4NGYA

Dialyzed hew lysozyme batch crystallized in 0.75 m ybcl3 and collected at 100 k
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngyA00
3M3UA 1XGPC 3RZ4A 6LYZA 5LVGA 3EBAB 3WVYA 4H90A 2ZNWY 1GFKA 4DD0A 1GB5A 1HEQA 1QQYA 4I8SA 3IJVA 1GBZA 5M1YA 1IOTA 4XJBA 4PGJB 1LCNA 2MEBA 5KXRA 3ATOA 3P66A 4GLVA 3A34A 4W96A 1WQOA 1XFPL 4IJ4A 4RLMA 3TXBA 4FDYA 4OW1A 2ZWBA 3TXFA 1DKJA 4DD3A 4ETDA 3TXGA 1VDQA 1LSDA 2N5ZA 4BAFA 2IHLA 3FI7A 5APEA 1DQJC 1GF3A 1GF6A 1I56A 1HELA 3EO5A 1GFVA 1NF5A 4NWEA 1MLCE 1NBZC 4LYOA 2EKSC 1YAQA 2MEGA 1B5UA 4O34A 4YEOA 2W1LA 5LA8A 5JENB 3CT1A 4WOAA 2Z18A 1QUSA 1OP9B 3TMXA 3LYOA 1EQ5A 1GXXA 1KXXA 4H94A 3WUMA 1DI4A 3RT5X 3TXJA 3FE0A 2A7DA 4TTDA 7LYZA 4HP0A 4H9BA 1VDSA 5LAGA 1YILA 1G7HC 1FDLY 2XBRA 1LZDA 4NWHA 3WW5A 3J6KA 4MSTA 1PS5A 1LZAA 2F4AA 1GEVA 4HV2A 1GDWA 1GE2A 1LYYA 2G4PA 1AT6A 4ET8A 1F6SA 1NKHA 3M18B 5KXOA 4J7VA 2Y8PA 1GFUA 1YANA 2EIZC 1JEFA 1G7MC 1LJJA 5C6IA 1NBYC 1FLWA 3WL2A 4NHQA 1VEDA 2W1XA 1JIYA 1XGQC 1LKRA 2BPUA 4H92A 5IELA 4KPMA 1LJFA 1UIBA 1IEEA 2DQHY 4NGYA 1GE4A 5L9JA 1GPQC 3N9AA 5L3HA 1HFYA 5LYTA 3HBEX 3P4ZA 1UICA 4LZTA 1GF0A 1OUAA 5LVJA 1IWYA 2EPEA 4NY5A 1IC5Y 2LYMA 5IHGA 5DL9A 1EQ4A 2ZYPA 1LHKA 2F4GA 5KY1A 4R6CA 5E9RA 1YL1X 1C10A 2H5ZA 3OK0A 132LA 1GFGA 1IIZA 1UIFA 1JSEA 1TBYA 4RW2A 1VDPA 133LA 3AGHA 1INUA 3RU5A 4ZEEA 4G4CA 1JKBA 1BVXA 3ZEKA 3ZVQA 1GHLA 1WTNA 2DBTA 4WM2A 1LZRA 2Z38A 5I4XA 1G7JC 1VAUA 3OJPA 5DN5A 3WPLA 1GE3A 1GFAA 1LZCA 2G4QA 1JISA 3LYTA 3P64A 4MR1A 1LYZA 3TXEA 6LYTA 1LMCA 2YBMA 1GFJA 2HUBA 1GBSA 3AZ5A 4B0DA 4OWHA 3W6CA 4LYMA 4DT3A 4PRQA 4LT0A 5KXNA 1BVKC 2DQJY 5APFA 1WVUA 2HEFA 3AW6A 3WW6A 3AYQA 1B7RA 5EBHA 1VDTA 4DDCA 4FJRA 1SLYA 5FELA 1B7QA 207LA 1IP3A 2H9JA 2FBBA 3HBDA 3TXHA 4H9IA 5KXZA 1A2YC 3G3BB 2VB1A 1LMTA 4NGZA 1LZTA 1ALCA 4DC4A 1IR8A 2GV0A 1CKGA 2FYDA 2Z12A 1UIHA 5HLLA 4CFPA 4H9CA 5LINA 4H9HA 5KKJA 1NQIA 5AMYA 5C6LA 1GBYA 1GB2A 3T36A 1B7PA 4CFOA 1LSMA 1IR7A 2D4IA 2DQDY 4LFXA 4WLYA 1IO5A 4DWXA 3WU9A 1N4FA 4YENA 3B0KA 2Z2FA 2ZIKA 3P65A 