4OBFA

Crystal structure of nelfinavir-resistant, inactive hiv-1 protease variant (d30n/n88d) in complex with the p1-p6 substrate variant (s451n)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obfA00
1BXOA 2PK6A 2QI1A 3SA7A 1FMUA 1IZIA 3FKTA 5P5GA 5SY2A 5P3KA 5P88A 4AZYA 1NSOA 4K8SA 5COPA 3ECGA 5P70A 2RMPA 5P4IA 5ER2E 1LYWA 4Z4XA 3WZ7A 1OEWA 1YTHA 5OYRA 5OZZA 4Y3MA 4Y4AA 4ZEAA 1XL5A 3LZUA 3UQRA 1LS5A 3K5FA 3SPKA 2R8NA 3DJKA 1M43A 4EHCA 5IVQA 1IIQA 1DPJA 1MT8A 3PVKA 5P38A 1SDVA 4H3FA 4Y4JA 3L5FA 4DQFA 3LIZA 5P46A 1HRNA 2PMAA 1YG9A 3INDA 4PZWA 2UPJA 2VIJA 5P5ZA 3DM6A 1HWRA 1HIIA 1PPME 5P7QA 2NXMA 3PJ6A 5P4LA 4HA5A 4ZIPA 5P5EA 5P07A 5P6GA 1SGZA 2AODA 4F74A 5P8AA 2OHTA 5P12A 3URLA 3PSYA 2NTRA 5P2OA 5P3BA 4QJ9A 1W51A 5P4WA 2EWYA 1HVLA 5OYQA 3O9BA 1W6HA 3EKTA 4X2LA 3DCKA 3OHHA 4DV9A 2PWRA 2FDDA 5IVTA 1MRWA 5P65A 3WZ6A 5P0VA 3OAGA 5P00A 4Y4EA 5P0BA 5P2FA 4RLDA 1ZSRA 2ZDZA 5PEPA 5P6LA 1FQ7A 2WF3A 4D88A 2QI5A 1FMBA 1ZPAA 4BELA 4YD5A 4IVSA 3MXDA 1C6ZA 3OQFA 5P2UA 1BIMA 2ZYEA 2P3BB 3HW1A 5P3TA 5I3XA 3NWQA 2PWCA 3UDJA 1RL8A 5OYSA 4Q1WA 4ZSRA 4FRKA 4B78A 4Y3ZA 5P3LA 2ER9E 3BUGA 5P6RA 4JOOA 1RPIA 3EMYA 3O9DA 5P4HA 3OXCA 1KJ7A 2HS1A 1QBTA 4PEPA 1BILA 5P2KA 1HVKA 5P4RA 2F3EA 4U7QA 3PHVA 3CYXA 1Z8CA 2AVSA 4A4QA 1AXAA 1KJHA 4YE3A 5OZJA 2OHRA 5P3ZA 1K2BA 5P2JA 3CICA 5P4BA 4DH6A 4Y39A 4RVIA 4EJDA 3DOXA 1BBSA 3NDWA 3APRE 3HD8A 3UDYA 6UPJA 5P3IA 4BFBA 2G22A 5P4TA 4Y38A 1HIHA 4DJQA 1QS8A 1FFIC 3HVPA 3PWRA 3QN8A 1MRXA 3PCZA 1B11A 5P51A 3S43B 1AJXA 3IXKA 3GGUA 3O9GA 4Y3PA 2QU2A 2IDWA 5OZ2A 5P5QA 4FSLA 5T4SA 2G1NA 3ST5A 2JE4A 1HBVA 2AOFA 5P0ZA 2WF2A 4H3IA 4Y3FA 4I0HA 5AGZA 2RENA 4EQJA 1PPLE 5P13A 3Q5HA 4DVFA 4YD3A 1MEUA 5P7BA 5P2IA 5P72A 5P34A 4YCTA 4LP9A 3FNSA 