4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule tags Viral protein
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
2GBZA 4B9LA 1HQUA 2D0AA 1MU2A 4XIUA 3TAGA 2G8UA 2Y1IA 4OKKA 4BE1A 2E6MA 1TGOA 4CJEA 1QHTA 3OYNA 4HUFA 1WSFA 4C8KA 2HNZA 4KTQA 4DTJA 4DS5A 3ZSVA 2YHAA 1VSKA 4C8NA 4DWIA 1KCFA 2IDOA 1U48A 3SQ1A 3I8DA 3HP6A 4LY7A 4DSEA 1X9MA 1C1BA 1I39A 1IKWA 5KRSA 2F8TA 4CJVA 2G8FA 4QAGA 3DOKA 3K57A 1FXXA 4E1MA 5T7BA 4ZTFA 1T7PA 3T3FA 3V9SA 3QEXA 3TAQA 1WN7A 2F96A 3NHGA 2ETJA 3HPOA 4CEFA 1XI1A 1Q9XA 4CE9A 3HM9A 3S3OA 4CCHA 2Z1JA 1L5UA 4FZZA 3NBPA 3HPHA 4CK3A 3DRPA 4HTUA 4DSJA 4E0DA 1KFSA 3LAKA 5HROA 5HRPA 4FLWA 3VQDA 3K2PA 1HYVA 1TAQA 5C25A 3OYBA 3OVNA 3KK1A 3AVFA 3AVMA 3SUQA 3SNNA 1BGXT 3OYIA 4FZXC 1W0HA 4FLXA 4M41A 1JLGA 3SQ4A 3M8RA 4E7HA 5HP1A 4LSNA 5DMRA 4CHPA 4CFDA 5CZ1A 4FJIA 3PY8A 1F21A 4BDYA 1RBUA 3SV4A 3NH0A 3ZT3A 4E1NA 1BIUA 1ASWA 5KI6A 5J2MA 4J2EA 4I2QA 1SL0A 4YFUA 3DLBA 1YTUA 1JXEA 1RT4A 3ALYA 3DOLA 3RTVA 5J2NA 3DLGA 4Q0BA 2HW3A 2OZSA 1LW2A 1GOAA 4O0JA 3I0RA 4DLGA 1QSLA 3VQ6A 4Z4FA 2OPSA 1SL1A 3AVNA 5FRNA 3B6OA 4B9SA 1X9WA 1KTQA 1UA1A 2FBYA 3LZIA 1KSPA 3NH2A 1BHLA 4FLVA 2PY5A 5KGXA 2Z1HA 2B6AA 2YKNA 3RMBA 4RG8A 4GMJB 3DRSA 4Y1DA 1ZBUA 1SKWA 4DTSA 1RILA 1GOCA 2RKIA 4FM2A 2DY4A 3L8BA 3OYKA 4CJPA 3VA3A 3HVRA 3AVHA 3ISNC 3IAYA 4FW2A 1HJRA 3L2WA 1A5WA 1D9DA 3SV3A 4M3WA 4CGFA 4CERA 4CHOA 3PV8A 3CM6A 4IFVA 4O5BA 3OS1A 2HHSA 3MECA 1YT3A 3OYGA 1BI4B 5FROA 4CGGA 4IKFA 4PWDA 4F3OA 1S1XA 2WOMA 3OYEA 1S5JA 1J5OA 3NF6A 3DLHA 5JS1A 3CYMA 2KZMA 5KTQA 1XHZA 3WNHA 3O3GA 3KD1E 1RDBA 4CF2A 1BQMA 2YNGA 4I9QA 2Z1IA 3ZSRA 3MXMA 1SL2A 2HHXA 2BDPA 3C6UA 3QNNA 1EETA 1RT1A 4OGCA 2OPQA 1NJXA 1KLMA 3K5OA 1QTMA 2G8HA 3TR8A 1LAWA 2WONA 4RW9A 4QCLA 1HNVA 1Y97A 3QESA 4FJMA 1HRHA 4PA1A 3IS9A 1RNHA 3P5JA 1S1TA 3E01A 4AHSA 3MXJA 1NKCA 1BCOA 4O4GA 1DTTA 3ZT2A 4AHVA 1LAVA 1RT2A 3M8QA 3KKSA 4O44A 3OYAA 3LDSA 3UIQA 1WSHA 3ZSQA 3ASMA 3VQBA 2O4IA 2XY5A 3OYDA 2OPRA 4HUGA 1RTJA 2G8VA 1TAUA 4FYDA 1LWCA 3TWHA 1I3AA 1WSJA 3QINA 3AVAA 5EU7A 2G8WA 1L3TA 4DQIA 3AVBA 