4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
2EQ8A 2YG4A 3NN0X 1H81A 1LVLA 1H86A 2F5ZA 3VR8A 1H84A 5FS7A 4BK3A 4U2LA 1IUUA 1DNCA 3AE1A 3UP5A 1Q9IA 4A6NB 3QFBA 2TMDA 4N9XA 1PBFA 1IUSA 1FEAA 3AD7B 2V3AA 3DK9A 4HA6A 5J7XA 1PBCA 3AE9A 3FBSA 3ICSA 1NENA 2C76A 2E1MA 5JCNA 1GRTA 3L8KA 3RP6A 2APGA 2GMJA 4I59A 3UOYA 2OLOA 2WPEA 1GETA 3IHMA 3URHA 2WU2A 4Z26A 5LV9A 2AQJA 3AEAA 2GQWA 2YR6A 3UKLA 2CDUA 3NK0X 2FJEA 2E4GA 4OPLA 2XVJA 3UKQA 4TM1A 3P4SA 2GH5A 3R9UA 1CC4A 1DODA 1ZMCA 2XFUA 4C74A 3LZXA 2GF3A 4JNQA 4EMJA 1BKWA 4PAAA 5M10A 2VZ2A 3F8PA 1FL2A 1D7LA 3LADA 1BZLA 4KPRA 2EQ9A 1Z6LA 4J33A 1N4WA 1Y0PA 4H4ZA 3NLCA 5BVAA 4U8PA 4EM3A 4OPGA 2C64A 1CJ3A 3CNDA 1PBEA 3H8IA 3UKHA 3UTEA 3NH3X 2BC0A 1GTEA 2C73A 3COXA 4C77A 4H2QA 1ZKQA 2YLWA 4K5RA 3C4AA 2WQYA 2YR5A 4BK2A 4OPTA 2X8GA 4IVOB 4LIIA 1GSNA 1O95A 2YLZA 3UKKA 3CNTA 3AB1A 4RG3A 4DGKA 5EB5A 1Q1RA 1ZOVA 1BWCA 1TDNA 4U8KA 1OJAA 2RGHA 3EAOA 1JOAA 2YAUA 3CGDA 3JSKA 5ER0A 3AWIA 4J2WA 1DOEA 1PBBA 4Z2TA 2VRLA 3ATRA 3RNMA 3ZYXA 1NHPA 2V6OA 2X3NA 3SM8A 3OZ2A 2NPXA 2BK5A 2WP6A 5EBKA 1N4UA 2DKIA 5EOWA 1Y56A 1CBOA 4IA6A 4Y4LA 1D4EA 1DJQA 4D04A 1B37A 3AEDA 1VG0A 5BULA 1L0VA 3NTDA 4TLZA 3P1WA 1PJ6A 2ZZCA 1F8WA 3LXDA 2BXSA 3ICRA 3PS9A 2JK6A 3BI2A 4XWZA 4D03A 1S3BA 2BC1A 1CL0A 4H2RA 3NKSA 3B3RA 1MXTA 4U2TA 4OPIA 2O9ZA 3VRBA 3KA7A 3H8LA 1DJNA 4H4VA 3ITJA 3D1CA 2B9XA 1LJ1A 3ZDNA 3CPJG 1EL8A 4OPCA 3OC4A 1VRQB 3AE4A 2HQMA 3PO7A 2I0ZA 4GUVA 3GSIA 3AEFA 3P4RA 3DJEA 4U2SA 1ZX9A 1NHQA 3QVPA 1Q1WA 5KOXA 1NHRA 2VQ7A 1ZY8A 3Q6JA 1E1MA 3UKPA 1GRFA 4YWOA 4EQXA 1PJ5A 1JEHA 4EM4A 3NHOX 1N4VA 1TYPA 1CJ2A 3I3LA 3DGHA 3M0OA 3QJ4A 1CC2A 2Q7VA 1V59A 3BNMA 3RP8A 5GRTA 3ALMA 3LOVA 3WE0A 4H4QA 3L1RA 2AAQA 2Y6RA 4M52A 2C65A 1COYA 4XWRA 5HY5A 1HYUA 2AR8A 3NT6A 3UOVA 4J57A 2R46A 4H4UA 2YG6A 3GWFA 3GMCA 2X8CA 1P2EA 4TM4A 2QA2A 3B6DA 1LQTA 1REOA 4Z25A 5L46A 1F8RA 4TM3A 4C3XA 4A6NA 2C3DA 3K30A 5KVHA 4WCTA 1EBDA 1PXAA 2GR1A 4B69A 1E7PA 5JCLA 1GTHA 3NK2X 3BI4A 4U8LA 3DH9A 4GCMA 1LQUA 1NG4A 3II4A 3ADAB 3CGBA 3KU9A 3S61A 4A5LA 1N1PA 