5IVRA 1RV7A 2FS4A 5OZKA 1YTJA 3EM3A 2IGXA 1C70A 5OZBA 5P7SA 2QI7A 1T6GA 4YCKA 3SA3A 3URJA 3INEA 5P4VA 4EXHA 3QS1A 1MT7A 5P57A 5P84A 1TSQA 5P17A 1MTBA 1MSNA 1BVGA 5DR0A 5P03A 1Z1RA 3OHFA 3I2LA 3QP0A 5SY3A 4CPTA 4QJ7A 3NU9A 2J9JB 4J0VA 1HXWA 1ZJ7A 3UDQA 2BKTA 5P8VA 4RVJA 4U8WA 1ODYA 3PM4A 8HVPA 4YA8A 2P4JA 2VA7A 1ZAPA 3QROA 3EKQA 3R2FA 2G24A 2AOJA 1PFZA 5P0WA 1D4JA 1RNEA 2O4NA 4DI2A 2JJJA 5OZ3A 3T6IA 5P1JA 2XYEA 5J25A 3KA2A 4LXAA 5P77A 1CPIA 3SM1A 4HLAA 1MT9A 1ZP8A 4OD9B 3ZPTA 5P08A 4JECA 1MESA 4D85A 1PROA 4Y47A 3H0BA 5P1LA 3FV3A 1FGCC 5B18A 1ZSFA 5P6PA 5OYTA 2HB3A 3L59A 4JPCA 2G1RA 2AOGA 3TPRA 4R93A 1YM2A 2OHPA 1FLHA 1LYBA 2BBBA 4EXGA 3SFCA 2ZHVA 1BV7A 3GGXA 4Y5PA 2IQGA 4CPQA 1FB7A 4I0ZA 5P7DA 5I70A 1LYWB 1W50A 1HPXA 2QI4A 3KFPA 1CZIE 1K6CA 5P35A 4Y9WA 5KQZA 4QJ6A 3T7XA 4D83A 1FMXA 2VIYA 4DQHA 2R5PA 1DP5A 3MSJA 2F3FA 4GJAA 3O9CA 5P71A 4Y3QA 5P1OA 5P5AA 1F7AA 5P1UA 3VV8A 3WB4A 3UHLA 1F34A 3LIYA 2JYSA 2NXLA 1IBQA 1KJGA 5CLMA 3I8WA 3TPPA 4YHQA 2R9BA 3QRMA 5P7EA 5AHAA 5HE7A 5P39A 5P1WA 5OZQA 3QI1A 5P2MA 4Y37A 5P49A 1TW7A 4MC6A 4YCYA 3G72A 4QGIA 4B70A 2I1AA 1HSIA 5P8EA 5P55A 4J1FA 3T7PA 1GVVA 3AUPA 3TH9A 5P4EA 1PPKE 3LIXA 4HE9A 5P31A 4Y3LA 3NUJA 2ANLA 3OAGB 2QZWA 1E80E 5P63A 2AOIA 5P3SA 1W5YA 3FNUA 5P45A 4WY1A 3ZL7A 1HTFA 1OEXA 1E5OE 5P0QA 5P0OA 3FX5A 2OHSA 3EM4A 1Q9PA 1QDMA 5P5IA 3K5GA 3KMXA 2Z4OA 3AIDA 5P1CA 5P4CA 1EPRE 1GKTA 5P5HA 5P6JA 4E43A 3INHA 3SACA 4X7IA 3ZKMA 2RKGA 4OBKA 3TOGA 4OBDA 4DJVA 3IN3A 5P75A 5SZ9A 4FAFA 3BUFA 5OZAA 5HDXA 3L38A 1TZSA 4WY6A 5P32A 2WF1A 5CONA 5P4ZA 4EWOA 2HIZA 3QAAA 4EJKA 1BWAA 3DV5A 2JJIA 5P3VA 3OADA 5P87A 3L5EA 1T6EX 5I3WA 3DK1A 1GVUA 3EL5A 3TL9A 3GGAA 4EJ8A 3VF5A 4I1CA 1HPOA 5P4NA 5OZEA 3EL1A 5AH6A 3KDBA 5P1TA 