4NGOA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.0 m cocl2
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngoA00
4LFPA 3TMXA 1GB2A 1IR7A 1GE2A 7LYZA 2Z37A 1GF3A 2EPEA 2EQLA 1LHKA 1LSMA 2LZ2A 5LYTA 5KXTA 1LZAA 1SLYA 4QY9A 3WUNA 4NY5A 4OWBA 1CJ9A 3AB6A 1CJ7A 1UACY 2D91A 1AZFA 1QQYA 1IR8A 1D9UA 3AGIA 5I4WA 3P65A 1QDRA 2YBMA 1B7PA 3EBAB 4PGJB 4WG1A 4ETDA 4J1BA 1WQMA 1DZBX 1YL1X 2DQFC 4WG7A 5LAGA 1GDXA 1LZ6A 1GDWA 1DPXA 4XYYA 5KXXA 5LYMA 1B7NA 1GB8A 1GB7A 1LSFA 1ZVYB 4G49A 4G4HA 4HJVA 4DD1A 4LZTA 3KAMA 5LIOA 1LYZA 1IWVA 3CT0A 3TXGA 2D4JA 1YKXX 2ZWBA 1EQ4A 1GBOA 4NGVA 4O34A 1IVMA 1GBZA 3QE8A 3ATNA 5I53A 4N5RA 1LMPA 3WULA 1WQOA 2D4IA 2DBTA 1VATA 1GF8A 2ZIKA 4DC4A 1GF9A 1KXYA 5L3HA 4C3WA 4M4OA 3WU9A 1DI4A 4GN4A 2DQEY 5LAFA 1YAQA 1B7SA 1W08A 1T6VL 5ILCA 3W6BA 1WVUA 1LSPA 1BQLY 3EMSA 1GAZA 3GXRA 2MEIA 4GCFA 4BADA 1WVVA 3P68A 1YKZX 1D6QA 4W94A 1C46A 1UIEA 2Z2FA 4LT0A 4DYGA 4UWUA 2HEFA 1JJ3A 3CQLA 4HPIA 1OUEA 1IP5A 4C5FA 2FYDA 2YBIA 1G7LC 1XGRC 3A6CY 2MEAA 4X3BA 2YVBA 1LZGA 4H94A 5HNLA 1LJGA 5APFA 4EOFA 1OUHA 3WU8A 1EQEA 2BQFA 2XBSA 4HV1A 4IASA 1REMA 4QGZA 1JWRA 4WMGA 3IWRA 5LVIA 1BVKC 3CSQA 3F6ZA 4Z41A 1GHLA 4KXIA 1H87A 2LHMA 3N9CA 3TXIA 1REZA 4ET8A 5KY1A 1HFXA 5J7CA 2MEFA 3CT1A 4NGLA 1TEWA 4G9SA 2FBDA 3TXBA 1LKRA 4XADA 2FBBA 1UUZC 1GB9A 4NHIA 3TMUA 4HSFA 1IC7Y 1RJCB 2YBJA 3CT5A 2YBNA 4RW2A 4WLYA 4M6DA 4GCDA 6LYZA 4YENA 4OWHA 1XGUC 1IOQA 1CJ8A 1BB5A 1V7SA 1XGTC 1RFPA 1VEDA 1TAYA 4H8XA 4LYMA 3TXKA 2Q0MX 3N9AA 3WUMA 3OJPA 4CHXA 1QIOA 1JEFA 1LJEA 3CSRA 3W6CA 2XTHA 4B0DA 1DQJC 4XJDA 2HEDA 1BB3A 1HELA 5KXNA 1V7TA 2AUBA 3ATOA 5C6LA 1IP6A 1LYYA 1I56A 1GBSA 1OQMA 2I26L 4CJ2A 3G3BB 1LMCA 1LZ5A 1RI8B 3FE0A 4XENA 1GFUA 5LINA 4R6CA 4WM5A 4FJRA 4H9FA 4KL7A 1LJKA 4WL7A 1RE2A 1LMOA 1CJ6A 4ZIXA 4HPEA 2IFFY 1GFAA 1DKJA 1NKHA 1HMLA 1WQNA 5F9UA 4ETAA 4WLXA 1B5YA 1B0DA 1IY3A 4HTKA 1LJJA 1B5WA 194LA 1LJFA 4NSHA 1LYSA 2YDGA 1RCMA 1NF5A 1ZV5L 2LYZA 4YEMA 1QUSA 1IWZA 5FEKA 1GPQC 3A96A 4HJZA 1LSDA 2BQIA 5APCA 5C6IA 