The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
69
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structure length |
69
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Chain Sequence |
PFNPFELTNHAVLLVGYGTDSASGMDYWIVKNSWGTGWGENGYFRIRRGTDECAIESIAVAATPIPKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The amino-acid substituents of dipeptide substrates of cathepsin C can determine the rate-limiting steps of catalysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dipeptidyl peptidase 1 Heavy chain
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
8
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| structure length |
69
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| sequence length |
69
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| ec nomenclature |
ec
3.4.14.1: Dipeptidyl-peptidase I. |
| pdb deposition date | 2014-01-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Cysteine proteinases. Chain C |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OEL B; 4CDD C; 2DJF C; 4CDC C; 1K3B C; 4OEM B; 2DJG C; 1MHW C; 4CDF C; 1ICF B; 4CDE C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MXU A; 4HAE A; 1S5F D; 3PUZ A; 3H3V H; 4A3G B; 5ELF A; 2A6H D; 2OTL A; 5JAV A; 2H1E A; 1LUZ A; 2FMM A; 4U67 3; 5AJ3 Q; 2FHT A; 3RZO B; 2KEC A; 4OWT B; 2R7F A; 3M7N A; 4K14 A; 1BKB A; 5DNF A; 3UE0 A; 4PZ6 A; 1I6H H; 2EDG A; 4H13 C; 2RDF A; 4J6H A; 1EWC A; 5IYD G; 3T56 B; 1H9M A; 3KLW A; 2V1C C; 2PW7 A; 4G4K A; 5M5X H; 4A3B B; 1SE4 A; 1Z47 A; 1BCP D; 1ICF B; 4K6L A; 1AFP A; 2X6G A; 2XVS A; 4OON A; 2CH4 A; 2HIX A; 3C3L A; 5CV6 A; 1QVG A; 4X65 Q; 1GUG A; 4A3K B; 1A0I A; 5TSS A; 2B2V A; 2I07 B; 3CCM A; 3EIV A; 3HZX A; 1QNK A; 2LS0 1; 4XYQ A; 4YY3 Q; 5KNB A; 4X65 L; 3VYT A; 2JEB I; 1SYD A; 2PMZ E; 5IYD H; 4NXN Q; 5C4X H; 4JBW A; 1D5X C; 4XXE A; 1VQ7 A; 1SNM A; 1B3Q A; 4YY3 L; 2HQL A; 4BBS G; 4RGM A; 2RBM A; 4NXN L; 4DV1 Q; 3M4O H; 4GNX A; 2E2J B; 5C0X I; 2AUJ D; 1CFM A; 1I50 H; 2F0T A; 3FRP B; 4C1N K; 1W6K A; 3CXC A; 1GUO A; 1LAC A; 1GUW A; 