4N1CC

Structural evidence for antigen receptor evolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
117
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNNLCNIPCSALLSSTASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords immunoglobulin variable light chain domain
publication title Structural reconstruction of protein ancestry.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 117
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4n1cC00
1SLYA 2HEBA 5APFA 3A8ZA 1FLWA 1CJ6A 4LT1A 1ALCA 4TSBA 4RW1A 5KJ9A 5D5CA 5LAFA 5LYZA 1GF4A 1GDXA 2H9KA 1LAAA 4WO9A 5L9JA 1XEKA 1IP4A 1BB7A 1IP7A 1LZ6A 4OW1A 3WYHA 1GB5A 1LZGA 1BVXA 1IOTA 1BHZA 1D0LA 5E4PA 1DKJA 1LJHA 2G4NA 1QSWA 3A96A 4G9SA 1CNSA 1YILA 1REZA 1QQYA 4J0LA 1LJ4A 4N0JA 1HSXA 3WMKA 1I56A 1NWGA 7LYZA 1GB7A 3WW6A 2G4PA 2BQAA 4DT3A 4Z3MA 4BAPA 2LZ2A 1J1XY 4IATA 4ANRA 4NSJA 1LZTA 1C43A 3A67Y 2ZIKA 2HUBA 4PPOA 1LJNA 2XBRA 4B4EA 1FLYA 1JTPL 1PZYA 4XJIA 5KXZA 4WLTA 3RT5X 4QY9A 1A2YC 4ZIXA 2MEDA 4XYYA 5DLAA 1GEVA 1VATA 5KXRA 4FJRA 3WUAA 1D6QA 2MEBA 4TSCA 4B49A 5KKJA 2MEEA 5APDA 4H8YA 1LZ4A 1REYA 2BQKA 1ZMYL 1PS5A 2DQCY 1JISA 1LSFA 1MELL 2YDGA 2BQCA 5B07A 1G7IC 3WVYA 3FI7A 4QDNA 1GFHA 1QSAA 3AJNA 5HNCA 4PHIA 1GE1A 5HLLA 4NY5A 4ET8A 1IWTA 5FCPA 3A6CY 4H9HA 3WPLA 1LOZA 1AT6A 5APCA 1OUGA 1REMA 3BKHA 1CJ9A 4TTDA 1JSFA 3F6ZA 4WM4A 1UIDA 1DKKA 1IY4A 3M3UA 1HEQA 1GE2A 1YL1X 1KIPC 1OUCA 3LYOA 5KXOA 2Z39A 4HV2A 4Z46A 5I54A 1AZFA 4GLAA 4WLDA 2CJLA 1LYSA 1WQOA 1FLUA 2DQEY 3A93A 1WQNA 4TWSA 2BQHA 1IP5A 4H91A 1C08C 4WM2A 5KXMA 5K7OA 5KXTA 1VDPA 1DI4A 4QGZA 9LYZA 1B5WA 1GE3A 3AZ5A 3WU7A 2BQMA 3CQLA 2BQBA 4XADA 3TXBA 4LT0A 5LVHA 4WM1A 1YKYX 1BB4A 4B4JA 4MSTA 4H94A 1A4VA 4WLYA 1YAQA 3A3RX 3EBAB 1RCMA 1GFTA 5C6JA 1VFBC 4RW2A 4NSIA 2MEIA 4ZEEA 1LJFA 5HMVA 1JITA 2HEEA 5A3ZA 193LA 1LZAA 3HBDA 3AGGG 1EL1A 1F6SA 2HECA 4WM6A 5T3FA 1H87A 1UCOA 1NMMA 3B0OA 5LXWA 2EIZC 3D3DA 1WQRA 3TMWA 4RDSA 1GB3A 2F4AA 2Z2FA 3AGIA 3A95A 3AZ7A 4O34A 3W6DA 4B0DA 2MECA 2YBIA 4GN3A 3CT5A 1XGRC 5F9XA 3T6UA 1QDTA 3GXKA 2C8PA 1VEDA 4LFXA 2N5ZA 1LSBA 3J4GA 