4O4WA

Crystal structure of trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase ile45-gly mutant (tvag_497370)
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
RTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFGFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTKPNGAFTGEVTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDILKEDDEFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Engineering mutants with altered dimer-monomer equilibrium reveal the existence of stable monomeric Triosephosphate isomerases
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Trichomonas vaginalis
total genus 88
structure length 250
sequence length 250
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4o4wA00
2QCHA 3ANYA 1JUBA 3NPUA 3G22A 4GE8A 3W6YA 1L6WA 4PODA 1V5XA 3K30A 3PS7A 5FEWA 1BWLA 4JNMA 3GDTA 3HGOA 2E5DA 1Q6OA 1H1YA 4K7YA 2ZRXA 1KV8A 1ZENA 5F4WA 3W1UA 1M7OA 1PCWA 2WKJA 4MZ8A 5AHIA 4ORIA 1F6KA 4HIBA 1OFQA 2Q8ZA 1FXQA 4QAIA 1G4SA 3HJZA 5AC6A 1CX9A 4XQ6A 3GX9A 3NL5A 4MKNA 1EP2A 1UUMA 3BLFA 5H91A 3QM3A 3P81A 4W9TA 1LRQA 1N7KA 3TW7A 5D30A 3P8IA 4UTUA 2ATSA 3P67A 4IXHA 1RQBA 3O07A 3W9ZA 3NQ8A 5CSSA 1VPXA 5F1VA 2Y7FA 3W7GA 1KFJA 1OFDA 2NLIA 3NQCA 5E0KA 3T4CA 2QCDA 3W88A 4E2BA 3T55A 1EWDA 3ATZA 4O15A 5LNWA 2CZEA 2CLEA 2WNNA 4M6VA 3M5XA 4UTKA 1YXCA 4N9EA 2QJIA 3NL6A 5F2LA 4MFDA 3NQDA 3TSDA 4ZMGA 1Z44A 1P0NA 3Q37A 2ISVA 1GYNA 1NFBA 1M7PA 2FPVA 3UWZA 1H5YA 3G0XA 5DXYA 1LBLA 2E5CA 3M6YA 4HPJA 5FF3A 4PFMA 3R89A 4M5PA 1CW2A 2VEKA 3UY7A 3LI0A 4OQVA 5CPOA 3R12A 2J88A 3MP5A 1SO6A 2ZRVA 3QEZA 2HS6A 3LCHA 3S5OA 3FKKA 4NZFA 4H4IA 2E6AA 4DO4A 4O8RA 1G4EA 2GQ9A 4H6KA 5GVJA 4A21A 5C5YA 4HKPA 1KM0A 3SGZA 4YL2A 4O53A 3N9SA 1O95A 3W1TA 4O12A 1SW7A 3RNDA 4LW7A 2QCFA 3GLCA 2NUYA 1WYIA 3M5YA 4Z1AA 3VFLA 1O60A 2RDWA 1O94A 4MY1A 4FXSA 3ZS4A 1M6JA 2V82A 