4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
2ARDA 5EB4A 2YQUA 4CBQA 2GEWA 2YVJA 2JKCA 2B9WA 1REOA 1XDIA 1K4QA 1ZK7A 1PDHA 4A7AA 1FEBA 2AR8A 1H7WA 2YG5A 2NPXA 4JNQA 4WX1A 1P2EA 1M6IA 4H4SA 4BV6A 4K5SA 1VDCA 3CNTA 2BYBA 3AEAA 4U2TA 3URHA 4U8PA 4XXGA 1KF6A 1K0JA 2OLOA 1ONFA 4J31A 4YWOA 2ZBWA 4K2XA 3RP8A 2DKIA 4H4PA 5M0ZA 4EIQA 2WPCA 1P2HA 2NVKX 2Q0KA 4Z24A 4D03A 4EMWA 3CIRA 4XWRA 4OPUA 3UP4A 4H4WA 3G5QA 2R0CA 3AD8B 4U2SA 4B65A 4CY6A 4GCMA 4EMIA 5BULA 3UKKA 1OJAA 1S3EA 2XVEA 4K7ZA 1UKVG 1PBFA 2BS2A 2R0PA 4A5LA 2JAEA 2C64A 1DJNA 2XFNA 4O5UA 2CFYA 4U8IA 2IVEA 3QJ4A 2OAMA 2B7SA 2X3NA 1LQUA 4A6NB 1ZMCA 2EQ7A 1CL0A 4K22A 1JRXA 1GOSA 3ALJA 3P4SA 1E1MA 1OJDA 2WDVA 3UKPA 2XLUA 3FMWA 3NIXA 1BGJA 4B64A 3RP6A 2GRTA 1ZOVA 3CNDA 1TYPA 1L9DA 1YKJA 2YLTA 2R4JA 2WS3A 1N1PA 4YTNA 5HHFA 3REDA 2OLNA 2GV8A 1K0IA 4CNJA 4B69A 3C4NA 1PBEA 4X9NA 2JBVA 4UDPA 1LJ1A 3IC9A 3CGCA 3KKJA 3UTGA 4APNA 2C3DA 2YVGA 3BHKA 1Z6LA 3B3RA 3ICTA 4N9XA 2GF3A 1RYIA 2E4GA 3BHFA 4JN9A 1GRGA 3UCLA 4BJYA 4B66A 4C77A 1IUWA 1Y56B 2JB1A 3I3LA 4C74A 3UTHA 4TLZA 3P9UA 1OJ9A 2H88A 2RGHA 2VRMA 3NGCX 4J56A 3R9UA 1NENA 3GMCA 4CRTA 3BNUA 5U25A 4JNAA 3K7TA 4IA6A 3P4PA 3GD3A 4NEWA 4NZHA 2ZZCA 1KNPA 1ZP0A 2V60A 1BZLA 2RABA 4ADWA 1D5TA 2HQMA 4B63A 3HZLA 1CC6A 1QLBA 3K7QX 1D7LA 4YSYA 1KFYA 4OPIA 4YKFA 4U8LA 5C2TA 1IUVA 3AB1A 2R0GA 4X4JA 4OPDA 1KSUA 1JNRA 3KPFA 4ZCCA 5JCKA 2C66A 5KWFA 2A8XA 2BA9A 2GQFA 2ZZ0A 3EAOA 2BK4A 3II4A 3WE0A 1COYA 4H50A 3AEEA 5FMHA 5U63A 3V3NA 1GRFA 4Y4MA 3IHMA 2GMHA 4J57A 5CQFA 3ISHA 2YLSA 2XVIA 3DK4A 1F8WA 5C3JA 4FDCB 3PS9A 3GMBA 3NYFA 2FJBA 4U2LA 5EOWA 4YT0A 5ER0A 2OALA 1IUSA 1PHHA 1OJCA 3QFAA 3ATQA 3F8PA 2WOVA 3AECA 4UDQA 1DXLA 1H6VA 4J33A 2YLXA 4EMJA 1GNDA 3O0HA 4BK2A 4C5OA 2H89A 3ATRA 1N4WA 2UZZA 1CJ2A 1NHSA 3UP5A 1GEUA 2Z5YA 4Z2TA 5IPYA 3BI4A 3CGEA 3L1RA 2YLWA 4DGKA 4H2NA 1D4DA 1TDOA 2CULA 3NT6A 1ZY8A 3FG2P 3GYJA 2Q7VA 1NHRA 2C3CA 2YG7A 1ZKQA 3UKQA 4DNAA 2YM2A 4JDRA 1YQ3A 5CKUA 4TM0A 4O5QA 2YVFA 1QO8A 4EQRA 3NLCA 1CBOA 4USRA 4I59A 3UOVA 3DH9A 1CJ3A 1CHUA 4E0VA 3DJGX 