4O0JA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-6-(3,4-dimethylphenyl)-2,5-dimethylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o0jA00
2EHGA 3ASMA 1LWFA 4GW6A 3THVA 2HVIA 3M8SA 4CJ5A 4E0DA 2KW4A 5KGXA 1NJXA 3KD5E 2F8SA 4BE0A 5J2PA 3SQ0A 3SZ2A 4ID5A 4DLEA 3ISNC 2XY7A 1J54A 1EXQA 1TAQA 3HVTA 4BWMA 3QIPA 3ZSYA 4CEFA 4E89A 4KKOA 1RT3A 3K5NA 4FJMA 4DQIA 1S1VA 1SUQA 2VWKA 1RTDA 1TV6A 1ASVA 1WLJA 3NE6A 3ZT1A 4ZTJA 4B9MA 1G15A 3OYCA 1RT5A 4DFJA 4MQ3A 4KB1A 2RN2A 1IH7A 4CIGA 4DF8A 4B9TA 4Q5VA 5DK5A 1Q8IA 1T7PA 4DSFA 3AV9A 4N76A 1TAUA 3RMAA 3TAQA 4I9QA 1S6PA 3T1AA 3O3FA 4L8RB 3HO1A 4IG3A 4I2QA 2R7YA 5JS1A 3C6TA 4EP4A 2XY5A 1HJRA 4B8CA 4FM2A 3VA3A 2FC0A 3V9UA 4HHTA 3O4QA 4KB0A 4JLHA 3VQDA 4DTMA 1BL3A 4CJ4A 4FJJA 4NYNA 3T19A 4KHQA 1TKDA 1NK8A 2DFEA 4CJEA 1NJZA 1VSKA 2HHTA 3NCIA 2KZMA 3VQ7A 3D0PA 5HROA 3FFIA 1JL1A 4KTWA 4CGJA 4CJKA 3KLHA 4QCLA 3VQEA 2WONA 4FCYA 2Z1IA 5KGWA 3KLFA 3AVHA 4FLZA 3F9KA 1HYZA 4J2DA 1BCMA 3ZSXA 1KCFA 4CESA 4ID1A 1I39A 1WSJA 5J2NA 1X9MA 4FJ5A 3AO2A 4CCHA 1XHZA 3A2FA 1RT2A 4DTRA 4CHOA 3BDPA 1QS4A 2FBYA 3NGYA 1BI4A 4DSLA 3VQQA 3V9SA 4RW6A 4AHSA 3LPTA 4CGGA 2D0CA 4DF4A 1FXXA 3VA0A 3KK3A 4CFDA 2HHQA 5KI6A 3RMDA 1LWCA 3AA4A 3F73A 1KVAA 1EKEA 4BWJA 1SL1A 4B9LA 2X78A 4KREA 5J2QA 3PO5A 4TSXA 3SUOA 4N41A 1CZBA 4PWDA 1SL2A 3LWMA 2Z1JA 2ATQA 4M3WA 1SV5A 2FBXA 2F8TA 4E7HA 4B9SA 3AVBA 3K5OA 5CYQA 2B5JA 3KKRA 1EX4A 1C1CA 4FJGA 4O4GA 4H4OA 4CJUA 3OJUA 1S1XA 3VN5A 3AO4A 4LH4A 4AH9A 3DRRA 1D5AA 2I5JA 1J53A 4CGIA 2JLEA 1B9DA 1RTIA 2ZD1A 1DTTA 2D5RA 3NF9A 4C8MA 4CFCA 1UOCA 4PY5A 4C8KA 1FKPA 1UA0A 4AHVA 4AHCA 3KLIA 4BE2A 3ULDA 3SPYA 3T3FA 4DFKA 2G8IA 3KTQA 2P5OA 1S1UA 4OGCA 2NUBA 2WOMA 3OYBA 3HVRA 2HHUA 1KTQA 4Y1DA 4CEDA 2EX3A 1VSEA 2XY8A 3O3HA 4KI4A 1RBVA 3S9HA 5JS2A 3CFPA 1D9FA 2LSNA 1TGOA 4CF0A 3OYAA 2HNYA 1W9HA 3G0ZA 3ZSWA 1ZBLA 1W0HA 3AO5A 3DOKA 4E1NA 3SPZA 4C8OA 2Z1GA 3DMJA 2OPPA 3CYMA 3ZT2A 4OLAA 2OPSA 4DSKA 4PQUA 2GUIA 2BE2A 2X6SA 3LWLA 3NDKA 2KZZA 3SV3A 3MEDA 4CEZA 3QEPA 5FRMA 2AJQA 1NJYA 2HNDA 4DS5A 1R0AA 2KFZA 3V9XA 3DLBA 4B8AB 