4NWDA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand-binding domain in complex with the agonist (2s,4r)-4-(3-methylamino-3-oxopropyl)glutamic acid at 2.6 a resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
NRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRGSGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular Recognition of Two 2,4-syn-Functionalized (S)-Glutamate Analogues by the Kainate Receptor GluK3 Ligand Binding Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 3
total genus 78
structure length 254
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nwdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nwdA02
1OQGA 1OQHA 3DELB 3RY3A 2O68A 5I2NA 1HSJA 2A5TB 2H25A 3BBRA 4F29A 3MC2A 4EXKA 5L9OA 3MVZA 5I59B 2QRYA 2Z22A 4U23A 4Q8RA 4ZZAA 4ECFA 3E4RA 3E3KA 3K01A 3Q26A 1AMFA 1YCJA 4HS7A 4OZ9A 2Y7PA 4GFRA 1IITA 1SW1A 2XX7A 4KI0E 5L8DA 3TCHA 4AQ4A 2ZMBA 4KR5A 4NMYA 3H3GA 1O7TA 3TTMA 1FTLA 4OEUA 4U1OA 1O64A 3PUXE 3HSTA 1B3GA 1SI0A 1B4ZA 2Q2CA 2UVJA 4JWXA 4U4SA 4PFYA 2NVUB 2QS3A 4G2ZA 2V25A 2F7CA 3M3KA 3TCFA 2GHAA 3FUZA 4MBPA 4QFKA 2DVCA 3FD3A 4OTEA 1JQFA 4IO5A 2DOJA 2I0BA 3GLBA 3I6VA 4OFJA 4UA8A 4LVQA 1B6HA 3MBPA 4KD5A 1NL5A 4X1BA 3TFLA 3MWBA 4H65A 1TFDA 4H5GA 3N6UA 3VXCA 2ABHA 3R26A 4POXA 3S9MC 1SYIA 1US4A 3Q28A 4MFIA 4G8MA 3O6GA 4YKJA 1B58A 1J1NA 2DWAA 4LUBA 4MLVA 3IJXB 3CSBA 4NWCA 4G4PA 2XXVA 3M3FA 3OENA 1Y9UA 3G7WA 3K6UA 1N84A 3LUYA 3N94A 4QSCA 4DLDA 4OMBA 2DS9A 4NF4B 1FQDA 2XXYA 2HEUA 1I6BA 3U8QA 4ELRA 3RT6B 2GFEA 3T66A 1ZIUA 4I62A 3K6WA 3VVEA 3C32A 2THIA 1B9JA 1JETA 1Y20A 4IO6A 1A8EA 2Y7RA 1UTHA 1TFAA 2DXYA 1PBPA 3O29A 1M5FA 1Y3PA 2XXRA 2DSFA 3OO8A 4Q5TA 4YB5A 2OBGA 5FHNA 3CVGA 4PFUA 3U93A 3QSLA 3DLNA 3WAFA 1NH7A 1NNFA 1LAGE 