4MMMA

Human pdrx5 complex with a ligand bp7
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 48
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4mmmA00
1FOVA 1XPVA 1KNGA 3IV4A 1MDIA 3ERGA 4JR4A 20GSA 4BPYA 4PNGA 3CSIA 1GUKA 2XHFA 14GSA 2IMDA 3KP8A 4GQFA 2C0FA 1TOFA 2F9SA 3ZVJA 4L0WA 4MJCA 3KM6A 1V40A 2AUVA 1GTBA 2YNXA 3M8NA 2M46A 1XWKA 2V41A 3E0UA 3F3RA 3IDVA 1F3BA 1VF1A 5A5KA 2B7JA 1SKRB 3UEMA 2CAIA 4N0VA 5IO0A 1Q4JA 3TKSC 3H8QA 2VL3A 5C00A 2CA8A 3QAVA 3KTBA 1TRUA 2CX3A 3GL5A 2PERA 3UMAA 3MWHA 4POKA 1T00A 2LTKA 2PVQA 4XS1A 2HSYA 3PH9A 3UOMA 1GP1A 1PRXA 3TB2A 5ECNB 4ZB8A 2A4VA 2EIQA 1AUCA 2O8VB 4Q5QA 1TI1A 2MZCA 1PKWA 1THXA 3GL3A 3F9UA 4K7NA 4L8EA 1TDIA 1B9XC 3IHQA 2F8AA 1H75A 3ZMLA 1ST9A 3H79A 1PKZA 1SENA 3A2XA 1JZRA 1WOUA 3FZAA 4KGIA 4IN0A 4HOJA 1EGOA 2O85A 4EXJA 1A0RP 5IIZA 2FNOA 3GKNA 1YZXA 3D21A 3DKSA 1YEXA 4LL1B 1TI3A 3HY2A 3BD2A 1WP0A 4WBJA 3EVIA 4MF7A 3VPQA 1SYXA 2AB6A 5CRDA 2P5RA 2HXKA 3I69A 3NIVA 1VRSD 4PXOA 6GSYA 3C71A 2AYTA 4QQ7A 1AQWA 5IM9A 5DDLA 4BA7A 4NMUA 1Z6NA 3IPZA 1ZMAA 1EOGA 3RHCA 3GKXA 3VI7A 2R3XA 4BWSA 3L9SA 3L9UA 2LQQA 2AHEA 2R5GA 4DEJA 1GSEA 3VURA 5GZZB 3ERFA 3E3EA 1DE2A 4LLRA 3GTUB 1ACVA 4MP4A 3ZYWA 1K0AA 2LV3A 4TN8A 4OCFA 2OE3A 3WD6A 1FO5A 1SKSB 4F82A 2C3TA 2WULA 1PSQA 3GRXA 3IA1A 17GSA 1ZOFA 1XWAA 2B1KA 4HI7A 2IPAA 1NM3A 2V2GA 3P90A 5G1LA 2GSSA 2IWTA 1HNBA 4POMA 4Q5NA 4PQ1A 3S9FA 1G6WA 2FUG2 3IOSA 1CQGA 3I43A 5G2ZA 2YWOA 1GNWA 4ECJA 3GH9A 4EE0A 3ISOA 4RI6A 2JZRA 2DJJA 2VUPA 4PGTA 1WE0A 4QL9A 4HQSA 2XBQA 4MPFA 3I9V2 5D9WA 4ZBAA 3ME8A 1YKAA 2H6XA 1XW9A 1IYHA 1R5AA 2FWHA 4PQIA 2F8FA 4WXTA 4KW6A 1ZYQB 3IC4A 3IXRA 5HFIA 4IJIA 1MDJA 4EO3A 18GSA 4IQ1A 3UVHA 2I4AA 2GZYA 1JLWA 2KUCA 4GSNA 5CYYA 3G7IA 1O81A 4K7OA 1EV4A 22GSA 2NBSA 2VL9A 1OE7A 4KCAA 1U88A 2WZ9A 1SD8A 6GSXA 4KSMA 3UJ1A 4IELA 4F0CA 3LQ7A 1N8JA 1PD21 4NV2A 1HNAA 4MF5A 2X8CA 1TRSA 2JSZA 3VWVA 1GTIA 2GT6A 2B3SA 3EINA 3LORA 4KDXA 