4NTLA

Crystal structure of a lipoprotein, yaec family (ef3198) from enterococcus faecalis v583 at 1.80 a resolution
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
DKEITVAVQLESSKDILEIAKKEAEKKGYKINIMEVSDNVAYNDAVQHDEADANFAQHQPFMEMFNKEKKADLVAVQPIYYFAGGFYSKEYQDAKDLPENAKVGIPSDPTNEGRALAILNANGVIKLKEGVGFNGTVADVVENPKNITFESIDLLNLAKAYDEKDIAMVFCYPAYLEPAGLTTKDAILLEDKEASKHYALQVVTRKGEKDSEKIKVLKEAMTTKEVAEYIKKNSKGANIPAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a lipoprotein, YaeC family (EF3198) from Enterococcus faecalis V583 at 1.80 A resolution
rcsb
molecule keywords Lipoprotein, YaeC family
source organism Enterococcus faecalis
molecule tags Transport protein
total genus 69
structure length 242
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ntlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ntlA02
2PT1A 3FASA 3N94A 1MPCA 4JSDA 5H8HB 2AYSA 4TQUQ 5AA4A 3C4MA 5I2KA 2NUVA 2O6AA 2D5WA 3VFJA 3HV1A 1MM6A 3VXBA 3H6UA 4P0IA 1H44A 3GZGA 5FHMA 5AE4A 4OVJA 1QUJA 1B4HA 3T66A 3QK6A 4R6KA 2THIA 3VVEA 4KYSA 5KZTA 2I48A 4YB7A 2Y7WA 2ONRA 5H8FB 4RYAA 3FVKA 4RNSA 1D9YA 4PFTA 1L5TA 3S9LC 2QRYA 1JEVA 4NMYA 1GGGA 4BLAA 4ZZAA 5IKBA 5CMCA 4GXSB 1ANFA 3A3CA 4Q8RA 4F39A 2ALUA 3OD7A 3TTLA 4OFJA 4G68B 2Y84A 2PBWA 1MQIA 4OENA 4QSDA 1JETA 3HHFA 4NF5B 4THIA 2RKMA 4F31B 1II5A 2OK2A 1B6HA 1QVSA 3OEMA 1ZBMA 2ZYKA 1A40A 2ZNUA 3D4CA 4LATA 2Z8EA 2GRVA 4ELOA 4DXCA 1DOTA 4Z7EA 3O6GA 3CVGA 3TZAA 5FTIA 3CIJA 5HBCA 3B6TA 3T9VA 1MDQA 4EXLA 3U8QA 1MY0A 2GFEA 1NH7A 1P1QA 3MC2A 3P7IA 3U1OA 1A8FA 4YKPA 5AA4B 2IA4A 5I2KB 1B5HA 3KGCA 4OFOA 2X26A 4ZDMA 4EQ9A 1JW5A 5L9SA 1OQGA 3PPOA 1QUKA 1XOCA 4RPNA 3RGYA 3IAZA 2QMWA 3N26A 3S9MC 3CSGA 3MVYA 3MJNA 2V84A 2ONKE 3D4GA 2XXXA 4YMAA 3KSJA 4U22A 3OEKA 1VR5A 3K1MA 1XS5A 4DCYA 2ZYOA 4OXVA 3H7MA 2VGQA 1URSA 2Q88A 3U72A 3SEXA 3CFZA 4BDLA 2Q9TA 5CRYA 1AMFA 1JEUA 1TT1A 3TKDA 1MQDA 4LQ2A 5IAIA 3PGFA 3DP6A 4NEDA 3PPNA 4NF8A 1FQFA 2KLFA 3PUZE 1ZLQA 4BDMA 3C34A 4U2RA 1OMPA 1J1NA 1A8EA 1FCKA 4ELPA 3K00A 