1TTJA 4N02A 4E2DA 5A8GA 2ALDA 5K3VA 1KW1A 2R94A 1I4NA 4UFIA 1P5BA 5DCDA 1LRTA 1FDJA 3L0NA 1W5QA 1FDYA 5D05A 2XFWA 4OU1A 4JY9A 4R7JA 4IXXA 4BWLA 3HOJA 2XN2A 2DP3A 4AHQA 4OV4A 3MBDA 5D32A 3UY8A 4O17A 1XXXA 3W7JA 1ADOA 1FX6A 3BW3A 3NZRA 1DJNA 5HWNA 3W23A 2YW3A 4NT0A 2CW6A 2QCGA 3IIPA 2KZHA 5F2IA 4PL1A 2J9ZA 2Q3RA 1QPRA 3C6CA 2W0UA 5DCEA 1DORA 3EWBX 4JTIA 4GJ1A 3A5VA 3A5FA 2IQTA 3B8DA 2FTPA 4HHPA 1W5PA 4LVBA 3KRZA 5LSMA 2J9XA 2X2GA 5T26A 5KINA 3M7WA 4WXYA 4WY0F 4AH7A 3RLVA 3THAA 4DELA 3DFSA 4EWND 2ZQ0A 1KTCA 1JRCA 3O16A 3NQFA 3N3MA 3RK8A 1B57A 1J5TA 3T40A 2PRLA 3LM7A 4KKXA 4O11A 3GAKA 6ALDA 4QITA 3B06A 3R8RA 3RU6A 3SJ3A 3N2XA 1KM2A 1AMKA 5AHNA 2VFEA 1I2PA 3V75A 3Q2DA 2GVLA 1UCWA 1XI3A 1TPWA 2A2IA 4LVAA 2H8XA 4N9CA 1Q6RA 2R14A 3RLUA 3P60A 1KM3A 3U2OA 5KZEA 1FWNA 3LTPA 3N2MA 3B04A 1Q3NA 1U83A 3DKLA 3TUUA 2ZZ5A 1ZY9A 1F5ZA 1G4PA 1S5VA 1Y0EA 4M7SA 4U4MA 2ZZ7A 3MP3A 2QUUA 3WJXA 4AWTA 3LLDA 4JX5A 1O5XA 2Y70A 4R33A 5D2VA 1UJPA 3DU0A 4DBEA 1H60A 4FX6M 2ZZ3A 1YXDA 3G1FA 2ZZ2A 3NPXA 4RZ6A 1GTEA 3HG3A 3KRSA 3L5MA 3HPSA 4WZHA 3QF0A 4LTSA 1IXPA 3LDVA 1C9DA 3F4NA 2QAPA 1EP1A 1XUZA 2YPIA 4NX5A 2EPHA 1LRNA 4A2SA 3G1DA 4B5NA 2TSYA 3DFOA 4K8EA 3OIXA 4JX6A 3S6DA 2H3DA 4OBTA 2H3BA 3UPWA 3UWYA 3VNDA 4UC5A 4YCPA 1H62A 2VEIA 5HQEA 4CLMA 2QJHA 4D2JA 3B03A 2DZPA 3W7CA 4ZQMA 1F2JA 3GDRA 1VCGA 2QF7A 2ZCGA 2PRHA 1LLWA 4KFPA 5HINA 2YYTA 1B3OA 4P61A 4UTWA 3S5NA 3BVJA 2O7SA 3TROA 1SW0A 1T0OA 5F4SA 1VHNA 1EB3A 1HFBA 2Y7DA 2BLEA 2QDGA 1YDOA 1T99A 3STFA 1OABA 3NM1A 3HBLA 2C0AA 4RJEA 1YTEA 2EGZA 3NEVA 1IXNA 1TPUA 4NU7A 3NNTA 1XC4A 1VCVA 2C3ZA 3C61A 3EXSA 3IV3A 2BTMA 3W71A 1ZAIA 1TPEA 3GNDA 2CLFA 5D37A 5BMXA 1RQHA 3IIXA 3W74A 2R8WA 2ZA1A 1TQJA 3QPYA 4JR5A 4K39A 1YLVA 4NNBA 3IVTA 2CLLA 4MJZA 3HG2A 2HTMA 2NXGA 4LWWA 4UFKA 1VS1A 5CZ0A 2A0NA 3LX9A 1K7EA 3NQ2A 4LVDA 3LHYA 3GK0A 4CNPA 