5C6JA 4NHQA 1GF4A 1LSYA 1FLUA 1XGPC 5DN4A 4TTDA 1GWDA 1IWXA 1PS5A 5A3EA 1OUJA 1UIFA 4YEOA 1GXXA 1WQPA 1H6MA 1JKBA 5LA5A 5KXZA 5LVJA 1OUAA 2W1XA 5KXWA 1LZEA 4TSCA 1HEOA 1IC4Y 4LT2A 3W6FA 5LVGA 1LJHA 4WL6A 1JJ0A 3A92A 4YF2A 1XFPL 4XJGA 4H9IA 1IR9A 1DI5A 4G4BA 3B0OA 4AGAA 4B1AA 4WOAA 4NGIA 1KXXA 2BLXA 4HJYA 4PRQA 4PJ2C 1YKYX 2I25L 3BKHA 5KXPA 4QDNA 4LYZA 1BVXA 1GE1A 1HFZA 1DPWA 1C45A 4RW1A 4H90A 4H8ZA 1KIQC 5HNCA 5B07A 2DQHY 2ZILA 3TXDA 1JISA 1UIDA 3TXJA 1GD6A 1LHMA 4H9EA 3WPJA 4BAPA 4H9AA 4TWSA 3ZVQA 2BQCA 5JENB 3T36A 1GFEA 4LFXA 4WM3A 3W3EA 1GFGA 4LYOA 4B49A 5IHGA 4H9HA 2XJWA 3WVYA 1QSAA 2F30A 1NDMC 2A7DA 208LA 4WLTA 4R0FA 4DD9A 1B2KA 1LZ8A 1J1PY 4YOPA 4KT3A 4WM1A 1JPOA 1WQQA 4ETEA 1TDYA 4NGWA 4NGOA 1REXA 5FELA 1D6PA 4HTNA 1LHIA 1BWJA 4B4IA 2Z38A 4LYTA 5E9RA 2Z2EA 1GB5A 4H1PA 4OOTA 2H9JA 4PHIA 4UWNA 1ZVHL 3LZTA 3TMVA 1FBIX 1GAYA 3AZ7A 4LT1A 5KXMA 4I8SA 1B7LA 1GBYA 1QTEA 1IWWA 1F6SA 2G4QA 1F10A 1CKCA 4TSBA 4NSJA 5K7OA 2BQLA 3WXTA 4GCBA 1LJ3A 1JJ1A 3B6LA 1J1OY 1B5UA 1FKVA 1OP9B 1JKAA 2HU3A 4NWEA 1YAOA 4B4JA 5F9XA 4P2EA 1NBZC 4DT3A 2BQKA 1JIYA 2BQOA 1JTOL 3LHMA 1IWUA 1N4FA 2ZYCA 5LXWA 2BQDA 4H9CA 1LSZA 4H92A 3ZVQB 3ZEKA 5B59A 3B72A 2BQHA 5KXLA 1YL0X 1OUDA 4A7DA 1D0MA 4OW1A 1EL1A 1YROA 1E8LA 4OWAA 3M18B 4LGKA 1G7IC 5APDA 1A4VA 154LA 4WLDA 4N0JA 1QUTA 4WO6A 5HMJA 1VFBC 1VDQA 3D9AC 2DQIY 2LYMA 4U3XB 5IDDA 1LHHA 1GEZA 1HF4A 4H91A 2CGIA 1LSBA 3ULRA 4J0LA 4WO9A 9LYZA 5F81A 2G4PA 5KXSA 2BQEA 1I20A 1LMQA 1LTMA 2DQCY 4MCKA 4N9RA 3WU7A 4ANRA 1MELL 1AT5A 4ETBA 5KXOA 1FLQA 1HERA 1VAUA 2W1MA 1FLWA 3A94A 4NWHA 1JKDA 1HENA 3E3DA 3WVXA 134LA 1IEEA 4NFVA 1I1ZA 1GFHA 4CFPA 3QY4A 4XJBA 4DD2A 2G4NA 4DD0A 4NGYA 1LJNA 4NGJA 2WARA 1ALCA 3P64A 4GLAA 4KPMA 4TUNA 2EKSC 4HP0A 2YSSC 1DKKA 3IJVA 1QDTA 1BWHA 1GBWA 2BPUA 2C8PA 5FHWA 4NSIA 1B5ZA 3WH1A 3RNXA 1SQ2L 3TMWA 1JSEA 1D0KA 4J7VA 5HQ1A 6LYTA 1IORA 2D4KA 3TXFA 1LMAA 3WMKA 2BQNA 4DDCA 5FSTA 5L9JA 2IHLA 3TXEA 4ET9A 1LHLA 3RZ4A 1UIAA 4N8ZA 1W6ZA 4FDYA 1GF7A 4H8YA 1XGQC 3A95A 3CB7A 