4NWDA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand-binding domain in complex with the agonist (2s,4r)-4-(3-methylamino-3-oxopropyl)glutamic acid at 2.6 a resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
NRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRGSGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
publication title Molecular Recognition of Two 2,4-syn-Functionalized (S)-Glutamate Analogues by the Kainate Receptor GluK3 Ligand Binding Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 3
total genus 78
structure length 254
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nwdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nwdA02
1RKMA 3C33A 3IORA 1MY4A 5IAIA 5H8FB 1FQBA 3MBPA 2CZLA 5FHMA 1SYHA 1DOTA 5FHNA 2ZMBA 2DWIA 5I57A 3O97A 2AL5A 1F9BA 3FATA 1TFDA 1M5CA 3H06B 2VD3A 4DXBA 2GHBA 2DXRA 3KEIA 4YU0A 4M1VA 4NF6B 3VXCA 1JEUA 5BUUA 2QS4A 2V3TA 3AXFA 2PX1A 3PUWE 4RXLA 4RNSA 1OIBA 3IO4A 3HCQA 3OXNA 4EDPA 4GL8A 4DIGA 5CMCA 1LBBA 1IXIA 1URGA 2CMOA 3PV0E 3N6TA 1ZKBA 3CI8A 4WEPA 3RY3A 3KSXA 5JTYB 1SW4A 4POXA 4EF2A 2M8CA 3CSBA 3E13X 1R9LA 1PBQA 4YKPA 1CB6A 2XX9A 2HQ0A 4QHQA 4XTCQ 3MJNA 1GR2A 1TFAA 2F8DA 1N7XA 4TLLB 1DPEA 1JVYA 3IX1A 2Q2AA 3GXAA 1URDA 3K0VA 2NVUB 5ITOA 1ANFA 1ZU0A 2V93A 3B7DA 4NWDA 3UGWA 3PMWA 1S50A 5I56B 5I58A 1DMBA 1GV8A 1YCJA 4MLVA 3VXBA 1PEBA 3PPOA 3Q29A 1IEJA 1B2HA 4QRZA 2WKYA 2HEUA 5F7VA 1B32A 4DCXA 4PFTA 2RF1A 2B3FA 3K4UA 4WXJA 1MY3A 4BDLA 3MWBA 3FZVA 1Y20A 4ZEKA 1B5HA 2V84A 1AL3A 3BBRA 2GRVA 4OWDA 1US4A 3U1OA 3QUFA 1MPDA 3FVKA 4Z0IA 4AQ4A 3O6IA 4POWA 2F6PA 2DQVA 2O1MA 3PU5A 4PP0A 3CG1A 1Q1KA 3FIRA 2QS1A 1H45A 4BDQA 4BDOA 4NMYA 3N94A 3K6VA 1N3WA 3F11A 1H43A 2UVJA 4TQUQ 4EQ7A 4OETA 4H5GA 2Y7WA 5DT6A 3DP8A 5FHOA 