4N8ZA

In situ lysozyme crystallized on a mitegen micromesh with benzamidine ligand
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGLQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Hitting the target: fragment screening with acoustic in situ co-crystallization of proteins plus fragment libraries on pin-mounted data-collection micromeshes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4n8zA00
3SP3A 3ULRA 2ZILA 1REZA 1IP7A 1VDSA 6LYZA 1IP1A 1UIFA 1P2CC 1WQRA 1GHLA 5LYTA 1B5UA 4ANRA 4B4JA 1BB3A 5B05A 3CSZA 5T3FA 1LMAA 5IHGA 1NF5A 1YAOA 4KT3A 1GB2A 1LYOA 4BAPA 2HU3A 2Z19A 3D3DA 4LFXA 4C5FA 1LZTA 2Z12A 1LZCA 4NEBA 2HECA 4HTNA 1IWWA 1CNSA 2Z38A 4PGJB 3A3QA 3AZ4A 6LYTA 3A93A 1JJ3A 1UACY 4E3UA 3RZ4A 2I26L 3HFMY 4DD3A 4DD7A 1GDXA 4ETDA 1IVMA 2F4AA 1UIHA 1LZRA 1LZNA 3CT5A 1IP4A 1MLCE 5LIOA 3AGHA 5C6LA 5F9UA 8LYZA 154LA 1HFYA 2BQMA 4LFPA 4NGYA 1LZAA 4OOTA 5I4YA 1AKIA 5DM9A 5DN5A 4ETCA 7LYZA 1G7MC 2D91A 4H94A 1GWDA 2YBNA 3VWOA 1DI5A 2ZWBA 2F30A 1UIDA 4GN3A 3A92A 1LZBA 1B5WA 1UIBA 1H6MA 2BQHA 1OUCA 4GN4A 3ZVQA 1LSAA 1WVVA 4HV1A 5HNLA 4XN6A 1CJ9A 1GFJA 4H9AA 1AZFA 1GB5A 4H9BA 1GE3A 4DD9A 5KXXA 1HF4A 3A94A 1CKDA 1OUGA 1UA6Y 5L9JA 2DQEY 1B7MA 3KAMA 1J1PY 1OUDA 2MEBA 4ETBA 1GEZA 1GF4A 3LYZA 2DQCY 1BVKC 3WU9A 4H9CA 4N0JA 1DPWA 3LYMA 1DPXA 2GV0A 4XJDA 5B1FA 5HMJA 1HSXA 1IWUA 1E8LA 4LYZA 4NGIA 4I0CA 5HQ1A 2YBMA 4PJ2C 4KXIA 1BB6A 3P65A 3AJNA 4NGZA 1LCNA 2DQIY 1UC0A 3ZEKA 3AGGG 4ETEA 2G4QA 3AZ7A 4WM4A 4NGWA 5DL9A 5LXWA 1LSYA 2G4PA 5KXSA 1UIAA 1B7NA 1NBZC 1GFVA 1NDGC 1TEWA 4HPIA 5FELA 5LVIA 134LA 1QUTA 1WQMA 2ZNXY 3A96A 4TSCA 1HFZA 3AZ5A 4AXTA 5KXMA 1LSPA 4HJYA 1HEPA 4NHSA 1RFPA 3G3BB 3LYOA 1FLQA 4L41A 1B0DA 1RI8B 1QQYA 4H9EA 5IDDA 1YANA 5F14A 1VDQA 5L3HA 4OWHA 1F10A 5F81A 1OUEA 135LA 3AGIA 5E4PA 1FN5A 2D4KA 4GCEA 2HUBA 3A95A 1JJ1A 5LA5A 4LYTA 4LT0A 3A8ZA 1JTTL 3P4ZA 2MEIA 5LINA 4DYGA 2Z37A 1G7JC 1BHZA 3N9CA 2HEBA 5B06A 1GFTA 1XEJA 1DZBX 1GD6A 2ZIJA 1LZ8A 3QY4A 3TMUA 2C8OA 2I6ZA 2YBHA 2LYZA 4P2EA 4YENA 4NG8A 3IWRA 1DI3A 1LSGA 5KXKA 194LA 4QEQA 4C3WA 5ILCA 4HJZA 