4NGKA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 0.2 m cocl2
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngkA00
2BQCA 5KXKA 1JUGA 1UIBA 2Z18A 3AGGG 1B7NA 4ML7A 1WTMA 1REMA 4XJFA 1REXA 5APDA 5LYZA 4GCEA 4LFPA 4BAPA 3WU7A 1YKZX 3A3RX 1PZYA 2DQFC 4HSFA 4O34A 5KXWA 1AT6A 4H9AA 3LYOA 8LYZA 5I54A 3WL2A 4DD2A 9LYZA 4YEMA 1F0WA 4H92A 4NGJA 4WM1A 4NSJA 3LYMA 5J7CA 3W6CA 3P4ZA 4EMNA 4WO9A 5KXPA 5T3FA 4Z46A 5KXNA 1NF5A 4N5RA 5DLAA 1LTMA 4WM2A 4DYGA 1ALCA 3HBHA 1GAZA 1GB0A 3T6UA 5DN5A 3WYHA 1REYA 1QSAA 1FKQA 4AGAA 208LA 1KXWA 1IOTA 5B06A 3W6DA 1B5WA 4LT1A 3A94A 1BB6A 1LYOA 2N5ZA 1IP3A 3AZ4A 1GBYA 4LT2A 4ETBA 1UIEA 4ANRA 3CSQA 1UC0A 2BQOA 3LN2A 3W6AA 1QQYA 1VATA 2HEAA 4OWBA 4NHSA 1WQQA 1REZA 5LINA 1GE3A 1HFZA 1B9OA 4G4CA 1LMQA 1LZEA 2BPUA 4NFVA 4WG7A 2BQDA 5LA5A 2BQIA 1RE2A 3AW6A 1IEEA 3IJUA 3QE8A 1B7RA 3VWOA 1UUZC 5LVKA 4PPOA 3WVYA 3WU9A 135LA 3AGIA 4WO6A 1LZSA 4N1EI 1LYSA 1F6SA 5IELA 1TBYA 2D4KA 2F4GA 4RDSA 1O23A 4CJ2A 5I4XA 4UWNA 2LYZA 1D6QA 1LSZA 1KXXA 1LHJA 1QSWA 3AYQA 4J7VA 1V7SA 4MR1A 1LAAA 2DQAA 4W96A 1PS5A 1YAQA 3EXDA 4DDCA 4LYMA 4DD1A 4PHIA 4KT3A 5KXLA 2BQKA 3B0OA 3BKHA 1IORA 4NWEA 2YBJA 1FDLY 4R0FA 3LZTA 1LMOA 4FDYA 4PRUA 5LIOA 154LA 1JEFA 1NQIA 1VDSA 4DT3A 4J1BA 4E3UA 1HMLA 3A6BY 4HP0A 5LAFA 5DN4A 3AJNA 1LMTA 1V7TA 2MEAA 1LJGA 5D5FA 3QY4A 1OUCA 5B1GA 1IX0A 1LSEA 3WPKA 4XJDA 1GE4A 1SLYA 4B1AA 1WQNA 3CB7A 5HMVA 5IDDA 5APEA 3LZ2A 4NGZA 1GAYA 5KXYA 1CJ6A 1QTKA 4MCKA 3RW8A 3ZEKA 4GCBA 2W1XA 4U3XB 2D4JA 1C08C 4XADA 1LHIA 1GFVA 3TMUA 4H9IA 4TSCA 2LZTA 1CJ7A 1WTNA 1XGUC 4B4EA 5LYTA 1JSEA 3AZ7A 4N9RA 1GE0A 5M1YA 4WM4A 2ZIJA 5KXXA 3P66A 3LYTA 1YILA 2IFFY 1LKSA 2B5ZA 4N1CC 1IO5A 4OWHA 1CKHA 1AZFA 1LMNA 4AXTA 1LSBA 1LOZA 1YL0X 1ZMYL 2LZ2A 4TWSA 1F10A 2Z39A 4ETDA 5ILFA 4LT3A 3ATOA 1HERA 4B4JA 3OK0A 1IP6A 1Z55A 5F81A 4IASA 4A7DA 4H9BA 1GXV2 4XN6A 5F14A 1IVMA 1CJ9A 2ZNWY 1GF7A 1ZVHL 2C8PA 5LYMA 1IOSA 1DQJC 1LZAA 1YIKA 1NDMC 3ULRA 4ETAA 5KKIA 5FHWA 2YBHA 2ZIKA 3N9AA 5FDJA 1CKFA 5FSTA 4H94A 4DD7A 