4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
3S5WA 3GYJA 3NHOX 4B67A 1YQ3A 1FECA 4UDQA 2B76A 3SGLA 4HA6A 2R0GA 1S2QA 3P9UA 2PYXA 4JNAA 2BK4A 2CFYA 4EMIA 5EB5A 3P1WA 4ZCDA 4BK1A 3GYIA 4A6NA 4USRA 1KSUA 1DXLA 2WPCA 1GALA 2FBWA 1PXAA 5BRTA 1KNPA 2EQ7A 1H83A 2HQMA 1H82A 4GRTA 4IVOB 1MXTA 3NTDA 4E0VA 5HYMA 2A8XA 2WEUA 4U8MA 5BULA 1EBDA 2BS2A 4HB9A 2QA2A 2R46A 4H4UA 3AD9B 2EQ9A 1GETA 3ADAB 2NPXA 3T37A 3UKKA 1BKWA 2UZZA 2V60A 3LZWA 3UTFA 1FEBA 4YKGA 3QSMA 1MO9A 3F8PA 4UDRA 4FX9A 1GRGA 2BK3A 3NIXA 3GMBA 1GT8A 1LV0A 4DGKA 1KFYA 4CNKA 4EMJA 3LOVA 1TYTA 4C77A 3CNTA 1CJ2A 1OJCA 2BCGG 1S2YA 2WP5A 4H4TA 4JY2A 3NN6X 2VRMA 2GV8A 4I59A 4Z2TA 1PN0A 1PBDA 1BGJA 1XHCA 1ZMCA 3ABVA 2XYOA 1H7WA 2YR5A 4U8KA 4AT0A 3REDA 2VVLA 1TDKA 2XLRA 3AEGA 2Q0KA 4J33A 3CPJG 3UOZA 4IVMB 4IA6A 4AOSA 1JEHA 5U63A 5U25A 1JU2A 2FJBA 1QO8A 3UCLA 3O0HA 1LVLA 3AE8A 3FPZA 4CNJA 1F6MA 2JB1A 2YLXA 2Z5YA 2Y6QA 3FBSA 3FIMB 4H4QA 3CNDA 4XXGA 5FMHA 4FDCB 4TLZA 5JCIA 2ZZBA 3ALMA 4JN9A 4LIIA 1LPFA 2FJDA 4A65A 1NG4A 2WDVA 2VVMA 1LQUA 2XFNA 3D8XA 5IQ1A 1Q9IA 4ECHA 1K0JA 2FJEA 2BCPA 2YM1A 3P4SA 1K0LA 2Z5XA 4B69A 3SFDA 3P4PA 3V3OA 3BHFA 4H4YA 5JCNA 3ATRA 3K30A 4EQRA 1D4CA 1QJDA 1YQ4A 3CGBA 1EL9A 2JB3A 3AD7B 3FMWA 3ICTA 2C7GA 4RSLA 1D7LA 2BXSA 2C66A 2V61A 3GWFA 4A6NB 4YT0A 1FEAA 2JKCA 2A89A 1CJ3A 1JRYA 4OPUA 3B6DA 3EF6A 3IHGA 2C73A 3QSSA 1DJNA 4H4WA 1E1MA 3AEAA 3K7MX 1XANA 5GRTA 4J56A 2WPFA 1D4EA 2WP9A 1XPQA 5KVIA 4Z26A 2BC1A 2WDRA 4U8PA 3AEFA 4CY6A 2X8HA 4YKFA 3DH9A 2C70A 4CCQA 2C76A 2GF3A 1PBEA 2YG6A 3QFAA 2H89A 3PVCA 2YR6A 3SQPA 4H4VA 4U2LA 2GMJA 3GDPA 1CC6A 1ZOYA 2O9ZA 2ACZA 1IUSA 4H4PA 4EIQA 5FS6A 5GSNA 3UOYA 4H4RA 2GR1A 4Z24A 4Z2RA 2GAHB 2GEWA 1RYIA 4IV9A 4WCTA 3I3LA 1DOCA 1CC2A 3NT6A 1KDGA 4K5SA 5EOWA 2B9WA 5HHFA 1VQWA 4TM4A 5TR3A 4MJWA 1D5TA 2C3CA 3FG2P 2B7RA 4NTEA 1CHUA 3CNJA 3G5SA 3V3NA 2BS3A 3G5RA 2J3NA 1GRAA 2YLSA 4ICYA 3ZDNA 2I0ZA 2JAEA 3IF9A 3S61A 4JDRA 4J36A 3CPHG 1LJ1A 4OPLA 1Q1RA 4U2TA 4YWOA 4ZN0A 3NLCA 5M0ZA 5HXIA 3AEBA 5KOXA 2R45A 4DSGA 1N4WA 2BACA 2XFOA 1VG0A 