1CJ6A 1LSAA 1LYSA 2D91A 1JWRA 4G4HA 4G49A 4U3XB 4CJ2A 2Z37A 4TUNA 3G3AB 1I20A 1UIAA 4GCCA 4ETAA 1HEWA 1WQRA 2BQEA 2ZIJA 4NGOA 4WG1A 5FEKA 4Z41A 1W08A 5F14A 2A7FA 3ATNA 1IP7A 4NSGA 1B7SA 1IWXA 1TEWA 1HEOA 1IP6A 1C46A 1NDGC 3B0IA 1WVVA 3GXKA 4UWUA 1YAMA 1BQLY 4GCEA 3WU8A 1GF8A 2BQOA 4PJ2C 1DPXA 4BAPA 4QY9A 4DD9A 4OOTA 5A3EA 1QTEA 1PZYA 1QIOA 4WM5A 2BAAA 4N1EI 1AM7A 4ZFPA 5LYZA 2D4JA 2MEFA 4DDBA 3B6LA 1T6VL 1OUCA 3QY4A 3A96A 1LKSA 4NEBA 1J1XY 4N9RA 2BQDA 3RW8A 4ETEA 5KXKA 4NGJA 5HMVA 2YBIA 4RW1A 3WXUA 1LMNA 1OUJA 1HEPA 1DI5A 1HFXA 4A7DA 1NDMC 1BGIA 1LHHA 1OUBA 1JJ0A 3N9CA 3W6AA 153LA 3A8ZA 3WH1A 1O23A 1JTOL 4NSHA 1RFPA 1GB3A 5DN4A 1NWGA 1HC0A 1IP2A 3W6EA 3TXIA 2HEBA 3AZ6A 2ZILA 3CQLA 1ZVYB 2XBSA 3CSQA 4HPIA 1B5XA 3HBHA 1LSBA 4N8ZA 1IC7Y 1P2CC 2BQAA 5E4PA 4WG7A 4X3BA 1YAPA 3BKHA 3WU7A 2WARA 1QSWA 4H91A 4NSIA 1WQMA 1KIQC 4PRUA 5I53A 5KXLA 1GEZA 1T3PA 1IP4A 2HEAA 1CKFA 4ETCA 2ZNXY 1LZGA 3A3RX 4J1AA 4LT3A 2I6ZA 1WQQA 3AGGG 1IP5A 1GWDA 1LZYA 4XJFA 1GFEA 2NWDX 4Z98A 1DKKA 4WO6A 4HJYA 4B4JA 1G7IC 1WTMA 1ZVHL 1ZV5L 4PHIA 1LMOA 1GF9A 4UWNA 1B5YA 1OUFA 1Z55A 2EQLA 1XEJA 1WQPA 1JITA 1MELL 1HSWA 4HJZA 4J1BA 1GB7A 3SP3A 1HF4A 5F16A 4CGEA 2DKVA 3A3QA 5T3FA 5LVKA 3WXTA 4WO9A 4ETBA 1IY3A 1REMA 2FYCA 1NMMA 2BQMA 1GF5A 1A4VA 2YBHA 1H6MA 1OUEA 1UIEA 1KXYA 2YDGA 3IJUA 3N9EA 5APCA 1FLUA 4EMNA 2G4NA 4NHTA 3ZVQB 1LHMA 2C8PA 1LJHA 194LA 1LJ4A 1CNSA 2XJWA 3B72A 1FBIX 4N5RA 1FN5A 3WPKA 1LSFA 1NHEA 1B7MA 1KIRC 1IX0A 1LZ8A 2BLXA 3WMKA 3A6BY 3F6ZA 5FSTA 1LSZA 1GAYA 1GAZA 1GF4A 2FBDA 4H8XA 4YF2A 5II3A 4L41A 1FLQA 1HERA 1HSXA 5LA5A 4OWBA 5F9XA 1IWVA 5L3IA 2DQEY 1D0KA 4W94A 1DPWA 2LZTA 4AGAA 4LYCA 9LYZA 1YAOA 1F10A 4DYGA 1RI8B 1LZ1A 2LZ2A 1ZMYL 5HQ1A 1JTTL 2RSCA 1F6RA 1JTPL 1LSNA 4Z3MA 1GB9A 1B9OA 4WM4A 1D6QA 3AGIA 3CSRA 3LYMA 1YKXX 3AJNA 3AW7A 3CT5A 4HTQA 4OOOA 4OWAA 4GCFA 1IOCA 2MEIA 1SQ2L 5C6JA 1JKAA 1J1OY 4I0CA 4YEMA 1IOQA 5B05A 1IWUA 1HMKA 1BHZA 4QDNA 1TAYA 5HMJA 5I4YA 4HV1A 4HSFA 1BWIA 1REXA 5I54A 3A92A 1EQEA 1F0WA 1YKYX 1LMQA 1UIDA 