1HEQA 3CSZA 1H6MA 3P68A 4J1AA 4OWEA 1W08A 1BB3A 1OUFA 3WU8A 4NGIA 4WOAA 1JKCA 3W6BA 4HTQA 4WM6A 1B7QA 1IOQA 4H8ZA 4B4IA 1FLQA 4I8SA 4W94A 1B0DA 1TAYA 1DI4A 1BB4A 2Z2EA 1GB5A 4PRQA 1B7MA 4ET8A 1IP7A 1JISA 1D0KA 1B5YA 1LSGA 1XGQC 2G4NA 3N9CA 1OUAA 2Z12A 2BQMA 3LYZA 1JIYA 2F30A 1YQVY 1UACY 1YKYX 4G4BA 4H8YA 4L41A 4R6CA 5HNCA 1NBZC 2Q0MX 1F6RA 1OQMA 1OUGA 1HSWA 3AGHA 1GB2A 1B2KA 1IY3A 5LA8A 1YROA 1GE1A 4YENA 1KXYA 2PC2A 3AZ6A 4WL6A 1VEDA 3B72A 1GF3A 1LSMA 2H5ZA 1XGTC 1A4VA 1GF5A 1HELA 4H9CA 2I26L 3TMXA 1WVVA 3WVXA 3P65A 3GXRA 5KY1A 2YBLA 3W6FA 3TXDA 4ET9A 3CT0A 1LHLA 1LZTA 2MEFA 5I4WA 5LAGA 1IWXA 2BQGA 1LSDA 5FCPA 4KXIA 1HHLA 1RJCB 1ZV5L 4RLMA 3TXFA 5HLLA 1LHHA 1XEIA 1IY4A 4BADA 3TXBA 4NG1A 4RLNA 4H9FA 5F9XA 1YL1X 3K3TA 3SP3A 5L9JA 4WG1A 1UCOA 4RW2A 1FLWA 1JHLA 4H9HA 3GXKA 1LSCA 2ZQ4A 2Z37A 3RU5A 1RI8B 1NHEA 3TXGA 4PGJB 4H90A 1HMKA 1UIFA 2D91A 4B49A 4YM8A 3AB6A 1CKDA 3ZVQB 2G4QA 1BWHA 3HBDA 4NHIA 1GB9A 1HFYA 4D9ZA 4LYZA 6LYTA 3KAMA 3A6CY 4BAFA 1YKXX 5LXWA 5L3HA 1JSFA 2CJLA 1VFBC 4NIJA 1LJIA 2HEFA 1GFAA 4IATA 4J0LA 4NGWA 1LMCA 1OUBA 2XBSA 1XEJA 4I0CA 1LZ9A 4B0DA 2H9KA 1JTPL 5KKJA 2IHLA 4M4OA 1WQRA 4YOPA 5KJ9A 4HJZA 4IJ4A 3A93A 4ZFPA 1VDTA 2HUBA 1GBXA 2YBMA 2FBDA 4N0JA 1QTEA 1GB3A 2F2NA 1IWTA 1UICA 3IJVA 4NEBA 3AW7A 1HEPA 1GFTA 4NHQA 1YAOA 2EKSC 1B7OA 1NMMA 1GBZA 1LZGA 3WW5A 3ZVQA 2W1YA 1INUA 1I20A 4GCDA 1B5XA 1DI3A 1LZ4A 1WQMA 5KXZA 5L3IA 5ILCA 3A8ZA 3A34A 1JTTL 3WULA 3EBAB 5B1FA 1IWUA 1GB7A 1AT5A 5F16A 3A95A 1FLUA 3F6ZA 4HJVA 1GEZA 2A7FA 1OUHA 2BLXA 1E8LA 1B5UA 3IWRA 4WL7A 4H91A 1VAUA 1XGRC 3CSRA 1LHKA 4Z3MA 1JJ3A 1CNSA 3A96A 4G9SA 1IIZA 1HEWA 1GDWA 4LZTA 3A91A 4CFPA 2DQGY 4G4HA 2H9JA 5JENB 1GB8A 1YANA 4WM3A 2MEBA 5FEKA 3EO5A 3WH1A 2BQEA 5KXOA 1G7HC 1QDTA 1HF4A 2MEHA 1LJEA 1NKHA 1DI5A 1SQ2L 2MEDA 5F9UA 5LVHA 1BHZA 1LYZA 2Z19A 1IC5Y 1TCYA 4TX7A 1IWZA 1JJ1A 1LHMA 1LZ8A 1BB7A 1IP1A 1RFPA 2C8OA 2BQFA 2HTXA 2LHMA 2W1MA 1LSNA 1N4FA 1NWGA 2ZYPA 1GEVA 3CT1A 1GF4A 3RNXA 1LZ6A 1IR7A 2DQEY 1I56A 1QUTA 1GB6A 1W6ZA 