4O5Q | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	521
structure length	521
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus	168
structure length	521
sequence length	521
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-12-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4o5qA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA03

2YG4A 2FJBA 2BYBA 1ZDLA 4TLXA 2GEWA 2WPCA 1CC2A 4YT0A 4YSHA 1JRZA 4TM1A 5FS6A 5J7XA 3ICRA 3AD7B 3ICSA 3P1WA 3URHA 4CNKA 3UKHA 2C70A 2E5VA 3C4NA 3NTDA 1CL0A 2WS3A 3CN8A 1BWCA 1GRTA 3GSIA 4Y4LA 4C74A 3M0OA 2UZZA 1GRAA 4U2SA 3SFDA 4H4ZA 4EQSA 1H7XA 1EL9A 2YLZA 4J2WA 3DH9A 1CC4A 1CJ4A 1RYIA 3BI5A 3COXA 3CTYA 2F5ZA 1VG9A 4FX9A 1EL8A 3UOXA 5L46A 1F6MA 2BS4A 1GPEA 4NZHA 4H4TA 1K0LA 3ZYXA 4YSXA 1F3PA 4U8LA 1GRGA 3UKFA 3RHAA 4B63A 3F8RA 1KSUA 1IUUA 1N4UA 2ZZ0A 4NTCA 3NYEA 2JB2A 3KA7A 1S2QA 2ZBWA 1JEHA 2GH5A 4J36A 2ARDA 3QVRA 1K0JA 3H8IA 4JY2A 4EIPA 1LPFA 4A79A 2XVIA 1GALA 2RGOA 1JOAA 4Z26A 2X8HA 2CVJA 4GF7A 4YTMA 1TDNA 3B3RA 3BNMA 2XLRA 1NENA 3H4KA 5EOWA 1VDCA 3GD4A 2OA1A 2YR5A 5TR3A 4I58A 5KOWA 4IVOB 4USQA 2R4EA 2EQ6A 1OJAA 4H50A 3FPZA 4BURA 2GR3A 1OJ9A 4YSYA 3AE6A 4K7ZA 3H8LA 3IHMA 1DOBA 3AE4A 5GRTA 4CY8A 2XFQA 3ZDNA 4B65A 1QLBA 3EANA 2FJDA 3UTGA 1RP0A 3AE1A 3UKLA 4Z24A 1PHHA 4OPTA 2VRMA 3GWDA 1B5QA 3NHOX 1IUTA 3NH3X 1DXLA 2AAQA 2XFOA 1DJQA 3B6DA 4H4YA 2IIDA 3DJJA 3GRSA 1H7WA 4CCQA 1CBOA 4D03A 3AYJA 2WDQA 3G5RA 1O94A 3AEGA 5JCKA 2BK3A 1KFYA 2V6OA 5DBJA 1XDIA 1TDFA 2R4JA 5IQ1A 1E39A 3ATQA 4IA6A 2C72A 1H84A 4K5SA 4IV9A 3F8DA 2B9WA 2OLNA 3PO7A 2XVFA 3SGLA 2R0CA 5KOXA 1IUXA 2BXSA 2C3CA 1B4VA 3AE7A 3LB8A 4ZCDA 5JCMA 3AE5A 1XHCA 3CNDA 2GQWA 2ACZA 3KKJA 3P4QA 4NTEA 5HHFA 3DA1A 3LADA 1TDEA 4H4UA 1VG0A 2X3NA 2EQ8A 5U25A 3GMBA 3NK0X 5FMHA 3AWIA 1V59A 1LVLA 2FBWA 4H4RA 2GR0A 3D1CA 1PBEA 2YLRA 2C73A 5BVAA 1PXBA 4X9MA 2WOVA 4B66A 4UDPA 1JRYA 4YXDA 