3S1M H; 2F52 A; 1JQY D; 1RKN A; 4C2M B; 4FF3 A; 5FJ8 G; 4DV1 L; 2VQE Q; 1ILQ A; 5L37 A; 3RZD H; 4XTC S; 2IX1 A; 3OPO A; 1NR4 A; 1QG7 A; 3IL8 A; 2OXP A; 3GD7 A; 1ENA A; 2BA0 A; 2ZTE A; 2KED A; 2GA4 B; 4L5T A; 4AIM A; 4DR7 Q; 4IFD J; 1EY4 A; 1NBW A; 2WV6 D; 1HNX L; 1N33 L; 4OO1 I; 4JC0 A; 1RIP A; 1XTD A; 2B2W C; 3R2I A; 3J81 i; 2OTJ A; 4DR7 L; 1VQE A; 1LTI D; 1V1P A; 5CYU A; 2NYZ D; 2Q2H A; 4DV5 Q; 2JA7 H; 1V1O A; 4A76 A; 2XNA C; 1U4L A; 3KFU A; 1HJP A; 5HY6 A; 2IT1 A; 2BE5 C; 3N6R A; 5JVG 3; 4GN3 B; 4A3F H; 3U9S A; 4UY8 C; 1EOT A; 1KRT A; 4DV5 L; 1Y1W B; 1PYS B; 1UWV A; 2Z6K C; 4HED A; 3GTO H; 3OOC A; 3Q6S A; 5FLX L; 3A54 A; 3STB D; 4A93 B; 2H4O A; 5CV5 A; 4A3G H; 2YTV A; 3M7G A; 4X3S A; 2ZJP A; 3KUP A; 3SK5 A; 3ERQ A; 1HUN A; 2RVL A; 4POG A; 3JAM c; 1STY A; 4IJL A; 3RZO H; 1B7Y B; 2VQF L; 2QDL A; 5E4W C; 1ASY A; 3NQI A; 3H15 A; 3TS0 A; 4R8N A; 2B8G A; 1KC8 C; 2K6A A; 4EX5 A; 5IP7 H; 5I2Y A; 3NTI A; 4DK0 A; 1STH A; 1G6Z A; 3K0X A; 1HH2 P; 5IE8 A; 1S5B D; 1CSQ A; 2WAQ E; 1QUQ B; 1WCM B; 2HIV A; 5JJK A; 2IWH A; 4DU9 A; 1CUK A; 3KLS A; 2IHF A; 1E1O A; 1S4Z A; 2NUC A; 3CQZ B; 4B3M Q; 1IW7 C; 4BBR B; 1N34 Q; 1K8G A; 5M9O A; 4MTK A; 3S1R H; 4K5W A; 3OIP A; 2EYH A; 4M8A A; 4OL7 A; 4C3J G; 4B3M L; 1WVL A; 1A3T A; 1N34 L; 1GKH A; 5EPJ A; 2WIN B; 2IJ0 A; 1Y8P B; 3I2Z A; 2JA8 G; 2YV5 A; 5C3E B; 3G71 A; 1FL0 A; 2LY7 A; 1VQD A; 1SNC A; 4K0K L; 2DUD A; 3U4Z A; 3QR8 A; 1CQF A; 4A75 A; 1K8O A; 4GKK Q; 4H44 C; 1HNW Q; 2F0K A; 4F8M A; 4DA2 A; 1QVF A; 2FFK B; 1V1Q A; 4J8Q A; 1XPR A; 2VZA A; 4GKK L; 4Z9C B; 1HNW L; 2A6E D; 2PYK A; 1QZH A; 3T13 A; 1P16 A; 1DZ1 A; 3AQQ A; 3P20 A; 5FO8 B; 3GTK B; 4QUC A; 1G29 1; 2A8V A; 4EQ5 A; 1ESR A; 1IBL L; 1H9R A; 2CWP A; 3QJY A; 1U4R A; 3S1Q H; 2O5I C; 1VQG A; 3BVM A; 5DM7 3; 2RCF A; 1A63 A; 5I6W A; 5FK9 C; 1XNR Q; 2HCC A; 4OXP A; 4OIJ A; 4C3H B; 4A93 H; 2I46 A; 3B6Y A; 4P72 A; 1TY2 A; 2EYP A; 4X66 Q; 3ERS X; 1Q7Y C; 2L5T A; 5EAY A; 1IHZ A; 1ASZ A; 1V8Q A; 2A5H A; 2B2T A; 4I65 A; 1OXV A; 3DWQ A; 2Q8R E; 1B44 D; 4X66 L; 2ICI A; 5IT9 c; 2OF1 A; 2RKS A; 2HD3 