8GSSA 3Q18A 4AJ7A 1BQ7A 2OE0A 16GSA 1MEKA 1O6JA 5FT3A 4BVXA 1KEBA 3TDGA 1Z3EA 4OFMA 11GSA 2IMEA 2P0GA 3HZ8A 1FVKA 4MCUA 5GAPD 5CRGA 4IHUA 5KN0A 4J2FA 3CTFA 4X1UA 2BJXA 2LQOA 2XBIA 2JSYA 5H5RA 3UL3A 1C72A 2X8HA 2HSHA 4WR5A 2HRFA 4WETA 5ECSA 1R5PA 1AQXA 1URMA 4DSSB 1WIKA 3HVXA 3KGKA 4TR1A 3I6AA 1A23A 1W89A 3P2AA 5JWRB 1I5GA 1X9WB 1ML6A 3QOUA 5G31A 5G30A 5J9CA 3P7XA 2MBSA 2HT9A 2L4CA 1A24A 2FA4A 3HVSA 3GKKA 3M9JA 1SU9A 2E0QA 4POLA 4HS1A 2QGVA 4V2NA 3TOUA 1M0UA 5AIVA 4EVMA 4KAEA 1Z6MA 5CAXA 1Z7RA 2NVLA 4K8MA 1QMVA 1V58A 1LJRA 4MJAA 5HR0A 2H1DA 2DSAA 1M7TA 4IS0A 3IAS2 3HA9A 5ABRA 5L71A 2YWMA 1KBNA 3CTGA 1TK0B 3FR6A 1X9SB 2LRTA 1YDKA 1BX9A 3BOAA 3HJMA 4HZ2A 5DQSA 2H6ZA 2YWIA 3F3QA 1TKDB 2IJYA 1X9MB 1GH2A 2E2GA 4MPGA 4Q5FA 3LGCA 2V32A 2FLSA 1G0TA 3QDNA 4OO4A 3OR5A 3M3MA 4MH3A 2WS2A 5F05A 3U5RE 5H5QA 3VWUA 4ECBA 2OACA 5IPHA 1OKTA 5IQYA 6GSTA 1GWCA 1AC1A 2ZNMA 3GX0A 5GAND 2JL4A 4IP1A 3F63A 4JZQA 4IVFA 3ZFLA 3DWVA 2H19A 1TXXA 5EPFA 5INYA 4RUVA 5A4VA 1K0NA 1K0CA 4J56E 3M9KA 1X5CA 4V1Ap 2ZCTA 2MBTA 5E4WA 3GSSA 2HI7A 2A2RA 3HCZA 1K3LA 5A4UA 3GHAA 1O8WA 2EIOA 3C8EA 4EL1A 5JCGA 1XWBA 4HUAA 4TOPA 4CW9A 2KHPA 2N5FA 2LRNA 2HZEA 5COHA 2IMKA 4V1Ag 2C1YA 5CREA 4H86A 1OC9A 1M2BA 4FIWA 2VCTA 2WCIA 3TJGA 4AGSA 3A5WA 5HR2A 4OD7A 1SJIA 1AW9A 2H66A 2B6MA 4OWYA 2FA8A 3MDKA 2VLVA 1X5DA 1NHOA 2H1BA 5F0GA 1G7EA 3RAZA 5DJMA 4HU7A 2H0IA 5DCHA 5ELAA 4K2DA 3F0IA 1DUGA 4HEA2 1TRVA 2LJRA 3M1GA 5DCGA 3HJOA 2B5YA 4TR0A 5ECRB 4TXOB 5D9TA 3TRXA 4F03A 3L4NA 3BBYA 3FRCA 2H75A 2L6CA 1M2DA 4O92A 4JU5A 5IMFA 2L4QA 2MMNA 3ZIVA 4J57E 2FGXA 2AAWA 4XRDA 1H4OA 4XS4A 1OC8A 3HYPA 3VPTA 5KEJA 1I9DA 3FZ4A 1EZKA 1ABAA 4KX4A 3TJFA 3DVWA 4KSOA 4F9ZA 6GSUA 1RK4A 1U6TA 5H5SA 4N10A 3CMIA 1EWXA 3KMOA 4O32A 2WB9A 4IBPA 2J9HA 3Q19A 2GGTA 2YN1A 2CZ2A 1HYUA 4GSSA 4G10A 1XW6A 2LJKA 3P8WA 4ZL7A 4XRAA 4ZXGA 4ID0A 2OKAA 4MF6A 2CAQA 4N11A 1AQVA 1USBA 4MJBA 1X5EA 4Z7XA 3N5OA 1AAZA 