4C0RA 3PMXA 4GF8A 5CBRA 5TP9A 4N07A 4OFOA 3TCGA 3OEKA 3TUSA 1BLFA 1QUJA 3FASA 1LB9A 3QK6A 2FNCA 2AYSA 1LSTA 1NNTA 3UP9A 2H4IA 1BIYA 3C33A 5EHMA 5A5XA 2OWSA 1A99A 2Z8DA 4Z0IA 1GV8A 3U72A 1D9YA 1B3HA 4TLMB 3KN8A 5I84A 4H67A 1GTKA 3VV5A 1MH4A 1BTJA 3OMBA 3ILTB 1LAFE 1GR2A 1N04A 1USYE 3B6TA 3QAXA 1MPBA 2R6GE 3T9VA 5H8QB 3IOWA 3THIA 2P1SA 4IO4A 4NE4A 4OEVA 2XXPA 1R9LA 1A40A 3MZBA 3PPNA 3IX1A 1JEVA 1IEJA 1A7LA 3QIMA 5AA4A 1MDP1 1CB6A 1N0TA 1OVTA 1I69A 1RYXA 1TWYA 4O3CA 4WEPA 4ZS9A 3TPAA 3SERA 1MY4A 2HQ0A 2Z23A 3DP8A 3EQ1A 5H8HA 2XXIA 3ONMA 4I8CA 3R7XA 3U92A 5H8NB 3PUVE 1MQDA 4R6KA 2UYFA 4O3AA 4QHQA 1MY0A 5EYFA 2Q8JA 4C1UA 1XOCA 3ZSFA 3KN7A 5CMMA 3FJMA 4XXUA 4PFTA 2XHDA 1LCTA 4LATA 3A09A 2I3VA 1LAHE 4BDRA 2B3FA 3RNNA 3LC8A 4H0WA 3RPWA 5I59A 2I49A 3TQLA 1B5HA 4R2FA 5BWJA 5JTYA 1MH3A 2DE2A 3EN3A 4AB5A 2RCAA 4NF6B 5KDTB 4JB7A 2B65A 4LQ5A 2Q2AA 3F11A 3OELA 1M5BA 2D3IA 4RXLA 4ZEIA 5TPAA 2CMOA 4C1TA 1II5A 1MS7A 1SYHA 1BKAA 4JWYA 3PU5A 2UYEA 3MW0A 3R6UA 2UVGA 4ZEKA 3IO6A 2Y7WA 4XKNA 5HM4B 3L6HA 1DOTA 4RYAA 5DEXA 2UVHA 4KYDA 3TTLA 4EXLA 1KWHA 2F97A 2GH9A 2I6EA 3K4UA 1MXYA 4RK9A 2RF1A 4ELQA 4ESWA 4MLQA 1B46A 3KJ7A 2IA4A 2XXTA 3SEXA 5H8FA 4IO2A 3UGWA 4F3PA 4F19A 2REGA 2ANJA 1B4HA 3JYRA 3KN3A 1JVXA 2R71A 3LSWA 3UIFA 1P1NA 1R9QA 2OWTA 3MJNA 2REJA 5LOMA 4BDNA 4U4XA 4MF3A 1D4NA 1XVXA 2O7IA 1LCFA 3PUZE 1PB9A 3MPKA 4GL0A 2D5WA 4P0IA 4ZECA 1JW5A 2DE3A 4TOZA 2O7UA 2BJJX 2QMXA 2RINA 2V3TA 2XXQA 4OXVA 4G77A 3FIRA 4BLAA 1VSOA 5ISUA 1AL3A 2I0CA 2E0SA 2NXOA 1CE2A 5CMCA 1M5DA 2OJTA 4PQJA 4GQOA 4H1XA 2LAOA 3HN0A 3U1OA 4F39A 1B2HA 2QL3A 5ITPA 2VD2A 4L17A 3C4MA 5CM6A 2V84A 1PEBA 1Q1KA 3CR9A 2ZYOA 1FQAA 5I58A 2Y7IA 5KZTA 3FVGA 3PMVA 3S9EA 4YKKA 4GIZA 4ND9A 5FTHA 2Z8FA 1MY1A 4U21A 1JNFA 2F36A 5TPAB 