4NIJA

X-ray structure of the complex between hen egg white lysozyme and pentachlorocarbonyliridate(iii) (30 days)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Interaction between proteins and Ir based CO releasing molecules: mechanism of adduct formation and CO release.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nijA00
1C43A 1VATA 4R0FA 4H94A 5HMVA 2G4QA 193LA 3CSZA 4GCFA 4OWBA 5KY1A 1F0WA 1J1PY 1KXYA 1LJGA 1G7MC 1FN5A 1RJCB 3A34A 1IP3A 2CDSA 1YAQA 1WQOA 5KJ9A 4NHQA 5KXOA 5DLAA 5LVHA 3BKVA 1IP6A 4QY9A 1YKXX 2Q0MX 135LA 1EQEA 4WM4A 4NGWA 4NHSA 4HP0A 5JENB 4NGOA 1D9UA 1GBZA 1TCYA 5APEA 3WPKA 4RLMA 1MLCE 1OUDA 2ZQ3A 3WUAA 1GB0A 2MEDA 1LZNA 4C5FA 4GCEA 1LSCA 3A93A 4G4BA 3WULA 2ZILA 1LHHA 3TXKA 3SP3A 3T6UA 1OUJA 1I20A 4NY5A 1YKYX 1RI8B 3AYQA 3QE8A 4YM8A 1HFXA 4LGKA 3EXDA 4ZIXA 1LHKA 4LYMA 1J1XY 2B5ZA 2XBSA 3B0KA 4RDSA 1IC5Y 1DPWA 1LZ6A 1C46A 2GV0A 4XJFA 1QUSA 1PS5A 1LMCA 4N1CC 1LJ3A 3LYTA 4DDCA 4UWNA 3WUNA 1HSWA 4XJDA 5KXRA 4G49A 2MEAA 2W1MA 2MEFA 1IEEA 4Z3MA 1LZSA 3OJPA 1BWJA 2ZIJA 1IOSA 1TEWA 1LOZA 4BS7A 1QIOA 4TWSA 4DDAA 1IWZA 1CJ8A 208LA 4II8A 4DD0A 2Z39A 1YANA 4GLVA 1CKCA 2YBIA 3G3BB 1BB4A 2BQHA 4WM1A 1I56A 3W6EA 4H90A 5C6JA 5DL9A 3F6ZA 4ETDA 3TMWA 1JUGA 1AT5A 1JKCA 2IHLA 4B1AA 2F4GA 1NDGC 4W94A 5KXNA 3TXJA 4Z41A 1XGTC 5LVGA 1XGRC 1XEJA 3CQLA 1F6RA 1LSDA 2ZQ4A 1LZEA 1HFZA 1UA6Y 4NSJA 5F14A 5L3IA 1CKFA 4YENA 3OK0A 1WQQA 1LMOA 1QDRA 3J4GA 1RFPA 1IX0A 4GLAA 1QDTA 133LA 1B7RA 1ZMYL 4NHTA 1GFTA 1OP9B 1G7LC 2F4AA 3BKHA 4N0JA 4DWXA 5KKIA 5HNCA 5A3EA 2VB1A 1GFRA 4OOOA 2DBTA 1GXXA 2BQDA 4ML7A 5KXZA 1SQ2L 1BGIA 5K7OA 1RCMA 4NGVA 5KXWA 2RSCA 1B5XA 4CFOA 1IP5A 2G4PA 4OW1A 1P2CC 1JJ0A 1JKAA 2EIZC 5I53A 1UIEA 1HELA 4FDYA 1LCNA 4CHXA 1LZ9A 4HTNA 5F81A 1WQNA 4LT1A 4BADA 1LZ4A 1NQIA 2D4KA 4YF2A 2LYOA 2DQDY 4LT3A 3A6CY 4QDNA 1JIYA 