4MJZA

2.75 angstrom resolution crystal structure of putative orotidine-monophosphate-decarboxylase from toxoplasma gondii.
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
299
structure length
292
Chain Sequence
EGCKNFFKTLDARIEAVDSLLTVGLDPHIADLPSPATAERAFVFCERIIRETLPFTCCYKPNSAFFEAFGPPGLQALERVCALIPDDVPILLDAKRGDIGSTAQAYASSAFDAFKADGVTVNAYMGREAVRPFLSYRNKGVFVLVKTSNQSSNEFQTLPVRQDVPLYVQMARVCNELAQECVSEEDSPSTTGHGLRHNASGGGVGLVVGATDIEALREVRKACPDLYILAPGVGAQGADLERALSAGLCKDGKGMLIPVSRGISRAENLAAQANAYREQINEVRRGIVQQYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Toxoplasma gondii
publication title 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Orotidine-monophosphate-decarboxylase from Toxoplasma gondii.
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 108
structure length 292
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4mjzA00
1JVNA 3THQA 4XTIA 3QW4B 4O57A 1IGSA 3RNDA 4M6VA 1PS9A 1LRTA 3E0IA 3LXAA 2NV1A 4LT9A 3G1SA 2GJLA 4XKYA 4IX0A 5FEWA 2CFFA 1EP2A 1W3TA 3G24A 3TQKA 4OT7A 5C5YA 5DLCA 3W1QA 5I3FA 4IJBA 1H60A 3QQ0A 3W75A 3VE7A 5AB3A 1TRDA 2GVLA 4P2VA 4JDYA 1D9EA 2Q3RA 2WJZA 4LVGA 1DL3A 4PEKA 3LLDA 4JTUA 4K38A 1L9WA 3R12A 1MXSA 3T40A 2DJLA 3QPYA 1M6JA 2Q8ZA 3C2OA 2JKPA 1VGAA 2BX7A 1SPQA 1JJKA 3CU2A 3DFTA 1JCLA 5FF4A 3EWUA 1A53A 3P62A 1GTEA 1Q3NA 5LHEA 4BI7A 5G2IA 4HNTA 1P0NA 3SZ8A 3W7IA 2B7QA 2YR1A 4UMAA 3W72A 2NX9A 2C1HA 4O52A 3NEVA 2A5HA 1CX9A 1GWJA 3CHVA 4EIVA 2Y63A 2OJPA 3FA5A 4PC8A 1X6UA 4L4LA 3FJLA 1YTEA 4UMCA 3GKAA 2NLIA 2Y89A 5DBTA 3R13A 4WUIA 4Z0SA 1VCFA 3LV5A 3FEMA 4NU7A 4O4WA 3W1PA 3NM3A 3NPVA 3S9YA 1FUYA 2VXNA 3NQ7A 1OFRA 4UR7A 4DPQA 4A2RA 1XDMA 5EBUA 4JTIA 1W0MA 2CLFA 3C4UA 4LC6A 3P8JA 2J9ZA 3N19B 1R2TA 5TQLA 4AAJA 4FNTA 2P10A 3H54A 4LVBA 3W7KA 3IRDA 3QMSA 1AL7A 3RU6A 5KMYA 3P5ZA 3LV6A 4RZ4A 2QJHA 5AYXA 3PB2A 1V7YA 2QUTA 1W5NA 4UXDA 1LBLA 