4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
3AYLA 3EANA 4NTCA 1YQ3A 4BK2A 5CKUA 4APNA 3ZDNA 4ADWA 1GSNA 2JB2A 2Z5XA 2YVJA 4LIIA 4N9XA 1NPXA 1TRBA 2BC1A 3QSMA 4EMJA 4FK1C 1N4UA 3SQPA 1GT8A 4H2QA 3DH9A 4U2TA 1PBBA 1VRQB 4H4QA 2WDQA 1PDHA 3AEFA 3ISHA 1HYUA 2TMDA 3AE7A 4GCMA 4Z25A 1DXLA 3S5WA 1BGJA 1OJ9A 2JKCA 2XFPA 4TM1A 3UKLA 4ZN0A 4O5QA 1VG9A 3C96A 2XLPA 3M12A 5J7XA 4YSXA 1PN0A 3GWDA 2RGOA 2WHDA 3NGCX 3ATQA 3H8IA 2C76A 3M0OA 4J31A 3QJ4A 3B3RA 1GERA 4CBQA 4FX9A 2YQUA 4TM4A 3RP7A 5C3JA 1GTHA 2OLOA 3BNMA 2YR5A 1KF6A 1FOHA 3NTAA 5FS6A 3UP5A 2C73A 2DKHA 2TPRA 4NTDA 4XWRA 5KXJA 1ZMCA 4IA6A 4D04A 3K30A 1H7WA 1GEUA 2R0CA 3ALMA 2ZZCA 4BJYA 4YSHA 1CJ4A 2WPEA 1CBOA 4FK1A 2FJAA 4K5SA 1GTEA 2WOWA 1PXAA 2VQBA 3LXDA 2IVDA 4C5OA 1JOAA 2X8GA 3SM8A 2R45A 4USQA 3AE2A 3ALJA 1N1PA 2V61A 2V5ZA 4YKFA 1P2EA 3PS9A 3UTGA 3SFEA 4C3XA 2XFNA 2FJDA 3DJGX 2E1MA 3HZLA 5GSNA 1SEZA 1BZLA 1S2YA 4LU6A 4BK3A 2ZZ0A 4WX1A 4X9NA 3K7QX 4RG3A 4J36A 4YT0A 2C3CA 1N4WA 4YTNA 2XYOA 4DGKA 4C3YA 4BK1A 4YWOA 3VR9A 4JY3A 3GDPA 3KPFA 1PXBA 2IIDA 2RGJA 2X8HA 4Z44A 3V3OA 2CVJA 4IA5A 3K7TA 2E5VA 2R9ZA 4Z26A 2C7GA 2BS3A 2YM2A 3I6DA 2R4JA 5KVHA 1V59A 3AE1A 3FPZA 3LB8A 1TDKA 3P4RA 3UCLA 1D7YA 1Q1RA 1Q1WA 2V3BA 1GETA 1FEBA 3AE3A 3P4PA 1TYTA 3RP8A 4J34A 3UKKA 3II4A 3PVCA 1F8WA 1IUWA 2QCUA 4OPUA 2BACA 4TLXA 3V76A 1LPFA 1BKWA 4YXDA 3NLCA 4CRTA 2DKIA 3UKPA 5BVAA 1E1MA 3DK8A 3COXA 1FL2A 4K2XA 4LA1A 1B4VA 3CNPA 3VRBA 4EQXA 3IHMA 3UTEA 1ZYPA 2NVKX 5JCIA 4EMWA 1FCDA 2B9XA 3AEEA 1RYIA 4B68A 3CNDA 1GRAA 1NG3A 1NG4A 2XCGA 2VVLG 2XLRA 4GDPA 1NAAA 1L9DA 3CGEA 4J57A 1NHPA 2GH5A 3F8PA 4OPLA 4NEWA 1PJ5A 4B63A 3NN6X 3UP4A 1BGNA 3AWIA 2BCPA 2F5ZA 4NZHA 5JCLA 3G5RA 3GSIA 2YLXA 4AT0A 4B66A 2XDOA 2QAEA 1OJTA 3S61A 2C3DA 2WETA 2AR8A 1FECA 4YTPA 1RSGA 2BA9A 3GDNA 2YLSA 3BI5A 4H50A 2BYBA 4TM0A 4OPIA 4BURA 3QFAA 1LTXR 1JNRA 