1FL2A 3G5RA 3DGHA 4B1BA 2XLTA 2C75A 5J60A 1E1LA 1GXFA 4PAAA 3B6DA 3NHOX 4H4ZA 3SQPA 1KSSA 2EQ6A 4BK3A 1Q9IA 2BC1A 1JEHA 2V3BA 3T37A 1ZYPA 5KVIA 3CGBA 1LVLA 3F8DA 1D4EA 1MXTA 1PJ6A 1H83A 1N4VA 3AEGA 1FECA 3CPHG 3UOXA 3CNSA 3ALMA 3FBSA 3GDPA 5GSNA 1GRBA 3ZYXA 4AP1A 2GR2A 1GETA 2YG6A 1PBDA 2BXRA 3D1CA 3LOVA 1F8RA 3VR9A 2XLRA 3AE4A 4A99A 3SFDA 4AT0A 4GUVA 3CGDA 3M0OA 2OA1A 1L9CA 2WOWA 1E1KA 1VRQB 3CN8A 5M10A 2V3AA 4KX6A 2PYXA 4A6NA 4H4XA 2FJAA 1B4VA 3DJJA 1GTEA 2WP6A 1XANA 1PBBA 3CNJA 3FIMB 4M52A 3ZDNA 4A79A 4JQ9A 5JCNA 2ACZA 1ZYNA 2XFQA 2VVLA 1PXAA 1NHPA 1BKWA 3DJEA 5HY5A 1NHQA 2XDOA 3AD7B 2DKHA 4EM3A 1CJ4A 4H2QA 1DOCA 3IHGA 4BJZA 1GTHA 3H8LA 1EL9A 3AYIA 4H2RA 4HB9A 1KDGA 4YSHA 2Q0LA 3GSIA 4H4RA 1CF3A 2QAEA 1ZOYA 1B37A 2XFUA 2YWLA 4AOSA 3ABVA 3EF6A 3UKLA 5FS9A 2VOUA 5HYMA 5FS7A 4EQSA 2WU2A 3UTFA 5KOXA 3GRSA 1JU2A 2J3NA 3DA1A 3ITJA 1VQWA 3UTEA 4EIPA 2YAUA 3K30A 3M13A 4H4VA 4CY8A 4YSZA 1GESA 3KU9A 3L8KA 3DJDA 1F8SA 1LTXR 3FPZA 3VQRA 3GWFA 4GRTA 3NTDA 4K5RA 3KVEA 2QCUA 4NTEA 3QVPA 2BC0A 3QSSA 5BVAA 1CC4A 1CJCA 3AE6A 3AE3A 1LQTA 3C4AA 1RSGA 3PO7A 4TLXA 4U8KA 3BI5A 1O94A 3OZ2A 3NYEA 1QJDA 3SFEA 4IV9A 3KLJA 4YTPA 2C76A 4AOXA 4LIIA 3CPJG 3LADA 4H4UA 1EL7A 1H7XA 2VVLG 1VG9A 1Y0PA 2YG4A 4GDPA 1E39A 1DODA 3SGLA 3IF9A 4H4TA 3NN0X 2TMDA 3DGZA 1NG4A 1TDKA 2C67A 1CC2A 3AE5A 2BXSA 1GRAA 3ICRA 1DOEA 3UOYA 3AEDA 5KRQA 1OJTA 2FJEA 4H4YA 2XFPA 5IQ1A 5BUKA 1GV4A 3P4QA 3LZWA 2YR5A 4U8OA 2X50A 3H8IA 4Z43A 4J34A 4IVMB 4U8MA 3NNEA 4B67A 2VVMA 1H81A 4ICYA 3UKHA 4H2PA 3D8XA 1GREA 3KA7A 2Z5XA 4J2WA 1M64A 1PBCA 4YSXA 2EQ8A 1PXBA 4ECHA 3E1TA 1NAAA 1NG3A 4XWZA 3JSKA 2JK6A 1PXCA 2QA2A 1D4CA 2X8GA 2PHHA 1DNCA 3G5SA 2YR6A 2X99A 4FX9A 4BURA 3LB8A 2WBAA 4RG3A 1F6MA 1GRHA 4K8DA 4NTDA 4DSHA 5KOWA 1TYTA 5KXJA 2XCGA 5TR3A 1O5WA 4JY2A 3ALLA 2Y6QA 5L46A 2WOIA 1E6EA 1ZX9A 2CDUA 4REKA 1IUXA 2V5ZA 2Y6RA 5BRTA 3AE1A 1FEAA 5FS8A 4NEVA 2O9ZA 3GD4A 2VQ7A 3ICSA 1YY5A 3P1WA 2JB2A 3VR8A 2A89A 2EQ9A 2V6OA 5JCLA 4J36A 1EL5A 1GALA 2R4EA 2C7GA 3QFBA 2V61A 4U8JA 1S2YA 3IWAA 1GERA 3GRTA 3PVCA 2F5ZA 1KNRA 