4O5Q | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	521
structure length	521
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags	Oxidoreductase
total genus	168
structure length	521
sequence length	521
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-12-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4o5qA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA03

3DJDA 4B66A 1QLBA 2GF3A 2GB0A 2VQBA 4CRTA 4C3YA 3G5SA 3GWDA 2VVLA 4DNAA 4EQRA 5KOXA 2WOIA 2PHHA 2YM2A 4J2WA 4B64A 1GXFA 3P4QA 2GR3A 4HA6A 4U8PA 3NGCX 2WPCA 3VR8A 2BS3A 1CJCA 1M64A 1BWCA 3AE1A 1ZK7A 3NLCA 4X9NA 3UP5A 3PS9A 4B69A 4CBQA 5BRTA 4H2PA 1EBDA 1H82A 3II4A 2QA1A 4U8OA 1TDOA 3VR9A 4U8JA 1GPEA 2GMHA 3HZLA 4XWZA 4ZN0A 1VDCA 1LQUA 1ZX9A 3NG7X 2R0CA 1GESA 5ER0A 3CGBA 4YSZA 4J34A 2XVEA 5FS7A 4B67A 1JNRA 3ICSA 4A65A 4X9MA 2ZBWA 5CKUA 1TRBA 1Y0PA 4GCMA 5EB5A 2RGHA 2GR2A 3GD3A 2XCGA 1FL2A 1RP0A 2HQMA 3ALLA 1FECA 3SQPA 2C7GA 3GDNA 2YM1A 1B37A 1S2QA 3M12A 2Q0LA 1EL5A 2OAMA 3QJ4A 2GVCA 4CNJA 2A89A 4H2QA 3H4KA 1OJDA 4TM1A 2R46A 1NHRA 1YQ4A 3M13A 4U2LA 5HHFA 3GYJA 2C64A 3BHKA 2VZ2A 3UKHA 1SEZA 2IVEA 1S3EA 1Y56A 1K0IA 2V61A 4AOXA 4MJWA 3GYIA 1BGNA 2DKHA 5IPYA 3F8PA 1GERA 4BURA 1D4CA 1F8WA 2YG7A 3UKPA 1VQWA 3QVPA 2ACZA 2B9WA 2VVMA 2BS4A 1GTEA 2I0ZA 4H4RA 3DGZA 4AOSA 4DSGA 4Z25A 3K30A 4CCRA 2XFQA 2XLUA 2XVFA 3AYJA 4H50A 3OZ2A 3AXBA 4A5LA 2V60A 1CJ3A 2C75A 4D04A 2F5ZA 1GTHA 2GV8A 4J31A 4C77A 4H4SA 1S2YA 4NEVA 3T37A 2IIDA 4BK2A 1E6EA 3URHA 3CNJA 4Y4NA 3CPHG 1CC4A 2WPFA 4DSHA 2RABA 3ISHA 1F3PA 1FEAA 2B76A 2WP9A 3UOZA 4K7ZA 4EQWA 3GDPA 1H86A 4FDCB 4AT2A 1L9EA 2CDUA 2YVFA 4GDPA 2VVLG 5DBJA 4CCQA 2O9ZA 4A99A 2VQ7A 2A87A 3EPTA 2H88A 4CY6A 1UKVG 2GAHB 1O95A 2R0PA 3LXDA 5U1OA 2FJDA 4EQSA 1OJAA 2C70A 5FS6A 2FJBA 1XPQA 2GR0A 1PBEA 2XYOA 4P9SA 1PBFA 5KOWA 4OPUA 4NZHA 3KLJA 4H4VA 4YWOA 4IA5A 3UTFA 4YTNA 1ELIA 1LQTA 3KA7A 1H6VA 1CHUA 1F6MA 1AOGA 2ARDA 3ABVA 2VRMA 4WCTA 1DOBA 3VRAA 4I58A 5JCIA 3QSEA 3GWFA 2R45A 1BKWA 2E1MA 3ICTA 4GF7A 2TPRA 2XFUA 2FBWA 3VRBA 5KVHA 4K8DA 1E7PA 2FJEA 2WS3A 3DGHA 2X8CA 2C65A 4EMWA 3SFEA 4UDPA 2H89A 2R0GA 3CPIG 2C73A 3NYFA 3ALJA 3OC4A 1GETA 4H4UA 2CFYA 2WBAA 2JKCA 