1IDBA 5P7XA 2Q15A 4OBHA 3LITA 1DAZC 2I4XA 3WSJA 5P1GA 5P5WA 1AIDA 5P8UA 4Q1NA 5P3WA 1EC3A 3D1ZA 1EPQE 4RCEA 1AM5A 4Y4BA 3KFNA 1SIVA 5P69A 5DQ1A 1W5VA 4DQGA 4CPXA 4J1EA 4CP7A 1W5WA 2Q3KA 3OQAA 2AIDA 4R95A 5P25A 3QPJA 4Y35A 5P6QA 5AH8A 5P2GA 7UPJA 4Y45A 5P7OA 3R1GB 5KR8A 4TRYA 5P3AA 4RCDA 2P83A 2AVQA 3QBHA 2HB2A 5P3FA 5P7KA 4J1CA 2ZHRA 5P23A 3HLOA 4L7HA 3OUDA 2ZHUA 2QMDA 3LHGA 1GNMA 5P7LA 2H6SA 4HVPA 1T7IA 5P11A 4RCFA 1N49A 5OYXA 3EKYA 4LC7A 3OTYA 2ASIA 3D1XA 2QHYA 1MUIA 5P28A 4L1AA 5JFUA 3OGPA 5P2VA 3CKRA 5OZ8A 4AMTA 3MSKA 2BKSA 5P22A 5P76A 3IXOA 3D20A 4ER4E 4RRSA 5OZUA 1YX9A 1DMPA 5P0JA 2FIVA 3B80A 5P78A 3NR6A 3OOZA 3BVAA 4Y3YA 2QI6A 4B77A 1QBRA 2AVVA 5P2SA 5OZOA 2QI3A 4XX4A 3EL9A 5P2ZA 2PH8A 4EJLA 3BVBA 5P1MA 1APWE 4GJBA 4J0YA 5P3CA 4NJVA 5P0RA 3BGBA 4Y3DA 1MIQA 2I4VA 2IENA 1APTE 2I0DA 2VNNA 4GZFA 3S2OA 3OGQA 4DJPA 4GJ5A 3IVIA 4Y58A 5F01A 4OBFA 3K4VC 3K5DA 1HTEA 1FKNA 4L6BA 5P0YA 3EBZA 3IA9A 3NUOA 2AZ9A 4J54A 5F00A 2V00A 1B5FA 2VJ6A 1EC2A 5HU1A 5OZPA 5P7GA 3BGCA 5P68A 4GJ7A 1HSHA 1BDQA 3BHEA 5BS4A 3PSUA 3VV6A 5OYYA 5P0IA 5P5RA 3HZCA 1IDAA 3D1YA 3QVIA 3VG1A 4GJCA 1M0BA 4OC6B 5P2EA 2FDEA 5HDUA 1LF2A 2QD6A 3IXJA 1XN3A 1GVTA 1LZQA 4JP9A 4UPJA 5IS4A 4ZLSA 3L5CA 3T7QA 3EL4A 5DQ4A 3FNTA 5AHBA 5P33A 5P19A 4KE1A 4KE0A 2IEOA 4H1EA 4EP3A 1A94A 3N3IA 4F75A 4Y53A 3K1WA 5P6VA 5P41A 7HVPA 4H3JA 5P40A 3O9LA 4K4RA 5P20A 3FSMA 2I4WA 5I3YA 4YBFA 2V13A 3UF3A 3PLDA 1AVFA 2HC0A 3R4BA 1LV1A 3O9FA 3HAWA 3PLLA 2OHKA 2OHMA 5P52A 1EBKC 1YTIA 5P0EA 2F3KA 2QI0A 1LF3A 2AQUA 5P36A 2Z54A 4A6CA 5P54A 5AH9A 5P7AA 4Y5AA 2AZBA 3C9XA 5OZHA 4FAEA 4Y5MA 4HZTA 5OYZA 2WF0A 1HPSA 4B1CA 3NU5A 2V11C 3QIHA 5P5BA 4Y4TA 3OY4A 1YTGA 3EC0A 5P3QA 4Y5CA 2QMPA 1TQFA 3VEUA 4B00A 4RYCA 