4NSGA 4DD2A 1CKFA 2D4JA 2ZQ4A 5APCA 1LPIA 4BAFA 2DQJY 3EO5A 1JITA 3IJUA 4UWVA 1KXWA 1JKBA 1LOZA 5D5CA 2BQDA 2BLYA 1JISA 1XGQC 1LHHA 208LA 1B7SA 3WPLA 4CFPA 1EQ5A 1LJEA 5I4WA 133LA 2FBBA 4WLDA 1JSFA 4XJIA 2MEDA 1HERA 1SLYA 1N4FA 1KXXA 3EBAB 3W6CA 2CGIA 5LYMA 3CQLA 1OQMA 1OUHA 4WOAA 1YAQA 3TXJA 3WXUA 2YVBA 5A3ZA 2IFFY 1WVUA 2XJWA 1IOCA 1OUBA 1EQEA 4G4HA 1GAYA 1IC7Y 1NKHA 3W6EA 2BQAA 4CFOA 3B0IA 1LJNA 1D0KA 3ZVQB 1HMLA 1YKZX 4WO9A 1IOQA 4NGLA 1D0LA 4O34A 1NWGA 2Z2FA 1CKHA 1AM7A 1GFEA 4OWCA 1LZEA 3W6DA 2YSSC 4BS7A 3TXDA 1OUIA 1UBZA 1JTOL 2XTHA 1KIPC 4ZIXA 1LJKA 1NMMA 1FKVA 1QTKA 1I1ZA 3WUNA 3WW6A 4CGEA 1A2YC 4OWEA 1LSZA 1C46A 5HNCA 5K7OA 3CT1A 1WTNA 1GEVA 3W6BA 4N1EI 1JSEA 3AYQA 1IOTA 1B5XA 3T6UA 1OUAA 1QDRA 1HENA 1JKAA 1TAYA 1LMCA 1GXXA 2ZIKA 1LAAA 1TCYA 3P68A 1HSWA 4H8XA 4D9ZA 2MEGA 3J4GA 4NIJA 2LZ2A 1HEMA 1B5YA 2BQNA 4NHTA 5DLAA 3TMVA 4NGJA 1I20A 1J1OY 3M3UA 3HBHA 1IP5A 4NSHA 4RW1A 5APEA 4DD0A 5IELA 4TSBA 3N9EA 1IC5Y 1LKRA 5F16A 2Y8PA 4HJVA 3WVYA 5LVJA 2DQDY 1ZVYB 5LAGA 3WW5A 4UWNA 5LVHA 1FKQA 4WM2A 1BWJA 3F6ZA 4IJ4A 3WMKA 1GBXA 1B7PA 1G7HC 1GAZA 1B7RA 1PS5A 3OK0A 1LMOA 2BAAA 1BGIA 1GFAA 1J1XY 2ZQ3A 2XBRA 3FE0A 4J7VA 2VB1A 4HV2A 4B1AA 5KJ9A 1IO5A 2YBIA 5FSTA 1Z55A 4LGKA 1LHLA 1TBYA 4WLYA 1NBYC 1GDWA 3CSRA 4NSIA 4HP0A 4TWSA 5FEKA 1B9OA 1IY3A 2ZYCA 4Z41A 4G9SA 2F4GA 1BB7A 2ZYPA 4WG1A 153LA 2EQLA 4H90A 5M1YA 1LZ6A 1YL0X 3WU7A 5A3EA 1T3PA 2DQGY 2Q0MX 3T36A 1HEQA 2HEEA 1C45A 1YKYX 4DC4A 1ZMYL 5KXOA 1GB8A 4H8ZA 1AT6A 3WL2A 2DQAA 4HPEA 1C10A 1IR9A 1JKCA 5B1GA 3AW7A 3B0OA 1GF5A 1LZ4A 3J6KA 1LSDA 3RT5X 4ETAA 4II8A 1UUZC 4XJGA 2HTXA 4RDSA 1GBZA 1GFRA 1IIZA 2BQIA 1LZDA 1GF3A 3LZ2A 5I4XA 1WQQA 1IWZA 1GFKA 2W1LA 5KKIA 2YDGA 4LYMA 1UCOA 4HTKA 1A4VA 1B2KA 3CB7A 4PRQA 4WO6A 3A91A 1HMKA 4N9RA 1LHMA 2N5ZA 4H9IA 3W6FA 4DDCA 1RJCB 1LZ9A 1IY4A 2F2NA 2BQEA 5HLLA 1XEKA 1PZYA 1QUSA 5LAFA 1QTEA 1QSWA 4Z46A 4DD1A 4ZEEA 1LYSA 3TXHA 1YAPA 5D5FA 5J7CA 3HBDA 193LA 4WM1A 1B5ZA 1XGPC 4GCBA 1B7QA 1DQJC 2LZTA 1YILA 2MEHA 1FDLY 1GBSA 4NGKA 4UWUA 1GXV2 5APFA 5KXNA 1D6QA 2MECA 3CT0A 5KXRA 