1DNCA 1DOCA 3PO7A 3FMWA 4XWRA 1O5WA 1P2EA 2BXRA 1FEBA 2WP5A 1LJ1A 2YVJA 3SFDA 1GNDA 2C66A 2YAUA 2YR4A 3AB1A 3UCLA 4USRA 2YG6A 5J60A 1HYUA 1DJNA 4B63A 1H81A 5KXJA 1COYA 1PBCA 2YLRA 2WPEA 4C3XA 2E4GA 3RNMA 3AD8B 4OVIA 5BUKA 3AEBA 2XLPA 3AEGA 2EQ8A 4OPDA 2XFOA 3D1CA 4JN9A 2GMJA 1L9DA 1BF3A 5CQFA 2WEUA 1KDGA 3KVEA 4Y4LA 1XANA 1IUSA 2BACA 2J3NA 3ICRA 5EB4A 1DODA 3VQRA 2BK3A 2OLNA 4B68A 4Z2TA 1FCDA 4B1BA 3GSIA 2BC1A 1P2HA 4GRTA 2AQJA 3NHOX 3LJPA 5KWFA 1ZYNA 2V3AA 3AYLA 2FJAA 3K7TA 4H7UA 1MO9A 4H4QA 4B65A 1ZOYA 3UKLA 1CBOA 1NHSA 4OPIA 1REOA 3RHAA 3ZDNA 4WX1A 1IUXA 1NG4A 3BNUA 3E1TA 2Q7VA 1N4VA 2Q6UA 4H4ZA 1PBBA 2C76A 1JRZA 1L0VA 2X8GA 1RYIA 1IUVA 3NYEA 2C3CA 3ITJA 4YKFA 2R4JA 3IHMA 4YSYA 4NTCA 1TDEA 1EL7A 1GT8A 1JRYA 1IUWA 2BS2A 1MXTA 5IQ4A 1CC6A 3V3OA 3AD7B 3QVRA 5HYMA 1B8SA 2BA9A 1EL9A 3CNDA 3P4SA 1GRAA 3S5WA 3CGDA 2Z5XA 1PJ6A 3AECA 1W4XA 3FBSA 2Y6QA 2C3DA 1ZDLA 2XFNA 4K5SA 3H8LA 3PVCA 5EBKA 1CL0A 3S61A 1RSGA 3JSKA 1OJCA 1DOEA 2JB2A 3UTHA 1OJ9A 4LA1A 2C67A 3AE4A 1N4WA 3NN6X 1ONFA 4MNNA 4H2NA 2NVKX 2CULA 3NIXA 1ZY8A 3DJJA 3CNSA 1PDHA 2YWLA 1PXCA 3DMEA 4U2SA 1GRGA 4DGKA 4Z24A 4J56A 4PAAA 4EMJA 1GRHA 3AEEA 3LB8A 2BCGG 3K7QX 2B7RA 3ALMA 5JCKA 2GQFA 4LIIA 3L8KA 3M0OA 4TLZA 4YT0A 1NG3A 3WE0A 3COXA 3I6DA 3LOVA 4XXGA 4U8NA 3C4NA 4A7AA 2YG5A 4IVOB 1L9CA 3BI5A 4CY8A 3AE9A 3AE5A 4UDQA 1H84A 3H8IA 1NEKA 3P9UA 4EIQA 1B5QA 1ZOVA 3B3RA 3K7MX 4U8LA 3NNEA 3BI2A 5FMHA 2BABA 3UOXA 3RP7A 5JCNA 2JK6A 3AEDA 3AEFA 1FOHA 4H4WA 3SM8A 2ZZ0A 1VRQB 1PBDA 3UTGA 3UTEA 1Z6LA 5GSNA 1TDFA 3CNTA 1F8SA 1PJ7A 1CJ2A 1NENA 3AE2A 2XLSA 4K22A 3KD9A 4C5OA 4A79A 4BK1A 2WDRA 4FK1A 1OJTA 4J36A 3DJGX 1YQ3A 1D5TA 1GRBA 1YKJA 4TM4A 3EF6A 1PJ5A 4TM0A 3R9UA 2WESA 2WP6A 4EMIA 4USQA 4ICYA 2Q0KA 4AT0A 4JY2A 4OPLA 5JCMA 2YLWA 1PHHA 3QFAA 3AWIA 4LU6A 3O0HA 1H83A 1TDKA 4Z43A 3QFBA 4FX9A 4N9XA 3ADAB 1D7LA 3AE3A 5J7XA 2XDOA 5C3JA 1VG0A 2R4EA 2WETA 2Y6RA 3BNMA 4J33A 3V3NA 4EIPA 4EQXA 5M10A 4O5UA 4K2XA 1KF6A 1DXLA 4YTPA 4YKGA 2WU2A 2DKIA 1CJ4A 2RGJA 3ZYXA 1K0LA 1E1KA 3RP6A 1N1PA 2X99A 3C96A 4JNAA 1B4VA 2JBVA 4YTMA 4ZCCA 4M52A 2YG4A 1NDAA 1K0JA 2GRTA 1Q9IA 1IUTA 2GAGB 2QCUA 5LV9A 1NHPA 3P4RA 2V5ZA 2IVDA 1GREA 