4NWDA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand-binding domain in complex with the agonist (2s,4r)-4-(3-methylamino-3-oxopropyl)glutamic acid at 2.6 a resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
NRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRGSGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular Recognition of Two 2,4-syn-Functionalized (S)-Glutamate Analogues by the Kainate Receptor GluK3 Ligand Binding Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 3
total genus 78
structure length 254
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nwdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nwdA02
3TDJA 3BFUA 3HV1A 4ELRA 1D9VA 4KYSA 3VVDA 1MPCA 2QL3A 3I6VA 5JEIA 4EXKA 2V84A 3HSTA 1UIUA 1NNKA 3A3CA 3MVYA 3TPAA 2GHAA 1MQDA 3T9XB 1B5HA 3LUYA 5F1QA 3S9MC 1J1NA 3KN8A 2PT1A 3G3JA 5TPAA 1N3WA 2D5WA 2I58A 4YICA 1GVCA 1B3HA 2NUVA 4KR5A 3IB2A 2VOZA 2XX7A 4BDNA 4JBZA 3C32A 3FUZA 1LCTA 3H3GA 3W15C 1O64A 5I59A 1SI1A 3IB0A 4F31B 1DTGA 4JSOA 1YCJA 3L6HA 4UACA 1GGGA 3IL1B 3I5OA 3G3GA 2PT2A 4X1DA 3U72A 4EF1A 1Y20A 3KN7A 4KYEA 3VLWA 1PB8A 1P1UA 2DWAA 3QK6A 4LONB 4NF8A 5ITPA 2Y7PA 3KFMA 4K3FA 2RF1A 4F2OA 1MH4A 2V3TA 4X9TA 4ZEFA 4TLMB 3T96B 1IXGA 4OMBA 3IOTA 3H7MA 1L5TA 4DDDA 3CSGA 3FIRA 3PMWA 4IO2A 3A09A 1BLFA 4OFJA 1IXIA 2V3UA 4H8JA 4R2BA 1B7UA 2O69A 3OEMA 3Q27A 1PBPA 1XS5A 4KPTA 4OHNA 5H8NB 3MBPA 4ZEIA 3CG3A 1SW5A 3O29A 2F6GA 5AA2A 4O3CA 2P2AA 3KJ7A 3MP8A 3OSRA 3TCHA 4YMBA 3E4RA 1MM7A 1Y3PA 2V93A 2VHAA 4F22A 1ZKBA 4YAHX 2X7PA 5H8QB 3G3IA 1SDXA 3LBSA 1POY1 5B7DA 1B9JA 1TWYA 4LVQA 3U1OA 4P0IA 4YKPA 4QFPA 1MY1A 3K6XA 4ESWA 5I59B 3FASA 4NF6B 3U92A 3UN6A 5KCJB 4QF9A 4OFLA 1SW1A 2PYYA 1B46A 2G93A 4LATA 2UYEA 4WXJA 2HZKA 1MY4A 2ZYKA 5DVJA 5HM4B 4H5FA 3RT8A 3ZS6A 3B6TA 1O7TA 1JQFA 3K0VA 3MJNA 3ECRA 3OEKA 3OOAA 1A8EA 2Q89A 1B5JA 2PX1A 4AB6A 3TYHA 2ZMBA 1Y4TA 1Y1MA 1SVXB 1QUJA 2AIXA 2GRVA 1QKBA 3CVGA 4RK9A 5K2XA 1LCFA 1MXXA 2GHBA 4C1TA 3MW0A 