2DBCA 3HXSA 2CT6A 2PWJA 2QSIA 2PU9C 2WRTA 6GSVA 5J4UA 3CRUA 2VCZA 2M80A 2V6OA 4ZILA 1EP8A 2YOIA 1Z5YE 3D4TA 1M9AA 1YF1A 2IFQB 1A2MA 4FYCA 1YJ6A 4I8BA 1PA3A 3QD9A 1UN2A 1ZGNA 2GQMA 2GT5A 5LCZA 3US3A 3DD3A 1B48A 1PGTA 2M72A 4HDEA 3E9JB 1XWCA 3RHBA 3F8UA 4YQVA 3WT2A 4L5OA 2JU5A 2NTOA 2R6KA 2VLUA 2MMZA 1S3DA 5AGYA 2VL2A 4KUNA 1O85A 3TJJA 2KLXA 4ECCA 2PVOC 1UA5A 4EDZA 1QGVA 4K0NA 4ZIJA 1THOA 2H73A 5HR1A 2B5XA 3W6GA 1XVWA 3JCML 4KDUA 3H1NA 3IRAA 1EEMA 3HKRA 2MYGA 1TRWA 1B4QA 3F6DA 5IMVA 2L59A 4IGJA 4DSQA 2VLTA 3LSZA 1WWJA 1GLQA 1AIUA 4MZWA 4HJMA 1JFUA 2VM1A 4YQUA 5IMDA 1FAAA 2H0GA 3EYTA 3QMXA 3IAM2 2XC2A 2LNTA 2CQ9A 3CBUA 3LYPA 3UBKA 4JRRA 3GMFA 4I2TA 2V1MA 4ULXA 2HZFA 1TK8B 1YY7A 2K9FA 3QAWA 3KP9A 4MLYA 4JEDA 5C04A 4MH2A 3Q6OA 4POBA 2NPBA 4NXIA 3U6VA 2FWGA 1T1VA 3D0ZA 1DSBA 3FW2A 4ACSA 3EURA 4OMVA 3A2WA 3KIJA 4RQRA 2ES7A 2G2QA 3TKQA 2LUSA 2LRCA 5AISA 5HR3A 2HYXA 4MABA 1T3BA 1QUWA 2WGRA 2PMTA 2ON5A 1TJDA 2A2SA 3IK9A 3EMPA 2WJUA 2I9HA 3HDCA 3FR3A 5G5EA 2NDOA 4YQMA 2H76A 1T4ZA 3G7YA 4HZ4A 1QK8A 1EP7A 1K0OA 1F3AA 4WR4A 3GTUA 2K6VA 1U3AA 5CRWA 1TK5B 4EKZA 1E2YA 2KP2A 3LFLA 4KCEA 2CX4A 2X8GA 1XBSA 4MJEA 4K0GA 3AY8A 1MD3A 1SYRA 2K18A 4MK3A 4JR6A 1ZL9A 4G19A 4D73B 1OE8A 5ELGA 5J5NA 1SKWB 1V9WA 4ZL8A 3J7Yk 4MZCA 1PX7A 3GURA 5DVBA 4CHSA 3H4KA 2VD1A 1YEPA 5ECIB 2JADA 2L5LA 3EWLA 1GTUA 2X99A 2L57A 1JZOA 4GXZA 4V2LA 5F06A 5CO3A 3BCKA 4FYUA 1GLPA 5IO2A 4TW5A 1FW1A 3UBLA 4WKWA 3V1WA 4OFTA 4NAXA 3DIEA 4E8EA 1ZCPA 5F07A 3TJBA 2VCQA 1O7UA 3F4SA 2F51A 2DIYA 3FZ5A 3F4RA 4JBBA 5LNKe 4GCIA 4N0ZA 3LEFA 1E6BA 1ERTA 2IN3A 3HVVA 1T4YA 2HLSA 4K9ZA 1XIYA 3O76A 3LJRA 3RPPA 2K8VA 1XZOA 1Z7PA 3KH9A 3ZTLA 1TTZA 1GSDA 1GSYA 5DAKA 3FY7A 3NZNA 1PN9A 3GN3A 3KD0A 2YCDA 4QL7A 3A2VA 4GF0A 4F2IA 1M9BA 1MD4A 2RLIA 3HZ4A 1SK2A 2IIYA 4OO5A 1SK1A 1TU7A 4IQAA 5A4WA 1NW2A 1XOBA 3UARA 2C0GA 3D22A 5HFKA 1EGRA 1JZWA 3C1SA 2IMIA 1UVZA 4KA0A 3EU4A 4EC0A 1OVNA 3EMXA 1GTAA 