4NWCA 4OESA 4F3BA 4NF8A 2A5SA 2B3BA 1PB7A 5TU0A 1VR5A 1LAFE 3SEWA 3RT8A 1O64A 2F7CA 4IO4A 3WAEA 4H6DA 3K2DA 1SVXB 4LP2B 3FVNA 1UTBA 5L9MA 1PBPA 1B7UA 3OO8A 3L6GA 3TTMA 1Y1ZA 3PGFA 2IA4A 4PE5B 1FQDA 3PD9A 4G8HA 3CFLA 3DP6A 4E0WA 1USYH 2B65A 2O1LA 1USYE 5A5XA 2ONSA 3EHTA 4LATA 4G68B 5HPQA 1FTLA 4F1VA 1MQDA 5L9OA 2Z8FA 1MXXA 2H4IA 1II5A 3TKDA 1TWYA 4EQBA 3KOSA 4PQJA 4F1YA 3MZBA 3KG2A 2O7IA 4N13A 2OCUA 1LBCA 4XKNA 1GGGA 3FVGA 2XXVA 1IUDA 4YMAA 1XT8A 5AA2B 3TTLA 2FA7A 4ONYA 1LAGE 1P99A 5TP9B 3OO7A 3RUMA 1HSLA 4H1XA 4ESWA 1JETA 1MM7A 2ZYKA 4NF5A 4MF3A 2Q8JA 4HCYA 2RKMA 4U23A 4GFRA 4GL0A 2H98A 1MG1A 1TT1A 1ZJLA 4FAJA 1SYIA 4PFWA 4LZ5A 4OHNA 3O6HA 3UA8A 2Y7IA 5EHMA 3Q28A 1MXUA 4YB6A 1XC1A 4I9DA 1MQGA 2F7AA 3THIA 4KQPA 1IXCA 5M2VA 2I58A 4P0IA 3SEYA 4GWOA 4THIA 1LSTA 4KFQA 2RCBA 2HXWA 4O3CA 4EXKA 1ZIUA 4ZE8A 4BDNA 2DS9A 1SBPA 5CBRA 5I2NB 1SW5A 3L6HA 1RYXA 2XX8A 1N0TA 1MDP1 3ILUB 1NNPA 3VVEA 4R6KA 3R6UA 1A40A 1D9VA 3FASA 5AA3A 2Z8DA 1BTJA 2VOZA 4F2QA 1VE4A 3TMGA 1JQFA 4H5FA 4RK2A 2O7UA 2D3IA 4PETA 5K2YA 4QSCA 5L9SA 4JSOA 5H8HB 1QUIA 1FQAA 1JW1A 4IY6A 3H7MA 1MY0A 4RJZA 1B5JA 3VE1B 1YTVA 4G4PA 3LSWA 1OVBA 3PPQA 1QVSA 3D4CA 2YLNA 4NTLA 4XKPA 3RQTA 4EUOA 1OVTA 3IB2A 3CIJA 4ZE9A 3DLNA 2FYIA 3H6TA 3V83A 3ONMA 1US5A 1N84A 3GLBA 4LZ7A 4DLDA 4OFLA 2UYEA 3KBRA 3LUYA 2V25A 3B6QA 3QXMA 4KYSA 3ECRA 1SI1A 1P1NA 3I6VA 3VVFA 3P7IA 1POTA 1ZTYA 2I6EA 5CI5A 5KDTA 1BIYA 1AMFA 1VFDA 1Z7ME 3G3JA 4F31B 3OELA 3U93A 1FCKA 3G7WA 3C34A 3IOWA 4I1DA 5F1QA 1FTKA 3RTFB 2H25A 5I57B 4IO7A 1Y3NA 5TPAA 1Z7NE 2QMWA 1B1XA 4UACA 1P1OA 3W15C 3TCGA 4FEBA 3WAFA 2DSFA 3EQ1A 1MXYA 3I3VA 3JZJA 3N6UA 4IGRA 5AA1A 2O84X 4R6HA 4YB7A 3IR1A 4U1ZA 4C1UA 4ZS9A 5H8FA 1B51A 3LSFB 3O66A 2Y84A 4XXUA 4ND9A 1QKBA 1B6HA 3EHUA 5HBCA 4ZEDA 