4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
4I58A 4TM4A 2GMJA 1GALA 1PN0A 3V3OA 4D04A 3P4QA 2FJDA 1GRTA 3C4AA 4JNQA 1TYPA 4H4TA 1LVLA 4OPDA 3NLCA 4U8KA 3CPJG 3AYIA 4Y4LA 4J34A 3AEDA 3LZWA 1ZOVA 3M13A 2GMHA 3M12A 3QVRA 1H86A 1H7XA 4C77A 4MJWA 2ZBWA 1CC2A 3GWFA 1DOCA 4YWOA 4OPTA 1H81A 2YQUA 2R0GA 1QO8A 1D5TA 2J3NA 1PBDA 3KD9A 1FECA 1NDAA 1F8RA 2IVDA 4A7AA 2EQ7A 5FS8A 3SM8A 3AE7A 3DK8A 4MNNA 2C7GA 4H4ZA 1X31B 3VR9A 1FOHA 2WESA 1HYUA 2XFNA 3PVCA 3VRDB 5U25A 4A65A 4FX9A 4BK1A 2JK6A 1OJTA 3CTYA 4EIPA 2FJAA 3H8IA 4C5OA 2WQYA 4U2SA 2TPRA 1ZP0A 5BVAA 1D7LA 2PHHA 4OPCA 1B5QA 3D1CA 4U8IA 5FMHA 3D8XA 1NEKA 1ZK7A 4OCGA 1DOEA 4USQA 1IUTA 1E1KA 2WU5A 3NN0X 4LU6A 3BI5A 1PBFA 2X8CA 2XLRA 2X99A 4CNJA 3EANA 4CBQA 1ZMDA 2BK5A 3RHAA 2A87A 2OA1A 3AB1A 3FBSA 4UP3A 1GRBA 5TR3A 2WPEA 1CF3A 4J56A 3I3LA 1P2EA 2IVEA 1CC4A 2YAUA 4H4WA 1K0LA 2R0PA 2YG6A 3VRBA 3HZLA 4X4JA 3AEAA 4U8LA 3AEGA 4LIIA 1PHHA 4TM0A 1COYA 4NTCA 3KA7A 5BUKA 4OPGA 1M6IA 5KOWA 1L9DA 5EBKA 5FS9A 1GRGA 5GRTA 2Q0LA 2GAGB 2X8GA 3PS9A 2YVFA 2B76A 1KF6A 4P9SA 3CGDA 1JRZA 3LOVA 4HB9A 4WCTA 5M10A 2WDVA 3L1RA 1GRHA 4PABA 4N9XA 4EQSA 4H2PA 3UKKA 2NVKX 1TDKA 3SQPA 4D03A 1OJ9A 2B7SA 4YTNA 1KNPA 5KVIA 4H4XA 1PXCA 4IA6A 1YQZA 3V3NA 4EQRA 3ICTA 2V6OA 2YR4A 1KSUA 1B37A 3BHFA 1JNZA 2WETA 1TDNA 3E1TA 2OLOA 3PO7A 2RGOA 3OZ2A 4ZCDA 4OPIA 4A5LA 1JRXA 3DJEA 2AQJA 4B66A 3GMCA 3AEBA 3BHKA 1PXAA 2A8XA 2C70A 3UOZA 5JCKA 2V60A 3IWAA 3ZDNA 2FBWA 4EQXA 3Q6JA 3UTFA 3ISHA 2YLZA 3T37A 5FS7A 5LV9A 2V3BA 3GD3A 4H4SA 1VRQB 3AECA 3JSKA 4YTMA 3DK4A 5EB5A 3GD4A 1FL2A 2ZZBA 2VVMA 1SEZA 1YQ4A 1H82A 1RYIA 1EL5A 2X3NA 2BACA 4AT2A 4J31A 4XWRA 1JU2A 1NHQA 3BI4A 3GWDA 3G5SA 3CNJA 4JDRA 4EMWA 2YM1A 4X9NA 2OAMA 1LTXR 2VZ2A 1IJHA 2W0HA 3C96A 3QJ4A 2XVHA 1JEHA 1GPEA 3AD9B 2XVFA 2YR6A 