3G5QA 2A8XA 3DJJA 2WP6A 4B69A 2VZ2A 3LJPA 1M6IA 1Z6LA 3P1WA 2RABA 3BHKA 3DGZA 4U8PA 4H4VA 3NKSA 3UTFA 3UOXA 3WE0A 3NHOX 2O9ZA 3UKHA 2CFYA 3ATRA 3F8DA 4USRA 1ONFA 5L46A 2YAUA 2WP9A 3NYFA 1TDOA 4U8MA 2YG5A 2C75A 1YQ4A 4U8LA 2OALA 3AD9B 4A5LA 4Y4LA 3CNSA 2OAMA 1MXTA 3SGLA 2R46A 1F6MA 4Z2TA 5HY5A 1VQWA 4O5UA 1CF3A 1H84A 2ARDA 4PAAA 1QLBA 3IF9A 4H4PA 1JRYA 5TR3A 1B5QA 3ADAB 1LVLA 2WU2A 4K8DA 4H7UA 2WPFA 1JEHA 1H81A 4AOXA 2AAQA 4IVOB 4NEVA 4HB9A 5M10A 2GMHA 4IVMB 1CJ3A 2XVHA 2PYXA 2WESA 1DJQA 3AEGA 1E1KA 2YR4A 1PBCA 4UDRA 1COYA 2BCGG 1YKJA 4OPCA 1XHCA 2X8CA 2YVFA 4YKGA 1D4DA 3ICTA 3ICSA 5GRTA 2QA2A 5EB4A 3VQRA 4B65A 3BNUA 4Z2UA 2IVEA 3GYJA 3UKAA 3L8KA 3KVEA 1D5TA 2Y6QA 5DBJA 1L9EA 2Q7VA 4B1BA 2PHHA 4H4TA 5HYMA 4CNKA 3P4SA 4K7ZA 4CCRA 2VVMA 2YLWA 1ZOYA 2AQJA 4GRTA 3AE5A 2XLTA 2X50A 3VRDB 2X99A 4JNQA 1B8SA 4K5RA 1LV0A 1PHHA 1B37A 2YWLA 3BI2A 2GR1A 3DJDA 2VRLA 3NIXA 3AE9A 4DNAA 2GAGB 1H82A 2XVEA 3VR8A 3CNTA 1GREA 1ZYNA 3NK1X 1IUSA 1ZOVA 4CY8A 1O5WA 3AE8A 2H88A 1GALA 3NH3X 3AE4A 1S2QA 4I58A 2APGA 2GAHB 1H83A 1TDFA 3AYJA 3M13A 5EOWA 1CC2A 3IHGA 1IUXA 2BK4A 3O0HA 4REKA 3Q6JA 4Z2RA 5KWFA 3KKJA 2Q6UA 3VRAA 3REDA 2VVLA 4Y4MA 4GUVA 1LQTA 2V3AA 2W0HA 4H2NA 5FS9A 3F8RA 3B6DA 3DA1A 4U8IA 4Y4NA 3CGBA 2YG7A 3FG2P 2J3NA 3LZWA 4P9SA 2FJEA 5KRQA 4YTMA 4NTEA 4OPDA 3GD3A 4X9MA 1GRBA 3DK9A 3KU9A 3QFBA 1XPQA 3IWAA 4H4XA 1BWCA 1JU2A 2I0ZA 4A65A 4GR1A 1L0VA 3UOVA 3FIMB 1ZKQA 4AP3A 1QO8A 4UP3A 2GB0A 3GRSA 4A9WA 1K0IA 5BUKA 2WPCA 2YM1A 2GQFA 1IUUA 2BK5A 3PO7A 3CGCA 5FS7A 3DJEA 3QVRA 2V60A 4H4ZA 4JNAA 1KSUA 4DSHA 1NDAA 3FBSA 3CGDA 2R0GA 1D4EA 4PABA 3R9UA 5BRTA 4UDQA 3L1RA 4RSLA 3CTYA 3ZYXA 2CDUA 3NYEA 1E1LA 4U2LA 1TDNA 1ELIA 2B7SA 3AEBA 3CIRA 3NK0X 2BABA 2GR0A 4BV6A 5FMHA 2BXRA 2ZBWA 1GOSA 1W4XA 1XANA 5J60A 3LOVA 1L9CA 2C72A 1TDEA 4H2RA 3QSEA 4J2WA 3EPTA 4EIQA 4RG4A 4TM3A 2JB1A 2FBWA 