3IE3A 1ILOA 1ON4A 1R7HA 2H01A 4I2UA 4AJ6A 3QFAC 1SK0A 1OC3A 4L5LA 4FO5A 3LXTA 2FCHA 1SJZA 2YV9A 4GWRA 3FKFA 1GRXA 1K0DA 3G9BA 1GSSA 2O7KA 2VOCA 3GNJA 2ON7A 3ZFBA 2VCVA 4DVCA 1O8XA 4MZBA 1A2LA 3ZVJD 2YZUA 1B8XA 2HNLA 1ZYEA 4TR3A 2F3MA 1V98A 1FG4A 1F37A 3HHVA 1MTCA 2GTUA 4WF4A 2ZUPA 10GSA 4LL4B 2DC5A 1U87A 4HU9A 4XIHA 1GSQA 3G7JA 1B9YC 3MAKA 3VWXA 3WYWA 1HQOA 3QAGA 1BEDA 3BCIA 1MDKA 1DBYA 2HRNA 2G0FA 3GFKA 5KN2A 4I97A 2EC4A 1JHBA 2KOKA 4RI7A 1ERVA 3MNGA 3TKSE 2VO4A 2MMOA 3Q74A 7GSSA 2ALBA 2VD0A 5EVOA 4NHZA 2PN8A 2GSRA 3DEXA 1EEJA 2D2ZA 1UC7A 4Q5RA 4ISDA 2K8SA 1VF2A 1GSFA 1ZZYA 5CP1A 5D9XA 1PMTA 3KZQA 4WF5A 1PL2A 5B8BA 1XCCA 1XOAA 2YZHA 1OYJA 1ERUA 2Z9SA 5AN1A 5ECLB 12GSA 5ECOB 3VI5A 4ZB9A 3F4TA 5LD0A 5D93A 5FHIA 1XXUA 4P3YB 5HFGA 4AJ8A 3VK9A 2FWFA 4BVYA 2C0EA 4AF2A 1G7OA 3KXOA 2P5QA 2CVKA 3LXZA 2VL2C 2JACA 2PPTA 4X0XA 3ZL5A 3C1RA 1BG5A 3LYKA 5CNWA 2L6DA 3UVTA 4GTUA 1FB0A 1LBKA 2WFCA 4ECIA 2H74A 3EC3A 1J08A 3UIWA 4EF0A 2GS3A 1G6YA 3D6IA 3ZITA 2H8LA 2KP1A 5ID2A 1Z9HA 1ERWA 3QFBC 1VF4A 4ZBDA 2C8UA 4L0UA 2FY6A 5DBQA 5IOWA 2I81A 3APOA 3GUSA 2QKEA 2GZPA 2IMFA 1HD2A 5DALA 5ENUA 4ZBBA 3DVXA 3GIXA 6GSSA 4JE1A 3F6FA 2R2JA 5ECPB 2I3YA 3O6TA 2LNSA 1U3IA 3BJ5A 3TRPA 4G9HA 4I6XA 4TR4A 1IYIA 1F6MC 4K7IA 4BL7A 2LKUA 2XPEA 5B6NA 2XPDA 4K1FA 4TXOA 5IMCA 2MMAA 3VWWA 4TRXA 3ZRDA 4X43A 1RW1A 2OA7A 2YJHA 3C73A 4IJ3A 1Y6EA 4XTSA 3TCOA 2RIIA 1O73A 1YKCA 4LA1A 1VF3A 3L9VA 4NHWA 3PR8A 5D8IA 5JWOB 5D9VA 3WGXA 4PURA 1JLVA 3IR4A 4KE3A 3C7MA 1R4WA 3TGZA 2GLRA 2DJ3A 5KN3A 1M99A 4XHMA 4V2MA 1SJ6A 5E59A 5EL8A 1XW5A 2PBJA 1NSWA 2CV4A 3ZZXA 1X0RA 5JCUA 3KJYA 4TKYA 4WBRD 1LU4A 1SL1B 3KMNA 1YF0A 4E8HA 4GQCA 3L0HA 2P31A 3APQA 5IMZA 2LJAA 1GUHA 1GUMA 1V2AA 2FHEA 5GSSA 2B5EA 2HFDA 2JZSA 3NOFA 4HQZA 1A8LA 2DLXA 4HJ2A 4O7HA 2RUEA 3CSHA 1BJXA 4EUYA 2DJKA 1XFLA 3DXBA 4KNDA 2J23A 1Y25A 2VM2A 1JZDA 1SD9A 2IFQA 3ZMKA 2PUKC 2L5OA 1XVQA 1V57A 4LMVA 2GSQA 3H93A 4TXVA 