4OERA

Crystal structure of nika from brucella suis, unliganded form
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
b'DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NikA protein
source organism Brucella suis
molecule tags Transport protein
total genus 170
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oerA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oerA01
1EZPA 2XXVA 1MQGA 1N76A 2PT2A 1MXZA 4FEDA 4LA9A 5CMBA 1Y9UA 5H8FA 1JEUA 4AB6A 3ZSFA 1MQJA 2DE2A 2WKYA 4Q30B 4MFIA 2ONRA 5I2KB 4F31B 4OFLA 3BBRA 3GXAA 5H8QA 4Q5TA 3KN8A 4OVJA 3TCHA 4R9GA 4XIGQ 4OQOA 3JV9A 4RY1A 3CFXA 3S2VA 1MXVA 4OTEA 2XXIA 2RF1A 5AA2D 3RGYA 3A09A 3K1MA 1IZ1A 3ZKKA 3PUVE 2NVUB 3IL1B 3TTLA 4OESA 5K2YA 3R7XA 1TWYA 2Q89A 1Y3NA 1POTA 1B1HA 5DEXB 3U1OA 1D9VA 3H6WA 1MXWA 3SEWA 2NWJA 1ZBMA 2GFEA 2F6GA 1OIBA 4ZDMA 1GR2A 1VSOA 5DTBA 1XC1A 1S50A 4KCCA 2PX1A 3MPLA 2DS9A 1N0TA 4FEBA 3FGSA 2IA4A 3F11A 4EF1A 3PD8A 3OO6A 5AA3A 1B32A 4YB7A 3B6TA 1UTHB 4H5GA 3RT6B 4LQ5A 3K6UA 4FECA 4F3GA 3MPKA 4OMBA 1BLFA 3RLFE 5EHSA 1H45A 4XXUA 3L6GA 3G3KA 1D3KA 3T9XB 5AA2B 4F29A 1QKAA 1D4NA 1MQDA 1XHYA 2OBGA 3K6WA 4GL8A 1Q35A 3JYRA 4FJPA 5ISUA 1ELJA 1EZ9A 4X9TA 1IQ7A 3TODA 3S9MC 3VE1B 4EQBA 2UYFA 3IB1A 4G8MA 4H0WA 3PPRA 1XT8A 1ZIUA 3KN7A 2RKMA 4LUBA 1J1NA 4FORA 3QK6A 1Y1MA 3CHGA 1LBCA 1P1NA 4LATA 3IK6B 3N6UA 3H6VA 3ILUB 2A5TA 2DXYA 4YICA 2O6AA 4KR5A 4C1UA 3DRFA 1MPCA 2Q2CA 1Y3PA 2F7AA 4XKPA 2F97A 2HCAA 3LSXA 4KD5A 1MPBA 3MVWA 5CMCA 4XTCQ 4O3CA 5DYHA 3CVGA 2YPNA 2OWTA 1OQGA 4RYAA 2ONKE 3E13X 2REJA 3RY3A 3OO7A 2H25A 3I6VA 1N3WA 3LR1A 4HS7A 5EHMA 1O64A 1MXYA 2QSXA 4C0RA 4I1DA 4QFPA 3TEPA 1BIYA 2Y84A 1B3FA 2O7UA 1NNFA 4G68B 3N5LA 2QS1A 2G93A 4GD5A 2I48A 1B46A 3TQLA 4NMYA 4LVQA 4OZ9A 3ZS6A 1US4A 3FJMA 3TKDA 4ZEDA 1UIVA 4U1OA 2RC9A 2DYXA 1B40A 3TTKA 2QS3A 4EF2A 4IGTA 4TQUQ 3H3GA 3K00A 4E0WA 1HSJA 2UVJA 1MH3A 3MW0A 5KZTA 3M3FA 5AA4B 1B3LA 5ELVA 3KSJA 4OXVA 2OJTA 3LBSA 2X7PA 2F35A 