4NPBA

The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein dsbc from yersinia pestis co92
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
ADDSAIQQTLKKLDIQQADIQPSPIPGISTVMTESGVLYISADGKHLLQGPLYDVSGDQPINVTNQALLKKLEALSSEMIVYKAPEEKHVITVFTDITCGYCRKLHEQMKDYNALGITVRYLAFPRQGLSSQAEKDMRSIWCMADRNKAFDDAMKNNDISPATCKTDISKHYQLGVQFGIQGTPAIVLQNGTIVPGYQGPKEMLQMLNAHQASLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
rcsb
molecule keywords Protein disulfide isomerase II
source organism Yersinia pestis
molecule tags Isomerase
total genus 59
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10411 DsbC_N Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.450.70 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal 4npbA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4npbA02
3DD3A 3L4NA 5CYYA 3ZZXA 3NOFA 2E2GA 5J5NA 5HR2A 1AQWA 4IS0A 3VWUA 3C71A 2GT6A 4WXTA 5IMDA 5HR3A 5GSTA 2G0FA 4QL7A 1GNEA 3J7Yb 4WR5A 1HYUA 1WP0A 2EC4A 1GTBA 3QMXA 1PSQA 1YQ1A 2PBJA 4IP1A 2CAIA 1K0OA 5ECOB 2IPAA 2B5EA 3FEUA 2K8SA 4GLTA 3O3TA 4HQZA 1EP7A 3LFLA 5JCUA 2H6XA 1YZXA 2OBIA 2FWFA 4MJEA 1TRWA 3IK7A 4O5RA 2AYTA 3DWVA 3ZRDA 1M2DA 5D73A 2MYGA 1PL2A 5GSSA 4I8BA 4L0WA 2CVKA 4YAPA 2O8VB 3HCZA 1XOBA 3IRAA 1GSQA 1MDKA 4D73A 4KSMA 6GSVA 4ZBAA 3UIWA 2X99A 3EMXA 4TW5A 2AB6A 3WD6A 2ZCTA 2FA8A 2XPDA 3LSZA 1YEPA 2P0GA 3EYTA 3NIVA 1XWGA 1XW5A 5F05A 1U3AA 1GNWA 3G7IA 3WYWA 3ZIVA 2VCVA 2LRNA 4YQVA 4PURA 4MJCA 5ID2A 5ECPB 1EZKA 1OC8A 2GZYA 4GQFA 1FO5A 1QQ2A 4LMWA 5HFGA 4KNDA 2L5OA 1M99A 1H4OA 1ZZYA 3IAM2 5ELGA 2YJ7A 3RAZA 5INYA 1BJXA 1G6WA 3S9FA 3FR6A 4PXOA 3TUEA 4NV5A 4BVXA 5ECIB 4IQ1A 5KN2A 5JWQB 1BG5A 4MA9A 2F8FA 1EWXA 2JSZA 4IBPA 4FYUA 4DSSB 1HNCA 