4NGZA

Previously de-ionized hew lysozyme crystallized in 0.5 m ybcl3/30% (v/v) glycerol and collected at 125k
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngzA00
1HHLA 1KXXA 1LZDA 4GLAA 1RCMA 4DWXA 4XYYA 2MEAA 1QIOA 4FJRA 4ETDA 1LSDA 4GN4A 9LYZA 3B0KA 1GFUA 3W6AA 1XGTC 4NFVA 4PJ2C 3WUMA 2XTHA 3ZVQB 1E8LA 1AZFA 1GEZA 2CDSA 4LFPA 4WLYA 1CKDA 5LYMA 1WQRA 1XGPC 3M18B 1IP5A 4B4IA 4Z3MA 2C8PA 4NWHA 4ML7A 4WL7A 1JTOL 1EQ5A 3AYQA 3ULRA 1UACY 1YKXX 1JWRA 3HFMY 1IP2A 1LSMA 1NBYC 3CSQA 4NGKA 1LSPA 194LA 1EQ4A 1JSEA 2ZWBA 4HV1A 1BGIA 1ALCA 3B6LA 4TSCA 5LYTA 2EIZC 2BQIA 3A93A 4XJGA 2DQCY 1QDRA 2DQJY 2Q0MX 1QDTA 2HEBA 3WPJA 4ETCA 2LZTA 1LJEA 3TMVA 1HEWA 1IX0A 1JPOA 4QY9A 1JKCA 1UICA 5F9UA 1JISA 1JSFA 5F81A 4I0CA 3KAMA 2BQKA 4MR1A 4XJBA 5D5CA 1XEJA 5I5QA 2BQAA 5C6JA 1HSWA 1LSZA 2BQDA 2W1YA 1IP7A 1IIZA 1GF8A 1D9UA 1IP3A 3TMWA 1BWIA 4H1PA 1IORA 4C5FA 4QDNA 1JJ3A 1GF5A 1NDMC 3GXKA 4RLNA 4OWHA 4B4JA 3LYMA 1YAPA 3WU7A 5LVGA 1J1XY 2HU3A 3P65A 3W6BA 2ZNXY 1B7MA 4LYMA 1OUEA 1LMCA 2A7FA 4LFXA 1IOCA 4N9RA 4LYOA 4N8ZA 1OUHA 1UBZA 4B0DA 2I6ZA 1B7SA 134LA 3EXDA 2D6BA 1GWDA 2BQJA 1LKSA 2LYMA 2CWIA 4NWEA 3RW8A 5I4WA 3AW7A 5KXXA 193LA 4LT1A 4J0LA 4P2EA 4N1EI 3TXEA 1BWHA 5I54A 1UIDA 1FLYA 1GFRA 1VEDA 2H9KA 1LTMA 2YBIA 4H9EA 1GB7A 4II8A 1LYZA 1IWTA 4EMNA 4W94A 4ZIXA 1HERA 1CJ8A 1GXV2 1WVVA 2DQIY 1INUA 1C46A 3LZTA 2HEAA 4NGZA 4M4OA 1IR8A 1MLCE 1W6ZA 1GE3A 3K3TA 1LJ4A 4PRUA 5A3EA 3P68A 4LT2A 5M1YA 1LHIA 1WTNA 4OOTA 1GB3A 4NGYA 1J1PY 1GB8A 4ZEEA 3IJVA 1QSAA 4ETAA 4W96A 2IFFY 5LVHA 3LYOA 1GBZA 4H9CA 4ETEA 5HMVA 1I56A 4WO6A 1LZ1A 1GFGA 1DZBX 1GFEA 2GV0A 1LCNA 1OQMA 3QNGA 3P4ZA 5APCA 5LYZA 2EQLA 4HJVA 2MEGA 3W6DA 4N5RA 1HFZA 5E4PA 3CSRA 2W1LA 4DD1A 1FLUA 5FEKA 1GBXA 2YBJA 1GAZA 4CFOA 3N9CA 5KXLA 4H90A 3AGGG 2MEHA 5LVJA 1QSWA 3B72A 1QUTA 5B1FA 1HEOA 2DBTA 5B1GA 1ZVHL 3RU5A 2D91A 2MEDA 1LAAA 1XSFA 4J7VA 4WG1A 1B5YA 1DI5A 4OWBA 5J7CA 3LZ2A 4WM5A 1JHLA 1YILA 4DDAA 1JIYA 1NQIA 1XGRC 5F16A 1TBYA 1CKGA 1A4VA 4J1AA 2BQFA 1WQOA 1KIRC 2HEFA 4U3XB 