4GXAA 4ZEBA 3MBPA 1Y20A 2Z8EA 4G68A 1B4ZA 5AE4A 3MUQA 3FJGA 4DDDA 4U1ZA 1SW5A 2XXHA 4WEDA 3C9HA 5HBCA 4GVOA 3FVKA 2Z8DA 2QS2A 5F7VA 1SI0A 3K02A 3T93B 1MXXA 3C35A 4HCWA 3KOSA 3V83A 2YJPA 3FIRA 1URSA 1P1QA 3FXUA 3KJ7A 3EN3A 2R71A 1ANFA 3G3JA 1MXUA 3T66A 5CRYA 3UP9A 3DRIA 2VGQA 4OHNA 3DM0A 1Y4TA 1FTKA 1USYE 4PFUA 3UN6A 2X26A 3PD9A 1YPNA 4H1XA 2VOZA 4EQ9A 4ZEIA 3BKIB 3PAMA 4KYDA 1LAHE 4IO7A 3FXRA 2PT1A 3EHTA 1SBPA 3MP1A 2HEUA 4ZECA 4TLLB 1UIUA 5FHOA 1RYXA 2ZYOA 4H8JA 3Q28A 4U23A 1BKAA 4FAJA 3H03A 4O3BA 3SEXA 5A5XB 5KCJA 5CMMA 3C34A 1TFAA 2O1MA 2RCAA 2AL5A 1B7UA 3CG3A 3FV1A 4QRZA 2ANJA 1IEJA 3FASA 4LZ8A 1AH5A 3TZAA 2QS4A 2F7CA 2XHDA 1SW2A 2W7YA 3FVOA 3RUMA 1FTJA 4ELOA 2KLFA 1R1NA 1B9JA 3RN8A 3VLUA 1Y1ZA 1LCTA 1PDAA 1TT1A 2X7QA 3D4CA 4NF5A 3FZVA 3IB2A 3PUXE 2Z23A 3TELA 1UTBA 2D3IA 3TFLA 5LOMA 2O7IA 3HV1A 2F36A 1URDA 1EH3A 3IOVA 1FTLA 2UVIA 3H6TA 3IOWA 4DXCA 4R6KA 3T9HB 4N07A 2GRVA 5EYFA 4WEPA 4YZZA 4LZ7A 1QVSA 5M2VA 4KYEA 1GTKA 1SVXB 2CMOA 3MZ9A 2VP1A 5A5XA 4LONB 1BP5A 3FD3A 2WOLA 1MY4A 3ZKLA 4RK2A 3HN0A 3LC8A 1QUJA 2DOJA 3IO4A 3K0VA 2YLNA 3V8XB 1SDXA 3H4ZA 2H98A 1QUIA 4ZEKA 2M8CA 4MLVA 1B52A 3TAJA 1XVYA 3K01A 5I59B 5ICTA 1FQAA 3TTRA 3U92A 2HAUA 3UORA 3MP8A 3K4UA 2QJEA 1NFTA 3IO6A 1PEBA 3CSBA 1N84A 1N7XA 1NL5A 1O63A 1LFGA 4HTGA 4MLQA 3CFLA 1FQFA 1P1OA 3OD7A 2XXRA 3HCQA 3H06B 1MQIA 3DRJA 4ELQA 5JK4A 1A99A 3LSWA 3TYHA 2Q9TA 1FQCA 3T96B 4NE4A 1F9BA 4OFOA 4WXJA 2F78A 1B05A 4YKJA 3VXBA 1JVYA 2HZLA 5I58B 4JSOA 1DPEA 3U8QA 4X48A 1B3HA 5ICQA 1IUDA 5I59A 1P99A 3K6VA 3TTNA 1LSTA 3N6TA 3QYTA 1DTZA 3DP4A 1SD3A 3OO9A 3EHUA 1FQDA 2CZLA 4ELRA 1P1WA 1RKMA 4LP2B 3VDFA 3OXNA 4DCXA 1SYIA 5I2KA 4YAHX 5JTYB 2E1SA 2UXAA 4JB7A 1FQEA 3DRHA 2IEEA 1JEVA 1OVBA 1B7HA 1B51A 4EDPA 2B3FA 3KSXA 1MM7A 1MM6A 3G3GA 3E4RA 3TDJA 1FTOA 1B0HA 5I58A 1NNTA 3MP6A 3U94A 3MVYA 3IORA 4QSEA 4GF8A 4THIA 2PMSA 4E0XA 1Z7NE 1AMFA 4NWDA 3UK4A 4JWXA 3EQ1A 4OEUA 5K2XA 5DEXA 3W15C 3N94A 3FJ7A 