4NUCA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ms435 inhibitor
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Structure-Guided Design of Potent Diazobenzene Inhibitors for the BET Bromodomains
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nucA01
5CQTA 5HELA 4Z6HA 5A83A 4YH3A 4PY6A 5ETBA 3SVGA 4MEQA 4A9IA 5EGUA 5D3LA 2DWWA 4MENA 5ENCA 4A9FA 2RI7A 4IOQA 4XY9A 5FG5A 5C8GA 4IOOA 4QSXA 4MR4A 5DKDA 2OUOA 5FE3A 4X2IA 3U5PA 2I8NA 5EISA 5EWCA 5F5ZA 4CUPA 2H60A 5LUUA 1WUMA 4ALGA 1JSPB 5FH8A 5LVRA 5ENJA 5DX4A 5C87A 5CGPA 5FE6A 2E7OA 5E74A 4O76A 2E3KA 5I89A 4IORA 4Q0OA 4N3WA 5CUBA 5EA1A 4YYMA 2F6JA 5EM3A 2RNXA 4IR5A 5CUDA 4YBMA 4XY8A 5II2A 4J3IA 4YABA 4O72A 4J1PA 5ENFA 4AKNA 5I40A 5HRVA 3G0JA 5E9LA 4UIYA 4XUBA 5D3RA 5EWWA 5DLZA 2I7KA 5F1LA 5EP7A 4HXPA 5FE4A 5DFBA 3LQIA 4CFLA 5FE0A 5L8TA 4QSWA 5FFWA 4HBYA 4UIXA 2DVSA 3I3JA 4NR5A 4YC9A 4OGIA 5FB1A 4QC3A 5KHMA 3S92A 5F3AA 5F62A 3UVYA 5KTUA 4QC1A 3O36A 5BT5A 4O78A 5ENEA 4LZRA 5D0CA 3HMFA 4TU6A 4KCXA 5CQ3A 3AQAA 5EWHA 3IU6A 4NUEA 5AMFA 4YYNA 5H1UA 5C85A 2RS9B 4NYWA 4YYHA 5E7DA 4Z6IA 5FBXA 5D26A 4NUDA 4O70A 2R0YA 2R0SA 4GPJA 4QB3A 4KV1A 3FKMX 5CQ8A 4NXJA 5FFVA 4CL9A 5HFRA 1WUGA 4HXRA 5CUEA 3U5OA 4LZSA 4NRCA 3DWYA 3UVDA 4NYXA 5HLSA 5A5RA 4HXKA 5F2PA 4O74A 5FFYA 2NXBA 3ZYUA 4CUSA 4ZW1A 2OSSA 3JVJA 5EWVA 3AADA 5L98A 4LYSA 4LYIA 5IIDA 4HXNA 5D7XA 4UIUA 4LR6A 5G4RA 5CQ7A 4LZ2A 5IG6A 5HJCA 5F63A 5I7XA 4MR6A 2D82A 5L96A 4MEPA 2YQDA 5CQ5A 5D25A 5D3JA 5IGKA 5KTXA 5D3PA 5HENA 4TU4A 4QNSA 4J0RA 5CZGA 3JVMA 5CP5A 5LKTA 5IGMA 5DW1A 5CY9A 3MB4A 5CUGA 5LKZA 4QSVA 2OO1A 5ENHA 4FLPA 4A9HA 2FSAA 3DAIA 5E0RA 5FG4A 4NRAA 5E9KA 4BHWA 4Z1QA 2KTBB 1JM4B 2L84A 3UV5A 5CTLA 5F25A 4YY4A 4TTEA 2YEMA 5HQ7A 2E7NA 4YY6A 2DATA 