3EXDA 4OWEA 1LHMA 4PGJB 4QEQA 5LVKA 5LVGA 1ZVYB 3WULA 4I0CA 1UA6Y 4W94A 1GBWA 1UIHA 1FN5A 4XN6A 5M1YA 1HERA 4GCDA 5DN5A 1B7OA 1N4FA 4G4CA 1OUBA 2BQNA 5I4YA 1LYOA 1GB6A 1GFGA 1T3PA 1IC4Y 1GF6A 2ZWBA 4XJDA 1GFUA 1VDQA 2D4KA 4H9IA 3A92A 1YKZX 4NWEA 3TXEA 3WU9A 1QUTA 1IOCA 2MEAA 3ULRA 3W6FA 1IIZA 4NHQA 1LJGA 1B0DA 4H8ZA 1FKVA 4H9AA 1JJ3A 1LMNA 4II8A 2F30A 3IJUA 4GCEA 4WL7A 2BQJA 4TUNA 1IP6A 3WH1A 1HEMA 4DD7A 3N9CA 4ETCA 1QUSA 1WVUA 2W1MA 4NGVA 4NSHA 1UC0A 4GLVA 4PRUA 1GB8A 3LZTA 4B4IA 5KY1A 1LSAA 1DPXA 4WOAA 2HEDA 4H9EA 3WVXA 1LZYA 4UWNA 5A3EA 1LPIA 1OUAA 3W6EA 4HPIA 1JUGA 2WARA 4AXTA 1NDGC 2CWIA 4LFPA 1GB9A 2ZYPA 3LYTA 1LYYA 5KXYA 1NF5A 3CT0A 1JTOL 132LA 4E3UA 1XSFA 5AMYA 4H92A 1NHEA 2F4GA 2MEFA 1GB0A 4G4BA 1TDYA 5KXWA 1IWYA 2FYDA 1UUZC 1J1OY 1HSWA 1V7TA 4LGKA 4NHTA 1GF8A 4J1BA 1GPQC 154LA 1LZ8A 1LMAA 4PRQA 5B05A 4H90A 2BLXA 4I8SA 1HENA 4NGLA 5IHGA 5I4WA 2CGIA 5LYMA 1F0WA 4NGIA 1NQIA 3P66A 2ZIJA 1LZRA 1I20A 4YM8A 1G7HC 5FSTA 1HHLA 1JEFA 1T6VL 1VDTA 1JKCA 4DDBA 4ET9A 1G7JC 1H6MA 1XGTC 1KXWA 2H5ZA 2XTHA 3LZ2A 5F9UA 3TMUA 2BQFA 1OQMA 2ZYCA 4HTNA 2ZQ4A 4NEBA 2LZTA 1YKXX 5EBHA 3CB7A 4KXIA 3QY4A 1UBZA 3ATNA 2RSCA 3G3BB 3LHMA 3P65A 3J6KA 1GBOA 3IWRA 5KXNA 2DQIY 1RE2A 1XFPL 5KXSA 1IP1A 3LYMA 3CSRA 1BQLY 3TMXA 2YBNA 2IFFY 1LZ5A 3AW7A 1LMPA 3TXFA 3K3TA 2XJWA 3TXHA 1IVMA 1IR7A 1HNLA 4KT3A 3E3DA 1LZ9A 1OUJA 2BPUA 3N9EA 1GE4A 2DQDY 4KPMA 4LT2A 3B0KA 4W96A 1JKDA 1TEWA 5JENB 1LYZA 1JIYA 2BLYA 5KXXA 1B5UA 4HSFA 5B06A 3WXUA 5DM9A 1QDRA 1B5VA 1IEEA 5FDJA 1B7SA 4GN5C 1IO5A 4MR1A 1LHHA 3WL2A 4J1AA 1RI8B 5KXKA 2ZILA 1QTEA 2FBBA 4R0FA 1WQQA 3WW5A 1OUHA 1LHLA 4H9CA 4P2EA 1BB6A 4N9RA 3HBHA 1TBYA 2F2NA 4N1EI 4YOPA 1LZSA 1P2CC 3ZVQA 4G4HA 1YIKA 2HTXA 4NIJA 4NGWA 3W6BA 4OWAA 3AW6A 3ZEKA 4RLMA 4LYZA 3AGHA 5HNLA 1NBYC 4WM3A 5HQ1A 5LA8A 4IASA 2H9JA 2HEAA 4WL6A 3WPKA 3AZ4A 3A94A 134LA 1LSGA 4NGKA 1GFAA 4LYTA 1JJ1A 1LMCA 1JTTL 4H8XA 3RNXA 3B72A 3HBEX 4J7VA 3IJVA 1MLCE 1FDLY 4CHXA 1LSDA 1GFRA 1WVVA 1UIFA 4PJ2C 1IY3A 4CJ2A 4U3XB 3B6LA 4KL7A 4XJHA 4Z98A 1LKSA 2BQLA 5KXLA 3AZ6A 1HFYA 4EOFA 1B9OA 4TX7A 