1QUWA 2YWNA 2HSHA 2PMTA 5L71A 2C8UA 4KSOA 5EVOA 3QDNA 3VI7A 2FGXA 2X8CA 3HVVA 1J9BA 2VCQA 2LRCA 3MNGA 1NW2A 5G30A 3M1GA 2C3TA 4JRRA 2P5RA 2LQOA 4LL4B 4Z7XA 4LL1B 3I9V2 2R2JA 2H0GA 1VF1A 2VIMA 2MMOA 1X9MB 2OADA 2KOKA 6GSTA 1N8JA 3IV4A 4RI6A 4KGIA 4MH3A 2VLUA 1HNAA 1ABAA 3GMFA 5JWOB 1QK8A 4WF5A 3HD5A 5IOWA 4EE0A 4V1Ap 2V1MA 4OCFA 2DSAA 3TJKA 2M72A 1FOVA 1K3YA 4QL9A 4AJ7A 4XS4A 5HR0A 2H73A 4LMVA 4GWRA 1PMTA 5CAXA 2NVLA 5AN1A 5DBQA 1TTZA 2C0GA 2CV4A 5J4UA 3LORA 3EURA 2DIYA 3LYKA 2XBIA 2VCXA 2C80A 2OA7A 1GH2A 1ZYEA 3UVTA 1WMJA 6GSWA 4EDYA 4HZ4A 2XC2A 3VFIA 2IMKA 4TR0A 2VAFA 2WJUA 1S3CA 4OD7A 2GSSA 4H86A 4EF0A 1I5GA 3BBYA 2X8GA 3IC4A 3A2XA 2YP6A 1F37A 2O87A 1T3BA 2IN3A 3ZL5A 2YANA 2YV7A 3KMNA 3QAVA 5DALA 3TKPA 3M0FA 3VURA 3A3TA 4ECCA 1AC1A 3MWHA 2JZSA 5IM9A 3C7MA 5CP1A 3GIXA 1VRSD 4PQHA 2ON7A 4ML1A 3ZITA 3IXRA 4G2EA 4NXIA 4HS1A 1J0FA 3F6FA 3A2VA 4XIHA 3ZREA 1V2AA 2RUFA 3TJFA 4I6XA 1JHBA 3CRTA 3P2AA 5ECSA 5E59A 2ZUPA 3KH7A 1URMA 2CT6A 3HDCA 1F3BA 3SWLA 4CW9A 4MDCA 2E2MA 2H01A 4HQSA 3GKKA 2C0FA 2V32A 3EC3A 4TXOB 3FZ9A 4KDYA 3F4TA 5JCGA 3LYPA 1XWKA 1SYRA 2YPMA 4YH2A 4G10A 3C1SA 2YOIA 4O92A 4K7NA 4F2IA 5FWGA 1WIKA 1KTEA 1TOFA 3KP9A 2REMA 4ACSA 5D9VA 3RHBA 3KCMA 4IELA 3KMOA 4HU9A 2AJQB 3TGZA 5H5SA 4GSNA 3WGDA 1H75A 1SKWB 1QMVA 4ZL7A 3GRXA 2CQ9A 3HYPA 4GQCA 3LG6A 2H71A 4E8EA 1LJRA 2FWHA 2MBSA 4MABA 3I6AA 1O7UA 1YJ6A 3H4KA 1FG4A 5ECRB 2LNTA 3Q6OA 3J7Yk 2HZEB 4ID0A 1YDKA 2A2RA 3ZVJA 2H72A 5IQYA 3KTLA 2FCHA 2WS2A 3FR9A 3TKRA 3ED3A 3BJ5A 4TR1A 14GSA 3EVIA 1OKDA 1W89A 5CO3A 2V6KA 1K0BA 3GTUA 1TK8B 3QR6A 1XWBA 1PN9A 5B7CA 1R26A 2R4VA 2FA4A 4EXJA 1Q4JA 1BYEA 1JFUA 1EV9A 1AXDA 4HEA2 4AGSA 1Z3EA 2VUPA 2YCDA 1O6JA 4FYBA 1J08A 5LNKe 2WFCA 