4NFVA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.1 m mncl2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nfvA00
1G7LC 4C3WA 2MEGA 1KXWA 5D5FA 1QSAA 1E8LA 1IWUA 4LYOA 1AM7A 4YOPA 1LMNA 1PS5A 1GB8A 2X0AA 4O34A 4Z46A 2ZNWY 1WTNA 1LHMA 2D4KA 2LZ2A 1LYYA 2FYCA 133LA 4LYCA 2H9JA 3A93A 3B0KA 1B7RA 3N9CA 4QGZA 1HEWA 4NGJA 2LYZA 2DQHY 4H8XA 1B5VA 4ET9A 4XJHA 4I0CA 4NY5A 1LKSA 1DXJA 4NG1A 4HP0A 4CGEA 5FHWA 1IWYA 4NHQA 2HEBA 1HMLA 2H5ZA 2DQFC 1BB4A 2DQJY 1IR9A 3EO5A 1B5XA 1OUAA 1WQNA 4NSIA 1GB0A 1IOTA 1KXYA 1LZ9A 4YENA 1QDRA 2MEEA 5KXPA 3SP3A 2YBHA 3TXIA 3WULA 1IO5A 1B2KA 4DDCA 1NBYC 1XGUC 1OUCA 5KKJA 4M4OA 5KXOA 1GF5A 1JEFA 4YEMA 1REZA 1GDXA 1JJ3A 5HQ1A 4OWEA 5LIOA 3GXRA 5AMYA 1J1OY 1TEWA 3ZVQA 5II3A 3CQLA 3J4GA 4PRQA 1CNSA 4H93A 4ML7A 5C6JA 2BQMA 4NSGA 1JISA 4HV1A 1OUDA 4LT0A 4MR1A 4PJ2C 1T6VL 1BGIA 1UIAA 1UCOA 3CSQA 4NEBA 1LTMA 1YILA 1C7PA 2XJWA 2ZNXY 1QSWA 2MEDA 1N4FA 2XTHA 4NHSA 3A67Y 4CJ2A 1VFBC 5ILFA 1AKIA 5F9UA 3LHMA 2HU1A 1C10A 1G7HC 1HF4A 1HELA 3HBHA 1G7IC 2IHLA 4GCBA 3W6DA 4CHXA 5K7OA 2YDGA 2DQDY 2W1LA 3A94A 5HMVA 1GBWA 2H9KA 5C6IA 3IWRA 1B5WA 1JTPL 1BWHA 1CJ7A 2HUBA 5B1FA 4II8A 3A91A 3P4ZA 5LYTA 2HEEA 2YBIA 4DYGA 4Z3MA 2LYMA 1CKDA 2Z2FA 1UUZC 3AZ7A 3WUNA 1LSDA 1QTKA 3A34A 4H9HA 5IDDA 5L3HA 1IP7A 1GEVA 4EMNA 1XEIA 3HBEX 4TX7A 5KXSA 1HEQA 2BQAA 2DKVA 2FYDA 3BKHA 4WG1A 3LN2A 5LA8A 3T36A 5I5QA 1YQVY 1DI5A 1TAYA 3WMKA 4DWXA 3M3UA 4LYTA 4G9SA 2CWIA 5KXRA 1LZRA 3W6AA 1O23A 1NDGC 4WM5A 1DZBX 4NGVA 1B7LA 5EBHA 3AW6A 2W1YA 1UIGA 4B0DA 4GLVA 4ETAA 4NGYA 3TXHA 4KL7A 3W3EA 1GE2A 1LSZA 5FELA 2EKSC 2FBBA 1YKZX 3EMSA 3WPLA 1IORA 1LZDA 1JJ0A 1JTTL 1KIRC 1GB5A 4H9AA 194LA 4NGIA 1HFYA 4RW2A 4WL7A 1QUSA 135LA 1IIZA 1GXXA 1WVVA 5I4WA 5L3IA 5B05A 4KT3A 1HENA 4NG8A 4W94A 1LZCA 5L9JA 1IP4A 2BQIA 3A95A 5APFA 1LZSA 1IR7A 3FE0A 1WQQA 4LZTA 1LSFA 4ETCA 1JKDA 1TCYA 3CSRA 1C08C 4H94A 1LZEA 5KXWA 2Z12A 4KPMA 3AB6A 2C8OA 1FKQA 4NGLA 1I56A 1LSNA 1LZAA 2D91A 4TWSA 4H8YA 1HEOA 5HNLA 3AW7A 4NGKA 3ATOA 1HEPA 1J1PY 1IEEA 