3K7QX 1TRBA 2BK3A 3GMBA 2DKIA 4H4PA 4K7ZA 4Z25A 2XLPA 1OJCA 2E4GA 3CPIG 4KPRA 3GDPA 4I59A 4TM3A 1FEAA 4RG3A 1S2QA 4H2RA 2V61A 3AE9A 2XFOA 1N4WA 4U8OA 4DSHA 4NZHA 4A6NB 1E1LA 2YG4A 2XVJA 3DK9A 4AP1A 4B68A 1B8SA 1E1NA 2XCGA 4REKA 5IQ1A 2F5ZA 5GSNA 4Z44A 3P9UA 1XHCA 2YLXA 2ZZ0A 2GV8A 5IPYA 3F8DA 1O94A 2VQBA 4B1BA 3P4SA 2WP5A 2GEWA 4Z2UA 1BGJA 1CBOA 2WHDA 3AE2A 1JOAA 3NG7X 1IUVA 1XANA 2R4JA 1H7WA 3KKJA 4Z26A 1DODA 1Z6LA 2XYOA 2GR0A 2FJEA 2WPFA 1L9CA 2OLNA 3FPZA 4CRTA 4E0VA 2H88A 5BULA 3LXDA 2BK4A 1OJDA 3WE0A 4GCMA 3KLJA 3GRTA 3AE5A 1MOKA 4HA6A 4J33A 4NEWA 1CJ3A 4U8PA 1ZDLA 3UOVA 2Q0KA 2RABA 4ZCCA 1Q9IA 3ATRA 1N1PA 2BA9A 1BF3A 5HYMA 1VDCA 4H2QA 4OVIA 3BI2A 2BXRA 4BV6A 1GERA 5ER0A 4WX1A 1BWCA 1NENA 2R4EA 5BRTA 2BS3A 2GH5A 1GREA 2XVIA 2YG3A 2YWLA 3VR8A 3AD8B 2C76A 2V5ZA 5C2TA 1S3EA 1PBBA 2QAEA 4H4YA 4Y4NA 1YY5A 2Y6QA 2C75A 3NGCX 4KX6A 3AE3A 1N4VA 3ATQA 1TYTA 1LJ1A 2YR5A 5KWFA 4ADWA 4YKGA 2VRLA 2WOIA 3NYFA 4BK2A 4YSZA 1Y56B 1D4CA 3CNPA 4FK1C 2XFQA 4OPUA 2C64A 3ZYXA 3P1WA 4JQ9A 1LQTA 1GNDA 3DJDA 2B9WA 3NK0X 5KVHA 1KNRA 2R46A 3IC9A 4A79A 4GRTA 3NK1X 5EB4A 1IUXA 2Z5YA 3CNDA 3UKQA 3UKAA 4O5UA 1NPXA 3RP7A 4U8JA 1S3BA 4NTEA 1CJCA 1ONFA 1V59A 4YSYA 1GXFA 2BCGG 3H4KA 4AOSA 2WS3A 2Q7VA 2JKCA 3CNSA 1GT8A 3P4PA 3UP4A 2XLUA 4RSLA 1E39A 1XPQA 3G5QA 3M0OA 1GOSA 3ALMA 3S5WA 1N4UA 1PJ7A 1RP0A 3G5RA 4JY3A 3NHOX 4A6NA 1PBCA 4J2WA 3QFAA 1REOA 2TMDA 4YKFA 2YG5A 3C4NA 1F3PA 2YLWA 1Q1WA 3FIMB 2GR3A 1LPFA 3ABVA 1S2YA 1GRAA 2VOUA 4EMIA 4TM1A 1DJQA 1GESA 2B7RA 3B6DA 3Q9TA 1CC6A 1K0JA 2GR2A 3QSSA 4CY6A 2R0CA 4CY8A 4UDPA 2BABA 2XFPA 4XXGA 4DGKA 1JNRA 1E7PA 2B9YA 1FEBA 2CVJA 2E1MA 3P4RA 2YVGA 2JAEA 4AOXA 3NTDA 2WP6A 2RGJA 5JCNA 3UCLA 2C65A 4IV9A 3AYLA 4BJYA 3UKFA 2VVLG 2BCPA 4M52A 2EQ8A 4JY2A 1ZY8A 3K30A 1PJ5A 3EPTA 