4NT0A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
222
structure length
213
Chain Sequence
RSRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 74
structure length 213
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nt0A00
2ALDA 3OIXA 2QDHA 2ZZ2A 4NNAA 3HQ1A 3DAQA 3PSWA 1KTNA 3W76A 3NOEA 1QO5A 3GDLA 3UNDA 3NPXA 4RR4A 3EXRA 1PS9A 3LXCA 3EWYA 3TCEA 2J9YA 3P5ZA 4ADUA 4UR8A 4DF1A 4L4MA 4ADTA 1D3HA 3W7NA 3B04A 5FF0A 1W5QA 5F4WA 5D09A 2RDWA 4NXKA 3QW3A 4TR9A 3UPBA 4QISA 4UMAA 3DENA 5F4XA 4YMZA 1DORA 3BW2A 1HG3A 4XTIA 2CLEA 4I7VA 2J27A 2WV8A 5I3HA 4S1FA 1GVRA 1ZY9A 1PL9A 4Q4KA 3W7HA 5CG7A 1KW1A 3UXDA 3DFOA 3EXSA 5DY2A 4Z1DA 3TW6A 4KKXA 3LHTA 3NPUA 1W0MA 4WY0F 3U8GA 5IBXC 3Q94A 4R33A 2B0MA 3DI0A 1UBSA 3IIZA 3TE9A 4AAJA 1PHQA 4XTDA 2DZUA 1OX5A 3CPRA 2B7OA 2ZTJA 1PIIA 3BW3A 4IPIA 4KWVA 2W6RA 4FO4A 3SSJA 1VH7A 5HWNA 1JCNA 2XN1A 3GNDA 3HO8A 4CQ9A 4MZYA 2WNZA 1G4EA 4UUIA 4LV9A 2QCEA 4RXFA 5T26A 2WO5A 1I45A 2G95A 4GE8A 1PVNA 4P61A 3ZS4A 3W71A 3ZWTA 4GUGA 4JTJA 4Z0SA 1KFEA 5HJLA 3M7WA 4O13A 4PODA 2J9ZA 2ZRUA 5DBUA 3C0JA 4MY8A 4O4VA 3EX2A 2DZTA 1ZALA 1OJXA 4CCEA 1JCLA 1Q6QA 4JDYA 4OHQA 4WXYA 3LI1A 2Y7FA 3PWAA 3NZ1A 4XUGA 1JVNA 3HG2A 4R7JA 2NV1A 1VRDA 3S1WA 3O6YX 1JCYA 4HT3A 3HGOA 3A22A 4M7TA 3N34A 3LHZA 4HPJA 3HPZA 4N6EA 2E77A 3G22A 3STFA 4JIPA 4LWWA 3IIPA 4KFNA 3NQ8A 1MZHA 4Y6GA 1B57A 1FWSA 3STGA 1TPH1 4MJMA 1W5PA 3G1HA 3G3DA 4O1CA 1R2TA 1VLIA 2ZCGA 3QQ0A 4UMBA 1ICPA 2FIQA 1ALDA 3S9YA 4YL2A 3BO9A 1ADOA 1FCUA 2C3ZA 2E1DA 3KFTA 4FXRA 5AYYA 5AHFA 2HMCA 4EVZA 1ZNNA 1EPXA 2A21A 5HWJA 1EIXA 1YPIA 5K3VA 2VEMA 5EYWA 4K8EA 1RD5A 2FQIA 1PV8A 3GDKA 3NQ7A 5D2YA 3QSTA 2TSYA 1TV7A 2C15A 1KBJA 2ZQ0A 2A7NA 5AN7A 2YDAA 4GUFA 3QRHA 1WBHA 3ANYA 1OFRA 4Q32A 3UWZA 