1TRBA 3LZXA 4GDEA 4LU6A 2B9YA 4Z2UA 2BK5A 2GH5A 4Y4NA 4WCTA 4GF7A 4HA6A 5FS6A 2XFOA 3AEFA 1MOKA 4UDRA 2XVHA 2WHDA 1D7YA 1TDNA 4RG4A 4Z2RA 2WDQA 2APGA 4LA1A 4A9WA 2BCGG 2WU5A 3Q6JA 3COXA 3AYLA 2YM1A 1LV0A 2E1MA 4Z44A 4U8NA 1FCDA 2FBWA 2WP5A 3V3OA 2XLSA 3Q9TA 1BGNA 4TM1A 5DBJA 4CCRA 3S61A 4FK1A 4KPRA 3RNMA 3S5WA 5GRTA 4C3YA 1HYUA 2WP9A 3BNMA 4TM3A 2XVJA 4A65A 1Y56A 4IVOB 2GQWA 4OVIA 2BABA 2WETA 2B76A 1B5QA 1S3BA 4USQA 5JCMA 2W0HA 2B9XA 4FK1C 2XVFA 2Q6UA 3AXBA 3LJPA 1JOAA 2X8HA 4NTCA 2B7RA 1JRZA 3EPTA 2YG3A 2WPEA 5HXIA 2YR4A 1N4UA 1EL8A 3K7MX 3AE7A 2BACA 1VG0A 3OC4A 3CTYA 4I58A 2VRLA 4EM4A 3GWDA 5EB5A 2GAGB 2WQYA 2CVJA 1DOBA 1GPEA 5EBKA 4RSLA 4D04A 3UKAA 3AYJA 1JRYA 2GB0A 3CNPA 4CNKA 3V76A 2WESA 2R45A 3NN6X 1NPXA 2GMJA 2JB3A 3DMEA 4H7UA 2GR1A 1ELIA 1L0VA 3VRAA 4CCQA 3NK0X 4Y4LA 1ZMDA 4OPGA 2C65A 3NYCA 3GDNA 1SEZA 2FJDA 4OPLA 4MNNA 2A87A 3NG7X 3P4RA 1YQZA 1FOHA 1ZDLA 1XPQA 2E5VA 3AE9A 4B68A 1GSNA 3NKSA 2I0ZA 4PABA 3QVRA 1K0LA 3LXDA 2ZZBA 5IQ4A 4OCGA 3DK8A 1F3PA 2R46A 2GVCA 5JCIA 2XYOA 3BI2A 4EQXA 3ADAB 1DJQA 4JY3A 1L9EA 2AQJA 1IUUA 3DK9A 1Q1RA 1S2QA 3I6DA 1BWCA 1H82A 4P9SA 2XLPA 1GRTA 1IJHA 2GR3A 4IA5A 3VRBA 4OPTA 2YLZA 3NRNA 3NTAA 2RGOA 4TM4A 3AWIA 1H84A 3RHAA 2RGJA 2IVDA 2C70A 1X31B 1H86A 4X9MA 4UP3A 1IUTA 2C73A 2BS4A 1Q1WA 2AAQA 2QA1A 3NH3X 1EBDA 3UKFA 1YQ4A 2BS3A 3CPIG 1RP0A 3H4KA 3AEBA 3M12A 5LV9A 4MJWA 4AT2A 1XHCA 2TPRA 3RP7A 2GAHB 2IIDA 4C3XA 3KD9A 3QSMA 2BCPA 2R9ZA 4ZCDA 1TDEA 4YTMA 4YXDA 1B8SA 3AD9B 4AP3A 2YLRA 3NK2X 4ZN0A 1LPFA 5U1OA 1JNZA 1NEKA 2WPFA 3F8RA 1V59A 3EANA 1E1NA 4Z26A 2VZ2A 1O95A 4EQWA 3SM8A 1E7PA 1PJ7A 2VQBA 1TDFA 1W4XA 4GR1A 4OPCA 2WEUA 1MO9A 1NDAA 5J7XA 2GR0A 1PJ5A 2BK3A 3C96A 3VRDB 1AOGA 4DSGA 1PN0A 5KVHA 1GT8A 3AE8A 1BF3A 1PS9A 2WDRA 2X8CA 3NK1X 3QSEA 4H4QA 3UOZA 4Z25A 3AE2A 4BK1A 2C72A 3GYIA 4YKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EB4A 2LJKA 4L0UA 3F6DA 1XDIA 1H7WA 4BA7A 2NPXA 1K3LA 1TJDA 1F37A 1M6IA 3JCML 2JADA 5A4WA 4K5SA 1VDCA 2H6ZA 3CNTA 2BYBA 4U2TA 4O7HA 3URHA 3HYWA 2OLOA 3C73A 4K2XA 5E4WA 2ZBWA 