3EWBX 3C6CA 2FIQA 1YLVA 4RZ5A 3NPXA 4IXXA 1RQBA 1GPWA 4IOTA 5G1YA 1H63A 3EX4A 3EXTA 5C54A 2DORA 3IEBA 1H7NA 2HS8A 1A5BA 3H55A 5D37A 2QCFA 2FB2A 4UFKA 3UWQA 2NXHA 4MLJA 3BARA 3QF0A 3M5XA 3W74A 4JIQA 3YPIA 1SSGA 2VC6A 2NV2A 5FEPA 3PBVA 5DXXA 4LNYA 1T96A 4YCPA 1XM3A 3IIVA 1G69A 3G1XA 1DORA 1OVDA 1G7VA 5BOOA 3QMTA 1K3UA 2R94A 3HIJA 3W9ZA 1TYGA 4MYAA 1N55A 3L66A 5DBUA 1OFDA 2P0OA 3SR7A 4C1LA 1FWNA 4UTIA 4MFDA 1YYAA 4MJMA 4O1CA 5CPLA 3SGUA 2B0MA 3TSMA 3RLUA 1KFBA 3M5VA 1KTCA 2VELA 1QFEA 3C0JA 3TKFA 2WO5A 2C18A 1OABA 2ZFAA 3T44A 3TIMA 4A29A 1W5OA 4QIUA 1GZGA 1XUZA 3GZ3A 1SO4A 2FJKA 3SFKA 3HB9A 2FPVA 1B57A 1PHQA 4JICA 3L67A 3G1FA 5CSSA 1IXNA 4QITA 3STCA 4I9AA 3LI0A 3ZS4A 3MP5A 1JCMP 4DEFA 5FF7A 1DVJA 3V75A 1H1YA 1KM0A 5CGQA 3HG2A 1WOBA 2YSWA 3NQGA 2YW3A 4AEOA 5FEZA 1WOAA 5F4WA 4K36A 5AOUA 5HUPA 3JS3A 1K8YA 1ML1A 4HPJA 3MI2A 5G2WA 1JQXA 6TIMA 2QEZA 3MHGA 3P5YA 4KFNA 5HR6A 1V5XA 3ABSA 1SZFA 4AWSA 1BWLA 3W2KA 5F2IA 3W7QA 5BMXA 1R2SA 1KM1A 4Y8FA 1VS1A 4YMZA 2NZLA 3D0CA 4K6AA 4BWLC 4I7UA 1VR6A 3GLCA 1NF0A 4NX5A 1O5KA 4N2YA 2QDGA 3W7HA 4RZ6A 4EF8A 2Y70A 1H50A 2H3BA 1W5QA 3TSBA 3LRMA 4JX4A 4MPQA 3A22A 1W31A 2VEKA 2ZTJA 5D05A 4ZQMA 4JN6A 3PY2A 1GYNA 1TV5A 3BPWA 5HQEA 4NZFA 3UXDA 2Y6ZA 5AFDA 1TB3A 1KA9F 5EMUA 1C8VA 3WK1A 4N9DA 3L5AA 4O14A 4JTTA 3JRKA 4LY8A 3O06A 4MY1A 4BI5A 1G6CA 4GJ1A 5ABTA 2DU2A 4WY0B 4O54A 1F05A 1THFD 5F2GA 1TPVA 3NNTA 3UWZA 3W1NA 4JDBA 1SO5A 3GXNA 1JUEA 2VEMA 4S2BA 4AF0A 1KBIA 3M6YA 3TK7A 3TR2A 2BXVA 4ZQNA 1JCXA 1KLZA 4JR5A 2WOQA 2X2GA 1TQJA 3CM4A 4O10A 2WNZA 3ZWTA 5DN1A 3N2XA 4X3ZA 1J2WA 4O17A 1MEIA 2HMCA 1TPFA 5G4EA 2CZEA 5HR7A 1GG1A 3MW7A 4NZJA 1HO4A 3L2IA 4NVTA 2EAWA 3NPWA 3DI0A 3I68A 3W3OA 2Z6JA 1SSDA 1OYBA 3HBLA 1NAL1 3NQCA 3IIZA 2DP3A 1U83A 4LUIA 3SJ3A 3GX9A 5EY5A 3GIYA 1VC4A 5I3IA 1SZGA 3T78A 3R5EA 3GB6A 1F2JA 1KFJA 2ZRVA 3GKFA 4FXSA 4WJEA 1M7OA 3NL5A 3IVUA 