2YLRA 1TDFA 2E5VA 1IUXA 1JRZA 3JSKA 1CF3A 3AE3A 2EQ8A 1H81A 1OJ9A 2F5ZA 4ADWA 4APNA 5FS8A 4B63A 3RNMA 4C3XA 2R4EA 3VRAA 3AWIA 1TYPA 3B3RA 4NZHA 1COYA 2XFUA 4JQ9A 2VOUA 2E4GA 1OJDA 1YQZA 2YR4A 3ATQA 3UKFA 4KPRA 1PBFA 1CJCA 4OCGA 4GR1A 3H8IA 2JBVA 1VG9A 1TDOA 2WOVA 3NG7X 1S3EA 2WOIA 1N4VA 3P4RA 1IUVA 3CNPA 4DSHA 2AAQA 4B64A 1LQTA 2XLSA 1GSNA 3F8DA 3UOVA 3NK2X 2GMHA 1E39A 3NKSA 3GSIA 3H4KA 1JRXA 2C65A 5BVAA 2WU5A 5M10A 4YSZA 1ZMDA 1TDEA 2VZ2A 3AE7A 1W4XA 3ZYXA 1CBOA 5U1OA 5KOWA 2BK5A 3EANA 4K22A 3II4A 3VRDB 1Y0PA 3SFEA 1KSSA 2WP6A 2ZBWA 3DJJA 1P2HA 2QCUA 3DK4A 3UKPA 4YXDA 3CPIG 2B9XA 2WU2A 2YG4A 1EL8A 1F8SA 2B7SA 3NYFA 1KF6A 4OPDA 3AYIA 1O5WA 2Q0LA 1Q1WA 3AECA 4LU6A 2IVEA 1OJTA 2CVJA 5HY5A 3OZ2A 3UKAA 1GRFA 2VQ7A 3EPTA 4AP1A 1JOAA 1ELIA 3ICRA 1E6EA 3CGDA 3CIRA 3RHAA 1B8SA 1VDCA 4Z43A 2BYBA 2XFPA 4NTCA 3DJEA 3GRTA 5EBKA 3RP8A 2YM2A 4J57A 2WETA 2VVLG 3UOXA 2GH5A 4OPIA 1N1PA 1F8WA 1GXFA 3SM8A 1B5QA 2GVCA 3AE5A 3BNMA 4UDPA 1E7PA 4YSXA 2WBAA 1FCDA 3CGCA 1DJQA 3C4NA 1DNCA 2XVFA 4PAAA 4RG3A 1L0VA 1X31B 3AEDA 3KVEA 1L9DA 1ZK7A 2YLTA 3D1CA 2Q6UA 3DK9A 1BZLA 1GOSA 4K7ZA 3VRBA 1V59A 3LZXA 2XLPA 1B4VA 5JCKA 1D7YA 2RGJA 2XLTA 4KX6A 4U8IA 2X8CA 2R4JA 3LJPA 2C75A 4K5RA 4CBQA 3BHKA 2OALA 4OPGA 1ZP0A 2OLOA 1F3PA 2GAGB 1NHRA 2H88A 2YQUA 3KU9A 2XVHA 4REKA 4A9WA 4J31A 2ZZCA 1DOBA 2WESA 2XVIA 3KA7A 1GESA 1E1LA 2X3NA 2XCGA 3DJDA 3M0OA 3CTYA 4YTNA 2BC0A 2QA1A 4BK3A 4D04A 1DOEA 1NG3A 1PDHA 3GDNA 1BGNA 1VRQB 1IUWA 2XDOA 4B65A 1B37A 2OAMA 3F8RA 3ALJA 3DA1A 3NK1X 2FJAA 3AE2A 3Q9TA 1XDIA 3ISHA 5CQFA 5BUKA 1ZY8A 2YG5A 3E1TA 4BURA 1GRHA 2V5ZA 1DODA 3OC4A 5L46A 1S3BA 1FOHA 3GMCA 3AYLA 3GWDA 3UTHA 4Z2UA 3AXBA 1PBCA 2GRTA 4H50A 4AP3A 3DMEA 2X8GA 3BNUA 1O95A 4DNAA 5LV9A 4TM0A 4RG4A 2XFQA 4U8JA 4CRTA 5DBJA 3BI5A 1OJAA 2VRLA 4J2WA 1GPEA 4O5UA 1ONFA 3AD8B 4TM1A 3BI2A 2JK6A 2BA9A 1NHQA 2W0HA 2E1MA 4OPCA 3BI4A 3M13A 3I6DA 5J60A 3C96A 2VQBA 3KKJA 4GDEA 3DJGX 3DK8A 1F8RA 3KD9A 2APGA 1RP0A 2GB0A 1PXBA 2DKHA 2YLZA 3AEEA 1IJHA 3EAOA 1Y56A 4NEVA 5FS7A 2TMDA 4Y4LA 1GNDA 2C72A 