3QOUA 5HFKA 2H19A 1FB6A 1SJIA 2QSIA 4O7HA 1K0NA 3O76A 2OE0A 4G19A 3M8NA 22GSA 4GTUA 3GA4A 4WBJA 2HZEA 1GSEA 2V6OA 2VL9A 2TRXA 2A4VA 1B4QA 1SJZA 3TDGA 1TP9A 2AHEA 2VL2A 1XPVA 4JR4A 3EE2A 3EINA 5DAKA 4MZWA 2VO4A 4D73B 2CZ3A 1TI1A 1DBYA 1FVKA 3ZTLA 3CRUA 1EOHA 2TIRA 2BJXA 5G1KA 1HQOA 1SL2B 3WGEA 1Z9HA 1O81A 5F07A 2E0QA 5DQYA 3G9BA 1NHOA 2P31A 2FLSA 2N5FA 4ML6A 4MZBA 2PVOC 1B9XC 5DQSA 1BAYA 4HJ2A 5ID2B 5B8AA 2H75A 1SK0A 2WRTA 4BVYA 5CNWA 5HR1A 1DE2A 1KEBA 1T1VA 3L0HA 4KDUA 2HLSA 3HZ4A 2LJKA 1PKWA 1DE1A 3UBKA 3VWWA 1GTIA 4JBBA 3C1RA 4HOJA 5G31A 3F0IA 1O85A 4Q5NA 4XRAA 1Z6MA 4JZQA 2O89A 3I69A 4ZBBA 4JR6A 5KN0A 4NV2A 1G6YA 1GWCA 3W6GA 2IMFA 3RHCA 3H8QA 5D9TA 1Z6NA 3F4RA 4POMA 1QGVA 1YKCA 2FWEA 4AJ8A 2PU9C 2OE1A 1B8XA 3DXBA 2F3MA 1GSFA 2B7KA 4KW6A 1CQHA 2YJHA 2HRFA 1JZWA 3ZFBA 2YWMA 4MH2A 5DJMA 2RM5A 5IPGA 4TVEA 1YY7A 2GQMA 1T4YA 1M7TA 2HFDA 1SYXA 1T4ZA 4TR3A 18GSA 3TKSE 2LRTA 2L59A 2IY2A 3EMPA 1WWJA 2VL3A 3CYNA 2VCTA 3UMAA 3GUSA 1SD9A 2VD1A 3W8JA 4YQMA 2H1BA 3ME8A 5E4WA 5HQPA 1WPIA 4PX1A 1SD8A 4ILFA 1LU4A 1CQGA 3F3QA 2CVBA 3LEFA 5F06A 4XS4B 1UN2A 1IYIA 3VWVA 3TKSA 2B5XA 2GTUA 4KH7A 1GLPA 3E0UA 3FZ5A 1GTUA 3FHKA 1GUHA 1U87A 3QFBC 4DVCA 1EEMA 3C73A 1OE7A 2YWOA 4K9ZA 4GRFA 4GSTA 5CRGA 5IMFA 2JZTA 4LA1A 3E3EA 2ES7A 3TOTA 5GZZB 4OFNA 4IN0A 4JE1A 4MJBA 3OR5A 1M0UA 4L8EA 2IMDA 4TOPA 4N0VA 2H1GA 1WE0A 1SK2A 5AIVA 5C00A 4EO3A 3GSSA 1ERVA 2ON5A 2DBCA 3P7XA 3G7JA 4J56E 3C8EA 1GL8A 4EDZA 3ZIJA 1O8XA 2GS3A 2JZRA 4MMMA 2KP2A 3GHAA 3G7YA 1G0TA 5DALB 1OKTA 3FZ4A 1ZOFA 3H79A 4TR4A 3TKQA 1SJ6A 5C04A 2PERA 1N2AA 3UARA 1MEKA 1SENA 6GSUA 2H76A 3ZMKA 2C3QA 1Z5YE 3VPTA 4IQAA 3FW2A 4Q5RA 1QXHA 13GSA 4MF6A 1EEJA 3BOAA 4WEYA 5EY6A 1ST9A 3UL3A 3FKFA 