2MEIA 4YEOA 1AZFA 1NWGA 4KL7A 1DI3A 1LSNA 4P2EA 3TXFA 1YAOA 1DI4A 2BQOA 2DQCY 4GCDA 4J0LA 1REXA 3AGGG 4LYBA 5F9UA 1GB8A 5E4PA 1LSYA 5D5FA 1LYSA 1LMQA 4KT3A 4QGZA 1GFJA 3TXHA 1NBZC 2FYDA 1LZDA 3N9AA 1IOQA 1WQMA 5HQ1A 1VDPA 4GN5C 4HPEA 2FYCA 2ZYPA 4XJBA 4NHPA 2EPEA 4LFXA 3HBDA 3WUMA 1SLYA 4CJ2A 3P66A 4ETBA 4WMGA 1OUFA 4NSIA 1IR9A 1W08A 4GCCA 1B5WA 4ZEEA 5C6LA 4NG8A 1BB5A 1LJJA 5IDDA 2BQKA 1IY4A 3HFMY 3WL2A 1RE2A 4B49A 5B05A 1IP4A 4W96A 1UBZA 5APCA 3TXDA 2YBNA 3CT0A 5FDJA 2HU3A 1AT6A 3AZ6A 1LJIA 1NBYC 4H9HA 5I4WA 1JTTL 1LZCA 2Z38A 1D0MA 3WH1A 4MR1A 1IO5A 1GF4A 2W1YA 3RNXA 4I8SA 1LZAA 3A8ZA 4DD2A 3KAMA 4NGJA 1HEQA 3A96A 1GF6A 1GE1A 1LMAA 1JKBA 1GEZA 4H8XA 4PPOA 4WLDA 2ZIKA 3AB6A 1EQ4A 3GXKA 1C7PA 1LJ4A 1VDSA 1MELL 5HMJA 3W6CA 1UIHA 4MSTA 2BQFA 2HTXA 3LN2A 3TMXA 1B5ZA 1UIDA 4YEMA 1IR7A 4M4OA 4TSCA 4OWHA 5LYZA 4NEBA 5IHGA 4IJ4A 2ZNXY 4RW2A 3TXBA 1LJFA 4XENA 2YBLA 5B1FA 1HNLA 4NG1A 1LHJA 5FSTA 2ZYCA 1LMTA 2DQGY 1GBOA 4NSGA 1DI5A 1B7MA 5KXTA 4EOFA 2HEBA 3MGWA 2MEGA 2F30A 2BQBA 1IWXA 2DQFC 1HEWA 1F6SA 1VDQA 4N8ZA 1HF4A 3WYHA 4HPIA 1D0LA 2Z12A 4DYGA 3IJVA 1UC0A 4PJ2C 1HC0A 3CSRA 4HV2A 2BPUA 1LTMA 5KKJA 1YAMA 3LYZA 1HENA 1GE0A 1JEFA 4WL6A 1OUHA 1TBYA 1UIFA 5E9RA 3P68A 1LSZA 4L41A 4M6DA 1H6MA 1N4FA 4DD1A 2Z2EA 5DN4A 4DD3A 2BLYA 3GXRA 1GFKA 3P65A 1LHMA 1GFHA 4NHIA 3TMUA 3A95A 4B4JA 6LYTA 4H91A 3TXIA 2YBJA 1LJKA 1GHLA 2X0AA 5LAFA 1QUTA 3M18B 3D3DA 1B0DA 1LZTA 4DDBA 4N9RA 4XJGA 4WL7A 3WVYA 4TSBA 1GF7A 3RU5A 1JISA 1BB3A 2LZ2A 2XBRA 4HJYA 3LHMA 3RW8A 1F10A 2CGIA 1HEPA 2I6ZA 1A4VA 1JITA 3AW7A 4OWAA 1OUBA 3WVXA 1GB9A 1NF5A 4HJVA 4I0CA 1DKJA 2W1XA 4LZTA 2HEAA 4PRQA 1KXWA 2BQGA 4HJZA 4MCKA 3N9EA 4BAFA 1LYYA 4J1BA 3WU8A 1LSPA 1DXJA 2DQIY 4H8ZA 4CGEA 1OUIA 1LSMA 3EMSA 3WPLA 4A7DA 4LT2A 4OOTA 5APFA 1IC7Y 1UICA 1XFPL 3J6KA 3QNGA 2HUBA 1NHEA 4PGJB 1AKIA 5B07A 