2EQ6A 3GD4A 2GEWA 3GRSA 4KX6A 3NK2X 3DK9A 2OALA 1XHCA 3ATRA 1JEHA 4JQ9A 1D4DA 3NH3X 5C2TA 3LADA 4GUVA 2QA2A 2OA1A 2YLTA 1KSSA 2JB3A 4X4JA 3ATQA 1LVLA 1PN0A 1GALA 2V3BA 2X50A 3GMBA 4U8IA 1DJQA 4Z2UA 1ZKQA 3AE7A 3Q9TA 4ECHA 1CF3A 1ZMCA 3AE8A 4OPCA 1CC2A 2YLXA 2WOVA 1KNPA 3CGCA 2YLZA 4REKA 2JB1A 4GR1A 4A6NB 4OCGA 3G5QA 4IV9A 2R9ZA 3DJEA 2B9XA 2YG3A 2ZZBA 4Z44A 2YVGA 2X8HA 3KPFA 4JY3A 4AP3A 1BZLA 3AD9B 4TM3A 4BJYA 3G5RA 3F8RA 3NTAA 2WDVA 4J57A 4O5QA 4CNKA 1XDIA 3AYIA 1EL8A 2YR5A 4RSLA 2APGA 2YLSA 4H2RA 4C74A 1E1LA 4H4YA 3NT6A 5BULA 5BVAA 2A8XA 2BXSA 1X31B 4U8KA 4EM3A 2WOWA 3FG2P 4RG3A 5HY5A 2GR1A 4H4XA 3C4AA 3NKSA 4JDRA 2QAEA 5IQ1A 3UKAA 3QSMA 1TYPA 3NYCA 4Z2RA 4YSHA 4U2TA 1GRFA 3GRTA 2UZZA 1D7YA 4JNQA 1PS9A 1QO8A 2C72A 2NPXA 3KKJA 1QJDA 1F8RA 4ZCDA 1PXAA 5JCLA 4D03A 1N4UA 1K4QA 4UP3A 3L1RA 5FS9A 3D8XA 3IHGA 3CTYA 2B9YA 1JRXA 3B6DA 1O94A 2E5VA 4HB9A 1D4EA 1JOAA 3CPJG 1VG9A 3DK4A 2VOUA 2WU5A 3NTDA 2ZZCA 3UKQA 5KRQA 1GEUA 2PYXA 1IJHA 3LZWA 5FS8A 5HXIA 4A9WA 3CIRA 1S3BA 4BK3A 2JAEA 2GH5A 2GQWA 1Q1RA 1TDNA 3FPZA 3P1WA 1YY5A 2TMDA 2XLRA 2XLTA 4NTDA 4PABA 3SGLA 3UKKA 4H4TA 1GOSA 4U8MA 1ZYPA 5L46A 3UOYA 2XVHA 2BK5A 1GRTA 2XVIA 3IF9A 3NK0X 5U63A 3UP4A 2BC0A 2WHDA 4RG4A 4OPGA 4UDRA 3RP8A 2X3NA 4Z26A 3F8DA 2VRLA 3DK8A 4I59A 2RGOA 4NEWA 5U25A 3DH9A 1KSUA 1IUUA 3CNPA 1LV0A 2W0HA 4YSXA 4YXDA 4BJZA 4BV6A 1NAAA 4AP1A 1E1NA 3IWAA 3V76A 4EM4A 5EOWA 4A6NA 1NPXA 1ZMDA 3UOVA 4H4PA 3CN8A 1JU2A 5KVIA 2BYBA 1LTXR 2AAQA 4FK1C 1Y56B 3NRNA 4Y4MA 3DA1A 3LZXA 3AE6A 1ZP0A 3NK1X 1NHQA 1KNRA 1E39A 1TYTA 2XVJA 3Q6JA 3QSSA 1H7XA 4IA6A 3FIMB 1H7WA 1GV4A 4APNA 4E0VA 2AR8A 1M6IA 3NN0X 2OLOA 3GMCA 4NTEA 3IC9A 2XFPA 5M0ZA 4K5RA 1PXBA 2BCPA 1Q1WA 2V6OA 3EANA 3P4PA 4TLXA 4IVMB 1V59A 2EQ9A 3VRDB 1MOKA 5TR3A 5GRTA 2EQ7A 4GDEA 2YQUA 3BI4A 3KU9A 4OPTA 3EAOA 2CVJA 3REDA 2BK4A 2YR6A 1JNZA 3AEAA 2WDQA 2WQYA 2B7SA 3BHFA 1E1MA 3I3LA 1GSNA 3UKFA 3CGEA 1YQZA 1LPFA 2Z5YA 4ADWA 1KFYA 1BGJA 4KPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4B66A 5DAKA 2GF3A 5KOXA 4BWSA 3G5SA 3GWDA 2VVLA 1Z5YE 4J2WA 2GT5A 3RDWA 1DE2A 1CQHA 4HA6A 2I1UA 2MYGA 3CYNA 3HVSA 3VR8A 2BS3A 2M80A 5IOWA 1M64A 5H5SA 1ERUA 1YKAA 1BWCA 