3IHGA 4APNA 3ATRA 4USRA 4U2TA 1GV4A 1AOGA 1L9CA 2VVMA 2OAMA 4OPDA 3O0HA 4BK1A 3AXBA 1PDHA 3NK1X 2H88A 4Z2UA 4BK2A 1JU2A 2FJEA 2GR1A 2X8GA 5IQ4A 3P9UA 3VRDB 4K22A 3I6DA 4CY6A 4D04A 4GDPA 2WDRA 3NGCX 2A89A 2XLPA 1Z6LA 3OZ2A 2Y6RA 4WX1A 3UCLA 2J3NA 4GDEA 2XCGA 3CPIG 3KU9A 4J34A 4EM3A 2C67A 1MXTA 3LJPA 3D8XA 1GSNA 3VR9A 3VQRA 4J31A 4AT2A 4U8PA 3GWFA 2YAUA 1GRHA 3P4PA 1Q1RA 1UKVG 4DSGA 3AYIA 3HZLA 3P4RA 2BXRA 3M13A 4J33A 1LV0A 3WE0A 1KNRA 3NT6A 2Q7VA 1TYTA 4JY3A 3ABVA 2WPEA 3IWAA 1REOA 4J56A 1DNCA 4JNQA 3V76A 1E1NA 2WOIA 3KD9A 1XPQA 5JCNA 3ITJA 4YKFA 5M10A 3BHKA 3DGHA 3KLJA 1ZK7A 4HA6A 2GV8A 3UKPA 4GRTA 1B8SA 4C3YA 1GXFA 4H2RA 2QA1A 2B76A 2YM2A 4A6NA 1GOSA 1DODA 2XFNA 3K7QX 4LIIA 3GRTA 4GUVA 1NAAA 1YQ4A 4ADWA 1TYPA 2E4GA 3AEBA 3QFBA 1PBDA 3AEDA 3RP8A 3VRAA 2IVEA 3BNUA 2YR4A 4RSLA 1E7PA 1K4QA 2XFUA 2XYOA 1LQUA 1QO8A 5KXJA 4MJWA 3CNSA 4TM0A 2XVHA 3ALLA 4O5UA 1CC6A 3GYJA 3NLCA 5FS7A 2Z5YA 4C3XA 1ELIA 1MOKA 2JAEA 1F8SA 3K30A 1H86A 2C65A 4YKGA 3SFEA 3VRBA 3Q6JA 3QSSA 1B37A 1KF6A 1Q9IA 2WQYA 1VRQB 5FS8A 4CNJA 2C76A 3KVEA 5BUKA 4K2XA 1PJ6A 3RP6A 5JCLA 1GRFA 4ZCCA 1KSSA 1JNRA 3G5SA 2WETA 1CJ2A 3AEAA 4AT0A 1NG4A 3NRNA 3DGZA 3NYCA 2Q0LA 2AQJA 4FK1C 2V3AA 2CULA 2ZZCA 4EMWA 3BI2A 3NG7X 3UP5A 3ALMA 2GF3A 4H4PA 5IPYA 3UKKA 2C64A 3FG2P 2Q6UA 1FEBA 3K7TA 4WCTA 1GESA 1H82A 3NTAA 3E1TA 4P9SA 3UTFA 1E6EA 4OPLA 4U8NA 1PJ5A 1L9EA 3AD8B 3C4AA 4H2NA 1PBCA 2H89A 2WDVA 4A6NB 3AE8A 4AP1A 2PYXA 1ZY8A 5C3JA 4MNNA 4UDQA 2FJAA 2YG7A 4BV6A 2WP5A 1NHRA 1LJ1A 4RG3A 4UP3A 1QJDA 1KDGA 2BCPA 1ZX9A 4CBQA 3PS9A 2YM1A 2VVLA 3CGEA 4C77A 4EQWA 5HYMA 1D4CA 2BC1A 2QAEA 1H81A 2YQUA 3DJEA 3AB1A 1NHQA 2B7SA 4GCMA 3UP4A 1KNPA 1Y56A 2GMHA 1ZMCA 2V61A 1EBDA 2WEUA 4H4WA 3DJDA 3ICTA 3T37A 2GVCA 1BKWA 2JB1A 3I3LA 2EQ9A 4J57A 1COYA 4K8DA 1CJ3A 3FIMB 1LTXR 2AR8A 2XDOA 4B68A 1FL2A 4YSZA 1M6IA 1NDAA 4B64A 4LU6A 1PBFA 1PBBA 2R0PA 3LZXA 2W0HA 