5DL9A 1LZRA 4NHIA 4LYZA 1DPXA 1OUJA 2VB1A 3AGIA 3EMSA 4GCEA 1I1ZA 1JUGA 3WUNA 4CFPA 1WQQA 4KPMA 1LMNA 1FBIX 1B5ZA 1LSNA 1B7PA 5KXTA 1LYOA 4N1CC 1LJJA 3BKVA 3TXDA 2W1XA 4GCDA 1LZCA 4X3BA 5DN4A 4NY5A 1AM7A 1C10A 4YEOA 4OW1A 3WVYA 3WXTA 5KXWA 1YKZX 1BB5A 5KXMA 2F2NA 1GF6A 8LYZA 1HFXA 3AZ4A 5LVIA 4J1BA 1HEPA 4DDCA 4BADA 1CKHA 1OP9B 4MSTA 1UIEA 1GB6A 2MEEA 4DDBA 1OUBA 1AT6A 2MEIA 3M3UA 1IVMA 4Z46A 3AW6A 3J6KA 4NG8A 3SP3A 3HBEX 1KIQC 2I26L 1G7IC 1REZA 3P64A 2NWDX 3WVXA 1QTKA 1BVKC 2LHMA 4KT3A 1LYSA 5FCPA 1BB4A 2H5ZA 5LXWA 4DT3A 3A95A 3ATOA 4OOOA 4NIJA 2HEDA 1UIBA 1T6VL 1N4FA 1DQJC 1GBYA 1LZ5A 3G3BB 4ETBA 3GXRA 1O23A 1TCYA 1JJ0A 1WVUA 4EOFA 1LZTA 4H9BA 1MELL 4RDSA 3D9AC 3VWOA 4DC4A 1BQLY 1WQMA 3IJUA 1D6QA 2AUBA 1CJ9A 1QQYA 2BQNA 4ZFPA 2DQEY 1LHLA 4GCCA 4UWUA 5DM9A 5LAFA 4M6DA 3TXIA 5L3IA 5APDA 1IWZA 3CT5A 4TWSA 2FYDA 4H94A 2D4JA 1OUIA 1IY4A 3P66A 4WMGA 1VDTA 1LHHA 2G4NA 2BQCA 1LJ3A 1F0WA 4NGIA 1LJGA 1GB0A 5B05A 2BQEA 1FKVA 1GB5A 1JKAA 1LHMA 1NDGC 1GBSA 3A34A 4DD3A 1YAMA 2MEBA 1LYYA 3HBDA 1IWVA 1B7LA 1B7RA 1OUDA 1G7JC 5LINA 1LSEA 2D4IA 4HP0A 4L41A 5HMJA 3B0IA 3CB7A 4ET9A 3D3DA 5KXPA 3EBAB 1CJ7A 3LN2A 4OWEA 1RFPA 3WW6A 2DQGY 4XJDA 2ZQ4A 1VDQA 2YBHA 1QUSA 4DYGA 1KXWA 1GF0A 4H8ZA 4DD9A 2WARA 3W3EA 5HNCA 1OUFA 2Z39A 1LHKA 5B06A 1FLWA 1JKBA 2BLXA 5F9XA 4XJIA 1XEKA 2YSSC 5C6IA 1JKDA 1LZ4A 1LZ6A 3A3RX 1SQ2L 2DQAA 5K7OA 1LZYA 3W6CA 1B7OA 1JITA 1LMAA 4WLXA 1C08C 1IWWA 3RNXA 1IY3A 4R6CA 4NSHA 1XGUC 3TMXA 4WOAA 4LYTA 4WO9A 1BB3A 1QTEA 3N9EA 2HEEA 3W6EA 1UC0A 4WM6A 3A90A 1HFYA 5KXRA 5D5FA 3CQLA 4XN6A 1BWJA 4DD7A 1LJNA 1GB9A 4XADA 1GFVA 1ZVYB 3WW5A 5A3ZA 4H9HA 1LZAA 5IELA 1GXXA 2Z2FA 2G4QA 4HPIA 4NHQA 4OWCA 2FYCA 4Z41A 3LYZA 133LA 5KXYA 3RZ4A 1HELA 1BB6A 5I4YA 1Z55A 5FELA 2FBDA 2XBRA 1H6MA 1H87A 5JENB 4G9SA 1GDWA 3N9AA 4YENA 2HECA 1LMPA 4B1AA 1CKCA 4HTQA 2BQMA 1IR9A 1KXYA 4KL7A 4WM2A 2H9JA 4XENA 1FN5A 1TAYA 1YL1X 5KXKA 4HJZA 1B5WA 1GF3A 1IOSA 3A6CY 5I4XA 3F6ZA 2PC2A 4CJ2A 1DPWA 4H92A 1IC5Y 1TEWA 2ZIKA 4B4EA 1LSFA 1GDXA 5KXSA 