4NEDA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with fenoprofen at 2.1 angstrom resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal STRUCTURE OF C-LOBE OF BOVINE LACTOFERRIN COMPLEXED WITH FENOPROFEN AT 2.1 ANGSTROM RESOLUTION
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nedA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nedA02
4YZZA 3GLBA 1GR2A 1MXXA 4U21A 5DEXA 4G77A 4G8NA 1UIUA 4YMAA 3OOAA 4R72A 1B32A 4PQJA 2Y84A 3LR1A 2ZYOA 3S9EA 5CC2A 2IA4A 3G3FA 1MPDA 4R73A 3TTLA 5ISUA 2XXXA 3G3GA 2V3QA 3PD9A 3C34A 4H67A 3RN8A 1R6ZA 4FECA 1AMFA 3P7IA 2X7QA 1LAGE 4PFTA 1MY2A 1YCJA 4XIGQ 3EQ1A 3UP9A 2HXWA 3FXRA 2E0SA 3G3KA 3H6WA 4DXBA 4L17A 4Q30B 1S9TA 4KCCA 1UIVA 4YB5A 1N84A 2ZMBA 3IOWA 5JTYA 3VDFA 5AA2D 1QVSA 2UVJA 4U4SA 3H6UA 2YJPA 1PC3A 1B7HA 2RC8A 1QW0A 5KDTA 2I48A 1FQFA 5HM4B 1IQ7A 1QKBA 5HPQA 2Y7RA 2DXYA 5I2NB 3OELA 3N6UA 3RPWA 4YKJA 3VLWA 4FEDA 4RK2A 1OIBA 1B9JA 4H5FA 3PD8A 4ND9A 1XT8A 1A8FA 3S9NC 2P2AA 5DTBA 3TQLA 4RJZA 3M3LA 4IO4A 4R6HA 4ESWA 2I4BA 2XX7A 3L6HA 4F3BA 1NH8A 4POWA 3K6VA 2O6AA 1SVXB 4EQ9A 1P1WA 4JWYA 3I6VA 3TZAA 5B70A 4NF6B 3SEXA 5KCJA 2XX8A 3CSGA 3JV9A 3U8QA 4KYDA 2LAOA 3S9LC 4RK9A 5AA3A 4YICA 3SEVA 3MUQA 4MF3A 4RYAA 4KR5A 2H9BA 2O1MA 1LSTA 3K1MA 1UTBA 1B46A 2I49A 2A5TB 4F31B 4NMYA 3E4RA 3FJ7A 1EU8A 4GRKA 2I3VA 1IXGA 4ELOA 1Y4CA 2XXUA 2GFEA 1R9LA 2DWHA 2V25A 1PBPA 4OFOA 1WVJA 4OQOA 3QXMA 2OK2A 1OMPA 4UACA 4MBPA 2XXPA 3O66A 1JETA 3CFZA 3FVOA 3S4UA 3FZVA 5I57A 4F3PA 5L9MA 4RPNA 4I9DA 4C1TA 3TYHA 3PUXE 4F19A 3TELA 3OO8A 1RKMA 2DE4A 1MPCA 4XKNA 2AL4A 3VXBA 4G8MA 1M5BA 4F3SA 2DS9A 4YU0A 1B5IA 1XHYA 5ICTA 5LOMA 4YMBA 3UN6A 1AIVA 4TQUQ 2QPQA 1OQHA 2I58A 2CZLA 4U4XA 3USDA 3PPQA 1YAEA 3RY3A 3CRBA 3K4UA 3QUJA 4TOZA 3CVGA 2V3TA 2HAVA 3K01A 1DMBA 2HAUA 4NF5A 1PEBA 3OEMA 2HZLA 5DYHA 3SESA 4H65A 1URSA 4OEUA 2QS1A 4E0XA 4EF1A 4X9TA 2IEEA 1ZJLA 4ELRA 1HSLA 2ZNUA 3LSLA 1M5FA 5KZTA 3O9PA 