3O6IA 2NXOA 3R6UA 4DZ1A 1GV8A 2H9BA 1PBPA 4GOTA 3PV0E 3RYBA 3MQ9A 2DWJA 4X1DA 1IXGA 3SDFA 4JSDA 5JTYA 1IXIA 1B0LA 1I6QA 4KCDA 4F3SA 4G68C 4OYVA 2REGA 3B6QA 3TMGA 5L9SA 2ZNSA 2A5SA 2RC8A 2F8DA 1LGBC 5IAIA 3EHSA 1QKBA 1OMPA 1UTHA 4RA1A 3B6WA 1ZTYA 2G29A 5KDTB 1MDQA 3CIJA 5I2NB 3PGFA 3KZGA 2R9JA 2R6GE 5AA2A 4R74A 2I4BA 2XXYA 2PBWA 4IO4A 5DVIA 5BWJA 2I6EA 3VXCA 3TTMA 1AL3A 2F7BA 1SYHA 2WOKA 4M1VA 1ZJLA 3T9VA 1QUKA 3FTOA 3O6PA 2Y7WA 3TQWA 3QAXA 1DMBA 1VR5A 3IJXB 2HXWA 3TUSA 3RYAA 3P7IA 5CC2A 3HO7A 4ZE9A 2DQVA 3MAMA 3OSQA 1SI1A 3SERA 2O68A 1JW1A 3FXQA 2ABHA 4GRKA 2GHAA 4Q0CA 5I2NA 4BDRA 2VHAA 3BFUA 3SKPA 3CSGA 1B5JA 3VLVA 4F2QA 3C36A 3M3KA 2I0CA 3KN3A 2UVHA 3MJNA 1I6BA 2THIA 4QFNA 3K2DA 3AXFA 4NF8B 1KWHA 4QSCA 4HCYA 4G77A 3KGCA 4MBPA 4G8NA 2UVGA 3HSTA 1JW5A 4NF6B 1A55A 1RYOA 1LAFE 3FATA 1MH4A 3RTFB 4JDFA 3LSFB 4DXUA 4YB6A 1FW0A 3GZGA 2I0BA 2E0SA 4I8CA 1I6AA 5FTIA 3DLNA 3UA8A 2ZYKA 3Q25A 2HQ0A 1TXFA 2BJJX 2ZNUA 1H44A 1Y3QA 3M8UA 5AA4A 4OERA 3MWBA 3K1NA 1MY3A 3Q27A 2VD3A 3OENA 1MY2A 3G3FA 4IO6A 4NTLA 1LFHA 3S4UA 2I58A 4NF8A 2XXQA 3WAFA 2XXUA 4H67A 2ZYMA 4NEDA 4F18A 5HM4B 4JBZA 4UA8A 4POXA 4F2OA 3DRKA 2XX7A 3I3VA 4YKKA 4R75A 3W9WA 2I3WA 4KYSA 5AA1A 4HW8A 2I4CA 4XKQA 4IO2A 2RINA 2Y7KA 3U93A 1M5FA 2F5XA 1N04A 1LB9A 1JVXA 3ODBA 4IGRA 5H8SA 2ZNTA 3CI8A 4U4XA 4PP0A 1MQHA 2QRYA 2FYIA 3VVEA 3I5OA 1LFIA 2Q88A 4X1BA 5H8HB 1UQWA 1XVXA 4H5FA 4RPOA 2QMWA 4YB5A 2DP8A 3C33A 4Q8RA 2V84A 3ONMA 5CBSA 4H65A 1Z7ME 4ISUA 3CRBA 5CBRA 4R2FA 1DSNA 1R9LA 3OOAA 4ELPA 1B1XA 5CM6A 3PPPA 1MS7A 2XX9A 1YTVA 3GBAA 3MVZA 2P1SA 1A7LA 4RXLA 4DCYA 2Y7IA 3C31A 2PYYA 2QPQA 4QF9A 3USDA 1B3EA 5H8QB 1AOVA 3SETA 1MRPA 3N26A 2P2AA 2VD2A 3QXMA 4F1UA 1JQFA 5DVFA 4U21A 1GVCA 4BDQA 1OQHA 3Q29A 5TU0A 1FCKA 3FUZA 3PUWE 4ZZEA 4BLAA 4F3BA 2WOPA 4GIZA 1L5TA 3IX1A 4ZZAA 3SEYA 2ZMBA 4DLDA 3OMBA 3O2AA 4PETA 2DWAA 5DVJA 4OETA 5I56B 4AB5A 2DXRA 5CI5A 1MG1A 2B3BA 1A54A 2QL3A 1M5CA 4Z7EA 4GQOA 5TP9B 