4NEDA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with fenoprofen at 2.1 angstrom resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal STRUCTURE OF C-LOBE OF BOVINE LACTOFERRIN COMPLEXED WITH FENOPROFEN AT 2.1 ANGSTROM RESOLUTION
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nedA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nedA02
4H65A 3K1PA 3T22A 4DZ1A 1MPCA 3SEVA 1B1XA 3K4UA 1JVXA 2XXYA 3M3KA 4OHNA 2F5XA 3SEYA 3MUQA 1B46A 5L9OA 1ELJA 1UTBB 1MXXA 4ZEIA 5M2VA 3QYTA 1B5JA 4G8MA 3TTRA 2VHAA 4Q0CA 3K01A 2FYIA 3IO6A 4NF4A 5L8DA 4KQPA 2REJA 4PETA 5ITOA 3HO7A 4I1DA 4N6PA 1Y4TA 4KI0E 1XS5A 3QXMA 3C32A 1Y3QA 3RUMA 1Y9UA 2XXRA 1B5IA 4WEDA 1QUJA 5B7DA 3OO9A 1H43A 1POTA 3V8XB 1UTHA 3QSLA 2I4BA 3BBRA 5TP9A 1RKMA 4POXA 5AE4A 4IO3A 2O1MA 2XXIA 4I8CA 2QS1A 1MM7A 3M8UA 4LATA 5FTIA 1D3KA 3HN0A 4IB2A 3EPEA 3VFJA 4EQ7A 1BTJA 3THIA 4OENA 1OIBA 2XXHA 4NEDA 4KCCA 2Y7PA 2AYSA 2Q2AA 3MPLA 1SW2A 4OFOA 3O29A 3PPQA 2HCAA 2I0BA 2NOOA 3LUYA 2RC8A 2Z22A 3C33A 2XXVA 1MQHA 5CMKA 4RJZA 3UN6A 4EF2A 1QUKA 3K0VA 3KOSA 2I3WA 4HS7A 4X1DA 3FGSA 1VFDA 5H8NA 4ESXA 4ECFA 3CVGA 3KSXA 2Q89A 1I6BA 4RXLA 1T0KA 2DE3A 2XX8A 1AH5A 4YKJA 1P1QA 4JDFA 3OMBA 1MXVA 4QRZA 4U23A 2KLFA 3IJOB 3O9PA 1R6ZA 4MF3A 3OO8A 2YJPA 2I6EA 5EYFA 1KWHA 2UVGA 3MAMA 2DXYA 4N07A 4R9GA 1USYE 1FTOA 3E3KA 3IAZA 4ZE9A 2RINA 4ONYA 5H8FB 1YTVA 3QUFA 3IJXB 2NWJA 5K2YA 3LSWA 1MY3A 2Z8EA 5H8HA 4OEUA 4TLLB 4XKPA 4OWDA 3U93A 4P11A 1MQJA 1USYH 5CMBA 3ZKLA 3KN8A 4OETA 1BIYA 3CRBA 3G3IA 3V83A 4QFKA 1PDAA 3LSLA 4OERA 3GXAA 1J1NA 2XX9A 2G93A 2HAVA 2UYFA 3IOTA 4GL0A 4NE4A 5CBSA 1B7UA 3E9XA 1QUIA 3DM0A 1LSTA 2PX1A 3KOTA 4U4XA 3VLVA 3S9EA 3FVGA 2Q8JA 3GZGA 1TWYA 1A54A 