3OK0A 5FHWA 3BKHA 1LOZA 4H9IA 4WM4A 4QGZA 154LA 2D4KA 1D0MA 2ZYPA 2Z2EA 2DQDY 1B7NA 3AZ6A 1YKYX 4LGKA 1NMMA 4GCBA 4BS7A 1IO5A 2B5ZA 3MGWA 5KKIA 2BQLA 1D6PA 4GN5C 5IHGA 4NEBA 4NG1A 1IP4A 1LJIA 6LYTA 1WQNA 4WG7A 1UIGA 4CHXA 1IC7Y 1AKIA 4TX7A 1VDSA 4AGAA 1NKHA 4YOPA 5APFA 1HC0A 4H9FA 4B49A 4MCKA 3QE8A 5APEA 1LSGA 4YEMA 1GFAA 1B5VA 2BQOA 2ZNWY 4LYCA 1YANA 1UA6Y 3LHMA 1C45A 1B5UA 1OUCA 1VAUA 2IHLA 1XFPL 4HPEA 1P2CC 1G7LC 1C7PA 3A3QA 1FKQA 5T3FA 2Z18A 3A96A 3J4GA 4TTDA 3LYTA 1B5XA 4G4HA 4NSIA 3T6UA 5LA5A 4BAPA 1B0DA 3A6BY 2FBBA 1WQPA 3TXFA 3ZEKA 4GLVA 1I20A 153LA 1GF9A 1UIHA 1BHZA 1LZEA 1RE2A 1BB7A 4LYBA 3W6FA 4WM3A 1UIFA 4UWVA 1YQVY 3CT1A 1J1OY 2W1MA 4R0FA 1YIKA 4Z98A 1LSAA 3AGHA 1LMQA 4WL6A 4PGJB 3A91A 3AZ7A 1D0KA 3TXGA 3AJNA 3WMKA 3CT0A 1GFJA 4ANRA 1IWYA 1CNSA 1F6SA 1HF4A 2Z38A 4G4BA 2F4AA 4NHPA 1JJ1A 1YAQA 2N5ZA 5B07A 2BQHA 4YM8A 1HENA 4HJYA 2BPUA 1FDLY 3B0OA 2XJWA 5DLAA 3WULA 2LYOA 1XGQC 3EO5A 1LZSA 4UWNA 3WXUA 5E9RA 2I25L 208LA 4PPOA 1LZGA 1VATA 5LIOA 1GFKA 135LA 4LT3A 4LT0A 4NHSA 4RLMA 1EQEA 1GAYA 1JTPL 5HLLA 1W08A 3TXBA 1B7QA 1C43A 2Z19A 4OWAA 1IP1A 1GFTA 1ZMYL 4IASA 2Y8PA 3HBHA 3WPKA 2DKVA 4NGOA 4TSBA 4I8SA 5KKJA 2DQFC 2LZ2A 5FSTA 4WLTA 1WTMA 7LYZA 5AMYA 4E3UA 1LZBA 4XJFA 1JEFA 1GF4A 1SLYA 3A94A 4YF2A 1HSXA 2G4PA 3QY4A 1GE4A 1IOTA 1TDYA 1F6RA 1HEMA 1V7TA 1PZYA 2Z12A 2ZILA 1LZNA 1NWGA 5IDDA 2CJLA 1CKFA 1VFBC 5HNLA 3IWRA 1LKRA 4HSFA 1HEQA 1YL0X 1NHEA 1DKKA 1GB2A 2A7DA 1GHLA 1YAOA 1PS5A 5FDJA 4D9ZA 1DI4A 1LZ8A 1LJKA 1G7HC 4BAFA 1LHJA 1LMOA 2XBSA 2X0AA 207LA 4H8YA 1DI3A 3ATNA 4FDYA 2RSCA 3AZ5A 4NGWA 1KIPC 1GE1A 1GFHA 5DN5A 1BVXA 2ZYCA 2YBMA 4DD0A 1YROA 5EBHA 3TMUA 1OUAA 3WU8A 4TUNA 4DD2A 4H91A 5C6LA 1GD6A 1UIAA 3WH1A 1REXA 4RW1A 1IP6A 3CSZA 1EL1A 2EPEA 2HTXA 2YVBA 1D0LA 1AT5A 4N0JA 3TXKA 5B59A 4HV2A 1LSYA 5I53A 3WL2A 1GE2A 1HMLA 4NSGA 1GBWA 3TXJA 1DKJA 1GEVA 2BQGA 3WUAA 5HQ1A 5KJ9A 4G4CA 1UUZC 1LJFA 1RJCB 1DXJA 3E3DA 2HUBA 5KXNA 1IEEA 2LYZA 1IOQA 5L3HA 3A8ZA 3G3AB 1NF5A 4KXIA 1LZ9A 4QEQA 4C3WA 1CJ6A 4HTKA 