4NTLA

Crystal structure of a lipoprotein, yaec family (ef3198) from enterococcus faecalis v583 at 1.80 a resolution
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
DKEITVAVQLESSKDILEIAKKEAEKKGYKINIMEVSDNVAYNDAVQHDEADANFAQHQPFMEMFNKEKKADLVAVQPIYYFAGGFYSKEYQDAKDLPENAKVGIPSDPTNEGRALAILNANGVIKLKEGVGFNGTVADVVENPKNITFESIDLLNLAKAYDEKDIAMVFCYPAYLEPAGLTTKDAILLEDKEASKHYALQVVTRKGEKDSEKIKVLKEAMTTKEVAEYIKKNSKGANIPAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a lipoprotein, YaeC family (EF3198) from Enterococcus faecalis V583 at 1.80 A resolution
rcsb
source organism Enterococcus faecalis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Lipoprotein, YaeC family
total genus 69
structure length 242
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ntlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ntlA02
3KOSA 1VFEA 5ITPA 1JW4A 4N6PA 2QSXA 2FYIA 2DE2A 3ILUB 4OHNA 1B2HA 5DEXA 1LGBC 3KG2A 5I58A 2DXYA 2ZYKA 4FEDA 3FATA 5I2KA 2ZMBA 2M8CA 1B40A 3N26A 2CZLA 1IEJA 1N0TA 1BIYA 3C4MA 3CFZA 3MPLA 1A54A 4DXBA 2DWJA 4KD5A 4MLQA 4YKPA 3TODA 5H8FA 3CR9A 3SEUA 2XXRA 2I49A 2ZNTA 2OCUA 5AA4B 3BBRA 4XKPA 1O63A 4RPOA 3DM0A 3R26A 3KEIA 1MY2A 5L9MA 3TCGA 1VR5A 2ONRA 1SW1A 1UTHB 2X7PA 3IB0A 5ITOA 3TQLA 3OO6A 4P0IA 1B32A 5I59B 5H8QB 1MPBA 3V89B 2QS3A 1FTKA 2Y7PA 1LAXA 3K02A 4RYAA 5H8NA 3K6WA 4ZEDA 5AA3A 2ESNA 3PUXE 1D9YA 1MPDA 4ZZEA 3SEXA 3TMGA 1MQIA 4BDQA 2QRYA 3H4ZA 4QSEA 1M5FA 2F6GA 4JXIA 4AQ4A 4OEUA 4F1VA 4UACA 2OK2A 2QJEA 4ZZAA 1LSTA 4NF5A 1I6BA 1AIVA 3VFJA 3FXUA 3FASA 4OZ9A 4OTEA 4ZEIA 2Y7KA 1N3WA 3I3VA 1EZ9A 4BDMA 4NF6B 1M5BA 1SW4A 3K0VA 1CE2A 1B9JA 2I0BA 2XHDA 3ILTB 4EXKA 2NXOA 4R9GA 3L6GA 4XKQA 2ZYOA 4G8HA 4LZ5A 2QS2A 2I3VA 4LA9A 2RKMA 2Y7WA 4JBZA 2B3FA 3ZKLA 1JETA 1POY1 4MBPA 3LR1A 3IR1A 1D4NA 1A40A 