4NGVA 1GD6A 4XJDA 2HU3A 4HTKA 154LA 1QUTA 1QDRA 1EL1A 1UACY 4DD1A 1GBOA 1D0MA 2YBJA 4NFVA 3CSZA 3IWRA 5A3ZA 5LVHA 4NGLA 1DZBX 1AZFA 5KXPA 1JHLA 1AKIA 1RCMA 2LYZA 5IDDA 1FLYA 1LSEA 4ANRA 4E3UA 1LZSA 2I26L 4ML7A 4GN3A 4ZIXA 1LZ4A 2BQHA 1LMAA 3A93A 4G9SA 1XGTC 1D0LA 1QDTA 2DQAA 2HECA 3VWOA 4OWEA 3LYZA 3EXDA 5FDJA 2LYOA 1KIPC 3A6CY 4XYYA 4NG1A 193LA 1YL0X 4H9FA 1GB6A 4LYZA 1JSFA 3LZTA 4NHSA 4WLTA 4NHPA 1UUZC 5APDA 4WM6A 1B5VA 2BLYA 1HHLA 1LPIA 3BKVA 4WL7A 4UWVA 1GF7A 2CDSA 4OWCA 4PPOA 4QGZA 2YSSC 1BWHA 3WULA 5FHWA 4WLXA 4H9EA 3AB6A 4LFPA 1BB6A 4TWSA 1OUDA 5B1FA 5ILFA 3ULRA 5DM9A 2DQIY 5KXXA 1IVMA 1LTMA 1TCYA 1VATA 2CGIA 2W1YA 3A94A 1LHIA 2LHMA 1IP1A 1JJ1A 1C08C 4G4BA 1GFTA 1V7TA 2ZYCA 4H1PA 4NGIA 4B49A 1LJIA 1LZNA 1GFHA 1GE0A 3D3DA 4GN4A 135LA 1VFBC 3P68A 4B1AA 1IWWA 1IWZA 1LAAA 1OUGA 5D5CA 2BQGA 1C43A 5ILCA 4KT3A 2F2NA 1B7NA 1RJCB 2H9KA 4XJGA 3A90A 4H8ZA 5D5FA 4NG8A 4C3WA 2HU1A 3MGWA 3J4GA 4XJIA 4RLNA 4AXTA 1GE1A 1I1ZA 2W1MA 4TX7A 4N0JA 3WPJA 2Q0MX 1KXWA 2ZQ4A 1GBWA 2BQCA 1IC4Y 1LZ5A 2DQGY 2F30A 2AUBA 4Z46A 2I25L 2IFFY 4H93A 1CKCA 1LYOA 1BWJA 1LJ3A 4H8YA 4II8A 4IASA 4LGKA 3TMVA 5J7CA 3A91A 1REZA 5HNLA 2BQBA 3LHMA 4HJVA 3RNXA 1IWTA 5KJ9A 5LXWA 1XEKA 1B2KA 1LJNA 5LVIA 4KXIA 1IY4A 1C45A 3WUNA 1B7OA 1AT5A 1B5WA 2MEEA 1CJ9A 4YM8A 3HFMY 2BQJA 3CT0A 1HEMA 1JKDA 5LYMA 1LSYA 2XTHA 4TSCA 3E3DA 1BB5A 1XEIA 1XGUC 4HTNA 1V7SA 3WUAA 1FKQA 5LAFA 1BB3A 1GXV2 5KKIA 4WL6A 4LYBA 4LT2A 3CB7A 4LYTA 3LN2A 4WLDA 1HENA 1JUGA 1LHJA 5F81A 2MEAA 1BB4A 2MEHA 1GDXA 5I5QA 208LA 1XSFA 1LHLA 4XJHA 4CHXA 1HFZA 3A67Y 5B59A 5KXTA 1LZ6A 1CKHA 1HMLA 1GB0A 1GBXA 1LJKA 1IR9A 1UCOA 1GB8A 5F9UA 4D9ZA 1W6ZA 1DXJA 2B5ZA 3QNGA 1UA6Y 4BS7A 1FKVA 3TMWA 3WVXA 2Z2EA 1LJEA 5KXWA 1LSCA 4NHIA 2YBNA 4WM1A 2MECA 4C5FA 2BQFA 1LZBA 1QSAA 3TXDA 4TSBA 4M6DA 1J1PY 4R0FA 1IOSA 1LMPA 2BQKA 3K3TA 1LSPA 1HNLA 1LOZA 2Z39A 3T6UA 2DQCY 3TMUA 1XGRC 1BB7A 4MCKA 3A95A 4YOPA 5K7OA 5KXMA 1LZ9A 4XADA 1GFRA 2X0AA 3EMSA 2DQFC 3AZ4A 5B06A 4B4EA 3D9AC 1UBZA 4NIJA 4GLAA 2ZQ3A 