4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
2GV9A 2Z1JA 1D8YA 3KD5E 1WLJA 2JGUA 3MXMA 3T1AA 4KB0A 1S1UA 4DTMA 3DI6A 1SL2A 3VQ7A 4E1NA 1QSLA 1FK9A 2YHBA 3DLEA 1LWCA 4J2EA 2OYQA 2BANA 4Z4CA 4PY5A 3NF7A 4E19A 3CFPA 4KHUA 4IG3A 4CJSA 3SUQA 1NK8A 1ITGA 4KREA 3U6FA 4DTOA 1DTQA 4OGCA 2G8VA 3AA5X 3NBPA 4NCBA 4L8RB 3CM6A 2ZQBA 3NH0A 5FDLA 4CJ3A 1C0UA 1HRHA 3OS2A 3TAEA 3SCXA 3S3OA 4DF8A 1X9SA 2YNGA 3RRGA 1BL3A 1YT3A 3HVTA 1J9AA 3DRRA 4AHRA 1JLBA 2B5JA 1YTUA 2Q3SA 4DTRA 4HUFA 4DU4A 4FJ9A 1S1VA 3O4NA 4FYDA 2HHUA 1RT6A 1VSFA 4FM2A 2G8KA 4W5NA 4FW1A 4FLTA 1Q9YA 1LAVA 2KFZA 3OYHA 1N5YA 2HHTA 4KV8A 4B9LA 4FZZA 1S1WA 1TL1A 5DMRA 4B8AB 1RDDA 3ULDA 3TI0A 4DSLA 4N56A 3KLEA 1GOBA 5SWMA 1KRPA 4EZ6A 3VQPA 3DLRA 3OYAA 1JLAA 4IG0A 4AHVA 3ZSVA 3AVKA 1BCMA 3KIOA 4FJGA 1UA0A 2G8HA 3QLHA 4I9QA 1EKEA 4CIEA 2BDPA 4Z4IA 4KPYA 1CXQA 1JLEA 3VQ6A 1BI4A 3DYAA 3DLBA 1KLMA 3V1RA 4E7LA 3I0SA 1U04A 3LALA 4CJLA 3HT3A 4CGGA 2HNYA 4FLUA 4CJVA 1JLQA 4DQPA 5HRPA 4O5BA 2PY5A 4F2RA 5KRTA 2BE2A 3SQ1A 1C0TA 4CEOA 4CHNA 3TAPA 3PO4A 1NK4A 1W9HA 4FZYA 1ASWA 1TKZA 1NJXA 5HROA 4OGEA 3V9WA 3A2FA 2RKIA 4ID5A 4CF8A 2IOCA 4DF4A 4F8RA 1C0MA 2OPRA 1O1WA 3V9UA 4CGIA 2EHGA 4DTUA 3T3FA 2G8FA 3K59A 4F3OA 1TKDA 4DS4A 3IAYA 3HPGA 3VA0A 4DSFA 3QEIA 3ZSXA 3ZT4A 1CXUA 1RT5A 2O4GA 4CGJA 3U3YA 1HQUA 3P5JA 3DLHA 3S9HA 1NK5A 4CJTA 4DQQA 2Z1GA 4KTZA 1KVCA 4B08A 3QNOA 1VSDA 3SZ2A 3PY8A 3AVFA 4ZHRA 3OYEA 1IKYA 1FXXA 3K5OA 4H8KA 3AO2A 2PYJA 1T03A 4CERA 4FLWA 1QS4A 3KKRA 4KRFA 2HHSA 1WAJA 3PUFA 3VQ8A 1QSYA 3SUNA 1TKXA 3AVMA 1HMVA 1D9FA 1TAUA 1B9FA 3SPYA 1QQCA 4B9TA 5CZ2A 3SJJA 1Y97A 4GW6A 4C8LA 1B9DA 3ZT2A 4DG1A 4FJXA 1JXEA 4DTSA 3KLFA 1BIUA 3OYIA 4OKJA 3KK1A 2W42A 2XY6A 1WN7A 4YFUA 4DSJA 2Y1JA 1QSSA 3NF6A 3EYZA 3CM5A 3SNNA 4CHYA 2E6LA 3OYMA 2F8SA 1T05A 2IDOA 3IG1A 5EU7A 2DTUA 4HHTA 1XHXA 2Y1IA 1J53A 4N5SA 1S9GA 1QHTA 3CG7A 1JLFA 3LPTA 4CGDA 4NYNA 3AVAA 3RR8A 4Y1CA 3LDSA 5J1EA 1T8EA 2ITGA 3NF8A 4FCYA 4GMJB 3ISNC 4CF1A 2WONA 1ZBFA 3FFIA 3ZSQA 1XI1A 4Z0UA 1SL1A 4DQIA 2G8UA 2A1RA 3QEWA 4CCHA 