1PHHA 3GRSA 1KF6A 1H6VA 1NHSA 4FDCB 2R0GA 1GRAA 3V3NA 3V76A 1M64A 3VRAA 1BGJA 2A8XA 2YWLA 4AOSA 1O5WA 2BXRA 2GVCA 2RGOA 2Z5XA 2GQFA 1O94A 3CPIG 3CNJA 4YTMA 5JCKA 3G5RA 2FJBA 5DBJA 5FS6A 5KVIA 3IHGA 3K7TA 5HYMA 2IVDA 3E1TA 3GWDA 1LPFA 4JNAA 4AP1A 2YG5A 5C3JA 2Z5YA 4H4YA 4NTCA 4B1BA 4PABA 3D8XA 1GOSA 1L9EA 2J3NA 2E5VA 2XLSA 1QLBA 4Z2RA 3ICTA 2QA1A 1CJCA 2R0CA 2WDVA 1TDEA 2JB2A 1OJDA 2H89A 1BF3A 3C96A 2C70A 2RABA 4Y4MA 4EQWA 4UDPA 4TM0A 1K0JA 4NTDA 2QCUA 2Y6QA 3KD9A 3UKAA 1KDGA 4BV6A 1DOCA 2C66A 1NG3A 2OAMA 2WHDA 3DA1A 1EL9A 4NZHA 4BK1A 2YG3A 4AOXA 1NAAA 1XPQA 1E6EA 4J31A 4MNNA 4Z43A 4MJWA 4CCRA 3K7MX 4NTEA 1ZDLA 4U8MA 2XLPA 4EIPA 3DJGX 5KOWA 3M12A 3Q9TA 4HB9A 4EMIA 3EPTA 2GB0A 4FK1C 2BS4A 2CULA 1YQ3A 3GD4A 2ZZ0A 4Z24A 1YKJA 4H4RA 4IA5A 1TDOA 2CFYA 3VRDB 4C5OA 4YSYA 1GXFA 4K8DA 3UTGA 2BCGG 3RHAA 3ABVA 2WP9A 2CVJA 1ZYNA 4BJZA 3AD8B 3DK4A 4B68A 4ZCDA 2XYOA 1EL7A 2DKHA 1PDHA 4CY6A 3SFEA 3NRNA 3RP7A 2YR4A 1YQ4A 1D5TA 2VVMA 1D4CA 1B5QA 4LU6A 5JCMA 1VG9A 4USQA 3O0HA 4YTPA 1VDCA 4CBQA 1K0IA 2YLTA 4U8JA 1F8SA 3IC9A 4K2XA 1FCDA 3KLJA 2YLSA 4APNA 2WOVA 1PXBA 1RYIA 2BA9A 2BS3A 1XANA 1ONFA 1IUTA 1IJHA 3I6DA 4A99A 2PYXA 4YSHA 2JKCA 1S3EA 2V61A 1GALA 3DGZA 1CJ4A 2FBWA 4OCGA 3AE2A 2OA1A 4ZN0A 3NG7X 2BS2A 4A65A 4YSZA 1IUVA 4KX6A 2GRTA 4ECHA 2ZZBA 1H7XA 3M13A 1LV0A 4GDEA 2VVLA 2C72A 1GNDA 1S2QA 2GAGB 3DJDA 3QFAA 4REKA 5HHFA 2V60A 2XFQA 3AD9B 2C67A 5GSNA 2XCGA 2BK3A 3NNEA 3UKFA 3CIRA 5J60A 3LZWA 3QSMA 2XFOA 2GR2A 1DXLA 2YVGA 1UKVG 2XLRA 3AE8A 3AE3A 3GDPA 1MOKA 3G5QA 4H2NA 4K5SA 1H7WA 1F3PA 1IUWA 1QO8A 3AEBA 3CTYA 3LJPA 3UTHA 4BURA 4A9WA 5IPYA 2YM2A 1ZOYA 1FEBA 1JRXA 1TRBA 2JAEA 3BNUA 3SGLA 4YKFA 1NDAA 2YLRA 4DNAA 1KNPA 5KRQA 2B7SA 3CPHG 3H4KA 2EQ7A 1K0LA 3SFDA 1X31B 3NTAA 1ELIA 1NEKA 1GV4A 3GMBA 4B67A 5CKUA 2BABA 2BACA 3NN6X 4WX1A 4GRTA 2W0HA 5HXIA 2WBAA 3GDNA 2Q6UA 2IIDA 1E1NA 3F8RA 3VQRA 1F6MA 1XDIA 2R4JA 5CQFA 2VVLG 2R4EA 1PBDA 4Z44A 3AECA 3ISHA 1TDFA 3GRTA 1K4QA 2WP5A 3AYJA 3V3OA 3FIMB 5BUKA 2Q0KA 2BCPA 2R45A 1KNRA 1TDKA 1L9DA 4OVIA 5KWFA 1LTXR 1D7YA 