4U2TA 5JCMA 4Z2RA 5EOWA 4YSHA 2YLTA 2YG7A 4UDQA 1QLBA 3O0HA 4AP3A 4Z2TA 2VVLA 1GRFA 2WOVA 4BK3A 3CNTA 1M64A 5FS6A 1D4EA 1B4VA 1H83A 3DMEA 2GR1A 2JB2A 3V76A 3LB8A 2WBAA 1BGNA 1F6MA 2XLSA 3OC4A 1W4XA 3IF9A 3ICRA 3ICSA 4B67A 4EQWA 2GQWA 2B9XA 1AOGA 2GF3A 2XDOA 4GF7A 4DNAA 3NKSA 3QSEA 4U2LA 2GQFA 3DGHA 1F8SA 2C72A 3BNUA 4EMJA 1NHRA 4H7UA 2VQ7A 3AYJA 4K5SA 2WDRA 5CQFA 5IQ4A 2APGA 3SGLA 3IHMA 4C74A 4EM3A 3BNMA 1YQ3A 3DA1A 3VRAA 1IUUA 2Y6RA 3QVPA 4NEVA 3NRNA 2WDQA 3DJJA 1QJDA 4K5RA 1VG9A 4H4VA 1Y56A 4FDCB 2VRMA 1DXLA 2GVCA 5U63A 1BKWA 1DNCA 1GEUA 1TDOA 3CGBA 5CKUA 2FJBA 4K22A 4J36A 2BC1A 1BZLA 2AR8A 3AE4A 4LA1A 3ADAB 3KPFA 3KVEA 1H6VA 3RNMA 2QA2A 2ACZA 2QA1A 3EF6A 4EM4A 2BC0A 3NN6X 4TLXA 4X9MA 3RP8A 2X50A 2C3CA 2V3AA 4H4QA 3RP6A 2CFYA 3EAOA 4H50A 4UDRA 3UP5A 4CCQA 3REDA 2BS4A 3SFEA 2WOWA 3FG2P 3FMWA 1O5WA 4J57A 5KXJA 4U8NA 2X8HA 3IHGA 3NK2X 3SFDA 4RG4A 3UTHA 4IVOB 3QSMA 3UKLA 1NG3A 3LJPA 2AAQA 4K8DA 5JCLA 2QCUA 2XFUA 2GB0A 4AT0A 3H8LA 4B63A 2E5VA 3K7TA 4APNA 2YVJA 4YXDA 1Q1RA 3NT6A 4XWZA 1E6EA 1CJ2A 2YLSA 3KU9A 3UTGA 1GTEA 4NTDA 2IIDA 2GAHB 5JCIA 2CDUA 4Y4MA 3UOXA 2NPXA 1CJ4A 1L9EA 1GTHA 3GDNA 1DOBA 3R9UA 1ZKQA 4GDEA 1OJAA 1YKJA 3CGEA 4Z24A 1P2HA 2YM2A 1KSSA 4FK1A 3LZXA 1EL8A 2R45A 5C3JA 2O9ZA 2BYBA 2Z5XA 1IUSA 1GETA 3AWIA 5KRQA 1PDHA 1PJ6A 3CGCA 3NIXA 4Z43A 1L0VA 3VQRA 3L8KA 1DJNA 1H84A 4YT0A 1LV0A 3LADA 3K7MX 2A89A 3II4A 1F8WA 3UKPA 2YLRA 5J7XA 1K4QA 2C66A 2CULA 4B65A 2BXSA 1MXTA 1GV4A 1ZYPA 3ALLA 1JRYA 3S61A 2C73A 3CN8A 4BURA 5DBJA 1PBEA 4GR1A 4JNAA 2I0ZA 1ZYNA 2EQ6A 3I6DA 4B69A 3DJGX 4DSGA 3AEFA 2WP9A 3CIRA 1EL9A 4O5QA 2WU2A 1PS9A 3NYEA 1IUWA 2WEUA 1ZMCA 5L46A 2H89A 1EL7A 4B64A 1GSNA 3NNEA 4GUVA 4OPLA 2XLTA 2XVEA 4U8MA 2UZZA 2RGHA 3URHA 4A99A 3UOYA 4YSXA 2ARDA 4GDPA 3ALJA 2R9ZA 3F8RA 1TDEA 