4IATA 2F30A 5KY1A 2BAAA 4CGEA 132LA 1LMTA 2BLYA 1REMA 4GN3A 4ET8A 2DQHY 4H8XA 2C8OA 1LJHA 1IWXA 1F10A 1V7SA 2MECA 2ZQ3A 1B2KA 4WLDA 3A92A 4WM1A 3A67Y 1FLQA 1G7MC 4NSJA 4O34A 2ZIJA 4HTNA 2CGIA 3TXHA 3ZVQA 5II3A 5ILFA 2YBNA 4NGVA 3OJPA 1LSCA 1B9OA 5KXOA 4IJ4A 4GCFA 4PHIA 4LZTA 1VDPA 3RT5X 4H93A 4NHTA 1GF7A 1IC4Y 3T36A 5LVKA 2Z37A 5LA8A 5LAGA 1GPQC 2YDGA 2BQBA 1JTTL 1LPIA 1NBZC 1RI8B 4XJHA 1HMKA 4AXTA 1GBOA 3WPLA 5ILCA 1T3PA 4G49A 1HNLA 3WYHA 1ZV5L 3FE0A 5L9JA 4H9AA 2EKSC 4NGJA 1IR7A 1IWUA 1XEIA 1LSBA 1REYA 1A2YC 5F14A 4NGLA 2YBLA 4RW2A 3WU9A 3FI7A 1UCOA 1OUGA 4A7DA 1GE0A 4PRQA 6LYZA 2HU1A 2MEFA 5KXZA 2F4GA 3AB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HHLA 1RCMA 1C6MA 148LE 1LSDA 4GN4A 9LYZA 1WTHA 1GFUA 3WUMA 2XTHA 1AZFA 5LYMA 1CKDA 1XGPC 3M18B 1IP5A 243LA 230LA 4WL7A 1JTOL 1JWRA 1LSMA 3CSQA 1EQ4A 5LYTA 1ALCA 3A93A 4XJGA 1C6FA 2DQCY 147LA 4ETCA 2LZTA 4QY9A 1IX0A 1UICA 5F81A 1XEJA 4AQNA 1LSZA 1XJTA 2BQDA 1IP7A 1IIZA 3SBAA 4ARQA 1L61A 1C6GA 228LA 2ZNXY 1B7MA 3HTBA 4N9RA 1OUHA 171LA 1T8AA 2I6ZA 1B7SA 1GWDA 1KS3A 4LT1A 2H9KA 1GB7A 1CX6A 4ZIXA 1HERA 1GXV2 2XQOA 1K28A 4ARQB 4NGZA 4M4OA 4EKQA 3K3TA 1C61A 2QARC 1LJ4A 4PRUA 5M1YA 1WTNA 4NGYA 248LA 4ZEEA 4W52A 4ETAA 1QT7A 149LA 5LVHA 4DQJA 5HMVA 1OQMA 1L64A 2EQLA 1D3FA 3HH5A 2ANVA 2RAZX 5E4PA 3CSRA 2YBJA 1GAZA 5KXLA 4H90A 5LVJA 144LA 5B1GA 4J7VA 4WG1A 1B5YA 4OWBA 4WM5A 1JHLA 1YILA 1L48A 1DYGA 1C6IA 2VB1A 3FA0A 1JUGA 1LMNA 257LA 1LSNA 1LYOA 4N1CC 1LJJA 174LA 4GCDA 1LZCA 4X3BA 5DN4A 168LA 1C10A 2F2NA 1GF6A 1HFXA 4J1BA 1GB6A 1OUBA 1IVMA 3DN3A 3SP3A 3G3XA 2I26L 252LA 227LA 3P64A 5LZMA 5FCPA 2RB2X 2HUMA 4OOOA 1T6VL 1DQJC 3G3BB 2RBPA 3F9LA 4H9BA 3IJUA 2AUBA 1CJ9A 4ZFPA 2DQEY 1L95A 5DM9A 4DJHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HHL A;  1KXX A;  1LZD A;  4GLA A;  1RCM A;  4DWX A;  4XYY A;  2MEA A;  1QIO A;  4FJR A;  4ETD A;  1LSD A;  4GN4 A;  9LYZ A;  3B0K A;  1GFU A;  3W6A A;  1XGT C;  4NFV A;  4PJ2 C;  3WUM A;  2XTH A;  3ZVQ B;  1E8L A;  1AZF A;  1GEZ A;  2CDS A;  4LFP A;  4WLY A;  1CKD A;  5LYM A;  1WQR A;  1XGP C;  3M18 B;  1IP5 A;  4B4I A;  4Z3M A;  2C8P A;  4NWH A;  4ML7 A;  4WL7 A;  1JTO L;  1EQ5 A;  3AYQ A;  3ULR A;  1UAC Y;  1YKX X;  1JWR A;  3HFM Y;  1IP2 A;  1LSM A;  1NBY C;  3CSQ A;  4NGK A;  1LSP A;  194L A;  1EQ4 A;  1JSE A;  2ZWB A;  4HV1 A;  1BGI A;  1ALC A;  3B6L A;  4TSC A;  5LYT A;  2EIZ C;  2BQI A;  3A93 A;  4XJG A;  2DQC Y;  1QDR A;  2DQJ Y;  2Q0M X;  1QDT A;  2HEB A;  3WPJ A;  4ETC A;  2LZT A;  1LJE A;  3TMV A;  1HEW A;  1IX0 A;  1JPO A;  4QY9 A;  1JKC A;  1UIC A;  5F9U A;  1JIS A;  1JSF A;  5F81 A;  4I0C A;  3KAM A;  2BQK A;  4MR1 A;  4XJB A;  5D5C A;  1XEJ A;  5I5Q A;  2BQA A;  5C6J A;  1HSW A;  1LSZ A;  2BQD A;  2W1Y A;  1IP7 A;  1IIZ A;  1GF8 A;  1D9U A;  1IP3 A;  3TMW A;  1BWI A;  4H1P A; 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 1EL1 A;  2EPE A;  2HTX A;  2YVB A;  1D0L A;  1AT5 A;  4N0J A;  3TXK A;  5B59 A;  4HV2 A;  1LSY A;  5I53 A;  3WL2 A;  1GE2 A;  1HML A;  4NSG A;  1GBW A;  3TXJ A;  1DKJ A;  1GEV A;  2BQG A;  3WUA A;  5HQ1 A;  5KJ9 A;  4G4C A;  1UUZ C;  1LJF A;  1RJC B;  1DXJ A;  3E3D A;  2HUB A;  5KXN A;  1IEE A;  2LYZ A;  1IOQ A;  5L3H A;  3A8Z A;  3G3A B;  1NF5 A;  4KXI A;  1LZ9 A;  4QEQ A;  4C3W A;  1CJ6 A;  4HTK A;  4IAT A;  2F30 A;  5KY1 A;  2BAA A;  4CGE A;  132L A;  1LMT A;  2BLY A;  1REM A;  4GN3 A;  4ET8 A;  2DQH Y;  4H8X A;  2C8O A;  1LJH A;  1IWX A;  1F10 A;  1V7S A;  2MEC A;  2ZQ3 A;  1B2K A;  4WLD A;  3A92 A;  4WM1 A;  3A67 Y;  1FLQ A;  1G7M C;  4NSJ A;  4O34 A;  2ZIJ A;  4HTN A;  2CGI A;  3TXH A;  3ZVQ A;  5II3 A;  5ILF A;  2YBN A;  4NGV A;  3OJP A;  1LSC A;  1B9O A;  5KXO A;  4IJ4 A;  4GCF A;  4PHI A;  4LZT A;  1VDP A;  3RT5 X;  4H93 A;  4NHT A;  1GF7 A;  1IC4 Y;  3T36 A;  5LVK A;  2Z37 A;  5LA8 A;  5LAG A;  1GPQ C;  2YDG A;  2BQB A;  1JTT L;  1LPI A;  1NBZ C;  1RI8 B;  4XJH A;  1HMK A;  4AXT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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