3RP8A 1XFLA 2WPCA 5JWQB 4NAXA 1XWKA 1V57A 3AD8B 4B65A 4CY6A 5B8BA 4LMVA 3UKKA 2WJUA 1OJAA 4PURA 1HNBA 2B5YA 2CVDA 5ID2B 2C64A 4PGTA 4NXIA 4WKWA 4U8IA 1XWBA 2L4QA 3M9KA 2VLUA 2IMDA 3HVSA 4A6NB 3TKSA 3CBUA 2EQ7A 3LEFA 4K22A 3P4SA 1GWCA 4OO4A 3UKPA 5ECOB 4IP1A 4NV5A 2QSIA 2AYTA 4YAVA 2IL3A 11GSA 3NOFA 2ZNMA 1AQXA 5DDLA 1ZOVA 2B3SA 1TYPA 3VWWA 1YKJA 4V1Ap 1N1PA 1EGRA 1VF4A 2HRKA 4CNJA 2C3NA 4B69A 1PBEA 5D96A 1LJ1A 2RM6A 3KKJA 3BHKA 1Z6LA 4K1FA 2GF3A 5CNWA 3BHFA 5B6MA 4IQAA 3G9BA 3KM6A 4C77A 4WF4A 4PQHA 2JB1A 3GRXA 2CT6A 3ED3A 4J56A 1QGVA 3F4RA 2H88A 3NGCX 2ON5A 4CRTA 1Z6MA 5EY6A 5U25A 3UJ1A 4NEWA 1TDIA 2F51A 5COHA 1ZP0A 5JCWA 2V60A 2QKEA 4TR0A 3QD9A 1D5TA 2MBSA 5JCUA 1CC6A 2BRAA 4G6GA 1D7LA 1JZWA 1XOBA 3BBYA 5C2TA 3KD0A 1IUVA 2CQ9A 4X4JA 3KPFA 5CRGA 1G6WA 3EAOA 6GSWA 3WE0A 4YQMA 4H50A 1K3YA 1V98A 2F3MA 2OJLA 5ECNB 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3DJDA 3NTDA 3U6VA 4YQVA 3ZRDA 2QCUA 3MAKA 3QSSA 3RBTA 1CJCA 3AE6A 4IN0A 4FYUA 1LQTA 2R5GA 3ZVJD 3TGZA 2HE3A 3QCPA 4TLXA 1O94A 3OZ2A 2P5RA 3T0KA 1ZCPA 3KLJA 4YTPA 3J7Yb 4AOXA 4LIIA 1EL7A 3QAVA 4EXJA 4TN8A 2R4VA 3NN0X 1TDKA 2C67A 2CA8A 3MIXA 1GSEA 1CC2A 5KRQA 2LRTA 3I9V2 1OJTA 4H4YA 1GV4A 4L5LA 2NVLA 4U8OA 4IQ1A 1IYHA 1JZDA 4U8MA 1H81A 2VL9A 3HA9A 3UKHA 3D8XA 3RPPA 3D6IA 4ZILA 4XRAA 2Z5XA 4WEYA 4YSXA 1HQOA 2EQ8A 1PXBA 2FWHA 4ECCA 1NG3A 2JK6A 1U3IA 1GUKA 2H74A 4JU5A 2IIYA 2IWTA 2X8GA 2X99A 4KCAA 5KOWA 5D8IA 1GRHA 4DVCA 5KN0A 4QL7A 2CZ3A 2VCQA 2VCXA 1O5WA 5L46A 2WOIA 1E6EA 2CDUA 4REKA 2LJAA 1IUXA 3C1RA 2L59A 4NEVA 3P1WA 2JB2A 2A89A 1X9MB 1EL5A 1GALA 3QFBA 2V61A 2WB9A 1H4OA 3GRTA 4CW9A 3LZXA 3FR3A 4LU6A 2GDRA 2BK5A 3VFIA 3W6GA 2V32A 4Y4NA 5ABRA 3GUSA 5H5SA 2XFOA 2RUEA 3AEFA 2RUFA 1W89A 1E6BA 3EVIA 2WHDA 4HQSA 1TDNA 4A9WA 3ZIJA 4BVXB 2YM1A 3DIEA 4Z44A 5DAKB 2XLSA 1SK2A 2A2RA 2OACA 3G7YA 4K9ZA 4FK1A 4CCRA 3RNMA 4OFNA 4Q5RA 1SJ6A 2GQWA 2B76A 2GZZA 2VL2C 3GIXA 2UZ8A 2Q6UA 2GLRA 3LJPA 2B7RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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