2C3DA 1VG0A 2JB3A 5J60A 3DH9A 1CL0A 3AD7B 2WPCA 1K0IA 3NTAA 5HXIA 1O95A 3B3RA 2JB1A 3GYJA 3F8PA 1KFYA 4ECHA 5M0ZA 2PYXA 3DGZA 1LQUA 1ELIA 1NG4A 1RSGA 4H4UA 4ICYA 2BS2A 4IA5A 1TDFA 1UKVG 4PAAA 1CHUA 1KDGA 4A9WA 4C3XA 2OALA 2DKHA 1NAAA 5HHFA 1D4DA 1E1MA 2HQMA 1EBDA 3UKHA 3AE1A 3GRSA 4ZN0A 4H4RA 4CNKA 2EQ9A 4YTPA 1PXBA 1NHSA 2JBVA 1MO9A 3GSIA 3ITJA 3AE6A 4CCRA 1D7YA 1VQWA 2C67A 3AXBA 3NYCA 1FCDA 3GYIA 2ZZCA 4H2NA 4USRA 4JN9A 4EIQA 5HY5A 3AEEA 1XDIA 5U1OA 4C3YA 3UTEA 3AE8A 2GRTA 4BJZA 1ZX9A 2Q6UA 3NH3X 3QFBA 1Y0PA 3COXA 4K2XA 1ZOYA 4IVMB 4TLZA 5KOXA 1NHPA 3CPHG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I58A 2JZTA 2M72A 3NLCA 3VWUA 4U8KA 1T1VA 3AYIA 3LZWA 3A2VA 2GMHA 3QVRA 4MA9A 1T4ZA 4MK3A 5B8AA 2H0GA 2ZBWA 4IQAA 1CC2A 4YWOA 2IVDA 1FECA 3GYXA 2EQ7A 5C00A 3AE7A 3DK8A 2K6VA 3LORA 1X31B 4QQ7A 3IPZA 1FOHA 1CQGA 2FLSA 4NHWA 1SJIA 2JZRA 2KP2A 3U6VA 1HYUA 1ON4A 3DYRA 1JZOA 2F3MA 4BK1A 3QR6A 3IAS2 4EIPA 1OYJA 2TIRA 3CMMA 4KX4A 4C5OA 2ZUPA 1XVQA 3GKNA 3D1CA 1YZXA 4OCGA 1OC9A 3HYVA 4PTSA 3BI5A 4XTSA 4OO5A 1PBFA 1E6BA 2YWMA 4CNJA 3EANA 2Z9SA 4IQ1A 5A4VA 5JCWA 1PX7A 1JHBA 4O92A 5KMQA 4ZL7A 5ELGA 1CC4A 1O8WA 3F3RA 1JLVA 1NHYA 1E2YA 4DSRA 2HRFA 3HZ4A 1K3YA 1U6TA 4LIIA 4TM0A 1COYA 2QGVA 4NTCA 3EVIA 4AJ7A 5BUKA 3US3A 4MJCA 2Q0LA 5KMRA 1IYHA 2YVFA 2B76A 1S3AA 3CGDA 3DVXA 3LOVA 4WCTA 4BVYB 2PUKC 1M0UA 4N9XA 4EQSA 3UKKA 2FGXA 1BEDA 3KMOA 1PN9A 4G9KA 1PFOA 2LRCA 4YTNA 5KVIA 3V3NA 2V6OA 3RHCA 1H4OA 3D6IA 1G0TA 2CA8A 3E1TA 2L59A 2WETA 1TDNA 2A2RA 3PO7A 4GTUA 3UEMA 4GXZA 5L71A 4OPIA 4A5LA 3FR6A 3DJEA 2AQJA 4NPBA 2BTOT 1PXAA 3EU3A 2C70A 2IMIA 2V60A 4KNDA 1M2AA 2L5OA 3Q6JA 3UTFA 4ISDA 1TXXA 3F6DA 4YTMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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