2AUBA 1LSCA 5APDA 3B6LA 4DWXA 1SQ2L 3K3TA 132LA 1IORA 1D6PA 1ZV5L 4J1BA 1HEOA 3BKVA 2CJLA 4XYYA 4R6CA 4TUNA 3TXGA 3A3RX 1GFUA 1WQPA 4WM3A 1IR7A 1GE4A 5LA8A 3WH1A 1XGUC 2BLXA 3P66A 4YEMA 1IEEA 3HBEX 4IATA 1WTMA 3WULA 3TMWA 1GF7A 207LA 4W96A 4BADA 3CSQA 4XJBA 9LYZA 3B0KA 5KKJA 2Z2EA 3EXDA 2HU1A 1GB7A 1REMA 4DDBA 4HSFA 4A7DA 4OWAA 3W6AA 3E3DA 5L3IA 1DI4A 1FBIX 2D4IA 3BKHA 4I8SA 4QGZA 4YEOA 3QNGA 1LSMA 4LT1A 4N1CC 3TXFA 1GBWA 3W3EA 4PHIA 2LHMA 4RLMA 2H9JA 3WVXA 4YOPA 1T6VL 1CJ6A 2B5ZA 1G7IC 1IOSA 2BQLA 1BWIA 1GF9A 4OW1A 3AW6A 1IP6A 1HELA 2W1YA 3TXBA 4R0FA 3MGWA 3WUAA 1FLYA 3IJVA 1W6ZA 2Z39A 5LVKA 1LYYA 2A7FA 1BB5A 4DDAA 1XGTC 2EIZC 4M6DA 5FCPA 4NHPA 3EMSA 1WQNA 1GE2A 2BPUA 4U3XB 1O23A 3ATOA 4WL7A 2MEAA 3WPJA 4NSJA 1IWTA 1CJ7A 4H1PA 1JPOA 5FDJA 5JENB 1IWYA 1F6RA 2HEDA 3P64A 4NWEA 1XSFA 1HNLA 1CKCA 2FBDA 4RW2A 1JHLA 4TX7A 1JEFA 1HEWA 1VDPA 1NQIA 1TDYA 1GF0A 3AB6A 1LHJA 2EPEA 3A6CY 4NGVA 4XJFA 5KXYA 1IWXA 4Z98A 3GXKA 5II3A 4WLXA 1DKKA 1OUFA 1UIGA 1DKJA 1RE2A 3ATNA 1D0MA 1LJGA 4B4EA 1LMPA 1XEIA 2NWDX 3TXEA 1GB6A 1ZVHL 1W08A 3A6BY 4IASA 4GCDA 1GF6A 4N5RA 2MEFA 5KXPA 1JTPL 3WUMA 1GB0A 4WLTA 4XADA 1YL1X 1LZYA 4ET8A 1REXA 4CHXA 1D9UA 4KL7A 3A34A 4WM5A 1LTMA 4CJ2A 2LYOA 3TMXA 3WU8A 5LVGA 1LJIA 1BWHA 2BQJA 1G7LC 1IP3A 2BQFA 1LJHA 4OWBA 2IHLA 5I54A 1LHKA 2DQFC 1B7LA 1GBYA 1UICA 4GN5C 4NFVA 1IX0A 4RLNA 1GE0A 1VDTA 3LN2A 4XJHA 3AZ6A 2DKVA 3QE8A 2BQCA 4ZFPA 4NGOA 1BB4A 1GB3A 1KIRC 1NHEA 1QIOA 5E9RA 4WMGA 4H9HA 2DBTA 1F0WA 4TTDA 2EKSC 4Z3MA 1YROA 2BQBA 4MSTA 3RW8A 1H87A 5B59A 4H8YA 1IR8A 1V7TA 2X0AA 2C8PA 1GFHA 1LSNA 1YIKA 2LYMA 4GCCA 3WPKA 1MELL 1YKXX 1BVXA 5DN4A 1B5VA 4H91A 1YAMA 2D6BA 5KY1A 1EL1A 2MEEA 2A7DA 1BQLY 1LJJA 2FYCA 2FYDA 3WXTA 4LYCA 5C6IA 4WM6A 3N9AA 2BQGA 2HEFA 1LSBA 4LZTA 5KXTA 3TXIA 4PPOA 1LJ4A 1LSFA 1YQVY 1VATA 1VEDA 1LKSA 1WQOA 4OOOA 1JWRA 4WL6A 2YBLA 4PRUA 4LYOA 4AGAA 4NHQA 4YF2A 1VFBC 1LMQA 5KXLA 1QSAA 4MCKA 1IWVA 1CJ8A 4LT2A 1KIQC 1LZGA 4EOFA 1INUA 1UIEA 1GF8A 1GB9A 4H93A 5KXWA 2PC2A 5B07A 4QY9A 1F6SA 3LYTA 2HEAA 4FJRA 4LYBA 1NDMC 3OJPA 1VAUA 1IP2A 