The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
158
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sequence length |
475
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structure length |
462
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Chain Sequence |
TEYILNSTQLEEAIKSFVHDFCAEKHEIHDQPVVVEAKEHQEDKIKQIKIPEKGRPVNEVVSEMMNEVYRYRGDANHPRFFSFVPGPASSVSWLGDIMTSAYNIHAGGSKLAPMVNCIEQEVLKWLAKQVGFTENPGGVFVSGGSMANITALTAARDNKLTDINLHLGTAYISDQTHSSVAKGLRIIGITDSRIRRIPTNSHFQMDTTKLEEAIETDKKSGYIPFVVIGTAGTTNTGSIDPLTEISALCKKHDMWFHIDGAYGASVLLSPKYKSLLTGTGLADSISWDAHKWLFQTYGCAMVLVKDIRNLFHSFHVNPEYLDIGMELTRPARGLKLWLTLQVLGSDLIGSAIEHGFQLAVWAEEALNPKKDWEIVSPAQMAMINFRYAPKDLTKEEQDILNEKISHRILESGYAAIFTTVLNGKTVLRICAIHPEATQEDMQHTIDLLDQYGREIYTEMKKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
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| molecule keywords |
Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
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| publication title |
Discovery and Characterization of Gut Microbiota Decarboxylases that Can Produce the Neurotransmitter Tryptamine.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Ruminococcus gnavus
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| total genus |
158
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| structure length |
462
|
| sequence length |
475
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| chains with identical sequence |
B, C, E, F, G, H, U
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| ec nomenclature |
ec
4.1.1.105: L-tryptophan decarboxylase. |
| pdb deposition date | 2014-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00282 | Pyridoxal_deC | Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 7AAT A; 1KKP A; 2DR1 A; 4ADE A; 2PB2 A; 2CJG A; 3EUC A; 4ADB A; 1WYU A; 1OXP A; 3JW9 A; 1JG8 A; 1MDZ A; 4JEW A; 4Q75 A; 1CQ8 A; 5D95 A; 5D5S A; 3PDB B; 2E7U A; 1UU1 A; 2D65 A; 1O4S A; 1X0M A; 3AEL A; 1GEW A; 3USF A; 1QZ9 A; 2YKY A; 2OQX A; 3DYD A; 2VMS A; 1IX8 A; 3JWB A; 1ARG A; 2CIN A; 3A8U X; 2VI8 A; 4F4E A; 3NU8 A; 1D7S A; 1ASC A; 1VJO A; 3KGW A; 4ITX A; 3BCA A; 4K2M A; 4LNJ A; 4A72 A; 3N75 A; 