5OZXA 5P8FA 5P60A 3D91A 5ER1E 5ENKA 5P42A 5AHCA 4DPIA 3RTNA 5P1YA 4FL8A 4NKKA 3ZMGA 4GIDA 2QP8A 5OYUA 1HPVA 1ZPKA 4H3GA 2O4SA 3L5DA 5JFPA 2PC0A 1EPME 2ZJLA 5P5MA 1KJFA 2QZLA 2BQVA 2XFIA 5E5JA 5P61A 6FIVA 1ER8E 4DUSA 3PMYA 5P3MA 3KT2A 4DJOA 1IVQA 1QBUA 1MERA 2CEJA 2I4QA 3UCBA 4Y57A 1A8KA 2VKMA 3KFRA 1EBZA 3KDDA 5P2BA 1EPOE 5P1AA 5OZ4A 4FRSA 5P59A 5P6EA 2G1SA 5P4MA 5P6HA 5P81A 1VIJA 2V12C 5P83A 3SA4A 3OXWA 5P0AA 5P4XA 3LZSA 5P5SA 4U7VA 4FRJA 1XN2A 5OZFA 3PBZA 5P1PA 3UDHA 2ER7E 5P0NA 2IRZA 2B60A 4J5JA 2WF4A 2QMGA 5OZYA 5BRYA 5P6BA 4I0EA 2NXDA 3TOFA 1SDUA 3OU1A 2FDPA 5P8CA 1LYAA 1HTGA 4B1DA 5P0HA 2V10C 4DJRA 3ZPUA 5P7RA 4HEGA 5HVPA 4AA8A 3Q3TA 1APUE 2WEDA 4ZSMA 3QVCA 4Y44A 4B0QA 2WECA 4Y3RA 4Y5GA 1ODWA 4ER1E 5P67A 2NMZA 1MPPA 3EKVA 3JVYA 3O9IA 1HSGA 2JXRA 3KFSA 5P50A 2QNPA 5P64A 5OZCA 5DR4A 1META 3R0YA 4LXMA 2FNTA 2WKZA 5P0GA 2FNSA 1OHRA 4XX3A 5P0UA 3LPIA 5P8HA 4RZ1A 2BPVA 3O9HA 4B05A 5IE1A 4PPHA 4Y3NA 5KAOA 5HE4A 2IGYA 5P2YA 5P3GA 3WB5A 1WBMA 1HIVA 2Q11A 5OZ0A 2NMYA 5SXNA 4WTUA 3NU3A 1TCWA 3PCWA 1HOSA 5P2XA 5P0CA 3SM2A 3G70A 1TCXA 1HTRB 5P1QA 3LPJA 3LIVA 4DJYA 5P3DA 4Y41A 2WEZA 1ZLFA 4QJ2A 5P4OA 5KOQA 1E81E 4J55A 4ER2E 1FFFC 4M8YA 4MC9A 4L7GA 2ZGAA 3CKTA 3F9QA 1K6VA 3UPJA 4PHVA 2R3WA 3H5BA 1XS7D 4HDPA 3OUCA 2OAHA 1HVCA 2B7FA 4DJUA 1C6YA 2P3AA 4Q5MA 3TPLA 1D4LA 4KUPA 5I3VA 1LEEA 4PYVA 4Y5KA 1A30A 3SA8A 2APRA 4J1IA 4YD6A 5P2LA 2QHCA 4TVHA 3L58A 3NXEA 5P02A 3PEPA 4XKXA 2P3BA 5P2CA 3VV7A 2Q5KA 2QZXA 3GW5A 4J0ZA 2PH6A 4B1EA 1BV9A 4LHHA 5DQ5A 3ER5E 3KM4A 1EBYA 3OU3A 2VA6A 5P3EA 2WEAA 3SABA 2O40A 2H6TA 1W6IA 3SA5A 3PSGA 5P05A 2I0AA 2QAKA 2AOHA 4D89A 3D3TA 3PRSA 2WL0A 1EPNE 1VIKA 1QRPE 3UDMA 3O9AA 4ZPEA 5P2HA 5E5KA 1SMRA 5DQ2A 4NJUA 2OF0A 1IZHA 1GNOA 