1SU5A 3KVJA 4WX2A 1KV5A 3FIGA 3O6YX 1TPFA 3I68A 3LHTA 1TB3A 1XBYA 2FDSA 3NPVA 3NYZA 4IPJA 5G5IA 3G24A 3MBFA 4HNNA 5HUPA 4EF9A 3LBMA 3P62A 5LNSA 1EP3A 4QIUA 2VOMA 2YZRA 3H55A 4PL2A 3E0IA 1VYSX 2VENA 2FPTA 3W7LA 3EX3A 4Z0SA 1W54A 1LBFA 3L68A 4WQ6A 3LCWA 2OCZA 1SZEA 1JVNA 5SWUA 1NF0A 2C18A 4X9SA 1XM3A 1JULA 3B0UX 1D9EA 4FNRA 3C4UA 1LTDA 4UTIA 1X8FA 3DHFA 3P80A 1W31A 3W7KA 3BARA 4YMZA 2YFOA 3NA8A 2NX1A 5AN7A 3OVQA 4K7VA 3P74A 5I3GA 2B7PA 1W5OA 2W6RA 1LOQA 4QNEA 1JCYA 4XTIA 4JTUA 3SSJA 4O4VA 4BI7A 1ICQA 2GPTA 4Z1BA 2VEPA 4MUZA 4HPXA 1V7YA 3G3MA 4UCGA 1R47A 3A9IA 4O19A 5G2HA 2YFNA 2DU2A 2C14A 1VHCA 2A7NA 1GVSA 4WOQA 4PTNA 4XZ9A 1SO5A 4O57A 2YXGA 4JICA 2JKAA 3M44A 1AW1A 3E12A 4E38A 1H50A 1VR6A 4L4MA 5KMYA 3LV6A 4LS0A 3GDMA 4RX0A 1PIIA 4UR8A 5LZLA 3QQ1A 2V9DA 1ONRA 1W5NA 1G4TA 3TK7A 4MOZA 4FIRA 1GEQA 4MYAA 2CZFA 4DPPA 4JDBA 1OX4B 3M47A 2VFGA 1HG3A 4IMFA 4GXMA 1S5TA 5AHFA 3TDFA 3N34A 4A22A 1YTDA 3A24A 5K4XA 1WDWA 2CWNA 2FB3A 3NDOA 1OFAA 3NQ6A 1KFEA 1GYLA 2E6YA 4P2VA 1MEIA 1F6PA 5IM51 3ABRA 3DHDA 4JIQA 2FLIA 2WSYA 3NGJA 3TAOA 4K36A 1W56A 1FWWA 2A21A 5DN1A 2V2CA 1QR7A 2W79A 2V30A 3T44A 4JTJA 1MO0A 3W7DA 1LM1A 1OF8A 4MY9A 4QSHA 4IX2A 1ICSA 5AHLA 3SI9A 3W2NA 1IF2A 4ML9A 5AYYA 1UB3A 3HGRA 2C6QA 3B0PA 5F4XA 3TFCA 3TX9A 3W1AA 1K8YA 4I7WA 5EBUA 1Z48A 4CNNA 3CWOX 3W2LA 4Y9AA 4ZQRA 1QNVA 2GVJA 3F03K 3G3DA 1MXSA 3I65A 1AL7A 1AG1O 3PB0A 2J24A 3W85A 3UWVA 4OWGA 5FF0A 1TYGA 3ZR4A 4GRSA 4IMCA 1ME9A 2F84A 4IX0A 4ADTA 5EA9A 5G2IA 3LCFA 2ZYFA 2NWSA 3M16A 3TA6A 2H90A 5K2ZA 5BNKA 5U7SA 2QKFA 3EX2A 3MJYA 3W7PA 3G8RA 1FWSA 3P7YA 4AHPA 3DBPA 5BW6A 2NWRA 2EAWA 4ZVJA 2DZVA 4NX0A 4O16A 3HQ1A 3SECA 3M0ZA 5DY3A 2G97A 5AHEA 3VI2A 3GR7A 3W83A 4O14A 3P82A 3LRKA 1ZFJA 2ZRWA 3O63A 5CGQA 3UXDA 1F7BA 4JTSA 4L4LA 3UPBA 3WJSA 3E96A 4LNYA 1QO2A 3MYOA 1SSDA 5G1TA 3C0JA 3FKRA 2Z6IA 4NUWA 3C2OA 