2XD2A 3IJXB 1OMPA 2REGA 1LFIA 3TELA 1QUKA 1OLCA 4Q8RA 4YKJA 2D5WA 3FJMA 2R71A 1UIUA 2F36A 3FJ7A 2QSXA 2O51A 3B6WA 3GBAA 1GVCA 2DE2A 4JWYA 2V3QA 4KR5A 3MZ9A 3KN8A 3TODA 4KCDA 1QW0A 4YKIA 4QSDA 3IB0A 3TEPA 3OOAA 2KLFA 5FTIA 3KN7A 3TZAA 4DXUA 1SW1A 1ZMGA 4NEDA 5JTYA 3PMVA 4AB6A 1MDQA 1NMUA 2FNCA 4QFLA 2XXXA 1NKXA 3PMXA 4N07A 4DDDA 1JW4A 1AIVA 2GFEA 1POY1 1FQCA 2XXQA 3EF7A 3MUQA 1DPPA 3SETA 1B7HA 4U4XA 1SI0A 4R75A 4H8JA 3N5LA 4LA9A 4F19A 5CMBA 4GXSB 1LCTA 1B9JA 2RINA 2ONKE 5L8DA 1WODA 1PDAA 2H5YA 5DEXA 4MLQA 2RC7A 1B3FA 2I0CA 1A7LA 4NF8B 3H6UA 4U22A 2Q89A 1M5EA 4R6YA 3IOUA 1B3GA 3S9NC 2PYYA 5AA4A 2HZLA 3IL1B 5KCJB 1ATGA 1P1UA 4U1OA 1NH8A 1MY1A 1JNFA 3V5AA 2DVCA 1MQIA 3ILTB 2DWHA 4FECA 1EZ9A 3V8XB 1PB8A 3CG3A 1D4NA 3A3CA 2XX7A 4YICA 4HTGA 5B70A 3HO7A 1D9YA 2ALUA 1N3XA 5A5XB 2YPNA 1PB9A 4IO2A 2R6GE 1OLAA 3KFMA 1H3DA 2OBGA 4OEVA 2ZYOA 3KJTA 3DELB 3UK4A 1EZOA 3Q27A 1B40A 1I6BA 4PFYA 5AA2D 3MZ1A 5BWJA 3N26A 1WDNA 2ZYNA 4LVQA 2P2AA 3T9HB 1LB8A 3K00A 2UVIA 1MY2A 3FD3A 2OWSA 1ELJA 2E0SA 1B1HA 3H6WA 3LBSA 3K01A 2O69A 4R2FA 2HFBA 4ZEIA 3W9WA 3IB1A 4JXIA 4FIMA 4WKMA 3TPAA 4FATA 4BLAA 2RC9A 3CFZA 2XXUA 1SD3A 4NF5B 4OFJA 5I84A 2DYXA 2DP8A 2NOOA 2Q2CA 1WVJA 4IB2A 2F35A 2PT2A 4ESXA 3GBBA 3ZS6A 4HW8A 2NUVA 4LONB 3S9LC 3QK6A 1Q35A 4OEUA 2THIA 3T22A 4YKKA 5DTBA 4JWXA 4OQOA 1H76A 2X26A 3U8QA 4I8CA 4JSDA 2ABHA 3U94A 1T0KA 2Y7PA 4P0GA 1LFHA 4HS7A 1BKAA 3FUZA 4OMBA 3M3KA 3H03A 3KSJA 2F5XA 3O6GA 1LAHE 1DTGA 3KJ7A 5CRYA 1MXZA 2BJJX 3VV5A 2PVUA 3RPWA 2QMXA 4OFOA 2QJEA 2QL3A 3SESA 2X7QA 2W7YA 4KCCA 3HPIA 2Y7KA 4JB7A 3C31A 1B0LA 3PUZE 4IGTA 5H8QA 1NNFA 1NNKA 4FE8A 4OXVA 5J1DA 4F39A 4GQOA 1O63A 3OSQA 3EHSA 4O3AA 5JEIA 2H9BA 2DWJA 5DVFA 3PPRA 3RT6B 2DE4A 4GD5A 4KHZE 3CFXA 4IY5A 1N04A 5B7DA 1XS5A 