A; 4DR1 Q; 5K5P A; 3F2U A; 2F0P A; 3KYH C; 3W2D A; 1XYI A; 2BA1 A; 4DR1 L; 2ALY B; 4KD3 A; 4PZ8 A; 2K32 A; 2CCZ A; 4IFD H; 3VR5 A; 3KF6 A; 1PH1 A; 2K5V A; 3DWP A; 2E74 C; 4IZ8 A; 5JEA J; 1L0Y B; 3A8K E; 4CJ1 B; 3PMF A; 4GN4 B; 2ZXP A; 1KL9 A; 5D14 A; 1N36 Q; 2LXK A; 1OXS C; 1Q46 A; 4FXK C; 1S5D D; 1YNN D; 1NMF A; 4KJN A; 1F77 A; 1O7L A; 1VQN A; 5IGG A; 1HR0 W; 2ZTC A; 3FVQ A; 1PYB A; 3RLO A; 1PRT D; 2A68 D; 4RGN A; 2F3W A; 2F3I A; 3HGB A; 4FNF A; 1VF5 C; 3L7Z C; 5GAD C; 1HCZ A; 4B9X A; 5ELD A; 3R3O A; 4R4C A; 2UUC Q; 1DYQ A; 2B2U A; 4LAA A; 5C3E H; 4O2D A; 1IL2 A; 1YNJ D; 3S1N H; 4BA2 I; 1PFN A; 4NKL A; 1BR9 A; 2K03 A; 3NPP A; 3J7Z C; 4JI5 Q; 4G7O C; 1GO3 E; 4NMZ A; 3VYU A; 4FXD A; 4WOR A; 1SND A; 2ZM6 Q; 4QJF A; 3H91 A; 4JCV E; 4JI5 L; 4DR2 Q; 1PHJ A; 3P7J A; 1K8A C; 3MXP A; 2ZM6 L; 2R61 A; 4PQX A; 4DR2 L; 1VF7 A; 4ME5 A; 1SYF A; 1QOH A; 2IW3 A; 1V43 A; 3GTK H; 3JAM i; 5IIF A; 4JI3 Q; 1GD7 A; 4HIO A; 1YJN A; 3GTP B; 3RN5 A; 1NMG A; 2HDL A; 4H7B A; 1SRO A; 2F0V A; 3HOZ B; 3L2P A; 4QUF A; 4R8I A; 1AP0 A; 3GTG H; 4RGO S; 4HN7 A; 4C3H H; 1F2M A; 4LF8 Q; 2JE6 I; 1TVX A; 5FLM G; 4IFD I; 3HOY G; 3D4W A; 4LF8 L; 2QEJ C; 2KEE A; 4IPH A; 1DON A; 1EY5 A; 3IRB A; 5CR3 A; 1YBY A; 2MJ8 A; 3CW2 C; 4K2L A; 4UDU C; 3A0J A; 2JA5 B; 4KJO A; 2AHO B; 2LKV A; 3CC7 A; 3S15 B; 4HID A; 4LJZ C; 4DK6 C; 4QQB X; 2DY7 A; 3KDF A; 1ROD A; 1OTC A; 2JA6 G; 4DV6 Q; 2PNR C; 1LM0 A; 5M3F G; 1IYJ B; 2D0O A; 3K5M A; 3W1G A; 4DV2 Q; 3S2D B; 1E2W A; 2E2D C; 4Q0F A; 3H0G B; 3PUY A; 1X32 A; 4DV2 L; 4BA1 I; 2VUM G; 3KF8 B; 1QB5 D; 1JWS D; 3H09 A; 1VQL A; 3PF4 A; 4LW1 A; 1RTN A; 2PW5 A; 3KBG A; 3GDE A; 1Q1E A; 4YIJ A; 1SYG A; 3NBH B; 4HMI A; 5GAG C; 1CM9 A; 2XSC A; 3VR2 A; 2JA6 H; 1SYE A; 4HMJ A; 4NDX A; 2HCI A; 4L5R C; 3S16 H; 4JI2 Q; 3ZYY X; 3W1B A; 3HKZ G; 1PMR A; 1ICW A; 4BY7 G; 3PIO 3; 4KLK A; 3BYY B; 3E0J A; 3OHX C; 2SDF A; 4JI2 L; 1MD2 D; 1LT4 D; 1A3U A; 4O1N A; 4IUV A; 4DAM A; 1GJX A; 2CVR A; 2UU9 Q; 2ICE C; 3BZD B; 1E3P A; 2VUM H; 3MEF A; 2B63 G; 4PMC A; 1FR3 A; 1SMY D; 5C5M A; 1PTO H; 4BY1 G; 4ZUI A; 