4OERA

Crystal structure of nika from brucella suis, unliganded form
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords NikA protein
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Brucella suis
molecule tags Transport protein
total genus 170
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oerA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oerA01
4H65A 2QS1A 4KYEA 4PQJA 4U1ZA 2QJEA 1POY1 1VFDA 2F78A 4F3BA 3Q27A 5H8FA 4TQUQ 4GOTA 5H8QB 3VV5A 3UIFA 1Y4CA 2Q9TA 2XXTA 2DWHA 3Q29A 3B6WA 3ZKKA 1MH4A 1DTZA 4KI0E 1P1WA 5H8NB 4Z7EA 3C36A 4DXBA 3MP1A 3PPNA 2H9BA 2F7BA 2H25A 4JBZA 3GZGA 4GF8A 5TPAB 3GLBA 3CG3A 3K2DA 3K6VA 3CHGA 4M1VA 5AA4A 4LQ5A 2WOLA 1EZPA 3B6QA 3EN3A 2R71A 1DTGA 3U8QA 2H98A 2NUVA 2PMSA 2P1SA 1XHYA 4F29A 3TQLA 1B4HA 3ZKLA 3HHFA 2Z22A 1B40A 2LAOA 1T0KA 1B0LA 3OEKA 4K3FA 1N84A 1NH8A 3V89B 4GFRA 4KHZE 2F6GA 5CMBA 4TOZA 4Q5TA 2NVUB 3V8XB 3PMVA 2QRYA 3FZVA 2HCAA 3VXBA 2THIA 1NNFA 3TZAA 3ECRA 1ANFA 3G7WA 1B2HA 3TTMA 3G3JA 2I3VA 5TP9A 4XKNA 4OWDA 3Q26A 3IORA 3PU5A 5F7VA 1MDP1 2ZNUA 3CFZA 2ANJA 3RY3A 4BDLA 5HPQA 3OSQA 1B51A 4YMBA 2OWTA 1XVXA 1FQCA 3DP4A 4ZE9A 5I2NA 2PX1A 3SETA 1JVXA 2OK2A 3RQTA 2AIXA 5I56A 2FYIA 4U1OA 1OVTA 1D9VA 4LUBA 1MDQA 3E3KA 1SW1A 1N3XA 3M3KA 3KEIA 3PUYE 1B1HA 3IK6B 5FTHA 4AB5A 4NEDA 1UTBA 2Q89A 3PMXA 2AYSA 1USYH 2DVZA 4OETA 4QFPA 2Y7PA 3M8UA 4QFOA 1GTKA 3PMWA 1ZMGA 3O28A 2XXUA 3R7XA 4XKPA 1QUIA 1YPNA 4NF6B 4P0GA 3O66A 1JEVA 4RXLA 1B6HA 3K1PA 1MG1A 3CIJA 4KCCA 1MS7A 3RGYA 5FTIA 3TTRA 3MJNA 1XOCA 4HTGA 1Q35A 3EQ1A 4XIGQ 5DEXB 4RK2A 4PETA 1FTLA 3SEUA 1YCJA 2O84X 4MBPA 4O3CA 4I62A 3TPAA 1DSNA 1B5HA 1VR5A 4OYVA 2DS9A 1OLCA 5JEIA 3KG2A 2DYXA 3VLWA 4YMAA 2ZYOA 3H03A 2DE3A 3KOTA 2XD2A 5AA2A 1BP5A 1B3FA 1MY2A 4IY5A 5BUUA 3L6GA 1I6BA 2O6AA 4DCYA 3FJ7A 1D9YA 2REJA 3C34A 1ZLQA 5AA2D 2WKYA 4FECA 3TTNA 2I49A 2G93A 3K0VA 3SEVA 2VD2A 4Z0IA 2ZNTA 3CFXA 2Y7KA 2Z8DA 1RKMA 3WAFA 5CC2A 4X9TA 2CMOA 3FVNA 4H8JA 