1UQWA 3MVXA 1DTZA 4EQ7A 1FQEA 2RKMA 3W9WA 1SDXA 2XXHA 3Q27A 5A5XB 3PGFA 5ELVA 3TTNA 1BTJA 5ICQA 4POXA 2H99A 1ZBMA 4OZ9A 2AYSA 1D9VA 4M4GA 1J1NA 1AL3A 4P0IA 1MY0A 3PPNA 3CI8A 1NMUA 3PUWE 3OXNA 2PYYA 5FHMA 2VD3A 1IUDA 1LAHE 4RNSA 1CE2A 5H8NA 3K6UA 2O69A 2F6PA 2GHAA 1SI1A 4I8CA 3ZS6A 3IO4A 1N7XA 3JYRA 3T93B 4ZEBA 1PB7A 3O97A 3FUZA 2P1SA 3CFLA 4PP0A 4WXJA 2QS3A 3D4GA 2QMXA 4HW8A 3G3JA 1EZOA 3WAFA 3DP4A 5I84A 4QFKA 1MXWA 2O84X 2Z8DA 1B52A 4G4PA 3DP8A 5CRYA 2XX9A 1NNPA 1A54A 5I56B 2F97A 4FORA 4IY5A 3OENA 4JWXA 5TP9B 3PPOA 3T9HB 3FV2A 2RC7A 5H8HA 3FVGA 1FCKA 1BIYA 2QMWA 4RA1A 5H8FA 2DE3A 1LFHA 4AB6A 2Y7WA 4LA9A 3QSLA 4YKKA 1FTLA 1SI0A 1RYOA 1LCFA 2KLFA 2ZYMA 1UTHB 4KYEA 3RT8A 2UVIA 3IOVA 1L5TA 4C1UA 5TPAB 4NE4A 3TODA 4G68C 4NF8A 4LONB 3AXFA 2DVCA 2F7BA 2GRVA 2ZNSA 1TWYA 3W9VA 2F7CA 1MQGA 3K02A 3K00A 1B4ZA 4JXIA 4WKMA 1ZTYA 3KN7A 5F7VA 3KSXA 4G8HA 3TFLA 4ZECA 2ZYKA 3MPLA 2H4IA 1SBPA 4R2FA 4XKRA 4OENA 1MXZA 4OTEA 2Q88A 3KGCA 5M2VA 3FD3A 1LB9A 5JK4A 1Z7ME 1XVXA 4IO6A 5DT6A 2B3FA 4EXKA 2M8CA 4ZEIA 4UA8A 1R9QA 1A99A 2DE2A 2DSFA 3TEPA 4F29A 1O64A 3KOSA 2R71A 2QRYA 3SEYA 4MH5A 4F1UA 1FTJA 3SERA 1USYH 3U72A 1MDP1 1URGA 4Q0CA 2NOOA 5F1QA 1DSNA 5H8SA 5B7DA 2BJJX 4Z7EA 3IB1A 4G68B 2Q2AA 3RT6B 2H98A 1TT1A 1GTKA 5AA2B 2I6EA 3MPKA 3PPRA 3S2VA 3PMWA 1Y1MA 3FJGA 4R2BA 4YB7A 1LBCA 3HN0A 4F2QA 3T9UA 4MLQA 3QUFA 2X26A 4R75A 3B6TA 4R6YA 4BDRA 2ANJA 1Y9UA 4DXCA 1OLCA 4ELQA 5TP9A 4HS7A 4NF4B 2D5WA 4GL8A 1VSOA 4ESXA 3UK4A 1B1HA 1Z7NE 1AH5A 1USYE 1PDAA 4QFOA 1P1QA 2PVUA 4N6PA 5L9OA 1N04A 3E3KA 1NNTA 1LFGA 4U22A 2V93A 2HEUA 3TPAA 3CFXA 4PFYA 2F5XA 4O3AA 3HO7A 1GV8A 4BDNA 1SW2A 4GXAA 4ZZAA 4R74A 4WEPA 5I2KB 2RC9A 2PX1A 4YB6A 3M3KA 4OHNA 3N26A 2OWSA 1I69A 2O1LA 3BFUA 1R1NA 1QUJA 2Q9TA 2WKYA 2DWIA 1PBQA 3K6XA 1B0HA 1B3FA 2D3IA 5I58A 5AE4A 3MP6A 3CG3A 1ZU0A 1JW5A 1QKAA 4YKIA 4F1YA 3GBAA 3KG2A 1Y3PA 1B3HA 2REGA 2ZYNA 5CMBA 1O7TA 4R9GA 2OJTA 