4QSCA 4P0IA 2F7AA 3PMWA 5B70A 4F18A 5I2NA 3MQ9A 3FIRA 1FQEA 4JXIA 3GBAA 4F1YA 5FHNA 2V84A 3RY3A 5KZTA 1N3XA 4FE8A 4U1OA 1ZJLA 5I2KA 3H4ZA 2QMWA 3MJNA 5L9MA 4F39A 2DWIA 3KG2A 4ELPA 2I3VA 3O6HA 4EF1A 1EH3A 2QSXA 2GH9A 3UORA 4RK9A 2ALUA 4F2OA 4JWYA 4TOZA 1UIUA 4KCDA 4X1BA 3DELB 3WAFA 1IXGA 2ONSA 1MRPA 2O68A 5ELVA 3RT6B 1L5TA 3H6UA 3PD9A 3R26A 1H45A 1SW4A 3H06B 1DTZA 4OZ9A 2DWHA 4RK2A 4NWCA 4ZE8A 5ITPA 3OO7A 4OTEA 1FW0A 1O63A 3TQWA 2R71A 4P0GA 3DP4A 3T66A 2RCBA 1MM6A 2PMSA 3FV2A 3TDJA 3CFZA 3DLNA 3CI8A 3A09A 4ESWA 1P1UA 1MY4A 4C0RA 5CI5A 4F3GA 4ZZEA 4O3AA 4KR5A 4IY5A 2LAOA 4BDOA 3VLWA 2ONKE 1FQBA 3G3HA 1LAGE 3TODA 2XXQA 1PBPA 2ZNSA 4Q8RA 3B6QA 2HQ0A 2DOJA 4JWOA 1I6QA 3LR1A 2D5WA 1SD3A 3RLFE 3HHFA 4JWXA 2Y7KA 3I3VA 1MQDA 1M5DA 1XC1A 4IO5A 3PU5A 5A5XA 1MDQA 3IB1A 2P1SA 1RYXA 2Y7WA 2DWAA 1FTMA 2QJEA 4HW8A 3TCHA 3WAEA 1BKAA 2HFBA 2H98A 3MZBA 2XXXA 3SEWA 3FD3A 3U94A 1JEVA 4KPTA 5I57A 2DVZA 2OWSA 2ZNTA 4F3SA 3M3LA 2D21A 1B7HA 1EZOA 4G68B 4XIGQ 1IEJA 4FECA 4R73A 3Q29A 3MC2A 1JNFA 4H67A 4RNSA 1A7LA 1S7YA 3K6WA 1M5EA 3Q25A 4LUBA 4R6YA 3O97A 4F2QA 3PPNA 1GGGA 4YB7A 5I58A 3UA8A 1FTJA 3TUSA 1MPDA 3OEKA 1JW4A 4GF8A 2XX7A 3N26A 3OEMA 3BKIB 2R9JA 1LBBA 3PUYE 5HBCA 5A5XB 2F35A 3K1MA 2H25A 4XTCQ 2Y7IA 1ANFA 1XOCA 2XD2A 3IL1B 1QVSA 2HZKA 4U1ZA 1ATGA 1DSNA 3TCFA 3Q28A 2E1SA 5I59A 3VVDA 3IOVA 1TFAA 4FEBA 4I62A 5CM6A 2M8CA 5I57B 3KJ7A 4DIGA 1QKBA 4EQBA 1MXZA 5FHMA 4LONB 1FQFA 2VD2A 3MVXA 3U1OA 1NMUA 4PQJA 1QULA 2A5TA 1MG1A 2DE2A 2DWJA 5JTYA 1LLSA 5BUUA 4LZ7A 2FA7A 5FHOA 3T9HB 1R1NA 3W15C 5AA2B 1URDA 4DE8A 1VSOA 2RC7A 1LAHE 3G3GA 1B52A 4H5FA 3ECRA 4GVOA 3MBPA 3KZGA 4KYEA 4TQUQ 4N13A 4OYVA 3H03A 1A55A 4NF5A 1Z7NE 4H8IA 4FAJA 1ZBMA 