4QYDA 2YELA 4O7AA 5IBNA 5DLXA 5I7YA 4QSSA 3LXJA 5A5QA 5A85A 4A9KA 4J0SA 5DKCA 4QSQA 5L99A 4YAXA 4O71A 5IGNA 4WHUA 4PKLA 5TB6A 5E3DA 5ENGA 4ZQLA 4XYAA 4UYDA 5EWDA 5CPEA 1N72A 4Q0NA 3UVXA 5H1TA 5HRXA 2RO1A 5E3GA 3QZVA 5DYUA 5IGLA 5K29A 4YBSA 5DFCA 5DKHA 5AMEA 4YYJA 4LYWA 5EU1A 4YYGA 5I1QA 5KU3A 5KTWA 5ACYA 4Y03A 5CQ4A 4CLBA 3SVHA 2WP2A 5FE2A 4O77A 3SVFA 5C89A 4QR3A 4CUUA 5DYCA 4A9NA 4C67A 5EPSA 5EV9A 5BT4A 2YDWA 5CUCA 4OUFA 4UIZA 3MB3A 4WHWA 4UYHA 5A5NA 5CS8A 3P1DA 5I88A 5LKXA 5HQ5A 4O7FA 4LDFA 4WIVA 5FE9A 3IU5A 5E9VA 4QY4A 5H85A 5FDZA 4IR6A 3G0LA 4ZC9A 5DY7A 5A81A 5EPBA 5E9IA 4HBXA 4OGJA 5FH7A 4KV4A 5DYXA 4YH4A 1X0JA 4UYGA 4Z1SA 2L5EA 3Q2FA 4NR4A 4A9OA 5II1A 4Z93A 5A5PA 5A5SA 5LJ0A 3JVLA 4TZ2A 2R0VA 2DKWA 5FB0A 5HM0A 5DFDA 4YBTA 5E73A 4O75A 4ALHA 5C7NA 5I83A 5EICA 2F6NA 4PS5A 4A9JA 4NS5A 3UVWA 4A9MA 4CUQA 4QSUA 3LJWA 5D3TA 4HXSA 2L85A 5ENIA 2DVQA 5FE8A 5DBMA 4A9LA 5BT3A 4QSRA 4QYLA 5A7CA 3O37A 2WP1A 5C4QA 5HEMA 3P1FA 3TLPA 4QSPA 4HXLA 4NR7A 4TQNA 3U5KA 4NYVA 5DW2A 5D3NA 5HFQA 5TCMA 5JWMA 5CQAA 4NQNA 3O34A 5HQ6A 3O33A 4O7BA 4CUTA 3O35A 1ZS5A 4LRGA 4RVRA 2LSPB 3K2JA 3QZTA 4TT4A 3LQJA 3MQMA 4N4FA 5D3SA 5CUAA 5ENBA 2MJVB 5I80A 5G4SA 5LJ1A 4MR5A 4XUAA 4TYLA 3NXBA 2N9GA 5F1HA 5H1VA 4MEOA 4UIWA 1F68A 4YYIA 4QEVA 3RCWA 3UW9A 4N4IA 5F61A 4TS8A 5FE1A 3MUKA 5EPRA 4YYKA 3P1EA 4DONA 4PCEA 2RFJA 3MULA 4YATA 4QEWA 5FE5A 5HRWA 3QZSA 2YW5A 3GG3A 4F3IA 4BW3A 5I86A 4BW2A 5FH6A 5F36A 4QZSA 4UIVA 5CQ6A 4UYFA 3UV2A 3HMHA 3U5JA 3JVKA 3U5LA 4IR3A 4C66A 3P5OA 5F60A 5L8UA 4PTBA 4IR4A 5LVQA 4YADA 4BW1A 5FE7A 5CU8A 4QBMA 5A82A 4UYEA 5AD2A 5J0DA 5ETDA 4HBVA 4TZ8A 4NR8A 3U5MA 4HXMA 2RNYA 4NQMA 5D3HA 4QUTA 4N4GA 5A5OA 5LJ2A 5I29A 5L97A 4YK0A 2G4AA 4N4HA 3MXFA 3P1CA 5CRMA 2DVVA 4TT2A 