4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
5KGXA 3VQDA 4FJLA 1LW0A 4CJKA 2ZD1A 3KKSA 4KHUA 4ZHRA 4OGCA 4CEZA 4B9NA 5DK5A 2KQ2A 1KVBA 2OPRA 1RTDA 4O44A 3HPOA 3T3FA 3OYKA 3P5JA 3SQ0A 5T7BA 1ZBLA 2QKBA 3MAQA 3CYMA 1WN7A 3HYFA 1RT3A 4EP4A 5HRRA 4J2DA 1NKEA 3NHGA 4DWIA 4Z4EA 1TV6A 1REVA 3AO2A 3I0RA 3AV9A 3SUPA 1IO2A 4B9VA 3V81A 5HP1A 5C24A 4YFUA 3NDKA 1Q9XA 3QNOA 1FXXA 1TK0A 4DTRA 3S3OA 4B8CA 1NOYA 3PX4A 4E7IA 4N41A 2RPIA 1YTAA 2E6MA 3DM2A 3QEIA 3TAEA 2P5GA 5K14A 3OYJA 3NE6A 4FJ7A 4M3YA 2HVIA 3CFOA 1NOZA 2E6LA 3LPTA 1TK8A 4DQQA 3WNFA 3KLHA 4FK4A 4RG8A 4M3XA 4QOZB 4M3ZA 4CJRA 3AVNA 2F8TA 3SQ2A 4CJQA 2RF2A 3RRHA 3L8BA 3DI6A 3OJUA 3WNHA 3L2VA 4KHNA 4BE1A 4LY7A 1LAWA 3MECA 3PV8A 4DTMA 4CF9A 5HLFA 2HNYA 3QIOA 4DTUA 3M8QA 3TAQA 4CEOA 3IAYA 5HROA 4GW6A 5CZ2A 4N56A 4RW6A 4E1MA 1RT7A 3KK2A 3TAFA 2B6AA 4DFMA 4FLWA 1HPZA 3AVBA 3ZT0A 4CJ3A 4CGHA 1JKHA 2VWJA 4B08A 3O4QA 1YT3A 1UA0A 1JLEA 2BE2A 1IG9A 5FRMA 5CZ1A 2G8FA 4HUEA 5FROA 1CLQA 2A1SA 4E89A 4KB0A 1S6QA 4CK2A 1GOBA 1BHLA 4B9UA 4KI4A 4OKEA 3ZT3A 4KTQA 1Q9YA 1KCFA 2HB5A 3VQ6A 4Z4HA 3OS0A 1F21A 4F2RA 5KTQA 1ZBIA 2NUBA 4BWMA 1NK6A 3MEDA 2P5OA 1HYZA 4JRPA 4C8LA 1C1BA 4M3WA 4DQSA 1RT4A 3AVAA 3VQ8A 1UOCA 3HO1A 5FDLA 2Y1IA 2BGGA 4AHSA 3FFIA 1KVCA 1T7PA 3KLIA 2KTQA 1TL3A 3THVA 1TAUA 2KFZA 3AVKA 3MEEA 1HYSA 4CIFA 3PX0A 1TKDA 3LPUA 2DFFA 3TABA 4CHOA 1NKCA 4B3OA 1QHTA 3AVMA 4DLEA 4KI6A 1KTQA 4ID1A 1BCOA 1C0UA 4FLXA 1JLGA 3P83D 3OYHA 1I3AA 3T1AA 5I3UA 1BL3A 1HJRA 3ULDA 2JLEA 2IAJA 4GVMA 4O0JA 4W5RA 1KFSA 4IKFA 1JLBA 3MXJA 1RDBA 3V1RA 4BE2A 2BANA 3VQAA 3SI6A 4CE9A 1KLNA 3KK3A 4NCAA 3HPHA 1X9WA 1BIZA 5J1EA 1EETA 3WNGA 3F73A 2HVHA 1HNVA 4CGIA 3AO3A 4ELUA 4ELTA 1GOCA 3KKRA 4LH4A 3CQ8A 2OZSA 5I42A 1FKOA 3G10A 2ZQBA 5JS2A 3LWLA 1WSFA 4NYFA 2QKKA 2HHXA 4WE1A 2WONA 3KLEA 3ZSRA 4FJNA 2F96A 1IKWA 2X74A 4BDZA 2G8HA 4OLBA 4I9LA 3QERA 1S1TA 3HXMA 3HK2A 4J2AA 1SL1A 1L3TA 1LW2A 1J5OA 3ZSZA 1S1UA 3SZ2A 4Z0UA 2Y1JA 4B9TA 3V1QA 3NCIA 3AVGA 4OKJA 1IKVA 4BWJA 3L3UA 3VQQA 2YKNA 4CEFA 3OYDA 4CFBA 3O3FA 3RTVA 