3C35A 1P99A 2X7PA 1PC3A 2B65A 2V3QA 3T9VA 1JW1A 2F97A 4FJPA 4XXUA 2CZLA 4AB5A 3E4RA 4IO2A 2F78A 3ODBA 1P1WA 3ONMA 1VFEA 3USDA 2A5TB 1LGBC 4FATA 4NF4B 1FTKA 3MP1A 4U2RA 3T9XB 2XXWA 4YKKA 1JQFA 3L6HA 2VOZA 5DEXA 1SQYA 1JW5A 1B4HA 1NNKA 1SW5A 4U4SA 2H99A 5HM4B 4RA1A 1D9YA 1FCKA 2DP8A 4THIA 1SBPA 3OO6A 3RPWA 3O2AA 2F7BA 1UTHB 4LQ5A 4E0XA 3EN3A 5TP9B 3W9WA 4IO7A 3DP6A 3KGCA 3FJGA 4JBZA 1WODA 2ZYNA 4JB7A 3C31A 2B3BA 1ZKBA 1SDXA 3TEPA 2QL3A 1IXIA 5J1DA 5LOMA 3PMVA 1DPPA 3QK6A 5I56A 2RCAA 1QKAA 3C4MA 3PUWE 2GRVA 1B0LA 5L9SA 1H44A 2Q88A 3SESA 4YB6A 2QS3A 1IZ1A 3FJMA 3VE1B 4BDRA 4F3PA 1XVYA 5IAIA 5CBRA 2X26A 3FV1A 3MW0A 4JSDA 1Q1KA 1OQHA 3QUJA 4H8JA 3KJTA 5H8NB 1EU8A 3OSQA 1R9LA 5ICQA 3AXFA 5AA2D 1LBCA 4OFJA 1VE4A 4XKNA 2O7UA 4X48A 4U21A 3U92A 1CE2A 1ZIUA 5DT6A 2HAUA 2E0SA 2I48A 4G4PA 1NNPA 3KN3A 2I0CA 3SEUA 3H7MA 3HV1A 4YMBA 2DYXA 1O64A 1PB9A 3EQ1A 3I5OA 1PBQA 5KDTA 1B5HA 1IXHA 4M4GA 2O69A 5ISUA 4IGRA 5KCJA 5EHSA 3TMGA 4DXBA 4O3CA 5JEIA 1N76A 4AQ4A 5H8HB 4FEDA 3FVOA 2F36A 3S9MC 1O7TA 4GRKA 1Y4CA 1EZPA 1AMFA 4R6HA 1AIVA 3L6GA 3PUVE 3TKDA 2H4IA 3FATA 4QHQA 3DP8A 5HPQA 4BDNA 2Z23A 1MPBA 3VV5A 1XT8A 4NWDA 1URSA 4F22A 1URGA 3LC8A 4QSEA 4H5GA 4MLVA 2PT2A 4ZEKA 2QS4A 5I2NB 1H76A 3ZSFA 4MFIA 2Y7RA 4DCXA 2AL4A 4R9FA 1XHYA 3OSRA 3B7DA 5CMMA 3V89B 3SEXA 1B32A 3CFLA 3VLUA 3T93B 5I2KB 2GHBA 3CG1A 3IX1A 4XKRA 1Q35A 3F11A 1B7ZA 4NTLA 2HXWA 3IR1A 1LFHA 1GTKA 1B3LA 4OVJA 1LB8A 4GQOA 2DSFA 4MH5A 4HCWA 3VVEA 3P7IA 2ZYKA 2NVUB 3C34A 5TPAA 3V5AA 3MZ1A 1R9QA 3VXBA 5TU0A 4EXLA 2ESNA 4YKIA 3IORA 3SERA 1MXWA 2Q9TA 3W9VA 1QW0A 1OLCA 3S4UA 1SI1A 4LP2B 5AA4A 1TFDA 3T9UA 1DOTA 1F9BA 1FQAA 4MLQA 4EUOA 1DMBA 1S9TA 3O28A 4F19A 1TT1A 3RGYA 4LQ2A 3FXUA 3EHUA 2ZNUA 4GIZA 4R72A 1B1HA 5IKBA 2V93A 4WEPA 2PBWA 4DXUA 4OEVA 3CSGA 3A3CA 4YU0A 1GR2A 4GXSB 3H6VA 1MDP1 4C1TA 3I6VA 4U22A 5DVJA 3MZ9A 1M5CA 3PUXE 3KEIA 3UP9A 4ISUA 5CMCA 1MS7A 2F6GA 3O66A 1B58A 3C9HA 4GFRA 2Y84A 2Z8FA 5CRYA 2Z8DA 3R6UA 2ABHA 4PFYA 4L17A 1UTBA 4WKMA 1PB8A 3GLBA 1B0HA 3U8QA 1HSEA 5DVFA 1IITA 4DXCA 4GD5A 4KYSA 3FASA 4H6DA 3MPKA 1II5A 1LB9A 1MXUA 3PPPA 5F7VA 1SI0A 3PV0E 3HPIA 3RTWB 4G68C 3PMXA 1ZU0A 2HEUA 4Q5TA 1DTGA 1A99A 2THIA 3RT8A 1FQCA 2W7YA 3FVKA 3S2VA 1Y1MA 3GBBA 2CMOA 1ZLQA 4G8NA 2IEEA 2OBGA 3G3FA 3FJ7A 2XXUA 4YKPA 1NH8A 4IO6A 5AA1A 3PPRA 4DCYA 4IO4A 1OMPA 1ZTYA 4YICA 4ELQA 5K2XA 1IIWA 1PEBA 4M1VA 4ZDMA 1US5A 4O3BA 4ZEDA 4F3BA 5I58B 3K2DA 3O6GA 2RC9A 1M5FA 1S50A 3TTMA 3PPOA 1GV8A 2WKYA 2F7CA 1NH7A 1B4ZA 1N0TA 4KFQA 1NFTA 5F1QA 1LFGA 1LCFA 1NL5A 3U72A 1BLFA 2VD3A 4OMBA 2O51A 2O1LA 3O6IA 2I58A 3K6XA 2ZMBA 3TTNA 5I59B 2H9BA 3OOAA 1B40A 1B2HA 4X9TA 3N94A 3SETA 3K6UA 3QAXA 2VP1A 4JSOA 4G8HA 1UQWA 2OJTA 4PP0A 5I84A 1SYHA 2NUVA 3PUZE 1MY1A 4YZZA 5JTYB 4BLAA 4NF6A 4LZ5A 2RKMA 1OQGA 4ELRA 1Y3NA 3C36A 1Z7ME 3H6TA 1IXCA 4GXAA 2XHDA 1MXYA 1SW1A 1M5BA 4IY6A 5H8FA 4GWOA 1YAEA 2FNCA 1AOVA 3CR9A 3RN8A 3Q27A 2DVCA 2V3UA 4NF5B 3CG3A 2XD3A 4Z0IA 1I69A 3HCQA 4PE5B 1D9VA 3OELA 3IK6B 2G29A 4POWA 1IUDA 3MWBA 1POY1 2P0SA 4LZ8A 4MBPA 3CFXA 3H6WA 4KD5A 3IO4A 3S9NC 4FORA 3KSJA 3D4GA 1NKXA 5H8SA 3VDFA 3IB0A 4H1XA 4EDPA 4F29A 1LAXA 4R74A 1DPEA 2BJJX 1B3FA 2PT1A 1CB6A 4NF6B 4NMYA 4R2BA 2GFEA 1MQIA 2I4CA 5DEXB 1SVXB 3K00A 2H5YA 2OLBA 4BDQA 3EHTA 1N7WA 2DE4A 2ZXTA 3PGFA 1N04A 2UVIA 4OESA 2OZZA 3M3FA 2O6AA 3K02A 3VXCA 3TQLA 4F31B 3B6WA 5AA3A 5FTHA 1B3GA 4DDDA 1YCJA 3KN7A 4R2FA 2QS2A 3TAJA 3CIJA 5H8QA 