4BE0A 1REVA 1CLQA 3AVJA 1YVUA 3HYFA 4O55A 4O4GA 2HNZA 2QKKA 1C1BA 3DM2A 5KGXA 1NK9A 4CJKA 3K58A 5CYMA 4HUEA 4KB1A 2OPSA 4CE9A 4UQGA 3K5NA 4J2AA 3HP9A 2VWJA 5E41A 1HQEA 1RT7A 1LWFA 3AVGA 1VSIA 1X9MA 3OYLA 4OJRA 3VQBA 3SQ4A 4F4KA 2E4LA 1VSJA 2YKMA 2YNIA 4ELVA 2KQ2A 4WE1A 5HBMA 3VQQA 5J2PA 2ATQA 2OA8A 3NF9A 4BDPA 1ZBHA 3OJSA 4HVJA 4CFBA 3B6OA 4AHTA 4OVLA 3PV8A 4C8NA 2IGIA 4RW8A 3VA3A 2P5OA 3OYDA 1BQMA 5FRMA 1QE1A 3LAMA 3ZSRA 3RMDA 4KHWA 4FJJA 3OYNA 1XC9A 1IG9A 4Z4FA 2RN2A 3NFAA 4E7KA 4N47A 1KVBA 1WAFA 1T7PA 5HLFA 4KHNA 1DLOA 1RILA 2HNDA 1WSFA 1C6VA 5KTQA 4DSKA 5FRNA 4LH5A 3HP6A 4DSIA 3MECA 4OKKA 3L8BA 2ZD1A 3WNEA 1W0HA 4BDZA 1WNSA 4DFKA 4FJ5A 3CYMA 4C8KA 3SUPA 2B4JA 2ZE2A 4CIFA 2YHAA 1TK0A 1ZYQA 1RDBA 4CFAA 3H08A 1X1PA 3VQ4A 3K57A 3V1OA 3EZ5A 3V9XA 1K6YA 2IC3A 3V81A 1IH7A 4RW6A 2VG5A 1YTAA 5K14A 1NJYA 4CK1A 3NHGA 4DQSA 4FM0A 3P1GA 4IFYA 4DFPA 4DSEA 4CF2A 2KW4A 1EX4A 4FXDA 1SV5A 3C6TA 4I7FA 3AVCA 3K5LA 3IRXA 1EP4A 3QNNA 1U45A 4R5PA 1UA1A 1KFDA 3OS1A 1NJWA 1L3SA 3RTVA 4FJIA 3QETA 2ETJA 3DMJA 1MU2A 3LAKA 4CEAA 1RT4A 2X6NA 2D0CA 1JXBA 1RTHA 1RNHA 4BACA 3KK3A 2BGGA 1TL3A 2YNHA 2OZMA 2GUIA 1IKVA 1KFSA 4M45A 1B92A 5I3UA 3QIPA 3S3MA 4M42A 3KLGA 1HNVA 2D5RA 3HJFA 1RDCA 2RF2A 3RMBA 1TK8A 3MEEA 3QEXA 4RG8A 4ZTJA 3AO5A 1XHZA 1ASUA 3L2VA 3TARA 1Q8IA 3OYKA 3SYZA 3VQ5A 4MQ3A 4KI6A 3OS0A 3AVBA 4CK3A 4JRQA 5J2QA 4ELUA 1RT2A 3AA4A 4CJUA 2FBXA 4F3TA 1GOAA 4LD0A 3HK2A 1G15A 3O3FA 1S1XA 3WNHA 4B9VA 4BE1A 4KKOA 4E0DA 4FJHA 4RW7A 5SZTA 3CFOA 3SQ2A 3KLIA 3CFRA 3ZT3A 4FJMA 2GBZA 5T7BA 3ZSZA 4AHSA 2EX3A 3ZT1A 1TK5A 1ZBIA 1IO2A 4G1QA 3TR8A 3L2WA 3VQ9A 2YV0X 2NUBA 1BI4B 5CYQA 1LW2A 3TAMA 2JLEA 3KK2A 3JYTA 3L3UA 4DFJA 1U48A 5KI6A 4DLEA 3AVIA 3I8DA 3RRHA 3TANA 3LPUA 3NE6A 3LZIA 3CQ8A 4PA1A 4JS5A 5HP1A 3K2PA 5DK5A 3L2RA 3QIOA 5KRSA 4JS4A 1D5AA 3NH1A 2HHVA 2P5GA 4CJ5A 3G0ZA 1NKEA 4QCLA 2IS3A 3L3VA 5KGWA 4DLGA 4I9LA 3HL8A 4CF9A 4CHOA 3LANA 2G8IA 2PYLA 3KLHA 4DTXA 1IKXA 3C94A 1RBTA 4CF0A 3AVLA 4AHCA 3NH2A 3V9SA 4CGHA 3TAQA 4Q0BA 2X78A 4E1MA 4M3YA 2E6MA 4KFBA 