4NHIA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme in tris buffer at ph 7.5 with magnesium formate
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Crystal structure of Hen egg-white lysozyme in Tris buffer at pH 7.5 with Magnesium formate
rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nhiA00
1SLYA 5C6LA 1UIEA 2EPEA 4J0LA 5FELA 4UWUA 1LKSA 4HJZA 1DXJA 1QDRA 2F4GA 3LYTA 4N1EI 4WLTA 2EIZC 4Z41A 4EOFA 4GCBA 4HP0A 4CHXA 1YKXX 1GFJA 1G7IC 3F6ZA 2C8PA 1JSFA 1YAPA 1B2KA 1LZSA 9LYZA 1IWVA 4NHSA 3A94A 4UWVA 4WL7A 2Y8PA 2H9JA 4NHPA 1GFHA 2CWIA 2BPUA 1GXV2 1YAQA 1VFBC 3P64A 1B5UA 1GF9A 3WU9A 1VAUA 1XGPC 1IC7Y 1IC5Y 1LSBA 5IHGA 1GFEA 2BQOA 1P2CC 3RW8A 3FI7A 1XEJA 1JJ3A 1ZMYL 3B0IA 1ZVHL 1J1XY 4B49A 4I8SA 4OWBA 1IWYA 1OUAA 3LHMA 1B5ZA 1YROA 4WM4A 3WPLA 2MEEA 1BB6A 1YANA 4IJ4A 4LT0A 3A34A 3AW7A 4TSBA 5IDDA 1G7HC 1YL1X 5D5CA 2G4QA 1GB6A 1REYA 2DQEY 1QSAA 4LT1A 1LSCA 4GN4A 1HEQA 1LAAA 1H6MA 4DD2A 1LZBA 3A6CY 3FE0A 5KY1A 2BQKA 1TDYA 4DD0A 1V7TA 2FBDA 3P65A 1LSGA 1EQ5A 4NWEA 4QGZA 4MR1A 4LYCA 2BQCA 5I54A 2BQLA 5FHWA 1FDLY 4HTKA 5I5QA 1LYYA 2F30A 4GCEA 4O34A 1GDXA 4PGJB 4M4OA 1DI5A 2G4NA 2I25L 4XJIA 5KXRA 1H87A 5DLAA 3IJUA 1HHLA 2Q0MX 4TUNA 1LZ5A 4NGKA 1JTTL 1F0WA 3GXKA 1IR8A 1GFAA 1GAZA 4NGOA 2BLXA 4NHIA 1V7SA 1FLYA 4NGWA 4H1PA 4NHTA 1WQOA 4H91A 3TMWA 4WM3A 1IOQA 3A3RX 1BHZA 5KXPA 1IWWA 4WO9A 4WL6A 1AT6A 5EBHA 2HEBA 3AZ6A 1CJ8A 1JITA 1HERA 2I26L 2Z39A 1CNSA 1LJHA 4RLNA 5KXSA 4BAPA 1W08A 1C7PA 2BQEA 1B7RA 5C6JA 1DPWA 1LJNA 1LZ8A 1REMA 133LA 1NF5A 3W6FA 1LSMA 2X0AA 1KIQC 5DL9A 3WMKA 1CJ9A 3WUAA 2G4PA 4NSJA 4D9ZA 4ET8A 1LYSA 5E4PA 4WM2A 1B0DA 1LSNA 1IX0A 2LYZA 1GBWA 1HMLA 1OUEA 4NG8A 3W6DA 1BB7A 1LZGA 3WW6A 1WQMA 3TXIA 4LYZA 5I4YA 1T6VL 3B0KA 1D6PA 1UIFA 4I0CA 193LA 2MEBA 1WQRA 4HTQA 1FLQA 3K3TA 2H9KA 3QNGA 132LA 2HTXA 1DKKA 1IIZA 1LYZA 3WXUA 2FYDA 1OUCA 1GF0A 1UBZA 1YKZX 2NWDX 1NDMC 4PRUA 1TCYA 4NWHA 5KXZA 1OUDA 4ML7A 5B1FA 1B5YA 1BVXA 1OUHA 1B5WA 4G4BA 4B4JA 4NGIA 1UA6Y 1NBYC 4GCDA 1GEZA 1DQJC 3D3DA 3W6BA 1IVMA 1QUTA 5HNCA 1LSAA 2LZ2A 