5LL6 X; 3I90 A; 4ZYS A; 4RCN A; 3K80 C; 2IPK D; 4DR3 Q; 4FO2 A; 1CTM A; 2WB1 B; 4GOP A; 1LTS D; 3HOW H; 5JPM C; 5C44 B; 2B2Y C; 3HOV B; 3I91 A; 3MVV A; 1EQQ A; 1YJ9 A; 5JEA H; 1MSG A; 3PCO B; 2IHE A; 2K01 A; 4BY7 H; 1PV4 A; 4JBM A; 4DR3 L; 1PH5 A; 3PV0 A; 4KI0 A; 4BS9 A; 5IYB G; 4A3E B; 2XN9 C; 5CV7 A; 1AZQ A; 3OMG A; 1UNS A; 3GTP H; 2R93 G; 1MBY A; 2QKI C; 5EQ0 A; 3HOZ H; 3TBI B; 4LF9 L; 5M3M G; 1O7Y A; 3NEM A; 4AYB G; 1UAP A; 1UEB A; 3MFG A; 5K36 G; 1WTX A; 4JI6 Q; 2N88 A; 2MFI A; 4LUZ A; 5D3I B; 1EYG A; 1L1O B; 2CW0 C; 4A3D H; 1VQJ A; 4QB4 A; 3KLS X; 1Q81 C; 4NXM L; 1PLF A; 3J81 c; 3U58 A; 3DWA A; 1HA5 A; 1VQC A; 3CCV A; 5IYB H; 3FPP A; 3HKZ E; 5CBE E; 3CCL A; 3S15 H; 2NVY H; 3PO3 B; 1EY6 A; 1NCV A; 2CH4 W; 5IP9 G; 1D7Q A; 2KBN A; 2MUY A; 2F4V L; 1RJT A; 1WYD A; 2CFM A; 3I4L A; 5HGT A; 5JVH 3; 1IBK L; 3J7A F; 1X6O A; 1CI3 M; 4RMF A; 2EE1 A; 2I0Q A; 3H0G H; 1CZG A; 2O5J C; 1ENF A; 1H9S B; 4TKO B; 4IOA A; 3HOX G; 3MXG A; 2F0N A; 3D4R A; 5COY A; 1EY7 A; 1RL2 A; 2EY1 A; 2RHQ B; 3BZC A; 1RF2 D; 3G6E A; 4QCL A; 1F2Y A; 1L1O C; 1ZEQ X; 5IP9 H; 3SXH A; 1FJG L; 1PH9 A; 4WJ4 A; 3I4N G; 4GN5 A; 5CV4 A; 2OEO A; 3DM3 A; 1KQS A; 1BF4 A; 3MXN B; 3WDN A; 1MKH A; 2QW7 A; 2DNE A; 2G9H D; 2R7Z G; 3BZK A; 3X3M A; 2CWA A; 4KHV A; 3E3X A; 1A15 A; 4C1N I; 1G2S A; 3ERO A; 1Q82 C; 3TSS A; 1QUQ A; 3FKI G; 3GO5 A; 1HUM A; 3OSO A; 4CDD C; 3I4M G; 4DUZ Q; 2HUG A; 2CKZ B; 2ZT9 C; 1CSP A; 1L2F A; 2N3S A; 4FDB A; 4KV6 A; 5C0X H; 4L5Q A; 2ENB A; 5D3D A; 5DM6 3; 4DV7 L; 3A7L A; 1LLR D; 2VB3 X; 1BCP B; 3ULP A; 3A5Z B; 1ZYR D; 1Y1V G; 4UP9 A; 2K50 A; 4FF1 A; 4TSS A; 3K0Y A; 3FKI H; 4OO1 H; 4OGQ C; 5JJL A; 2D0P A; 2J0T D; 2I5M X; 3GTM B; 1SSO A; 2VS1 A; 1X65 A; 2A6H C; 2Q8I B; 1ML0 D; 4XQN A; 3CCE A; 4EQP A; 4BBS B; 4F87 A; 2EYO A; 4P75 A; 1ENC A; 2M00 A; 4HCE A; 1KLU D; 5M5W B; 1B70 B; 3LWU A; 4A3I B; 2Y0S E; 1M1K C; 1TWC H; 1PH2 A; 4DK1 A; 2RF4 A; 1VQP A; 1VQ9 A; 1EL0 A; 3VR4 A; 3PO3 H; 1Y1V H; 4LNQ A; 4UP7 A; 1NNX A; 2C9O A; 3A74 A; 2TSS A; 2CHB D; 5AJ3 L; 3J7A V; 5E3F A; 3BDC A; 5C4X G; 4J15 A; 