3NL2A 4FNPA 3TJXA 4O13A 4POCA 2Y7EA 1PHWA 3HPXA 1IGSA 2EF9A 1NSJA 3HB9A 4XUGA 5KSWA 4M6PA 1KFKA 4GUHA 2DJLA 1UASA 3CEPA 5E93A 5EKYA 4QQ3A 3THQA 4OHQA 1DHPA 5FF7A 1ICPA 5F2GA 3W73A 1KLZA 4GC4A 4JN6A 3G1VA 3P84A 4K8HA 4RKAA 2QCMA 1IXOA 1L6YA 4G1KA 1FCQA 3FOKA 5TIMA 1AW2A 3MI3A 1G6CA 3TV8A 1N8FA 1P1XA 3W70A 1R2TA 1QDSA 4MPQA 5EPDA 3W76A 3W7EA 3IVUA 5DBTA 3PBUA 1H7WA 5DELA 1EA0A 2X1RA 5K9CA 3W1MA 4GBUA 3B4UA 1RQEA 3A21A 3NQVA 3LXBA 1LP6A 4KFOA 4XBKA 3JRKA 3DI0A 1XUUA 4ONVA 5D2YA 1D3GA 1YDVA 4MJMA 3W7RA 1B4EA 4ZQNA 1JUEA 1XL9A 5C55A 1EUAA 3M1ZA 3LHVA 5EL1A 4Y8FA 3NR0A 4WOZA 5AYXA 2Y6ZA 1XBVA 2G96A 4DF1A 5I3IA 4O0ZA 4PA8A 4CQ9A 4MVAA 4H3DA 4TMCA 2WO5A 2BWGA 4JDYA 3L21A 1W3IA 1P4CA 3DI1A 3TJLA 5HR6A 3PB2A 1FCVA 5FI8A 1LBMA 5HUOA 5EY5A 3AJXA 3BPWA 3WK1A 3C8FA 4JTFA 1TREA 1VH7A 1OX4A 4YXGA 1I2QA 4XKYA 5CKSA 2HSAA 4K38A 1JQVA 4AVFA 2CFFA 1S5WA 2CLKA 4JTTA 1BWKA 2Y89A 4AHOA 2R91A 1E51A 1R46A 3GDLA 3KAOA 5I3JA 2X1TA 4KWWA 3ZFHA 5DY2A 2H8ZA 1A5CA 3SY5A 4YCOA 1TV5A 5G4EA 3B0VC 3QSRA 4DO5A 1YYAA 3EXRA 4JY8A 1SO3A 3LHUA 5BMWA 3L5AA 4FEZA 2YYUA 3STEA 5IBXC 3ATYA 3O1NA 3WJWA 5K4ZA 1JCLA 3LV5A 2ATMA 4UIOA 1WV2A 1WOBA 1ML1A 3EXTA 1RR2A 4FNSA 1VZWA 1JCJA 2RKXA 3TMLA 1JQXA 1I2OA 4N4QA 5HWJA 2WSQA 3LB0A 3F1QA 3S1VA 3UYCA 2QJGA 5HJLA 1KFCA 1EIXA 3LCGA 5I3KA 1JCXA 2QUVA 2JKPA 2A5HA 3LHWA 2DJXA 3DENA 3GVGA 2ZTJA 3C56A 2AQWA 1Z42A 5AHMA 4MZYA 4FIQA 4JTKA 4O1BA 3PAJA 2VFHA 3DFNA 3KRUA 3DH7A 1GTHA 3M43A 1H7PA 3CT7A 4GNJA 2I1OA 5AC8A 2GOUA 5FEXA 3TSMA 1OFEA 2ZRYA 1PCKA 2HMCA 2NUWA 2CLOA 1ZNNA 2RDUA 3FEMA 3EB2A 3W2MA 3U6WA 3PG8A 2DZSA 3EX4A 5FF4A 5D02A 1JCMP 4BF9A 3CLMA 3TXVA 2D73A 3QH2A 2Y63A 4O1DA 6TIMA 3W7IA 1A5SA 2CLHA 4I9AA 4DF2A 3W1LA 3KVKA 2AAMA 3O8AA 1UBSA 1XBZA 2AGKA 1WOAA 2NXHA 1C29A 1FCUA 4IGHA 4EIVA 4GUFA 2E6DA 1ME7A 3W1NA 4Y96A 4RV8A 1X7FA 3JR2A 1TRIA 3QFEA 