2OLNA 2WESA 5M0ZA 1OJCA 3QSEA 4DSGA 1PXCA 2GEWA 3P4PA 1M6IA 2BYBA 3AXBA 4TLXA 4P9SA 4H4WA 3S5WA 2FJDA 2XVFA 3P9UA 1XHCA 1PN0A 3REDA 1GREA 2VOUA 4GR1A 1E39A 4CCQA 1AOGA 1OJTA 3BHFA 1IUXA 2Q0LA 3AYIA 3CGCA 3ATQA 4YSXA 3NGCX 4B63A 5KXJA 2C75A 4J56A 1E1KA 1VQWA 4U8IA 4GDPA 1NPXA 1KSUA 2XVHA 4UP3A 4AP3A 2H88A 2XFNA 4JN9A 3IF9A 1KSSA 2B9WA 2YG7A 4H7UA 4JY3A 3UOXA 3DK8A 4YXDA 2UZZA 2OALA 2C7GA 3CNSA 1BGNA 4EQRA 4O5UA 3NYCA 4H4XA 3ALJA 1JU2A 2C3CA 2QAEA 4JDRA 2GR3A 4K22A 1GESA 4A7AA 5IQ4A 3DJJA 4ICYA 2V3BA 4AT2A 1L9CA 1GEUA 3FG2P 4J36A 2BK4A 3PVCA 4YT0A 3ALLA 2GAHB 2XLTA 2YLXA 4B64A 1JNRA 2NVKX 3SQPA 4B66A 1QJDA 2XDOA 2WS3A 3BI5A 4ADWA 4BJYA 1ZMDA 5IQ1A 4EMWA 2WPFA 4RSLA 2GR0A 1YY5A 1E1LA 4H4PA 4LA1A 4Y4NA 4H4TA 2B76A 2ACZA 2PHHA 1FECA 3QSSA 3CGEA 1PJ7A 2JB3A 2R9ZA 3CN8A 4USRA 1B4VA 3T37A 1CF3A 3CNPA 2WETA 1OJ9A 4E0VA 2R0PA 1SEZA 3LB8A 3KPFA 4X4JA 1P2HA 1Y56B 2YQUA 1RP0A 1EL5A 4OPUA 2RGJA 4NEVA 4U8NA 2VRMA 5FMHA 2YVFA 1ZK7A 4UDQA 1ZYPA 4X9NA 2YM1A 3AE6A 4X9MA 5U25A 2GV8A 3GD3A 3NYEA 3AEGA 3P4QA 2WEUA 2X50A 2B9YA 5C2TA 4H2PA 3BHKA 4NEWA 2IVEA 1PS9A 2EQ6A 1GRBA 2WU5A 3NIXA 4ZCCA 3FMWA 4CRTA 1JRZA 1W4XA 2XFPA 2WOIA 2JBVA 2WPCA 3K7QX 3NK1X 2XLUA 2YVJA 2VQBA 3GYJA 3QVRA 4YKGA 3UOZA 4J34A 4GF7A 4UDRA 4B65A 4I58A 3UCLA 1YQZA 1H82A 2ARDA 1GT8A 3AYLA 4OPDA 3UTFA 3F8DA 2ZBWA 3KKJA 4CY8A 5JCIA 2V5ZA 4A79A 2XVIA 3AE5A 4FK1A 5U63A 3UP4A 1CHUA 1JRYA 1KFYA 3HZLA 1GERA 4JY2A 3EF6A 3KVEA 5TR3A 4CNJA 4Z2UA 1H83A 2A87A 1D4DA 1FOHA 4DSHA 1GRGA 2A89A 2X8HA 3NYFA 1TYTA 3VR9A 4YTNA 2GMHA 4CNKA 5FS9A 2WDRA 4H50A 4AT0A 5BRTA 4JQ9A 5FS8A 1JNZA 3IWAA 1ZP0A 1DOBA 1RSGA 4K7ZA 1GRHA 2JB1A 4FX9A 2TPRA 5U1OA 3FPZA 3AEEA 5EB4A 2WDQA 3C4NA 2FJAA 4H4SA 3EANA 2WOWA 4C3YA 4EIQA 3G5SA 4RG4A 3AE7A 1CC6A 4XXGA 4IVMB 2XVEA 4O5QA 2X99A 4IV9A 4U8OA 3DMEA 3GYIA 4EQSA 1S2YA 1GPEA 1B8SA 2B7RA 1MO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E9JB 3NN0X 2GZZA 1LVLA 2F5ZA 4G6GA 1S3DA 1IUUA 3AE1A 4II3A 1J08A 1K0DA 3QFBA 2C0EA 1FEAA 2WDUA 3S9FA 3AE9A 2E1MA 4OCFA 2DLXA 1GRTA 1SK0A 2P0GA 