1WDNA 3PPPA 3IORA 1JVYA 4OVJA 3HHFA 4DIGA 4BDQA 2OCUA 1GGGA 4O3BA 2UYFA 1AOVA 3FJMA 5FTHA 4KHZE 2B3BA 5AA4B 2XHDA 4X48A 2R6GE 3TCHA 1EH3A 4Q5TA 2XXTA 5CBSA 1IEJA 3PMXA 3SETA 1POTA 2Y7PA 1IXIA 3SEUA 3MZ1A 4PFWA 1S7YA 3H06B 1A7LA 1M5DA 3DM0A 2Z8FA 4FEBA 5CMCA 2DOJA 2PMSA 4LP2B 3O28A 1MXYA 4LZ7A 1MQJA 4ZS9A 4G2ZA 5HBCA 2PBWA 2VD2A 3FASA 2R9JA 4EQBA 4FAJA 4KYSA 2DXRA 2VGQA 5DVIA 4X1DA 1B5JA 3MQ9A 1JEUA 4LZ8A 4F1VA 4R9FA 3K2DA 1QULA 4GIZA 2V3UA 4DCXA 1D3KA 4NEDA 4Z0IA 3TCGA 5IKBA 4F2OA 2F8DA 3QAXA 1ATGA 3S9MC 1ZIUA 3M3FA 4OYVA 3L6GA 1QUIA 3K1NA 4ZEFA 2Q89A 3CSBA 5L9SA 3OO7A 1VFDA 5I59B 1B7UA 3FATA 4GWOA 5I2NA 5H8QB 2O51A 1SW5A 1P1NA 5TU0A 2GH9A 4DE8A 3CIJA 2X7PA 2O7IA 3GXAA 4DLDA 2G93A 3T22A 3O2AA 1JW4A 1FTMA 1PB8A 4LATA 3G7WA 4JB7A 1I6BA 1URDA 5DEXB 2ESNA 4LUBA 3MWBA 3F11A 2ONKE 3MJNA 3T9VA 4NF6A 3WAEA 1MH4A 5IAIA 1M5EA 1US5A 4M1VA 4BLAA 2I0BA 1OLAA 3IJOB 4GQOA 4LVQA 4IB2A 3FV1A 3G3IA 2QSXA 1N76A 2A5TA 5K2XA 3V8XB 4THIA 2GHBA 2NWJA 3FXQA 3RUMA 3HPIA 3IB0A 1LCTA 2DWJA 3FXUA 4JSDA 1XS5A 1H45A 1BKAA 3C33A 2DVZA 2UYEA 1JQFA 1RYXA 1IITA 3RLFE 4ZDMA 1N3WA 4U1OA 1LAFE 4ZE9A 4P11A 3MBPA 1MM6A 4GOTA 3ZSFA 3PUYE 3H7MA 3A3CA 3MC2A 3TCFA 4QFNA 3LBSA 1ELJA 2NVUB 2RINA 2F6GA 3K6WA 5FHNA 1BP5A 1Y3QA 3FGSA 3Q26A 2YLNA 4U1ZA 1N3XA 1SD3A 2ONRA 5KDTB 1DPEA 4HCWA 3IOTA 1N7WA 4OMBA 5J1DA 3ZKKA 3A09A 4E0WA 2VP1A 3MZ9A 4ISUA 3N94A 1QUKA 1JVXA 1JW1A 4ZE8A 2I0CA 2HCAA 2W7YA 3EN3A 4RXLA 3LSXA 3KSJA 3KJTA 3MVWA 1D9YA 3C32A 4IGTA 5EHSA 3TTKA 1MQDA 2H25A 1IIWA 1GVCA 3C9HA 3PV0E 3OO6A 2UVGA 1OQGA 3VLUA 4IY6A 2DP8A 3CG1A 3ONMA 1VR5A 4GFRA 5KCJB 3VV5A 3OSRA 4U23A 2VOZA 1SW1A 3Q28A 4R6KA 1FQBA 1BLFA 4XKPA 1PB9A 5A5XA 2NXOA 1UTBB 2QS4A 2XXQA 2AIXA 1FTKA 3IO6A 1Q1KA 2XXYA 4H5GA 4FJPA 3C35A 1P1UA 3LSFB 4F3GA 2P0SA 3O6IA 4FATA 1IZ1A 1T0KA 3K0VA 3THIA 5I57B 1JEVA 3C4MA 3T9XB 1MPBA 4DXUA 1IXHA 3UIFA 1XVYA 3OD7A 3SDFA 2G29A 2DWAA 2XD2A 1P99A 3IK6B 3VE1B 