1RE2A 3CT0A 1UACY 1FLYA 3LZTA 5FCPA 1YIKA 1GFGA 2ZQ3A 1DI3A 1JKAA 4CFPA 1YAQA 1G7MC 3T6UA 4YF2A 3P64A 1A4VA 5B59A 4XJIA 4UWUA 5KY1A 1JIYA 1REMA 1AZFA 4PGJB 1LHIA 5E4PA 4NWHA 3TMVA 1Z55A 5KXTA 3ZVQB 5LINA 1GBSA 1SLYA 1CKGA 3QNGA 154LA 4GN5C 3LYTA 1DKJA 4PRUA 2NWDX 4WG7A 2LHMA 3OJPA 4YM8A 1LSEA 1LZNA 1ZMYL 1IWZA 3HBDA 1LJNA 1QDTA 2Q0MX 1P2CC 3W6BA 4WLXA 1HMKA 1TBYA 1FBIX 3AGGG 4UWNA 1D0MA 2ZWBA 4C5FA 4WO9A 1XEKA 3ATNA 5F16A 4ETDA 1B7QA 2I25L 3CSZA 1OUIA 3WYHA 4XADA 1DI4A 5IELA 1IP6A 2BQBA 2BQKA 4H91A 5APCA 1LZGA 3P65A 3WW6A 1INUA 1FLUA 5I53A 2VB1A 1IP1A 3A90A 1BB7A 3TMUA 4LGKA 1LJKA 1LSPA 4N8ZA 2B5ZA 5B07A 1OUHA 1EL1A 1WTMA 1VDSA 2ZQ4A 2EQLA 3WVYA 1VDQA 1GE4A 2XBSA 4CFOA 1W08A 4HV2A 4PHIA 1BB5A 2HTXA 4WL6A 4WLYA 1GD6A 1FLWA 3D3DA 4R0FA 5DN4A 1GFAA 6LYTA 2HU3A 1HSWA 4OW1A 4XJGA 2G4QA 4QEQA 1VATA 1BVKC 1GFTA 1GXV2 2ZIKA 4OOTA 3P66A 4OOOA 1IC4Y 4XJBA 4DC4A 1QTEA 1HSXA 1LZYA 1D0KA 3WW5A 4MSTA 2YBNA 4W96A 2CJLA 3F6ZA 1LJ4A 1JKBA 4GLAA 1B0DA 1B7SA 1JKCA 2LYOA 3WXUA 2BQFA 1ALCA 1NKHA 4WLDA 1OUBA 1GB2A 4H90A 1UBZA 2BQGA 1LZ1A 1GF4A 2PC2A 2ZIJA 2BQLA 3AGHA 4H92A 4XJFA 4OWHA 5D5CA 1GF7A 1WQOA 4H9EA 1OUFA 1RJCB 2F30A 4B49A 1QQYA 5FEKA 5KXMA 4WM3A 4HPIA 5I4XA 1J1XY 4NSHA 4PPOA 5KXXA 1IP2A 4HTNA 4LYZA 1CKCA 1BHZA 1IWWA 4BAFA 3AGIA 3AZ5A 3IJVA 4BADA 1GFUA 3EXDA 1HFXA 3OK0A 5LVGA 2D4IA 4OWAA 1B5UA 1EQEA 1JSFA 5F9XA 1GHLA 3WL2A 4TUNA 3CT5A 1ZVHL 1I20A 1LHJA 3TMWA 1HHLA 2DQIY 1IOSA 5M1YA 1OUEA 1LJJA 1AT5A 1OP9B 1DQJC 1GAYA 4I8SA 3AYQA 1IVMA 1GE1A 5A3ZA 2DQEY 4WMGA 5ILCA 2MEHA 4HTKA 1F0WA 1UIHA 1V7SA 1XGTC 4NHIA 1WVUA 2BPUA 1IP3A 1UICA 1REXA 1ZV5L 1FKVA 4G4CA 1NWGA 4DT3A 1LMPA 1LYOA 1CJ9A 3FI7A 3ULRA 2HEFA 4ZEEA 1UA6Y 1B7NA 1NHEA 1IC7Y 4J0LA 2RSCA 1IC5Y 1JSEA 3CT1A 4GCDA 2I26L 1IY4A 1LHKA 4ZFPA 4NHTA 1CKHA 1UIEA 1OUGA 5T3FA 4Z98A 1V7TA 1BWIA 2Z38A 2YBLA 4LYMA 1B9OA 8LYZA 4IASA 2BLYA 1EQ4A 1LZ6A 4H9CA 4DDBA 5KXZA 4DD9A 1YKYX 2GV0A 3LYOA 1IWTA 1LSAA 1LZ8A 4TTDA 5APDA 1B7PA 3WUMA 4FDYA 1DPWA 1HNLA 4XN6A 1AT6A 1GWDA 1GPQC 