3MVYA 3N6UA 2ZYMA 4ZECA 3TFLA 3ILTB 4GL8A 4DLDA 2GHAA 3IOUA 1LCTA 3LBSA 3MP8A 2D3IA 2YLNA 3OD7A 5I56B 4F1UA 1A8FA 5DTBA 1HSJA 4KHZE 3UGWA 3UK4A 2REGA 2O7IA 1N7XA 3UIFA 2IA4A 2I49A 3H3GA 4UA8A 1MH4A 4ND9A 4G77A 1FQDA 2F6PA 1MY0A 2OK2A 1FTLA 2F8DA 3PD8A 3R7XA 1MH3A 4ZZAA 4LVQA 5ICTA 3MP6A 1OVBA 4NF8A 5EHMA 1B9JA 3ZKKA 1I6AA 2AL5A 1JETA 3SDFA 1US4A 3QIMA 2QPQA 2QMXA 2R6GE 3KFMA 1JVYA 2PVUA 4E0WA 4ZS9A 5H8QB 3JYRA 4ZEFA 1EZ9A 2ONRA 4F1VA 3A3UA 4Z7EA 3OENA 4RPNA 1OLAA 4BDMA 3FUZA 2P2AA 1Y20A 3KBRA 2ANJA 4OQOA 1Y3PA 5KDTB 1SYIA 2OWTA 2XXPA 3BFUA 4RPOA 4UACA 1XVXA 1NNFA 2QRYA 5KCJB 2HZLA 5DVIA 1AL3A 2DXRA 2RF1A 1N84A 2O84X 4HTGA 4NF8B 2F34A 3E13X 3MVWA 4TLMB 4I9DA 3RNNA 1NNTA 3TCGA 2XXTA 3BFTA 3JZJA 4YB5A 2AIXA 3B6TA 1MY2A 1A8EA 3G3KA 3OXNA 1YPNA 2UVJA 2VGQA 4Q30B 3TZAA 1B6HA 1B05A 4QSDA 1QJMA 4KYDA 1VR5A 4G68A 2ZYOA 2V3TA 4EXKA 2DS9A 1TXFA 5DYHA 4FIMA 4XKQA 4ZEBA 4QFOA 4C1UA 3TTKA 4PFTA 3TTLA 3Q26A 3ZS6A 4GOTA 4EQ9A 3TYHA 4BDLA 2PYYA 2X7QA 4QF9A 1UIVA 2OCUA 3LSFB 4YMAA 3HSTA 4R6KA 1IQ7A 3FVNA 4PFUA 1PB7A 1GVCA 3IB2A 1P1OA 2UYEA 3SKPA 2DQVA 2A5SA 5JK4A 3N5LA 4GLIA 1B3EA 1B51A 1LAFE 1Y1ZA 2B3FA 2YPNA 2UVHA 3HHGA 3EF7A 3LSXA 4IGTA 1ZMGA 2Q2CA 3D4CA 1WDNA 5TPAB 3VVFA 1N3WA 3FXRA 3TELA 3RTFB 4R75A 3EHSA 4OFLA 3FZVA 4WXJA 3IOWA 4PFWA 1A40A 4AB6A 4QFNA 1WVJA 4YAHX 3N6TA 5AA4B 1HSLA 4QFLA 1H3DA 1JEUA 3G3JA 3TPAA 4HCYA 4RYAA 3MVZA 2V25A 3T96B 1B3HA 4K3FA 3CSBA 4LA9A 4RY1A 5AA2A 3G7WA 1RYOA 4H0WA 1P1NA 2NXOA 3RQTA 1D4NA 3JV9A 1LFIA 3S9LC 5CC2A 4OXVA 4QFPA 3K1NA 2UXAA 3K6VA 3ILUB 3FXQA 1MQGA 1OVTA 4G2ZA 5BWJA 4ELOA 1BP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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