The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
300
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structure length |
300
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Chain Sequence |
RDFRSADVHPADYPTVEAVKFMGKQLAAASGGKLGVKVFPNGALGSEKDTIEQLKIGALDMMRINSSPLNNFVPETVALCLPFVFRDTQHMRNVLDGPIGDEILAAMEPAGLVGLAYYDSGARSIYTVKAPVKSLADLKGLKIRVQQSDLWVGMIQSLGANPTPMPYGEVYTALKTGLVDAAENNWPSYESSRHFEAAKFYNITEHSLAPEVLVMSKKVWDTLSKEDQALVRKAAKDSVPVMRKLWDEREQASRKAVEAAGVQVVTVANKQEFVDAMKPVYQKFAGDEKLSSLVKRIQDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, bindin
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| publication title |
Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bradyrhizobium sp.
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| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
114
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| structure length |
300
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| sequence length |
300
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03480 | DctP | Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XA5 A; 4PFB A; 3B50 A; 4NAP A; 2ZZW A; 2HZL A; 4N6D A; 2VPO A; 4YZZ A; 4PAK A; 4DI3 D; 2XWK A; 4P1E A; 4PAI A; 4P1L A; 2HPG A; 2XXK A; 4MMP A; 4MNI A; 4NGU A; 4OVP A; 4PCD A; 3U65 A; 5IZZ A; 4N8G A; 4XF5 A; 5IM2 A; 2XWO A; 4PF8 A; 4UAB A; 4N15 A; 4PBH A; 4MNP A; 5I7I A; 4PGN A; 4PGP A; 4N4U A; 4OVS A; 2V4C A; 2PFY A; 4OVQ A; 4PC9 A; 4PAF A; 2HZK A; 4P8B A; 4PFR A; 4OVR A; 4O7M A; 4NN3 A; 2PFZ A; 4MCO A; 4YIC A; 4P3L A; 4N91 A; 2CEX A; 4XEQ A; 4NHB A; 4X8R A; 4P56 A; 4O94 A; 4P47 A; 4N8Y A; 4O8M A; 4PBQ A; 4PE3 A; 4OA4 A; 4XFE A; 4NQ8 A; 4NG7 A; 4N6K A; 3FXB A; 2VPN A; 4DI4 B; 4MX6 A; 4NF0 A; 4LN5 A; 4P9K A; 3GYY A; 4PDH A; 5LTC A; 4MIJ A; 2WYP A; 4X04 A; 4N17 A; 2CEY A; 4MHF A; 4MEV A; 2WX9 A; 4PDD A; 4PFI A; 4MAG A; 2XWV A; 4MNC A; 4OAN A; 2ZZX A; 4PET A; 2XWI A; 2WYK A; 4PF6 A; 5CM6 A; 5I5P A; 2ZZV A; 5IGA A; 4NX1 A; 4OVT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PMV A; 2E1S A; 3FUZ A; 5ET6 A; 4F2O