1QIT A; 4TMR A; 5LHA A; 3NYU A; 1BJN A; 1ASN A; 3ISL A; 5F9S A; 2AY9 A; 2VMX A; 2XH1 A; 3EI5 A; 2W7F A; 1M0Q A; 2W7E A; 4AO9 A; 3A9X A; 4MQQ A; 1S09 A; 3FCR A; 2DKB A; 3NYT A; 3QBO A; 4Q31 A; 3VK2 A; 1IVR A; 1OHV A; 8AAT A; 3MBB A; 3NUI A; 2EPJ A; 1SFF A; 3LVL B; 3Q8N A; 1UKJ A; 2FNU A; 1LC5 A; 4LW2 A; 1XEY A; 4XK1 A; 1SZK A; 4ADD A; 4PVF A; 2D66 A; 1M0P A; 1WYV B; 3GZD C; 1GEY A; 1W7M A; 4ZSY A; 2Z9U A; 3DRD A; 4XAU A; 2YCP A; 3JU7 A; 3EI9 A; 1DGD A; 2BIE A; 1WYV A; 3ZZK A; 1EG5 A; 1AHF A; 4ZM4 A; 1RV3 A; 2QLR A; 4A0F A; 5IWQ A; 1DKA A; 1SZS A; 4CBR A; 2JJE A; 3AEM A; 1PG8 A; 4E3Q A; 1C0N A; 2QBT A; 1X28 A; 3DR7 A; 4IXO A; 3FZ8 A; 4JEY A; 4OTL A; 5K8B A; 2FN6 A; 3EIA A; 1M7Y A; 3B1C A; 5G2Q A; 1OHY A; 2ZUK A; 3ELE A; 3FSL A; 4IY7 A; 4ZDL A; 1C7O A; 4A0G A; 3RUY A; 3ZRR A; 2DGK A; 3CQ4 A; 4OYT A; 3MC6 C; 4UHO A; 1TOK A; 1YJZ A; 3FQ7 A; 5EAV A; 3BWN A; 1Y4I A; 2Z1Z A; 1D7V A; 1GC4 A; 3ZRP A; 2OGA A; 3ACZ A; 4RJ0 A; 1JS6 A; 3NRA A; 4LW4 A; 2W8V A; 3LG0 A; 3FZ6 A; 2Q7W A; 2W7M A; 3DC1 A; 4M2K A; 1Z7D A; 3AOW A; 4CBS A; 3P6K A; 3WGC A; 2BYL A; 4WLH A; 5EFS A; 3ECD A; 2VGZ A; 2YCT A; 1GDE A; 3VAX A; 1OAT A; 1KMK A; 1MDO A; 1W23 A; 1V2E A; 4IX8 A; 1FG3 A; 1B5O A; 2O0R A; 3QHX A; 3W1H A; 2ORD A; 2ZYJ A; 4GDY A; 4RIZ A; 4WB0 B; 5DX5 A; 5M49 A; 3FZ7 A; 1CZC A; 1E5E A; 2JJF A; 1AHE A; 2Z9V A; 2VMY A; 3PD6 B; 3LVM A; 3GET A; 2X5D A; 2WK7 A; 2CAN A; 3FDB A; 1RV4 A; 3P1T A; 2VGS A; 5FT8 A; 3GBX A; 1AIB A; 4EU1 A; 3K28 A; 4XJO A; 5EUD A; 3PD6 A; 1UU2 A; 3RBF A; 1VP4 A; 2R5C B; 5LH9 A; 1Z3Z A; 3MAD A; 1BQA A; 1SZU A; 2ZJG A; 3DZZ A; 3PAA A; 1UU0 A; 2BKW A; 3AEJ A; 2BI2 A; 3T32 A; 4AH3 A; 2R5C A; 4ZAH A; 3K40 A; 2R2N A; 3AV7 A; 3QGU A; 4J5U A; 5TF5 A; 2W8W A; 4K2B A; 5G0A A; 1LKC A; 4EFF A; 1GD9 A; 3AAT A; 3ATH A; 2W7G A; 5C6U A; 2GMU A; 1AKC A; 2X8U A; 1AJS A; 1G4V A; 1M32 A; 4Y0I A; 4RKD A; 1BJ4 A; 4LNM A; 3TFT A; 1J04 A; 4B9B A; 3TQX A; 3AEN B; 2JGT A; 1QJ5 A; 1S0A A; 1ASB A; 2AY7 A; 2YHK A; 1KMJ A; 4ATP A; 5BJ3 A; 2VIA A; 3CQ5 A; 3PDX A; 3WGB A; 5FT4 A; 4OBV A; 4RLG A; 3NX3 A; 3AEN A; 1V2F A; 3I4J A; 5M4B A; 3D6K A; 4GRX A; 2YRI A; 4WYA A; 4UQV A; 1CL2 A; 3HVY A; 2JIS A; 3DU4 A; 3WKR A; 1X29 A; 2CJH A; 2AY8 A; 4ATQ A; 3QN6 A; 