4OBDA

Crystal structure of nelfinavir-resistant, inactive hiv-1 protease (d30n/n88d) in complex with the p1-p6 substrate variant (l449f/s451n)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obdA00
3T11A 1IZDA 1T7IA 5P4FA 3UDPA 2P4JA 2O4NA 1OEWA 5DR8A 5P50A 5DQ1A 2VA5A 3AUPA 3OUAA 5P1OA 7UPJA 3GI6A 5P0IA 3EKPA 1BWAA 2ZHRA 4ER1E 2BB9A 4J54A 5I3XA 4Y3AA 6APRE 3L5EA 5P7HA 3UCBA 3LIXA 3FNUA 4I10A 5P26A 5P5JA 1CZIE 1HVCA 2FLEA 3NWXA 4Y3LA 5OZ7A 1HVKA 1KJ7A 4FSEA 5P8BA 5KR1A 2OF0A 3OXVA 4Y3QA 3VF5A 2QAKA 3O9LB 2IDWA 1MSMA 2QI1A 4E43A 5OZUA 2PC0A 2OHTA 3SKGA 1ZPAA 4BEKA 3INHA 3S45A 5P35A 1ZSFA 5C9FA 1LEEA 5OYUA 5UPJA 4B05A 1HWRA 4Q1NA 4DH6A 1N49A 3OGQA 5P0PA 1XL5A 4I0HA 4ZPGA 2AZ8A 5P6WA 3MSLA 3HAWA 5P3IA 1FFFC 2QU2A 1EAGA 3AIDA 1BDRA 3SPKA 2PWCA 4Z4XA 4DQEA 5P5FA 2O40A 4DPIA 2MIPA 5P42A 4I0IA 4OBJA 5P3NA 4A6CA 4J1EA 5B18A 4ZLSA 4DJPA 1LV1A 1HTGA 2APRA 5P6MA 5P7UA 4HVPA 2IS0A 2QMFA 2G69A 3NSHA 4DQGA 4QJ7A 4QJAA 2ASIA 5P8SA 4Y5GA 4FL8A 1TCXA 3UDHA 4YCYA 1MESA 5P4XA 4B1EA 5P0SA 1SH9A 4FRIA 3PEPA 2FGUA 1G2KA 3VF3A 2OHQA 4GZFA 3OGPA 5P36A 4Q1XA 5P57A 5P4TA 5P4RA 4BELA 4Y3EA 3UDMA 4PZWA 1MVPA 3NWQA 7HVPA 4RVIA 1APVE 4GJ7A 5P5NA 5P5HA 2P3BA 3KMXA 2ZJMA 3KF0A 1B5FA 1A8KA 3TOHA 4I0FA 4OBDA 5P1KA 2O4PA 1W5YA 5IVSA 1A8GA 4Y43A 1SDUA 5P0VA 2HM1A 4Y58A 4Y4JA 5I3VA 5P7GA 1EPQE 4APRE 3VFBA 4OBFA 3TNEA 4Y51A 5P3GA 3RSVA 4FRJA 1ZLFA 3SA4A 5P6IA 2G1SA 4X2LA 1C6XA 1Z1HA 4CKUA 3S56A 2QHCA 4I8WA 5P30A 5P4EA 3UTLA 5F01A 3OUCA 4Y4BA 5JG1A 3IAWA 5P5AA 4TRZA 5IVTA 4QJ9A 2FS4A 5P5DA 2ZJJA 2I4UA 5COOA 4F76A 3HVPA 4Y4WA 4RLDA 1SIPA 2EWYA 3SAAA 1MERA 4LXAA 3ZL7A 5KQFA 1K1TA 5CONA 1MRXA 2F8GA 1D4LA 4Y4TA 1HTFA 1K2CA 5P3YA 2AZCA 5P74A 5HDXA 2R38A 2Q11A 2XFJA 3KA2A 4Y3DA 