4BS7A 1IOSA 1GFVA 1GHLA 3HBEX 4IATA 5LVGA 4WG1A 1LHKA 1LTMA 3WUMA 4FJRA 1IP3A 3G3BB 2MEHA 3WPJA 1UC0A 2YVBA 135LA 4KT3A 5KXWA 1GEVA 1GBSA 1PS5A 2YBJA 4FDYA 4ZIXA 1FKQA 3N9CA 4DDBA 3WXTA 3AZ7A 2HU1A 4XADA 3TXDA 5LXWA 4N5RA 2Z2EA 1GE1A 4H8XA 1RCMA 1GFUA 1LJFA 1LSPA 1GB0A 1DKJA 1UIGA 3WUNA 5KKIA 2BQGA 2PC2A 5F9XA 3TXKA 2HU3A 3E3DA 5C6IA 1FKVA 208LA 3W6EA 3A91A 3TXBA 4CFPA 1OUJA 1LMPA 2DBTA 4KL7A 4LFPA 4HJYA 2Z37A 4DYGA 1QQYA 2ZQ3A 3A96A 1CKGA 1QSWA 5APEA 1IR9A 4DT3A 4HPIA 1LMNA 4WM6A 2MEGA 3RZ4A 1BGIA 1XGQC 4PHIA 1IO5A 1GE0A 2W1XA 3EO5A 5IELA 1YAOA 4IASA 4W96A 1BB4A 5APCA 1BWHA 4QDNA 1HMKA 4RW2A 1UIAA 3N9AA 4H8YA 2D4KA 3OK0A 4OW1A 1CKCA 1GB7A 1JJ0A 5LVHA 1LMQA 4DD3A 3B72A 1N4FA 4GN5C 4XN6A 1AKIA 1DPXA 1GPQC 1UIBA 3CT1A 3LZ2A 1C08C 4RLMA 2ZYCA 5F81A 4PPOA 5DN4A 3WW5A 4B1AA 1LHHA 2HUBA 194LA 1GB2A 3CT0A 3A93A 3EMSA 4WLXA 4NEBA 3LYZA 1JPOA 1WQQA 2ZNXY 3LYMA 1EL1A 4HV2A 5II3A 1JTOL 3N9EA 3LN2A 2YBIA 4HTNA 1WVUA 5DN5A 3IJVA 4C5FA 3QE8A 1G7JC 3CSQA 5KXYA 5J7CA 3VWOA 5HQ1A 1C43A 1NDGC 1LMCA 1GBOA 1D0LA 3ZEKA 5A3ZA 2F4AA 1LZNA 1TAYA 3AGGG 5B05A 5LAFA 1B7QA 2EKSC 5L3HA 3J4GA 1LHJA 4WO6A 5LYZA 4LYTA 207LA 4NGYA 3LZTA 4H92A 2A7DA 5FDJA 3TXJA 4NSGA 1VDPA 4OOTA 5LA5A 3TMXA 5HMJA 2MEDA 2ZWBA 4R0FA 1LPIA 4UWNA 1RFPA 1HELA 1WTMA 2ZQ4A 4LFXA 4XENA 4HV1A 5L3IA 3W6CA 3CB7A 1JHLA 1I1ZA 3HBDA 1OP9B 1C45A 1VATA 4W94A 3TXHA 1JKAA 1GB9A 2Z38A 1IWUA 3ZVQA 2HEEA 1FLUA 1LSYA 1W6ZA 4YENA 5LAGA 5JENB 3QY4A 1OUBA 4YEMA 5HMVA 4X3BA 1XGRC 1YIKA 3ULRA 1Z55A 3W3EA 3ATOA 1GF5A 2HEFA 5KXTA 1GF7A 1RJCB 5F9UA 4M6DA 5I4XA 1JUGA 2ZILA 1CKFA 3A67Y 1YAMA 3CSRA 5A3EA 3CSZA 5ILCA 1WTNA 3MGWA 2DQHY 2CGIA 4WG7A 1IP5A 4YM8A 4CGEA 4NGLA 1NBZC 2WARA 1DI4A 2BQBA 3T6UA 2Z18A 5T3FA 1OUFA 1CKDA 2XBSA 1GDWA 2BQNA 5KXKA 3AZ5A 1JKCA 5F16A 4CFOA 5D5FA 5DM9A 5I4WA 1I20A 1LJEA 1LJKA 4HJVA 4LYOA 4N0JA 4NGVA 4Z98A 4ANRA 4DD9A 3WU7A 4TX7A 1LHLA 2ZIJA 2HECA 5LVIA 5HLLA 1GF3A 4NSIA 3W6AA 1LJ4A 4TWSA 4ETDA 4C3WA 1D9UA 1VEDA 2F2NA 4GLVA 4WOAA 4CJ2A 1GFGA 1JSEA 1IR7A 3CQLA 3TMVA 2LYOA 2GV0A 3M18B 4WM1A 