A; 3HV1 A; 2H25 A; 2KLF A; 1MY3 A; 3UGW A; 2XXW A; 4P1E A; 3K1N A; 5TU0 A; 3OD7 A; 3MZB A; 4U21 A; 4NF5 A; 1B1X A; 3W9V A; 3U93 A; 1NNP A; 2UVH A; 1EU8 A; 1QGX A; 3U94 A; 2Z22 A; 3TCH A; 4G77 A; 2LAO A; 5JTY B; 5CMM A; 3UA8 A; 3EN3 A; 4EQ7 A; 1B5H A; 1MPC A; 3PTY A; 1SW4 A; 3IOU A; 2Z8D A; 5L8D A; 2V4C A; 1EYI A; 3C33 A; 1LLS A; 1OMP A; 3SES A; 1NUW A; 4ZE9 A; 3OEM A; 1XVX A; 3DEL B; 2XX7 A; 3CFX A; 1H76 A; 3G3J A; 2YPN A; 4YKJ A; 4P56 A; 2VP1 A; 1D4N A; 1NV2 A; 5B7D A; 5DEX B; 1XVY A; 4ISU A; 4NTL A; 4R9F A; 4ELR A; 1EZO A; 1SYH A; 3PPO A; 3LSX A; 1A99 A; 3PPP A; 3RUM A; 1F9B A; 4NE4 A; 4JVI A; 1G0I A; 1FTM A; 5IZ1 A; 5LTC A; 5KZT A; 3A29 A; 1D9V A; 5AA2 D; 3PMX A; 4OZ9 A; 3FXR A; 5ITO A; 4PFI A; 3C9H A; 5H8F A; 3RPL A; 4DXC A; 2XD3 A; 1SPI A; 5IGA A; 2XXY A; 3I3V A; 5ISU A; 2M8C A; 3VLW A; 1P1O A; 3EHU A; 3UOR A; 1M5C A; 3FBP A; 1NKX A; 1P1N A; 3U8Q A; 1B5J A; 2FA7 A; 4RXL A; 3M3F A; 3RPW A; 1A7L A; 5H8Q B; 3PUV E; 4NGU A; 1FQC A; 5IZZ A; 1SDX A; 1FJ9 A; 5AE4 A; 3CVG A; 4IO5 A; 4R9G A; 1NV1 A; 5KDT B; 1CB6 A; 3QUJ A; 4QFP A; 1ELJ A; 1UIU A; 4MH5 A; 4PGN A; 4QBA A; 5DVF A; 1R6Z A; 2PX1 A; 4OFL A; 1M5E A; 4ELP A; 1AH5 A; 1NV0 A; 4HCW A; 4OFO A; 4QFL A; 2PFZ A; 1Y3Q A; 2XXR A; 3N5L A; 1CE2 A; 4YAH X; 2DE3 A; 4G8H A; 5KCJ A; 3FGS A; 4XKQ A; 4GWW A; 3TYH A; 4QSC A; 3IL1 B; 1IMA A; 4JWY A; 2FBP A; 4WED A; 1N04 A; 1LBY A; 4FEC A; 1N76 A; 2OK2 A; 1JNF A; 4GOT A; 4MEV A; 3TKD A; 3MPK A; 5CBR A; 3MW0 A; 1JP4 A; 4X48 A; 4GXS B; 2ZZX A; 4HS7 A; 1MXV A; 2GH9 A; 2UVI A; 4GX3 A; 1QUJ A; 2V25 A; 3ZKK A; 5EHM A; 2I4C A; 4PTK A; 2XWK A; 1POY 1; 1EYJ A; 3ONM A; 1FPE A; 3EHT A; 1MH3 A; 4U4S A; 4YKK A; 3ZS6 A; 3TEL A; 3MP6 A; 4GBV A; 3H3G A; 4R6Y A; 4OEN A; 1YYZ A; 4XF5 A; 1H43 A; 3FVK A; 3O97 A; 3SZP A; 2Y7P A; 1HSE A; 3F11 A; 3FAS A; 4YKP A; 2WKY A; 3PPN A; 4H65 A; 3CIJ A; 3T0J A; 5CMK A; 1XOC A; 3KBR A; 4POX A; 2OLB A; 3K4U A; 2VGQ A; 3FD3 A; 4I62 A; 4F39 A; 1LGB C; 5EYG A; 3H4Z A; 3LBS A; 5CC2 A; 3IJO B; 5I59 A; 5EYH A; 2OCU A; 2F36 A; 4QFN A; 1SI0 A; 3T96 B; 3RN8 A; 2VD3 A; 4R74 A; 3SEW A; 3DP8 A; 4F19 