5G4I A; 1TOI A; 3UAK A; 4K2I A; 4ZM3 A; 5DB5 A; 3RBL A; 4F5L A; 4UHN A; 4IXS A; 1ARS A; 4OCA A; 4P7Y A; 2HUI A; 5JAY A; 4JF1 A; 3KE3 A; 4WLJ A; 5I92 A; 2EZ1 A; 2C81 A; 3OP7 A; 1QJ3 A; 3HDO A; 1W7L A; 3OKS A; 4N0W A; 4AOA A; 1U08 A; 4JEX A; 1P3W A; 3BWO A; 2CJD A; 4JE5 A; 4WYC A; 2W8T A; 4M2J A; 4W5K A; 4MQR A; 4CXR A; 2WKA A; 4P3M A; 9AAT A; 2CFB A; 2BI5 A; 3EI7 A; 3EI8 A; 2BWN A; 4MKK A; 2Z1Y A; 2E54 A; 3F0H A; 4U2H A; 4UOY A; 1DJU A; 2AY4 A; 1AY4 A; 1G7X A; 3K7Y A; 3QM2 A; 4M2M A; 1V72 A; 2EZ2 A; 5F8V A; 1O69 A; 2VLF A; 2GQN A; 3BCB A; 1I48 A; 2W7H A; 2QB3 A; 2D64 A; 4WXF A; 2D7Y A; 1XI9 A; 1O61 A; 1D7R A; 2VMN A; 4W1V A; 1MAP A; 1LW4 A; 2ZC0 A; 2RFV A; 1IAX A; 3WKS A; 5EUN A; 4F5G A; 3BS8 A; 2OGE A; 3IF2 A; 4R5F A; 3WCO A; 1JS3 A; 1WKH A; 4JEV A; 2YKU A; 5AX8 A; 2VGU A; 2YRR A; 3MAU A; 1B4X A; 4ZDP A; 4BMK A; 1YAA A; 3AEO A; 2TPL A; 3GSB A; 3MEB A; 4OT8 A; 5EIG A; 2D63 A; 2D5Y A; 1ECX A; 4A6T A; 1AIC A; 2OKK A; 2AY3 A; 1GC2 A; 2X3L A; 1LC8 A; 4FFC A; 1B9I A; 1BW0 A; 2VMR A; 3E9K A; 3WCN A; 4XJL A; 2R5E A; 1PMM A; 2XBN A; 2E7I A; 3KGX A; 4BA4 A; 1ZOB A; 2BWO A; 3ELP A; 1IJI A; 3UE8 A; 4ITG A; 3UWC A; 1IX7 A; 1DTY A; 1M0O A; 2JJG A; 1C9C A; 4O6Z A; 4LNL A; 1ASD A; 4NOG A; 2FQ6 A; 4F5H A; 1ZC9 A; 1CJ0 A; 2AY1 A; 4A0R A; 3G8M A; 4AZJ A; 1KL2 A; 2HUU A; 2OAT A; 3FKD A; 2CH2 A; 1S06 A; 3PJ0 A; 4AO4 A; 4WP0 A; 3NDN A; 1TAT A; 3LVK A; 1AHX A; 4A0H A; 4WBT A; 3BWN C; 5EQC A; 4RAE A; 4JEZ A; 2VGV A; 4WYG A; 1GCK A; 2O1B A; 2W8U A; 3B8X A; 1SPA A; 4ISY A; 4WD2 A; 1WYT A; 1JF9 A; 2HZP A; 2AEU A; 3NU7 A; 4XJP A; 3WLX A; 3MAF B; 3M5U A; 2HP1 A; 4GE9 A; 3AOV A; 1MGV A; 3HMU A; 4HVK A; 4L0O A; 3PPL A; 2VMV A; 3WX9 A; 1QGN A; 4I8A A; 3E2Z B; 4MQP A; 4QGR A; 1AKB A; 3MAF A; 1ELQ A; 4UHM A; 3L8A A; 1AAM A; 1FG7 A; 4HF8 A; 4R2N A; 1EJI A; 1AMQ A; 2VMQ A; 1W7N A; 2DKJ A; 1BQD A; 3E2Z A; 2X5F A; 5FT6 A; 4PFN A; 2CH1 A; 2CST A; 2D7Z A; 2VMU A; 3EZ1 A; 4LC3 A; 3W1J A; 1AIA A; 1ASM A; 4PFF A; 3WY7 A; 3PIU A; 1V2D A; 4RIT A; 3VP6 A; 2YCN A; 4BA5 A; 3IHJ A; 4CXQ A; 3HT4 A; 2FM1 A; 1YJY A; 3W1I A; 3NUB A; 4PIW A; 2W8J A; 3I16 A; 2HOY A; 4XQ2 A; 1AJS B; 2BHX A; 2AY5 A; 3EZS A; 2DOU A; 3PGY A; 2VMT A; 1M4N A; 4RJY A; 4DGT A; 4ZWV A; 2JJH