4GWOA 3RUMA 4OZ9A 2DXYA 4OESA 3EF7A 1B52A 3LUYA 3IOVA 3G3IA 3H4ZA 3FXUA 2HEUA 3KZGA 4LZ7A 4PFTA 4KD5A 1SI0A 4GVOA 1DPPA 1A40A 4F3GA 4GXAA 4IO7A 5EHSA 2Y84A 1R6ZA 3MVYA 3FD3A 3EPEA 1MQDA 4ZE8A 4UACA 3G3HA 3UA8A 1B3LA 3V83A 3ZS6A 3H7MA 5JK4A 2DWIA 1SDXA 1QULA 3U92A 2WOKA 1LAFE 1O63A 2VD3A 1LCTA 4YB5A 2ZMBA 3UK4A 4F2OA 1MY0A 1IXHA 1LB9A 1QKBA 4YKJA 4YKPA 4LVQA 4NF4A 2KLFA 3DRKA 2OWSA 4PFUA 4Q0CA 2PYYA 1QUKA 3LBSA 3BBRA 3MC2A 1IXGA 1SD3A 3MP6A 5CI5A 4P11A 2UVJA 1MY1A 1R9LA 3WAEA 4YZZA 2DWAA 2DP8A 3HN0A 4UA8A 3FVGA 3G3FA 3MW0A 4RK9A 1IXCA 3MVXA 2F36A 3OSRA 3DRHA 1IXIA 4HS7A 4F31B 5ICQA 3C4MA 3V5AA 4KYDA 4TLMB 4TLLB 1JW4A 1Y20A 4IO6A 4POXA 2XD3A 5I58B 1MQJA 3A09A 1OIBA 1P1QA 3EHUA 4H8IA 5DT6A 4N07A 4IO2A 3UP9A 4ZZAA 4EUOA 4G68B 2PT2A 1IZ1A 2ZYMA 4WXJA 3VE1B 1L5TA 5H8NA 2V93A 2F35A 2HZKA 3K00A 4U21A 3W9WA 3KN7A 5FHNA 1M5EA 1J1NA 4F18A 3ONMA 5TPAA 4PFWA 3FASA 3ILUB 4R75A 3LSXA 3CI8A 2QMXA 1FQBA 1OVBA 3DELB 3IX1A 1TXFA 3E4RA 3MZBA 1ELJA 4FIMA 4PP0A 4BLAA 2GHBA 3RYAA 2DQVA 3CFLA 3KJ7A 4R9GA 4H5GA 3LSLA 1SYHA 5I59B 2O51A 1N3WA 1MY3A 5A5XB 5ITPA 1B46A 3DP8A 1JVYA 3FVOA 2QS3A 3PD8A 1N7WA 3S4UA 3TCHA 1VE4A 3MQ9A 3PPPA 2I58A 3DLNA 3TCFA 1MM7A 1JW5A 4BDRA 2F5XA 4DLDA 1D3KA 1LFGA 3OEMA 2I3WA 4IB2A 5H8FB 1TWYA 3OOAA 3QXMA 5JTYB 2ESNA 2XX9A 1B9JA 1OQHA 1IUDA 1YAEA 3O6IA 4OVJA 4FAJA 4MFIA 1OMPA 4OERA 5I2KB 1H44A 4F22A 3RNNA 4JB7A 2I0BA 1ZU0A 3DRGA 5I84A 3FV1A 1MY4A 1B7HA 4QFKA 3IOUA 1FQEA 4DCXA 3PUWE 1JETA 3QUFA 4QFNA 2OJTA 1S50A 2HZLA 1A7LA 4GQOA 3IB2A 1Z7ME 5LOMA 2BJJX 2XXHA 1NFTA 1B3GA 1MXWA 1LBBA 2OLBA 3MZ9A 3LR1A 1AL3A 2FA7A 1LAGE 1IITA 2FNCA 4IY6A 1HSEA 4OEUA 3F11A 3TODA 1NKXA 2D5WA 1LCFA 3TTLA 1URDA 3OO9A 3IB0A 1S9TA 4BDOA 5BWJA 2DWJA 1DPEA 5H8SA 5DEXA 3R6UA 5FHMA 2O1MA 1GVCA 4QSDA 5CBRA 1EU8A 3DM0A 5CMMA 4R2FA 2Z8EA 4F1YA 4U4XA 3I6VA 4RYAA 3T9UA 3QIMA 3RT6B 3CVGA 3KFMA 2A5TB 1Y3QA 3FUZA 1FQDA 4X1BA 3BFUA 4JWOA 4ESWA 2F34A 3FXQA 1B5IA 1PB7A 