4CGEA 4ETDA 2Z12A 1JSEA 2DQHY 1YANA 2LHMA 1HEOA 5IELA 1LSYA 1XGPC 1XGUC 4MCKA 5LINA 1YQVY 1JPOA 2YBMA 1HFZA 1UIGA 3AB6A 4H9FA 1GXXA 1LHIA 1CJ7A 1GBXA 4HTQA 1JHLA 2C8OA 3VWOA 1IP2A 1Z55A 4R6CA 4CFOA 4ZFPA 5LYTA 4H93A 1DI5A 1IC5Y 1NBZC 3W3EA 1HC0A 4XJFA 2LYMA 4NHIA 4OWCA 2HU1A 1I1ZA 1IWZA 3TMVA 2BQIA 3WU8A 3CSQA 1W08A 1XGQC 3MGWA 1LHJA 1UACY 1ZVHL 4M4OA 2YSSC 1B7NA 5B59A 1VDSA 2BQDA 2DBTA 2Q0MX 4NGOA 3A91A 1B5XA 4M6DA 1IWVA 3P64A 4Z41A 1JKAA 2ZNXY 4BS7A 4LZTA 3RU5A 3EO5A 5I4XA 1LSZA 4OWBA 2BQEA 2DKVA 3HFMY 1IOQA 1O23A 4BAFA 2CDSA 1B7QA 4LT3A 4OOOA 2A7DA 1GHLA 5KXPA 2D91A 3WUMA 4D9ZA 2AUBA 1AKIA 1JWRA 4RLNA 5IDDA 3TXGA 5LA5A 1BWJA 1LMOA 4DWXA 3BKVA 1B2KA 1BWHA 1D0KA 4NG1A 2Z38A 1HEWA 1DI3A 1YAMA 1NKHA 1GB2A 4C5FA 1OUIA 5LVJA 1WTNA 3WXTA 4N8ZA 1IR9A 3ZVQB 4DD3A 5DN4A 2D4JA 1GBSA 2G4QA 1CKGA 2I26L 1LZCA 5L3IA 4XENA 208LA 1C46A 2GV0A 3FE0A 4WG7A 1GBYA 1IX0A 1FLQA 1B5YA 1DPWA 1QIOA 2D4IA 4HV1A 1REXA 1LMQA 2LYZA 1INUA 1HMKA 2BQOA 3A3QA 4X3BA 1UIAA 2D6BA 4DDCA 6LYTA 1GF0A 4UWVA 2DQGY 1J1PY 1OUEA 2MEHA 3OK0A 4DDAA 4HJYA 4ETAA 3CSZA 2ZNWY 4CFPA 5B1GA 1IORA 3SP3A 194LA 4NWHA 5ILCA 1GAYA 3CT1A 1SQ2L 1QTKA 1HMLA 3TXDA 3QE8A 4WMGA 3N9AA 4A7DA 3WUNA 8LYZA 1GFEA 2DQFC 2FBDA 2YBLA 4YF2A 1GFJA 2XBSA 4NFVA 3G3AB 3TXJA 207LA 1C10A 2DQJY 4YEOA 3OJPA 1IR8A 1LHKA 1LSPA 4WG1A 2Z19A 1LTMA 1LSNA 1TCYA 5I5QA 3W6CA 1WTMA 3T36A 1CJ8A 2W1YA 2Z18A 4GN4A 4N1CC 3M18B 4N5RA 1CKFA 1RFPA 1XEJA 2Y8PA 1ZV5L 2W1LA 4LYOA 3TXKA 2BAAA 2LYOA 3GXRA 4G49A 3RW8A 133LA 1LZDA 1CKHA 1DXJA 2ZQ3A 3ATOA 5E9RA 6LYZA 1W6ZA 4OOTA 5LAGA 4OWHA 1GXV2 1V7SA 1KXXA 5HMJA 1GFVA 4IJ4A 4HP0A 4B1AA 2I6ZA 5DL9A 1BVKC 1D9UA 5FELA 2HEFA 4C3WA 1IOSA 1GAZA 1BGIA 1KXYA 1JKBA 1B7PA 1XEIA 1IWUA 4GCBA 1LJEA 1OUDA 4UWUA 1RJCB 5ILFA 1EQEA 1BB5A 4L41A 1FKQA 2FYCA 1WQMA 1AM7A 3LYZA 4NGJA 3EMSA 4WO6A 5I53A 2Z2EA 1B7RA 1YAOA 4ML7A 4NGZA 1IWWA 5FEKA 2YBHA 1IC7Y 3TXIA 5F16A 1F6RA 1NDMC 1IP3A 2BQGA 4ETBA 1GF9A 1LKRA 1LSMA 1LZEA 4NHPA 1BWIA 1GD6A 1GF7A 1LJKA 4LYCA 2YVBA 5J7CA 2VB1A 1E8LA 2X0AA 2HU3A 4NG8A 4DD1A 1LCNA 2EQLA 1LSCA 4NGYA 1D0MA 4HPEA 