1I6QA 2Z8DA 2QSXA 1VFDA 2DXYA 2RKMA 2HXWA 3C33A 3OO9A 5EYFA 1FCKA 1EU8A 2B3FA 2DOJA 1B52A 2P1SA 2D3IA 3VLUA 1Z7NE 2DWHA 4JDFA 2B65A 4G68C 1JVXA 3RNNA 3EHSA 4AQ4A 1IEJA 4ISUA 2QS3A 3DELB 4O3AA 2XD3A 1HSLA 5I2KA 1N04A 1Q35A 2IA4A 2O7IA 4OZ9A 4EDPA 1UTBB 1UTHA 3IR1A 1Y4CA 3PUVE 4NEDA 3VE1B 1LFGA 2F97A 3MC2A 3MPKA 1M5CA 2PVUA 4NF4A 2UVIA 3HPIA 5AA2D 5AE4A 2QMXA 2FA7A 4G77A 2O1LA 3O97A 1BP5A 3MP6A 5I58B 4JB7A 1LAXA 4N13A 1YAEA 5HBCA 3RLFE 4G68A 4F1VA 2YPNA 2VP1A 4OERA 2ZYOA 2Y7RA 3K1PA 4DE8A 1YTVA 2R9JA 1ANFA 1CB6A 1MY3A 3B7DA 3FATA 2VD3A 5I2KB 3CFXA 2OZZA 2O7UA 3PMVA 1SYHA 3T9HB 3ZKLA 1SD3A 4GLIA 4ELOA 4PE5B 3LSXA 3IB1A 2Y7WA 3DP4A 4ZS9A 3PPQA 2HQ0A 4JXIA 1B05A 4KD5A 1QKAA 2I49A 2QMWA 3HO7A 5H8FA 1I6AA 1BIYA 1MXUA 2O84X 4N07A 1B7ZA 1B6HA 4QRZA 5I57A 3KSJA 3PPOA 1D4NA 2RCBA 4XIGQ 1LBBA 1N3XA 2ABHA 3KGCA 3SEYA 1P1QA 3DM0A 4ELQA 4F2QA 4YB6A 1NH8A 4PFYA 4YKJA 2RC9A 2YLNA 2RINA 3HN0A 3K6UA 4QFLA 5AA3A 1FTLA 3VFJA 1MQHA 4JWXA 5H8QA 4KYDA 5H8NA 1UQWA 1N0TA 4FIMA 1PB7A 4H65A 4RPOA 3Q28A 5TPAB 1EZOA 3TCFA 5CBRA 1OVTA 3QIMA 4MLVA 4ELPA 2QPQA 2NXOA 2F7AA 2XX8A 2XXUA 3S9NC 1A99A 3V89B 2I0CA 3CR9A 1FTMA 4LP2B 3K01A 3MAMA 4NE4A 4YZZA 1ATGA 3TTNA 5IAIA 3ILUB 4MBPA 2O51A 4GD5A 3VXCA 1NNFA 2ZNSA 4IO6A 1WVJA 1PBQA 4DXCA 3QYTA 4NF6A 4NF8B 4WEDA 3RT6B 5CMMA 3H03A 3SKPA 3RY3A 3TAJA 1OQHA 4XKPA 5DTBA 4YB7A 3O66A 4XKRA 4DCXA 3L6GA 4OENA 2ONSA 4LZ7A 1SQYA 1A55A 2RC7A 3Q25A 3FJMA 1TFAA 1H44A 5FTHA 5ISUA 5L9SA 2OK2A 3C34A 5DVIA 4YB5A 5AA1A 5CC2A 5HPQA 3DLNA 2DS9A 4PETA 3FVOA 4WKMA 1B0HA 1XOCA 3JV9A 4OVJA 4X1BA 3T93B 1US5A 3D4GA 1A54A 2XXVA 2XXPA 3PUWE 1BKAA 2XXHA 3CSBA 1P1OA 1LGBC 2AL5A 3M3FA 1F9BA 1MXYA 4NMYA 3MVWA 3PV0E 1IZ1A 4BDLA 3PPPA 2DE3A 3V83A 3R26A 2Z8EA 4JWOA 1LB8A 1ZBMA 4QSCA 3V5AA 2WKYA 1P1NA 1LSTA 5B70A 3G3HA 3TQLA 3IAZA 4DIGA 1UTBA 1UTHB 2F34A 4OYVA 4XKNA 4GFRA 3U8QA 4F3BA 1NMUA 2F7BA 4DCYA 1M5DA 1AL3A 4R75A 3ILTB 4THIA 1URGA 1YPNA 3TFLA 2ZYNA 3PMXA 1FQFA 3GLBA 3IX1A 4RNSA 1NH7A 3UGWA 