4ZSPA 5BRYA 5P8CA 4H3IA 5P23A 3SQFA 4L7GA 3SM2A 3UQWA 2HIZA 5P1WA 1ZTZA 3SACA 3UQRA 3DM6A 2QI6A 5P85A 4EXGA 5P7SA 1HBVA 3PLDA 1SDTA 3TPJA 1SMRA 4GJCA 4AZYA 5P4WA 2QI0A 1AVFA 4Y4ZA 1LYBA 3CIBA 5HE7A 5P2VA 2QZWA 2BJUA 1EC1A 5P4HA 3QN8A 1LYWB 3EL4A 2FXEA 2F3KA 3ZKXA 3T7XA 1FG6C 1RNEA 3BVBA 1PPME 1BXQA 4FSLA 3SO9A 3KDDA 5P0YA 3GI4A 3PRSA 5P7NA 4QLHA 5E5KA 5P8AA 3SA7A 5P7TA 5C9BA 2AZBA 2ER6E 3D3TA 1Q9PA 1G6LA 3NR6A 4YBIA 2ZE1A 1KJFA 5P11A 2OHSA 3MSKA 3ZPUA 3F9QA 5HCOA 5P0NA 1QBUA 4ZSQA 3QRMA 2QHZA 5KAOA 4YD5A 1FMUA 5ER1E 4HDBA 5COKA 3QPJA 5OZ0A 2NMYA 5P14A 5P27A 4YD7A 3WB4A 1XS7D 5P05A 2VJ9A 3MXEA 5OZHA 3TKGA 3O9IA 1XE5A 2O4SA 3APPA 1ENTE 1FF0C 4Y56A 1VIJA 3TKWA 3B80A 4KE1A 4TRWA 5P5SA 2G1RA 5P5UA 3K4VA 5P02A 2B8LA 3JVWA 4ZPFA 5P4MA 3ZOVA 3QS1A 1NPAA 4ZPEA 1E82E 3DV5A 5KQYA 5P2DA 4J0ZA 3MXDA 2AVMA 4FAFA 1OHRA 2Q5KA 5P7EA 1W5WA 5P6RA 3QROA 5HD0A 3IXJA 2R3TA 3G72A 3HZCA 3PBDA 1BDQA 2IQGA 2OHMA 2A4FA 1ZJ7A 5P6QA 5P3CA 5P1FA 1FGCC 5DR1A 1QRPE 3CICA 5FIVA 5KQZA 5P1MA 5P1CA 4D88A 1BV9A 1W6IA 5P8PA 2V0ZC 5P45A 4YDFA 3ER5E 5P69A 4FM6A 2B8VA 5P1RA 5P3ZA 5P29A 1GVXA 2AOJA 3UQXA 1APUE 1TZSA 3NDWA 3S7LA 4OBZA 4Q5MA 5BS4A 4GJ6A 5P75A 2ZJNA 5OZTA 4Y4UA 5P72A 4RCFA 3BHEA 2F80A 3K5DA 2WEDA 4Y6MA 1RPIA 1NSOA 3BXRA 4HZTA 4L1AA 3NYGA 5P4NA 5P0BA 4Y5CA 4DJYA 5P37A 4Y57A 2HS2A 5P3KA 5P7JA 2I0AA 5P3QA 5HVPA 5P84A 1YTGA 5OZNA 5P3XA 2WECA 5AH6A 5P7LA 3R4BA 2F81A 5P0QA 3I2LA 4XKXA 4H3JA 5P0TA 5P39A 4DJRA 4B1CA 4YHQA 5OZPA 2NPHA 4NKKA 2QCIA 4Y48A 5P0RA 1QS8A 5OZ2A 2QHYA 5P6OA 4HA5A 2RKGA 1MT9A 3G6ZA 5P6FA 1YTIA 4RYGA 5OZXA 4ZEAA 5P7XA 2VA6A 3QRVA 5P3AA 4J1IA 3UHLA 1FQ6A 4J55A 3OY4A 5P79A 1FQXA 4Y39A 2ZGAA 1QBRA 2CENA 4Y4AA 2FDPA 2JE4A 1A30A 3OHFA 1MPPA 1EPRE 4BFDA 3ZMGA 