3SECA 1QPQA 3WFAA 3T4CA 1GG0A 2ISVA 2JK2A 3NQVA 3UWYA 3TCEA 1X1ZA 1ZALA 2NX1A 3LCIA 3S0CA 1QCWA 4O15A 1ME7A 1SZEA 2WQPA 1SW3A 4O18A 5CZSA 3I7RA 4N9EA 1ZENA 1N8FA 4R33A 3NZ1A 3FKKA 1H62A 3WK2A 3HMJG 1QO2A 3KVLA 4AXKA 4DXVA 5D2VA 1K8XA 1MEWA 4WZHA 3CWNA 3C2EA 1PIIA 2Y62A 1PCWA 3NPUA 5HMSA 3QQ1A 1CI1A 4E38A 1R2RA 5G2HA 1L6SA 3BLEA 3P74A 5FESA 1SFJA 1FCBA 2R91A 4NXKA 5LSMA 3ABOA 2RHGA 2B7OA 5LHFA 3PBWA 1O5XA 3OVPA 3VE9A 4L4MA 1F7BA 2ZZ2A 3IGUA 3P7YA 4Z1BA 2QAPA 3QC3A 5K2ZA 2A6NA 3M5YA 4NNCA 1LLWA 1Q45A 3ZR4A 2ZBTA 2LLEA 1GYLA 4FEZA 3P8IA 3I6RA 4A2SA 3PC0A 4JTSA 3L5MA 2J9XA 3P84A 1O4UA 3KX6A 5EL1A 1DJNA 1XC4A 3NO5A 5HWMA 2ZTKA 2PCQA 1IIGA 1TV8A 4JEQA 5DY2A 2ZRUA 1F73A 1VJIA 2QCEA 2V81A 3NZRA 1L6YA 1H7OA 2FPTA 2V2HA 3G1DA 3S5YA 4M7SA 1AL8A 3PM6A 3LRKA 1UBSA 1H61A 1ME8A 1YTKA 3ZFHA 3GVGA 3BGGA 4YWIA 1B4EA 5IM51 4MUZA 2GQ9A 3G3MA 3MHFA 2ATMA 5D09A 1P1XA 4FXRA 1OF8A 1WDWA 3M47A 4AH7A 1YTDA 4CQ8A 4XBKA 4JYDA 1WA3A 4UFJA 2YPIA 3C8FA 4X2RA 3WK3A 1FCQA 1G4SA 3M0ZA 4J9JA 3IIPA 1LRNA 1LBMA 3TMQA 4OHQA 4BK9A 4OU1A 2PRMA 3TW6A 1OG0A 1KFCA 3W7DA 3GR8A 3W7PA 4GUJA 2J27A 5FF2A 3LHWA 1KTBA 3MBDA 2QCMA 3IV3A 4IMEA 3M1ZA 1K7FA 3TJXA 3UPWA 3JR2A 4G1KA 3W7EA 3LLFA 2YXGA 4M6QA 3K30A 2F84A 4K7VA 5K7JA 1GVFA 2FQIA 3W85A 2GPTA 2ZRZA 2IQTA 3U8GA 1TPB1 3B4UA 5LNUA 1TTIA 4FX8A 1IXPA 2GVGA 3MI3A 2A1YA 2G96A 4WD0A 1I45A 4MVAA 1YDVA 1QNVA 1Z41A 3FYOA 3O6DA 5D02A 4R7JA 2CLOA 4BFAA 1LOQA 1N7KA 2V2CA 1FDYA 3LCLA 4O1DA 5KINA 4Q32A 2JGYA 2XFWA 1FQ0A 4FIQA 2X1UA 5K3VA 3W7JA 3TH6A 4JYEA 4KFPA 3B0UX 2FB3A 4KWVA 4HSNA 3F4NA 1T0OA 3W2MA 4NQ1A 3UWVA 2E68A 2Y7GA 3TROA 2A7RA 5AC7A 1DV7A 3E12A 3QEZA 4JTJA 3R8RA 3FFSA 3CEPA 3BG9A 1WQ5A 1K8ZA 2XN2A 3SSJA 2Y61A 1OX6A 3U6WA 3STFA 1XI3A 2ZZ5A 4XWUA 1UCWA 1BWKA 3GDRA 1EB3A 4EWND 4WXYA 1VHNA 4NJIA 4LC8A 5TIMA 2RDTA 1SFLA 3Q37A 3L9CA 2DZTA 3LB0A 3NQDA 2ZA3A 1HFBA 1GQNA 