4N9RA 1YL0X 2W1XA 3QY4A 4R6CA 3VWOA 2Y8PA 2C8PA 1A2YC 1LZBA 3WUAA 1GDWA 2AUBA 2D6BA 4G49A 4HJYA 4KXIA 4LFXA 4H9BA 2BQEA 4MCKA 5KXNA 4B1AA 2FBDA 1IY3A 2I6ZA 2A7DA 1VDTA 4RW1A 4LT1A 1GB3A 5LAGA 4AGAA 1BB3A 1GAZA 1GB9A 2BQNA 3TXBA 1LMTA 1B7MA 1H6MA 1JTOL 1TDYA 3A96A 3RNXA 1YKXX 5LVJA 1DPXA 3E3DA 1HFZA 4EOFA 3WPKA 1LJHA 1GFHA 6LYZA 4N0JA 4DD1A 1MELL 4NHPA 4DD0A 1LCNA 5HNCA 1LMCA 4LFPA 1D9UA 3TMXA 1LZTA 4DD3A 4NGWA 1LJEA 1UIDA 4G4BA 3TXJA 1GBYA 1BWJA 3AZ6A 3WU8A 4HJZA 5JENB 4RDSA 4BS7A 1GE3A 1GF8A 4B4IA 207LA 3ZEKA 1IOQA 1IOCA 3GXKA 4NWEA 2F2NA 5KXYA 1LMOA 208LA 5LVHA 4WM6A 4NGZA 1IP5A 2DQCY 3D9AC 3RW8A 4GCCA 2DQAA 4J1AA 4H1PA 3K3TA 1LYZA 193LA 2MEFA 3G3BB 4J1BA 3RZ4A 4OWCA 1JHLA 5DN5A 4M6DA 1RFPA 1YAPA 5KJ9A 3M18B 3LYMA 4J7VA 4D9ZA 5E9RA 2BQJA 2G4PA 2BQDA 1YAOA 1YAMA 3J6KA 3P68A 1UIBA 1KIQC 1VDPA 2D4JA 2WARA 4TSCA 1G7JC 1C46A 1UIFA 4ET8A 4ZIXA 1RI8B 2EPEA 3A6BY 3WH1A 2MEBA 1T3PA 4HPEA 2CGIA 4LT3A 1LSYA 4B4EA 132LA 1B5ZA 4GCEA 3TXEA 1LZ5A 5KXLA 1DKKA 4HTQA 4RLNA 5A3EA 9LYZA 1UC0A 1LMAA 2Z19A 4NFVA 1WQRA 5FDJA 5KKIA 2W1MA 4L41A 5HLLA 3HFMY 2BQHA 2HEDA 3B0IA 4N1CC 4WM4A 1VAUA 1ZVYB 1NQIA 3B72A 1LAAA 1D6QA 2IFFY 1WQPA 5LYZA 4YEOA 4H9FA 4ETBA 1JJ1A 4GN4A 1XEJA 4X3BA 3WU7A 4N1EI 1GB7A 1BB6A 1HEMA 2F4GA 4IJ4A 4A7DA 1GFEA 3IJUA 4NIJA 4DD7A 1MLCE 1XGQC 1LPIA 1LHLA 1IX0A 4H9IA 1LJGA 1GF6A 1SQ2L 2BAAA 4ANRA 1LHHA 1H87A 1QUTA 3B6LA 2Z37A 4NSJA 4WOAA 1C45A 1NF5A 2EIZC 5LYMA 1GF3A 2Z2EA 3QE8A 1REYA 4N5RA 3RT5X 3WVXA 4ETEA 4P2EA 3N9EA 1JPOA 3KAMA 3A3RX 3W6EA 3MGWA 5C6LA 4WO6A 3LZ2A 5I4YA 5LVKA 3N9AA 1B7OA 4U3XB 1GB6A 1GF9A 4LYBA 1I1ZA 4WM1A 3TXKA 1GF0A 1LJ3A 1BVXA 1GE0A 5KXKA 2XBRA 1LZ4A 3A92A 4Z41A 4B4JA 4HSFA 1LSMA 2Z18A 2ZYPA 4FJRA 1NDMC 1FN5A 1NMMA 1XGPC 2G4NA 4G4HA 4HJVA 4XENA 1LKRA 1D0LA 1LSGA 4WLTA 1B5YA 3WXTA 2HEAA 1F10A 1RCMA 2MEAA 3AJNA 3AZ4A 153LA 3EBAB 5F81A 1FDLY 1XGRC 134LA 4OWBA 3W6FA 2BLXA 3TXDA 5B06A 4E3UA 2N5ZA 1CKFA 1NBZC 4DD2A 2BQCA 5HMJA 3TXGA 3LYZA 3W6CA 1BQLY 4QY9A 1FLQA 4IATA 1GFKA 1KIPC 