3QEVA 4CF1A 1UWBA 5D3GA 4KHSA 1R0AA 3L2WA 4KHYA 3B6PA 2VG7A 4G1QA 1S6PA 4IFYA 1LV5A 1HRHA 2FBYA 4CGFA 3BDPA 3EYZA 2YNIA 1YVUA 3TAPA 5C25A 4FJXA 2OA8A 1Z25A 4J2EA 3OYEA 3TANA 1RILA 4FK2A 5KRSA 1NK4A 4DU3A 4NCGA 1KSPA 1VRTA 3LAKA 2GBZA 4M3RA 3OYNA 2PY5A 2OPSA 4M3TA 4CHNA 3LANA 3NGIA 3CG7A 4RW4A 1QE1A 3ISNC 3G0ZA 3VN5A 5SWMA 1U49A 1D9FA 2PZSA 1L5UA 4C8OA 3RMCA 1S1VA 3HJFA 3I8DA 4E7HA 4LSLA 4B9SA 4CJTA 4PUOA 2I5JA 3AVHA 3DRSA 5E41A 3NH1A 4K8XA 4C8MA 2FC0A 1C0MA 1TKTA 2XY8A 3OYAA 3HVTA 1RT5A 3LP1A 4HVJA 1NK8A 3ZT2A 2VG6A 3KTQA 3OYFA 3M8RA 3I0SA 4FVMA 4IFVA 5HRPA 4CK1A 1B9FA 3SPYA 4ZTJA 3S9HA 2YNGA 4CCHA 4HCCA 4IBNA 1U4BA 2D0BA 3RR7A 2HW3A 3MEGA 3KK1A 1EX4A 2G8KA 4FJ5A 1I39A 3ZT1A 4DSIA 3OYIA 4E19A 5HRSA 2OZMA 4IDKA 2R7YA 1S5JA 4FJ8A 4M41A 4BDYA 4I7FA 4HUGA 4F2SA 4CHYA 5J2QA 1A5VA 2G8IA 4CEBA 4OLAA 4FJIA 4CJEA 4CGJA 3AO4A 4HCBA 4CIEA 1UA1A 1RDDA 3NGYA 3PY8A 4N47A 1W0HA 1G15A 4KKOA 5KGWA 4FZYA 3HP6A 4RW9A 1DLOA 2EX3A 4W5TA 4RW8A 2D0AA 2W42A 4AILC 3OS2A 4LD0A 1SKSA 2PYJA 3DLHA 5J2NA 3SPZA 2KZZA 2BDPA 4I2PA 1O1WA 4FLYA 4JRQA 2EHGA 1IKXA 3DLEA 4DTOA 4FJGA 3HT3A 3MXMA 3P1GA 2O4GA 4DQIA 2GUIA 1WSIA 4DTPA 1NJWA 3ALYA 3LP0A 3PO5A 5CYMA 2OYQA 4E7JA 1LAVA 2IOCA 2IDOA 4ICLA 4CJWA 3V4IA 1BI4A 1CZ9A 3MXIA 4C8NA 3RRGA 4AHRA 4CERA 1U45A 1TGOA 3VQ7A 1L3UA 3LAMA 1QSLA 3K2PA 2O4IA 1FKPA 5C42A 2DFHA 2XO7A 2IS3A 1SKWA 4QAGA 4AHVA 3AA5X 4ZTFA 3LZJA 3M8PA 4M3UA 4HTUA 4B9LA 1VSHA 5J2PA 3DRRA 4CF2A 3ZSVA 4FK0A 3ASMA 3V9WA 5CYQA 3LALA 3HP9A 3A2FA 3ZSQA 1NK9A 1RNHA 1TAQA 1C6VA 1BCMA 1EXQA 4PQUA 3VQ4A 4OVLA 4CGDA 1JLFA 3QIPA 4IG3A 4E7KA 3CFPA 4Z4GA 3DOKA 2QXFA 2X6SA 4FLUA 2XY7A 3QESA 3L2UA 4W5OA 1VSJA 3ZT4A 3AVIA 3HL8A 1SUQA 2VG5A 1L3VA 3QO9A 4CJFA 4N5SA 4KREA 3OVNA 3KIOA 1S1WA 1XHXA 1ASWA 4OGEA 3AA4A 1EP4A 1RDCA 4DFJA 3RMDA 4CF0A 4F4KA 4M42A 4FJ9A 4DQRA 4FZXC 1TKZA 4FJMA 1WSEA 2KFNA 1B92A 4DF4A 1W9HA 3QLHA 2QK9A 1BGXT 4JS5A 4FYDA 2HHWA 3ZSXA 4DFPA 4KV8A 1JL1A 2B5JA 2JGUA 2Z1IA 3AO5A 3DYAA 3K5OA 4KTWA 5DMRA 4AH9A 4GMJB 1Z26A 4O4GA 1N6QA 4DSLA 2RKIA 1A5WA 