4HTKA 5II3A 1B7LA 1C7PA 4DC4A 3AYQA 1G7LC 2IHLA 2NWDX 4H1PA 3P4ZA 1B7MA 1VAUA 4EMNA 2I25L 2DQAA 1BB3A 1F10A 1HELA 1DZBX 2A7FA 2YBJA 4HJZA 4LYBA 1UIEA 4FDYA 4WM5A 5F14A 2Z37A 4GCFA 1LSEA 3KAMA 4HJVA 4LYMA 1D6PA 4GCCA 3A90A 1LZ1A 1C45A 1B5ZA 1LMTA 1AT5A 4DD0A 1FBIX 2W1XA 1HF4A 3WPJA 3A34A 4DYGA 4YEMA 1GF3A 5LVIA 1GDWA 2EKSC 4NSGA 1GWDA 3QNGA 1CKCA 1OUFA 5FHWA 1HEPA 1WQPA 3P68A 135LA 2B5ZA 1YROA 5D5FA 4WLXA 3W6AA 1LZNA 3D9AC 1EQ4A 1HFXA 2EPEA 1UICA 1GF5A 1LJ3A 2PC2A 4XJGA 4DD9A 1LJIA 4DD2A 5KKIA 5L3HA 4YENA 1OP9B 1KIQC 5B1FA 3A6BY 1LJJA 2MEGA 5C6LA 4AGAA 1EQ5A 5F81A 1GEZA 4XJBA 1TAYA 3RZ4A 5APEA 1GFKA 1JJ0A 1GE0A 1YAPA 4NHSA 153LA 5C6IA 4ETEA 1G7MC 4H9BA 5LIOA 1LZBA 4BADA 1YL0X 1CKDA 1GBZA 1KIRC 1UIBA 3LN2A 1DQJC 3B0IA 1IWXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SLYA 223LA 225LA 4TSBA 4RW1A 5D5CA 5LAFA 1GDXA 137LA 1IP4A 1BB7A 3WYHA 2G4NA 1QSWA 1L98A 1L81A 1L53A 1LJ4A 2O7AA 1L46A 1GB7A 3WW6A 4Z3MA 142LA 1L90A 2ZIKA 4PPOA 1L27A 1G0KA 1JTPL 4WLTA 224LA 4QY9A 1A2YC 5KKJA 2MEEA 3DMZA 2B70A 2B72A 1L96A 1LSFA 201LA 3FI7A 5HNCA 5HLLA 1D2WA 1IWTA 4H9HA 3WPLA 1AT6A 3BKHA 2F2QA 1CJ9A 1L84A 160LA 4TTDA 1DKKA 1HEQA 1YL1X 4HV2A 1AZFA 4WLDA 2CJLA 1L51A 1TLAA 3A93A 1WQNA 2BQHA 1IP5A 5KXTA 1B5WA 1C6TA 3CQLA 3TXBA 5LVHA 1QTZA 4H94A 4WLYA 3A3RX 1RCMA 1VFBC 2MEIA 4AQNA 1OVJA 3CDOA 3AGGG 4WM6A 1ZWNA 5T3FA 1H87A 1LYGA 3HUKA 114LA 3TMWA 4RDSA 2F4AA 2YBIA 112LA 4GN3A 5F9XA 1QDTA 3GXKA 2C8PA 1DYGA 1DYCA 1LHMA 2LZMA 2OTZX 3WULA 5DN5A 247LA 1L52A 1L33A 4XJDA 4H9IA 3A92A 148LE 4GRVA 1L75A 1LMNA 2F30A 4GCEA 2BQJA 2RB1X 1HEMA 3C80A 1QUSA 2W1MA 4NSHA 1P5CA 1UC0A 230LA 1GB8A 3LZTA 5KY1A 2HEDA 5A3EA 1OUAA 1T97A 3SBBC 3W6EA 1QTVA 2CWIA 2B73A 2ZYPA 3LYTA 144LA 1QTBA 4K5YA 1JTOL 243LA 2F4GA 2MEFA 1GB0A 4ARJA 1V7TA 4LGKA 4J1BA 1GPQC 1LZ8A 2HULA 253LA 1HENA 1QSBA 3P66A 5I14A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SLY A;  2HEB A;  5APF A;  3A8Z A;  1FLW A;  1CJ6 A;  4LT1 A;  1ALC A;  4TSB A;  4RW1 A;  5KJ9 A;  5D5C A;  5LAF A;  5LYZ A;  1GF4 A;  1GDX A;  2H9K A;  1LAA A;  4WO9 A;  