4EF9A 4S2CA 4UFMA 4OGZA 3C56A 3DKJA 2DJXA 3LI1A 4LW7A 2HS6A 3C3NA 1LDCA 1S5WA 2HSAA 5LNSA 1XDLA 3ATYA 4RR4A 3A9IA 4M7TA 4CNNA 2NUXA 2WSYA 4LU0A 1GVQA 3LHZA 1GJPA 3LXBA 4M5PA 3EB2A 2EPHA 5K4ZA 3W2LA 1H1ZA 3W88A 4A21A 3W71A 1WXJA 4HT3A 2NWRA 1DBTA 4CCEA 3E49A 4ZMGA 1NEYA 1YPFA 2WKJA 1U5JA 4PFMA 4PTNA 3IIXA 5HINA 1EPXA 1TREA 4PH6A 3C2FA 2ZRYA 4X22A 3IGSA 8TIMA 3R89A 2QDHA 1SUXA 1FXPA 2V5BA 5KZEA 3PS7A 2QCNA 4JTEA 1JCYA 2I1OA 2E1DA 3E9AA 3WJXA 2Y85A 3EWYA 3M5ZA 1LRQA 1S5VA 2FPYA 4E2BA 3W2UA 2C13A 4MZYA 3SW6A 3HPXA 4JTGA 1OK4A 3C2VA 3GDTA 2ZCGA 1QPNA 3STEA 4ADUA 3KAOA 2C6QA 1ZFJA 1A5AA 1LP6A 1OFAA 1VRDA 3N34A 1KLYA 3W7CA 1PL9A 3MJYA 3W1MA 3OBKA 4NJGA 1RD5A 1D3GA 2ZDRA 1VCGA 4FHAA 3SY5A 4AHOA 4E0CA 2NUYA 1HUVA 2AAMA 3EWXA 2ZQ0A 3P60A 1PHWA 1RVGA 4UFIA 2PC4A 2V30A 4RJEA 4ZL1A 4O4VA 4EVZA 2CLMA 2DZUA 1DQWA 1F6KA 1F74A 5CZJA 4YLWA 3LRLA 1QPOA 4IPIA 1EA0A 2YGYA 3NR0A 2ALDA 5I3JA 1ALDA 3DENA 3SIZA 3KXQA 4BWLA 3GAYA 2G97A 1AG1O 1ZCOA 4JGDA 1OFPA 3Q2DA 3MBFA 1G4TA 4ZVJA 2QUVA 3LTYA 3THAA 5G1TA 4O19A 3S8HA 1TJPA 5LZLA 1W37A 5CPOA 4WQ6A 5E93A 1KW1A 2O7SA 4I7VA 2B4GA 5F4XA 3FYPA 4UTUA 1FY6A 1JULA 3CTLA 3Q58A 5D32A 1VH7A 3HGOA 1YDOA 2GQAA 4FNRA 2QCCA 1B3OA 1ICSA 3S5ZA 1XBXA 3EWWA 4JX6A 2C14A 3G3DA 1ZJIA 3O6CA 3QM3A 4MY8A 1MEHA 3DI1A 3TXVA 1BTMA 2EGZA 3MWAA 3TJLA 2ZZ3A 1IXOA 4GUFA 1GOXA 1MO0A 4CQAA 5LGXA 1X8FA 4NNAA 5K9CA 3M44A 1C29A 3HGJA 3UQNA 1VYPX 5K4XA 2DZWA 2WSRA 4ALDA 2YZRA 2QR6A 2VOMA 1LYXA 5U7SA 3O07A 2E5CA 2ZZ7A 1EP1A 4UTWA 4WX2A 1WBHA 3INPA 3PBYA 3PUDA 3HO8A 4MJZA 1M7PA 1X1OA 4IMGA 2QF7A 3S1XA 3NQMA 5DY3A 1TJRA 4HNVA 3PR2A 5AHFA 2JGQA 1KBJA 3W6YA 2A21A 3LCFA 3NOEA 4UTLA 5BRBA 1XL9A 4FNSA 4IUOA 4PODA 3TNOA 4FO4A 3LOTA 4NJJA 2C15A 4LS2A 2BWGA 3QYQA 3NG3A 1JCJA 3MHUA 1PV8A 3I7SA 5AHMA 1P4CA 4QM1A 1G67A 2X1TA 3EX1A 2E6YA 1MZHA 3W07A 4WOZA 2QCLA 5I3KA 1ZAJA 1NFBA 1EUNA 3B05A 4N9CA 