1S9GA 1HQEA 1QQCA 3VA0A 4KAZA 3AO1A 1ZBHA 4NCBA 4CHQA 3AA2A 4DSEA 4EP5A 1ZBFA 4F8RA 4LH5A 4QCLA 3NF6A 3NAEA 1BISA 3VQ5A 4CFCA 4UQGA 4K8ZA 3U3YA 3SJJA 1RTJA 4DLGA 3H08A 4B8AB 2HHTA 1S9EA 3CM6A 3AVLA 1QSSA 1WLJA 2ZE2A 2XHBA 2Z1HA 3S3NA 1C1CA 1TVRA 1NJZA 4KRFA 4EZ6A 3RWUA 1TL1A 2HNZA 3IRXA 1HQUA 3ITHA 1RDAA 4FM0A 3DRPA 4DTNA 1HYVA 2Q3SA 2IGIA 2HHQA 3O4NA 1WSJA 2D5RA 2Z1JA 2FBVA 3UIQA 1YTUA 3K57A 4Z4FA 3AVJA 2LSNA 3TI0A 1FK9A 4PA1A 4OJRA 4O0IA 5FRNA 2OPQA 1ASVA 1VSDA 3NF7A 4CGGA 4XIUA 3OY9A 3K5LA 2DTUA 3OYCA 5HBMA 3VQBA 4DTJA 3OYMA 2YV0X 4DQPA 2A1RA 1VSKA 4KTZA 1U48A 4DSJA 2FBTA 1NK7A 3SUQA 2YHAA 4CHZA 3OS1A 1WAFA 3KD1E 3SV3A 1X9SA 2YHBA 1VRUA 3V6DA 4FCYA 1ZYQA 3C6TA 1UAXA 1NK0A 3AVCA 3L3VA 1X9MA 1CXUA 1LWFA 2HHUA 2B4JA 1S1XA 2KW4A 2DFEA 2OPPA 3WNEA 4AHCA 1BQNA 2IC3A 2AJQA 2VWKA 3SYZA 3SUOA 1TK5A 3TWHA 3NH2A 3JYTA 4L8RB 1RBTA 1VSMA 3M8SA 4FLVA 4Y1DA 4TSXA 3T19A 3V9XA 1N5YA 4CF8A 2YNHA 4DTXA 1XHZA 4W5NA 3AA3A 4CHPA 1SV5A 1D5AA 2GV9A 4CECA 3RR8A 3DLGA 4Z4IA 1RBVA 4YNQA 1SL0A 4CK3A 3C95A 4DMNA 4E1NA 4FXDA 4FZZA 3DOLA 4CJSA 4FM2A 4H8KA 4ID5A 3O3HA 3LP2A 1WSGA 3K58A 2F8SA 3KLFA 3PUFA 3IS9A 1B9DA 1WSHA 4Y1CA 1JXBA 4CEEA 4CJ4A 4CEDA 3NF9A 1U04A 3LDSA 4IG0A 3KLGA 2Z1GA 5SZTA 1NKBA 3U3GA 3TR8A 3VQEA 1TKXA 1RCHA 2XRIA 4Q5VA 3C6UA 3OYGA 4KB1A 1RBSA 1J9AA 3DLBA 4MFBA 4DTSA 4CFDA 4CFAA 1RT2A 1KRPA 1JLAA 4DSKA 1DTTA 1RTHA 1K6YA 5JS1A 4HHTA 4O5BA 4RW7A 3V9UA 3HVRA 3PX6A 1XI1A 3AVFA 4J2BA 3RMAA 3QNNA 1GOAA 4JS4A 3OJSA 1QTMA 3DMJA 4Q0BA 4CJ5A 4CEAA 3EZ5A 3QETA 5KI6A 1HNIA 4CESA 1QSYA 2YNFA 4FJJA 1ZBUA 1VSEA 1A5XA 1RTIA 3D45A 3NBPA 3ZSWA 1J53A 3NH0A 2P1JA 3EY1A 4BE0A 3BGRA 1WNSA 3QEXA 1NJXA 3NF8A 2HMIA 1NK5A 4FM1A 2XY6A 1CXQA 1T05A 1IKYA 4AHUA 3CFRA 2X78A 1JXEA 3L2RA 1RBUA 4FW2A 2G8UA 3TARA 1VSFA 1EKEA 2HHVA 1HMVA 2FBXA 4CIGA 3HM9A 3K5MA 4F3OA 3LP3A 4I2QA 4KHWA 1U47A 2DY4A 4EZ9A 1QS4A 2WOMA 1CZBA 3TAMA 3PO4A 4B9MA 4ELVA 2E4LA 1T8EA 5HRNA 5J2MA 2D0CA 2HNDA 4LSNA 4E7LA 3CM5A 3F9KA 4DSFA 4AHTA 4OPJA 3SQ1A 4NYNA 1JLQA 1T03A 3V9SA 2ITGA 4E0DA 3VQCA 