3SEUA 3SEVA 5CC2A 5HPQA 3V83A 4NWDA 3L6GA 3LSFB 4OFLA 1B52A 2YLNA 3B6WA 3PD9A 3MQ9A 3UORA 3H6UA 4IY5A 2OCUA 2PBWA 1XT8A 4YB6A 4DXCA 2NUVA 1OLCA 3K6VA 3V8XB 3PPQA 4ESXA 2ESNA 2F8DA 3M3LA 3MVXA 1POTA 3TZAA 1ANFA 3PPOA 4RNSA 4ZEDA 4I9DA 5AA3A 2I3WA 3GBBA 4R75A 1Q35A 4FATA 3HCQA 3B7DA 3IB1A 4KQPA 1ZLQA 1JW4A 1QW0A 1EU8A 4ONYA 1FTJA 1FCKA 3FV2A 1N3WA 3FZVA 2V93A 3VLUA 3KJTA 4X48A 1USYH 5AA2D 5I58B 4PFWA 2XXXA 4GRKA 1XVYA 1YPNA 3KSXA 2RC9A 3SEYA 4KHZE 3IO4A 5H8QA 4DXUA 1VFDA 3H4ZA 3G3IA 3KZGA 2DYXA 2HZKA 2O1MA 2W7YA 1MPCA 5HBCA 1L5TA 3MZ9A 4HTGA 3V5AA 3FATA 3W9WA 1N7XA 4OYVA 1RKMA 1I6QA 2HFBA 4KYSA 1HSLA 1SW2A 4OQOA 3HHGA 3TKDA 4ZZEA 1QUKA 4BDMA 4ELPA 5K2YA 1N7WA 4IGRA 3IK6B 2I58A 3D4GA 4G8HA 3TTKA 1H43A 4TLLB 3Q25A 1NFTA 4EQ7A 1AOVA 3EPEA 1MXXA 4KFQA 1FTOA 5AA1A 5M2VA 3BKIB 2OLBA 1QKBA 3FGSA 1MXUA 3K1MA 5DTBA 2Q88A 1B5JA 1URGA 3CRBA 3ODBA 3PPPA 2DP8A 2ZYNA 2CZLA 4F1YA 4BDQA 2NOOA 2R9JA 1B3EA 2WKYA 1UTHB 3DM0A 3Q29A 3FV1A 4PP0A 1ELJA 4QFLA 1ZKBA 2QMWA 1DTZA 1S9TA 1WVJA 1Z7ME 1B05A 3QUJA 4WKMA 3IOUA 4NF5B 4YKPA 3CFXA 2O1LA 4GD5A 1Y1ZA 4HW8A 2ZXTA 1H44A 2F6PA 1ZBMA 1EZOA 2XXWA 5L9SA 3SDFA 2AIXA 5DEXB 3Q27A 1A55A 1XS5A 3RTWB 4FAJA 1OMPA 5BUUA 1URSA 4EQBA 3KGCA 2F6GA 4H6DA 4POWA 2DWHA 3HHFA 5IAIA 4ZEFA 4BDLA 2GHBA 1B3FA 4GXAA 2PT1A 2V3QA 3VFJA 1FTKA 1UTBA 3D4CA 3E9XA 1MDQA 3CSGA 1S7YA 1B3LA 3IOTA 1B40A 2F34A 3EHTA 3OSQA 5JTYB 2O84X 2HAVA 2HXWA 1JVYA 4G8NA 1A54A 3CI8A 4FEBA 3KBRA 1IUDA 1MQIA 1H76A 3K0VA 3IB0A 3JZJA 4YMBA 4GVOA 3SEWA 3K2DA 4DCYA 1POY1 2QS4A 3IJOB 4H5FA 4BDOA 3I5OA 5TU0A 2DWIA 3OO7A 3N6TA 3TTRA 4N13A 4R2BA 2O69A 2PMSA 3ZKKA 1H45A 3O6HA 1SBPA 1VR5A 4YICA 3IB2A 2XD3A 3T9HB 3G3GA 5H8HB 4U1ZA 3VVFA 2I4BA 1S50A 1B7HA 2RKMA 4Q0CA 3TODA 4F3GA 1NMUA 5KCJB 1OLAA 3C34A 