3U5NA 3HMEA 4BW4A 4O7CA 5D24A 5CFWA 5KO4A 4LC2A 1EQFA 5EI4A 5CRZA 5COIA 4MR3A 5HCLA 4CURA 3LQHA 4PCIA 4E96A 4BJXA 5JI8A 4NR6A 2YYNA 4QUUA 2R10A 5E9YA 3Q2EA 4TT6A 3ONIA 2YEKA 4NRBA 4QEUA 4NR9A 5EK9A 2D9EA 4UYFB 1E6IA 5AD3A 5FG6A 5LKUA 3D7CA 2DVRA 4QR5A 4UITA 5DYAA 3UV4A 4CFKA 4A9EA 4YYDA 4QSTA 5E9MA 4NUCA 4O7EA 4HBWA 5EVAA 2GRCA 2RNWA 4QR4A 3S91A 4HXOA 5EQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CQTA 5HELA 4Z6HA 5A83A 4YH3A 4PY6A 5ETBA 3SVGA 4MEQA 4A9IA 5EGUA 5D3LA 2DWWA 4MENA 5ENCA 4A9FA 2RI7A 4IOQA 4AKHA 4XY9A 5FG5A 5C8GA 4IOOA 4QSXA 4MR4A 5DKDA 2OUOA 5FE3A 4X2IA 3U5PA 2I8NA 5EISA 5EWCA 5F5ZA 4CUPA 2H60A 5LUUA 1WUMA 4ALGA 1JSPB 5FH8A 5LVRA 5ENJA 5DX4A 5C87A 5CGPA 5FE6A 2E7OA 5E74A 4O76A 2E3KA 5I89A 4IORA 4Q0OA 4N3WA 5CUBA 5EA1A 4YYMA 2F6JA 5EM3A 2RNXA 4IR5A 5CUDA 4YBMA 4XY8A 5II2A 4J3IA 4YABA 4O72A 4J1PA 5ENFA 4AKNA 5I40A 5HRVA 3G0JA 5E9LA 4UIYA 4XUBA 3D1DA 5D3RA 5EWWA 5DLZA 2I7KA 5F1LA 5EP7A 4HXPA 5FE4A 5DFBA 3LQIA 4CFLA 5FE0A 5L8TA 4QSWA 5FFWA 4HBYA 4UIXA 2DVSA 3I3JA 4NR5A 4YC9A 4OGIA 5FB1A 4QC3A 5KHMA 3S92A 5F3AA 5F62A 3UVYA 5KTUA 4QC1A 3O36A 5BT5A 4O78A 5ENEA 4LZRA 5D0CA 3HMFA 4TU6A 4KCXA 5CQ3A 3AQAA 5EWHA 3IU6A 4NUEA 5AMFA 4YYNA 5H1UA 5C85A 2RS9B 4NYWA 4YYHA 5E7DA 4Z6IA 5FBXA 5D26A 4NUDA 4O70A 2R0YA 2R0SA 4GPJA 4QB3A 4KV1A 3FKMX 5CQ8A 4NXJA 5FFVA 4CL9A 5HFRA 1WUGA 4HXRA 5CUEA 3U5OA 4LZSA 4NRCA 3DWYA 3UVDA 4NYXA 5HLSA 5A5RA 4HXKA 5F2PA 4O74A 5FFYA 2NXBA 3ZYUA 4CUSA 4ZW1A 2OSSA 3JVJA 5EWVA 3AADA 5L98A 4LYSA 4LYIA 5IIDA 4HXNA 5D7XA 4UIUA 4LR6A 5G4RA 5CQ7A 4LZ2A 5IG6A 5HJCA 5F63A 5I7XA 4MR6A 2D82A 5L96A 4MEPA 2YQDA 5CQ5A 5D25A 5D3JA 5IGKA 5KTXA 5D3PA 5HENA 4TU4A 4QNSA 4J0RA 5CZGA 3JVMA 5CP5A 5LKTA 5IGMA 5DW1A 5CY9A 3MB4A 5CUGA 5LKZA 4QSVA 