4ZE6A 2V13A 5P0GA 3GGAA 4FGXA 4EJDA 1GVUA 3OK9A 5P1XA 1W6HA 2OHPA 3JW2A 1EBWA 3LZVA 3PCWA 2QI3A 5P87A 5HTZA 5P32A 5P1BA 4F73A 4F75A 1HTEA 4K4QA 2NNPA 2VJ7A 4J1HA 5P0CA 3SA8A 3NUOA 4OC6A 3UDJA 3EKTA 5P7KA 3EL5A 5P6YA 3RTHA 3SA5A 3D91A 3PSUA 5P70A 2ZHSA 4J1FA 5P89A 5OYRA 5P7CA 2HPFA 5P6GA 2QD8A 4OD9A 2AIDA 3O9EA 5P5RA 3KDCA 2WF2A 5P61A 4JP9A 1FLHA 2G94A 4Y41A 4XX3A 5JODA 5KOSA 5TOLA 4OBGA 1BXOA 2WF0A 2NXDA 3HDKA 2PH8A 3D1YA 5P86A 4Y5AA 3LPIA 3IN3A 4M8YA 5P1AA 4JPCA 5P13A 5OZYA 3Q70A 5P2TA 4K4RA 4ER4E 5T4SA 5P4PA 3L3AA 5P17A 4I0DA 5I70A 3S8IA 4GIDA 4DQCA 4OBZB 4RZ1A 2WF4A 2Q64A 5P6JA 3Q6YA 3R0WA 3I6OA 5P8UA 3NUJA 5P6CA 5OZ1A 1SGUA 2IKUA 3FX5A 3KT5A 4I11A 4PHVA 3T3CA 3CKPA 5P6TA 3U71A 2IEOA 3IVIA 4YD6A 5P1GA 5P48A 2QZXA 4B1DA 4Y3JA 4LAPA 2WEBA 5P4JA 2RENA 1K6CA 4AUCA 1T6EX 5P49A 3OQ7A 5I3WA 3TLHA 2CEMA 5P7DA 1JLDA 4H3FA 5P34A 2JXRA 2NXMA 5OZIA 4Z50A 1HSHA 1HPXA 3NU3A 5P00A 5P1TA 5P1YA 5OYSA 3IGBA 5P3UA 5P6BA 5P6ZA 1K6TA 3WZ6A 5ENMA 2I4XA 5DR7A 3L59A 1E81E 1DIFA 4YD4A 2I0DA 3B7VA 3EL0A 4ACXA 4Y3PA 4FE6A 5P1HA 3R2FA 1HHPA 2I1AA 5P66A 5P4VA 3CKTA 3KDBA 5P1PA 3PMUA 5P4OA 3VV8A 4LP9A 3HD8A 5KR0A 2VA7A 3K5GA 4LXKA 2FMBA 3EKWA 3SKFA 1HIIA 3DOXA 3WB5A 2V00A 1HVHA 1E80E 2R8NA 1B6LA 2ZYEA 4JOOA 5P2RA 3EKQA 2ZHVA 1HXBA 3VCMA 3SFCA 5E5JA 1KJHA 3BRAA 5P68A 2G21A 5P2XA 3SA9A 3Q3TA 3SABA 4QJ8A 2WJOA 5P6KA 4RROA 4K9HA 4I12A 4CPXA 3S53A 4DJVA 5P8RA 1AAQA 3ZKNA 2J9KA 3OAGA 1BDLA 1IZEA 3EM3A 3LPJA 3EKYA 5OZ6A 3EC0A 2V12C 2ZDZA 4FAEA 3L5CA 1LYAA 2UPJA 5P5KA 5OZEA 5P54A 1EBZA 2RSPA 2QI4A 3PI5A 3GGVA 3ZPSA 3GGXA 3TPPA 4DVFA 1EBKC 1T7JA 5P5MA 5P8TA 1B6MA 2V10C 3BVAA 5P2CA 4APEA 3OUBA 1MRWA 5P7YA 5OYVA 3I8WA 3D1ZA 2VKMA 4B70A 5P5VA 4Q1YA 1YM2A 3O9GA 2Q3KA 2F3EA 4Y9WA 