1B3GA 1A8FA 4P0IA 3MZ1A 2F34A 1IXHA 4DIGA 3ECRA 2AYSA 4EUOA 1PB8A 3FVNA 4ZS9A 3S9LC 5BUUA 3MZBA 1VFEA 4IO5A 3SEVA 2LAOA 4ESWA 1S7YA 1SQYA 1WODA 3KJTA 3OO8A 4R2BA 4JWYA 1MDP1 1M5DA 4U2RA 3QIMA 5F1QA 2H5YA 1OLCA 2V25A 3PPOA 2O69A 2Q8JA 4R72A 1P1UA 5I56A 2I3VA 1MPDA 4WKMA 3O29A 3VFJA 1PBQA 4F39A 2ZYNA 2AIXA 1B6HA 4PE5B 3H7MA 1LB8A 4KQPA 1TFDA 3OELA 5TP9A 3MVXA 4BDMA 4F19A 4MF3A 3VV5A 4OFJA 2FA7A 5ITOA 1B5HA 3KEIA 4BDLA 3VVFA 4G2ZA 1POY1 5B70A 3QSLA 1XOCA 1H3DA 4TOZA 3L6HA 2A5TB 2H99A 4ECFA 2DE3A 4ZEFA 2D5WA 1B4HA 1ATGA 1OLAA 5FTHA 4PFTA 2GH9A 4N13A 3RT8A 1QULA 1IXCA 3H6UA 1R6ZA 2DWHA 4GLIA 1M5EA 4IO3A 4BDNA 3R26A 3SEUA 1M5BA 1H43A 3IAZA 2Y7PA 1WDNA 4MH5A 4POWA 4JWOA 3QUJA 4OWDA 4QFOA 4R9FA 1Q1KA 1NH8A 1XS5A 1PB7A 3O6HA 4IB2A 4BDOA 1GGGA 4O3AA 1LBBA 2ESNA 4K3FA 3T9UA 2P0SA 4R6HA 3GLBA 3OSRA 5DT6A 4M4GA 1HSLA 1YAEA 1LLSA 3EF7A 2V3UA 2ZXTA 5L9MA 3O97A 3OEKA 4I62A 4PQJA 4JXIA 3VLWA 3THIA 3VVDA 1PB9A 3O66A 3UIFA 3O6GA 3W9VA 1R9QA 1US5A 4NF4B 5ITPA 1B2HA 2O51A 1LCFA 3CFZA 5FHMA 4KFQA 3LSLA 2AL4A 4P11A 5TPAB 2Z8FA 4YKIA 3RTWB 1II5A 3PPQA 2O84X 2HAVA 4GXSB 3KBRA 4F1YA 1JETA 2OCUA 4LQ2A 4GWOA 3ILTB 3T22A 2UYEA 2HFBA 1S9TA 4R6YA 1D9YA 4GL0A 4RJZA 4Z0IA 3K6XA 3A3CA 3TCGA 5KDTA 2DVCA 5H8NB 2PVUA 3PUYE 2ALUA 3PU5A 1Y4CA 1QW0A 1USYH 4IY6A 4N6PA 4QHQA 1YCJA 4NF4A 4R73A 5B7DA 1NKXA 4XKNA 3O28A 3HHGA 3A3UA 5TPAA 2XXXA 5CMKA 4ONYA 2QMXA 3WAEA 3DP6A 4FE8A 4NWCA 3EPEA 4F1VA 3HPIA 1FTMA 1DOTA 3PMVA 2D21A 2O1LA 4L17A 1EZOA 4ZE8A 3LVUA 2XD3A 3LUYA 2DVZA 2V3TA 3IR1A 5L8DA 4P0GA 2F6PA 4I9DA 3S9NC 4UACA 1ZU0A 4YMAA 1AIVA 3PPNA 2DSFA 4IY5A 1URGA 3PUZE 1HSEA 1NNKA 1VE4A 1WVJA 5H8NA 5L9OA 3BFTA 3Q26A 3IB0A 4U22A 3B7DA 5KCJB 1H76A 1ZMGA 3V5AA 4PFWA 1DTGA 4QSDA 4RNSA 4U4SA 3C4MA 1A8EA 3HHFA 1DPPA 1PC3A 3KG2A 2DE4A 4EXKA 5HPQA 2H4IA 3K1PA 3OEMA 2XXTA 2NUVA 3TPAA 1O7TA 2RC7A 3FVGA 3RPWA 2FNCA 3M3LA 4KHZE 3DRGA 1SW4A 2I49A 2OK2A 4H8IA 4F22A 3KFMA 4ND9A 3G7WA 4GFRA 4F3PA 