2OO1A 5ENHA 4FLPA 4A9HA 4AI6A 2FSAA 3DAIA 5E0RA 5FG4A 4NRAA 5E9KA 4BHWA 4Z1QA 3VKGA 2KTBB 1JM4B 2L84A 3UV5A 5CTLA 5F25A 4YY4A 4TTEA 2YEMA 5HQ7A 2E7NA 4YY6A 2DATA 4QYDA 2YELA 4O7AA 5IBNA 5DLXA 5I7YA 4QSSA 3LXJA 5A5QA 5A85A 4A9KA 4J0SA 5DKCA 4QSQA 5L99A 4YAXA 4O71A 5IGNA 4WHUA 4PKLA 5TB6A 5E3DA 5ENGA 4ZQLA 4XYAA 4UYDA 5EWDA 5CPEA 1N72A 4Q0NA 3UVXA 5H1TA 5HRXA 2RO1A 5E3GA 3QZVA 5DYUA 5IGLA 5K29A 4YBSA 5DFCA 5DKHA 5AMEA 4YYJA 4LYWA 5EU1A 4YYGA 5I1QA 5KU3A 5KTWA 1ZKRA 4Y03A 5CQ4A 5ACYA 4CLBA 3SVHA 2WP2A 5FE2A 4O77A 3SVFA 5C89A 4QR3A 4CUUA 5DYCA 4A9NA 4C67A 5EPSA 5EV9A 5BT4A 2YDWA 5CUCA 4OUFA 4UIZA 3MB3A 4WHWA 4UYHA 5A5NA 1PUOA 5CS8A 3P1DA 5I88A 5LKXA 5HQ5A 4O7FA 4LDFA 4WIVA 5FE9A 3IU5A 5E9VA 4QY4A 5H85A 5FDZA 4IR6A 3G0LA 4ZC9A 5DY7A 5A81A 5EPBA 5E9IA 4HBXA 4OGJA 3ERRA 5FH7A 4KV4A 5DYXA 4YH4A 1X0JA 4UYGA 4Z1SA 2L5EA 3Q2FA 4NR4A 4A9OA 5II1A 4Z93A 5A5PA 5A5SA 5LJ0A 3JVLA 4TZ2A 2R0VA 2DKWA 5FB0A 5HM0A 5DFDA 4YBTA 5E73A 4O75A 4ALHA 5C7NA 5I83A 5EICA 2F6NA 4PS5A 4A9JA 4NS5A 3UVWA 4A9MA 4CUQA 4QSUA 3LJWA 5D3TA 4HXSA 2L85A 5ENIA 2DVQA 5FE8A 5DBMA 4A9LA 5BT3A 4QSRA 4QYLA 5A7CA 3O37A 2WP1A 5C4QA 5HEMA 3P1FA 3TLPA 4QSPA 4HXLA 4NR7A 4TQNA 3U5KA 4NYVA 5DW2A 5D3NA 5HFQA 4AKGA 5TCMA 5JWMA 5CQAA 4NQNA 3O34A 5HQ6A 3O33A 4O7BA 4CUTA 3O35A 4LRGA 1ZS5A 4RVRA 2LSPB 3K2JA 3QZTA 4TT4A 3LQJA 3MQMA 4N4FA 5D3SA 5CUAA 5ENBA 2MJVB 5I80A 5G4SA 5LJ1A 4MR5A 4XUAA 4TYLA 3NXBA 2N9GA 5F1HA 5H1VA 4MEOA 4UIWA 1F68A 4YYIA 4QEVA 3RCWA 3UW9A 4N4IA 5F61A 4TS8A 5FE1A 3MUKA 5EPRA 4YYKA 3P1EA 4DONA 4PCEA 2RFJA 3MULA 4YATA 4QEWA 5FE5A 5HRWA 3QZSA 2YW5A 3GG3A 4F3IA 4BW3A 5I86A 4BW2A 5FH6A 5F36A 4QZSA 4UIVA 5CQ6A 4UYFA 3UV2A 3HMHA 3U5JA 3JVKA 3U5LA 4IR3A 4C66A 3P5OA 5F60A 5L8UA 4PTBA 4IR4A 5LVQA 4YADA 