3OQAA 2J9JA 3O9DA 3KFSA 2VS2A 2IGXA 5P41A 4DJUA 3FIVA 5P5XA 5P5QA 4DQFA 4GJ5A 4YOAA 4K8SA 2O4KA 3OOZA 5P4ZA 3FNSA 5P6NA 4NJUA 4R5NA 3OTSA 5AHAA 5SXNA 1PROA 1T3RA 5OZSA 3U6AA 2PH6A 4Y53A 5PEPA 1ZSRA 3IXOA 4Y5NA 4NPTA 1SMEA 9HVPA 2UY0A 4ZSMA 3OXCA 3BGCA 4EHCA 4GJ9A 1UH7A 4RGHA 4Y3HA 2NTRA 3NU6A 5P2ZA 3VLAA 4DJXA 3NDUA 5HDZA 3UQUA 2AVQA 4Q1WA 5P77A 4FIVA 2IL2A 4Y4XA 1MUIA 2WF3A 4Y3MA 5P08A 2WHHA 5F00A 1FB7A 2QK5A 5P25A 4J17A 5P60A 1UH8A 2Z4OA 5OYQA 3GW5A 1LF4A 2ZHUA 5DQ2A 5P0OA 4YA8A 5P1NA 4GJDA 1QBSA 5P3PA 1HVLA 1FMXA 3UFLA 1BV7A 4LBTA 3URJA 1MT8A 5P2FA 3RTNA 5P8FA 5JFPA 2ER9E 4LC7A 5P2YA 4Y5MA 2P8HA 5P0DA 5P8HA 3LINA 4CMSA 3VYDA 3PCZA 3EL9A 1QBTA 3HVGA 5P4CA 5P4UA 5P78A 3KMYA 1SIVA 3EKVA 5IE1A 4Y3FA 3VSXA 5P0KA 3KN0A 5ISKA 1EC2A 3INDA 3VUCA 2ZJHA 2V16C 3D1XA 4B77A 1E5OE 2AOIA 2XFIA 1NH0A 3SLZA 5P7IA 5P09A 3U7SA 3KT2A 4Y3TA 5P6PA 4MC1A 3LZYA 4R93A 5P53A 1A9MA 5P71A 5DGWA 5P88A 3FNTA 2BPZA 5P3JA 2BQVA 5P8GA 3PJ6A 4OBKA 3QP0A 2FDDA 5P62A 5P4KA 3LITA 4Y3WA 3DCRA 5P3TA 2ZHTA 1IDAA 4XXSA 5P15A 5P4QA 2P3BB 4YCTA 1K6PA 3S54A 2R43A 3VV6A 5P19A 4PEPA 1B5FB 3ZKSA 1IZHA 5P7RA 4DQHA 4CPTA 5P2EA 2WEAA 5P1ZA 1UPJA 2P3CA 2QZKA 3BXSA 5P6DA 5P59A 1F7AA 5P2QA 5HCTA 1ZAPA 5P28A 5P43A 5P3DA 5P0WA 1XN2A 3NXEA 5P1QA 4RVXA 2BPXA 3OU1A 5P6AA 5P7MA 5P0MA 3EBZA 5KQXA 2I4DA 1DW6C 5P6SA 5P8MA 2BKSA 4L6BA 1EPOE 1CMSA 2OHRA 1D4IA 3QIHA 2PYNA 5P01A 1GVVA 3URLA 3QVCA 1GVWA 4COEA 5P8IA 3HW1A 2QMPA 2R5QA 3EM6A 1DP5A 4GJ8A 1D4YA 4S1GA 4RRNA 5KOQA 4Y3RA 1TW7A 2Q15A 1F34A 5P2MA 5P3HA 4Y45A 4NPUA 3OUDA 3RTMA 1BAIA 4YBFA 4RCEA 4FCOA 5KR8A 4Y47A 1SBGA 4FRSA 3ST5A 5OZ4A 1HVSA 2G1YA 4RVJA 4FRKA 4EJ8A 3PBZA 4EJLA 4F74A 3L38A 2HAHA 4FS4A 5P2WA 2BBBA 4NJSA 4H1EA 3TOFA 2B60A 4Y36A 