A; 3FQA A; 5G2P A; 5DJ1 A; 4MY5 A; 3DOD A; 3E6G A; 2W7I A; 1CS1 A; 2GSA A; 1B8G A; 3CBF A; 3II0 A; 1GEX A; 4WXG A; 2V0Y A; 4R5Z A; 4U1T A; 2EO5 A; 2WK8 A; 4GSA A; 2VI9 A; 1AX4 A; 3N5M A; 5E3K A; 3NYS A; 4OC9 A; 5G4J A; 4Q76 A; 1CQ6 A; 3TCM A; 1OXO A; 1QIR A; 3B46 A; 5EAA A; 3JWA A; 3N0L A; 1ZOD A; 2FYF A; 5EUE A; 1CL1 A; 3EI6 A; 4Q6R A; 4W8I A; 1WST A; 2QA3 A; 4ZAS A; 3VK3 A; 3G0T A; 4ADC A; 3I5T A; 2YKX A; 3LV2 A; 4KYO A; 2W7D A; 3CAI A; 3BN1 A; 2D61 A; 4E3R A; 4GEB A; 3H14 A; 1DFO A; 2VGT A; 2VMZ A; 4GE4 A; 3FD0 A; 2W7K A; 2Z61 A; 2CTZ A; 3BCX A; 3FTB A; 4KXK A; 1QIS A; 1BJO A; 2YKV A; 4F5F A; 5HHY A; 1BT4 A; 2EH6 A; 3ZZJ A; 4A6U A; 3NTJ A; 1PFF A; 5DJ9 A; 3H7F A; 4H51 A; 3LVJ A; 3B1E A; 4A00 A; 1ASA A; 1TAS A; 3DXW A; 1AHG A; 3NNK A; 3GR9 A; 2Z9X A; 1RVU A; 2BWP A; 3GWP A; 4F5M A; 3FVX A; 3PDB A; 4EB5 A; 2VLH A; 1TOG A; 3ZRQ A; 2OKJ A; 1IUG A; 1ORD A; 5G09 A; 1MAQ A; 2VMO A; 2HUF A; 2F8J A; 1MDX A; 2DGL A; 2VYC A; 1YJS A; 4R8D A; 2C0R A; 1TOJ A; 4RKC A; 3JTX A; 4Y0D A; 1N8P A; 3FQ8 A; 3F6T A; 2AY2 A; 2BIG A; 4TV7 A; 1TPL A; 1C4K A; 4IW7 A; 2C7T A; 1ASE A; 4WXB A; 4RM1 A; 5EIG B; 4EMY A; 1DJE A; 2FNI A; 2BI9 A; 5M46 A; 3EIB A; 1B5P A; 1AKA A; 1IX6 A; 3GZD A; 5E4Z A; 4BHD A; 3COG A; 1X2A A; 1DJ9 A; 2YOB A; 4TN4 A; 4N0B A; 4E1O A; 2CB1 A; 5BJ4 A; 3E2Y A; 3FRK A; 1T3I A; 1M6S A; 2HOR A; 4GE7 A; 3RI6 A; 1N2T A; 1C7G A; 1BS0 A; 1KKJ A; 3LY1 A; 4MKJ A; 1E5F A; 2ZP7 A; 3AEM C; 4OMA A; 3CQ6 A; 3MKJ A; 1ART A; 1TOE A; 1TAR A; 4JF0 A; 2QMA A; 4J8L A; 2AEV A; 4F5I A; 1D2F A; 1M0N A; 1GC0 A; 3E77 A; 2VMW A; 1CZE A; 4W1W A; 3ASB A; 1BKG A; 3R4T A; 1LS3 A; 4W1X A; 1AMS A; 1PMO A; 2VMP A; 1AAW A; 1ASL A; 1WYT B; 2PB0 A; 3A9Y A; 3A9Z A; 3MC6 A; 2AY6 A; 3G7Q A; 2W7L A; 1W3U A; 3RCH B; 3JZL A; 1LW5 A; 3BC8 A; 4DQ6 A; 3A2B A; 2V1P A; 1IBJ A; 4EB7 A; 4WYD A; 1ARH A; 3RCH A; 1VEF A; 2NMP A; 3HBX A; 4BQ0 A; 3BV0 A; 1YNU A; 2R0T A; 5HDM A; 1YIZ A; 3TAT A; 2PO3 A; 3VK4 A; 1CQ7 A; 3FVS A; 1I43 A; 1MLY A; 1AY8 A; 1ELU A; 2Z20 A; 3L44 A; 1O62 A; 2EGY A; 1BJW A; 3QI6 A; 1DGE A; 4A6R A; 3DR4 A; 5J8Q A; 5M4D A; 2VIB A; 2BI3 A; 2Z9W A; 1H0C A; 3FVU A; 3HLM A; 4MSO A; 1S07 A; 1N31 A; 4B98 A; 2GMS A; 4FL0 A; 1AY5 A; 2E7J A; 1ASG A; 3E2F A; 