4F3TA 4CHPA 5EU7A 4W5NA 1NOYA 3V81A 3PV8A 5K14A 1YVUA 3AVKA 3WNFA 1HPZA 3NGZA 2BDPA 2HHWA 2JGUA 3LAKA 2G8KA 4DTJA 4N56A 4CJPA 1ITGA 3OS2A 1QSYA 1YTUA 2B6AA 4I9LA 1HRHA 2FBVA 1ZBFA 4IBNA 1RNHA 1RTJA 1VSLA 2IS3A 3CG7A 4N5SA 2XRIA 3SYZA 1U4BA 5FRNA 1JXEA 4KV8A 4FLXA 2W42A 2OPQA 1DTQA 1FKOA 2PY5A 3HM9A 1BI4B 1ZBUA 2ZE2A 2HVHA 4FK0A 3IAYA 1S1WA 3SUNA 3MXMA 3AVCA 4E3SA 4W5OA 3AVAA 2DTUA 4DTUA 3HPOA 2O4GA 1RDDA 3PUFA 3VQPA 4DU4A 1HQEA 4DFPA 1IKXA 4W5QA 4DTNA 1HNIA 4J2BA 2YHBA 3L3VA 3L2UA 3LP0A 4KTZA 4DG1A 4EP5A 4CK3A 3PX6A 1RTHA 4O0JA 4WE1A 3E01A 4RW9A 3CM5A 4LSLA 3S3NA 1SKRA 1DLOA 4HVJA 2PYJA 3U6FA 1BHLA 2E4LA 3G10A 1S9GA 4M3XA 4CFAA 3IS9A 5SZTA 1GOAA 3KJVA 4FYDA 4E7KA 3LDSA 4FZXC 1C0MA 2GV9A 2VG5A 3EZ5A 2XY6A 3S3OA 1RBRA 4M3UA 1ZYQA 4KHYA 5C25A 4E1MA 4DTOA 3CFRA 1XI1A 3QNOA 4DQPA 3OJSA 4FJ9A 1JLEA 5C24A 1KVBA 1A5VA 1IKWA 2X74A 3AVFA 2ITGA 4RG8A 4W5RA 3OS1A 1X9SA 4RW4A 4CFBA 3LZIA 3TANA 1J5OA 4CJ3A 2YNGA 4EZ9A 1REVA 1Q9YA 4Z0UA 3CQ8A 4E7IA 4FJLA 4NYFA 1U48A 1U04A 3QIOA 5DMRA 3NF6A 4HUFA 5I42A 5T7BA 3TWHA 1RDBA 4FW1A 3K58A 4FLVA 2FBTA 4KAZA 3DYAA 3NH1A 2DFFA 5E41A 4OKJA 4CJWA 2Y1JA 2OZMA 2D0AA 3M8QA 4BDYA 1NK4A 1NJWA 1C1AA 3AVGA 3P5JA 3DLEA 3KKSA 1C0TA 3VQCA 3K5LA 3L8BA 1IO2A 1TKXA 3EY1A 3TAPA 4CGDA 4NCBA 2VWJA 2D0BA 3OYEA 1WSHA 3SJJA 4RW8A 1NKBA 3L2VA 1LWEA 4B9NA 4EZ6A 3DLGA 1SKSA 3RR8A 2IGIA 4BE1A 3DLKA 4E7JA 5HBMA 3QEVA 4FJXA 2QK9A 4XIUA 3DM2A 1NOZA 1U45A 3NF8A 4KO0A 4B9UA 1VSHA 3L3UA 1RDAA 4FLTA 1C0UA 1HYSA 1VRUA 2HW3A 1JXBA 2QKKA 4JS4A 3DLRA 3HPGA 3OS0A 3NAEA 3VQBA 5D3GA 4CECA 3DOLA 3LP3A 4Z4GA 1JLFA 3MXJA 4IKFA 2VG6A 1JLBA 4OGEA 3ZSZA 3TI0A 4CEQA 1FK9A 4MFBA 3DRPA 2A1SA 1VSJA 1UA1A 2HHVA 2HHSA 4H8KA 3O4NA 3OVNA 4KHNA 2HMIA 5HRNA 3PO4A 2IDOA 3VQ6A 1T03A 2OA8A 4Z4IA 3LPUA 1U49A 3AVIA 4I2PA 3OYLA 3V9ZA 2XHBA 2BGGA 3QETA 3LANA 3OYFA 1A5WA 3K5MA 1L5UA 3RRGA 1F21A 2YNIA 4F3OA 1BIUA 2E6LA 3K59A 1X9WA 4KHUA 4LH5A 4DLGA 2OYQA 1Q9XA 4DQSA 1NK6A 3ZT4A 1XWLA 1JLAA 1QQCA 4DMNA 3I8DA 3AVMA 3H08A 5C42A 1B9FA 3QO9A 3VQ8A 5HRSA 3RMBA 3V1QA 1WSEA 3P83D 3CM6A 3NBPA 