3S9LC 1H45A 3FXRA 3IK6B 1VR5A 3IO4A 1ELJA 3GBAA 1FQDA 5F7VA 2RC8A 3MQ9A 5FHNA 4QHQA 2F5XA 2R6GE 3TTLA 2ZYMA 3OO6A 1II5A 4FEDA 4WEPA 5ITOA 1P1WA 2ZNTA 5DEXA 1NNTA 4R74A 1R1NA 4GL0A 3PPNA 2Y7KA 3E3KA 1JW4A 4QSEA 1LAGE 1OVBA 2UVJA 4FE8A 5AA4A 5I2NA 1H43A 3RUMA 4F3SA 1LBCA 1FQBA 1Y9UA 1FQAA 1XT8A 4FATA 4M1VA 1MQJA 4IO7A 3KJTA 1SW4A 1DPEA 2A5SA 2Q2CA 4OESA 1FQEA 3VVEA 2LAOA 4F1UA 3K1NA 1EZPA 1IXHA 5DEXB 1XC1A 1D9YA 1FTJA 1XHYA 1B4HA 2I3VA 3GZGA 4G8HA 4U1ZA 1XVXA 4IO5A 3T66A 3CI8A 3U94A 2DWIA 1QJMA 1B58A 1ZLQA 4RPNA 1Y3QA 3U93A 2DVCA 3N6TA 1B7HA 3FV2A 5TP9B 1JEUA 2PMSA 4ZEDA 3QSLA 3SDFA 2I4CA 1MXWA 1NKXA 2M8CA 1I6BA 1MQGA 2F8DA 2I0BA 4N6PA 3K4UA 1H3DA 2RCAA 1OQGA 3PU5A 2NWJA 5JTYA 3O2AA 4U21A 4BDQA 4F3GA 2QJEA 1USYE 2DE4A 3IORA 4R72A 3OD7A 3OO7A 3RTFB 3V8XB 3S4UA 4DZ1A 5A5XA 1KWHA 5KDTB 2PBWA 3E13X 1MH3A 4ZE8A 4E0WA 5H8FB 3OENA 2ZXTA 4DLDA 5TP9A 3ZSFA 2UVHA 3ONMA 3A3UA 3O6GA 3KEIA 4MFIA 2GFEA 2NVUB 1GV8A 3W9VA 3IOWA 4ZZAA 4R6YA 4G4PA 1US4A 2F78A 3MZ9A 2IEEA 1T0KA 3TKDA 2DE2A 4ZEKA 1URDA 3DP6A 2GH9A 2CZLA 1B0LA 3TODA 3KSXA 3Q26A 5KDTA 4MH5A 1S9TA 4QSDA 3SERA 3VVFA 2XXQA 4H67A 5DT6A 1LAHE 3MZBA 1Y1ZA 4GL8A 4IY6A 4POWA 3TQWA 2F6PA 4ZDMA 5I56B 1IUDA 3MZ1A 3QAXA 1WDNA 4BLAA 1MRPA 3FV1A 1I69A 2VGQA 2ONRA 1IXCA 4XTCQ 1SW2A 4GXAA 4KI0E 4H5GA 2Y7IA 3THIA 3CG1A 4R9GA 2DXRA 2XHDA 4OXVA 3SEXA 1M5FA 1IITA 4U4SA 5ICTA 2O68A 2FYIA 4HTGA 2I6EA 3EN3A 4OEUA 5K2YA 3B6WA 4EUOA 2O1MA 1QULA 4Z0IA 3Q29A 4IB2A 1LB9A 5CMCA 2E0SA 2Q8JA 4TLLB 1N7WA 3T22A 3EF7A 4E0XA 2UYFA 4QFNA 3TUSA 1IIWA 1GR2A 4HCYA 3PD9A 4LQ2A 2QRYA 2H9BA 3HHFA 4U23A 1S7YA 3MVXA 1FTOA 1UIVA 3KOSA 4C0RA 3IOUA 4JWYA 1PEBA 1JEVA 4O3BA 3G3KA 3PUXE 4DXUA 4ZECA 2YJPA 4U22A 1B3GA 4BDRA 3FD3A 3M3LA 4PFTA 4EF2A 4F3PA 1AOVA 1HSEA 4OQOA 2ZNUA 1PDAA 1MXVA 4OTEA 1VSOA 3I3VA 4KCDA 3VLVA 1PB9A 3VV5A 3IO6A 1EH3A 1FQCA 2QS2A 3H06B 3PD8A 3N5LA 4R9FA 4XXUA 3SEVA 2HCAA 3QXMA 1MS7A 3O9PA 4POXA 2B3BA 5CRYA 5TU0A 3RPWA 4MLQA 3C35A 3H6UA 2Q2AA 3S9EA 