A; 1M5D A; 1R1N A; 4OEV A; 3PGF A; 4YKI A; 4G2Z A; 4U1Z A; 2UXA A; 1FQD A; 3KBZ A; 3IOR A; 3B8B A; 1OVT A; 5IZ3 A; 1SW5 A; 2ZXT A; 3IO4 A; 4X1B A; 4F3G A; 2QS3 A; 4P11 A; 3K02 A; 3M3K A; 1FCK A; 1AOV A; 3N6T A; 4RYA A; 4Z0I A; 1PB8 A; 3OEN A; 4FOR A; 2DQV A; 4IY6 A; 2HAV A; 1Y3P A; 4U22 A; 1EZ9 A; 4ND9 A; 1IMD A; 3HN0 A; 1S9T A; 1B4H A; 2RF1 A; 3EQ1 A; 4FAJ A; 4YMA A; 5AA2 A; 4HE2 A; 3N6U A; 1NV7 A; 3T66 A; 3TUS A; 4KXP A; 5I2K B; 2MKZ A; 3R26 A; 3GXA A; 4MBP A; 1ZKB A; 4UA8 A; 4M4G A; 3U1O A; 4F31 B; 5AA4 B; 2D3I A; 2OWT A; 1IXC A; 1B3F A; 4EQ9 A; 2ZYK A; 3G3I A; 4IGT A; 3LSL A; 5TPA B; 1LAH E; 2UVJ A; 2I58 A; 1VR5 A; 4DDD A; 1FPD A; 2HQ0 A; 3BBR A; 3KZG A; 4G68 A; 4JDF A; 4PFR A; 2RC9 A; 5TP9 B; 5EQA A; 4NED A; 4O7M A; 4XKP A; 2DP8 A; 4P3L A; 3IB2 A; 4XEQ A; 3VXB A; 1N84 A; 4NHB A; 1NUY A; 1FJ6 A; 4EF1 A; 1B2H A; 4LVQ A; 4O8M A; 1SBP A; 4Q5T A; 2AIX A; 2G93 A; 4GX4 A; 4LAT A; 4DI4 B; 1MY0 A; 1FTK A; 4NF6 A; 2CZH A; 1VE4 A; 2H98 A; 2OJT A; 4I9D A; 1FQE A; 4GVO A; 4PDH A; 2IEE A; 1MG1 A; 3SER A; 3MYU A; 3N26 A; 2WX9 A; 4X1D A; 4H67 A; 5EQ7 A; 5EQ8 A; 1FPI A; 3RQT A; 5EQ9 A; 2DE2 A; 4G61 A; 4KQP A; 2QVV A; 2HXW A; 2DVZ A; 1FBD A; 3S9E A; 1IME A; 4QF9 A; 4PAI A; 4N6P A; 4DXU A; 3LR1 A; 3PD9 A; 1FBE A; 1RDX A; 3IAZ A; 1UTH B; 1Y3N A; 1IMF A; 1DTG A; 2HPG A; 1O64 A; 2OBG A; 3SDF A; 2OZZ A; 5I57 B; 1D9Q A; 5M2V A; 3TEP A; 5FTH A; 3KSX A; 4H45 A; 2NVU B; 4PBH A; 3CSG A; 2Q8J A; 1ANF A; 4OMB A; 3VLV A; 5JTY A; 4GXA A; 4BDR A; 4YB6 A; 3S9M C; 1MM6 A; 2HFB A; 3CFZ A; 2XX8 A; 4F3P A; 3KJ7 A; 1I69 A; 1KZ8 A; 4P8B A; 1LBV A; 1NL5 A; 2HHM A; 2Y7R A; 3O28 A; 4KD5 A; 2XD2 A; 4N91 A; 3OXN A; 1B4Z A; 3JZJ A; 4FJP A; 4H6D A; 3UN6 A; 1BK4 A; 2YLN A; 4LQ5 A; 4THI A; 4KYE A; 4UAC A; 2V3Q A; 1I6A A; 3MVY A; 1QKA A; 3TCG A; 1B0L A; 3C32 A; 1LST A; 4LN5 A; 3O66 A; 4HTG A; 4EQB A; 5CBS A; 2QL3 A; 5BUU A; 1JW4 A; 3K01 A; 2P0S A; 4U2R A; 4F3B A; 5K2Y A; 3VVD A; 3SET A; 4R75 A; 3H7M A; 1RDZ A; 5LDZ A; 3C36 A; 3OEK A; 4NF8 B; 3TPA A; 4OQO A; 3IB0 A; 5IKB A; 2O51 A; 5J16 A; 1TWY A; 2XA5 A; 3O9P A; 1IEJ A; 4KR5 A; 4H5F