4XYYA 1EQ5A 2F4AA 3BKVA 5LXWA 2ZILA 3WPJA 1CJ6A 4UWVA 1HC0A 3B0OA 1LJFA 1YROA 1LYSA 1F6RA 1HERA 5DM9A 5LA5A 1XFPL 1GBOA 2CDSA 4WM2A 1IWXA 1VEDA 2BQOA 2MEIA 5IHGA 1LSCA 7LYZA 1GFJA 3A6CY 1LSBA 5FSTA 5I54A 3G3AB 3TXFA 1F6SA 1IR8A 1OUJA 4XJDA 1W6ZA 1GFVA 1GFRA 1GBXA 1QIOA 2ZYCA 1YANA 1XSFA 1YL1X 2YSSC 3RU5A 5LVIA 1IWVA 1D6PA 3CB7A 4LT2A 4TSBA 4AXTA 1PZYA 2YBMA 4BAPA 2DQGY 1LJIA 2Z39A 3A8ZA 5DL9A 1GEZA 2YBJA 4GN3A 5J7CA 1GBZA 1LOZA 5LAFA 2DBTA 1OQMA 2HECA 2MECA 4NGOA 1CJ8A 1KXXA 2LZTA 2YVBA 4GCFA 4QDNA 4RLMA 1JWRA 1WQMA 2A7FA 3A3QA 5APEA 4H8ZA 4DDAA 1LMQA 5DLAA 5B1GA 1JITA 3WU9A 1JUGA 5F14A 1C43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RAZX 2MEGA 1L29A 1IWUA 1C6EA 1LMNA 1PS5A 2LZ2A 4AQNA 3SBAA 2H9JA 3N9CA 4QGZA 2LYZA 4XJHA 3FI5A 113LA 1DXJA 1L31A 5FHWA 1SWYA 3CDOA 2DQFC 4NSIA 1NBYC 1XGUC 1OUCA 1JJ3A 3CQLA 1L30A 166LA 3J4GA 261LA 2RBRA 4EKRA 1CNSA 4H93A 4ML7A 5C6JA 186LA 155LA 3DMXA 1XJUA 219LA 1BGIA 1LTMA 1C7PA 1N4FA 2XTHA 3A67Y 109LA 148LE 3FA0A 1G7IC 2IHLA 4CHXA 5K7OA 5HMVA 1GBWA 3HTGA 2H9KA 5C6IA 3HT8A 2Z2FA 1QTKA 1YQVY 3M3UA 4W52A 4LYTA 1P3NA 5KXRA 3W6AA 1O23A 4LDEA 4B0DA 4GLVA 4ETAA 4NGYA 3WPLA 4EKQA 1L36A 1JJ0A 1KIRC 3C82A 4NGIA 3OE6A 5L3IA 1GXXA 158LA 4K5YA 5L9JA 5APFA 1IR7A 2B72A 190LA 1EPYA 188LA 4ARJA 3CSRA 192LA 1C08C 2XQOA 258LA 5KXWA 3CDQA 5HNLA 1J1PY 1YIKA 1JKAA 201LA 1G7MC 1P2LA 1L73A 2HULA 4XJIA 1JIYA 1AZFA 2LCBA 2O79A 247LA 2O4WA 3HH5A 1CKGA 154LA 4GN5C 4PRUA 4WG7A 1QT8A 1QDTA 254LA 4WLXA 1TBYA 1DYAA 3AGGG 1D0MA 252LA 3G3WA 4DJHA 1DI4A 2BQKA 4ARLA 2RBOA 3CDVA 4LGKA 1LSPA 1WTMA 2ZQ4A 1C66A 3WVYA 2NTHA 3D4SA 1W08A 1BB5A 2HTXA 170LA 1GD6A 1FLWA 3D3DA 3C8QA 4R0FA 5DN4A 6LYTA 1WTHA 2G4QA 4QEQA 1LYGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7L C;  4C3W A;  2MEG A;  1KXW A;  5D5F A;  1QSA A;  1E8L A;  1IWU A;  4LYO A;  1AM7 A;  4YOP A;  1LMN A;  1PS5 A;  1GB8 A;  2X0A A;  4O34 A;  4Z46 A;  2ZNW Y;  1WTN A;  1LHM A;  2D4K A;  2LZ2 A;  1LYY A;  2FYC A;  133L A;  4LYC A;  2H9J