4KI6A 3V81A 3NGIA 2D5RA 1NK9A 4DQQA 1FK9A 1BCMA 4YNQA 2BANA 4CGIA 2RN2A 1BIZA 2DFEA 3H08A 4NCGA 3T1AA 3LWLA 4EP5A 2PYLA 5CY4A 4ELVA 2YNIA 2A1RA 3VQ9A 2KZZA 4M3UA 4CFAA 4LSLA 4CHNA 5CYQA 5CZ2A 1IH7A 3KD5E 4DSLA 1KFDA 1VSHA 1ZBHA 3V9WA 1D8YA 2YNFA 2KFZA 3PUFA 4CESA 1C0MA 2X6NA 1VSLA 1ZBLA 3VQ5A 4HCBA 1CZ9A 1B92A 4FLUA 3M8SA 4F3TA 4MQ3A 2IC3A 4M3RA 1FKPA 3QEVA 1YVUA 4CJWA 3SUPA 3VQAA 4KO0A 2RF2A 4B8AB 3KJVA 1ITGA 4CFCA 4W5QA 5HRRA 3U3GA 3LP3A 3NF7A 3V1QA 3WNGA 4N41A 1TK8A 1A5VA 4EZ9A 2G8KA 1JLFA 2GV9A 1S1WA 1CXQA 3ZT1A 3RRHA 3AA5X 4FW1A 4FJKA 1VSMA 4CEQA 2QKKA 3K5MA 3NGYA 1L3UA 3OJSA 3BDPA 1VSFA 2F8SA 2LSNA 2YKMA 5KRTA 3AV9A 3WNEA 1RBSA 1A5XA 4LH4A 1JLBA 3V1OA 4ID5A 4W5RA 1S9EA 4DG1A 4F8RA 4J2AA 4F2SA 4DSIA 3BGRA 3QEIA 3M8PA 3AO3A 3T19A 4CEOA 4B9TA 4F2RA 3NF8A 1X1PA 3OYHA 2JGUA 4CEAA 1RT3A 4CJUA 3CQ8A 4DTUA 3KTQA 1RTIA 2HB5A 4FJJA 2W42A 2HHUA 4JS5A 4KHWA 2DFHA 2E4LA 3OS0A 3KLEA 4KTZA 3NE6A 1U4BA 1BL3A 3AO4A 3MEGA 3LP1A 4W5TA 4Z0UA 4CJ3A 4CEDA 1NK6A 4OLBA 1NOYA 4RW6A 3MEEA 2KQ2A 3I0SA 3QLHA 4HHTA 4PY5A 4JLHA 4DFJA 3LALA 3NH1A 5FRMA 4R5PA 5HRNA 1LV5A 1QSYA 4Z4CA 4M3XA 3KLIA 4KHUA 4EP4A 1SUQA 1RT7A 2IOCA 4N5SA 3EZ5A 4M45A 4DTOA 1RDDA 1QS4A 1NJZA 3NDKA 1JLAA 3LZJA 1UAXA 2Z1GA 3C94A 4KB1A 4DS4A 1BQNA 4CJ4A 3VQQA 1BISA 1J53A 4FXDA 3ZSXA 5E41A 2E6LA 2A1SA 3HYFA 3DRRA 3AVCA 4DU1A 4KAZA 3RMAA 1Z25A 3ITHA 3CFRA 4DQRA 4Y1CA 1C6VA 3THVA 1UA0A 1EKEA 4RW8A 4KB0A 3VQCA 3QEPA 4CJLA 2ITGA 2HNYA 3A2FA 4ZTJA 4C8LA 2ZQBA 4I2PA 3DLKA 3PX6A 2FBXA 4FJ5A 4OLAA 5HBMA 3AVLA 5KGWA 3ZCMA 1NJWA 1KVAA 3TI0A 1LW0A 5I3UA 2QXFA 1S1UA 2X6SA 4C8MA 4CJFA 1C0TA 1JL1A 2IAJA 3HSTB 1TL3A 1ASUA 3MXIA 4FM0A 2I5JA 2P5OA 1KRPA 1NK7A 1J54A 4B9VA 2YV0X 1IO2A 4CEBA 4KPYA 2D0CA 3AA3A 4Z4HA 3O4NA 3DYAA 4O55A 2HHVA 3LANA 1C1CA 3L3UA 3LWMA 1T03A 3L2UA 2HMIA 1R0AA 1S1VA 4LH5A 4N47A 4KFBA 3ULDA 4MFBA 3HP9A 4TSXA 4E7LA 4M3ZA 4Z4EA 1JLEA 3HT3A 4OJRA 3C95A 2PYJA 1Z26A 3SUNA 4CF1A 4HVJA 4BDPA 2DTUA 3K58A 4IG0A 4HUEA 4OGEA 2JLEA 1NK8A 4DTPA 4KHSA 1XWLA 4CK1A 1KVBA 1KLNA 2FC0A 5D3GA 2X74A 4O0IA 3G0ZA 3AO2A 