4KTQA 4FLZA 5CZ1A 3TABA 2A1SA 4CESA 4CJFA 4JRPA 3MEGA 1RDAA 1J5OA 3HPHA 4CEDA 1KLNA 4M41A 1RTDA 4CHPA 5CY4A 2LSNA 4CJRA 1HNIA 3V1QA 3AO4A 3RWUA 4BWMA 4W5RA 1L3TA 3OYBA 2AJQA 3ZT0A 4KHYA 4E7IA 4DU3A 3OYFA 3LP1A 1JKHA 3M8PA 4M3WA 5J2NA 4J2DA 4O44A 4OLBA 4FJ8A 3O3HA 1D9DA 1RT1A 1A5VA 3MXJA 4DTJA 1NJZA 2O4IA 4ID1A 3MAQA 3D45A 3SV3A 3RMAA 1LV5A 3AVHA 3SQ0A 2DFFA 3DRPA 2XHBA 4B9SA 4ELTA 1Z25A 5FROA 4CGFA 4QAGA 5JS1A 5HRRA 3HSTB 3KJVA 1VSKA 3BDPA 3L2UA 3THVA 1TGOA 1SKSA 1R0AA 4FK0A 3V4IA 3V6DA 3RMCA 4FK2A 4M3RA 3K5MA 1BGXT 4E3SA 1TVRA 2D0AA 4E7HA 3AO1A 3LP2A 1Z26A 3U3GA 2Z1IA 4CHZA 4FZXC 3AVNA 5C25A 1I3AA 1HYSA 4FLXA 4RW4A 4DFMA 1U47A 1C1CA 3SUOA 4NCAA 3VQAA 4FJNA 2YNFA 3QEVA 1HYVA 1VSHA 3C6UA 1DTTA 4CEFA 1RT3A 1UAXA 4BDYA 2VWKA 1ZBLA 4IKFA 3OY9A 3LP3A 4FJKA 4XIUA 4TSXA 4KI4A 4FM1A 1SKWA 1S5JA 3VQDA 3M8RA 1RTIA 1KTQA 1S6PA 3OJUA 4AHUA 4CJWA 4DMNA 3VQCA 4IBNA 1NK7A 3KTQA 4EP5A 3M8SA 4K8ZA 4Z4GA 1EETA 3NGYA 4KHSA 3B6PA 4JLHA 4LSLA 4B9UA 3OYCA 3NDKA 1GOCA 1WSHA 3P83D 4ZTFA 3OYGA 1CZ9A 2RPIA 5HRSA 4Y1DA 1NKBA 1WSIA 3G10A 3D0PA 4HCCA 2KZZA 2YKNA 1VSMA 1HYZA 3NGIA 2HHQA 2HW3A 2KZMA 3L2QA 4W5OA 3S3NA 2HVHA 4Q5VA 2DFEA 4ICLA 3DOKA 4FVMA 4NYFA 4IDKA 1LAWA 1L5UA 2X74A 3T19A 4DTNA 3AA3A 2HHXA 4FK4A 2HB5A 1LW0A 2FBVA 1BCOA 3TWHA 4B8CA 3KKSA 3MXIA 1S9EA 4OKEA 4PQUA 1NOYA 4DTPA 3QESA 3AO3A 2X6SA 1S1TA 4CJEA 4QOZB 3BGRA 1RCHA 3DLKA 3QEPA 2HHWA 4M3XA 1CZBA 1RBRA 1F21A 1VSEA 3ZSYA 4Z4HA 3SI6A 3M8QA 3KD1E 4M3UA 4M3TA 4PWDA 4H4OA 4CJ4A 4YNQA 3WNGA 4N76A 4LY7A 3HPOA 3SPZA 4K8XA 3JSMA 3NCIA 4AH9A 2I5JA 2OPPA 3QINA 3I0RA 4PUOA 1RTJA 2R7YA 1SL0A 2OZSA 1UWBA 2HMIA 1KSPA 2QXFA 3LWMA 1SUQA 1WSJA 3QO9A 4C8MA 4CK2A 1HJRA 3QERA 4Z4EA 4CFDA 4F2SA 3DRSA 1WSEA 4E7JA 4LH4A 4EP4A 1UOCA 4N41A 4LSNA 2P51A 1XWLA 1A5XA 4CJPA 2XY7A 3UIQA 4CIGA 3AV9A 5HRNA 2FC0A 4OLAA 3HM9A 3ALYA 5D3GA 3TAFA 4DU1A 3RR7A 3NGZA 3HVRA 3F9KA 4CECA 4KTWA 1TKTA 1U49A 3PX4A 1NK0A 2FBTA 1BIZA 4FLYA 2F96A 4W5TA 3TAGA 2FBYA 2QKBA 1NK6A 1EXQA 4B9NA 2XY8A 2P1JA 3IS9A 4CJQA 4OPJA 2DY4A 1HPZA 4CHQA 