5LV9A 2WU2A 3HVSA 2GQWA 3UKLA 3NK0X 3UKQA 4OPLA 2ZNMA 3R9UA 2GLRA 3FZ5A 5KN3A 3F8UA 1CC4A 2DJ1A 4EMJA 4JNQA 5M10A 1BKWA 4F03A 4PAAA 3T31A 1BAYA 3F8PA 1FL2A 5KN2A 1IYHA 3RDWA 3ZLPA 3DYRA 2H74A 4OPGA 1EZKA 4RI6A 2B5YA 3LEFA 3AY8A 1TRVA 2BC0A 1GTEA 3FW2A 3L78A 4H2QA 4K5RA 4HQZA 3C4AA 2AAWA 2X8GA 3TDGA 4LIIA 4G10A 4EO3A 1TXXA 1SYRA 1Z7RA 1Q1RA 1ZOVA 2RGHA 1PX6A 3EWLA 2HSHA 2WS2A 2OA7A 5IPHA 3A2XA 4Z2TA 4F0BA 3RNMA 1XW6A 1PKZA 2DKIA 3F3RA 4D73B 1N4UA 3HVXA 2LRTA 1CBOA 3O3TA 1XWAA 4D04A 4EVMA 3AEDA 1OC8A 1L0VA 4ZILA 4TLZA 4IN0A 3P1WA 1PJ6A 1TW9A 2ZZCA 2BXSA 3ICRA 2JK6A 2WZ9A 1LJRA 5IO0A 2H1AA 3KA7A 3C71A 4Q5QA 1SK2A 4Q5RA 3FEUA 1ILOA 3ZDNA 3HYWA 3CPJG 5IM9A 2FLSA 4OWYA 3GYKA 3T2YA 4IP6A 3AEFA 4U2SA 1EP7A 4I6XA 4MCUA 3QVPA 3F4SA 1Q1WA 5KOXA 1BG5A 3VWUA 5EVOA 1GLQA 1GRFA 4YWOA 5F05A 4V2MA 1N4VA 1M3JA 3I43A 3ED3A 4EXJA 1CJ2A 3I3LA 3DGHA 1TK0B 3RP8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3E9J B;  3NN0 X;  2GZZ A;  1LVL A;  2F5Z A;  4G6G A;  1S3D A;  1IUU A;  3AE1 A;  4II3 A;  1J08 A;  1K0D A;  3QFB A;  2C0E A;  1FEA A;  2WDU A;  3S9F A;  3AE9 A;  2E1M A;  4OCF A;  2DLX A;  1GRT A;  1SK0 A;  2P0G A;  5LV9 A;  2WU2 A;  3HVS A;  2GQW A;  3UKL A;  3NK0 X;  3UKQ A;  4OPL A;  2ZNM A;  3R9U A;  2GLR A;  3FZ5 A;  5KN3 A;  3F8U A;  1CC4 A;  2DJ1 A;  4EMJ A;  4JNQ A;  5M10 A;  1BKW A;  4F03 A;  4PAA A;  3T31 A;  1BAY A;  3F8P A;  1FL2 A;  5KN2 A;  1IYH A;  3RDW A;  3ZLP A;  3DYR A;  2H74 A;  4OPG A;  1EZK A;  4RI6 A;  2B5Y A;  3LEF A;  3AY8 A;  1TRV A;  2BC0 A;  1GTE A;  3FW2 A;  3L78 A;  4H2Q A;  4K5R A;  4HQZ A;  3C4A A;  2AAW A;  2X8G A;  3TDG A;  4LII A;  4G10 A;  4EO3 A;  1TXX A;  1SYR A;  1Z7R A;  1Q1R A;  1ZOV A;  2RGH A;  1PX6 A;  3EWL A;  2HSH A;  2WS2 A;  2OA7 A;  5IPH A;  3A2X A;  4Z2T A;  4F0B A;  3RNM A;  1XW6 A;  1PKZ A;  2DKI A;  3F3R A;  4D73 B;  1N4U A;  3HVX A;  2LRT A;  1CBO A;  3O3T A;  1XWA A;  4D04 A;  4EVM A;  3AED A;  1OC8 A;  1L0V A;  4ZIL A;  4TLZ A;  4IN0 A; 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