3LP0A 4DU3A 4B8CA 3RWUA 4QOZB 4NYNA 3L2RA 1TKXA 4JS4A 4IBNA 3VQEA 3KK3A 2QK9A 1RT5A 3QIPA 3OYMA 3RMDA 3AVKA 4CEZA 4DTMA 1TKZA 2XO7A 2VWKA 1QE1A 4FK2A 1WNSA 3NFAA 3V9XA 3SYZA 4ICLA 1VSEA 4FCYA 2VG7A 4Q5VA 4DTXA 3L3VA 3SJJA 3S3MA 3TAPA 2KTQA 4GVMA 1NKEA 4J2BA 2BGGA 4DQSA 2NUBA 2DFFA 4DFMA 1VK0A 1XHXA 1JL2A 3B6PA 3HXMA 3WNFA 3SCXA 2XY8A 4N56A 3DLEA 3AO5A 3PO4A 4H4OA 4CJRA 3S9HA 3JYTA 1WAJA 4M42A 4OVLA 4EZ6A 1W9HA 1QSSA 4FJHA 4CECA 4K8XA 4CGJA 1IKVA 4KKOA 4FLZA 3TANA 4FK0A 1ASVA 3TAFA 4JRPA 3KLHA 4IFYA 3MEDA 4E89A 4DTNA 4E7KA 2YNHA 1IG9A 4Z4GA 1TV6A 3F9KA 4KRFA 3OJUA 4BACA 2RPIA 1ZBIA 1S6PA 4CGDA 3F73A 3U3YA 2VG5A 2XHBA 1CLQA 4BWJA 3AVJA 5C24A 4FK4A 5CYMA 1VRUA 3HL8A 4FLYA 3SI6A 2OZMA 2YHBA 4CIEA 3VQ8A 3OY9A 3OS2A 4BE0A 1TVRA 3O3HA 4I7FA 4KV8A 3QNOA 4JRQA 1TK0A 4B9MA 3ZSWA 1WSGA 3DMJA 4OPKA 1TKDA 4DSFA 1RT6A 4B9UA 3VQ4A 4CK2A 3JSMA 2HVIA 3PX0A 1D5AA 1DTQA 1UOCA 1UWBA 2P51A 4RW4A 4DQPA 4FJXA 2HHQA 2HNDA 4GW6A 2Q3SA 4CJ5A 1YTAA 5JS2A 1U49A 1TL1A 4FJ9A 3AA2A 4PUOA 3K5LA 3CM5A 4FZYA 2B4JA 2VG6A 2IS3A 4AILC 3L2QA 1B9DA 4ZHRA 3O3FA 4W5OA 1T8EA 4CEEA 3OYJA 2O4GA 4KREA 1ZBFA 5SWMA 3VA0A 1G15A 4G1QA 3RMCA 3AO1A 1NK5A 4E3SA 4NCAA 2KFNA 4FVMA 4W5NA 4B3OA 1U04A 3IG1A 5SZTA 4FM1A 3PO5A 1N5YA 4NCBA 4KI4A 3QEWA 1HPZA 5J2PA 1JKHA 1FKOA 1HYZA 1RTHA 3V6DA 5DK5A 2FBVA 1HYSA 1HQEA 4J2DA 4I9LA 4E19A 3HK2A 2HVHA 1X9SA 4B9NA 3SQ2A 4CF9A 4H8KA 3D45A 3KK2A 1VSDA 4DFPA 1SKRA 4ID1A 3LPUA 4CJSA 4CJKA 1S6QA 4CF8A 1WAFA 1GOBA 3LP2A 2XY7A 1RBTA 3AA4A 3QO9A 3CFOA 5HRSA 2ZE2A 3D0PA 4DSKA 1B9FA 3EYZA 1SV5A 2OPPA 3O4QA 4BWMA 2PZSA 1O1WA 5J1EA 1U45A 3TARA 1EX4A 2GUIA 3C6TA 1L3VA 3U6FA 3VN5A 4FJLA 3K5NA 4E7JA 1U47A 5J2QA 4ELTA 4AHUA 5FDLA 1IKXA 1N6QA 3OYFA 4CHQA 4C8OA 1SKSA 3SZ2A 1BI4A 3ZSZA 1D9FA 4K8ZA 4DF8A 2IGIA 5K14A 3DLRA 1S9GA 4CJTA 3OYLA 3KIOA 1JLCA 1NOZA 3TAMA 1IKYA 3L2VA 1C1AA 3FFIA 1NJYA 4F4KA 2EHGA 4IDKA 4DTRA 3IRXA 4M3TA 3SPYA 3HJFA 3VQPA 3V4IA 4N76A 1TKTA 2X78A 1VRTA 4CFBA 2HHWA 4RW7A 3HVTA 2XY6A 1CXUA 3PX4A 4FJGA 1Q9YA 2AJQA 1XC9A 1RBVA 4KTWA 1LWFA 4BDZA 3V1RA 5HLFA 