3K6WA 3TDJA 4ZEDA 1O64A 3IB0A 2HAUA 4XIGQ 4IO7A 1DTZA 3KG2A 3B6QA 2RCAA 2UYFA 4K3FA 4RK2A 1Y4TA 3KJ7A 5H8NA 4BDRA 1NNKA 2PT2A 3TCGA 1OLCA 4QHQA 2F5XA 3MPKA 4GOTA 4JWOA 2R71A 5I56A 1SVXB 1POTA 1KWHA 5CI5A 3QYTA 5A5XA 3FJMA 4HS7A 4F29A 3FVOA 5JK4A 1B1HA 2QS3A 2XXVA 5AA2A 2YPNA 2F8DA 4OYVA 3KFMA 3UP9A 4O3BA 4BDOA 1BP5A 4IGRA 3EN3A 4M4GA 3U94A 1FTMA 3M8UA 3IOVA 3QXMA 3UA8A 3O28A 1Z7NE 4U23A 5BUUA 2V3UA 2OWTA 1FTKA 4WXJA 1Y3NA 4BDNA 1Q35A 4NF8B 4YB5A 3IOWA 2E1SA 2OLBA 1JVYA 1OQHA 4U4SA 1LAHE 1N76A 2HCAA 3FXRA 3MP6A 1IZ1A 2DWHA 1TFDA 2ZYNA 4GLIA 2X7PA 3OXNA 1GVCA 2F7BA 3OO9A 3W15C 5K2YA 1MY1A 3ZSFA 3IL1B 1O7TA 1ZTYA 2PMSA 3ZKLA 3MQ9A 4PQJA 2QJEA 3TQLA 4F22A 1EZ9A 5H8NB 4OQOA 2XD2A 4FORA 3FUZA 3PPPA 2I49A 4DXBA 5I56B 3Q27A 5A5XB 3RT6B 3GBAA 3H6WA 3FVGA 1DSNA 5DVFA 1MXYA 2ABHA 4FATA 5AA2B 4ZS9A 4YKJA 4PP0A 4U21A 5J1DA 1UIUA 2DVZA 3KN7A 1OVTA 3OO7A 1OVBA 3TTRA 1H45A 1B40A 4ELRA 4P0GA 4Q30B 4XKNA 1M5DA 1SW4A 4OWDA 3MW0A 4R74A 3RT8A 4R9GA 5I2NA 4LQ5A 4KYEA 3I5OA 1EZPA 4KYDA 3CRBA 3DP8A 1SI0A 1S7YA 1GR2A 3V5AA 4H0WA 1Y3QA 3C9HA 2F6PA 3M3LA 2I3WA 4X1DA 4QFNA 3PV0E 4LONB 5ICTA 2XXHA 3IO6A 4KFQA 2Z23A 1B7HA 1FTJA 3LC8A 1FW0A 4GL8A 3TCHA 2D21A 4POWA 3MZBA 3UGWA 4QSCA 4YAHX 4F19A 5KCJA 2PX1A 4ZEBA 4GF8A 1R9LA 4C1TA 1LGBC 3SEVA 2I3VA 1US5A 4LP2B 3DLNA 4AB5A 5ITOA 4DZ1A 2HEUA 3ZS6A 4U1OA 3O9PA 4X9TA 4Q0CA 5H8SA 3RY3A 3ZKKA 4G2ZA 4L17A 3MPLA 4RPOA 4H1XA 4EXKA 3DP4A 4NTLA 1CB6A 1B7ZA 3IJXB 1MXWA 1RYXA 4ZEKA 4U4XA 1P1UA 3O6HA 1IITA 1PEBA 3B7DA 1R9QA 5FTHA 2Z8FA 3IORA 4OHNA 4H67A 1B3FA 1USYE 3E13X 4X48A 3H06B 2QMXA 2NXOA 1B51A 3E3KA 2UVIA 2QS4A 2XXYA 3RTWB 5I2NB 3PUYE 2V3TA 1N0TA 2O84X 3IOTA 5I57A 1M5EA 4QFPA 3IX1A 2XXIA 4WEPA 3SEYA 3CI8A 5DTBA 3PD9A 3AXFA 2RC8A 4R6HA 4MF3A 1N3WA 3R7XA 3C31A 1BIYA 1P1OA 1PDAA 3FGSA 3PMVA 4XXUA 4GWOA 1EZOA 4KQPA 2B3FA 1JNFA 2Y7IA 2X7QA 1LBCA 5KCJB 2ZXTA 4R2BA 4RJZA 4OEVA 4DE8A 2VHAA 3FVNA 1VFDA 2G93A 4HW8A 1HSJA 2RF1A 1MXZA 3WAFA 1B5IA 2REJA 3JZJA 1NNPA 1SI1A 3V89B 1UQWA 4R72A 1LAFE 4H5GA 5DEXA 