2JB2A 4AOXA 1NHSA 5KVHA 2X50A 4NTDA 2R9ZA 4U8OA 3IHMA 4BK2A 1REOA 4N9XA 2RGOA 1N4UA 3NNEA 1PJ7A 3NK0X 4YSYA 4A79A 3ICSA 1BF3A 1TDNA 4O5QA 1JNZA 4FK1A 2EQ6A 3G5QA 4K8DA 3QVRA 4AT2A 2IVDA 1ZDLA 3LB8A 2V3BA 2R0CA 3UTGA 1FL2A 2WQYA 2WS3A 2B9YA 3Q6JA 4YTMA 3ITJA 1PHHA 2YLWA 1E1KA 1UKVG 1SEZA 2ZZ0A 3P4QA 2WHDA 3CGEA 3UP4A 4B68A 1Z6LA 1CL0A 3KLJA 4U2SA 3ALLA 2Q7VA 5C3JA 3NGCX 5IQ4A 1KNRA 4WX1A 1PS9A 4NEWA 1ZOVA 2GQFA 4MNNA 3COXA 3RP7A 5ER0A 4EQSA 2PHHA 3CNSA 4LA1A 4X9NA 3GD4A 1AOGA 4K2XA 1NHPA 4D03A 2CDUA 1GEUA 1O94A 4YTPA 4H2NA 4B1BA 2YG7A 1H84A 3R9UA 1D4DA 1PJ6A 3WE0A 4H2QA 3QJ4A 1P2EA 3L1RA 3UP5A 5FS9A 4TLXA 1L9CA 2X99A 4ZCCA 4EQXA 5KRQA 2C3DA 3AE9A 4UP3A 4A7AA 1GTEA 4GCMA 3QVPA 4Y4NA 3NH3X 4YSHA 2GQWA 1EL7A 4BJZA 2BABA 1ZYPA 1NEKA 2DKIA 3LXDA 4GUVA 4U8LA 4C5OA 5JCMA 4Y4MA 3PO7A 4USQA 4CCRA 2XLUA 4H7UA 1GV4A 1CJ4A 1E1NA 4H2PA 3K7TA 1NENA 2WDQA 4EIPA 2XVEA 3AE1A 4PABA 1IUTA 1PJ5A 4CY8A 3NRNA 3NTAA 4H2RA 1H86A 3IC9A 3V76A 1Y56B 4XWRA 3URHA 5IPYA 3LADA 4P9SA 3KPFA 1JNRA 2V3AA 4A99A 4A5LA 3AYJA 3VQRA 1HYUA 3VR8A 3UKQA 4X9MA 3UKLA 1K0IA 1GTHA 1ZKQA 3DGHA 1GREA 4EQWA 5CKUA 4BV6A 4X4JA 4IA5A 4OPTA 4I58A 2GR3A 4B66A 2C67A 3AB1A 3PS9A 4XWZA 1M64A 1MOKA 2QAEA 2YVGA 4H4ZA 1M6IA 5JCLA 2WPEA 3IWAA 2C64A 2GR2A 2R0PA 1TRBA 3VR9A 1IUUA 3NYCA 2YVJA 4H4SA 2YG3A 2Y6RA 1NAAA 3UKHA 2OLNA 1ZYNA 1H6VA 1EL5A 2CULA 2OA1A 3CN8A 1GERA 2AR8A 4FK1C 5J7XA 2YVFA 1NDAA 1L9EA 2AQJA 3QFBA 2TPRA 1QLBA 2BXRA 1GRBA 1GRTA 2YAUA 2WOWA 4C3YA 4EMWA 2XVJA 3HZLA 3DGZA 1H7XA 1ZX9A 2IIDA 4Z25A 3K7QX 4EM3A 2ARDA 5C2TA 2RGHA 3RP6A 5EB4A 4BJYA 4GF7A 4JY3A 4Z44A 3L8KA 4H4XA 2GR0A 3UTEA 1LTXR 3H8LA 4JNQA 2V6OA 3C4AA 1NPXA 3QSEA 3AE6A 1K4QA 3AE4A 3M12A 4J34A 4OVIA 1PXCA 4TM3A 2NVKX 1BWCA 1CC4A 3GRSA 4M52A 4C74A 3NYEA 1PBBA 4GDPA 2A87A 3NN0X 5KXJA 3GD3A 4EM4A 5KWFA 1YKJA 2RABA 1YY5A 2YWLA 1RSGA 2BS4A 4U8NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WJUA 2GQKA 2HXKA 5E4WA 5KN2A 3GYJA 4LLRA 1YQ3A 4AJ7A 4B67A 1DUGA 3SGLA 2R0GA 4EE0A 3EMXA 3IOSA 2GT6A 3L0HA 1U6TA 3GYIA 3EINA 1AIUA 