1IY3A 4H93A 1GB8A 1NKHA 4NGJA 5FEKA 5I53A 1OUIA 4WMGA 2MECA 1HSXA 1LHMA 3HFMY 1G7MC 1LZ9A 2EQLA 1GFKA 7LYZA 1GF8A 1MLCE 1KXWA 3AYQA 2BQAA 4G49A 1IP4A 4GCCA 1F6RA 4YF2A 2D4IA 1QIOA 1IOCA 1ZVYB 4H94A 1JJ1A 2D6BA 2I6ZA 4H8ZA 2XTHA 4NIJA 4XJGA 5FSTA 2BAAA 4PRQA 4AGAA 1O23A 1GBYA 3WU8A 6LYTA 4PJ2C 5KJ9A 1A2YC 1HFYA 4OWAA 3AGIA 5K7OA 1XGUC 1HSWA 1CKHA 1D6QA 2ZIKA 1J1OY 1LZAA 4H9EA 4NGZA 1LZDA 4ET9A 5B59A 5L9JA 2LZTA 1LSDA 2IFFY 4H9BA 1HF4A 1HFZA 1IORA 4WLYA 1KXYA 1GFRA 1JKDA 1UCOA 4YEOA 2C8OA 1LMOA 1QDTA 1HC0A 1EQEA 2YBNA 4B0DA 2YBMA 4N8ZA 3A95A 3B0OA 4TTDA 1MELL 1NHEA 2N5ZA 2FBBA 1GAYA 4LYBA 4H90A 1YQVY 1AM7A 4R6CA 4N1CC 1LYOA 4WM5A 4RDSA 3CT5A 4N9RA 1IWTA 2YBHA 1GBZA 1G7LC 1YILA 1C10A 1B7OA 1HFXA 4NY5A 1GF4A 2BLYA 5LINA 1HENA 5LYMA 1LZ6A 1REZA 1B7MA 1XFPL 1XEKA 3LYOA 5KXNA 3HBHA 1BWJA 2BQDA 8LYZA 1UACY 4Z46A 1IWZA 4DDAA 5HNLA 1LSFA 1ZV5L 4LT2A 2YBLA 4ETEA 1B5XA 4U3XB 1KXXA 4H9FA 1LZ4A 1LOZA 3AW6A 3G3AB 3T36A 5KXOA 1WVVA 1JIYA 2DQIY 3TMUA 1LZCA 1VDSA 4Z3MA 3B6LA 4DC4A 1HEMA 1SQ2L 1EQ4A 1VDQA 3AJNA 1TEWA 1XEIA 4HPEA 4OWEA 1B7PA 1LZEA 1OQMA 4J7VA 1LJ3A 4NSHA 1LMTA 3AZ4A 3TXGA 1KIRC 2DQGY 1VDTA 3WYHA 4LT3A 2LHMA 4TSCA 2RSCA 3GXRA 3M3UA 1GFTA 5B1GA 5M1YA 1AT5A 2Z2FA 1BB3A 1GE2A 1KIPC 3WH1A 2CJLA 4B4IA 1GF6A 4MSTA 153LA 1LJJA 4XYYA 1B5VA 1IP6A 1GBXA 1GE4A 4BAFA 1B7NA 1GXXA 3ZVQB 2AUBA 2YSSC 1JISA 1F6SA 4A7DA 1IC4Y 2BQMA 3ATNA 4XJBA 1HEWA 1LHIA 3TXFA 4ZEEA 1JWRA 1JTPL 3A92A 1BB5A 1FN5A 1GB3A 3P68A 5B06A 3A3QA 1WQNA 3BKVA 4DWXA 4E3UA 1BQLY 1D0MA 1DZBX 5KKJA 1QTEA 4G4CA 1IEEA 4DDCA 1UUZC 4II8A 2BQJA 1UIHA 1UIDA 4AXTA 1LMAA 2DKVA 4NFVA 3A6BY 4H9HA 1C46A 2DQFC 5B07A 5ILFA 4LZTA 4ETAA 2BQHA 4OWCA 4J1AA 4LGKA 3EXDA 5LYTA 1BVKC 1HNLA 1LZ1A 5APDA 1LJIA 4GN3A 1RE2A 1XGTC 2B5ZA 3J6KA 1UICA 3EBAB 1OUGA 4P2EA 5KXLA 1LZRA 1NMMA 4ETCA 2DQAA 5APFA 1LZTA 1LKRA 4DD1A 1REXA 2H5ZA 1IOTA 4XJDA 3WL2A 5LVJA 1I56A 1DI3A 2W1MA 4OOOA 5KXXA 2XBRA 1D0KA 1QUSA 4H9CA 1IP7A 1IP2A 1HEPA 3D9AC 4H9AA 1PZYA 5FCPA 1F10A 1NQIA 2BQFA 3AGHA 3SP3A 1IP1A 1HEOA 1JEFA 1GWDA 1NWGA 2MEFA 