1K0IA 3DK8A 3Q9TA 5C2TA 3NK2X 2WOWA 3DK9A 2X8CA 4BK3A 1TDKA 2YLWA 5KRQA 4H2QA 2TMDA 1HYUA 2BK4A 4Y4NA 4ZN0A 1RSGA 1XANA 3AECA 2YG3A 1TDOA 5EB5A 2R45A 4H4SA 3PVCA 1ZYNA 2BA9A 4E0VA 4HB9A 1X31B 4I59A 4H2PA 3M12A 4EMJA 2YVGA 2YVJA 5EBKA 5LV9A 4AP3A 1ZMDA 2HQMA 3LXDA 2Q0KA 4UDRA 1E1KA 2R0GA 1SEZA 3QJ4A 1FEAA 2I0ZA 3P4SA 1PJ7A 3IF9A 1TRBA 2BACA 2YG5A 2WBAA 3DK4A 2BK5A 4Z2TA 3LOVA 3CNTA 2NPXA 2OALA 5GSNA 1S2YA 4OPIA 4EM4A 1H83A 1GNDA 3LZWA 3CPJG 4NTDA 4H4XA 1ZOVA 4KPRA 5CKUA 3RNMA 4RG4A 3REDA 2BCGG 4KX6A 1NEKA 4H7UA 2XVEA 2X50A 4U8KA 1PS9A 2TPRA 1FOHA 2WU2A 2YG6A 2YLSA 1IUWA 1NG3A 2JKCA 2V3BA 4Z43A 2BC0A 2BS2A 2X99A 3V3NA 1PN0A 3ADAB 5U1OA 4REKA 1F8WA 4XWZA 1CHUA 4CRTA 1O95A 1VQWA 2CDUA 2GAGB 3BHFA 2YLXA 3CGBA 3NYFA 4OPGA 5FS9A 5HXIA 2GR2A 4XXGA 1F8RA 1D5TA 5U63A 1GEUA 1P2EA 4XWRA 2WP9A 3F8PA 4ECHA 1S3EA 1L0VA 4U2LA 4Z2RA 2QA2A 1IUVA 4EIQA 1N1PA 3QVPA 3S5WA 4EQXA 3QSMA 1L9DA 3NN6X 4EMIA 3EAOA 2OLOA 3JSKA 4X9NA 2VOUA 3CIRA 1GERA 4YTNA 1BZLA 2YLTA 2WP6A 3DJGX 4OCGA 4A99A 2JB3A 3UKQA 2B7RA 2C75A 2C3DA 4EQRA 1GETA 5KVHA 3KPFA 3CGCA 4O5QA 2JBVA 3R9UA 5BULA 1M64A 1E1MA 5M0ZA 3EPTA 1CF3A 1BGJA 5EB4A 1FECA 4Z25A 2DKIA 1Y0PA 1IUSA 4K5RA 3G5QA 4FDCB 4OPCA 4H4VA 5HY5A 5KWFA 2O9ZA 1D4DA 1YY5A 2WHDA 2VQ7A 2NVKX 1JNZA 2R46A 2VVLG 4LA1A 4TLZA 4NEWA 2GQFA 3GMCA 3AYLA 3L1RA 3II4A 4IA5A 4JDRA 1DJNA 1Q1WA 2RGJA 3IC9A 3ALJA 2JK6A 1NHPA 1JRXA 4FK1A 4H4QA 1ZKQA 1YKJA 1S3BA 1E1LA 3CGDA 4TM3A 1EL7A 3SQPA 4X4JA 2XLUA 3UTHA 3VR8A 4M52A 4TM4A 4OPUA 1NPXA 4BJZA 1NHSA 2V5ZA 3ISHA 4YTPA 1ZYPA 5ER0A 3QFAA 4JQ9A 2CFYA 1CJCA 3EF6A 3AE2A 4A7AA 2ZZBA 4ICYA 4DNAA 3GD3A 1OJTA 1BF3A 1FCDA 3L8KA 4JNAA 1BGNA 1DOEA 1P2HA 2GB0A 3C96A 4IVMB 4BJYA 3OC4A 1EL5A 2Y6QA 2B9XA 4A5LA 4DSHA 1ONFA 2VZ2A 1YQ3A 1W4XA 1D7YA 2GMJA 1OJCA 3CPHG 1GREA 2B9YA 2RGHA 2C66A 2YWLA 4A9WA 1YQZA 3S61A 1O5WA 2WPFA 4U8OA 4YWOA 3QSEA 3UOVA 4B67A 2E1MA 1GRBA 