3G3FA 4QF9A 1AIVA 2I48A 4KCDA 4OVJA 4DE8A 4G68A 3ILUB 3OD7A 2Z8EA 3CIJA 4MH5A 5H8SA 4HCWA 4YAHX 3O9PA 2PT2A 5KCJA 3E13X 3HPIA 3IORA 4LA9A 2A5TA 3C9HA 5DVFA 5DT6A 5FHMA 5AA2B 5ICQA 2F7BA 5FTIA 3S4UA 4YB7A 2NWJA 4YKIA 1IXCA 1DPEA 3C36A 5ITOA 5I57A 1AH5A 1ATGA 3VLVA 3W9VA 5A5XB 4U22A 3T9UA 4RJZA 4JDFA 4E0WA 5I57B 5F7VA 3B6QA 3U94A 4QSEA 4F1UA 4ELOA 2E1SA 1FQCA 2PVUA 5CMBA 1PC3A 1Y1MA 1FTMA 4OWDA 1Z7NE 3BFUA 5AA2A 1B7UA 3MP1A 3UA8A 5JK4A 1SW5A 1UTBB 4F18A 2HAUA 2QS1A 1WDNA 1HSEA 2VHAA 4IO7A 1SI1A 1P99A 1ZU0A 4JBZA 1XHYA 4RY1A 1SD3A 4G68B 3VVDA 4RA1A 4X9TA 3P7IA 1Y4TA 2RCBA 1B1HA 3FVOA 5I56B 3G3JA 3K00A 1VFEA 4NF4A 3TMGA 3M8UA 3RTFB 1DSNA 3A3CA 5F1QA 1SDXA 3DP6A 2X7QA 4EF2A 3FJGA 1N3XA 3HV1A 4ISUA 4DCXA 1US5A 1MQHA 3PUYE 3K1PA 3KG2A 2I4CA 4PETA 5EHSA 2XXHA 4O3BA 4P11A 4GXSB 4R72A 4XTCQ 5L9MA 3VDFA 1N76A 2HZLA 4ZDMA 2F7AA 3CG3A 3ECRA 1MQJA 3H06B 3EF7A 3MUQA 1F9BA 3PPRA 4AB6A 3T9XB 4R9GA 1Y3NA 5DYHA 1LLSA 2YJPA 3QXMA 4THIA 1Y3QA 2DE4A 2ZNUA 3KOTA 3O66A 4IGTA 4JSOA 2OZZA 2ZYMA 1TXFA 1TT1A 1FQBA 4ZE9A 4LONB 4XIGQ 2QSXA 5K2XA 3GBAA 3G3KA 3LBSA 1GVCA 2AL4A 4FJPA 2XX9A 4IO3A 4QFNA 2UXAA 2IEEA 4R73A 3MVWA 4EF1A 1LGBC 3ZS6A 1EZ9A 3FJ7A 1P1WA 4HCYA 4NTLA 4NF5A 1FQEA 3HO7A 3AXFA 3SETA 3VXBA 4FEDA 3FVNA 1ZMGA 3O97A 1B5IA 3O6IA 3PGFA 4LZ5A 1M5CA 3RUMA 2M8CA 4G68C 2YPNA 4EQ9A 3KFMA 1D9VA 4EDPA 1UIUA 1EH3A 1P1OA 2VP1A 1LFIA 4F2QA 1FQFA 5I2NB 4X1DA 3H7MA 1IXIA 2G93A 2H99A 1LAXA 3FXQA 3DP4A 3MAMA 1MY3A 1MG1A 4KPTA 1PB8A 5ICTA 3MP8A 5I2KA 3H6VA 1OVBA 1MXWA 1SW4A 3A3UA 3FVKA 3MZ1A 4GWOA 4NF8A 4Q30B 3ZKLA 4DIGA 4FE8A 4F31B 3H6WA 1MXZA 3T96B 3QUFA 4XKQA 1B7ZA 1B51A 1D3KA 3MVYA 2D21A 3GXAA 3QYTA 2H5YA 3EHSA 4OENA 3T22A 4QFPA 4H8JA 2DVZA 4IB2A 1WODA 4JXIA 3PV0E 3TAJA 5B7DA 2QJEA 2XD2A 