3A91A 3A90A 3AZ5A 1LKSA 4J1AA 1AM7A 1LMNA 1HEQA 1VDSA 4W96A 1QTKA 1WTMA 1FKQA 1BB7A 1IP3A 2A7FA 2ZNXY 1GB0A 1WQRA 2W1LA 3AW6A 4IJ4A 1F6RA 3LZ2A 2BQJA 1XEKA 3WXUA 1INUA 1IC5Y 1LZYA 1UC0A 4MR1A 5EBHA 5B1FA 5T3FA 2BQAA 3A93A 1LZCA 1LSGA 4MSTA 5A3ZA 2MEGA 1OUFA 5KXYA 4AXTA 2GV0A 3AYQA 2NWDX 3K3TA 1GFRA 3HFMY 1BGIA 2CJLA 1C7PA 2RSCA 1LZSA 8LYZA 3AGHA 1UICA 3RU5A 1UBZA 4G4CA 1YANA 1GF0A 3TXHA 1HC0A 2DQJY 4TX7A 4IATA 5I4XA 1TCYA 5II3A 4DD7A 4LYBA 1UIGA 2MEHA 2HU1A 3W6AA 1GE0A 4OWCA 3P66A 1B5XA 4OOOA 1QSWA 5LVKA 1JUGA 4XJHA 1GFKA 2DQDY 1HHLA 1VDTA 1JKCA 1FDLY 1JHLA 5AMYA 1LZTA 1IX0A 4EMNA 3B0IA 1J1XY 4B4EA 2BLYA 1NBYC 1GXV2 2PC2A 4ZFPA 1D0LA 4XJFA 1IOSA 4YM8A 3A67Y 3BKVA 5KXKA 5LA8A 4DD3A 5F16A 1YAPA 4RLNA 3A8ZA 4DWXA 1YAMA 1LZ9A 3WW6A 1NDGC 2N5ZA 1UIBA 4HTQA 5ILFA 1XEIA 5KKJA 2BQMA 4LYCA 5FDJA 1GBXA 5KXRA 3A3QA 4L41A 1IP4A 1EQ5A 1NHEA 2F4AA 1DI3A 1LZDA 4N1EI 1LZ1A 2VB1A 3HBEX 4NG1A 3WPLA 4ZEEA 1HFYA 3J6KA 1O23A 1C08C 5DLAA 2F4GA 2Z19A 2W1YA 5LYZA 1GF5A 1IP7A 1B5VA 1BHZA 3EXDA 1HEWA 2H5ZA 2ZIJA 1GE4A 5DN5A 1HEPA 2Z18A 1GE3A 4BS7A 5KJ9A 2ZQ3A 1IP1A 3OK0A 1IOCA 1GFJA 3M3UA 5I54A 4N1CC 1WTNA 2MEBA 4ML7A 1VDPA 5B05A 1LHJA 2YBHA 2EIZC 1F0WA 1CKFA 1LSEA 1BB6A 3MGWA 1G7HC 2HTXA 5KKIA 1HMKA 1LYOA 1ZMYL 1KIPC 1UCOA 1LAAA 4GN5C 4NG8A 153LA 3W6EA 4I0CA 2B5ZA 4NSGA 2HEBA 2ZYPA 193LA 1YIKA 2FYCA 3D3DA 2ZNWY 1LSNA 4PPOA 5B06A 2CWIA 5D5CA 5D5FA 3WL2A 2YBLA 4WM2A 4NEBA 4GLVA 1LZRA 3AZ6A 1NMMA 2HEEA 1CKHA 1UIHA 3HBHA 1KXWA 1FN5A 1GB3A 3LYTA 1LCNA 3AZ4A 4LT3A 4ETCA 3SP3A 1BWIA 3AJNA 2H9KA 1AKIA 3IJUA 1TBYA 5HMVA 1XEJA 3WUAA 2Z12A 2D6BA 1P2CC 4GCCA 5DM9A 2BAAA 3B0KA 1A2YC 1LSAA 2LZTA 4QEQA 1CNSA 3QNGA 1LZBA 4WM4A 2CDSA 3EO5A 2F2NA 1CKGA 4H93A 4XN6A 1YQVY 1GFTA 1AT6A 3WW5A 2MEDA 1MLCE 3RT5X 1IP2A 5B1GA 4CFOA 1REYA 4NGKA 1JSFA 3J4GA 3RW8A 4Z46A 1HSXA 1IO5A 1GF6A 2ZQ4A 3LYOA 2Z39A 1LJIA 4WM6A 5DL9A 4NHSA 1YILA 4E3UA 3GXKA 1GFVA 1IWYA 3P4ZA 1OUGA 133LA 4GN3A 1FLYA 1B7RA 2MEEA 1IY4A 3LN2A 3A3RX 3WYHA 5E4PA 132LA 1GEVA 1LMTA 3HBDA 