2AZCA 3EXOA 2O4LA 3NDTA 1G35A 5P86A 1K1TA 5P6WA 5P7WA 3O9LB 3L5BA 2AOCA 4Y51A 3VUCA 3TKWA 5P3PA 4DQEA 5P7VA 5P8NA 4EPJA 5UPJA 5P5OA 2FGUA 3LPKA 4Y4DA 1XL2A 1G6LA 2Q54A 5P26A 5P1EA 1EC1A 3ZKXA 1BDRA 2SAMA 4R8YA 4F76A 1XE5A 2FMBA 1NPVA 1GVWA 5P1IA 5HDZA 5P18A 5P7JA 4QJAA 5P7ZA 4NPTA 5JG1A 3T3CA 3A2OA 3CYWA 2G21A 4Y5LA 1K1UA 4FIVA 4CPSA 1PSAA 5P1KA 4YOBA 5P6TA 5C9BA 3OOTA 3IGBA 5P7CA 5OZDA 5P5KA 5P09A 3LNKA 3ZPSA 5ISKA 3EKXA 1W5XA 1KJ4A 3NU6A 2B8LA 3ER3E 3OXXA 1EPLE 5OZGA 4Y4WA 2V0ZC 1UH8A 5P6IA 5P1FA 4N00A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BXO A;  2PK6 A;  2QI1 A;  3SA7 A;  1FMU A;  1IZI A;  3FKT A;  5P5G A;  5SY2 A;  5P3K A;  5P88 A;  4AZY A;  1NSO A;  4K8S A;  5COP A;  3ECG A;  5P70 A;  2RMP A;  5P4I A;  5ER2 E;  1LYW A;  4Z4X A;  3WZ7 A;  1OEW A;  1YTH A;  5OYR A;  5OZZ A;  4Y3M A;  4Y4A A;  4ZEA A;  1XL5 A;  3LZU A;  3UQR A;  1LS5 A;  3K5F A;  3SPK A;  2R8N A;  3DJK A;  1M43 A;  4EHC A;  5IVQ A;  1IIQ A;  1DPJ A;  1MT8 A;  3PVK A;  5P38 A;  1SDV A;  4H3F A;  4Y4J A;  3L5F A;  4DQF A;  3LIZ A;  5P46 A;  1HRN A;  2PMA A;  1YG9 A;  3IND A;  4PZW A;  2UPJ A;  2VIJ A;  5P5Z A;  3DM6 A;  1HWR A;  1HII A;  1PPM E;  5P7Q A;  2NXM A;  3PJ6 A;  5P4L A;  4HA5 A;  4ZIP A;  5P5E A;  5P07 A;  5P6G A;  1SGZ A;  2AOD A;  4F74 A;  5P8A A;  2OHT A;  5P12 A;  3URL A;  3PSY A;  2NTR A;  5P2O A;  5P3B A;  4QJ9 A;  1W51 A;  5P4W A;  2EWY A;  1HVL A;  5OYQ A;  3O9B A;  1W6H A;  3EKT A;  4X2L A;  3DCK A;  3OHH A;  4DV9 A;  2PWR A;  2FDD A;  5IVT A;  1MRW A;  5P65 A;  3WZ6 A;  5P0V A;  3OAG A;  5P00 A;  4Y4E A;  5P0B A;  5P2F A;  4RLD A;  1ZSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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