2V2GA 4V1Ag 1TKDB 4MPFA 2R6KA 2OE3A 3F9UA 3HA9A 4ECJA 3DRNA 2J9HA 1LBKA 2L5LA 4I2TA 5COHA 3GH6A 5B6MA 1XFLA 4XS6A 4N11A 1ILOA 2B3SA 5ECNB 3CSJA 1KNGA 5D9WA 4WETA 2CX4A 2B6MA 3L9VA 1A8LA 1GSDA 1PRXA 4FH8A 3GX0A 2MMZA 4MPGA 4F0BA 1JZRA 1A0RP 2FUG2 3RPNA 4MP4A 2OJLA 2JACA 1Z7RA 1USBA 2LS5A 1AQXA 2IFQA 3UBLA 1YF1A 5G1LA 2PGTA 2XPEA 1TK0B 3BCIA 2VD0A 2YV9A 3WT2A 4DEJA 3LWAA 4DSRA 11GSA 1OYJA 4F82A 5ELAA 2K6VA 4ZB8A 1PD21 4WBRD 1FW1A 1ZGNA 5A4VA 9GSSA 2KUCA 1T7PB 5EL8A 3GURA 2CX3A 3ERWA 4Q5QA 3DIEA 3D4TA 2ALBA 2WB9A 4FIWA 5FT3A 1YEXA 3HKRA 4ULXA 2B1KA 2I3YA 1A8YA 4NHZA 2IL3A 4N30A 4WR4A 5ENUA 2WULA 2DIZA 3KEBA 3FYGA 3HJMA 3IPZA 1K0DA 2R3XA 1V98A 4TR1B 1MDJA 2K9FA 2GQKA 2NBSA 3GTUB 2VCWA 1NSWA 2LJAA 4OFMA 1K0AA 4KB3A 1SL1B 1HD2A 4HU7A 2GLRA 2YZHA 1B48A 2GSTA 5HFIA 5CRDA 2NPBA 1WRYA 4WF4A 1S3DA 3U5RE 1OE8A 3TJGA 3HJPA 3D0ZA 1VGLA 2DJ3A 2I1UA 2L6DA 4MZCA 3Q18A 3FZAA 1OAZA 2HSYA 5J3RA 1PX6A 5F0GA 5AISA 1IYHA 4POBA 3GX8A 2BMXA 2RLIA 2VLTA 1AW9A 2FNOA 5CRWA 4ECIA 4CHSA 5KN3A 3KP8A 3KH9A 3UVHA 2IMIA 1NM3A 1A2JA 4XHMA 2FHEA 3N5OA 3IBHA 1XOAA 4GXZA 4OO4A 3F63A 5DDLA 1PGTA 1XIYA 4ZXGA 1XW6A 4HUAA 5B8BA 5G5EA 4QQ7A 2IMEA 1OVNA 1X9SB 3GV1A 1YF0A 4KUNA 3PGTA 2J23A 3UJ1A 1PQNA 5IIZA 3ERFA 2DLXA 3KGKA 3LXZA 1PA3A 1GRXA 3VLNA 4BWSA 3TOUA 3CTGA 4ZB6A 5DAKB 1U6TA 1E2YA 3L78A 3IR4A 3DEXA 19GSA 1ZCPA 1Y25A 3GL5A 3GFKA 3CTFA 17GSA 2DJKA 3CXGA 1V58A 1K0MA 1XWAA 1TRSA 4OCEA 1EGOA 2L4QA 3RBTA 1UA5A 2N5AA 1F9MA 1NHYA 2L4CA 3HHVA 2X8HA 3D21A 1ZYQB 3HVXA 2F9SA 2QC7A 1GUMA 2H0IA 2AV4A 1UC7A 2IYJA 3VWXA 1BQ7A 6GSXA 2AUVA 3EWLA 1F6MC 4TRXA 5KEJA 4PNFA 1TDIA 5DCHA 1TJDA 1S3AA 2DMMA 3Q74A 16GSA 2KLXA 1OC3A 4MLYA 4EUYA 1XW9A 2FD3A 4DSQA 4V2LA 3GN3A 1XXUA 