4DT3A 4ET9A 1LJ3A 1I56A 5KXZA 4X3BA 1LSEA 1CKGA 2W1MA 1XGRC 2BQKA 1HFXA 2H9KA 4NY5A 1HC0A 4NHIA 3RU5A 1DXJA 3D9AC 5I5QA 4H9FA 4G4BA 1IC4Y 3A67Y 5C6JA 3G3AB 4GLVA 1C08C 1LZSA 1JUGA 2ZNWY 1GE1A 2YBJA 2I25L 4GLAA 2W1XA 4ML7A 3LZTA 1FLUA 3TXKA 2G4NA 5HMVA 3B72A 1JJ0A 2BQOA 4W94A 4YM8A 4QDNA 4B4IA 1QDTA 1V7SA 3RNXA 1C43A 1EQ4A 3GXRA 1XFPL 1GPQC 2WARA 4H92A 1OP9B 4N8ZA 4NG1A 5LYZA 1LZ5A 3FI7A 2CWIA 1AT5A 1FLWA 1JIYA 4WG7A 4MR1A 2DQHY 2XBSA 1REYA 5EBHA 1GBOA 4M4OA 4LT3A 3LHMA 4GCFA 3A90A 5FHWA 4J1AA 4J0LA 1B7OA 4FDYA 1KXYA 4B0DA 5I53A 1LZ1A 1LMTA 3M18B 4HTQA 1OUJA 1ALCA 1C7PA 2H5ZA 1LHIA 4KPMA 1LJFA 2Z18A 1JKDA 5AMYA 1GFGA 1HHLA 4G4CA 1LMNA 1RCMA 4G49A 4NWHA 4XENA 4EMNA 1LYZA 4B49A 2CDSA 5F9XA 5ILFA 3WYHA 2RSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REZA 1L19A 1VDSA 2F32A 1GHLA 1L96A 5LYTA 1B5UA 4B4JA 5T3FA 1LMAA 1NF5A 1GB2A 2O4WA 4C5FA 2Z38A 6LYTA 1SSWA 1QTBA 243LA 1UIHA 3CDRA 3DN0A 225LA 3QAKA 1CU2A 7LYZA 1G7MC 2F30A 3A92A 1UIBA 1OUCA 1KNIA 4GN4A 1LSAA 5HNLA 3ZVQA 1CJ9A 3GUNA 1GFJA 4H9AA 1GB5A 3C7YA 3A94A 1CKDA 1OUGA 2DQEY 3KAMA 1OUDA 2MEBA 1GF4A 224LA 2DQCY 4H9CA 1C6MA 1L31A 4XJDA 5B1FA 5LZMA 1L61A 4EKRA 3AJNA 1D3FA 4NGZA 1LCNA 2DQIY 3AGGG 1G0KA 4NGWA 5KXSA 4HPIA 3A96A 4TSCA 1HFZA 3G3XA 195LA 4HJYA 1HEPA 1L42A 220LA 1B0DA 1RI8B 1QQYA 4K5YA 5F81A 1F10A 3AGIA 135LA 5E4PA 1FN5A 2D4KA 4GCEA 2RBSA 1OWYA 2MEIA 1DYGA 1P2RA 5LINA 4LZMA 3N9CA 1C63A 1L65A 2HEBA 4DKLA 1L86A 1LZ8A 2C8OA 4P2EA 4I7MA 4NG8A 2CUUA 1CTWA 1JITA 3IJUA 5D5CA 1LWKA 149LA 1JISA 1L62A 1N4FA 5LYMA 3W6CA 1L52A 1L98A 1OUHA 2YVBA 2XJWA 1L15A 1OUBA 1L67A 1IC7Y 1NKHA 142LA 1PQJA 2LCBA 3V2WA 3TXDA 1OUIA 1NMMA 1QTKA 1FKVA 1LSZA 5HNCA 4I7KA 1CUPA 3T6UA 2OU8A 1TAYA 1L94A 1PQMA 4D9ZA 2ZIKA 1LAAA 2MEGA 2LZ2A 5DLAA 2B70A 4NGJA 1L20A 2B7XA 3N9EA 3FI5A 5LVJA 3WW5A 2ANVA 4WM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SP3 A;  3ULR A;  2ZIL A;  1REZ A;  1IP7 A;  1VDS A;  6LYZ A;  1IP1 A;  1UIF A;  1P2C C;  1WQR A;  1GHL A;  5LYT A;  1B5U A;  4ANR A;  4B4J A;  1BB3 A;  5B05 A;  3CSZ A;  5T3F A;  