4F1VA 4I1DA 1B7UA 1JW1A 3PV0E 1O7TA 1B7ZA 2QPQA 1US5A 5ICTA 3H6UA 4NMYA 1QW0A 4H67A 4MF3A 3PAMA 1N76A 4IO3A 4KPTA 3IOWA 1R9QA 4LONB 2NOOA 5CBSA 1PDAA 4U22A 1RYXA 4GRKA 1HSJA 3FIRA 4JSDA 1SW4A 2DVCA 4ND9A 3O29A 3OO6A 1POTA 4I8CA 2F6PA 4G8HA 3QUJA 3GBAA 3C9HA 1I69A 5IAIA 3T9VA 2QS2A 2Z23A 1UTHA 4F1UA 3R26A 1XVYA 4RJZA 4OFOA 4ELPA 4FATA 2WOPA 3DRFA 2XXIA 5H8HB 2F7AA 1FQFA 4G8MA 3RPWA 4U4SA 3PGFA 2DSFA 4U2RA 3RN8A 1H43A 4XKRA 4QRZA 2B3BA 2GFEA 4NF8B 3MP8A 3G3GA 3VLUA 2NXOA 5TU0A 3OMBA 5K2XA 4NTLA 4JXIA 2W7YA 2O7UA 3K01A 2DXRA 5IKBA 3T96B 5KDTB 3MAMA 1N7XA 5DVIA 3N26A 4NF5B 5L9MA 3HV1A 5L9SA 1ZKBA 1NNTA 3K02A 2XXVA 1ATGA 1EZOA 3O97A 4ZS9A 1WDNA 3P7IA 4MLVA 5F1QA 2HFBA 3S2VA 4ONYA 3K1MA 3PPOA 3IJXB 1B05A 3MVWA 1P1UA 1Y3NA 4KCDA 3IR1A 4G4PA 5KZTA 4HW8A 2ZNSA 4IO4A 4FORA 2QMWA 3O2AA 1B58A 4LQ2A 4ZEDA 3CSBA 1ZTYA 2I0CA 4AQ4A 1Q1KA 4KR5A 3CR9A 4FJPA 1FTKA 2HAVA 4M4GA 1S7YA 1URSA 5CM6A 3T22A 2ALUA 3QSLA 3N6UA 4DE8A 3H6VA 5L8DA 4THIA 2DOJA 3RT8A 3SDFA 5I58A 2Z8FA 4NWCA 4I9DA 3LVUA 1DOTA 1WVJA 4G68A 3E9XA 2I4CA 2OZZA 3OENA 4N6PA 2V3UA 2R9JA 4WEPA 3FJGA 3TMGA 3FJMA 3C33A 3UORA 4BDQA 1B32A 2OCUA 4YB7A 1MQIA 1D4NA 2G29A 1SBPA 5AE4A 3PUVE 4ECFA 4R2BA 1NL5A 4IGRA 3JV9A 1JQFA 3T93B 1H3DA 1P1NA 5DVJA 1DMBA 5HM4B 3U94A 3Q25A 4Q30B 1MH3A 3KBRA 3TCGA 5CRYA 2HQ0A 2XXYA 1A54A 2XX8A 1MXVA 1Y3PA 1NH7A 4EQ7A 3OO8A 2UXAA 1A8FA 1M5BA 4NF4B 5H8QA 4P0IA 5J1DA 5L9OA 3TELA 4GD5A 1MPBA 1M5CA 3KN8A 1CE2A 1P99A 4L17A 2ONRA 2XHDA 1PB8A 3C32A 4JWXA 4E0XA 1MXXA 3N94A 4OMBA 3I5OA 2GRVA 1QJMA 4YU0A 3HHGA 5FHOA 5I59A 1MRPA 2PT1A 5A5XA 1H45A 3USDA 2RKMA 1CB6A 1URGA 4OXVA 1LFHA 1XS5A 2H4IA 1LLSA 4ZEFA 2D21A 5I57B 1MQGA 2REGA 4XTCQ 3FTOA 4H0WA 4C1UA 3U72A 2AL4A 2UYFA 4RA1A 2QS4A 4YB6A 3JZJA 3TUSA 2H99A 4OQOA 2QL3A 1BTJA 5DYHA 1QVSA 4R9FA 4RNSA 1LFIA 1TT1A 3EHTA 3SERA 2RF1A 5KCJB 1FW0A 1OQGA 3CG1A 5ELVA 4XXUA 4FEDA 5JTYA 4QF9A 1F9BA 4IO5A 4EQBA 2RC9A 3CSGA 4OHNA 4F3PA 3TQWA 4O3AA 