1OLAA 3ECRA 2OBGA 3EF7A 5CM6A 1ZJLA 1Y3PA 2H25A 3DP4A 2Z23A 3Q25A 4EQ7A 1QULA 1R9QA 1UIVA 2WKYA 3PD8A 3CRBA 3K6XA 1VE4A 2Z8EA 2ALUA 3LC8A 3MWBA 4TLMB 3FXQA 3IB1A 5H8HB 3VLVA 4F39A 4LQ5A 1J1NA 1MH4A 1OLCA 1SBPA 3CG3A 3FZVA 1H76A 2I0CA 2XX8A 3KGCA 1MXXA 5BWJA 3BFUA 1Q35A 4Q30B 3HSTA 1GVCA 1XVYA 1M5EA 1Y4TA 2A5TA 1KWHA 5H8HA 2X26A 3TKDA 4I62A 3ZKKA 4E0WA 2H5YA 1PDAA 4UA8A 3RPWA 1Z7NE 1SYIA 4X48A 4EF1A 3KBRA 3P7IA 4RPNA 3T9VA 4U4SA 3VDFA 1D9VA 4BDOA 3PGFA 5FTHA 2NVUB 1B5HA 2KLFA 2QMXA 3LSXA 1H43A 1HSEA 2B3BA 2XD2A 4MLVA 4YMBA 2LAOA 3GZGA 1AL3A 3VVEA 1TWYA 4X9TA 5F1QA 3K1NA 2V3UA 3LSFB 4RK2A 1LCFA 3QUFA 2W7YA 3D4CA 1B3LA 5FHOA 2XXVA 4F1UA 1HSLA 3MUQA 4DXCA 4WKMA 4F3GA 4H5GA 5HM4B 3KZGA 4M1VA 3IORA 4F3SA 3W9WA 1B5JA 1OMPA 1S7YA 2ZNSA 4HS7A 3OO9A 1DOTA 2VGQA 1A99A 4EF2A 2Q88A 5IAIA 4NF5B 1NFTA 2HEUA 1QVSA 3EQ1A 4NWDA 4R2BA 5CMBA 3U93A 4ESXA 1P1WA 2DWIA 3FJGA 4KCCA 3PMWA 1M5CA 4U1OA 3IOWA 1H3DA 4F1YA 1FTLA 5I2NB 3VE1B 1ZBMA 5L8DA 3RUMA 2REGA 4P0GA 2OWSA 1VFDA 2QPQA 2HAVA 1MXVA 3C32A 4MFIA 2REJA 5H8QA 1QKBA 3E4RA 2O1MA 3MP6A 4F3BA 4KR5A 5TU0A 3TTRA 2AIXA 4U23A 2HZKA 1JW1A 2F8DA 1Y4CA 4U2RA 4XKNA 5AA4A 1EZOA 4YU0A 2I4CA 3TQWA 4G68A 3Q28A 2DOJA 3EHTA 2VD2A 3AXFA 4H65A 2VD3A 5CMKA 1SQYA 1ANFA 5KCJB 4E0XA 4GL0A 5L9OA 3HHFA 5LOMA 3UORA 1NL5A 2XX7A 4GD5A 3KJTA 2ZXTA 3FJMA 1FQEA 3MW0A 4U4XA 1B5IA 3RT8A 1D3KA 1I69A 4H0WA 3ZSFA 3RY3A 4AB5A 3LSLA 1NNTA 2I6EA 2V25A 3H6TA 4IB2A 4IO2A 1FTMA 3SEYA 1B1XA 3A09A 3RQTA 5DEXB 3S9LC 4PFYA 4BDNA 1IXGA 1B4ZA 2O69A 3G7WA 1TT1A 4H1XA 2NWJA 1B51A 1LFHA 2Q8JA 3IO6A 5K2XA 2I4BA 5DT6A 3SETA 3UK4A 1LBBA 1Y20A 2O68A 1LB8A 3RT6B 4KYDA 5KCJA 4QFKA 3UP9A 5AA2A 1FQBA 1XS5A 1QJMA 4LONB 1OIBA 2UXAA 4R6YA 1QUKA 4KQPA 1SW5A 5EHMA 3TFLA 1PEBA 3TTKA 4FECA 5AA1A 2GHBA 1LAGE 5HPQA 1MQJA 3PUVE 