1BX9A 4XS1A 1WJKA 5D96A 2HZFA 2L6CA 1SK1A 1MDIA 5D9XA 3TCOA 5ECMB 1GUKA 2EIQA 4EVMA 5A4UA 3ZMLA 2B1LA 1X5EA 5ECHB 4KE3A 2K8VA 2XHFA 3F8UA 4GSSA 3TRQA 5H5QA 4IP6A 2YWIA 1UVZA 1ZMAA 2K18A 1RQMA 3QFAC 4PUFC 4AF2A 2KP1A 4RQXA 2TRCP 1GLQA 4F03A 3KJYA 4RUVA 2PVQA 3H1NA 3O6TA 4EC0A 3D5JA 3ZFLA 3RPPA 4MF5A 3KTBA 2F51A 3N9JA 1XCCA 2ZNMA 2WZ9A 4FO5A 2DC5A 2DMLA 2PWJA 1T8EB 2QGVA 3QCPA 1GSUA 3M3MA 3L9UA 2LSTA 4LLRA 5A4WA 5DJLA 4K2DA 1EV4A 2HRNA 2CVDA 4I2UA 2RIIA 2OKAA 2YN1A 2GSRA 4G9HA 4ZILA 4L5LA 4TXVA 4IGJA 5D8IA 4MCUA 4KAEA 2FY6A 3P90A 3PR8A 1XWCA 4JEDA 4X0XA 5IO0A 4F0CA 1THOA 3VI5A 2GSQA 2GGTA 5FHIA 4IW9A 3E9JB 2C3NA 1OC9A 1GTAA 1R5PA 5DCGA 3ME7A 1TI3A 1B9YC 2LKUA 1WOUA 3TKSC 3F6DA 2B5YA 4XRDA 4PUAA 4PQ1A 5ABRA 3MDKA 3GH9A 2OACA 2CAQA 3U6VA 3FK8A 3PH9A 1RK4A 4K8MA 3PINA 2LV3A 2DJ2A 2WCIA 3IA1A 3GNJA 4GF0A 1A23A 4J57E 3P8WA 3A2WA 4I5QA 2HE3A 1JLWA 2JL4A 1PL1A 3RDWA 3LJRA 4O32A 1GULA 3TJBA 2D2ZA 4TKYA 3TJJA 3LGCA 1M2BA 3EU4A 4NAXA 1MTCA 3APSA 3GKMA 2JSYA 2I4AA 3QD9A 4KX4A 5KN1A 1BEDA 3M9KA 4OFTA 2NDOA 1VF2A 5CREA 3L9SA 1FB0A 2BTOT 1TRVA 4F9ZA 3H93A 1R5AA 3ISOA 5JCWA 3IE3A 4X1UA 3GSTA 2HYXA 1XVQA 4N10A 2V41A 3KD0A 5IPHA 2AAWA 3LQ7A 1AQVA 3R2QA 1GSYA 3VK9A 4ISDA 1M9BA 20GSA 2IFQB 1AUCA 3CBUA 3HVSA 1PX7A 2H6YA 1ERTA 3BCKA 2NTOA 4IVFA 5IMZA 2E7PA 4V2MA 1TU7A 4RI7A 1XVWA 3HZ8A 3D6IA 3ZVJD 4ECBA 1JZDA 3KZQA 3GKXA 1JLVA 5G5FA 2GQLA 3HY2A 2MBTA 3UEMA 2IWTA 2GDRA 3AY8A 2VM1A 4IJ3A 3F3RA 5CRHA 2M80A 1A2LA 2VLVA 2LQQA 4HJMA 3DVXA 5AGYA 3A5WA 4AJ6A 6GSYA 5DVBA 3HJOA 4BA7A 3IHQA 3EU3A 2A2SA 4E8HA 1A24A 1DSBA 1QFNA 3KM6A 3WT1A 2P5QA 1X5DA 2VOCA 4K0NA 4ZL8A 3LXTA 3FY7A 2GZZA 2FWGA 4TN8A 1SU9A 2MZCA 1E6BA 2KHPA 4KCAA 1SKRB 1C72A 3CSIA 4IKHA 