1H43A 3M3KA 3G3IA 1H76A 1LCTA 2OCUA 4WEDA 1ATGA 1M5CA 3K1PA 2RCBA 5CMKA 5K2XA 3R26A 3VLUA 3TODA 1NH8A 1SYHA 4R75A 1MH3A 2CMOA 5M2VA 4XKQA 2I0BA 2O1MA 1MY3A 2O7UA 1VSOA 5DVJA 5I57B 1QULA 4Z0IA 5FHNA 3OSRA 2Q2AA 2HZLA 1PB8A 1ZIUA 1QW0A 2AL4A 3B6WA 3K6VA 4HCYA 2CZLA 1MQHA 1A99A 4U1ZA 3MUQA 3IJOB 3TQWA 4C1UA 1XC1A 3K1NA 3IB2A 4E0XA 2YLNA 3GBBA 2XXPA 4FECA 1JW4A 3CG3A 4G77A 5HM4B 5CBRA 1MS7A 3VDFA 4GRKA 2DXYA 3FZVA 5L9MA 1HSLA 3LSLA 1LAGE 4KPTA 3VXCA 1IXHA 3SEUA 4POXA 2O69A 4EUOA 3OO8A 4M1VA 5DEXB 3MP8A 2F35A 1XHYA 3KJTA 3N6UA 3GXAA 1XVYA 3THIA 3N5LA 2HAVA 3VLVA 2Z22A 1MH4A 2QS2A 4QF9A 3JV9A 2O1LA 3Q25A 2H99A 4PFUA 1Y4CA 1MQGA 1WVJA 1LFHA 4OTEA 4JXIA 3H6VA 2RINA 2XX8A 3O2AA 1B3GA 3MBPA 3KN3A 4G8MA 4MLQA 3SERA 3PMWA 1MXXA 4RK9A 3HHGA 2PVUA 2ZNTA 1D9VA 3K01A 1AOVA 2UXAA 2E0SA 3PUVE 3H3GA 2DYXA 1B1XA 4F3PA 3CR9A 1UTHA 4F2QA 1MM7A 3PMXA 4JWXA 2NWJA 1IUDA 3EF7A 3VLWA 3BFUA 3VVDA 4H6DA 1NMUA 3ILUB 1SW5A 2WKYA 3ONMA 4NWDA 1MPDA 4ZZEA 4EF1A 3OO6A 4KI0E 1DPEA 3FJ7A 1UIVA 2NVUB 4MLVA 4XTCQ 3C32A 3QUJA 1URGA 1H3DA 5CMMA 1BLFA 2DE3A 1N04A 2YJPA 2XD3A 1POY1 2V3QA 1SW1A 1WDNA 2B65A 4IY6A 3LBSA 3JYRA 3K0VA 1FQAA 4E0WA 3HPIA 2DXRA 2FNCA 1YPNA 1URDA 3RN8A 1S50A 2F7AA 2XXTA 3VV5A 4ELQA 1Y3PA 4FEDA 4LZ8A 1FQCA 3LSWA 4F3GA 1P1NA 2GH9A 4PFWA 5L9OA 3I3VA 3DELB 1PBPA 1MDP1 3OSQA 4YKIA 1B58A 2A5SA 4MH5A 4AQ4A 3T9UA 3CG1A 5ITPA 1M5BA 2LAOA 3C36A 5TP9A 5F7VA 3QSLA 3HO7A 4PETA 2DS9A 3T9XB 4QRZA 5DT6A 3HSTA 1UTHB 3L6HA 1P99A 1FQDA 5AA1A 5LOMA 4OERA 3TELA 2XXRA 5DVIA 3LSXA 3S2VA 4FAJA 2UVGA 3G3FA 3PPQA 3PUWE 3EQ1A 2V25A 5BWJA 2ONSA 4N13A 1UTBA 4GD5A 1R6ZA 4NE4A 2VD2A 5EHMA 2OBGA 3TYHA 3R6UA 4H5FA 2DWAA 3RUMA 2F78A 1I6AA 4FJPA 2I0CA 1A7LA 2XX9A 3LSFB 3SESA 3MP1A 4GIZA 3MWBA 1TWYA 1B05A 3FATA 2F34A 2OZZA 3HN0A 4GXAA 4FE8A 2UVJA 4H8JA 1MRPA 4IO5A 4WKMA 3RNNA 3KSXA 2DE4A 2R9JA 3I6VA 3H03A 3MZ9A 3FIRA 4R73A 2W7YA 4BDQA 3RLFE 1B32A 3EPEA 4ISUA 1I6QA 4JDFA 1O63A 3E9XA 1PB9A 5TP9B 3EHUA 2ZYMA 3CFXA 5EHSA 5TU0A 3S9NC 1T0KA 4G68C 2XX7A 5DYHA 