3NLCA 4B69A 2C3TA 2C8UA 6GSUA 1KNGA 3VR9A 2B1KA 4ZN0A 4XWZA 3LJRA 4G0IA 1LQUA 4K7IA 2LKUA 2R0CA 3ZITA 3R3EA 1U88A 5A5KA 2I81A 1WOUA 4V1Ap 1YJ6A 2OE1A 3ICSA 4A65A 3A2WA 3SBCA 2CAQA 3TB2A 1Q4JA 4YQVA 4K6XA 5EB5A 4BL7B 4JE1A 1B9YC 3SQPA 2C7GA 3GDNA 2CX3A 1B37A 4FIWA 1NHRA 1S3AA 3UKHA 4G19A 1VF4A 3F4SA 3SXIA 3PINA 4IW9A 3V1WA 4E8EA 2V61A 2HYXA 3UARA 3QAGA 3F8PA 1D4CA 4CHSA 1F8WA 1UVZA 2B3SA 3KH7A 1GTEA 2I0ZA 2NDOA 3F6DA 2XLUA 1JZRA 2P5RA 3EVIA 4H50A 1X9WB 1GP1A 3NOFA 2F5ZA 4Q5NA 3URHA 4KNDA 3LYPA 4EXJA 1T7PB 5ID2B 5LNKe 3CPHG 3VK9A 1XOAA 2RABA 5IMVA 3ISHA 2YJ7A 5J5NA 3UOZA 4K7ZA 3GDPA 2F8AA 4FDCB 2CDUA 4GDPA 5DBJA 4CCQA 2O9ZA 3ZLPA 4JBBA 2H88A 3TJBA 2OADA 1UKVG 1X5EA 1OJAA 2QSIA 4EVMA 2LUSA 2H6ZA 16GSA 1LBKA 2XYOA 4NWZA 1GSDA 4NZHA 4I8BA 3KLJA 1VF1A 4YWOA 1ELIA 3KA7A 1WE0A 5ABRA 1CHUA 2ARDA 3QOUA 2VRMA 2YZHA 4EKZA 2HZEB 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4B66 A;  5DAK A;  2GF3 A;  5KOX A;  4BWS A;  3G5S A;  3GWD A;  2VVL A;  1Z5Y E;  4J2W A;  2GT5 A;  3RDW A;  1DE2 A;  1CQH A;  4HA6 A;  2I1U A;  2MYG A;  3CYN A;  3HVS A;  3VR8 A;  2BS3 A;  2M80 A;  5IOW A;  1M64 A;  5H5S A;  1ERU A;  1YKA A;  1BWC A;  3NLC A;  4B69 A;  2C3T A;  2C8U A;  6GSU A;  1KNG A;  3VR9 A;  2B1K A;  4ZN0 A;  4XWZ A;  3LJR A;  4G0I A;  1LQU A;  4K7I A;  2LKU A;  2R0C A;  3ZIT A;  3R3E A;  1U88 A;  5A5K A;  2I81 A;  1WOU A;  4V1A p;  1YJ6 A;  2OE1 A;  3ICS A;  4A65 A;  3A2W A;  3SBC A;  2CAQ A;  3TB2 A;  1Q4J A;  4YQV A;  4K6X A;  5EB5 A;  4BL7 B;  4JE1 A;  1B9Y C;  3SQP A;  2C7G A;  3GDN A;  2CX3 A;  1B37 A;  4FIW A;  1NHR A;  1S3A A;  3UKH A;  4G19 A;  1VF4 A;  3F4S A;  3SXI A;  3PIN A;  4IW9 A;  3V1W A;  4E8E A;  2V61 A;  2HYX A;  3UAR A;  3QAG A;  3F8P A;  1D4C A;  4CHS A;  1F8W A;  1UVZ A;  2B3S A;  3KH7 A;  1GTE A;  2I0Z A;  2NDO A;  3F6D A;  2XLU A;  1JZR A;  2P5R A;  3EVI A;  4H50 A;  1X9W B;  1GP1 A;  3NOF A;  2F5Z A;  4Q5N A;  3URH A;  4KND A;  3LYP A;  4EXJ A; 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4O5QA

Total Genus

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Chain Sequence

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