2HTMA 2O7QA 3N19B 1GVSA 3B05A 6ALDA 3UZJA 2H90A 1L6WA 5K2ZA 3DKJA 4JGDA 3T7VA 1BEUA 3I6RA 3NQ6A 4HNNA 4LNYA 1MO0A 1ZAIA 4OBTA 1K7XA 4RCXA 2G96A 5CPNA 1WBJA 2X16A 1XBZA 4CQAA 2QAFA 3ZWSA 2C14A 4OGZA 2QEZA 4UR7A 3KOFA 1YXYA 3VNDA 2ZA1A 1H7NA 3L5MA 1PE1A 5TQLA 3O6DA 5FF7A 2YW4A 5G2WA 4DO6A 2GVLA 4LVDA 1AW5A 4JYFA 3NZRA 1SZEA 2ZDRA 3GAKA 1XC4A 4FNQA 3LRKA 4BWLC 3P81A 1HFBA 3HIJA 4XKYA 4AMAA 1SQ7A 5AHLA 3O1NA 4LOCA 3EKZA 1W37A 2YXGA 4LVBA 3ELFA 4FNRA 1VPXA 3SR7A 5F2IA 1SW0A 2DZPA 3ABQA 4IMCA 4OV9A 2Y61A 4O52A 4PTNA 3TR2A 1O60A 3BG9A 5LNRA 2ZBTA 1SSDA 1P5BA 3NO5A 1G69A 4UFHA 1IIHA 3BG5A 3PSVA 3BARA 1KM2A 1A50A 3O16A 4QNWA 1R47A 4JTGA 4BK9A 2J88A 3TXZA 1XDLA 2H8XA 1LP6A 3TSDA 3G1VA 4JEQA 2Z1BA 5FESA 1UCWA 4ZMGA 2CU0A 1OFOA 2QUVA 4CQ8A 2X30A 3B8DA 4LUIA 4UC5A 1PCKA 4OE7A 2QR6A 3W23A 4JTSA 4JY9A 3NXFA 3U6WA 3G0SA 1RR2A 1G7UA 5DY3A 3W2NA 3MBDA 3O05A 4O1DA 1W5NA 1VGAA 4O1BA 1Q6LA 1H51A 2ATMA 2BSLA 2LLEA 4TIMA 1H7WA 1I2NA 3W74A 3U2OA 2A6NA 3S5OA 3NQFA 1FWWA 4JTTA 3MP4A 1IIGA 5LGXA 3DFTA 3MI3A 3P8JA 3P61A 3BG3A 5C55A 1F76A 1F5ZA 3WFAA 3GXTA 4UTMA 1U5JA 1J4EA 2PCQA 3TV8A 3HPXA 1K8ZA 5AB3A 4JX6A 1KM0A 3QPZA 1T8XA 1OF8A 2H6RA 1H7OA 3OEXA 2ISVA 4UTLA 4IWWA 3E9AA 2QUUA 3EXTA 4QM1A 3DI1A 4GNJA 2QCDA 4FF7A 3IRDA 1DVJA 1SR9A 4YCOA 2AAMA 2TPSA 4G1KA 4XKYB 4ZQOA 1ICSA 3TKFA 3NM3A 1DQXA 3HBLA 3M1ZA 1OFBA 4AVFA 4JX4A 2GOUA 3FA5A 1WQ5A 3UPWA 4Z08A 4CCDA 2A0NA 3G0UA 1ZFJA 2I1OA 3RLVA 3IEBA 3W73A 3KAOA 3HG3A 1ZHAA 3W7RA 1GQNA 3C61A 3PBUA 4HHPA 3CHVA 1H1ZA 3JS3A 2H3BA 1LLZA 2BX7A 4MLJA 2Y89A 4A22A 4DF2A 4CNPA 1GYNA 4BWLA 3W2MA 3R8RA 1KA9F 3T40A 4JDBA 1CX9A 1AW1A 3FIGA 2ISWA 4MLRA 1TJRA 5EA9A 2ABBA 3NGJA 2C1HA 3IVTA 1W3TA 2HSAA 5H91A 3MP5A 2PC4A 3QF0A 1TPWA 3GAYA 3LCHA 3NPWA 