2CWIA 3KAMA 3AZ7A 1G7LC 4XENA 4XN6A 3W6FA 1LJGA 2C8OA 4DD2A 5I4WA 1C7PA 1E8LA 1H87A 4IATA 5KXSA 1YKZX 3TXKA 4J0LA 2BQNA 2D6BA 2D4KA 5DLAA 1YROA 4N1CC 4NSJA 1B7LA 1JPOA 2HEDA 2HTXA 2Z19A 4GN5C 3GXRA 4KL7A 4LT1A 4P2EA 1CKDA 4GCDA 3QE8A 5B07A 1TDYA 1DI3A 1OQMA 1OUIA 1QTKA 3LZ2A 4NGWA 2PC2A 3W6BA 1OUHA 1WQNA 4RDSA 1D9UA 1LZEA 1RE2A 1YIKA 2BQIA 5KXYA 134LA 4GCBA 4ET9A 5HNCA 1LSGA 4WMGA 4EOFA 1UC0A 2BQLA 4QEQA 5FCPA 4HPEA 2CJLA 1B5ZA 2HEEA 2YBLA 1JKCA 4WM3A 3W6DA 1B0DA 5B1GA 3WYHA 4DDAA 1UIGA 2MEDA 1JJ3A 4M4OA 1CJ8A 5LIOA 4NGKA 1CJ7A 4DD7A 1D6PA 8LYZA 1YQVY 4H9AA 4B4IA 3B0OA 4BADA 3W3EA 1IORA 2YVBA 1REYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L30A 1CTWA 2RBSA 2ZNWY 4DJHA 1QQYA 1L64A 138LA 1IOTA 1LCNA 2MEBA 3ATOA 3P66A 4GLVA 1L06A 3A34A 1WQOA 4OW1A 3TXFA 4DD3A 1L91A 4BAFA 1HELA 1QT4A 1NBZC 1B5UA 2W1LA 1CUPA 1L10A 3LYOA 1GXXA 1KXXA 1L36A 4H94A 3RT5X 3FE0A 3DN1A 4HP0A 4H9BA 1LZDA 1L37A 1GEVA 4HV2A 1LYYA 1AT6A 1C6GA 5KXOA 2OU9A 2EIZC 161LA 1JEFA 1NBYC 1NHBA 4W52A 258LA 1JIYA 2BPUA 5IELA 4I7MA 1LJFA 5L9JA 3N9AA 246LA 1IWYA 2EPEA 4NY5A 130LA 1EQ4A 190LA 3SB6A 2F47A 4OO9A 3CDTA 132LA 1UIFA 3RU5A 4ZEEA 4G4CA 1BVXA 4ARPA 1GHLA 2DBTA 3DMVA 1G7JC 1OYUA 4MR1A 1L75A 1L96A 1L68A 2HUBA 4I7LA 4LT0A 3L64A 250LA 4FJRA 5FELA 1L01A 2H9JA 2FBBA 5KXZA 1A2YC 3G3BB 3GUNA 4NGZA 1ALCA 4DC4A 1L03A 181LA 2Z12A 3HTBA 110LA 1B7PA 2DQDY 4WLYA 4DWXA 2RBQA 1CU3A 3P65A 1LYSA 1D9WA 1I20A 1L65A 2Z6BA 2BQEA 5FEKA 5F14A 1B7SA 1IP6A 1YAMA 1BQLY 4BAPA 4DD9A 5A3EA 1L67A 2OU0X 5LYZA 1L63A 4DDBA 3B6LA 1OUCA 3QY4A 1J1XY 1LGUA 256LA 2BQDA 4N9RA 4ETEA 5KXKA 1G0LA 1L95A 4RW1A 1HEPA 142LA 1DI5A 4A7DA 3W6AA 3A8ZA 1GB3A 119LA 3TXIA 2ZILA 1B5XA 254LA 2QB0B 1LSBA 2BQAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M3U A;  1XGP C;  3RZ4 A;  6LYZ A;  5LVG A;  3EBA B;  3WVY A;  4H90 A;  2ZNW Y;  1GFK A;  4DD0 A;  1GB5 A;  1HEQ A;  1QQY A;  4I8S A;  3IJV A;  1GBZ A;  5M1Y A;  1IOT A;  4XJB A;  4PGJ B;  1LCN A;  2MEB A;  5KXR A;  3ATO A;  3P66 A;  