3LYOA 2A7FA 6LYZA 3AZ5A 134LA 1GFEA 1T3PA 2EKSC 2H9JA 3AJNA 3B0OA 3M3UA 1ZV5L 4HTKA 4LT0A 1CJ7A 5APDA 1GXV2 5IELA 132LA 3E3DA 4GN4A 1VFBC 1IC4Y 5II3A 3IWRA 1LYOA 1B5VA 2EQLA 5DN5A 1LJHA 1YQVY 1C45A 1Z55A 1HMKA 4XYYA 2G4NA 3A91A 5J7CA 4WLTA 2LZTA 4WM3A 4PHIA 1GDXA 1JPOA 4WM6A 4NGKA 2YSSC 4H8YA 5F16A 1TDYA 5L9JA 1LSFA 4ZFPA 4FJRA 4ETCA 4ET8A 1GB2A 3QY4A 4ANRA 1GWDA 3G3AB 1E8LA 3ZEKA 1LZ1A 2MECA 1GF8A 2DKVA 3ULRA 1GDWA 4LYTA 2DQJY 4TTDA 5HNLA 1B7OA 1CJ6A 2I26L 1OUEA 1LHLA 4ETEA 1HSXA 2CWIA 2D4IA 3AGIA 3HBEX 1XSFA 4RW1A 5D5CA 1XGPC 2HU1A 4AGAA 3EBAB 1QTEA 1PZYA 1GF5A 5AMYA 4DD7A 1V7TA 5I4YA 1VDTA 2FBDA 4WOAA 1B2KA 5LA8A 1LSBA 4D9ZA 1QSAA 3T36A 1GE2A 1BWHA 1GF3A 2BQAA 1HMLA 1JWRA 1LZBA 2LYZA 2BQEA 3RZ4A 3ATNA 5KXYA 1JTOL 1LJEA 1DKKA 3AZ7A 1JKDA 4XJHA 3WU9A 1GEVA 2BQNA 3WW6A 1GB3A 4XN6A 1H87A 1NKHA 1YIKA 3TMVA 5L3HA 1IIZA 3IJUA 1FBIX 2MEHA 2HECA 4HSFA 1INUA 1LJNA 1B7PA 1HFYA 2A7DA 3A3QA 5ILCA 1JTPL 1DPXA 1FLUA 1T6VL 2BLXA 1EL1A 4BAPA 3TXGA 1G7IC 4J7VA 1A2YC 1B7LA 1XGQC 4XADA 2YVBA 2MEEA 1GPQC 4H93A 1QQYA 3RT5X 1IP1A 1FLQA 1D0KA 1GAYA 4NIJA 5LXWA 9LYZA 5A3ZA 1LZRA 4H9FA 1HHLA 5B1GA 5LIOA 3W6DA 1C10A 5KXPA 1UACY 2H9KA 4Z46A 2YBMA 5LVJA 4U3XB 3B72A 3LZTA 1B7QA 2YBHA 5LVIA 4QEQA 1FDLY 1YAPA 1UIGA 2BQLA 1UIBA 1BB7A 1B7SA 4RLNA 1IP7A 4CFPA 4H1PA 4ETAA 3LZ2A 5B06A 1BHZA 1KIQC 1HERA 5HLLA 1GBYA 3CSQA 1B5UA 1YKZX 8LYZA 4WM5A 1C08C 1REYA 2XTHA 1GB6A 1IOCA 3D9AC 5F9XA 5KXMA 1LZGA 1WTNA 2C8PA 1CKGA 4TX7A 4XJIA 1IOTA 3P64A 5LYTA 4H9AA 4B0DA 1OUGA 4DC4A 4DD9A 2DQEY 2MEBA 3A90A 4WO9A 5LYMA 1WQPA 4OWEA 4UWVA 1BWIA 4LFPA 2BQCA 2HEEA 194LA 3W6FA 1IVMA 2BQIA 1LKRA 4G4CA 1JSEA 5I5QA 4LYOA 5C6IA 1JJ1A 1ALCA 1HEMA 4C3WA 1W6ZA 2IFFY 3A3RX 1LZ5A 4J1AA 4Z98A 4NSHA 1GE3A 1IY3A 1WTMA 1DQJC 2DQAA 2H5ZA 3A92A 3N9CA 4DT3A 4OWCA 5FHWA 4PRUA 4AXTA 1NDMC 3WPJA 1IR8A 