4FAJA 1OLAA 3KN3A 1RYOA 1MM6A 1O63A 1WODA 3LSLA 4ECFA 1N76A 4U1OA 5DVFA 4Q8RA 1QVSA 1QW0A 3CFLA 1N84A 3R7XA 3UIFA 1RYXA 3RGYA 3GBBA 4F18A 1B51A 2F7CA 3QUJA 2XX9A 3K00A 5A5XB 4F1YA 2REJA 3BKIB 2OJTA 5FTIA 3QUFA 4KFQA 3VXBA 4L17A 2Y84A 3AXFA 3FXUA 1BTJA 1MPBA 1RKMA 2V25A 3OXNA 4JSDA 3OMBA 2XXYA 4GVOA 4P0GA 5L8DA 4F19A 2BJJX 2I48A 2R71A 3USDA 3M3KA 2I3WA 2NOOA 3JZJA 3BFTA 4ONYA 4HCWA 4I9DA 4IO3A 1QUKA 4H1XA 4ZE9A 1LAFE 1TFDA 2Q9TA 1DTZA 3K02A 5LOMA 2REGA 5I84A 4EQBA 3CRBA 3FJGA 4NF5B 4H0WA 2F36A 4LZ5A 4EQ7A 4IY5A 5FHOA 4BDOA 2VD2A 1MQIA 4U4XA 1IQ7A 3K2DA 3FVGA 4GOTA 4FORA 1MDP1 3F11A 3IJXB 1USYH 4LUBA 2X26A 4PFWA 2OBGA 4RJZA 3TZAA 3N6UA 3TCGA 5CM6A 4ESXA 1ZMGA 5I56A 4G8MA 4YKIA 1A40A 2A5TA 4GF8A 3ODBA 3GXAA 3H6VA 3VDFA 2OWSA 4EXLA 5L9OA 3SEUA 2HAUA 4IGTA 3ZKKA 3MVZA 3EHTA 4R6KA 4RK2A 4BDMA 4TOZA 1R9LA 2XXRA 1POTA 4M4GA 1A7LA 5KZTA 1AIVA 3T9UA 1NFTA 3CIJA 1AMFA 1JVYA 3H4ZA 1DMBA 2E1SA 1DOTA 1NNPA 3K6WA 3M8UA 3W9WA 4HW8A 3C36A 2FNCA 2UXAA 1CE2A 3BBRA 4FECA 1H76A 2H25A 4GRKA 4KCCA 4G8NA 1B4ZA 1DPPA 3H6WA 2DVZA 3PUYE 2A5TB 2V3QA 1LFIA 2HZLA 3K1MA 3TMGA 3O6IA 2DSFA 2D21A 2O6AA 5M2VA 4NF4B 5EHSA 4ZZEA 2Z8FA 1FTKA 5I58A 3C31A 3UP9A 4GQOA 1A8FA 2XXXA 4Q5TA 4RXLA 3TTRA 3UA8A 1DSNA 1OMPA 1B1HA 2ONKE 4G68B 3T9VA 5H8SA 1JW5A 2XXIA 5CI5A 1HSJA 2Z23A 3TTMA 1PC3A 1OIBA 1B5IA 3IJOB 4NTLA 2DQVA 4YU0A 3WAEA 1M5BA 1OLCA 2XXTA 3EQ1A 5H8HB 1VE4A 2G29A 3LSFB 1TT1A 1ZTYA 4QFKA 3IOVA 4DXBA 5L9MA 3G7WA 2Z22A 4H6DA 4FEBA 4OETA 4P11A 4U2RA 4PFUA 4H8IA 4PP0A 5ELVA 1MY0A 3RQTA 3OELA 4FJPA 4ZEBA 5AA2B 2CMOA 1MG1A 3FXQA 5CMKA 5I57B 1B32A 2ALUA 2HAVA 3RN8A 1NL5A 2XD2A 4GWOA 3EHUA 1EZ9A 1MXZA 2DYXA 4RY1A 3WAFA 4Z7EA 4LQ5A 2AYSA 1M5EA 5H8HA 3FGSA 3N26A 3UORA 4UA8A 3KZGA 3E9XA 5AA4B 4OWDA 5I2NB 2W7YA 4I1DA 2AL4A 1VFEA 3HHGA 4HS7A 1B3LA 1Q1KA 3RTWB 3FVKA 4MF3A 1JW1A 3TELA 5KCJA 2F35A 1SYIA 1JETA 5BWJA 3K6VA 4R73A 4X48A 3DP8A 3LSWA 5IKBA 3MPLA 1GTKA 3O6HA 4YMAA 2UVGA 5JK4A 1B3EA 2DP8A 1LFHA 3HCQA 2QS1A 2OCUA 