4NYFA

Hiv integrase in complex with inhibitor
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACDWAGIKQEPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of BI 224436, a Noncatalytic Site Integrase Inhibitor (NCINI) of HIV-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nyfA00
4CCHA 3V81A 3HK2A 3AVGA 3DM2A 1JLAA 4N41A 2W42A 1S9GA 3AA3A 2G8UA 1TKXA 4QOZB 1HNVA 5J2PA 2KTQA 4DSIA 1IKXA 4CJ5A 4NYNA 4Q5VA 4E1MA 3RRGA 2RPIA 2KZMA 4CERA 4HUGA 3AO1A 1JXBA 4OVLA 1T05A 3I0RA 2XY7A 2OA8A 3MXMA 3HM9A 1RBTA 2HNDA 4OKEA 3O3HA 4JRQA 4J2BA 1CLQA 4GMJB 4DQSA 3S3OA 1NK4A 4EZ6A 1Q8IA 4CGJA 4KI6A 4FJGA 1HQEA 2G8FA 4FJ5A 4ICLA 2HMIA 4I9QA 1YTUA 4AILC 3HSTB 4NCAA 1GOCA 2D0AA 3D45A 4DTPA 3NDKA 3JYTA 1Q9XA 3LAMA 4DTJA 1MU2A 1SKWA 4ZTFA 4DS5A 2BDPA 4HUEA 3OYNA 4PA1A 4F8RA 3NF8A 2IOCA 4CGDA 4Y1DA 2BANA 4H8KA 1N5YA 3JSMA 2KFNA 1TVRA 1RTJA 4N47A 1RTIA 1K6YA 4FZYA 3QEXA 1KVBA 1QQCA 3BGRA 4B9LA 3L2VA 1DTQA 4J2DA 4L8RB 4B8AB 3OYGA 3OYDA 3HO1A 2YNGA 4CHNA 4BWMA 4UQGA 1D5AA 3QIOA 2D0BA 4B08A 1TKZA 3K5NA 1NJYA 4E89A 1WN7A 5K14A 1JKHA 1TL1A 4O44A 4CEOA 2D5RA 3RRHA 3WNGA 3OYCA 2OPPA 4AH9A 5HRSA 3SQ2A 1T03A 1KFSA 2IC3A 4F2SA 4CEAA 4GVMA 4LY7A 1JL2A 2DFHA 3HP9A 4KV8A 1D9DA 4F4KA 5FRNA 1XC9A 1VSHA 2E6MA 3MXJA 4YNQA 4DTRA 4EP5A 3HVRA 4KB1A 3UIQA 1QS4A 3OYBA 3DYAA 3F9KA 1FK9A 1JLCA 4CF8A 3TANA 4BE0A 2YKNA 1WSEA 4W5QA 3NBPA 4FZXC 1J9AA 1VRTA 4CFAA 4FYDA 4DLEA 2NUBA 4Z4GA 1TL3A 3MEDA 2D0CA 3ITHA 3KKRA 5CZ1A 4AHRA 3P1GA 2ETJA 4CGFA 1S1VA 1JXEA 4I9LA 2G8WA 1ZBIA 3V4IA 1NK0A 3VQDA 2QKKA 2OPQA 4DMNA 1TK5A 4CGGA 3ZSWA 1SKSA 3S3MA 1RDCA 1YTAA 4DLGA 1ITGA 5KRSA 4N5SA 3IG1A 1DTTA 4DTSA 1FKOA 4Z4CA 1ZBLA 4B9VA 4FJ9A 4PWDA 