1BF3A 2NPXA 2OA1A 3KA7A 3AXBA 3EF6A 1NHQA 4MNNA 1X31B 4KX6A 2BS4A 3NTDA 3UKQA 1NEKA 5U1OA 4D03A 2VOUA 1H86A 1S3EA 3D8XA 1VDCA 1YQZA 3GRTA 2A87A 2GRTA 1KFYA 3OC4A 4C77A 2R4EA 3AD7B 5JCNA 1ZX9A 2HQMA 1E39A 2YG4A 4IV9A 2E4GA 3AB1A 1ZP0A 3ICRA 3V3NA 2X3NA 2WBAA 5U25A 1FEAA 4EIPA 1K4QA 3E1TA 3G5SA 1F8RA 3ITJA 1D7LA 3EAOA 2WOVA 1GRFA 4EQWA 1OJDA 1Y56A 2GEWA 1N4VA 1REOA 3CPHG 1CL0A 3LZXA 3GYIA 2YLTA 4BJZA 4C74A 3AE6A 2EQ9A 4DSGA 2WS3A 1GRTA 4EM3A 4K22A 1QJDA 4EQSA 2ACZA 4B64A 1CJ2A 4JDRA 1MOKA 4OCGA 1JRZA 3D1CA 2V6OA 4H4UA 3UOZA 2XVJA 1MO9A 1Y56B 3AD8B 2A89A 3AEAA 1GXFA 5JCMA 2WQYA 4JY2A 2B9WA 1PBEA 3RHAA 1DODA 3NK2X 2JB3A 4I59A 1Q9IA 1CC6A 3KLJA 2YVGA 3NRNA 2GR2A 1O95A 3GWFA 3UOYA 1KNPA 2GVCA 1LJ1A 3P4QA 4EQRA 2XVFA 3H8LA 4XWZA 2Q0LA 1K0LA 4U8KA 2WP5A 1GRHA 2C67A 4JQ9A 3URHA 5HXIA 3RNMA 1ZY8A 1UKVG 4U2SA 1ZDLA 4A79A 5C2TA 1E1NA 3ABVA 1DJNA 2EQ6A 1DNCA 2QA1A 2JK6A 3NYCA 1TYPA 1KNRA 1IJHA 2C66A 3GD4A 4U8JA 3ALLA 1EL7A 2Q0KA 3OZ2A 4EMIA 1S3BA 1EL5A 1YY5A 2YR6A 3AYIA 5IPYA 1EL9A 1E6EA 3SFDA 4JN9A 1P2HA 4ICYA 1VG0A 4AT2A 1PBDA 2Y6RA 1GNDA 3CPJG 4EM4A 3FMWA 4KPRA 1F3PA 2BC0A 2CULA 2H89A 4HA6A 3K7MX 4ZCCA 2XVIA 1H6VA 3P9UA 3T37A 5IQ4A 1CC4A 2EQ7A 2EQ8A 4H4RA 3LADA 2OLNA 5BULA 4X4JA 3QVPA 4WCTA 5LV9A 3NN0X 2GV8A 1EL8A 1GESA 3QSSA 2XLSA 1H7XA 5IQ1A 1EBDA 1CHUA 1ZMDA 1NENA 3H4KA 3C4NA 1JNZA 5JCKA 2YLZA 2XFOA 3CPIG 1NHSA 2UZZA 1NHRA 3DGHA 2BXSA 3Q9TA 1DOBA 2YG3A 2Z5YA 4J33A 1E7PA 4M52A 4CNJA 3CN8A 2GR3A 4E0VA 1JRXA 4TLZA 2C64A 4Z43A 3UKFA 1M64A 2RGHA 5M0ZA 3CNJA 3DMEA 2WOIA 5EB5A 1GV4A 1O94A 2VQ7A 2ZZBA 2B9YA 2BK3A 1GRGA 1ZK7A 2XFQA 4OVIA 2GMJA 2JAEA 1PS9A 3I3LA 4GDEA 5ER0A 4ECHA 2FJBA 2B76A 1XDIA 2B7RA 4OPGA 3DK4A 3C4AA 1PJ6A 2WU5A 1DOCA 4H4WA 4H4YA 4XXGA 3RP6A 1OJCA 4A6NA 4B67A 3NNEA 4A99A 1KDGA 1D4CA 1Y0PA 3AEDA 1PXCA 1KSSA 4AOSA 2VRMA 4YSYA 1CJCA 2XLUA 4U8NA 2R0PA 