3AEFA 2R9ZA 3UTEA 2XFPA 5KVIA 1N4VA 1DOCA 4U8IA 1ZOYA 4A65A 3GYIA 1D4EA 1IJHA 1MO9A 3NIXA 3AEEA 4JN9A 4NEVA 4AOXA 4C5OA 2APGA 3AD9B 5CQFA 4PABA 2YR6A 5JCIA 4U8JA 2QCUA 1GTEA 1OJDA 3CNJA 4PAAA 4CCRA 3DMEA 3NNEA 3UOYA 3FBSA 2GAHB 2VQBA 3BI4A 3GDPA 4GR1A 4B1BA 3FMWA 2BS3A 3UKAA 2XLSA 2IVDA 1PXAA 1PXCA 2WESA 2WU5A 2XLTA 3CNPA 2VRLA 2XVJA 4Z44A 2A8XA 4OVIA 3RP7A 3K7MX 4N9XA 1N4WA 3AE3A 3NN0X 4Y4MA 2PHHA 2V60A 2RABA 2C7GA 4DGKA 3GDNA 1H6VA 2EQ7A 4AOSA 3SM8A 1GTHA 3NKSA 3UOZA 4B69A 1GT8A 3V3OA 2GRTA 2A87A 2BABA 5J60A 1Y56B 2Z5XA 4U8MA 2YVFA 1LQTA 1D7LA 3AE9A 1ZP0A 2DKHA 5BRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2YG4A 4TOPA 1ZDLA 4USSA 3D6IA 1CC2A 4YT0A 5FS6A 3ICRA 5CNWA 3P1WA 4KX4A 3URHA 3NTDA 1M9BA 2WULA 1MDIA 3GSSA 3QCPA 3KCMA 1BWCA 1AC1A 1T4ZA 4Y4LA 3BOAA 3M0OA 4C74A 3IXRA 1TK8B 1GRAA 5AIXA 3EINA 1U3AA 1CJ4A 1OKDA 3KJYA 1GSSA 1U6TA 1X5DA 1VG9A 1EL8A 3UOXA 1F6MA 2BS4A 4NZHA 2DIZA 3CSHA 3L9SA 5INYA 2K8SA 4TR1B 1KTEA 2LJAA 3D22A 5HR2A 2HRAA 4HEA2 4J36A 2ARDA 3ERWA 3QVRA 3M8NA 1NM3A 1JHBA 2ZNMA 2BRYA 2HE3A 2RGOA 4Z26A 2CVJA 1TDNA 1TI3A 3BNMA 2GDRA 3GX8A 1A23A 5EOWA 4G10A 3WYWA 3A3TA 4XRAA 4POBA 4K7NA 2L4CA 1AQWA 5HFKA 3AE4A 4V2MA 1X9MB 5KMRA 3UIWA 2IJYA 2YWNA 1BJXA 2VLUA 3AE1A 4ZL9A 3LYPA 5DVBA 2ES7A 1PHHA 3VURA 2XFOA 1UC7A 1M2AA 4PX1A 4YAVA 1QUWA 1H7WA 5IOWA 2GTUA 2H01A 2FNOA 4ZL7A 3ZTLA 2VCTA 1PKWA 3AEGA 3TCOA 5L71A 5DBJA 1SK2A 3TRPA 3MSZA 4I5QA 4EE0A 1E39A 4IN0A 1VF1A 4K5SA 1H84A 3PO7A 2GS3A 3QPMA 2O8VB 5JCMA 3KP8A 3CNDA 1XHCA 2VLVA 2GQWA 1V58A 1B48A 2ACZA 4NTEA 5HHFA 4HQSA 3LADA 4H4UA 2X3NA 2BMXA 5ECOB 5U25A 3GMBA 1TTZA 1GRXA 1LVLA 2YLRA 4UDPA 2MBSA 1EOHA 2XHFA 2GQLA 3IHGA 4YQUA 2VO4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4O5QA

Total Genus

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Chain Sequence

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