4GLV A;  3A34 A;  4W96 A;  1WQO A;  1XFP L;  4IJ4 A;  4RLM A;  3TXB A;  4FDY A;  4OW1 A;  2ZWB A;  3TXF A;  1DKJ A;  4DD3 A;  4ETD A;  3TXG A;  1VDQ A;  1LSD A;  2N5Z A;  4BAF A;  2IHL A;  3FI7 A;  5APE A;  1DQJ C;  1GF3 A;  1GF6 A;  1I56 A;  1HEL A;  3EO5 A;  1GFV A;  1NF5 A;  4NWE A;  1MLC E;  1NBZ C;  4LYO A;  2EKS C;  1YAQ A;  2MEG A;  1B5U A;  4O34 A;  4YEO A;  2W1L A;  5LA8 A;  5JEN B;  3CT1 A;  4WOA A;  2Z18 A;  1QUS A;  1OP9 B;  3TMX A;  3LYO A;  1EQ5 A;  1GXX A;  1KXX A;  4H94 A;  3WUM A;  1DI4 A;  3RT5 X;  3TXJ A;  3FE0 A;  2A7D A;  4TTD A;  7LYZ A;  4HP0 A;  4H9B A;  1VDS A;  5LAG A;  1YIL A;  1G7H C;  1FDL Y;  2XBR A;  1LZD A;  4NWH A;  3WW5 A;  3J6K A;  4MST A;  1PS5 A;  1LZA A;  2F4A A;  1GEV A;  4HV2 A;  1GDW A;  1GE2 A;  1LYY A;  2G4P A;  1AT6 A; 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 5KXW A;  1LSC A;  4NHI A;  2YBN A;  4WM1 A;  2MEC A;  4C5F A;  2BQF A;  1LZB A;  1QSA A;  3TXD A;  4TSB A;  4M6D A;  1J1P Y;  4R0F A;  1IOS A;  1LMP A;  2BQK A;  3K3T A;  1LSP A;  1HNL A;  1LOZ A;  2Z39 A;  3T6U A;  2DQC Y;  3TMU A;  1XGR C;  1BB7 A;  4MCK A;  3A95 A;  4YOP A;  5K7O A;  5KXM A;  1LZ9 A;  4XAD A;  1GFR A;  2X0A A;  3EMS A;  2DQF C;  3AZ4 A;  5B06 A;  4B4E A;  3D9A C;  1UBZ A;  4NIJ A;  4GLA A;  2ZQ3 A;  2CWI A;  3KAM A;  3AZ7 A;  1G7L C;  4XEN A;  4XN6 A;  3W6F A;  1LJG A;  2C8O A;  4DD2 A;  5I4W A;  1C7P A;  1E8L A;  1H87 A;  4IAT A;  5KXS A;  1YKZ X;  3TXK A;  4J0L A;  2BQN A;  2D6B A;  2D4K A;  5DLA A;  1YRO A;  4N1C C;  4NSJ A;  1B7L A;  1JPO A;  2HED A;  2HTX A;  2Z19 A;  4GN5 C;  3GXR A;  4KL7 A;  4LT1 A;  4P2E A;  1CKD A;  4GCD A;  3QE8 A;  5B07 A;  1TDY A;  1DI3 A;  1OQM A;  1OUI A;  1QTK A;  3LZ2 A;  4NGW A;  2PC2 A;  3W6B A;  1OUH A;  1WQN A;  4RDS A;  1D9U A;  1LZE A;  1RE2 A;  1YIK A;  2BQI A;  5KXY A;  134L A;  4GCB A;  4ET9 A;  5HNC A;  1LSG A;  4WMG A;  4EOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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