1GB6A 3W6DA 5HLLA 5LVHA 3G3AB 1HEMA 2DKVA 1UA6Y 1NQIA 2HUBA 4OWEA 5FCPA 1LZNA 3A34A 4NIJA 2Y8PA 5F14A 3AW7A 2BQGA 1JTPL 4RDSA 1JTTL 1LJ4A 4HV2A 4H9BA 3CSZA 2HECA 2LYOA 1B9OA 2X0AA 2XBRA 1DXJA 5I4YA 2MECA 4UWVA 4GCEA 5L3IA 1IOTA 3N9EA 1LOZA 1IWTA 2DQGY 135LA 3WPKA 4Z3MA 1B7OA 1CKDA 1G7JC 1NWGA 3LYMA 4D9ZA 5APEA 4II8A 4DDAA 4Z98A 207LA 2DQAA 4BAFA 4NGZA 1IIZA 1HSWA 4CGEA 2HEAA 4NHTA 3FI7A 4XJIA 3T6UA 4PRUA 2BQBA 3LYZA 1B7MA 1PZYA 5I5QA 1OUIA 1C43A 1LPIA 1LZ4A 3AGGG 4RLMA 5IELA 1G7MC 2I6ZA 4DDBA 1OUCA 1BB4A 1C10A 1JITA 1B7QA 1HNLA 3VWOA 5M1YA 1OUBA 4NHPA 2C8OA 1Z55A 3A6BY 1LSCA 1T3PA 1KIRC 1XSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFPA 1IR7A 2Z37A 2EPEA 1LSMA 4W51A 5KXTA 1LZAA 1G0PA 4OWBA 1AZFA 3AGIA 115LA 3EBAB 1DZBX 4W59A 1GDWA 3C8QA 1ZVYB 128LA 3DN3A 1IWVA 1L66A 3CT0A 3NY8A 5I14A 104LA 1EQ4A 1LYEA 1IVMA 3QE8A 206LA 3ATNA 1L69A 1WQOA 1L39A 1KXYA 1SX7A 139LA 1DI4A 3GUNA 1YAQA 1C6TA 2NTHA 2MEIA 1WVVA 1OYUA 1YKZX 1DYCA 4PJZA 4DYGA 234LA 1C66A 2HEFA 3K2RA 4C5FA 3A6CY 1XGRC 2MEAA 1LZGA 5HNLA 5APFA 3WU8A 2BQFA 4HV1A 4IASA 1L67A 1REMA 4QGZA 1JWRA 1L00A 4Z41A 1L74A 3TXIA 5KY1A 3CT1A 4NGLA 1TEWA 2FBDA 190LA 1SX2A 3TMUA 245LA 1RJCB 1L41A 1XGUC 2Q0MX 4CHXA 1CV3A 1JEFA 2ANVA 2B73A 3CSRA 1L27A 2HEDA 3V2YA 1V7TA 243LA 3ATOA 3G3BB 1LYJA 1RI8B 2RAYX 107LA 4H9FA 114LA 228LA 1DKJA 2Q9EA 1P36A 1T8AA 5F9UA 1B5WA 4NSHA 1LYSA 1D3JA 1NF5A 4HJZA 5C6JA 1GF4A 5DN4A 1PS5A 5A3EA 1OUJA 1UIFA 1JKBA 5KXZA 3C8RA 1C64A 1LJHA 1XFPL 4AGAA 4W54A 4B1AA 4PRQA 4PJ2C 1YKYX 5KXPA 149LA 1PQOA 1DPWA 1C45A 1L60A 3DN4A 2DQHY 3TXJA 1LHMA 4H9AA 2BQCA 3T36A 1GFEA 1GFGA 4LYOA 2XJWA 1QSAA 157LA 4YOPA 4KT3A 3NYAA 1LGWA 1REXA 1D6PA 131LA 1ZVHL 3LZTA 2RAZX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LFP A;  3TMX A;  1GB2 A;  1IR7 A;  1GE2 A;  7LYZ A;  2Z37 A;  1GF3 A;  2EPE A;  2EQL A;  1LHK A;  1LSM A;  2LZ2 A;  5LYT A;  5KXT A;  1LZA A;  1SLY A;  4QY9 A;  3WUN A;  4NY5 A;  4OWB A;  1CJ9 A;  3AB6 A;  1CJ7 A;  1UAC Y;  2D91 A;  1AZF