4B08A 1T05A 4OKEA 4KHQA 4CIGA 1RBRA 1VSIA 5C42A 3KLGA 2OA8A 4DMNA 3RR7A 4KHNA 1ZYQA 1WSIA 1NKBA 3AVGA 3AVIA 4CIFA 2D0BA 3NF9A 4PQUA 3CFPA 2Y1JA 3K59A 1WSEA 4OPJA 3HPGA 3NGZA 3OYCA 3CG7A 1TK5A 3TAEA 4FJNA 3ZT0A 1C0UA 4CHYA 4CGHA 4M3YA 5I42A 2FBTA 1J9AA 2R7YA 1KVCA 1LWEA 4DU4A 2QKBA 3NCIA 1EP4A 3LPTA 3V9ZA 1WLJA 3SPZA 4OKJA 3MAQA 1RTDA 3TABA 2XRIA 3KKRA 3QIOA 4BE2A 1RCHA 1VSJA 2VWJA 3HO1A 3V9UA 1JLQA 3RRGA 2EX3A 4AHTA 4AHCA 2ZD1A 1RDAA 2B5JA 2BE2A 2P1JA 4UQGA 4IG3A 4E7IA 3QERA 2HHTA 1NK4A 4HCCA 4LD0A 3SQ0A 1EXQA 1K6YA 3P1GA 3LAMA 4WE1A 4CF0A 3ZSYA 2KW4A 3NAEA 1REVA 1HMVA 3S3NA 3DI6A 4AH9A 1RDCA 2G8IA 4NYFA 4Z4IA 4FLTA 4L8RB 1Q8IA 4AHRA 4DLEA 4H4MA 4DFKA 4CHZA 3ZSOA 1L3SA 2ATQA 2OYQA 1NK0A 4DF4A 3RR8A 4FJ7A 3P83D 1QQCA 3QETA 2P5GA 3VQ7A 4KHYA 4ELUA 1CZBA 3KLFA 1DLOA 4CJQA 3SUOA 3EY1A 3G10A 3DM2A 3ZT4A 1JXBA 1HNIA 4FJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZKA 2D0AA 4XIUA 1OH7A 4OKKA 3J81O 3OYNA 5TKYA 1WSFA 4JAXA 2E2PA 4C8NA 3RSEA 4BRMA 3SQ1A 3HP6A 4LY7A 1X9MA 4K25A 4FWSA 3MN9A 3DOKA 3ZX3A 5T7BA 3T3FA 3V9SA 5AZJB 1WN7A 1VQMN 3HPOA 3F2KA 4NLBA 4H5TA 3HBTA 2Z1JA 5JMVA 2VQFK 1L5UA 3NBPA 4CK3A 3ZETB 3DRPA 1E4FT 2RE2A 4FSVA 1KFSA 5GAHP 5ADXH 1TAQA 2OCEA 1NGEA 4GV3A 1W0HA 4M41A 3JS6A 4X62K 3SQ4A 5HP1A 4CFDA 2UYTA 4BDYA 3SV4A 5AQVA 2UUCK 1ASWA 1QHAA 5KI6A 3CXCM 4J2EA 1KAYA 1SL0A 1RT4A 3SBTA 3DOLA 3RTVA 4K41A 4Q0BA 4IOXA 4DLGA 1QSLA 4Z4FA 3M3ZA 4CBXA 2KKZA 3ATUA 1YF5L 2W40A 2FBYA 2O8FB 4HTLA 2PY5A 2B6AA 3LL3A 4RG8A 1SKWA 2DY4A 1W7AA 5BN9A 3GOIA 3VA3A 4YORA 1D9DA 4EHTA 4CHOA 3PV8A 3CM6A 3PLAA 3OS1A 3OYGA 4PWDA 4F3OA 1S5JA 1J5OA 3WNHA 4DV1K 1BQMA 2Z1IA 3ZX2A 3ZSRA 2BDPA 2E2OA 4BG9A 3C6UA 1EWQA 1EETA 1RT1A 1HNXK 3MMVA 3KK7A 4RW9A 1Y97A 3P5JA 1RNHA 1S1TA 1BCOA 4O4GA 1DTTA 2NLXA 3ZT2A 5JLHA 1LAVA 3OYAA 3U9DA 2O4IA 2XY5A 2OPRA 3TWHA 2G8WA 4YOUA 1L3TA 4KI6A 3V81A 2VWBA 2ZF5O 1BCMA 3N4QA 2BANA 3H08A 3VQ9A 4M3UA 4CFAA 3OHRA 3V9WA 1D8YA 4C23A 3BF1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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