1ASWA 4LSNA 3ZSQA 1VSIA 3M8PA 5JS2A 2XY8A 3VQAA 1D8YA 3KJVA 4BE1A 1RNHA 1NK5A 2Z1JA 3AO2A 2VWJA 3QEVA 4EZ9A 1I39A 5C42A 3SV3A 3OYFA 1EETA 3LP3A 4W5OA 2XY5A 1C0MA 3LANA 1RT3A 1RBVA 2A1SA 4LD0A 4E7JA 3S9HA 1LWFA 3O3GA 3CFRA 1L3VA 4NYFA 1J53A 4KTZA 1DLOA 1CZ9A 3IRXA 1UWBA 3QETA 1S1TA 1JL1A 4BACA 4FW2A 1S6QA 4R5PA 4FLYA 2HHUA 3LDSA 2FBVA 1BI4B 4CJ3A 4N56A 2PY5A 2GBZA 4E7LA 3SPZA 1KSPA 3K5OA 1BL3A 4J2EA 2DY4A 2VG7A 3SUPA 3SYZA 3VQ7A 3T19A 4HCCA 1U04A 3V1OA 4DTUA 4I2PA 1NKCA 1EXQA 1JLGA 3HPHA 4O55A 2IAJA 1WAFA 3V9UA 1QSYA 4CGIA 2HHTA 2PZSA 4ELVA 3TAQA 4AHSA 3CQ8A 3AA4A 5HRRA 4CHYA 3PO5A 4M41A 3RMDA 4FJ7A 4FJLA 1U49A 4OLAA 1BQMA 3DLRA 4KI4A 2EHGA 2GUIA 3K57A 1X9MA 1S5JA 1R0AA 3SZ2A 4NCBA 1RTHA 2XHBA 4FVMA 4ELTA 1ZBUA 2HVHA 2YHAA 3ZT3A 2RN2A 3NGZA 4FCYA 4N76A 2HVIA 1L3UA 4CECA 1VSMA 1XHXA 2Q3SA 4CF2A 2HHQA 1WAJA 3V9ZA 3DI6A 1RILA 3VN5A 1A5XA 3K59A 2X6SA 4DTXA 1U4BA 1WSFA 1IO2A 3LALA 4H4MA 3ISNC 4CK1A 3ZT0A 4CHQA 3QEWA 1BHLA 3PX6A 2YKMA 3OYHA 3CG7A 1BGXT 2FC0A 3OJSA 3HT3A 3K5MA 3QEIA 1GOAA 4BWJA 4PQUA 2ATQA 1HQUA 3ZSXA 3OYEA 4FK2A 3F73A 1CXUA 1C0TA 4FLWA 2XY6A 3C6UA 3EY1A 3MEGA 1LV5A 4KRFA 3MAQA 3C95A 4KAZA 4B8CA 1TGOA 3AVCA 3V9WA 4DG1A 3TAEA 1N6QA 4CIGA 2DFEA 4M45A 3AO4A 5E41A 4XIUA 1SL0A 3LWMA 3DRRA 1NKBA 3DLGA 3NF7A 3ASMA 4BE2A 1SL1A 4M3WA 5KRTA 3L2RA 4CJPA 2R7YA 4FLTA 1VSEA 2Z1HA 3DMJA 4FJNA 1FKPA 4OLBA 4E1NA 1LW2A 1QSSA 4HUFA 5I3UA 3K58A 4E7HA 4YFUA 1S9EA 4FLZA 1JLBA 4FM1A 3V9SA 4KKOA 4MQ3A 4OGEA 5C24A 1NOYA 4OPJA 1ASUA 4CHOA 1VRUA 2I5JA 3ULDA 3SUNA 3ZSOA 1NKEA 1YT3A 3SQ1A 3KLIA 4IDKA 3KK2A 4AHTA 1TKDA 2KQ2A 4JRPA 1TV6A 3AVAA 4ZHRA 1EX4A 2BE2A 3L2WA 1EP4A 3VA3A 1RCHA 3QNNA 2HNYA 4B9TA 3KD1E 