A;  1QQY A;  1IR8 A;  1D9U A;  3AGI A;  5I4W A;  3P65 A;  1QDR A;  2YBM A;  1B7P A;  3EBA B;  4PGJ B;  4WG1 A;  4ETD A;  4J1B A;  1WQM A;  1DZB X;  1YL1 X;  2DQF C;  4WG7 A;  5LAG A;  1GDX A;  1LZ6 A;  1GDW A;  1DPX A;  4XYY A;  5KXX A;  5LYM A;  1B7N A;  1GB8 A;  1GB7 A;  1LSF A;  1ZVY B;  4G49 A;  4G4H A;  4HJV A;  4DD1 A;  4LZT A;  3KAM A;  5LIO A;  1LYZ A;  1IWV A;  3CT0 A;  3TXG A;  2D4J A;  1YKX X;  2ZWB A;  1EQ4 A;  1GBO A;  4NGV A;  4O34 A;  1IVM A;  1GBZ A;  3QE8 A;  3ATN A;  5I53 A;  4N5R A;  1LMP A;  3WUL A;  1WQO A;  2D4I A;  2DBT A;  1VAT A;  1GF8 A;  2ZIK A;  4DC4 A;  1GF9 A;  1KXY A;  5L3H A;  4C3W A;  4M4O A;  3WU9 A;  1DI4 A;  4GN4 A;  2DQE Y;  5LAF A;  1YAQ A;  1B7S A;  1W08 A;  1T6V L;  5ILC A;  3W6B A;  1WVU A;  1LSP A;  1BQL Y;  3EMS A; 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 4XN6 A;  1YQV Y;  1GFT A;  1AT6 A;  3WW5 A;  2MED A;  1MLC E;  3RT5 X;  1IP2 A;  5B1G A;  4CFO A;  1REY A;  4NGK A;  1JSF A;  3J4G A;  3RW8 A;  4Z46 A;  1HSX A;  1IO5 A;  1GF6 A;  2ZQ4 A;  3LYO A;  2Z39 A;  1LJI A;  4WM6 A;  5DL9 A;  4NHS A;  1YIL A;  4E3U A;  3GXK A;  1GFV A;  1IWY A;  3P4Z A;  1OUG A;  133L A;  4GN3 A;  1FLY A;  1B7R A;  2MEE A;  1IY4 A;  3LN2 A;  3A3R X;  3WYH A;  5E4P A;  132L A;  1GEV A;  1LMT A;  3HBD A;  1GB6 A;  3W6D A;  5HLL A;  5LVH A;  3G3A B;  1HEM A;  2DKV A;  1UA6 Y;  1NQI A;  2HUB A;  4OWE A;  5FCP A;  1LZN A;  3A34 A;  4NIJ A;  2Y8P A;  5F14 A;  3AW7 A;  2BQG A;  1JTP L;  4RDS A;  1JTT L;  1LJ4 A;  4HV2 A;  4H9B A;  3CSZ A;  2HEC A;  2LYO A;  1B9O A;  2X0A A;  2XBR A;  1DXJ A;  5I4Y A;  2MEC A;  4UWV A;  4GCE A;  5L3I A;  1IOT A;  3N9E A;  1LOZ A;  1IWT A;  2DQG Y;  135L A;  3WPK A;  4Z3M A;  1B7O A;  1CKD A;  1G7J C;  1NWG A;  3LYM A;  4D9Z A;  5APE A;  4II8 A;  4DDA A;  4Z98 A;  207L A;  2DQA A;  4BAF A;  4NGZ A;  1IIZ A;  1HSW A;  4CGE A;  2HEA A;  4NHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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