3UN6A 4U2RA 3TTNA 4F3BA 2PYYA 2ALUA 4OESA 2ONRA 4FECA 3FXRA 2ONKE 1IXGA 1YAEA 2OK2A 1ZTYA 3IAZA 1LB8A 3K02A 3LSXA 4K3FA 3EHUA 3TQWA 1PBQA 3T93B 1BP5A 2Y84A 3OEMA 3JV9A 4YMAA 5AE4A 1OIBA 5TP9B 1B32A 4WXJA 4DXBA 2P0SA 4RPOA 4YZZA 2QPQA 5ELVA 2ZYKA 3O2AA 1IXHA 5I2KB 2ONSA 3IL1B 3OXNA 4PE5B 4XKRA 3MPLA 1QULA 2Q9TA 4ZEBA 5IKBA 4KCCA 2DXRA 4JSDA 2FYIA 4H8IA 1PDAA 2GRVA 1LFGA 1R6ZA 4F2OA 1B0LA 4GL8A 2DWJA 4FORA 3SESA 5CI5A 2V3UA 1MPDA 5H8FB 3IOVA 2H98A 3O28A 2F78A 1VE4A 3N26A 1LBCA 1MQGA 5DVJA 3VLWA 1SVXB 3TELA 3H6TA 4GLIA 2VOZA 1GGGA 1UIVA 1URDA 3G3HA 3TEPA 1PB7A 3KOSA 2P2AA 1QVSA 4LP2B 5CRYA 3PMWA 2QS2A 2B3BA 4RK2A 1MXVA 3VE1B 2XXUA 1QKAA 3C31A 1B0HA 1DMBA 1YTVA 1ZJLA 2FA7A 2Y7KA 3BFTA 3OOAA 1JEUA 4NEDA 3SKPA 4Z7EA 1O63A 2PX1A 1QJMA 3I3VA 1RYOA 4OETA 4XKPA 4N6PA 1I6AA 3KEIA 1UQWA 2F35A 4QRZA 4ZE8A 4QFOA 4R74A 5CBSA 3RT8A 1NNKA 4GOTA 2RC8A 3LR1A 1M5EA 4M1VA 2X7PA 2XX8A 3N5LA 3K6XA 5J1DA 4UACA 4JWOA 4DDDA 1MY2A 2O51A 4R6YA 4F22A 3K1NA 4LZ7A 2F5XA 5CMKA 2UVIA 1MM7A 3OO6A 3OSRA 4QSDA 2HCAA 2O6AA 2Q89A 2KLFA 3FXUA 1NNPA 4OERA 5JEIA 5FHOA 4OHNA 4FIMA 4YU0A 3TYHA 3TDJA 3S2VA 1QUIA 5H8NA 3RN8A 1XC1A 3RQTA 5I56A 2ZNSA 1A8FA 2G29A 4DZ1A 4WEDA 5B70A 4R9FA 2VD3A 4TQUQ 1LBBA 1T0KA 3LSLA 3GZGA 3UK4A 5AA4B 1H3DA 2X26A 4EUOA 1DTGA 3W15C 1IIWA 3CFLA 4R6HA 1IQ7A 1MM6A 1LFHA 1FW0A 1NKXA 1MRPA 2DQVA 1SQYA 4LQ2A 3PD8A 3IR1A 1NH8A 4F1VA 1R1NA 4RPNA 2H9BA 4NF6A 4E0XA 2ZNTA 4P0GA 5KDTA 2A5SA 1DPPA 1P1UA 3H03A 3V89B 3WAEA 1EZPA 1Y4CA 1P1QA 3S9NC 4F3SA 4KYEA 3CFZA 3C35A 1JW1A 3OO9A 3RGYA 2VGQA 3MP6A 4I1DA 4M4GA 5DVIA 4NF8B 3KSJA 4LZ8A 3USDA 3PUWE 2RC7A 1IZ1A 2AL5A 3RLFE 3S9LC 3CG1A 4IY6A 1B1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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