5I2KA 2UYEA 1ZJLA 4F19A 1KWHA 1USYE 3O6PA 3VDFA 4OTEA 5B7DA 1VSOA 3KSXA 2HXWA 4N13A 1EZ9A 3RTFB 4R72A 4O3BA 3IO4A 1SI1A 3PD9A 2E0SA 1B1XA 3DP6A 3DRJA 3IO6A 2XX7A 1PC3A 4R6YA 2RC8A 4EF1A 4GL0A 2P2AA 4X1DA 4KQPA 1AOVA 2X7PA 3C31A 1LGBC 4EXLA 1R1NA 4OFJA 3UN6A 1I6AA 2Q2AA 2XXWA 3CRBA 2VOZA 4ZEKA 2X26A 4E0WA 3D4GA 1EH3A 1B4ZA 4RY1A 1B5JA 5ISUA 1P1OA 3FXRA 4ELRA 4R74A 3UGWA 1XC1A 4G77A 3S9MC 4YICA 5AA4B 1MXYA 3E13X 4NE4A 3VLVA 1BKAA 4NWDA 3KN3A 3K6XA 1FTMA 4OENA 2XXPA 3LC8A 4POWA 1PBQA 2P0SA 3MVZA 3QAXA 5HBCA 4DXCA 1WODA 1SQYA 3OD7A 4NF6A 4R6KA 1TFAA 3D4CA 3U1OA 2A5TA 1PB9A 1A55A 2ONKE 2NWJA 3L6HA 3B7DA 1A99A 4ELOA 1PEBA 2O7IA 1MPCA 1Y1MA 4C1TA 4G68C 3HPIA 3AXFA 3N5LA 1OLAA 2B65A 3SEXA 2PBWA 4EXKA 3U93A 1LSTA 5TP9B 3BFTA 1MPDA 3MWBA 2ZYKA 2F7CA 3MUQA 4EDPA 3K6WA 4C0RA 3KJTA 3H06B 2DE4A 5EHMA 2I48A 3IJOB 2O69A 4YKIA 1YTVA 1MQHA 3ZSFA 2V3QA 3PPRA 1O64A 3S9NC 3S9EA 1M5FA 3FATA 1Y4TA 2H5YA 4LZ8A 1Z7NE 4QFLA 3LSWA 5I2NB 5DVFA 4LATA 2F8DA 4GL8A 2M8CA 4H1XA 5I56B 4ZEBA 2V84A 4QHQA 3K4UA 3QK6A 1FQAA 4RPNA 3KOSA 5H8HA 3HCQA 3N6TA 4RPOA 1FTJA 5K2YA 2CZLA 1UIVA 1UTBB 3O6HA 3TFLA 3VFJA 2HAUA 3IOTA 4U23A 3HSTA 4G2ZA 2UVGA 1LBCA 4NF8A 4YAHX 4Q8RA 2ZYNA 4YKKA 3MBPA 2IEEA 2GHAA 3ODBA 3VVEA 4ZZEA 5KDTA 3TEPA 2ZXTA 4ISUA 5AA3A 1N04A 3SESA 3RTWB 1FCKA 4NF5A 5CMKA 2QSXA 2I4BA 3TTKA 3Q28A 3MPKA 5EYFA 1ZIUA 1HSLA 4IGTA 3A3UA 4H6DA 3TAJA 1AIVA 1Y1ZA 2OBGA 3MZ1A 2GH9A 2B4MA 4KYSA 2V25A 1NMUA 4G8NA 3RYBA 2Q2CA 1LAXA 2AL5A 1IEJA 3W9VA 2YPNA 1H76A 4OFLA 3GXAA 1MXUA 3EHSA 4ESXA 1JEUA 3JYRA 4F3SA 1PBPA 3DRIA 4HCYA 4DDDA 1B3HA 3K6UA 1RYOA 2VGQA 3VVDA 3C35A 4JSOA 3O9PA 4F2QA 1UQWA 4OEVA 5ITOA 4H5FA 4R73A 4DXUA 1SW2A 5AA2B 4MLQA 4FEBA 5CMCA 4ZEIA 1TFDA 4PE5B 3TDJA 1NNPA 2I6EA 3RLFE 1UTHB 1MXZA 1GR2A 2IA4A 2A5SA 3K1NA 3FGSA 4GLIA 5DTBA 3S9LC 2X7QA 1BLFA 3THIA 4XKQA 1Y9UA 1M5DA 3OXNA 2PVUA 4LP2B 4JWYA 3O6GA 3W15C 4PFYA 3IAZA 3M3FA 1AMFA 2R6GE 1SW5A 3QYTA 3A3CA 3HO7A 4KFQA 