3D4GA 1N76A 3OEMA 4K3FA 4RK9A 4IO6A 5CBSA 1H44A 3JYRA 3KOTA 1M5BA 1MH4A 5IKBA 3T93B 1SDXA 2HZKA 3VLWA 3MP6A 3TCFA 1FW0A 1UIVA 3ZKKA 3MPKA 3O29A 4X1DA 1VSOA 4H0WA 4OTEA 3OO6A 2G93A 4I62A 2A5TB 4F3SA 2X7PA 4ZEBA 4M4GA 3LSLA 4U2RA 3RNNA 1HSJA 3VFJA 3QAXA 2UVGA 2DOJA 3MC2A 1A55A 3G3GA 1LB9A 5I2KA 1FTOA 3H3GA 1YAEA 3O2AA 4KD5A 1MXWA 1UTHA 4H8IA 1Y3QA 3ZKLA 1QJMA 4ZEFA 4ELPA 5I59A 4R9FA 4ECFA 2R9JA 5KDTB 4QF9A 1IZ1A 4ELOA 2VGQA 3K1MA 4F18A 4LQ5A 4PFUA 2Y7RA 3A09A 4ELQA 1AH5A 2F6GA 5K2XA 3OSRA 2UXAA 2NWJA 2F78A 1P1QA 2IEEA 2XXRA 2Z22A 3G3IA 1JVXA 1OQGA 1B05A 4NF4A 3SEUA 3MQ9A 4EF1A 4DZ1A 5H8NA 5LOMA 1QKAA 5TPAB 4JDFA 3OENA 2ZYMA 1NL5A 4QFPA 2I49A 2O68A 3G3HA 4KYDA 2AYSA 1MPBA 1B3HA 4G77A 3VLUA 4AB5A 4ZECA 1Y4TA 1M5FA 4KYEA 3C36A 3S4UA 3HHGA 2Z8EA 1S9TA 3UP9A 3T9UA 1B0HA 4OVJA 3K1PA 2P1SA 1B3EA 1MM6A 3GZGA 5CMKA 2Z23A 1HSEA 1XOCA 1MH3A 1IXHA 3PUXE 1AOVA 4QFNA 5AE4A 5ELVA 1B3LA 4YAHX 4R73A 5H8SA 4BDMA 1TXFA 1NH7A 4Z7EA 2YJPA 3TTNA 1M5DA 1B5IA 4C0RA 3SEVA 4GRKA 2I48A 4G2ZA 4Q0CA 5HM4B 2Q9TA 4IO5A 3TAJA 4IO3A 2VD2A 2DE3A 1B4ZA 1R1NA 4TLMB 3RGYA 3DM0A 3JV9A 3Q26A 3IO6A 1FTMA 1IQ7A 1IXGA 4NF6A 4LZ8A 3S2VA 4RA1A 4TOZA 4R72A 3OEKA 4ELRA 2ANJA 3SDFA 1ZLQA 4EQ9A 5I58B 2PMSA 1Y9UA 3IOTA 3TQLA 3PUVE 3QUJA 2F97A 4ZZAA 1KWHA 2P0SA 4F3GA 3HHFA 4GLIA 2I3VA 1LGBC 4P11A 1XVXA 1LCFA 2OJTA 3S9MC 1QUJA 1CE2A 3K6WA 4ZDMA 2XXYA 5CC2A 3SEXA 1S7YA 3OO9A 5DEXB 3BFTA 4R2BA 2XXTA 1N7WA 4DCYA 5ICQA 4MFIA 3T96B 3KN3A 5I56A 2ZNSA 1JW5A 4JWOA 4RPOA 2ONRA 3HSTA 1Y1MA 1P1WA 3SERA 5AA4B 2I4CA 4QFOA 3H4ZA 1I69A 3QSLA 2ZNTA 1B52A 2VP1A 1LLSA 1IIWA 1MPCA 3FXRA 3IJOB 4DE8A 4GIZA 1L5TA 4XKQA 1VFEA 1A54A 2HAVA 2OLBA 3C9HA 4KI0E 4WEDA 1EH3A 3R7XA 4UA8A 3QYTA 2OK2A 3QIMA 1UTBB 3SKPA 1DSNA 4G8MA 2V3UA 3MP1A 1R6ZA 3MVZA 