4GWOA 3IL1B 1POTA 1I6AA 3FXRA 3IOUA 2AYSA 4IY6A 4LQ2A 3VVDA 2DWAA 4HCWA 3H03A 4G4PA 2XXTA 1LLSA 2Z8FA 3FVNA 2PYYA 1B4HA 4QSDA 4PFUA 1LAFE 1MQDA 4ZE9A 3W15C 4GLIA 4JWYA 3ZS6A 3IK6B 3TUSA 3R6UA 2Y7IA 4XKRA 1I6QA 2DS9A 4JB7A 1LFIA 2RINA 3BKIB 3H6VA 4U21A 4BLAA 3ONMA 2E1SA 3SKPA 3CFLA 4F18A 3HCQA 2YPNA 2IEEA 3MVWA 4NMYA 3OELA 3HHGA 1IXHA 4OEVA 4OETA 3VXBA 2OZZA 4O3CA 1JEUA 1N84A 2HCAA 1SD3A 4OFLA 2R9JA 3T96B 3MZ1A 1UTBB 2DP8A 1Y1ZA 1B46A 2F7AA 2F97A 3OMBA 5ICQA 3IOVA 3EHSA 4GRKA 1DTGA 4IGTA 4IGRA 3IB2A 5DVJA 3SEVA 2F5XA 1MM6A 2FA7A 1UIUA 2O6AA 4YMAA 4H8IA 4G68B 1IXIA 1GGGA 1UQWA 1MXYA 2RF1A 1ZLQA 3B6TA 3DLNA 1P1UA 3GBAA 4O3AA 4Q0CA 4QFLA 3OEKA 3HPIA 4Q5TA 4GL8A 3DP6A 4QFPA 5TP9B 2ONSA 4R72A 4U1ZA 2ANJA 4ELRA 2B65A 3OEMA 1SYHA 1TXFA 5KDTB 4O3BA 3RLFE 3U94A 3FUZA 1B3FA 1YCJA 2VP1A 1R9LA 1NH7A 1H44A 3PPPA 5DTBA 1FQDA 3CG1A 3TELA 4F2QA 3MAMA 1MY3A 3EPEA 5B70A 3T9XB 2A5TB 2XXHA 4LVQA 2R6GE 4R6HA 4DXUA 5I2NA 3S9EA 3Q29A 1A55A 3PV0E 2O84X 4FE8A 3SEWA 4FATA 3T22A 1LCTA 3RTFB 1N7XA 3FVKA 2Q89A 1PB8A 4IO3A 3CSGA 4ELOA 3U72A 4P11A 1FCKA 3MVYA 4EQBA 5ICTA 1Y3NA 2Y7RA 3QYTA 3RNNA 1US5A 4F2OA 3HV1A 2QL3A 2RC7A 2XXYA 4G68C 4IO7A 4YB7A 1BKAA 3FV1A 3IX1A 3OENA 1US4A 4GIZA 4XTCQ 5F7VA 3T9UA 4WEPA 4GF8A 4OESA 1MXUA 1B3GA 2PX1A 2Z8DA 4R75A 4EQ9A 1VSOA 2XXQA 1QUJA 1O7TA 4THIA 1XVXA 2CMOA 5J1DA 1LAHE 4ELPA 1MQGA 3MP1A 3QIMA 2H99A 4GVOA 4XIGQ 3VLUA 2V93A 5B7DA 4ZEKA 3MPKA 4H8JA 4ECFA 3PUWE 2RC8A 4OERA 4R74A 2ZYNA 2ONKE 3C34A 2OWTA 5JTYB 4TLLB 5EHSA 2NUVA 1PBQA 2VOZA 4ZE8A 3KSXA 1B52A 3S4UA 3UIFA 1IXCA 4MH5A 3K1MA 3E9XA 2IA4A 2R71A 3THIA 3A3UA 2HZLA 5DVFA 1OVBA 1EH3A 3DELB 3KN8A 4OMBA 4C1TA 2HFBA 3USDA 3U1OA 3MP8A 4OQOA 1PB7A 1YPNA 1ZTYA 1SI1A 4R73A 1EZPA 1GV8A 3V83A 1ATGA 1B7UA 1N3XA 1B0HA 1CB6A 1R1NA 1SVXB 2H9BA 2P2AA 