4M3ZA 2HW3A 1LAVA 4DFJA 1D9FA 3C94A 4BDYA 4CEQA 3T1AA 3LZIA 4DS4A 3VQ6A 3HYFA 2VWKA 4DTNA 1I3AA 5SZTA 4ID5A 3QERA 3NH2A 3LZJA 4DWIA 4CF9A 3PX0A 3NFAA 3NGYA 1HYVA 4QAGA 3FFIA 4DQIA 1CZBA 3WNHA 4FJJA 4O5BA 3B6OA 2KFZA 2G8VA 1J54A 4CEFA 3G0ZA 5KI6A 2OZMA 3EZ5A 1F21A 1S6PA 1X1PA 3TWHA 4FK4A 1LW0A 4DF8A 2O4GA 3NE6A 4JLHA 3DRSA 1UA0A 4FJKA 1X9WA 3L8BA 2OYQA 1REVA 3OS2A 4DU4A 3IS9A 1C6VA 3PO4A 3NH1A 4CFBA 4M3XA 3HVTA 4HCBA 1BI4A 5HRNA 2A1RA 3RMAA 1KVCA 3L3VA 2Z1IA 1FXXA 4OJRA 3T3FA 1LWCA 1C1AA 2HHVA 1XWLA 2WOMA 2HHSA 2ZE2A 2RKIA 4Y1CA 1J5OA 3AVLA 2KZZA 3OYIA 4CF1A 4Q0BA 1KRPA 4CEBA 4DQRA 1EKEA 1XI1A 3AVHA 4C8LA 1WLJA 1O1WA 3O4QA 3HP6A 3K5LA 5J1EA 1HYSA 1A5VA 1CXQA 1A5WA 4C8KA 1HRHA 3OS1A 4DU3A 4DF4A 4I2QA 1LWEA 1RT5A 1T7PA 2YV0X 4IG0A 2O4IA 4K8ZA 4DTMA 4G1QA 4KFBA 3ZCMA 3OYKA 2E6LA 5KTQA 4E7KA 1B92A 4DQPA 2GV9A 1RT4A 4E19A 4BDPA 4FLUA 2QK9A 4B3OA 3K2PA 5CYMA 2JLEA 1KVAA 5HLFA 2PYJA 3HJFA 3SUQA 1IG9A 1IH7A 4O0JA 2YNHA 3KLEA 1RT2A 5CZ2A 2WONA 3DLKA 3SQ4A 3KKSA 3SJJA 4M3UA 4F3OA 3M8QA 1L5UA 2EX3A 4JS5A 2FBXA 5HP1A 1L3TA 4FXDA 4DU1A 4CJEA 3VQ4A 4Z4FA 3DOKA 4DSJA 2OPRA 3AVKA 2G8KA 1Q9YA 2HNZA 3LP2A 3AV9A 4IG3A 5J2MA 3SQ0A 3BDPA 3G10A 2XRIA 2B5JA 4B9UA 2X78A 4TSXA 4HVJA 3WNEA 3QLHA 3VA0A 1C0UA 2RF2A 3V1RA 3ZT1A 3LWLA 3KLGA 3EYZA 1QTMA 2G8IA 5KGWA 4CHZA 1RDAA 3OY9A 4IBNA 2DTUA 3CFOA 4CJVA 3OYMA 3MXIA 1KLMA 4B9MA 4GW6A 4CJQA 4W5RA 3NHGA 4DQQA 3IAYA 4FJMA 1RT1A 2ZQBA 3LPUA 1HYZA 1S1XA 5EU7A 1WSIA 3AA5X 1TK0A 4KB0A 3PY8A 4LSLA 2X6NA 4BDZA 4RW7A 3V6DA 2YNIA 1BIUA 4EP4A 4KHWA 1HNIA 3TAFA 4FK0A 4K8XA 5CYQA 3KLFA 3M8RA 3OVNA 5FROA 3LAKA 3ZSZA 2F96A 4CEDA 4MFBA 1W9HA 2P5GA 3AO5A 4CF0A 3AO3A 1TAQA 2Y1IA 4CGHA 4W5NA 3VQQA 1IKWA 3QIPA 5JS1A 4CEEA 4PUOA 4F2RA 5C25A 4KTQA 3VQCA 4H4OA 3WNFA 4HHTA 4M3YA 4PY5A 4RW8A 2KW4A 4QCLA 4I7FA 3SI6A 3S3NA 1WSGA 3DOLA 3NF6A 3VQ5A 3NH0A 3HXMA 2B4JA 2HB5A 1QE1A 4DSLA 3KK3A 2P1JA 1QHTA 1BQNA 1ZYQA 3HL8A 3PX4A 4O0IA 1NK8A 3TAMA 2LSNA 1BCOA 3DLHA 1VSDA 4CESA 3RTVA 4KHQA 2F8SA 2HHWA 4CJFA 3E01A 5J2NA 4RW6A 3NAEA 4KHNA 2E4LA 3AA2A 3VQBA 3A2FA 3NCIA 4FM2A 3U3YA 4ELUA 4OKKA 3KD5E 1ZBHA 2VG5A 3O4NA 3TAPA 1NJWA 4Z4HA 1RTDA 2QKBA 3VQ8A 3HPGA 1XHZA 4E0DA 4IKFA 1ASVA 3PV8A 4ZTJA 1NK7A 1JLQA 1S1WA 2B6AA 4IFVA 4J2AA 3CM6A 3SPYA 2IGIA 3KTQA 1VSLA 1HMVA 1RBRA 4NCGA 4AHCA 4CK3A 3AVNA 2DFFA 4HTUA 5J2QA 5I42A 2P5OA 4KHSA 3LP1A 1SL2A 4CFDA 3O3FA 3SCXA 2YNFA 4FZZA 1HPZA 1RDBA 4DSFA 4DSEA 1YVUA 3MECA 3I0SA 3TI0A 3CFPA 4RG8A 4RW9A 3RWUA 4O4GA 1C1CA 1JLFA 1UOCA 2Z1GA 3DRPA 3KIOA 3PUFA 4KO0A 4CJUA 4DFMA 2Y1JA 2FBYA 3OYJA 3RMBA 3V9XA 1ZBFA 3U3GA 4CIFA 3AVFA 1JLEA 3OJUA 1VK0A 1U47A 1KLNA 5HBMA 4CK2A 3CM5A 3SV4A 3TR8A 3NF9A 3DLEA 4CJKA 3RR8A 3B6PA 4E7IA 2P51A 3DLBA 3RMCA 3THVA 4M3TA 2ZD1A 3VQEA 4W5TA 1UAXA 2IDOA 1SV5A 2G8HA 2OZSA 1WSHA 3TAGA 3AVMA 3HPOA 4FLVA 1VSJA 5SWMA 3OYAA 2IS3A 1RDDA 2XO7A 4LH5A 4AHVA 1W0HA 1KFDA 1NJZA 1C1BA 1NJXA 1U45A 2PYLA 5HROA 5T7BA 4CJWA 3SNNA 1NK9A 1Z25A 5HRPA 3MEEA 4AHUA 4OGCA 1G15A 4FLXA 4FJIA 1B9DA 4RW4A 1TAUA 4Z4IA 1BIZA 1S1UA 5FRMA 1KTQA 1B9FA 4CE9A 4DFPA 4KTWA 1WSJA 4KREA 4KPYA 1VSFA 3ZT2A 1LAWA 1VSKA 4LH4A 4WE1A 4CJSA 3OYLA 3P83D 1L3SA 5CY4A 1IKYA 4FJXA 4FJ8A 4CJRA 3AVIA 4C8MA 3U6FA 4CJTA 3D0PA 3KK1A 4C8NA 4M3RA 4B9NA 1IKVA 2FBTA 3LP0A 4Z0UA 3OS0A 3I8DA 3L3UA 2X74A 4FW1A 3KLHA 4B9SA 3QESA 2AJQA 1Y97A 3CYMA 1X9SA 1NOZA 1BCMA 1BISA 5DMRA 4DSKA 3QNOA 4OPKA 