4CGFA 1RT1A 2Q3SA 4E7LA 4FVMA 3QEWA 1D8YA 4NCAA 1WAFA 4KPYA 2O4IA 2DY4A 4FK4A 2ZQBA 3OYIA 4O44A 3V6DA 3VQ4A 3V4IA 1LV5A 2IAJA 3JSMA 1QTMA 5CYMA 1JKHA 1HYVA 2HB5A 3IRXA 5FROA 4CJLA 1RCHA 2G8VA 1NK9A 4OPKA 1VSDA 4CEOA 3MEGA 4HCCA 1LW2A 1TKTA 1TL3A 3MECA 3ZCMA 3OYGA 3TAFA 1WNSA 1N6QA 3SNNA 4FM1A 1A5XA 4FZYA 1WSGA 4FK2A 2YV0X 3C94A 5CZ2A 4CJFA 5SWMA 1T8EA 1KRPA 4FLUA 1SKWA 1S6QA 1CZ9A 3KIOA 3LAMA 5KRTA 1ASUA 1RT6A 1HMVA 2B4JA 4FZZA 3AVNA 4DTSA 4KFBA 3HSTB 2A1RA 4CF9A 4M3ZA 3AO3A 1NK0A 3SUPA 4FM0A 4W5TA 3OYKA 1NKCA 4GVMA 4CF8A 3OYDA 4FLWA 4Q0BA 4CIFA 4QOZB 1T05A 2P51A 1RT7A 3HYFA 3ZSQA 4R5PA 1O1WA 4HUEA 1RILA 4HUGA 3RMCA 4CJSA 4KTQA 4CF1A 3HXMA 4KI6A 2G8FA 4BDPA 4FJ7A 4F4KA 3L2WA 4M42A 4AHTA 2IC3A 3TR8A 3MEEA 1QSLA 4B9VA 1L3VA 4DSJA 1KFDA 3K2PA 5CZ1A 3QNNA 3M8RA 4CERA 3RWUA 3NF7A 4OKEA 2XO7A 4ZHRA 3NH0A 3KK1A 3SQ4A 4IFYA 1ASWA 4OKKA 4CEAA 3PX4A 4FJ8A 1EETA 4DU1A 3EYZA 4DFMA 3KLEA 3SQ2A 1KSPA 4KHSA 1GOBA 1C6VA 3LP2A 4LSNA 5HRRA 1QHTA 3SUQA 3D45A 3TARA 1TK5A 1KFSA 1LW0A 3QINA 4G1QA 4FJIA 4CHYA 4AILC 3CFOA 3C95A 1UWBA 4QAGA 4M41A 3WNHA 3HP9A 2P5GA 4FJNA 1B92A 3S3MA 3WNGA 4CE9A 1NK5A 1WAJA 5HLFA 4K8XA 1KLNA 3ZSRA 1D9DA 4B08A 4O5BA 4HTUA 2YHAA 3AA3A 3NH2A 3U3YA 3SQ1A 1RBSA 2PZSA 1TKZA 3B6OA 2HHXA 3QERA 3HK2A 2YNHA 1C1BA 1VK0A 3HPHA 3UIQA 3HL8A 1JLGA 4PA1A 4C8NA 2Y1IA 4LY7A 2HNZA 3AO1A 4UQGA 1BQNA 1ZBHA 2OZSA 2QXFA 4M3YA 1J9AA 4Z4EA 1YT3A 4H4MA 4F8RA 1CXUA 3OYHA 1GOCA 1IG9A 1LAWA 1VSIA 1BQMA 3L2RA 1K6YA 3BGRA 4M3TA 4CJTA 5HP1A 3QEXA 4ICLA 3RRHA 4CHQA 3PX0A 1RBUA 4Z4FA 2KFNA 4FJHA 4IFVA 1Y97A 3DRSA 5I3UA 3ZSOA 4CK1A 1S9EA 3AA5X 5KTQA 1VSMA 1KVCA 3KLGA 3JYTA 3SV4A 1WSIA 3AA2A 4CEEA 4Z4HA 3MAQA 3ALYA 1Z25A 3RTVA 1JL2A 4GMJB 4K8ZA 1NK7A 3HJFA 1X1PA 4ELVA 4Z4CA 3NHGA 1EP4A 3LZJA 4JRPA 3TAEA 4FLYA 1RT4A 2Z1HA 3DI6A 4M3RA 4M45A 3ZT3A 1BCOA 5J2MA 4IG0A 4OLBA 2KTQA 3V9WA 4BDZA 4DS4A 4CJQA 4CHNA 5KRSA 4HCBA 1ZBIA 1CXQA 3U3GA 3VQ5A 1LAVA 1U47A 2G8UA 3VQAA 4JS5A 1S1TA 4DWIA 1Z26A 4CF2A 4ZTFA 2VG7A 3ZT0A 2G8HA 1TK0A 4C8LA 3ITHA 2RF2A 1UAXA 4DQRA 3SCXA 2QKBA 1MU2A 1BIZA 