3EQL C; 2A69 D; 5J1Z A; 1BCP C; 1GOZ A; 3CPF A; 4XQJ A; 4QY7 A; 1XPO A; 1F2Z A; 2EJG C; 4C3I B; 2X6L A; 5FKA C; 1KDC A; 3QOL A; 2R92 H; 3CMA A; 2SOB A; 5LL6 S; 1I4H A; 4N9P A; 2E2I B; 5LMN Q; 3S24 A; 2YYZ A; 1G2T A; 1ESF A; 3NK9 A; 4CDF C; 4A3M B; 1MJC A; 1KTK A; 4U68 A; 1C9O A; 5LMN L; 3PO2 H; 1GVP A; 2KJX A; 2ID0 A; 4ODG A; 2R3Z A; 4DAP A; 4KN4 C; 5C4H A; 1WTW A; 4JK1 C; 2JA7 G; 4O42 A; 1MJE A; 1U5K A; 4IQZ A; 2EZV A; 4GLX A; 4A3F G; 5FOB B; 3RNU A; 5GAH C; 4RG1 A; 1G51 A; 3HFZ B; 1K9M C; 2WFW A; 3VYS A; 1O7Z A; 1BCP F; 5CV9 A; 3RR5 A; 2WAQ G; 4E6I A; 2K5W A; 5E7N A; 1BO0 A; 3J80 L; 1B3A A; 2VQE L; 1BUV T; 4KY5 A; 1G6P A; 4ZLT F; 4QIW B; 4R4I A; 4A3G G; 1EZ6 A; 4CJ2 C; 3MEH A; 5EBC A; 2VW9 A; 3GP7 A; 1TXY A; 5KNC A; 1SJE D; 4NB3 A; 1QJO A; 1YEZ A; 3OIQ A; 5IYC G; 3T16 A; 4FYD A; 3F2C A; 2KVM A; 1TU2 B; 2NBF A; 3E9H A; 3A5U A; 1U9R A; 1MHW C; 2Z8L A; 1BXT A; 3AFP A; 1PVO A; 3AEV A; 3R2T A; 4N8F A; 3CHB D; 3STB C; 5JOB A; 3QWN A; 5IP7 G; 3NWT A; 1FGU A; 4Y7N B; 4HIM A; 4YCU A; 1QVC A; 3KBX A; 1YJW A; 1CKN A; 2BCO A; 3EA6 A; 3J80 E; 4K5V A; 1KDB A; 1YHQ A; 1GUT A; 2HDM A; 4JOI A; 4A3B G; 2J7Z A; 3ICE A; 5IYC H; 2QEX A; 1D5Z C; 4A3I H; 1WTO A; 1SE2 A; 4A3L H; 1U0L A; 1TII D; 2ATW A; 3I4O A; 4A3C H; 4LF5 Q; 4AQY Q; 2D62 A; 3RLN A; 4CGY B; 3BG3 A; 4PMB A; 4B3T Q; 1LTA D; 3IKJ A; 2AQ1 B; 2Q8T A; 4WFN 3; 2H5X A; 2FXQ A; 3D6C A; 3SK6 A; 4AQY L; 4ZUJ A; 4JPB W; 1Q1B A; 3AMU A; 1JCK B; 5EPL A; 3S9W A; 5F2D A; 4A3B H; 4APV A; 4CKB A; 5KGU A; 4RGT A; 1K3B C; 4C3I H; 3TP6 A; 2EYF A; 1SRU A; 4PMW A; 5DAU A; 4A3K H; 4IN3 A; 3VA7 A; 1VS0 A; 3RD4 A; 1NY4 A; 2N8N A; 4ZKB B; 1Y8N B; 1E1T A; 1C8C A; 3M4Q A; 5FLX c; 4DR4 Q; 2EXD A; 3RLF A; 4ZRZ A; 4WJW A; 2M9V A; 3P1H A; 2NTS A; 3A8J E; 2B39 A; 3GTL B; 1EY0 A; 2E2J H; 2EY5 A; 1QZG A; 1IZ6 A; 1TWG B; 5M5Y B; 1DM0 B; 5IGF A; 1SYC A; 4C2M H; 3U50 C; 5J39 A; 2RA4 A; 4PG3 A; 4F88 A; 2B8F A; 2A6E C; 1M90 C; 1KRS A; 1Q8K A; 1H9J A; 3W5O A; 4JV5 Q; 1HPC A; 4A93 G; 5JJI A; 1HQR D; 1VQH A; 4XT3 B; 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