1AM7A 1NMMA 1ZVHL 2D6BA 1IWWA 5EBHA 2I25L 1CJ9A 2WARA 3AW6A 4NGYA 4B4IA 2CJLA 1IWUA 1CKHA 1FLYA 4N1EI 1GB5A 1LMPA 3TXEA 1IORA 4ET9A 2Z2FA 5LVKA 1DZBX 4NGIA 5B59A 3ATOA 1REZA 4O34A 154LA 1IWYA 1G7JC 1XEIA 2BQMA 1XGUC 4H9EA 4EMNA 3ZVQA 3CT5A 5KXXA 4G4HA 4WM2A 1IWTA 1YILA 1B9OA 1GBSA 4WLYA 3WXUA 1QTKA 1JHLA 5DM9A 3CB7A 1GF9A 4GCBA 3WXTA 4KXIA 1IP2A 1LKSA 1GD6A 1LYZA 2YDGA 4UWUA 1VAUA 2BQJA 1GB7A 1HEOA 1B5YA 3AZ4A 5LAGA 4B4EA 1LPIA 1LSGA 1YL0X 4H9CA 1LSAA 4HV1A 1WVUA 3WMKA 1GBWA 1G7HC 1ZVYB 2DQHY 1TAYA 1UIAA 1J1OY 5FELA 1LMNA 4LYCA 4TUNA 1CNSA 3B0IA 4WG1A 5KXSA 5FEKA 2PC2A 2W1LA 1GF0A 1OUCA 1LSEA 3P4ZA 2C8OA 2D4JA 2Z18A 1GE4A 2ZNWY 3WW5A 4N5RA 5KXLA 5LINA 1JSFA 3FI7A 1REMA 5T3FA 1D6PA 1QSWA 1JJ3A 1KIRC 2XJWA 1FKVA 2AUBA 3FE0A 2Z19A 1VEDA 4IATA 5ILFA 3W3EA 1KXXA 4HTQA 1YL1X 1B7NA 1BQLY 4E3UA 1UUZC 3VWOA 1GFVA 1XEKA 1OQMA 5I4XA 3WU7A 2FBBA 4H92A 1LZYA 3K3TA 1GFAA 3W6BA 1IWVA 5M1YA 1BVKC 207LA 4KPMA 5LA5A 4NWEA 153LA 1GBXA 5KXKA 2HEFA 1WVVA 2LYMA 3A67Y 3CT1A 4X3BA 2LHMA 1CKDA 1O23A 4H9IA 5FCPA 4G9SA 1YROA 1GFUA 1GFGA 1V7SA 2HEDA 1FKQA 4R6CA 3B6LA 4WLXA 7LYZA 1BVXA 2Y8PA 3A6BY 3W6AA 1EQ5A 4H9BA 1LZ8A 4WG7A 4WO6A 1WQRA 2BAAA 3HBHA 4GN3A 4NGZA 1LAAA 1OUAA 1BB6A 2F2NA 2ZWBA 3A94A 4NFVA 1FLWA 3EO5A 4IASA 4YOPA 3ZVQB 1GAZA 1LHIA 1KIPC 2N5ZA 2NWDX 4NWHA 5I54A 1D6QA 1UCOA 4LYZA 4NGLA 3AGHA 3LYMA 2Z37A 2D91A 1I1ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LCBA 2G4QA 193LA 4GCFA 1IP3A 1IP6A 135LA 1EQEA 4NGWA 4NHSA 1C6QA 131LA 1SSYA 1T8AA 5JENB 2F47A 1QT5A 1LZNA 186LA 1LSCA 1PQDA 230LA 3WULA 2LZMA 3SP3A 3T6UA 3HTGA 3AYQA 1HFXA 1LHKA 1J1XY 1C46A 1LPYA 1LJ3A 4DDCA 3WUNA 1P3NA 4Z3MA 1LZSA 3OJPA 4TWSA 2Z39A 2YBIA 1CX6A 1I56A 2ANVA 1JUGA 1JKCA 4B1AA 1G0MA 129LA 1L11A 238LA 3J4GA 2RBPA 1OWZA 1QDTA 1OP9B 253LA 3BKHA 4N0JA 2B6ZA 5KXZA 2DBTA 2BQDA 