4WUIA 5FI8A 3T55A 3PB2A 4HSNA 1VCGA 1FUYA 2R8WA 4JYEA 3TUUA 1UUOA 3BV4A 4QAIA 1M5WA 1H7XA 1X7FA 3LV5A 1Z41A 1O95A 5LNWA 1NAL1 3W22A 1H1YA 1LTDA 4DBDA 3CU2A 3LTYA 2QCDB 3W7QA 3O15A 1SO3A 4MZ8A 2ZFAA 2JGYA 6TIMA 3IGUA 5D2XA 1QPQA 3NQCA 2X1TA 2XN0A 4AWSA 1TTQA 1EWDA 2QCMA 1TV8A 3LERA 3GVGA 3W07A 5I3KA 5EPDA 2ZZ1A 1MEWA 2NXHA 3M44A 3KVMA 5FF2A 3C2OA 3RNDA 3CIXA 5AHEA 3SIZA 1DL3A 3S6DA 3LBMA 5KSWA 1KM4A 5EKYA 2GJLA 1FQ0A 1KM5A 4M6QA 3WK1A 3TFXA 3TAOA 2CLLA 4O19A 1ME8A 3M5ZA 5LHFA 1FDZA 3N2MA 4ZQNA 3DH7A 4O0ZA 1OYBA 3NQ2A 4J9JA 4K8HA 5C5YA 4CNOA 3EX6A 4LTSA 3W1TA 4TU1A 3FJ6A 3R13A 4EOUA 4NNCA 2DZXA 1FDYA 3ATYA 3AJXA 4BR1A 3BLFA 2HS8A 1UJPA 4K7VA 4ZQCA 3EWUA 4LRSA 3RF9A 4JTUA 3SY5A 3UWUA 2X1SA 3VCRA 2ZTKA 3LXBA 5I3FA 3E49A 2CLIA 2GQ8A 1OX4A 5E93A 4NJJA 4AB4A 1X1OA 3R12A 1OVDA 1KFLA 5D03A 1LORA 1TREA 3KVLA 4ZVJA 1Q3NA 2YYUA 3QYQA 2DZWA 3W72A 3NM1A 2WNQA 1SZFA 3DHFA 1GVFA 2QKFA 5EY5A 4L4LA 4AHPA 1QDSA 1WA3A 3STCA 2X1UA 3LCFA 1B9BA 2YZRA 3W7EA 2YFOA 4H4IA 4ZQRA 2JK2A 1UASA 1LOQA 2ZYFA 2VEPA 2JGQA 3M5YA 4HKPA 1JUBA 3MWAA 3PUDA 1N8FA 3LHUA 4LRTA 4Y9AA 3PB0A 3S0CA 4EF9A 2CLKA 4QQ3A 1KM1A 4ZQMA 1ZENA 4BI6A 2FFCA 3S1VA 1P1XA 5AFDA 1R46A 2ISSA 4TMBA 5DXYA 2DZSA 1KV8A 2QAPA 4NJIA 1GPWA 3GDTA 3RK8A 3C52A 3INPA 3W7LA 4W9TA 1TTJA 1XFBA 1K03A 4UTIA 1DBTA 3ZR4A 3EB2A 2GVGA 1YXDA 3THAA 1HTIA 4IMEA 1W3IA 3HB9A 4LVAA 3PUOA 3H55A 4UTTC 4ALDA 1C29A 2J9XA 2NX3A 1L9WA 2ATSA 3LBCA 4N9EA 3PC0A 3VFLA 1AL7A 1QR7A 2RDTA 2Y85A 4KWWA 3E02A 5BMXA 5L9FA 3IVUA 3IVSA 2YX0A 3TAKA 4FX8A 2CWNA 1OX4B 1FCQA 1J5TA 1QMLA 1F7BA 1T0OA 2NXIA 5EBUA 2NUWA 4MJZA 4FIQA 2QJGA 5K9DA 1JR1A 1CI1A 2CFFA 2NZLA 1F74A 1YPFA 4NX0A 3RMJA 3DU0A 5LGZA 4AHOA 4RLIA 2TYSA 4ONVA 1FXPA 1G67A 1EUNA 2WQPA 1RPXA 3LGEA 