3S43A 4Y54A 4B72A 5SY3A 6UPJA 1TQFA 1HVIA 2VIJA 3BGBA 1PSAA 3OQKA 1K1UA 5HU1A 1BVGA 5P6LA 3PGIA 3HBOA 1LYBB 4MC6A 4FM7A 2QI7A 1XL2A 3PWMA 3VF7A 5P64A 5BWYA 1AJVA 5P2NA 1ME6A 4J0TA 1LF3A 1SDVA 3L58A 1HTRB 5P8LA 1YTJA 3VFAA 5C9DA 5P03A 3SM1A 5OYWA 1ER8E 2HB2A 4U7VA 5EZZA 1HXWA 5P7WA 4Z22A 5P6HA 3R0YA 2H6TA 3KFPA 1LZQA 2R9BA 2JYSA 4X7IA 4PZXA 4Y5PA 5DQ5A 2WEZA 5OZ3A 8HVPA 5P4BA 1C6YA 5P3EA 5OZFA 3KFNA 5AH8A 2A1EA 4I0EA 4DFGA 2FGVA 5P55A 3CKRA 4RCDA 5P1EA 2HB4A 3UDNA 3WZ7A 5P7VA 4L7HA 3GI0A 3MWSA 3EL1A 5DPZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T11 A;  1IZD A;  1T7I A;  5P4F A;  3UDP A;  2P4J A;  2O4N A;  1OEW A;  5DR8 A;  5P50 A;  5DQ1 A;  2VA5 A;  3AUP A;  3OUA A;  5P1O A;  7UPJ A;  3GI6 A;  5P0I A;  3EKP A;  1BWA A;  2ZHR A;  4ER1 E;  2BB9 A;  4J54 A;  5I3X A;  4Y3A A;  6APR E;  3L5E A;  5P7H A;  3UCB A;  3LIX A;  3FNU A;  4I10 A;  5P26 A;  5P5J A;  1CZI E;  1HVC A;  2FLE A;  3NWX A;  4Y3L A;  5OZ7 A;  1HVK A;  1KJ7 A;  4FSE A;  5P8B A;  5KR1 A;  2OF0 A;  3OXV A;  4Y3Q A;  3VF5 A;  2QAK A;  3O9L B;  2IDW A;  1MSM A;  2QI1 A;  4E43 A;  5OZU A;  2PC0 A;  2OHT A;  3SKG A;  1ZPA A;  4BEK A;  3INH A;  3S45 A;  5P35 A;  1ZSF A;  5C9F A;  1LEE A;  5OYU A;  5UPJ A;  4B05 A;  1HWR A;  4Q1N A;  4DH6 A;  1N49 A;  3OGQ A;  5P0P A;  1XL5 A;  4I0H A;  4ZPG A;  2AZ8 A;  5P6W A;  3MSL A;  3HAW A;  5P3I A;  1FFF C;  2QU2 A;  1EAG A;  3AID A;  1BDR A;  3SPK A;  2PWC A;  4Z4X A;  4DQE A;  5P5F A;  2O40 A;  4DPI A;  2MIP A;  5P42 A;  4I0I A;  4OBJ A;  5P3N A;  4A6C A;  4J1E A;  5B18 A;  4ZLS A;  4DJP A;  1LV1 A;  1HTG A;  2APR A;  5P6M A;  5P7U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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