4K3FA 1YAEA 1B6HA 2P0SA 3IJOB 3RGYA 5IKBA 1QW0A 3H6UA 3M3FA 4LATA 1MG1A 4N07A 2DE4A 3E3KA 3TTMA 3MC2A 1LBCA 3K6VA 4WXJA 1B1HA 1IZ1A 1UTHA 5KZTA 5TP9A 3TTLA 1FTOA 4GXAA 2X7QA 4POXA 3T93B 3C31A 5CI5A 3JV9A 4G77A 1FQFA 4X1DA 4FJPA 3C35A 3O28A 2QS4A 3CI8A 1NMUA 5JK4A 4AB6A 1MQHA 1N04A 4OENA 3GXAA 3T66A 3N94A 3OOAA 4QFNA 3TCFA 3VV5A 3VXCA 4F19A 3S9MC 1Y1MA 3K4UA 3PPRA 3KN3A 5H8SA 1B05A 2Y84A 3O29A 3PUZE 3K6UA 3KJ7A 4H5FA 1S9TA 3B6QA 3K2DA 3M8UA 2F36A 1A7LA 1P1NA 4I8CA 1A8FA 4C1UA 3HN0A 2AL4A 3N6TA 5I84A 4KYSA 5TPAB 1ZMGA 3VLWA 4Z7EA 2F6PA 4POWA 4PFTA 4NF8B 3MZBA 1ZKBA 4GOTA 1YTVA 2G29A 1SI0A 1Z7ME 2ABHA 3H6WA 3V5AA 1NNFA 3KN7A 4R2FA 4RY1A 4ESWA 4QF9A 2D21A 3K01A 4GXSB 5H8NB 4ONYA 2O1LA 3O6IA 2OJTA 4H6DA 5CC2A 4F3PA 1JQFA 4IO5A 4DE8A 3N6UA 5CBSA 4G8MA 1SDXA 1MS7A 4KPTA 1A8EA 1MY4A 4JSOA 4RK9A 4DIGA 3B7DA 2G93A 3CVGA 3PPNA 2PMSA 1IUDA 4JDFA 1B58A 2PBWA 5I58B 2QS1A 2O7UA 1II5A 2RCBA 1P1OA 4PP0A 5ISUA 4HTGA 4YB5A 3MZ9A 5DYHA 5H8FB 1Q1KA 4XXUA 5AA2B 1NNKA 4R9FA 3C33A 2F7BA 1TFDA 3MQ9A 2Q2AA 2DYXA 4KYEA 2DXRA 3FVGA 3G3IA 1MH3A 2DE3A 2I3WA 4RNSA 4ELQA 3VVFA 2GH9A 4LP2B 4NF8A 2F78A 1GR2A 4F29A 1MY0A 2V84A 1MRPA 1R6ZA 4NEDA 4OYVA 5EYFA 5TPAA 3TZAA 4X1BA 1B3EA 3S9NC 3KFMA 1Y9UA 3OO7A 4YAHX 3FVOA 5FTIA 1FQCA 1MDQA 2BJJX 3PUYE 1B7ZA 4ND9A 1JVXA 4FIMA 2HXWA 3FIRA 3IJXB 1MM7A 4G8NA 4OFOA 3GBBA 1JEVA 4IY5A 1URSA 1ELJA 3LBSA 1QUIA 1QKAA 2F35A 2A5SA 3PMXA 1NH8A 3PPQA 4BDLA 2O51A 2XXIA 4DCYA 1MY1A 1IIWA 5DVIA 2XD3A 4JSDA 4NF4B 1TFAA 3OSQA 1S50A 1XT8A 3W9VA 5AA2D 1Y3QA 4EXLA 2DSFA 1P1QA 3QSLA 1P99A 3H06B 3I6VA 1AH5A 1RYXA 1USYE 3IOTA 3OXNA 5M2VA 2THIA 3UN6A 1B3HA 1OQHA 1USYH 1WDNA 3IAZA 5ELVA 5K2YA 1AOVA 3O97A 3OO8A 3RTWB 4L17A 3C36A 3O66A 1SW2A 3G3JA 1ZIUA 3Q27A 4FORA 5I57A 3TEPA 3TYHA 3B6WA 3OSRA 4NE4A 1DPPA 1DTZA 2XXXA 