1ZHAA 2FTPA 5KSWA 2TRSA 3TE9A 3LXCA 3UY7A 1LTDA 3HPSA 1BKSA 5AYYA 4CLMA 3VKJA 2W0UA 3IIOA 2VENA 3ELFA 4IWWA 4KKXA 1LROA 5D04C 2Q8LA 1RV8A 1G4EA 1XFBA 4ZZ9A 3MI6A 3LDVA 4K7YA 1WYIA 2TSYA 4RCXA 1YADA 1GTHA 1UB3A 2PURA 3QFEA 5FF0A 1KM4A 3BW2A 2H6RA 4MOZA 3F03K 4UTWC 2QCDB 1JQVA 2TYSA 1TCDA 3LM7A 1JCNA 2KZHA 4NJHA 2FDSA 3P81A 4KFOA 3LTSA 1QPRA 2QKFA 1KFEA 3NQEA 3S1WA 1W5MA 3DHDA 4JXCA 1XUUA 2ATSA 3BG5A 1M5WA 3B06A 1QMLA 2FFCA 4TU1A 1KM5A 2H8XA 3W23A 3BLFA 1Z44A 1HG3A 3W1AA 3QRHA 3A23A 1PCKA 5J5DA 3BK0A 1QO5A 1VLWA 2A85A 3PUOA 4OV4A 1HTIA 3M9YA 2ZA2A 4FNUA 3W84A 4QNWA 1MSSA 4IMFA 3UPBA 4CCCA 1ADOA 3W22A 2X30A 3DFOA 1AMKA 1VQTA 3KVMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QUM A;  1JVN A;  3THQ A;  4JHM A;  4IP4 A;  1IGS A;  1TVN A;  4Q4Q A;  3E0F A;  4LXF A;  4C5Z A;  4I6V A;  1EFZ A;  5FEW A;  1EP2 A;  4D6E A;  1JDD A;  4QS5 A;  3TQK A;  3ANV A;  1Q65 A;  4J3V A;  2Q6Z A;  4IJB A;  2VZO A;  4S3J A;  1NTH A;  3BZG A;  3WF0 A;  2FVK A;  1X38 A;  1E5N A;  1D9E A;  2WJZ A;  1DL3 A;  4PEK A;  3B9N A;  3LLD A;  3QGV A;  3M07 A;  2GJR A;  3GG8 A;  3R0D A;  2OYL A;  2VR4 A;  3KL3 A;  4XK2 A;  4DYJ A;  3MZN A;  3W29 A;  4PTX A;  3RO8 A;  3SEP A;  1GQJ A;  1ODU A;  3WDR A;  5G1M A;  5LIX X;  2D69 A;  4KGJ A;  2PPG A;  2WJE A;  1KD0 A;  4S39 A;  2B31 A;  3EWU A;  1SFS A;  1PX8 A;  3EBV A;  4M3P A;  1Q3N A;  4FLR A;  1I0D A;  1P0N A;  3W7I A;  3ARZ A;  2B7Q A;  2YR1 A;  3BOL A;  4J3X A;  4UMA A;  5A8Q A;  2CPU A;  3NEV A;  4PUD A;  1CX9 A;  4EIV A;  3FDK A;  1UH3 A;  3GH7 A;  3WQP A;  4CVU A;  4P7R A;  1X6U A;  3R13 A;  1H11 A;  4U3A A;  4IJR A;  4JBR A;  3NPV A;  3S9Y A;  1FUY A;  3H4W A;  3NQ7 A;  1OFR A;  1DJY A;  3M0V A;  5FL0 A;  5DML A;  3MU7 A;  3QV9 A;  5JU6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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