2BLYA 4N8ZA 1JKDA 4C5FA 1BVKC 1DKKA 3TMWA 207LA 2DBTA 1GBWA 1GXXA 4OOTA 4TUNA 1GDXA 1EQ5A 1TEWA 4DD3A 1A2YC 4Z41A 4LGKA 1GFUA 1LJFA 5E4PA 1KIPC 1LZYA 1LJJA 3EMSA 3WW6A 4ZIXA 2BQJA 1IC4Y 1G7IC 5KXRA 1LYYA 1DPXA 4ETEA 1FLYA 2BQNA 1JKBA 4H93A 4WMGA 3WUAA 1C46A 4GCCA 1JITA 2WARA 1IOCA 1BGIA 1LSAA 1JKAA 1MELL 3M3UA 2ZWBA 4II8A 3RZ4A 4BS7A 1KIQC 2D6BA 3QNGA 2BQAA 5FELA 4NGOA 5HQ1A 2DKVA 4DC4A 1D0MA 1J1OY 1FBIX 1H87A 3TXHA 4OW1A 4GN3A 1DXJA 1GHLA 3MGWA 5EBHA 4RW1A 3WUNA 2DQIY 4H1PA 3WXUA 1OP9B 1LSFA 2MEGA 5APFA 1LJHA 4NGKA 5HNLA 1IC7Y 1OUEA 1D0LA 1HC0A 1LZ5A 2HEBA 2G4PA 5E9RA 1GFRA 1LZRA 3TXEA 7LYZA 3M18B 2CDSA 4NHTA 1BWJA 1C10A 1UIHA 4WLYA 3LHMA 1LJKA 2MECA 1LMPA 3A67Y 1LZ1A 1GE2A 3A3QA 1C43A 1EQEA 1FKVA 1J1PY 2ZYCA 4GN5C 4H9EA 2FYDA 1IP2A 3G3BB 2HEDA 1HENA 3T36A 4Z98A 1RCMA 1GWDA 2VB1A 4NY5A 4YEOA 1B7PA 3WPLA 1YAMA 3BKVA 1YAPA 1GBOA 2YVBA 4EOFA 1IWVA 193LA 4HPIA 5D5CA 133LA 1FN5A 2I6ZA 2BQBA 4HJYA 4LYTA 1DKJA 132LA 4LYCA 5I53A 1D9UA 2LYMA 4HV2A 2FBBA 4NSHA 5APCA 3B6LA 2XJWA 1BVXA 1IP5A 5KXMA 1D6PA 2DQCY 1J1XY 1GD6A 1T6VL 1GFEA 2D4IA 2XTHA 4NGLA 4QEQA 134LA 1ZVYB 1MLCE 4LFXA 5LVIA 4PJ2C 2FYCA 1UA6Y 4DD0A 3CQLA 1T3PA 4WM5A 3FE0A 6LYZA 1LZCA 1C7PA 1GFKA 5KXSA 4KPMA 1XGPC 2NWDX 4DDBA 5KXTA 4ZEEA 1BQLY 2BQHA 4NWHA 1OUIA 4XJIA 2Y8PA 1LKRA 1VDPA 5AMYA 1GF8A 3A90A 5DM9A 4GCFA 2CWIA 1HFXA 2DQJY 4GN4A 1AKIA 1CKCA 4FJRA 4P2EA 3E3DA 1IWYA 3B0KA 4DD9A 4OOOA 5K7OA 2LYOA 3D3DA 2YBNA 1G7MC 1TDYA 1GF9A 3HBEX 3N9EA 3OJPA 4KL7A 4NSIA 5C6LA 3AZ5A 3TXJA 1LJ4A 4QY9A 5B05A 1IWWA 1UBZA 1UIAA 4NGYA 1NDGC 4NG8A 4G49A 4LT0A 4QGZA 1LJNA 1UIDA 2HU1A 4CHXA 4XJGA 1G7LC 5DL9A 3W6EA 5I5QA 4WLXA 4LYBA 1XEKA 5HMJA 5I4YA 1QIOA 4GLVA 2F4AA 3TMVA 1GF0A 5II3A 2X0AA 4HPEA 1IR9A 2AUBA 194LA 3J6KA 1GFGA 4UWUA 3G3AB 4XENA 3WPJA 1OUDA 1HEOA 2ZNXY 1LJ3A 2EQLA 4NHPA 5B07A 2DQDY 2ZQ3A 4YF2A 1JPOA 2BAAA 1AM7A 1LSPA 2YDGA 1GPQC 2HEEA 3B0IA 3WXTA 153LA 1GFJA 1B7SA 1QDRA 4HTNA 1BWIA 4HTKA 4GLAA 2YBIA 1CJ8A 3HFMY 4OWCA 2MEIA 4DDAA 2Z2FA 4CFOA 3TXKA 1GF6A 