A; 3ILU B; 2PMS A; 3B6W A; 3W15 C; 4LP2 B; 1WDN A; 1J1N A; 1B0H A; 1MPD A; 4RA1 A; 3FJ7 A; 2Q2A A; 1O63 A; 3S9N C; 3IR1 A; 2H5Y A; 2F97 A; 3FXQ A; 1KA1 A; 3H06 B; 2Y84 A; 3MZ9 A; 4ZEC A; 3IX1 A; 4OER A; 1DPP A; 1IMC A; 3PMW A; 4LZ7 A; 4MNP A; 4OWD A; 3D1R A; 5KDT A; 1OQH A; 4OVS A; 4F29 A; 2HAU A; 4PC9 A; 4MFI A; 1MY2 A; 1AWB A; 1VFD A; 4PAF A; 1FW0 A; 5T3J A; 4DCX A; 3IK6 B; 4IB2 A; 3K6U A; 3HHF A; 4HE0 A; 3FAT A; 4YU0 A; 2UVG A; 4XXU A; 2O84 X; 1M5F A; 1QKB A; 4GX6 A; 4PQJ A; 2REG A; 3FZV A; 1Y4T A; 1EYK A; 2P1S A; 2XXT A; 3ODB A; 3VFJ A; 3RGY A; 1B5I A; 1RYO A; 3VDF A; 1LCF A; 4I3E A; 1N0T A; 5LOM A; 1L5T A; 1AMF A; 1FTA A; 3MVZ A; 2R6G E; 3PUZ E; 4PFY A; 1MPB A; 3N94 A; 2XWI A; 4QSE A; 2WYK A; 4GRK A; 5I56 A; 2DWJ A; 2I0C A; 1IZ1 A; 1URS A; 4OVT A; 3V89 B; 2QS1 A; 3TFL A; 1IXH A; 1ZJL A; 3OMB A; 3C35 A; 3BFT A; 4M1V A; 2DDK A; 5CI5 A; 1RKM A; 2XXP A; 2GHA A; 3TOD A; 4H8I A; 2FNC A; 4PCD A; 2FYI A; 1ZTY A; 4O3C A; 4H5G A; 1TT1 A; 4BLA A; 3WAF A; 2F7B A; 3Q28 A; 2QS2 A; 1LFG A; 1P1U A; 1BIY A; 2F6G A; 3OOA A; 4JWO A; 4AB5 A; 4JSO A; 1FBC A; 3KN8 A; 4BDO A; 1NV4 A; 2RIN A; 2Z8E A; 4NN3 A; 2D21 A; 2PT1 A; 4YIC A; 1FBG A; 1USY H; 3PD8 A; 4P47 A; 2NWJ A; 1CNQ A; 1FBF A; 5AA3 A; 3K1P A; 4IO7 A; 1Q1K A; 1GR2 A; 3MPL A; 4N6K A; 4E0X A; 3MZ1 A; 4MJO A; 4LUB A; 3PPQ A; 4ZED A; 3B6Q A; 1ZLQ A; 1EH3 A; 3E78 A; 4R2B A; 1YZ0 A; 5ICQ A; 4P9K A; 2AYS A; 1USY E; 3K6W A; 3IOT A; 3EF7 A; 3QIM A; 2O7U A; 4BDN A; 1QUI A; 2RKM A; 2O68 A; 3Q25 A; 1IUD A; 3A09 A; 4OAN A; 1A8E A; 1MQI A; 3O6H A; 4NX1 A; 4HCY A; 4YB5 A; 3MBP A; 1R9L A; 1SI1 A; 4NWD A; 1PB9 A; 5HPQ A; 3KOT A; 4DI3 D; 3TTM A; 3THI A; 4YMB A; 2PT2 A; 2Y7K A; 1US4 A; 4G4P A; 1B3E A; 3IO6 A; 4MNI A; 5FHM A; 1NI9 A; 1OLA A; 4O7I A; 1G0H A; 3VLU A; 1DBZ A; 2XXU A; 1N3W A; 1ZMG A; 3MVW A; 2XXV A; 2F3D A; 5F7V A; 5I2K A; 5I2N B; 1KWH A; 3PUX E; 4FEB A; 1MDP 1; 3TAJ A; 3DP6 A; 5I7I A; 2UYE A; 3RTW B; 4H8J A; 3K00 A; 1S7Y A; 5AA4 A; 4X9T A; 3FVN A; 4HXV A; 5TPA A; 3DLN A; 1A8F A; 1MXX A; 1SYI A; 2CMO A; 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