5L9J A;  1XEK A;  1IP4 A;  1BB7 A;  1IP7 A;  1LZ6 A;  4OW1 A;  3WYH A;  1GB5 A;  1LZG A;  1BVX A;  1IOT A;  1BHZ A;  1D0L A;  5E4P A;  1DKJ A;  1LJH A;  2G4N A;  1QSW A;  3A96 A;  4G9S A;  1CNS A;  1YIL A;  1REZ A;  1QQY A;  4J0L A;  1LJ4 A;  4N0J A;  1HSX A;  3WMK A;  1I56 A;  1NWG A;  7LYZ A;  1GB7 A;  3WW6 A;  2G4P A;  2BQA A;  4DT3 A;  4Z3M A;  4BAP A;  2LZ2 A;  1J1X Y;  4IAT A;  4ANR A;  4NSJ A;  1LZT A;  1C43 A;  3A67 Y;  2ZIK A;  2HUB A;  4PPO A;  1LJN A;  2XBR A;  4B4E A;  1FLY A;  1JTP L;  1PZY A;  4XJI A;  5KXZ A;  4WLT A;  3RT5 X;  4QY9 A;  1A2Y C;  4ZIX A;  2MED A;  4XYY A;  5DLA A;  1GEV A;  1VAT A;  5KXR A;  4FJR A;  3WUA A;  1D6Q A;  2MEB A;  4TSC A;  4B49 A;  5KKJ A;  2MEE A;  5APD A;  4H8Y A;  1LZ4 A;  1REY A;  2BQK A;  1ZMY L;  1PS5 A;  2DQC Y;  1JIS A;  1LSF A;  1MEL L;  2YDG A;  2BQC A;  5B07 A;  1G7I C; 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 2BQG A;  4ETB A;  1GF9 A;  1LKR A;  1LSM A;  1LZE A;  4NHP A;  1BWI A;  1GD6 A;  1GF7 A;  1LJK A;  4LYC A;  2YVB A;  5J7C A;  2VB1 A;  1E8L A;  2X0A A;  2HU3 A;  4NG8 A;  4DD1 A;  1LCN A;  2EQL A;  1LSC A;  4NGY A;  1D0M A;  4HPE A;  4HTK A;  5II3 A;  1B7L A;  1C7P A;  4DC4 A;  3AYQ A;  1G7L C;  2IHL A;  2NWD X;  4H1P A;  3P4Z A;  1B7M A;  1VAU A;  4EMN A;  2I25 L;  2DQA A;  1BB3 A;  1F10 A;  1HEL A;  1DZB X;  2A7F A;  2YBJ A;  4HJZ A;  4LYB A;  1UIE A;  4FDY A;  4WM5 A;  5F14 A;  2Z37 A;  4GCF A;  1LSE A;  3KAM A;  4HJV A;  4LYM A;  1D6P A;  4GCC A;  3A90 A;  1LZ1 A;  1C45 A;  1B5Z A;  1LMT A;  1AT5 A;  4DD0 A;  1FBI X;  2W1X A;  1HF4 A;  3WPJ A;  3A34 A;  4DYG A;  4YEM A;  1GF3 A;  5LVI A;  1GDW A;  2EKS C;  4NSG A;  1GWD A;  3QNG A;  1CKC A;  1OUF A;  5FHW A;  1HEP A;  1WQP A;  3P68 A;  135L A;  2B5Z A;  1YRO A;  5D5F A;  4WLX A;  3W6A A;  1LZN A;  3D9A C;  1EQ4 A;  1HFX A;  2EPE A;  1UIC A;  1GF5 A;  1LJ3 A;  2PC2 A;  4XJG A;  4DD9 A;  1LJI A;  4DD2 A;  5KKI A;  5L3H A;  4YEN A;  1OP9 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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