3T9HB 3GBBA 2O1LA 1XT8A 2Y7WA 3OO7A 3G3KA 1II5A 1BIYA 1ZBMA 2VP1A 4ZDMA 4WKMA 2O68A 4DIGA 2V3TA 3SKPA 2RC7A 3T9XB 4GIZA 2B3FA 3TKDA 3LSFB 3M3LA 3KSJA 1B3EA 3KGCA 1QKAA 2RCBA 3H6TA 1JNFA 4BDMA 4BDNA 1I6QA 1N0TA 2UVIA 4F39A 3BKIB 1MM6A 5B70A 3H6WA 1VFEA 2Y7IA 4QSEA 5M2VA 3I3VA 4JDFA 2F97A 1FTOA 4MH5A 3H3GA 4GXSB 3IB1A 2B4LA 4FE8A 1SYIA 2RINA 1LB8A 4QSCA 4WEDA 4AB6A 3T66A 3FVKA 5I57A 1NNKA 3MPLA 4ZECA 3SEYA 2Y7RA 1GGGA 1UIUA 2XXRA 4HCWA 4DZ1A 1IIWA 2ABHA 4EQ9A 2UVHA 3IL1B 4EF2A 1B0HA 3PPQA 3VVFA 2DE2A 2YJPA 2Q8JA 4R6HA 1GV8A 1AH5A 5KCJA 1LAHE 2Q88A 2D3IA 2XXXA 3ILTB 4LZ5A 3B6TA 2RCAA 2E1SA 1SVXB 3VXCA 4LA9A 5AA1A 4X48A 1IQ7A 3SEWA 1A8EA 3FV2A 2VHAA 4ELQA 3TYHA 2ONSA 1US4A 3OELA 3PUZE 3PUXE 1QUJA 2YLNA 2XXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H65A 2QS1A 4KYEA 4PQJA 4U1ZA 2QJEA 4PGPA 1POY1 1VFDA 2F78A 4F3BA 3Q27A 5T3JA 1YYZA 5H8FA 4TQUQ 2CEXA 4GOTA 5EYGA 3HFUA 5H8QB 3VV5A 3UIFA 1Y4CA 2Y5LA 2Q9TA 2XXTA 2DWHA 3Q29A 3B6WA 5EQ8A 3ZKKA 1MH4A 1DTZA 4KI0E 1P1WA 4GWZA 5H8NB 4Z7EA 3C36A 4DXBA 4NAPA 3MP1A 3PPNA 2H9BA 2F7BA 2H25A 2WYKA 4JBZA 3GZGA 4GF8A 5TPAB 3GLBA 3CG3A 3K2DA 3K6VA 5DW8A 3CHGA 4M1VA 5AA4A 4LQ5A 2WOLA 1EZPA 3B6QA 3EN3A 2R71A 1DTGA 3U8QA 2H98A 2NUVA 2PMSA 2P1SA 1XHYA 4F29A 3TQLA 2FIEA 1B4HA 3ZKLA 3HHFA 4N6DA 2Z22A 1B40A 2LAOA 1T0KA 1B0LA 3OEKA 4K3FA 1N84A 1NH8A 3V89B 2XWOA 4GFRA 4KHZE 2F6GA 5CMBA 4DI4B 4TOZA 4Q5TA 2NVUB 3V8XB 3PMVA 2QRYA 3FZVA 1RDZA 2HCAA 3VXBA 2THIA 1NNFA 4DI3D 4MNCA 4KXPA 3TZAA 3ECRA 1ANFA 3G7WA 1B2HA 4PBQA 3TTMA 3G3JA 4PAKA 2CZHA 2I3VA 5TP9A 4XKNA 4OWDA 3Q26A 4GWXA 3IORA 4PTKA 3PU5A 5F7VA 1MDP1 2ZNUA 3CFZA 2ANJA 3RY3A 4BDLA 5HPQA 3OSQA 1B51A 4YMBA 1RDXA 2FHYA 3T1BA 2HXRA 2OWTA 1XVXA 1FQCA 3DP4A 4ZE9A 1NUYA 4MEVA 5I2NA 4N91A 2PX1A 1D9QA 3SETA 1JVXA 2OK2A 3RQTA 1LBVA 2AIXA 5I56A 2FYIA 4U1OA 5LDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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