3P64A 4MSTA 1G7JC 2A7DA 4NSGA 1UIGA 1LMAA 4XJHA 3WUMA 1JJ0A 2YSSC 2EPEA 4WLTA 5LVGA 1LPIA 2EIZC 2BQLA 1P2CC 4DWXA 4XYYA 3WMKA 1HEMA 3D9AC 2Z38A 1HSXA 1GFHA 4HV1A 1B5VA 4TSBA 1IR8A 3ATNA 3TXIA 4TTDA 3A92A 1I1ZA 2HU3A 3CT5A 1IP4A 4WLDA 4X3BA 4XJBA 5B59A 1DZBX 1DPWA 1C45A 1VDQA 1WQOA 4M6DA 5LVJA 1GBSA 4NGVA 1NBYC 4H8XA 4CGEA 4C3WA 1BB5A 1LZNA 1JTOL 1LZBA 1XFPL 1CKGA 2I25L 2CGIA 1WVUA 1KIRC 1LSYA 4QDNA 1LZDA 1EL1A 1XSFA 1B5ZA 1EQ4A 2DQHY 2RSCA 1B7LA 3W3EA 1JWRA 5A3EA 5C6IA 1OUJA 3J4GA 2HECA 4LYOA 1LCNA 5IHGA 2MEEA 4ETCA 4OWAA 1WQPA 2XBRA 3RT5X 1HNLA 5C6JA 3FI7A 4UWVA 5A3ZA 1QUSA 2W1LA 2ZILA 2GV0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQCA 1UIBA 1C6BA 1L47A 232LA 1LYJA 1WTMA 1REXA 1QSQA 1LLHA 3A3RX 4HSFA 4H9AA 3LYOA 4YEMA 1OWZA 4WM1A 108LA 3LYMA 3DMVA 3F9LA 4N5RA 1L27A 4DYGA 1ALCA 3HBHA 1GAZA 118LA 226LA 1LGXA 1DYCA 208LA 2RB1X 1SWZA 1BB6A 1LYOA 1GBYA 4LT2A 3CSQA 3JR6A 1VATA 2HEAA 4EKRA 4OWBA 4ARPA 1WQQA 1REZA 192LA 4G4CA 1L60A 2RBRA 1RE2A 3IJUA 1IEEA 149LA 3OE8A 103LA 114LA 3QAKA 1UUZC 3AGIA 1F6SA 5IELA 1P3NA 2LYZA 5DN5A 3AYQA 1LAAA 2DQAA 3EXDA 1T6HA 3CDVA 4E3UA 1QT6A 5LAFA 5DN4A 1LJGA 1LW9A 1IX0A 3WPKA 2B6ZA 1SLYA 3V2WA 146LA 1CV4A 187LA 3RW8A 4U3XB 4XADA 3RUNA 140LA 3TMUA 4H9IA 2LZTA 1L50A 4B4EA 5LYTA 186LA 4PJZA 1JSEA 1GE0A 1LKSA 4N1CC 1AZFA 4AXTA 1LSBA 219LA 2LZ2A 1F10A 1CUQA 102LA 2Z39A 5ILFA 4B4JA 1L17A 4H9BA 2O79A 1CJ9A 2ZNWY 2C8PA 1DQJC 1LZAA 1YIKA 5KKIA 244LA 5FHWA 3K2RA 255LA 2YBHA 3N9AA 4ARLA 1HEQA 206LA 1XJTA 4WOAA 2LC9A 4B4IA 4I8SA 4W94A 144LA 259LA 1GB5A 4PRQA 1B7MA 1B5YA 3N9CA 1OUAA 2Z12A 1DYAA 1SX2A 1F6RA 1OQMA 1L99A 1IY3A 1GE1A 2PC2A 3AZ6A 4WL6A 1L22A 1VEDA 1XGTC 1A4VA 1HELA 2I26L 3CT0A 2MEFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQC A;  5KXK A;  1JUG A;  1UIB A;  2Z18 A;  3AGG G;  1B7N A;  4ML7 A;  1WTM A;  1REM A;  4XJF A;  1REX A;  5APD A;  5LYZ A;  4GCE A;  4LFP A;  4BAP A;  3WU7 A;  1YKZ X;  3A3R X;  1PZY A;  2DQF C;  4HSF A;  4O34 A;  5KXW A;  1AT6 A;  4H9A