2WEUA 4YSZA 1PBFA 2C70A 4FDCB 1AOGA 4A6NB 2YG6A 5CQFA 5U63A 2XFUA 2C65A 2YLRA 5KOXA 1IUTA 4CCQA 5KOWA 3BHFA 3UTHA 4OPTA 5FS8A 4Z24A 4A7AA 2WDRA 1K0JA 4UDPA 1F8SA 4GF7A 4H4SA 5EBKA 4ZCDA 4AP1A 1PJ7A 4CY6A 5HHFA 4U8OA 3JSKA 4H2PA 1GPEA 3GMBA 2BS2A 2WDVA 3AECA 1LQUA 2GF3A 1IUVA 3IC9A 2JBVA 3NG7X 3NT6A 3BI4A 1RP0A 3KD9A 4MJWA 1OJAA 1DOEA 5KVIA 3GMCA 2GQWA 4J56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KBNA 4IHUA 4YQUA 2DIZA 3APSA 2PU9C 5CKUA 2R2JA 1A2LA 4ADWA 1N8JA 3ERWA 2YANA 3IHQA 1GT8A 1PBBA 1Z3EA 1PDHA 4BA7A 1PMTA 4AF2A 3ISHA 1H4OA 3SY4A 4Z25A 3KP8A 2GSSA 3S5WA 4HU9A 1OJ9A 1YJ6A 2XFPA 3GL3A 3M12A 5J7XA 1B8XA 2CA8A 5ECMB 4YSXA 1FG4A 4PURA 1V40A 3W6GA 4EXJA 3TJKA 4J31A 3KMOA 4CBQA 4PUAA 3VWUA 5C3JA 5CRDA 3FK8A 3FZ5A 4MK3A 1FOHA 12GSA 3UP5A 1FB6A 5F06A 5D73A 1FVKA 4BJYA 2I1UA 2LRCA 4GSTA 1ERWA 3HKRA 2WPEA 1PGTA 4PQHA 2FJAA 4K5SA 1GTEA 4KSOA 2RUFA 2DJ0A 4K7NA 3HA9A 2IVDA 4POMA 5FWGA 3SM8A 4USQA 2VOCA 3AE2A 3U6VA 4NV5A 3E3EA 1Y6EA 3VWWA 3L9UA 2E1MA 2ES7A 3HZLA 2LTKA 3GKMA 2WGRA 4NV2A 1AQVA 1GSEA 2XYOA 3ZITA 4C3YA 4Z7XA 8GSSA 2NVLA 2C0DA 3IOSA 4YH2A 3K7TA 3VWVA 2MMAA 2C7GA 2WS2A 5KVHA 3AE1A 1GNEA 4V2NA 1TDKA 2L6CA 2Z9SA 3UVTA 4KB3A 4HS1A 1GETA 3EWLA 2FY6A 1YEXA 2O89A 1IUWA 3FHKA 4XS1A 2BACA 4OPUA 3V76A 2CAQA 2VLVA 3NLCA 5AISA 5G5FA 4LA1A 3CNPA 3IHMA 1ZYPA 5HR1A 2VL2C 5CRGA 2NVKX 1SKRB 3CNDA 5D8IA 1ST9A 2XCGA 1O6JA 3QCPA 3IV4A 4IP6A 2VVLG 4Q5NA 2XLRA 3KEBA 3A5IA 1NAAA 5KEJA 2GH5A 4OPLA 3FR9A 3NN6X 5ECPB 1BGNA 3ME8A 3MIXA 2F5ZA 4ZL9A 4MZCA 2YLXA 3E9JB 1OJTA 3F6DA 4G6HA 4FH8A 1I5GA 4RQRA 2WETA 3IA1A 4MPGA 4YTPA 3KCMA 4ZB9A 1RSGA 2BA9A 3GDNA 4BURA 2R4VA 4NWZA 3HVXA 4O5RA 2A8XA 3DJJA 3KGKA 3WGXA 3IAM2 1K0CA 2VIMA 1IYIA 1ACVA 4BL7B 1M6IA 2VZ2A 2IMKA 3DGZA 3P1WA 2H1AA 4A5PA 3F8DA 5L46A 1K0OA 4I5QA 3NYFA 1GSSA 2OALA 4Y4LA 5KN1A 3QAGA 2OAMA 2KOKA 4MP4A 