2Q88A 3SETA 1URSA 4TQUQ 4C1UA 1ZJLA 2HEUA 3PUZE 4KHZE 3TEPA 1Y3NA 3CFZA 3FJ7A 2X7QA 4EQ9A 5BUUA 1SBPA 3C9HA 3R6UA 1Z7ME 1ZIUA 1MDQA 3KG2A 4GXSB 4G2ZA 3SEWA 4NWCA 4I8CA 3SESA 5J1DA 4RYAA 4ND9A 1D3KA 2OWTA 3H6TA 5JTYB 1JNFA 2ESNA 4KQPA 3TTKA 3D4CA 2OLBA 3S2VA 1MY2A 4NWDA 1B40A 1N7XA 3O28A 1XVYA 2DWJA 3MWBA 2I4BA 3B6QA 2H98A 1LLSA 2H4IA 1AH5A 3JYRA 2H5YA 2H99A 5CMBA 5FHMA 1S50A 1B3FA 3C4MA 2KLFA 3MUQA 3FVNA 1R6ZA 3N94A 3PGFA 4GIZA 4QFOA 4F39A 3OO8A 3EPEA 4LZ8A 4R2FA 1SI0A 2HFBA 5DYHA 3FZVA 3OSQA 3PPRA 3LC8A 4LA9A 4PQJA 3KOTA 4I62A 4RA1A 4OFOA 1P99A 2THIA 5EHMA 5CBSA 4AB5A 1R9QA 1B2HA 4IO4A 3MP1A 1MPDA 1TXFA 1B1XA 1ZU0A 3KBRA 4F29A 1QUIA 4IGRA 4NF5A 5ICQA 3UK4A 1FW0A 3LR1A 2P0SA 4OEVA 4YKKA 4Q0CA 4Q30B 3G3FA 4R6HA 2QS4A 2ANJA 4XKQA 2XXWA 3P7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3PMXA 4RNSA 2OX3A 3S9LC 1VR5A 1FQDA 3MQ9A 5FHNA 2R6GE 1II5A 4WEPA 1P1WA 2ZNTA 5DEXA 1R1NA 4AS4A 1OVBA 3RUMA 1FQBA 2Q2CA 4G8HA 2I3VA 1B4HA 1FPFA 1XVXA 4RPNA 1B7HA 1JEUA 2PMSA 4PAKA 2I4CA 1I6BA 2F8DA 3PU5A 2RCAA 1OQGA 4U21A 4BDQA 4F3GA 2QJEA 4R72A 3OD7A 3V8XB 1RDYA 5KDTB 2PBWA 1MH3A 3OENA 2ZXTA 2R8TA 4DLDA 3ZSFA 2NVUB 1BK4A 1US4A 2IEEA 1URDA 1B0LA 1NV0A 1EYIA 1LAHE 3TQWA 1IUDA 1MRPA 3FV1A 1I69A 2ONRA 3THIA 4H5GA 2Y7IA 3CG1A 2DXRA 4OXVA 4MX6A 4OVRA 1K9ZA 4TLLB 1GR2A 4HCYA 3PD9A 2H9BA 3KC0A 4P8BA 1PEBA 3PUXE 3IFAA 4U22A 3M3LA 4F3PA 3N5LA 2HCAA 3QXMA 5CRYA 4MLQA 4HXVA 4U1OA 4Q8RA 1QVSA 3CFLA 3UIFA 4F18A 3GBBA 3BKIB 2OJTA 1BTJA 1MPBA 1RKMA 4JSDA 3OMBA 4GVOA 2I48A 3USDA 3JZJA 2CEYA 3FJGA 4LZ5A 2F36A 4EQ7A 4IY5A 4BDOA 3RPLB 2X26A 4RJZA 4ESXA 4G8MA 4YKIA 4GF8A 4FBPA 4P9KA 4N8YA 2HAUA 4NAPA 1R9LA 2XXRA 3CIJA 1AMFA 1JVYA 5JEIA 1DMBA 2E1SA 3K6WA 1NNPA 3M8UA 5A5XB 4KR5A 3BBRA 4G8NA 1B4ZA 2DVZA 1G0IA 3PUYE 2DSFA 4NF4B 4GQOA 1A8FA 4Q5TA 1OMPA 5H8SA 2XXIA 1HSJA 4NTLA 4YU0A 2DQVA 1AWBA 1VE4A 2G29A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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