4ZB9A 2X64A 4DSSA 2MMNA 4FYCA 2C0EA 1R7HA 4K0GA 3CSHA 2HI7A 1EGRA 4X43A 3NZNA 2M46A 4PNGA 4KA0A 4KCEA 2DJ1A 2G2QA 2JU5A 5F8BA 5GAPD 3D4MA 3QAGA 2Z9SA 5J9BA 12GSA 3IDVA 1K3LA 5IMCA 2PN8A 4ZBDA 4IJIA 1O73A 1V9WA 4GCIA 2L57A 1DUGA 1M9AA 1RW1A 3APQA 2LJRA 4HI7A 2WDUA 2JADA 4Q5FA 2I81A 4HDEA 3IK9A 3QAWA 3GL3A 4N0ZA 1TU8A 4I97A 5IOXA 3DGQA 1THXA 2R5GA 3FRCA 4NWYA 4K6XA 1JZOA 4KDXA 1TW9A 4MJAA 1A0FA 2YZUA 5G2ZA 1MD3A 1Z7PA 2YNXA 1XBSA 4ZL9A 1G7EA 2GT5A 2OBKA 1SKSB 1TK5B 2RM6A 4L5OA 4EL1A 3TB2A 4BWQA 2LEGA 2VM2A 3GYKA 3US3A 2EIOA 3WGXA 1Y6EA 1T00A 2EIRA 5AIXA 4ZIJA 1FVJA 1X0RA 1SL0B 1PKZA 4YQUA 4OMVA 2VCZA 2HT9A 5EPFA 3FR3A 3VPQA 1W4VA 7GSSA 4K7OA 4YAVA 2QKEA 2I9HA 1ACVA 2R37A 4NMUA 2CZ2A 2N5BA 1ZL9A 1TRUA 3JCML 5J9CA 3BD2A 1YKAA 3TRPA 2MMAA 2LUSA 1HNBA 2H70A 3IOSA 2H74A 5ECQB 1ON4A 2H66A 3DVWA 3MSZA 3ERGA 1I9DA 1F2EA 1M2AA 2LNSA 3APOA 3KIJA 2C1YA 2B7JA 1R4WA 3D22A 5H5RA 4OWYA 3DYRA 10GSA 1G7OA 5GAND 1V57A 3DKSA 4OO5A 5ECKB 4PQIA 1F3AA 1A2MA 4L0UA 4XTSA 2HXKA 5D93A 5IO2A 5J41A 2C0DA 5LCZA 1MD4A 1AAZA 4POLA 3TRXA 2GZPA 1U3IA 4BPYA 6GSSA 3ZYWA 1ML6A 3M9JA 2RUEA 3IAS2 4TXOA 2F8AA 4V2NA 1KBNA 4P3YB 5IMAA 4K1FA 3W8SA 1AIUA 1XZOA 1ERWA 3KXOA 2CA8A 4PGTA 3F4SA 2VL2C 1V40A 5ECLB 4WKWA 1GP1A 3SBCA 1K3OA 2H6ZA 3K8NA 3DMLA 2DJ0A 2H0HA 1X5CA 4IHUA 3ZLPA 3HXSA 5JWRB 1FHEA 4BL7A 2PUKC 3V1WA 1O8WA 1VF4A 2GVPA 4NPBA 3MAKA 2WGRA 3Q19A 5LD0A 8GSSA 3UAPA 4XCSA 2H1DA 2H8LA 3CMIA 1VF3A 2O85A 2DJJA 4NHWA 1GSSA 4JU5A 5A5KA 1X9WB 1ERUA 4HZ2A 1K0CA 2H30A 2LTKA 1EP8A 4K7IA 1OC9B 3GKNA 4J2FA 5IMVA 2C4JA 4MK3A 1TXXA 2IJYA 2IIYA 4MF7A 2H1AA 4CDOA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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