1LMA A;  5IHG A;  1NF5 A;  1YAO A;  4KT3 A;  1GB2 A;  1LYO A;  4BAP A;  2HU3 A;  2Z19 A;  3D3D A;  4LFX A;  4C5F A;  1LZT A;  2Z12 A;  1LZC A;  4NEB A;  2HEC A;  4HTN A;  1IWW A;  1CNS A;  2Z38 A;  4PGJ B;  3A3Q A;  3AZ4 A;  6LYT A;  3A93 A;  1JJ3 A;  1UAC Y;  4E3U A;  3RZ4 A;  2I26 L;  3HFM Y;  4DD3 A;  4DD7 A;  1GDX A;  4ETD A;  1IVM A;  2F4A A;  1UIH A;  1LZR A;  1LZN A;  3CT5 A;  1IP4 A;  1MLC E;  5LIO A;  3AGH A;  5C6L A;  5F9U A;  8LYZ A;  154L A;  1HFY A;  2BQM A;  4LFP A;  4NGY A;  1LZA A;  4OOT A;  5I4Y A;  1AKI A;  5DM9 A;  5DN5 A;  4ETC A;  7LYZ A;  1G7M C;  2D91 A;  4H94 A;  1GWD A;  2YBN A;  3VWO A;  1DI5 A;  2ZWB A;  2F30 A;  1UID A;  4GN3 A;  3A92 A;  1LZB A;  1B5W A;  1UIB A;  1H6M A;  2BQH A;  1OUC A;  4GN4 A;  3ZVQ A;  1LSA A;  1WVV A;  4HV1 A;  5HNL A;  4XN6 A;  1CJ9 A;  1GFJ A;  4H9A A;  1AZF A; 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 1VFB C;  1LMQ A;  5KXL A;  1QSA A;  4MCK A;  1IWV A;  1CJ8 A;  4LT2 A;  1KIQ C;  1LZG A;  4EOF A;  1INU A;  1UIE A;  1GF8 A;  1GB9 A;  4H93 A;  5KXW A;  2PC2 A;  5B07 A;  4QY9 A;  1F6S A;  3LYT A;  2HEA A;  4FJR A;  4LYB A;  1NDM C;  3OJP A;  1VAU A;  1IP2 A;  4DT3 A;  4ET9 A;  1LJ3 A;  1I56 A;  5KXZ A;  4X3B A;  1LSE A;  1CKG A;  2W1M A;  1XGR C;  2BQK A;  1HFX A;  2H9K A;  4NY5 A;  1HC0 A;  4NHI A;  3RU5 A;  1DXJ A;  3D9A C;  5I5Q A;  4H9F A;  4G4B A;  1IC4 Y;  3A67 Y;  5C6J A;  3G3A B;  4GLV A;  1C08 C;  1LZS A;  1JUG A;  2ZNW Y;  1GE1 A;  2YBJ A;  2I25 L;  4GLA A;  2W1X A;  4ML7 A;  3LZT A;  1FLU A;  3TXK A;  2G4N A;  5HMV A;  3B72 A;  1JJ0 A;  2BQO A;  4W94 A;  4YM8 A;  4QDN A;  4B4I A;  1QDT A;  1V7S A;  3RNX A;  1C43 A;  1EQ4 A;  3GXR A;  1XFP L;  1GPQ C;  2WAR A;  4H92 A;  1OP9 B;  4N8Z A;  4NG1 A;  5LYZ A;  1LZ5 A;  3FI7 A;  2CWI A;  1AT5 A;  1FLW A;  1JIY A;  4WG7 A;  4MR1 A;  2DQH Y;  2XBS A;  1REY A;  5EBH A;  1GBO A;  4M4O A;  4LT3 A;  3LHM A;  4GCF A;  3A90 A;  5FHW A;  4J1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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