1WRYA 3M0FA 3HD5A 3QPMA 3FR9A 1OAZA 3RPNA 4DSRA 1OKDA 3TKSA 1TU8A 3TKPA 3CXGA 4FYBA 9GSSA 2C3NA 4PQHA 4NWYA 5KN1A 3L78A 4PNFA 1K0BA 1RQMA 1K3OA 5F8BA 3APSA 2CZ3A 2GZZA 3FHKA 3GV1A 1GNEA 1DE1A 3GYKA 3ZLPA 2GSTA 4N30A 3CYNA 3MSZA 1PQNA 2TRCP 5J41A 4MMMA 4GRFA 2EIRA 1BYEA 3VFIA 1WMJA 2N5AA 4OFNA 1CQHA 3SBCA 2YP6A 5B8AA 3GSTA 1K0MA 3UAPA 3EE2A 5AIXA 4XS6A 1QXHA 3PGTA 3TOTA 2LEGA 1W4VA 6GSWA 3FK8A 2H70A 4IW9A 5ECMB 3R2QA 2BMXA 2GVPA 2GQLA 3SWLA 4NV5A 4ML6A 4TR1B 2C0DA 5IOXA 2H0HA 2R37A 2LSTA 3D4MA 1BAYA 5DAKB 1FB6A 2IL3A 2PGTA 2RUFA 2H1GA 5EY6A 1F9MA 2H72A 1R26A 4KDYA 3TJKA 2RM6A 5CRHA 2H1AA 5JCWA 1PX6A 2VCWA 3WGEA 3CSJA 1KTEA 2YWNA 2DMLA 2H30A 3EU3A 1TP9A 4FH8A 3K8NA 4KB3A 3W8SA 2JZTA 3DYRA 4BWQA 4F0BA 5B6MA 2DJ0A 1J9BA 2N5BA 3QCPA 3GKMA 2VCXA 4ILFA 3VLNA 3LG6A 2O87A 2C4JA 3D5JA 3WGDA 1XWGA 4O5RA 2TRXA 3TKRA 5FWGA 1M2AA 2TIRA 4GSTA 1T7PB 4EDYA 2AJQB 4D73A 3IK7A 2FD3A 1GSUA 2AV4A 2QC7A 1A0FA 1N2AA 2YPMA 4I5QA 2H6YA 2YV7A 3ME7A 5GSTA 3KH7A 4LMWA 5IMAA 3IBHA 1K3YA 1GL8A 1T8EB 5J3RA 4K6XA 3FYGA 1Q98A 4IP6A 4ZB6A 1FVJA 1J0FA 1B4PA 5JWQB 2OE1A 2X64A 2HZEB 1OC9B 2BTOT 5HQPA 2B1LA 4ZL9A 4KH7A 4DSSA 5D96A 3FZ9A 4OCEA 2OBIA 2H71A 2FWEA 3ED3A 2RM5A 3DGQA 2VIMA 1S3AA 3TUEA 3TRQA 2HE3A 3DMLA 4XCSA 3GA4A 3RDWA 1QFNA 2I1UA 4IKHA 5J9BA 1HNCA 1FHEA 2C3QA 3W8JA 4G2EA 5ECQB 4ML1A 2YJ7A 3KTLA 1A2JA 4PUAA 2GQKA 2E2MA 1NHYA 4TVEA 3A3TA 2DMMA 19GSA 2R4VA 2GDRA 2CVDA 1GULA 3ZREA 1SL0B 2V6KA 3WT1A 4YAPA 4MDCA 5D73A 5ECHB 2C80A 2OADA 5ID2B 2E7PA 3N9JA 4XS4B 3ERWA 4MA9A 1S3CA 5ECKB 1EOHA 4YH2A 2LS5A 1TW9A 3QR6A 1YQ1A 2O89A 4PX1A 2DJ1A 3GH6A 4CDOA 13GSA 3KCMA 3O3TA 3ZIJA 5DALB 2OBKA 3GX8A 4GLTA 4RQXA 3DRNA 3CRTA 1EV9A 4YAVA 2B7KA 5G1KA 4PUFC 4WEYA 2DIZA 2YANA 3PINA 5IPGA 1AXDA 1VGLA 3KEBA 1PL1A 2OJLA 3RBTA 2DJ2A 5B7CA 1A8YA 2CVBA 4NPBA 2VAFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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