2REGA 4F1UA 1ZKBA 3ECRA 4NWCA 1MPBA 1QJMA 3TEPA 1EH3A 2VOZA 5ISUA 1QKBA 3G3KA 1US4A 2ZNSA 3PUXE 3EHTA 4ONYA 2DWIA 1ZMGA 2NOOA 3M3FA 1UTBB 3UIFA 2AL5A 2ZMBA 5JTYA 5I84A 4HTGA 4OESA 4F3BA 1B46A 5AA3A 4KCCA 1NL5A 3TTKA 2GHAA 4ND9A 2XXQA 2HFBA 1LAXA 2D3IA 2Y7RA 1SQYA 2DE2A 4FIMA 3VVFA 4IB2A 4Q5TA 3UN6A 1SBPA 3F11A 1OIBA 3DM0A 2IEEA 4GFRA 4KD5A 1IIWA 3W9VA 1B3LA 1Y1ZA 2F7CA 2ESNA 3TTMA 1Y9UA 2UYEA 3MZ1A 5AA2D 3UK4A 3GLBA 4YU0A 3IOUA 1NKXA 4PFYA 2A5TA 5L8DA 2H5YA 3T93B 1A55A 5H8QA 4ZEFA 4IGTA 1M5FA 2QS1A 2FYIA 1AL3A 1PC3A 2OJTA 3CFLA 3SETA 2B3BA 3MVWA 2H9BA 1B52A 1A54A 3U93A 4UA8A 4YICA 2O68A 4UACA 2DVCA 3FD3A 1LLSA 2P0SA 5JTYB 3G3GA 3TCFA 1B2HA 3KBRA 2M8CA 1AH5A 3TFLA 1YAEA 3LR1A 4MFIA 1FTOA 4LVQA 5F1QA 1IEJA 3N6TA 3TTNA 4OFLA 3BFTA 4F2OA 4JB7A 3A3UA 5ELVA 3IO4A 3S4UA 1AIVA 2F36A 2QSXA 1B4ZA 4KR5A 4I62A 4JBZA 3PU5A 3A09A 4C0RA 4IY5A 3TPAA 4EQ7A 1YCJA 1Q1KA 4F3SA 4YZZA 1SW2A 3UORA 4XKRA 1FQBA 2Y7KA 3K02A 2FA7A 2A5TB 3QUFA 1N3XA 5H8QB 1JW1A 3Q26A 4QFLA 5CBSA 2Q89A 1B0LA 4TLMB 3BKIB 1N84A 1B9JA 4AB6A 3MAMA 1NFTA 4DLDA 4QFOA 3FXUA 1IQ7A 3O6IA 1B3EA 4I8CA 3VE1B 1DMBA 3ODBA 2H25A 3WAEA 4EF2A 5JEIA 5FHOA 1VFEA 4NF6A 1Y20A 4F1VA 4GVOA 1CE2A 4G8NA 3SEWA 1FQEA 1JVXA 1I6BA 4H65A 4F18A 1P1WA 5I59A 2XXUA 3C35A 1R1NA 3RTFB 4LZ5A 3G3HA 5KDTA 4ZE9A 2I4BA 2HQ0A 4KCDA 3MVZA 2VD3A 3CSBA 4IO6A 3V83A 4YMBA 4TOZA 3Q29A 3RPWA 2O7IA 2VP1A 1MY4A 4LUBA 3PD8A 4TLLB 3V8XB 4EQBA 2RC7A 2QPQA 1LFIA 2Z8DA 4IO2A 4ZE8A 4OZ9A 3TMGA 3OENA 2XXWA 3SDFA 4RXLA 1N7WA 1XT8A 1GV8A 5I58A 3FV2A 2HXWA 1WODA 4ZECA 4NF4A 2I6EA 3KEIA 2Q2CA 2XHDA 2BJJX 2H98A 4KHZE 4ESXA 1LFGA 4H8IA 4JWYA 1YTVA 1LCFA 5B7DA 1N7XA 5CC2A 1I69A 2O51A 4MBPA 4R6YA 3USDA 2I4CA 2Y7PA 4R9FA 1HSEA 2G29A 3TAJA 3FXQA 4NF6B 2GHBA 4RA1A 3T96B 4DCXA 3W9WA 4LZ7A 3C33A 3O97A 3K4UA 1USYH 3T9HB 1OLAA 2DSFA 3IB1A 4LA9A 5I59B 3K6XA 3KOSA 1S9TA 5KDTB 3E4RA 4IO4A 3G3JA 2F97A 1DPPA 3QIMA 3LUYA 1IXIA 1XVXA 2DQVA 4ZEIA 4GL0A 1JQFA 1BTJA 1FTLA 1IXGA 2PYYA 2V93A 1B5JA 2OWSA 4ESWA 1PB7A 1ZU0A 4DIGA 1MQJA 