4HCYA 4KFQA 4TLLB 4ZEDA 1B58A 5FHOA 4P0GA 3EF7A 4F22A 3VVFA 3K1PA 1MY3A 3PU5A 4N07A 3O6HA 1MQHA 3T96B 4GVOA 1VE4A 2DQVA 1I6AA 2UXAA 4F39A 5I56A 3V89B 4GLIA 3N6TA 3KEIA 3H6TA 4JBZA 4NF5B 2OZZA 3LUYA 1NNFA 2V84A 3H3GA 2OLBA 4QF9A 3BFTA 3CR9A 4FE8A 1A55A 1FW0A 2OWTA 3OO9A 1Q35A 4JSOA 2F7AA 1UTHA 4H1XA 4EDPA 3KN8A 4C0RA 1KWHA 1NL5A 4WEDA 1OVTA 5TPAA 5EYFA 4ELPA 1B3LA 4OETA 2UVHA 4XXUA 3MVYA 1M5CA 3MP1A 3HV1A 3ZKLA 1LB8A 2XD3A 3DELB 3BKIB 3OEKA 3KFMA 4H8IA 1MH3A 3GBBA 3LSWA 2Z8EA 3KBRA 1JNFA 3R7XA 3KZGA 3PUVE 5L8DA 1Y20A 3GZGA 1ZMGA 4PFUA 1NNKA 4RY1A 1MXVA 3JZJA 1ZLQA 3LC8A 1B05A 4IGRA 2F78A 5ITOA 2O68A 3IL1B 1B3EA 4NTLA 3RNNA 4QHQA 5H8NB 3EHUA 4GXSB 4BDMA 3R26A 1LGBC 3IAZA 1B4HA 1XC1A 3TMGA 4PETA 3C31A 3V5AA 1H44A 2Q8JA 5ITPA 1DOTA 2XXWA 2QJEA 3VLVA 3C36A 3TTMA 2ABHA 3A3UA 4OWDA 3IOUA 2FNCA 1SQYA 1MM7A 4HTGA 1YPNA 2A5SA 4X1BA 3FIRA 2O7UA 5AA1A 3TUSA 1HSJA 3I5OA 4EXLA 3IX1A 4XTCQ 4QSDA 1A8EA 4KI0E 2XXRA 3QIMA 5H8HB 3HHGA 1LFIA 3VVDA 2Q2CA 3O29A 4YAHX 1SYIA 1Y4TA 3D4CA 3RGYA 5CI5A 4PE5B 4LQ2A 5EHMA 1OVBA 1MQIA 3OSQA 4OEVA 5H8FB 2Y7IA 3MAMA 4G68A 3G3HA 1LLSA 1LBBA 3TKDA 1NH7A 3UA8A 4OESA 1US4A 5AA2A 4QSEA 4ONYA 3FVNA 2E1SA 4H8JA 1N0TA 1POY1 3Q25A 4BDLA 4NF8B 2AL5A 2NUVA 2Z22A 4QSCA 3MVZA 1B7ZA 4GL0A 5BWJA 1NKXA 3B6QA 3ILTB 1II5A 1ZKBA 4OFLA 4TLMB 3U93A 4RPOA 2CMOA 4NF4A 2REJA 3MZBA 5CBRA 2Y7KA 3ODBA 3VVEA 1I6QA 1MS7A 1S50A 1ANFA 1H76A 2Z23A 1B2HA 3KOTA 3E13X 3OMBA 2ZXTA 3VFJA 1B0LA 4U2RA 5CMMA 3ECRA 2HZKA 1NFTA 3I3VA 3V83A 3IJXB 4KQPA 4DZ1A 4OERA 4QFPA 2PT2A 4GF8A 1B3GA 2FA7A 4KPTA 1MG1A 2HQ0A 3O6GA 2I4CA 2ONSA 3N5LA 5I2KA 3KN3A 1VFEA 3UGWA 3H4ZA 3U92A 4AQ4A 2ALUA 3BBRA 2F35A 1MRPA 3H6VA 1O63A 1MY1A 3Q29A 2XXVA 1H3DA 2HFBA 3RTWB 4NWDA 4YKPA 1EZ9A 4F18A 3QYTA 4GD5A 1MY4A 4I62A 4MLVA 2H5YA 4EUOA 4MFIA 2D21A 3B6WA 5CM6A 3TAJA 2RCBA 1TXFA 4ECFA 1A40A 2OBGA 3E9XA 1B6HA 4O3CA 1MDQA 2FYIA 1FTOA 3H03A 1MXUA 3VXCA 4H0WA 1HSEA 