 2OYQ A; 1NGE A; 3L4I A; 4J8F A; 1JCE A; 2BH1 A; 3S3N A; 1VSK A; 3ENB A; 4OGE A; 1IKW A; 5ADX H; 1VSE A; 2ZM6 K; 1QQN A; 4IBN A; 4B9L A; 3LDN A; 4DR6 K; 2Q0R A; 1S1V A; 5AR0 A; 3VQB A; 3H1Q A; 3O4W A; 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1HKG A; 3D2F B; 4KO0 A; 2E8A A; 4O8K A; 4K0K K; 2OPR A; 3NVM A; 1IBK K; 1QQO A; 1RBU A; 1RCH A; 3DLK A; 1I3A A; 4MDA A; 5DMR A; 3RMA A; 2B4J A; 1BDG A; 1F21 A; 4JHD A; 4MDB A; 4OPH A; 4FXD A; 2E1Z A; 3TAM A; 3EE8 A; 1WUA A; 1UA1 A; 4LFC K; 2Z1G A; 3C7N A; 2W6K A; 2HND A; 2ETJ A; 1S9E A; 5GIO A; 2HBK A; 1XNR K; 4XIU A; 4CHY A; 4CJT A; 3B6O A; 1YT3 A; 2G8F A; 1N32 K; 1ZBS A; 1J6Z A; 4IO8 A; 3CME N; 4BDY A; 3U3Y A; 4CEF A; 4X66 K; 3SQ4 A; 1ZC6 A; 4FJK A; 5AQP A; 4CFA A; 3BP8 A; 4YOV A; 4CFB A; 3O6W A; 3L2W A; 1EO1 A; 5BRF A; 4BRG A; 4O8U A; 1QQM A; 3H1V X; 1JLQ A; 2O8F A; 4JI4 K; 4DTP A; 1TUY A; 1NU0 A; 1RDD A; 5HRO A; 1XHZ A; 2ZF5 O; 4CJE A; 5DK5 A; 3NMU A; 3AVN A; 4MO5 A; 2YHY A; 4WYB A; 4CK3 A; 3HZ6 A; 3QBX A; 5AQG A; 3AVI A; 1RT1 A; 2GTD A; 1FJG K; 5KQ8 A; 1KVC A; 4FK4 A; 1WAF A; 1RNH A; 3KK1 A; 4NCB A; 3THX A; 3G25 A; 2CGL A; 4JKH A; 4LD0 A; 2OPP A; 1SV5 A; 2D0C A; 4O5B A; 5AQZ A; 3CET A; 1NG9 A; 3DMJ A; 1UAX A; 3FZM A; 3HSC A; 4ILG B; 5DM7 L; 4FLY A; 2ASM A; 4GKK K; 2QWQ A; 4E0D A; 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