4NF5B 1N3XA 2XXPA 3U72A 4DXBA 2Z22A 4NF6A 4FIMA 1NMUA 5J1DA 4YU0A 1UTBB 1SW1A 3E3KA 3IOUA 2V3QA 2B4MA 4G4PA 4TLMB 1T0KA 1NH7A 1ZLQA 3CG1A 4G8HA 3D4GA 3G3IA 1CB6A 1OVTA 1NNPA 1B58A 3JZJA 1A40A 4C1TA 4YKPA 3C32A 1ZKBA 4RK9A 1FQBA 4KI0E 3CR9A 3GBBA 3IOTA 2B65A 3DELB 5I84A 4PFYA 1IITA 2Q2AA 3G3HA 2B4LA 3DP8A 4EXLA 5I57B 3QUFA 3UGWA 2XD2A 3MC2A 4EQ7A 1MY1A 3O9PA 5IKBA 3V89B 4ESXA 4LZ5A 2NOOA 1JNFA 1MY0A 5JEIA 5H8FB 1QJMA 2V93A 2ONSA 1B7ZA 3RQTA 1IIWA 3SESA 1JW4A 4AQ4A 1CE2A 1VFDA 1B5IA 4RPNA 2GHBA 2HZKA 4DE8A 1I69A 2DWIA 3PMWA 3FV2A 4QFKA 2OWSA 2RCBA 1BTJA 3KOTA 1LAXA 4OEVA 3RNNA 4YMBA 1N7WA 3S9EA 3TCFA 5FHNA 4XKRA 2OZZA 3PMXA 2OLBA 5H8HA 1EU8A 2XXWA 4H6DA 4FATA 5I57A 3IJOB 3E9XA 2Y7RA 1LAGE 2XX8A 4OENA 4KPTA 4QFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EZPA 2XXVA 1MQGA 1N76A 2PT2A 1MXZA 3MSTA 4FEDA 4LA9A 5CMBA 1Y9UA 5H8FA 1JEUA 4AB6A 3ZSFA 1MQJA 2DE2A 2WKYA 4Q30B 4MFIA 2ONRA 5I2KB 4F31B 4OFLA 3BBRA 5IZ3B 3GXAA 5H8QA 4Q5TA 3KN8A 4OVJA 3RYDA 3TCHA 4R9GA 4XIGQ 4PFRA 4OQOA 3JV9A 4RY1A 3B50A 4N15A 3CFXA 3S2VA 1MXVA 4OTEA 2XXIA 4AS4A 2RF1A 5AA2D 3RGYA 3A09A 3K1MA 1IZ1A 3ZKKA 3PUVE 2NVUB 3IL1B 3TTLA 4I3EA 4OESA 5K2YA 3R7XA 1TWYA 2Q89A 1Y3NA 1POTA 1B1HA 5DEXB 4MCOA 3U1OA 1D9VA 3H6WA 1MXWA 1SPIA 3SEWA 2NWJA 1ZBMA 2GFEA 2F6GA 1OIBA 4ZDMA 1GR2A 4PFBA 1VSOA 5DTBA 4GWWA 1XC1A 1S50A 4KCCA 4OVQA 5IZ3A 2PX1A 3MPLA 4H45A 2DS9A 1N0TA 4FEBA 3FGSA 1IMCA 1NV2A 2IA4A 3F11A 1NUYA 2F3BA 4EF1A 1INPA 3PD8A 3OO6A 4MNCA 1B32A 5AA3A 4YB7A 2XA5A 3B6TA 1UTHB 4H5GA 3D1RA 3RT6B 4LQ5A 4P47A 3K6UA 4FECA 4F3GA 3MPKA 4OMBA 2WYKA 1BLFA 3RLFE 5EHSA 1H45A 4XXUA 1VDWA 3L6GA 3G3KA 1D3KA 3T9XB 5AA2B 4F29A 1QKAA 1D4NA 1MQDA 1XHYA 2OBGA 3K6WA 4GL8A 4MNPA 1Q35A 3JYRA 4FJPA 5ISUA 2VPOA 1ELJA 1EZ9A 4X9TA 1IQ7A 3TODA 3S9MC 3VE1B 4EQBA 2UYFA 3IB1A 4G8MA 4H0WA 3PPRA 1XT8A 1ZIUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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