A;  3A93 A;  3B0K A;  1B7R A;  3N9C A;  4QGZ A;  1HEW A;  4NGJ A;  2LYZ A;  2DQH Y;  4H8X A;  1B5V A;  4ET9 A;  4XJH A;  4I0C A;  4NY5 A;  1LKS A;  1DXJ A;  4NG1 A;  4HP0 A;  4CGE A;  5FHW A;  1IWY A;  4NHQ A;  2HEB A;  1HML A;  2H5Z A;  2DQF C;  1BB4 A;  2DQJ Y;  1IR9 A;  3EO5 A;  1B5X A;  1OUA A;  1WQN A;  4NSI A;  1GB0 A;  1IOT A;  1KXY A;  1LZ9 A;  4YEN A;  1QDR A;  2MEE A;  5KXP A;  3SP3 A;  2YBH A;  3TXI A;  3WUL A;  1IO5 A;  1B2K A;  4DDC A;  1NBY C;  1XGU C;  1OUC A;  5KKJ A;  4M4O A;  5KXO A;  1GF5 A;  1JEF A;  4YEM A;  1REZ A;  1GDX A;  1JJ3 A;  5HQ1 A;  4OWE A;  5LIO A;  3GXR A;  5AMY A;  1J1O Y;  1TEW A;  3ZVQ A;  5II3 A;  3CQL A;  3J4G A;  4PRQ A;  1CNS A;  4H93 A;  4ML7 A;  5C6J A;  2BQM A;  4NSG A;  1JIS A;  4HV1 A;  1OUD A;  4LT0 A;  4MR1 A; 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 4FJR A;  1NDM C;  1FN5 A;  1NMM A;  1XGP C;  2G4N A;  4G4H A;  4HJV A;  4XEN A;  1LKR A;  1D0L A;  1LSG A;  4WLT A;  1B5Y A;  3WXT A;  2HEA A;  1F10 A;  1RCM A;  2MEA A;  3AJN A;  3AZ4 A;  153L A;  3EBA B;  5F81 A;  1FDL Y;  1XGR C;  134L A;  4OWB A;  3W6F A;  2BLX A;  3TXD A;  5B06 A;  4E3U A;  2N5Z A;  1CKF A;  1NBZ C;  4DD2 A;  2BQC A;  5HMJ A;  3TXG A;  3LYZ A;  3W6C A;  1BQL Y;  4QY9 A;  1FLQ A;  4IAT A;  1GFK A;  1KIP C;  4XYY A;  1EQ5 A;  2F4A A;  3BKV A;  5LXW A;  2ZIL A;  3WPJ A;  1CJ6 A;  4UWV A;  1HC0 A;  3B0O A;  1LJF A;  1YRO A;  1LYS A;  1F6R A;  1HER A;  5DM9 A;  5LA5 A;  1XFP L;  1GBO A;  2CDS A;  4WM2 A;  1IWX A;  1VED A;  2BQO A;  2MEI A;  5IHG A;  1LSC A;  7LYZ A;  1GFJ A;  3A6C Y;  1LSB A;  5FST A;  5I54 A;  3G3A B;  3TXF A;  1F6S A;  1IR8 A;  1OUJ A;  4XJD A;  1W6Z A;  1GFV A;  1GFR A;  1GBX A;  1QIO A;  2ZYC A;  1YAN A;  1XSF A;  1YL1 X;  2YSS C;  3RU5 A;  5LVI A;  1IWV A;  1D6P A;  3CB7 A;  4LT2 A;  4TSB A;  4AXT A;  1PZY A;  2YBM A;  4BAP A;  2DQG Y;  1LJI A;  2Z39 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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