2TMDA 2DZXA 3D0CA 3G0UA 4N2YA 2RH9A 5D2WA 1GVQA 4O10A 2VC6A 1KFBA 2JGQA 5CSRA 5F1UA 3W2JA 2X1SA 1GZGA 1SZNA 1W0MA 1QFEA 1LOLA 4JGDA 2QUTA 1GPWA 1PVNA 3UWQA 1G69A 5KZMA 2E6FA 1F74A 1KM5A 3VKJA 3FA5A 5G4WA 4K37A 3N73A 3GIYA 2YW4A 3TR2A 3EWZA 3OBKA 7TIMA 5AOUA 3EWWA 3W3OA 1G7VA 4AF0B 3NL3A 3LTSA 2E77A 4K6AA 4NJHA 2CZ5A 1CI1A 2GJNA 1K7FA 1A5BA 2GQAA 5DCBA 2YGYA 3OVRA 2I14A 2ISWA 3L67A 3Q94A 1NAL1 4FB7A 1OFPA 3L2IA 1J2WA 3SR7A 8TIMA 1YDNA 5FEPA 4HT3A 4UTLA 4S2BA 4O52A 5AC7A 3NQEA 1TV7A 4DEFA 3I7QA 3OVPA 3BW2A 1RZMA 4GFSA 5HULA 2QCDB 3QW4B 3G8EA 4EF8A 5HR7A 4LV9A 1QPNA 3P8JA 3PR2A 4GUGA 1AK5A 1EUNA 3MP4A 2O7QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5PTD A;  1JUB A;  1ZLP A;  1XSK A;  1U1U A;  3UJE A;  4POD A;  1UW9 A;  4LPC A;  5ABF B;  3MV1 1;  4F40 A;  4DAI A;  4K7Y A;  2ZRX A;  4R85 A;  1KV8 A;  2EEX A;  2XZ9 A;  4JHM A;  4MZ8 A;  4ZO8 A;  2DH3 A;  4ORI A;  3DHU A;  4XUY A;  3LPP A;  4QAI A;  1G4S A;  2VI0 A;  3F5L A;  4KMQ A;  3R43 A;  3NL5 A;  1PIF A;  4CD5 A;  3WDI A;  1LRQ A;  5D30 A;  3PJT A;  4UTU A;  4HA0 A;  1Q7M A;  5A6A A;  3PPH A;  2GGG A;  5F1V A;  1KFJ A;  2NLI A;  3GH5 A;  1XCW A;  4AWE A;  3XIM A;  2PGF A;  2QCD A;  1XG3 A;  4Q7B A;  4KRT A;  3WQW A;  3ATZ A;  2CZE A;  1BVN P;  1HJW A;  3DBN A;  1RD6 A;  1K4G A;  1DYS A;  1R6W A;  3TSD A;  1RXO B;  2HE8 A;  1CGX A;  5CGM A;  2ASH A;  4GO8 A;  1ISZ A;  1NFB A;  3QHM A;  1G01 A;  3O2L A;  2E5C A;  1GKP A;  3FAX A;  1EOM A;  4JFU A;  3R89 A;  3C2Y A;  2PWF A;  1CW2 A;  3UY7 A;  4XZH A;  2IQ0 A;  3SCW A;  3R79 A;  3QEZ A;  3GBE A;  3FKK A;  3S5O A;  3PWG A;  3T8Q A;  4FLO A;  2NT0 A;  1V02 E;  4O8R A;  4EPE C;  3DES A;  5I0D A;  3O7U A;  3TEV A;  2R1P A;  1X7I A;  3N9S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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