1L56A 1RCMA 2RSCA 4CFOA 1IP5A 2G4PA 2OU9A 1JKAA 5I53A 1UIEA 4FDYA 1LCNA 1T8FA 4CHXA 1LZ9A 4HTNA 5LZMA 4LT3A 1AZFA 1NWGA 1LSNA 4J0LA 3HU9A 4DKLA 4QGZA 2FYDA 1L28A 5HQ1A 1VDPA 2FYCA 4XJBA 192LA 1EPYA 3WUMA 1L91A 4ETBA 1B5WA 5C6LA 4NG8A 1LJJA 5IDDA 2BQKA 3DN0A 1C6FA 1L21A 4YXAC 4OO9A 3NYAA 3WH1A 4ARQB 108LA 3KAMA 4NGJA 1HEQA 3A96A 1JKBA 1GEZA 4I7TA 4PPOA 3AB6A 2B6WA 3W6CA 3LN2A 3TMXA 4M4OA 1IR7A 256LA 261LA 181LA 1HNLA 5FSTA 1LMTA 1L37A 1DI5A 1B7MA 1LLHA 196LA 4YX7C 2MEGA 2BQBA 1IWXA 2DQFC 1F6SA 1D0LA 4DYGA 1UC0A 4PJ2C 4HV2A 1LI3A 1HENA 1GE0A 170LA 1H6MA 2Z2EA 1LWGA 2BLYA 1LHMA 3A95A 4H91A 3D3DA 1QS5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C43 A;  1VAT A;  4R0F A;  4H94 A;  5HMV A;  2G4Q A;  193L A;  3CSZ A;  4GCF A;  4OWB A;  5KY1 A;  1F0W A;  1J1P Y;  1KXY A;  1LJG A;  1G7M C;  1FN5 A;  1RJC B;  3A34 A;  1IP3 A;  2CDS A;  1YAQ A;  1WQO A;  5KJ9 A;  4NHQ A;  5KXO A;  5DLA A;  5LVH A;  3BKV A;  1IP6 A;  4QY9 A;  1YKX X;  2Q0M X;  135L A;  1EQE A;  4WM4 A;  4NGW A;  4NHS A;  4HP0 A;  5JEN B;  4NGO A;  1D9U A;  1GBZ A;  1TCY A;  5APE A;  3WPK A;  4RLM A;  1MLC E;  1OUD A;  2ZQ3 A;  3WUA A;  1GB0 A;  2MED A;  1LZN A;  4C5F A;  4GCE A;  1LSC A;  3A93 A;  4G4B A;  3WUL A;  2ZIL A;  1LHH A;  3TXK A;  3SP3 A;  3T6U A;  1OUJ A;  1I20 A;  4NY5 A;  1YKY X;  1RI8 B;  3AYQ A;  3QE8 A;  4YM8 A;  1HFX A;  4LGK A;  3EXD A;  4ZIX A;  1LHK A;  4LYM A;  1J1X Y;  2B5Z A;  2XBS A;  3B0K A;  4RDS A;  1IC5 Y;  1DPW A;  1LZ6 A;  1C46 A;  2GV0 A;  4XJF A;  1QUS A;  1PS5 A;  1LMC A;  4N1C C;  1LJ3 A;  3LYT A;  4DDC A;  4UWN A;  3WUN A;  1HSW A;  4XJD A;  5KXR A;  4G49 A;  2MEA A;  2W1M A;  2MEF A;  1IEE A;  4Z3M A;  1LZS A;  3OJP A;  1BWJ A;  2ZIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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