1XOCA 1DTGA 1WODA 2I3WA 3R6UA 4I1DA 1SW4A 5JEIA 4JDFA 1FQDA 3U94A 4NWCA 3UORA 4N13A 5AA4A 1B40A 3B7DA 5JTYB 1SYHA 4JWOA 2ZNTA 4IO7A 1B1XA 1B51A 5DVFA 5K2YA 1TFDA 4LZ5A 4LQ5A 5FTIA 1P1OA 1D4NA 2RCAA 1LAXA 3HCQA 1B5HA 2QS2A 1H43A 3EHSA 1TFAA 3PUZE 4OFJA 2VHAA 5BUUA 3SKPA 2PT1A 4KCDA 5DVJA 3TQWA 4H6DA 4DCYA 1F9BA 3T66A 4BDOA 3DP6A 4AB5A 5CMKA 4DDDA 1CB6A 1IXCA 3IB2A 3TDJA 1DPPA 3M8UA 4XKQA 5I58B 2QL3A 2XXIA 4IO2A 3SEWA 4KD5A 3EPEA 3PMVA 2DYXA 3QK6A 1FQAA 1Y1ZA 1Y3NA 4FIMA 4IO3A 2F34A 4ZEKA 3HSTA 1QJMA 3RQTA 2YPNA 2B65A 4QFLA 3FVKA 3ILUB 3MP8A 3IR1A 3KJ7A 5I59A 1FQCA 4ZZEA 4QRZA 2F36A 5H8QA 3MW0A 1EZPA 1YTVA 4K3FA 3DLNA 3TTRA 3EHTA 3RTFB 4OXVA 3U1OA 2RF1A 2THIA 3W15C 4Q8RA 4IO5A 4EF2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBPA 4YZZA 3GLBA 1GR2A 1MXXA 4U21A 5DEXA 4G77A 4G8NA 1UIUA 2PCRA 4YMAA 3OOAA 4R72A 1FRPA 1B32A 4PQJA 2Y84A 3LR1A 2ZYOA 1FSAA 3S9EA 5CC2A 2IA4A 3G3FA 1IMAA 1FPBA 1LBYA 1MPDA 4R73A 5F24A 3TTLA 5ISUA 2XXXA 3G3GA 2V3QA 3PD9A 3C34A 4H67A 1K9YA 3RN8A 4MCOA 5LTCA 1R6ZA 4FECA 1AMFA 3P7IA 2X7QA 1LAGE 4PFTA 1MY2A 1YCJA 4XIGQ 3EQ1A 3UP9A 2HXWA 3FXRA 2E0SA 2Y5LA 5EYGA 3G3KA 3H6WA 4DXBA 4L17A 4Q30B 2FVZA 1S9TA 4KCCA 1UIVA 4YB5A 1N84A 2ZMBA 3IOWA 5JTYA 3VDFA 5AA2D 2CEXA 1QVSA 1IMFA 1FBGA 2UVJA 3GYYA 4U4SA 3H6UA 2YJPA 1PC3A 1B7HA 2RC8A 1QW0A 5KDTA 1FPJA 2I48A 1FQFA 2ZZVA 5HM4B 1RDXA 1IQ7A 1QKBA 5HPQA 2Y7RA 2DXYA 5I2NB 3OELA 2VPNA 3N6UA 3RPWA 4YKJA 3VLWA 4FEDA 4RK2A 1OIBA 1B9JA 3LV0A 4H5FA 3PD8A 4ND9A 1XT8A 1A8FA 3S9NC 2P2AA 5DTBA 3TQLA 4PCDA 4RJZA 4XEQA 3M3LA 4IO4A 4R6HA 4ESWA 5EQ7A 2I4BA 2XX7A 3L6HA 5ET5A 4F3BA 1NH8A 4POWA 3K6VA 4GWYA 2O6AA 1SVXB 4EQ9A 4PBHA 1P1WA 4JWYA 3I6VA 3TZAA 5B70A 5FBPA 4NF6B 3SEXA 5KCJA 1LBVA 2XX8A 4OVRA 1DBZA 3CSGA 3JV9A 3U8QA 4KYDA 2LAOA 3S9LC 4RK9A 5AA3A 4YICA 3SEVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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