3PPRA 2P1SA 3KOTA 5I58B 5EYFA 3QAXA 4NF4B 1RKMA 3T22A 5CMBA 3O66A 1B7UA 3Q28A 3H6TA 1NNTA 1MXVA 2DP8A 4N6PA 4YB6A 2I58A 3U92A 4G4PA 3KN8A 4GQOA 4P11A 2DWJA 2R6GE 3HCQA 1RYOA 1D3KA 3L6GA 4I1DA 1MY2A 1SD3A 4PE5B 5TPAA 1PBQA 4RY1A 3O29A 5CM6A 1TFAA 3SKPA 4EDPA 1EU8A 5H8HA 4ECFA 2Q8JA 3BBRA 1B0HA 3MVXA 1MG1A 2DOJA 1VE4A 4JSOA 2AIXA 4N07A 2H4IA 3FV1A 1NNFA 4XKPA 3G7WA 1QKAA 1LB9A 4X1BA 1LBBA 4O3CA 3EHSA 3RQTA 1TXFA 4IO3A 1Z7ME 5ICQA 2ANJA 4DXUA 3ILTB 3OOAA 4OEUA 3OMBA 1LSTA 5H8FA 4I9DA 3K6UA 1SYIA 4OETA 4FEBA 3H4ZA 4O3AA 2HZKA 4YKKA 1D4NA 4G68A 1Y1MA 1LB8A 1B3HA 3S9EA 1ELJA 4NF5A 1SDXA 1DTGA 4DDDA 1IXCA 4F1YA 1GTKA 2P2AA 2RC9A 4HCWA 1F9BA 4QFKA 2UVHA 1QUIA 4OMBA 5HPQA 3OELA 4QSEA 3KZGA 5B70A 2QL3A 3K2DA 1MXUA 3TUSA 1ZJLA 3IK6B 3IR1A 4G8HA 5TPAB 2F6GA 1BKAA 3FJGA 4R2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PT1 A;  3FAS A;  2WBD A;  3N94 A;  1MPC A;  4JSD A;  5H8H B;  2AYS A;  4TQU Q;  1NUX A;  5AA4 A;  3C4M A;  5I2K A;  2KR0 A;  2NUV A;  1IMB A;  2O6A A;  3RPL A;  2D5W A;  3VFJ A;  3HV1 A;  1MM6 A;  3VXB A;  3H6U A;  4P0I A;  1H44 A;  3GZG A;  5FHM A;  5AE4 A;  4OVJ A;  1QUJ A;  1B4H A;  3T66 A;  3QK6 A;  4R6K A;  2THI A;  3VVE A;  4KYS A;  5KZT A;  2I48 A;  4YB7 A;  2Y7W A;  2ONR A;  5H8F B;  4RYA A;  3FVK A;  2ZZX A;  4RNS A;  1D9Y A;  4PFT A;  1L5T A;  3S9L C;  2QRY A;  1JEV A;  4NMY A;  5IGA A;  1GGG A;  4BLA A;  4ZZA A;  5IKB A;  5CMC A;  4MNI A;  2FVZ A;  1INP A;  4GXS B;  1ANF A;  3A3C A;  4Q8R A;  4F39 A;  2ALU A;  3OD7 A;  1NUW A;  3NOH A;  3TTL A;  3T1B A;  2WX9 A;  4OFJ A;  4G68 B;  2Y84 A;  2PBW A;  1MQI A;  4NG7 A;  4OEN A;  4QSD A;  1JET A;  3HHF A;  4NF5 B;  4THI A;  2RKM A;  4F31 B;  1II5 A;  2OK2 A;  1B6H A;  1EYK A;  1QVS A;  5ET5 A;  3OEM A;  1ZBM A;  2ZYK A;  5IZ1 A;  1A40 A;  2ZNU A;  3D4C A;  4LAT A;  2Z8E A;  2GRV A;  4ELO A;  4QXD A;  4DXC A;  2FIE A;  1DOT A;  4Z7E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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