A;  3LYO A;  8LYZ A;  5I54 A;  3WL2 A;  4DD2 A;  9LYZ A;  4YEM A;  1F0W A;  4H92 A;  4NGJ A;  4WM1 A;  4NSJ A;  3LYM A;  5J7C A;  3W6C A;  3P4Z A;  4EMN A;  4WO9 A;  5KXP A;  5T3F A;  4Z46 A;  5KXN A;  1NF5 A;  4N5R A;  5DLA A;  1LTM A;  4WM2 A;  4DYG A;  1ALC A;  3HBH A;  1GAZ A;  1GB0 A;  3T6U A;  5DN5 A;  3WYH A;  1REY A;  1QSA A;  1FKQ A;  4AGA A;  208L A;  1KXW A;  1IOT A;  5B06 A;  3W6D A;  1B5W A;  4LT1 A;  3A94 A;  1BB6 A;  1LYO A;  2N5Z A;  1IP3 A;  3AZ4 A;  1GBY A;  4LT2 A;  4ETB A;  1UIE A;  4ANR A;  3CSQ A;  1UC0 A;  2BQO A;  3LN2 A;  3W6A A;  1QQY A;  1VAT A;  2HEA A;  4OWB A;  4NHS A;  1WQQ A;  1REZ A;  5LIN A;  1GE3 A;  1HFZ A;  1B9O A;  4G4C A;  1LMQ A;  1LZE A;  2BPU A;  4NFV A;  4WG7 A;  2BQD A;  5LA5 A;  2BQI A;  1RE2 A;  3AW6 A;  1IEE A; 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 2X0A A;  4HPE A;  1IR9 A;  2AUB A;  194L A;  3J6K A;  1GFG A;  4UWU A;  3G3A B;  4XEN A;  3WPJ A;  1OUD A;  1HEO A;  2ZNX Y;  1LJ3 A;  2EQL A;  4NHP A;  5B07 A;  2DQD Y;  2ZQ3 A;  4YF2 A;  1JPO A;  2BAA A;  1AM7 A;  1LSP A;  2YDG A;  1GPQ C;  2HEE A;  3B0I A;  3WXT A;  153L A;  1GFJ A;  1B7S A;  1QDR A;  4HTN A;  1BWI A;  4HTK A;  4GLA A;  2YBI A;  1CJ8 A;  3HFM Y;  4OWC A;  2MEI A;  4DDA A;  2Z2F A;  4CFO A;  3TXK A;  1GF6 A;  3P64 A;  4MST A;  1G7J C;  2A7D A;  4NSG A;  1UIG A;  1LMA A;  4XJH A;  3WUM A;  1JJ0 A;  2YSS C;  2EPE A;  4WLT A;  5LVG A;  1LPI A;  2EIZ C;  2BQL A;  1P2C C;  4DWX A;  4XYY A;  3WMK A;  1HEM A;  3D9A C;  2Z38 A;  1HSX A;  1GFH A;  4HV1 A;  1B5V A;  4TSB A;  1IR8 A;  3ATN A;  3TXI A;  4TTD A;  3A92 A;  1I1Z A;  2HU3 A;  3CT5 A;  1IP4 A;  4WLD A;  4X3B A;  4XJB A;  5B59 A;  1DZB X;  1DPW A;  1C45 A;  1VDQ A;  1WQO A;  4M6D A;  5LVJ A;  1GBS A;  4NGV A;  1NBY C;  4H8X A;  4CGE A;  4C3W A;  1BB5 A;  1LZN A;  1JTO L;  1LZB A;  1XFP L;  1CKG A;  2I25 L;  2CGI A;  1WVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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