3O6GA 4YICA 3G3HA 2UVGA 2XX9A 4DLDA 4QRZA 2V3QA 2FNCA 1AMFA 3WAFA 3BFTA 1HSJA 4N13A 1WVJA 2Q2CA 4C0RA 5AE4A 2V3TA 3G3FA 3PD9A 2AL5A 1DSNA 1XC1A 3PPOA 2NOOA 1BP5A 1BTJA 1MXZA 2DVZA 4RA1A 1JW5A 4F31B 2UYFA 5A5XA 4YKJA 5JTYA 3E13X 3QAXA 1F9BA 3MJNA 3CIJA 4QSCA 4G2ZA 1FW0A 1JNFA 3TPAA 1DPEA 5I56A 1DMBA 1EU8A 1L5TA 1NKXA 2UVHA 4JWOA 4F22A 5I56B 1B7HA 3U8QA 3H3GA 1IQ7A 4Z0IA 5CMCA 3LUYA 3RN8A 3C9HA 2HAUA 4DZ1A 5BUUA 4LUBA 3FJ7A 2UYEA 3Q26A 3TCHA 4PETA 4EUOA 1MPCA 3IO4A 4YKKA 4KI0E 2XXUA 1T0KA 4PE5B 3QXMA 4QFOA 2DVCA 1LB9A 2I48A 1GTKA 3KOTA 1WODA 3O2AA 2PT1A 3R7XA 2Q9TA 2D5WA 4QHQA 3K1PA 3TTNA 2ZNUA 3O9PA 3EHUA 4M4GA 4YKIA 2RCAA 3A3CA 4TQUQ 1PC3A 4LZ7A 3CSBA 3F11A 3KSJA 1JVYA 4JWXA 5CRYA 2H98A 5HBCA 4FAJA 2UVJA 3G3KA 2PT2A 3TDJA 5KDTA 3FGSA 2HQ0A 3SDFA 3WAEA 4BDRA 3OD7A 3CFXA 3HO7A 4FEBA 4GFRA 1URDA 4R6KA 2F34A 4H67A 1N76A 3PMVA 3S2VA 4IO6A 2O7IA 1XOCA 3SERA 3U92A 2VHAA 5L9SA 3SESA 3DP8A 2YLNA 3L6HA 5A5XB 1O64A 4YZZA 2Z22A 4OWDA 4PFWA 2P1SA 3JZJA 3I5OA 4MF3A 4NF6A 1UTBA 2D3IA 3EN3A 4NWCA 1N7WA 1PB9A 3M3KA 3MVXA 4U22A 3UGWA 3N5LA 4RJZA 4RXLA 4ISUA 1MDP1 1BLFA 2GFEA 3O6HA 3V8XB 3GLBA 1B0LA 1NNPA 4KFQA 5I57B 3K00A 4OXVA 1XHYA 2XXWA 3PU5A 2RC9A 2DWHA 1URGA 5FHMA 3H7MA 4KHZE 1IITA 3G3GA 2UVIA 3ODBA 1ZU0A 2F7CA 3MVZA 4IO4A 4ZEFA 4DCXA 4HCYA 2GRVA 4GQOA 4I1DA 5I59A 3QK6A 2GHAA 3FD3A 4NTLA 4TOZA 3FV2A 5CMMA 2I58A 2XXPA 4LZ8A 2YJPA 4PQJA 4ZEBA 1RYOA 4NF4A 3T9HB 3TAJA 2OLBA 4OFJA 4EDPA 5CBRA 1M5DA 2QMWA 4ZECA 1PBPA 4Q8RA 1LFGA 3LSWA 1MXWA 1OQGA 4I9DA 3QUJA 4YB6A 5FHNA 3UA8A 5JEIA 1FQAA 3D4GA 4WEDA 3MBPA 4OVJA 2E0SA 2H4IA 3M3LA 4KCDA 1FTJA 4ZS9A 4DDDA 1OVTA 4HW8A 2PVUA 3JYRA 4ZDMA 5I2KB 2DQVA 1H45A 2ZYMA 1RKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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