2WK9 A; 4XEW A; 3HQT A; 1SVV A; 4WYE A; 4IYO B; 1S08 A; 2AAT A; 2GB3 A; 2HP2 A; 4MGR A; 2CY8 A; 4F5K A; 1H1C A; 3KKI A; 1G4X A; 1D7U A; 3HL2 A; 1AJR A; 1KL1 A; 4CVQ A; 1FC4 A; 4OBU A; 1LK9 A; 1EQB A; 4IYO A; 1I41 A; 1ASF A; 1WKG A; 4KAM A; 3RQ1 A; 3VOM A; 1AMR A; 2HOZ A; 3AEJ C; 4WB0 A; 3F9T A; 1OHW A; 4E77 A; 4W91 A; 1ARI A; 1C7N A; 3LWS A; 2QB2 A; 3ASA A; 3PA9 A; 3GZC A; 4Y0H A; 2BYJ A; 1YIY A; 1I29 A; 2C44 A; 3QPG A; 4JE5 D; 4ZSW A; 3FFR A; 5FT5 A; 4ZDO A; 4WYF A; 4XJM A; 4ZWM A; 1AMA A; 2VGW A; 4F5J A; 1LC7 A; 2O7C A; 3FFH A; 3WZF A; 5E5I A; 2ZSL A; 1J32 A; 2W7J A; 1RVY A; 1SF2 A; 1IAY A; 1G7W A; 3BB8 A; 2BI1 A; 4IXZ A; 2BIA A; 1GC3 A; 2DGM A; 3R9A A; 1GBN A; 3AEP A; 5HXX A; 3DXV A; 4DBC A; 1MLZ A; 4ZLV A; 4AZK A; 3GJU A; 1YOO A; 1AHY A; 1BJO B; 2G6W A; 2HOX A; 2JG2 A; 2Z67 A; 1WYU B; 2ZSM A; 1B9H A; 3TFU A; 3B1D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 7AAT A; 1KKP A; 2DR1 A; 4ADE A; 2PB2 A; 2CJG A; 3EUC A; 4ADB A; 1WYU A; 1OXP A; 3JW9 A; 1JG8 A; 1MDZ A; 4JEW A; 4Q75 A; 1CQ8 A; 5D95 A; 5D5S A; 3PDB B; 2E7U A; 1UU1 A; 2D65 A; 1O4S A; 1X0M A; 3AEL A; 1GEW A; 3USF A; 2FKI A; 1QZ9 A; 2YKY A; 2OQX A; 3DYD A; 2VMS A; 1IX8 A; 3JWB A; 1ARG A; 2CIN A; 3A8U X; 2VI8 A; 4F4E A; 3NU8 A; 1D7S A; 1ASC A; 1VJO A; 3KGW A; 4ITX A; 3BCA A; 4K2M A; 4LNJ A; 4A72 A; 3N75 A; 1QIT A; 4TMR A; 5LHA A; 3NYU A; 1BJN A; 1ASN A; 3ISL A; 5F9S A; 2AY9 A; 2VMX A; 2XH1 A; 3EI5 A; 2W7F A; 1M0Q A; 2W7E A; 4AO9 A; 3A9X A; 4MQQ A; 1S09 A; 3FCR A; 2DKB A; 3NYT A; 3QBO A; 4Q31 A; 3VK2 A; 1IVR A; 1OHV A; 8AAT A; 3MBB A; 3NUI A; 2EPJ A; 1SFF A; 3LVL B; 3N4X A; 3Q8N A; 1UKJ A; 2FNU A; 1LC5 A; 4LW2 A; 1XEY A; 4XK1 A; 1SZK A; 4ADD A; 4PVF A; 2D66 A; 1M0P A; 1WYV B; 3GZD C; 1GEY A; 1W7M A; 4ZSY A; 2Z9U A; 3DRD A; 4XAU A; 2YCP A; 3JU7 A; 3EI9 A; 1DGD A; 2BIE A; 1WYV A; 3ZZK A; 1EG5 A; 1AHF A; 4ZM4 A; 3N4S A; 1RV3 A; 2QLR A; 4A0F A; 5IWQ A; 1DKA A; 1SZS A; 4CBR A; 2JJE A; 3AEM A; 1PG8 A; 4E3Q A; 1C0N A; 2QBT A; 1X28 A; 3DR7 A; 4IXO A; 3FZ8 A; 4JEY A; 4OTL A; 5K8B A; 2FN6 A; 3EIA A; 1M7Y A; 3B1C A; 5G2Q A; 1OHY A; 2ZUK A; 3ELE A; 3FSL A; 4IY7 A; 4ZDL A; 1C7O A; 4A0G A; 3RUY A; 3ZRR A; 2DGK A; 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