1SKRA 4DWIA 4EZ9A 3ZCMA 1KVAA 1RBUA 4KO0A 1JLCA 1A5WA 4KAZA 1WSGA 1TV6A 4FW2A 4BE2A 4AILC 4W5QA 2XO7A 2DFHA 3ASMA 1BQNA 3VQEA 1LWEA 5I42A 4J2BA 2HVIA 1ZBUA 1BISA 2Z1HA 3LP0A 3WNFA 5J2MA 1L3VA 4CFCA 1IKWA 3DOLA 3PX0A 4C8OA 4FJLA 2KTQA 1Q9XA 3LWLA 1N6QA 4IFVA 3ZSWA 4CEBA 4B3OA 1KCFA 2XRIA 1NKCA 1QTMA 1S6QA 3HXMA 5C24A 2KFNA 4GVMA 4CEQA 5JS2A 4O0JA 1J54A 1C1AA 4E89A 5C42A 4HUGA 2XY5A 3O4QA 3NAEA 2WOMA 4RW9A 4FLVA 2OPQA 3PX6A 1L3UA 2QK9A 1ASVA 1RBSA 1I39A 4CEZA 3EY1A 3OVNA 1U4BA 3AA2A 3V9ZA 4DQRA 1VK0A 1VSLA 3F73A 4DS5A 2PZSA 1JL1A 1FKOA 4I2QA 4BWJA 4MFBA 1JLGA 1NOZA 2IAJA 4O0IA 3OYJA 4HTUA 3HO1A 1RBVA 2VG7A 3VN5A 4CEEA 3ZSOA 2F8TA 2VG6A 2D0BA 3C95A 1JL2A 4H4MA 3O3GA 1BHLA 1X9WA 3ITHA 3LZJA 3DLGA 1VRTA 2B6AA 1TAQA 3E01A 4KHQA 4OPKA 3MEDA 4HCBA 4M3ZA 2G8WA 4NCGA 1FKPA 4FJ7A 1VRUA 4I2PA 3PO5A 3SV4A 4B9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GV9A 1D8YA 5FPMA 4KB0A 3O6WA 4KH4A 4WQ4A 3NMUA 1S1UA 1NJIO 3DI6A 1FK9A 3J7YP 1LWCA 2NLXA 3NF7A 4E19A 4CJSA 3SUQA 2YHWA 2NNWA 4BC2A 3MX2A 1W2BM 5AQRA 3VETA 4X65K 3CCVN 1X9SA 4M7YA 3DRRA 4MLHA 1YTUA 4FJ9A 4C1NI 4B9QA 4FM2A 5JMVA 2FSKA 2HHTA 4FZZA 3AAPA 3TI0A 4DSLA 4N56A 1GOBA 3CCEN 1YF5L 3UKRA 4JI0K 3VQPA 3AY9A 3DLRA 3OYAA 3SMSA 2G8HA 3QLHA 4CW7B 2PFUA 2BDPA 5KPRA 3VQ6A 5GIOA 1HPMA 3LALA 4CJLA 4CZJA 2HNYA 1G99A 4F2RA 4WFAL 2PY5A 3RSEA 5AQYA 2BE2A 2O8EA 3PO4A 1NK4A 1W9HA 1ASWA 2O8BB 4OGEA 3V9WA 3A2FA 4ID5A 4BRCA 3CJ7A 2A3ZA 3T3FA 4DSFA 4YOXA 3OBYA 3S9HA 4CJTA 4DQQA 3VGMA 5M1KA 3CD6N 1U2VA 1T03A 4CERA 1HNXK 4YOTA 1QSYA 3MK6A 3SUNA 1WBDA 4K25A 1Y97A 2HBKA 5JICA 3KLFA 2NRHA 1BIUA 4EAHD 4OKJA 3KK1A 2W42A 2QXLA 1QSSA 3EYZA 2F8SA 2IDOA 4CD1A 3L6QA 4HHTA 5LL6Z 2Y1IA 3CG7A 3J81O 1YJWN 3SBGA 4NYNA 3LDSA 4JI3K 2KHOA 4KH5A 3IFRA 3ZSQA 2O8DB 2PBDA 4DQIA 4Y0WA 3LM9A 3ZEUB 3HYFA 2HNZA 2GEMA 1C1BA 4J2AA 1X3MA 1CZAN 4JI6K 3FZMA 4JKEA 3WXKA 4OJRA 5M1NA 1BWFO 1WBBA 3THXA 4JK7A 1YI2N 3VQQA 5J2PA 3D2EB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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