2LJAA 3Q74A 4Z2TA 2OE3A 1PRXA 1WWJA 2QSIA 2YCDA 1M2DA 3ADAB 3D22A 3TB2A 1LVLA 4AOXA 2QGVA 2ZNMA 4MDCA 2AAQA 4HB9A 2LRTA 4TR1A 3M0FA 2GMHA 1CJ3A 2XVHA 4GCIA 2C80A 4UDRA 2YR4A 2BCGG 5GSTA 3CBUA 3HYXA 4O7HA 6GSSA 4YKGA 3VQRA 3ICSA 4B65A 3M9KA 3BNUA 3GYJA 2WDUA 3KZQA 2HZFA 3WYWA 5DQSA 5DBJA 1PX6A 4H4TA 5IO0A 4I97A 4CNKA 1R7HA 2JL4A 16GSA 3GKNA 2AQJA 4ZL7A 3RPPA 2YJ7A 3C8EA 4GRTA 1CQGA 2X50A 4K5RA 1B8SA 2ON5A 1PHHA 3BI2A 3DJDA 3NIXA 1DBYA 1A2JA 3VR8A 5D96A 2H6XA 4PXOA 3N5OA 1JZOA 3WGDA 1GREA 1IUSA 4CW9A 1PX7A 1ZZYA 1TK5B 1ZMAA 2B7JA 1GUMA 2DJ2A 3P7XA 2K9FA 2IPAA 5IMCA 2VL9A 4REKA 1TK0B 5DJLA 4NHWA 4NXIA 4BVXB 4GUVA 1GNWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KBN A;  4IHU A;  4YQU A;  2DIZ A;  3APS A;  2PU9 C;  5CKU A;  2R2J A;  1A2L A;  4ADW A;  1N8J A;  3ERW A;  2YAN A;  3IHQ A;  1GT8 A;  1PBB A;  1Z3E A;  1PDH A;  4BA7 A;  1PMT A;  4AF2 A;  3ISH A;  1H4O A;  3SY4 A;  4Z25 A;  3KP8 A;  2GSS A;  3S5W A;  4HU9 A;  1OJ9 A;  1YJ6 A;  2XFP A;  3GL3 A;  3M12 A;  5J7X A;  1B8X A;  2CA8 A;  5ECM B;  4YSX A;  1FG4 A;  4PUR A;  1V40 A;  3W6G A;  4EXJ A;  3TJK A;  4J31 A;  3KMO A;  4CBQ A;  4PUA A;  3VWU A;  5C3J A;  5CRD A;  3FK8 A;  3FZ5 A;  4MK3 A;  1FOH A;  12GS A;  3UP5 A;  1FB6 A;  5F06 A;  5D73 A;  1FVK A;  4BJY A;  2I1U A;  2LRC A;  4GST A;  1ERW A;  3HKR A;  2WPE A;  1PGT A;  4PQH A;  2FJA A;  4K5S A;  1GTE A;  4KSO A;  2RUF A;  2DJ0 A;  4K7N A;  3HA9 A;  2IVD A;  4POM A;  5FWG A;  3SM8 A;  4USQ A;  2VOC A;  3AE2 A;  3U6V A;  4NV5 A;  3E3E A;  1Y6E A;  3VWW A;  3L9U A;  2E1M A;  2ES7 A;  3HZL A;  2LTK A;  3GKM A;  2WGR A;  4NV2 A;  1AQV A;  1GSE A;  2XYO A;  3ZIT A;  4C3Y A;  4Z7X A;  8GSS A;  2NVL A;  2C0D A;  3IOS A;  4YH2 A;  3K7T A;  3VWV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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