3OYJA 2YKMA 3AVJA 4AHRA 4AHUA 2RKIA 3NGIA 4O0IA 2PYLA 4I7FA 1L3TA 5CY4A 3K57A 3WNEA 2F96A 4YNQA 1XHXA 1BISA 4BACA 1NKEA 4E19A 3NFAA 5FDLA 1TK8A 4DU3A 3AVLA 4N47A 3QEIA 3TABA 1L3UA 3RR7A 2X6NA 3OYNA 4F2SA 3KK2A 4O55A 4CGHA 3OYMA 3TAMA 2E6MA 4CEBA 4DSIA 4RW7A 1IKYA 4CK2A 3HP6A 3QESA 3V1RA 1I3AA 1HNVA 4FXDA 4B3OA 1KLMA 4FW2A 4CHZA 4FJKA 1VSFA 3QLHA 4NCGA 3KD1E 3PY8A 3I0RA 1BGXT 3LALA 5HRPA 2GBZA 4IDKA 4OJRA 3I0SA 1TL1A 4CJRA 3P1GA 4PUOA 2RPIA 1RBTA 1XC9A 2BANA 4OVLA 3ZSVA 4F2RA 4OPJA 2OPRA 4DTPA 3L2QA 3SI6A 1JLQA 3IG1A 4KHWA 1SL0A 1QE1A 4J2AA 2YKNA 1WSFA 3LP1A 3VQ9A 4KRFA 4CIEA 4J2EA 1TVRA 2IOCA 4ELTA 2DFHA 2ETJA 2KQ2A 3TAGA 1QSSA 3O3GA 3V1OA 1N5YA 3C6UA 4CJVA 1HQUA 3DLHA 1IKVA 3M8PA 2G8WA 4LD0A 2P1JA 2YNFA 1S5JA 1WN7A 1RDCA 4JRQA 3MXIA 1VRTA 4ELUA 3B6PA 3OY9A 4DTXA 3HT3A 4YFUA 1CLQA 4Y1CA 5J1EA 4DSEA 1L3SA 1YTAA 4DQQA 1JLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ASMA 4GW6A 3SAGA 3E9OA 4CJ5A 3THYA 1BOTO 1ATNA 3ZX2A 5KGXA 3KD5E 5J2PA 3SZ2A 3WQUA 3K5NA 1RT3A 4DQIA 1SUQA 1WLJA 3ZT1A 4I6MB 4B9MA 3E1YA 1G15A 4XH5A 3BEXA 1IH7A 3MN7A 1SAZA 4DSFA 1T7PA 4AQYK 4N76A 3RMAA 4I9QA 4L8RB 2QI2A 3HO1A 3O1BA 3OTOK 2R7YA 4O5FA 2P9SA 3C6HA 4DV5K 1KAXA 1HJRA 4FM2A 2OCEA 4KB0A 3VQDA 4XEIA 3U9DA 3VQ7A 1T3VA 4KTWA 3KLHA 3VQEA 1OH7A 1N34K 4FLZA 3F9KA 1HYZA 3D2EB 1YXQA 1X9MA 4OO1J 2O8CA 3AO2A 2QWQA 4EHTA 4WFNL 3KK7A 1KAZA 4DSLA 1BI4A 1K8AO 4RW6A 3LPTA 4KH6A 1FXXA 3VA0A 2HHQA 2VQEK 1NGBA 1LWCA 1D4XA 3AA4A 4BWJA 4KREA 5J2QA 4YORA 4JI0K 4PWDA 2NLXA 2FBXA 3Q7CA 5GAHP 1VQ4N 4U67L 4O4GA 4H4OA 4LH4A 1NGGA 1B9DA 3O9SA 3L6QA 4CFCA 4PY5A 2CGKA 1KC8O 3SPYA 1KQSM 1QZ5A 4OGCA 5GAEP 1JCFA 5HOOA 2WBNA 4BQZA 3ATVA 4CEDA 4IOAL 2GUPA 4KI4A 1TGOA 2HNYA 1ZBLA 1HJOA 1W0HA 4E1NA 2CH5A 3MMVA 3DMJA 4JI6K 5M1KA 3ZT2A 3PIPL 1T6DA 4DSKA 4B1ZA 2BE2A 3SV3A 5FRMA 4CEZA 2KFZA 4F3TA 1NWKA 1V4TA 3C0BA 5K14A 3NGZA 2BDPA 1HPZA 4IFEA 4BRNA 2G8KA 4DTJA 5EOYA 4CJPA 1QSYA 3OS2A 5FPMA 1N36K 2A3ZA 1HRHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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