2JGUA 4CIEA 4CHPA 1RBSA 4CEZA 3AVJA 2OPSA 2QXFA 1QSLA 3L2UA 3SUOA 3TABA 1UA1A 1WNSA 1RBUA 4ID1A 1NK6A 4FJHA 3RR7A 3ALYA 2ITGA 1Z26A 4CJLA 3V1QA 3VQ9A 4E3SA 4Z4EA 2HHXA 4C8OA 2BGGA 5FDLA 1GOBA 3C6TA 4OKJA 3TARA 1RT6A 1HJRA 4M42A 1T8EA 4IFYA 3ZSRA 3AVBA 4DFKA 4FM0A 3QO9A 3ZSVA 1KCFA 2F8TA 5KGXA 3L2QA 1SUQA 3M8SA 3QEPA 4KHUA 5D3GA 3P5JA 5DK5A 3QINA 4F3TA 3H08A 1SKRA 4JS4A 3LPTA 1RT7A 3ZT4A 2VG6A 4CJ4A 4KHYA 4CFCA 1U48A 3VQPA 3ZSYA 1TK8A 4DTOA 2YHBA 1TKTA 3NGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IUCA 3C6AA 1WOQA 1YXQA 4CBXA 2W42A 2W6LA 5J2PA 5IT9O 5KQDA 3RRGA 2RPIA 3GOIA 4CERA 4OVLA 1OH6A 5AQXA 2OA8A 1RBTA 2P9IB 2E2QA 4J2BA 1NK4A 3ZETA 1Q8IA 2QM1A 4I9QA 4JD2A 3T1YK 1GOCA 4DTPA 3THYA 1X9JA 3LAMA 1MU2A 1N32K 2BDPA 4HUEA 4B3TK 4CGDA 1N5YA 3JSMA 2WTUA 2KFNA 1RTJA 1RTIA 2QTDA 1KVBA 1IV0A 4B9LA 4DV2K 3OYGA 3HO1A 2YNGA 4BWMA 4UQGA 4JI3K 3GBTA 4B08A 3ZETB 1EWRA 2YCHA 3FR0A 1TL1A 5K14A 4IO9L 4JNEA 3MWPA 4CEAA 1VQNN 2DFHA 4KV8A 4F4KA 3LDOA 4DV5K 1VSHA 2E6MA 4CI6A 4YNQA 3I33A 4CF8A 4BE0A 1S72N 1WSEA 3NBPA 2CGLA 4FYDA 2Q97A 3VPZA 4DLEA 3ZX3A 3MEDA 3QDKA 4CGFA 4I9LA 3V4IA 1NK0A 3MCAB 4BC5A 2UYTA 2GWJA 2GTDA 3S3MA 4JAXA 1NNEA 4Z4CA 5JS2A 4LC9B 4BE1A 2Z1JA 2VWJA 3J8AA 3QEVA 1VQ5N 4MO4A 3F9MA 4JI5K 5C42A 2E5LK 3CCJN 4W5OA 1C0MA 3LANA 4E7JA 3S9HA 4LFBK 1UWBA 4FW2A 4R5PA 3IKMA 2ZF5O 3LDSA 4JKBA 4CJ3A 4N56A 4RWTA 4BY9C 4E7LA 1KSPA 2YHYA 2E8AA 4FPBA 5EY4A 4HCCA 1BG3A 2F9TA 3HPHA 1WAFA 3V9UA 3H46O 4ELVA 3DXKB 3TAQA 3CQ8A 3SMSA 4M41A 5BREA 4FJ7A 3P4IA 4YHHK 2EHGA 1S5JA 1R0AA 4FVMA 5AZIA 4ELTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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