4XBSA 1W54A 3HPSA 5K9CA 2VFFA 3E12A 2VC6A 2ABAA 1DHPA 3GDMA 4AF0A 2B7NA 3Q37A 4H3DA 3C2EA 1G4TA 1F73A 2E68A 1MEHA 1T96A 3TMQA 5KMYA 2EAWA 2QCNA 2R94A 1QFEA 5KITA 3PAJA 3CWNA 1H7PA 4GUIA 2QCLA 3O07A 2WNNA 4FEZA 3OBKA 2RDUA 1RV8A 1K8YA 4TX9A 5DLCA 4R34A 1VHCA 4IXXA 4HNVA 2V2DA 1F6PA 2B7QA 3QQ1A 3PS7A 4O10A 2CLHA 3LB0A 2JBMA 2H8ZA 1RZMA 3TFCA 5J5RA 3LTPA 3QEZA 5HULA 4OV4A 4K37A 3D0CA 4UFKA 3NL3A 1NFBA 1GWJA 5K9XA 1SW7A 1MXSA 4GXMA 1NSJA 2JKPA 1RQBA 2GQ9A 3Q58A 2BLEA 3BLIA 2CW6A 4NZFA 3G1XA 3P82A 4O15A 4DBEA 3M16A 4Y90A 1FWRA 3L5AA 4FNTA 2BWGA 2OCZA 3B4UA 1A5BA 4NT0A 4O57A 4O50A 5KINA 3O63A 5DXXA 3C2VA 1GVQA 5LZLA 2B7PA 1S3HA 3OVPA 3NQGA 3MP3A 1VC4A 3W7GA 4UTTA 1TPFA 3S1UA 4N4QA 3W7JA 4UIOA 4RK8A 1V5XA 4UNLA 4AF0B 1C8VA 3A5FA 1XI3A 4TMCA 2IQTA 2ZZ7A 1H50A 3TK7A 4FIRA 2Z6IA 3P84A 3L21A 3HG4A 5HUPA 5FEPA 3LRMA 1B4EA 3RLUA 5LKYA 2C18A 1TPC1 1XUUA 3TU9A 3PG9A 1THFD 2X2GA 3A5VA 5F2GA 1YDNA 1LROA 3MW7A 1YADA 2VXNA 3WJWA 3FLUA 2FLIA 3TA6A 5K4ZA 4Z1CA 3LXAA 3TC6A 3LCIA 1SO4A 1I8JA 3W84A 3NAVA 3P80A 4X2RA 5I3IA 4UXDA 3KRUA 5LSMA 4E38A 4PC8A 1LRNA 1A5SA 2P0OA 3KHJA 3MHUA 3S5YA 2AQWA 3W1PA 5BMWA 3FYPA 2NUXA 2VELA 4JNMA 4O8RA 2V5BA 4RJEA 1N55A 1AK5A 1NVMA 3MHFA 4NX5A 2V9DA 4LV4A 4WX2A 2ZZ3A 2RH9A 2ZZ5A 3SI9A 3WK2A 2XFWA 4DEFA 1O5KA 2ZRVA 5SWUA 1GEQA 1OK4A 1Z44A 4GC4A 2QCGA 3FOKA 4LS1A 3W7IA 5HR6A 4DXVA 3DXIA 4O4WA 4UTJA 5FEXA 2FPTA 1DV7A 3LI0A 5HWMA 1H62A 4ADSA 3ABOA 2WSRA 4GFSA 4OQVA 2Q3OA 5E0KA 4LC8A 3TIMA 3MBFA 5G2IA 3O6CA 1FXQA 3DBPA 3H54A 3PBWA 2F84A 1ML1A 3TJLA 1S5VA 4M6PA 2E6DA 1AL8A 2E09A 1YYAA 4I7UA 3QW4B 1NF7A 2VFDA 4DF0A 2V30A 3EX3A 3E0IA 1GYLA 2Y63A 3E96A 2W0UA 3ZFHA 3VKJA 1QCWA 5A5WA 4MOZA 3ATZA 4Q33A 4GUHA 4X9SA 3EX1A 4IX2A 1X1ZA 3C8FA 1ONRA 3IGXA 