2FYCA 134LA 4KXIA 4XJHA 5KXMA 1ALCA 5LVKA 3RT5X 4YOPA 4ETBA 1T3PA 1INUA 4G4HA 4EMNA 3IWRA 4OWHA 3WPKA 4QEQA 4GLAA 4NG1A 4L41A 4LYMA 2A7FA 1YL0X 3WULA 5LIOA 1JKBA 1FLWA 5E9RA 1B9OA 3RNXA 1GB5A 3RU5A 1BWIA 2BQIA 5LA8A 4GCFA 1LSZA 4ZFPA 3TXEA 4QY9A 1E8LA 1LZYA 2ZYPA 4WLDA 4G9SA 1A4VA 1FBIX 1LJGA 1B7LA 3P66A 4XJFA 4HSFA 1CJ6A 4KPMA 2D4JA 4BADA 154LA 3WVXA 1LCNA 3A8ZA 5F14A 1GE3A 4MCKA 1CJ7A 2CDSA 2DQCY 2HEAA 3AB6A 2W1YA 1IY4A 2DQDY 6LYZA 1GD6A 1XSFA 2MEIA 3A90A 2Z12A 3BKHA 1TBYA 4H9IA 2IHLA 1WQPA 2ZNWY 4RW1A 5AMYA 1B7SA 4B4EA 2D91A 2DQJY 2Z19A 3KAMA 4J1BA 2XJWA 1IWXA 2MEAA 1RI8B 4DD7A 2YDGA 1J1PY 1QTKA 1YKYX 2LYMA 2W1LA 2VB1A 3OJPA 3P4ZA 4NHQA 3WVYA 2HEDA 1LSEA 1AZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SLYA 145LA 5FELA 3GUMA 3LYTA 4GCBA 4CHXA 1G7IC 2C8PA 1G07A 1YAPA 171LA 1IWVA 1L26A 4UWVA 109LA 1L13A 1VFBC 3P64A 1B5UA 1GF9A 4I7RA 3WU9A 1VAUA 1QT5A 3RW8A 4YXAC 2OTYX 1ZMYL 1ZVHL 1OUAA 3LHMA 4WM4A 1L75A 152LA 1BB6A 1P6YA 4IJ4A 4W59A 5D5CA 1QSAA 1LAAA 3FE0A 2BQKA 4DD0A 2FBDA 1LYDA 3P65A 159LA 4LYCA 2BQCA 2BQLA 180LA 186LA 2G4NA 2I25L 5KXRA 3IJUA 1HHLA 4TUNA 1F0WA 1L50A 183LA 1WQOA 1L00A 3TMWA 4WM3A 1IOQA 176LA 1P37A 4WO9A 2I26L 2Z39A 188LA 3HTFA 1REMA 133LA 3W6FA 1LSMA 1KIQC 1L39A 1CJ9A 4NSJA 114LA 2O4WA 1OUEA 193LA 1WQRA 2B75A 3K3TA 1C68A 2LZMA 1DKKA 1KW5A 1L01A 1NDMC 3DN4A 2Z6BA 4EXMA 3C82A 3C80A 3GUOA 1B5YA 4EJ4A 1B5WA 4B4JA 5I14A 1GEZA 1L20A 4I7OA 2LZ2A 1IOSA 1GFVA 1GHLA 1LHKA 2O7AA 2B74A 1UC0A 135LA 1L23A 1GBSA 1LI6A 1FKQA 3DN3A 1GB0A 5F9XA 3TXKA 138LA 4HJYA 4DYGA 3A96A 4HPIA 151LA 3CDTA 3C8RA 2W1XA 4W96A 1BB4A 1LGUA 4RW2A 216LA 3N9AA 1L84A 1CKCA 1GB7A 1C6AA 5LVHA 2QARC 3DN6A 4DQ5A 111LA 2HUBA 3CT0A 4WLXA 2ZNXY 1EL1A 1JTOL 4HTNA 5DN5A 150LA 5J7CA 5KXYA 1EPYA 4DQJA 1D0LA 5A3ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SLY A;  5C6L A;  1UIE A;  2EPE A;  4J0L A;  5FEL A;  4UWU A;  1LKS A;  4HJZ A;  1DXJ A;  1QDR A;  2F4G A;  3LYT A;  4N1E I;  4WLT A;  2EIZ C;  4Z41 A;  4EOF A;  4GCB A;  4HP0 A;  4CHX A;  1YKX X;  1GFJ A;  1G7I C;  3F6Z A;  2C8P A;  1JSF A;  1YAP A;  1B2K A;  1LZS A;  9LYZ A;  1IWV A;  4NHS A;  3A94 A;  4UWV A;  4WL7 A;  2Y8P A;  2H9J A;  4NHP A;  1GFH A;  2CWI A;  2BPU A;  1GXV 2;  1YAQ A;  1VFB C;  3P64 A;  1B5U A;  1GF9 A;  3WU9 A;  1VAU A;  1XGP C;  1IC7 Y;  1IC5 Y;  1LSB A;  5IHG A;  1GFE A;  2BQO A;  1P2C C;  3RW8 A;  3FI7 A;  1XEJ A;  1JJ3 A;  1ZMY L;  3B0I A;  1ZVH L;  1J1X Y;  4B49 A;  4I8S A;  4OWB A;  1IWY A;  1OUA A;  3LHM A;  1B5Z A;  1YRO A;  4WM4 A;  3WPL A;  2MEE A;  1BB6 A;  1YAN A;  4IJ4 A;  4LT0 A;  3A34 A;  3AW7 A;  4TSB A;  5IDD A;  1G7H C;  1YL1 X;  5D5C A;  2G4Q A;  1GB6 A;  1REY A;  2DQE Y;  1QSA A;  4LT1 A;  1LSC A;  4GN4 A;  1HEQ A;  1LAA A;  1H6M A;  4DD2 A;  1LZB A;  3A6C Y;  3FE0 A;  5KY1 A;  2BQK A;  1TDY A;  4DD0 A;  1V7T A;  2FBD A;  3P65 A;  1LSG A;  1EQ5 A; 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 1LZT A;  1LKR A;  4DD1 A;  1REX A;  2H5Z A;  1IOT A;  4XJD A;  3WL2 A;  5LVJ A;  1I56 A;  1DI3 A;  2W1M A;  4OOO A;  5KXX A;  2XBR A;  1D0K A;  1QUS A;  4H9C A;  1IP7 A;  1IP2 A;  1HEP A;  3D9A C;  4H9A A;  1PZY A;  5FCP A;  1F10 A;  1NQI A;  2BQF A;  3AGH A;  3SP3 A;  1IP1 A;  1HEO A;  1JEF A;  1GWD A;  1NWG A;  2MEF A;  2FYC A;  134L A;  4KXI A;  4XJH A;  5KXM A;  1ALC A;  5LVK A;  3RT5 X;  4YOP A;  4ETB A;  1T3P A;  1INU A;  4G4H A;  4EMN A;  3IWR A;  4OWH A;  3WPK A;  4QEQ A;  4GLA A;  4NG1 A;  4L41 A;  4LYM A;  2A7F A;  1YL0 X;  3WUL A;  5LIO A;  1JKB A;  1FLW A;  5E9R A;  1B9O A;  3RNX A;  1GB5 A;  3RU5 A;  1BWI A;  2BQI A;  5LA8 A;  4GCF A;  1LSZ A;  4ZFP A;  3TXE A;  4QY9 A;  1E8L A;  1LZY A;  2ZYP A;  4WLD A;  4G9S A;  1A4V A;  1FBI X;  1LJG A;  1B7L A;  3P66 A;  4XJF A;  4HSF A;  1CJ6 A;  4KPM A;  2D4J A;  4BAD A;  154L A;  3WVX A;  1LCN A;  3A8Z A;  5F14 A;  1GE3 A;  4MCK A;  1CJ7 A;  2CDS A;  2DQC Y;  2HEA A;  3AB6 A;  2W1Y A;  1IY4 A;  2DQD Y;  6LYZ A;  1GD6 A;  1XSF A;  2MEI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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