4BW1A 5FE7A 5CU8A 4QBMA 5A82A 4UYEA 5AD2A 5J0DA 5ETDA 4HBVA 4TZ8A 4NR8A 3U5MA 4HXMA 2RNYA 4NQMA 5D3HA 4QUTA 4N4GA 5A5OA 5LJ2A 5I29A 5L97A 4YK0A 2G4AA 4N4HA 3MXFA 3P1CA 5CRMA 2DVVA 4TT2A 3U5NA 2EJNA 3HMEA 4BW4A 4O7CA 5D24A 5CFWA 5KO4A 4LC2A 1EQFA 5EI4A 5CRZA 5COIA 4AKIA 4MR3A 5HCLA 4CURA 3LQHA 4PCIA 4E96A 4BJXA 5JI8A 4NR6A 2YYNA 4QUUA 2R10A 5E9YA 3Q2EA 4TT6A 3ONIA 2YEKA 4NRBA 4QEUA 4NR9A 3D1BA 5EK9A 2D9EA 4UYFB 1E6IA 5AD3A 5FG6A 5LKUA 3D7CA 2DVRA 4QR5A 4UITA 5DYAA 3UV4A 4CFKA 4A9EA 4YYDA 4QSTA 5E9MA 4NUCA 4O7EA 4HBWA 5EVAA 2GRCA 2RNWA 4QR4A 3S91A 4HXOA 3VKHA 5EQ1A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CQT A;  5HEL A;  4Z6H A;  5A83 A;  4YH3 A;  4PY6 A;  5ETB A;  3SVG A;  4MEQ A;  4A9I A;  5EGU A;  5D3L A;  2DWW A;  4MEN A;  5ENC A;  4A9F A;  2RI7 A;  4IOQ A;  4XY9 A;  5FG5 A;  5C8G A;  4IOO A;  4QSX A;  4MR4 A;  5DKD A;  2OUO A;  5FE3 A;  4X2I A;  3U5P A;  2I8N A;  5EIS A;  5EWC A;  5F5Z A;  4CUP A;  2H60 A;  5LUU A;  1WUM A;  4ALG A;  1JSP B;  5FH8 A;  5LVR A;  5ENJ A;  5DX4 A;  5C87 A;  5CGP A;  5FE6 A;  2E7O A;  5E74 A;  4O76 A;  2E3K A;  5I89 A;  4IOR A;  4Q0O A;  4N3W A;  5CUB A;  5EA1 A;  4YYM A;  2F6J A;  5EM3 A;  2RNX A;  4IR5 A;  5CUD A;  4YBM A;  4XY8 A;  5II2 A;  4J3I A;  4YAB A;  4O72 A;  4J1P A;  5ENF A;  4AKN A;  5I40 A;  5HRV A;  3G0J A;  5E9L A;  4UIY A;  4XUB A;  5D3R A;  5EWW A;  5DLZ A;  2I7K A;  5F1L A;  5EP7 A;  4HXP A;  5FE4 A;  5DFB A;  3LQI A;  4CFL A;  5FE0 A;  5L8T A;  4QSW A;  5FFW A;  4HBY A;  4UIX A;  2DVS A;  3I3J A;  4NR5 A;  4YC9 A;  4OGI A;  5FB1 A;  4QC3 A;  5KHM A;  3S92 A;  5F3A A;  5F62 A;  3UVY A;  5KTU A;  4QC1 A;  3O36 A;  5BT5 A;  4O78 A;  5ENE A; 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