2I9EA 3L68A 4N6FA 1TRIA 4RZ4A 3LDVA 2RFGA 4XZ9A 3W6YA 3NG3A 3TX9A 1DOSA 3W1UA 3VE9A 4IPJA 4YXGA 4JICA 4MY9A 1LBMA 1MEIA 4E2DA 1D3GA 4YWIA 4IUOA 2CLMA 2GQAA 1A5AA 3L67A 4M7SA 4RV8A 3C4UA 3TH6A 2A85A 4HNUA 2OX1A 4LT9A 2E5CA 1I2OA 3W7MA 1LRQA 3ABRA 1TPEA 3B0VC 4AWUA 4UNKA 3P60A 1TCDA 1M7OA 3IIOA 5KZDA 1R2SA 3I7QA 4DPQA 3N3MA 1AG1O 3KRZA 1TRDA 1GTEA 2RKXA 4AXKA 1R2RA 1AMKA 4FNUA 4MZ1A 3W1LA 5CSRA 3G18A 4WY0A 2ZRYA 2JKAA 5AC6A 2NXGA 2OT0A 3LCWA 3S5ZA 4BFAA 2VKZG 4Z1AA 5D02A 3LTSA 5IM51 3UQNA 5C2XA 5J5DA 4Y8FA 4YCPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ALD A;  4CQC A;  1VBJ A;  4NNA A;  3AU6 A;  1E0U A;  3DAQ A;  3PSW A;  3CLW A;  1QO5 A;  3UND A;  1QW9 A;  3NPX A;  1PS9 A;  3EWY A;  3W00 A;  2J9Y A;  4ADU A;  3VAB A;  3B04 A;  4Q4M A;  5D09 A;  4EWJ A;  2V5D A;  2RDW A;  2GQ3 A;  1MFV A;  4US5 A;  3CUX A;  3LGG A;  1F4H A;  2I56 A;  4UMA A;  1CLK A;  4YMZ A;  2J79 A;  5C9R A;  3VD9 A;  3BW2 A;  4AY8 A;  1HG3 A;  2XVK A;  4EAY A;  4E8C A;  1KKR A;  2CLE A;  3S2L A;  2J27 A;  5I3H A;  1QNP A;  2RAG A;  2J7E A;  3VNJ A;  1ZY9 A;  4KRZ A;  4OBS A;  5CG7 A;  5DEZ A;  1KW1 A;  3DFO A;  4H1Z A;  3F4V A;  5DY2 A;  4Z1D A;  4NIR A;  1IV8 A;  2W66 A;  2PDJ A;  1Q4W A;  3IIZ A;  3WMB A;  4FAL A;  4Q8M A;  1PHQ A;  5DX7 A;  3RRX A;  3CPR A;  3IK4 A;  4KEV A;  1U5H A;  3ZJ8 A;  4LEQ A;  2WVS A;  4D6D A;  4IPI A;  4KWV A;  4GA8 A;  2PWD A;  4B2D D;  4HA4 A;  2XN1 A;  3GND A;  1UOZ A;  3HO8 A;  3PTK A;  4CU8 A;  4MZY A;  3M4H A;  3WD2 A;  2HWG A;  4XO7 A;  1F07 A;  3E0W A;  4UUI A;  1FHV A;  3CBW A;  3KOW A;  4GE8 A;  1CIU A;  3WG6 A;  1M7J A;  3ZS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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