3TFLA 3V89B 1DTZA 4U4SA 2XD3A 3E9XA 4ZZEA 2PT1A 3IK6B 4GF8A 2HAUA 3PD8A 3VDFA 4N6PA 3CR9A 3TYHA 3VVDA 3R26A 2DXYA 5KCJA 2D21A 3Q25A 4R9GA 3C32A 1B46A 1MQJA 5JK4A 1MXVA 2QS2A 1FTJA 3PPNA 2ZNUA 4RY1A 2Q88A 3M3LA 4GXAA 2I3WA 3UIFA 3M3FA 4C1TA 3C4MA 2QRYA 2HCAA 2NXOA 5DVIA 3DP4A 1BLFA 4F2OA 5DYHA 3E4RA 2F34A 1NNTA 3BFUA 4FJPA 4OYVA 2GHAA 3B6TA 4G68A 2PBWA 4Q30B 3K02A 3ODBA 5EYFA 2ESNA 5ICTA 3G3KA 2ZXTA 1R9QA 3MP8A 1I6AA 3T9VA 4MH5A 2XXWA 3K6UA 2QPQA 2O6AA 4G68C 1J1NA 2GH9A 5CMMA 5AA2A 2LAOA 2E1SA 1B7ZA 1B4HA 1XHYA 3MVXA 5TP9A 2UVHA 5H8QB 4H67A 3H6VA 3MVYA 3FV2A 2H99A 3K6XA 4Q5TA 2G29A 3IAZA 3C35A 3RN8A 3CSGA 5KZTA 3FV1A 4X1BA 3T9XB 2AL4A 2OWTA 3UN6A 3U72A 1SW2A 4YMBA 2UYFA 4JBZA 3MVWA 1IITA 2I4BA 1QULA 3MW0A 3G3FA 4YZZA 4OENA 4BDRA 3FXUA 3OMBA 4L17A 5ITPA 4G8NA 1Y3PA 3O28A 3USDA 5CM6A 1BP5A 1NFTA 3IOVA 3FVOA 3EPEA 3CRBA 4DXCA 4GVOA 5FTHA 1Y4CA 3S9EA 3UORA 2XXHA 1A8FA 5EHSA 4X9TA 4QSEA 3CVGA 3I5OA 1ZBMA 4XIGQ 4F29A 2XXIA 1UQWA 4FEDA 3W9VA 1D3KA 3LC8A 5I2KB 5I2NA 4R74A 1LAXA 4KPTA 3KZGA 3U92A 3HV1A 4X48A 3FJGA 3MPLA 3TDJA 4QFKA 4EXLA 4YB5A 1UTHB 1A8EA 4XKRA 3TCHA 5I59B 3KGCA 1MQHA 1I6QA 3TTKA 1FQFA 1MS7A 4H65A 3PPPA 3FGSA 4NE4A 4HCWA 1EZPA 2XXPA 5DVJA 3A3UA 2DVZA 5H8HA 3RLFE 3OD7A 3EN3A 4OZ9A 2VHAA 1SQYA 4RPNA 1A99A 3K1NA 4LQ2A 3LSXA 1XVYA 4NF4B 5H8NB 2DWAA 2A5TA 3TUSA 1OQHA 2AIXA 1MRPA 4FORA 3PUYE 2XHDA 2OZZA 2QS3A 4U21A 1EU8A 4LUBA 2I0BA 2RC8A 3TTRA 3VLVA 2F7BA 1YPNA 4F22A 3RTWB 4GOTA 4E0XA 1RYOA 4F1UA 1B58A 3BKIB 4MBPA 4RYAA 2REJA 4F3PA 1LFGA 2RCAA 4O3BA 3M8UA 3LR1A 4OERA 3HN0A 3TQWA 3ZSFA 1PC3A 1JEVA 3E3KA 1URSA 3MAMA 1FQEA 1O7TA 5ISUA 3O9PA 4ISUA 3T66A 1GTKA 3FXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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