2PYLA 1SL2A 4W5QA 4FJKA 2G8WA 4F3TA 3L2QA 3IG1A 1NJYA 4CJUA 1ASUA 4DF8A 3LZIA 2HHSA 1WAJA 4JLHA 4DS5A 5EU7A 3SNNA 4HUFA 1ITGA 3KJVA 1BIUA 4CJLA 5CY4A 2X6NA 3SUNA 3SCXA 4KPYA 4N76A 1Q8IA 3NFAA 4DU1A 1C1AA 4I9QA 3SV4A 3QINA 1IH7A 3VQ9A 3C94A 3S3MA 1LWEA 4H4MA 4BACA 4FJHA 3ZCMA 4H4OA 3JSMA 1C0TA 2ETJA 3D0PA 3QEWA 4KFBA 3ZSYA 1JLCA 4FW1A 4CJVA 1XC9A 2RN2A 3SQ4A 1JL2A 3E01A 4M45A 3OYLA 4FLZA 1MU2A 1X1PA 1XWLA 3DLRA 4KO0A 3O3GA 2YKMA 3OYBA 3RMBA 1D9DA 3KD5E 3NGZA 3QEPA 1BI4B 4O55A 3K59A 4FLTA 1RT6A 1J54A 3DLKA 1KVAA 3V9ZA 3HPGA 4DS4A 4Z4CA 3LWMA 3VA3A 4C8KA 1KLMA 2G8VA 1BQMA 1LWCA 4OPKA 3U6FA 1L3SA 3VQPA 1KFDA 1RBRA 4R5PA 4DG1A 2KZMA 4BDPA 4PY5A 1DTQA 1RT1A 4DU4A 1VK0A 5KRTA 1VSLA 3K5NA 4MQ3A 2ATQA 3ZSOA 4PWDA 2P51A 4KHQA 2XY5A 1Y97A 1VSIA 4E3SA 1D8YA 3B6OA 3V1OA 3TAGA 1SKRA 4CJPA 4CEQA 4OKKA 4DFKA 3HSTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A5XA 3C7NB 4ZHRA 1VQ9N 4B9NA 1YXQA 1GLJO 5DK5A 2KQ2A 4DB3A 1Q81O 4JKEA 4O44A 4BR9A 3OYKA 1WN7A 4EP4A 4JYAK 3CMEN 2Q31A 5HRRA 1TYQA 1LOTB 1IO2A 4B9VA 4YFUA 3NDKA 3QNOA 4B8CA 1NMDA 3PX4A 4E7IA 3VF4A 1YTAA 3TAEA 4DV6K 3NVKA 5AZJB 4H0VB 4DQQA 3THYB 3ZX0A 4FK4A 3AVNA 2FSKA 3CQXA 3VTIA 3U9DA 2UUAK 1LAWA 3PV8A 1M1KO 4DTMA 1OVYA 5HLFA 4CW7B 3QIOA 4DTUA 4DR3K 3SJHA 3TAQA 4CEOA 4KHYA 4RW6A 2PFUA 3VGMA 3TAFA 4FLWA 4CJ3A 1JKHA 4B08A 1UA0A 3BZKA 2BE2A 5FRMA 2NRTA 2G8FA 4HUEA 1CLQA 4H0OA 1Q18A 3P31A 4B9UA 4KTQA 2HB5A 3KWGA 4H0TB 4GKKK 2OCEA 4BWMA 3VEOA 3E9OA 2YHWA 3K9JA 4JI4K 3ZEUB 4JRPA 3ID6A 1C1BA 3MN7A 4M3WA 4BRNA 3AGRA 3FFIA 3ULEB 1TAUA 3AVKA 3PIOL 3CCVN 1RDUA 3LPUA 3LDOA 1TKDA 4OO1J 3WUHA 4L3QA 3AVMA 3L0QA 4FL9A 3G6EN 3SBTA 3O1BA 1C0UA 2IIRA 3TSPA 1HUXA 3MCAB 1C0FA 1HJRA 4G9ZA 1KFSA 4W5RA 3ZETB 1RDBA 3V1RA 3VQAA 3SI6A 3N4PA 3KK3A 2AP1A 4JD2B 2O8DA 1IBMK 3JS6A 4BGBA 3AO3A 2O8CB 4IDHA 2ZQBA 3LWLA 4B3SK 1V4SA 2QKKA 3CJCA 1QZ5A 1BA1A 4FJNA 4BDZA 4I9LA 4IXCA 3HXMA 3WQUA 4BQLA 5GINA 2Y1JA 3D6RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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