2HZEA 1KEBA 2VUPA 2AYTA 4ILFA 1GALA 2FBWA 4WETA 5DALB 2AHEA 4PUFC 4IVOB 2A8XA 2WEUA 4G2EA 4Q5FA 3RPNA 2L59A 2BS2A 1BX9A 2QA2A 5ID2B 2LQOA 4BVYA 2F8AA 3FKFA 1WPIA 4YQMA 3IK9A 4LMVA 5G5EA 1FEBA 4TXOA 5CRDA 3LW9A 2KUCA 5BMUA 4FX9A 3WT1A 1HNAA 2H1BA 1KFYA 4EMJA 3C1SA 5DBQA 3LOVA 4C77A 1CJ2A 5J4UA 2IFQA 2BCGG 6GSUA 3IDVA 4JY2A 3DIEA 1PN0A 1AQWA 1ZMCA 3REDA 1GSUA 4KF9A 4G0LA 3AEGA 4O32A 2H1GA 4FIWA 1JEHA 3CRUA 1ERWA 2FJBA 1QO8A 3UCLA 2OKAA 3N9JA 1C72A 3AE8A 2BMXA 1V57A 3I6AA 2C3QA 2VLVA 3HZ4A 1U3AA 3LGCA 3FIMB 1OAZA 1ST9A 1UVZA 4MZCA 4XXGA 2ZNMA 5JCIA 1OC9B 2ALBA 3ALMA 4HUAA 1T4ZA 2WDVA 2VVMA 1LQUA 3D8XA 1Q9IA 2Z5XA 2WRTA 5JWRB 3P4PA 3SFDA 1AUCA 3V3OA 3APQA 1O85A 3IC4A 4BWQA 1D4CA 1QJDA 4F9ZA 5GZZB 3FMWA 3ICTA 2CQ9A 2BXSA 5GAND 4IJIA 3F3QA 3EF6A 2KLXA 1TP9A 12GSA 1DJNA 4H4WA 3GTUA 5IM9A 1E1MA 2WPFA 4O7HA 3AEFA 5IOXA 1FVJA 3DH9A 3L9VA 2GF3A 2YG6A 2WFCA 3GDPA 1CC6A 2ACZA 1TU8A 4EIQA 4H4PA 4H4RA 4Z2RA 4G6HA 2GEWA 4IV9A 3GL5A 4WR4A 4NWZA 4L5OA 5EOWA 2KP1A 3AY8A 4MJWA 2LQQA 3FG2P 2B7RA 3QD9A 4KAEA 3VURA 3IHQA 4NXIA 2BS3A 3G5RA 1QUWA 5ECMB 1GRAA 3P8WA 3G7YA 2IPAA 3IF9A 1K3LA 2O85A 5ECHB 4DEJA 3S61A 3CPHG 4YWOA 2A4HA 1BYEA 5AISA 2FWFA 4MF7A 5HXIA 4AF2A 4CW9A 3UBKA 1SKRB 2CX3A 1VG0A 4BL7A 3JSKA 3GFKA 1CF3A 1OJ9A 4WBJA 2F5ZA 4ADWA 2MBSA 4APNA 1HNBA 3KTBA 3CTFA 5FS8A 2YWOA 1T7PB 3AWIA 1NW2A 1DE2A 3IR4A 2VOUA 5IPHA 5B7CA 3TKSC 1CJCA 2JU5A 1G0TA 1PX6A 4TN8A 3ZFBA 1IUVA 1YF1A 3F4TA 1LQTA 1UA5A 3CMIA 5JCWA 1JLWA 1E39A 3FZ9A 1VGLA 2LJKA 3IAS2 3H4KA 3VK9A 2VD0A 1XWKA 4PQIA 1SU9A 4YSZA 1ZMDA 4XRDA 3ME7A 3AE7A 1CBOA 3ZLPA 2H6ZA 5IO0A 5HR1A 1Y0PA 3P90A 3PR8A 1X5DA 4HEA2 4NV2A 2ZBWA 3DJJA 2DMLA 1AQXA 3CPIG 2WU2A 1PSQA 2B7SA 1O5WA 3AECA 2HLSA 3APSA 4GCIA 3ZYWA 1GUHA 2IVEA 1OJTA 2CVJA 5EVOA 3CGDA 2E0QA 4HS1A 3CIRA 4Z43A 1VDCA 3QFAC 1XIYA 4NHWA 1FB0A 4K7IA 2VVLG 4OPIA 3SM8A 2GVCA 4UDPA 2JZRA 4EKZA 2H1AA 2C0DA 1U88A 4HZ4A 2WBAA 3CGCA 1DNCA 4PAAA 4RG3A 5G30A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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