4OERA

Crystal structure of nika from brucella suis, unliganded form
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Brucella suis
molecule keywords NikA protein
total genus 170
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oerA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oerA01
3DLNA 3FUZA 1M5BA 3RYBA 2QRYA 5JEIA 3B6TA 2I4CA 1TXFA 2H99A 3VXBA 2CMOA 1SYHA 4XKNA 1OIBA 4U4SA 1M5CA 4QFNA 4JSDA 2IEEA 1N76A 4KQPA 1Y3PA 3IOWA 3CFZA 1DTZA 5I58A 4LUBA 1IXCA 2H5YA 4MLVA 2F8DA 2DVZA 3CHGA 3THIA 1GTKA 2D5WA 4TLLB 4X9TA 4H0WA 3OEKA 3UK4A 4EQ7A 4F29A 2O1MA 3TCFA 2QJEA 4QFLA 1TWYA 4OTEA 5H8SA 5H8NA 5AA4A 4F3BA 1LFIA 3RUMA 4MBPA 3MW0A 1BP5A 4PFTA 4BDLA 4F19A 4LATA 1A8EA 4DXBA 2D21A 5AE4A 1JEVA 4XKQA 3K6UA 1WVJA 3VLVA 1AOVA 3N6TA 4BDMA 1H3DA 4R74A 4THIA 3UP9A 4FECA 1B3HA 3MVXA 1VSOA 3IX1A 5J1DA 2F7CA 4LQ5A 4U1ZA 2AL5A 5ICQA 1FW0A 3OSRA 2I49A 4FAJA 1NL5A 1KWHA 2O7IA 5H8NB 5AA4B 5IKBA 3KN7A 5I59A 3OELA 1SW5A 2HZKA 3PMVA 1B1XA 3O29A 3VDFA 1LBBA 3SERA 4Z0IA 3CSBA 4NEDA 2ESNA 2OBGA 4JSOA 3MVYA 4Q30B 1T0KA 1R1NA 3MBPA 2ALUA 1IZ1A 1VFDA 2QS4A 1B58A 3IB0A 1MY3A 4ZDMA 2VGQA 3TMGA 3PPRA 1YPNA 2NUVA 1B5HA 1MY1A 4R2BA 3ILUB 4WKMA 1S9TA 3OEMA 2Y7KA 1MY4A 1FQFA 1XVXA 1O63A 2PX1A 2ZXTA 4GL8A 4OETA 3LSFB 3C36A 4PQJA 4IO4A 1YTVA 3IK6B 3IO4A 1Z7ME 1GV8A 1XC1A 4FEBA 1LFGA 3P7IA 2ONKE 1ZKBA 5TP9B 2HFBA 4X1DA 3FVOA 4U2RA 3TTKA 2NVUB 3CIJA 2WOLA 2VOZA 1US4A 4IO7A 1JVXA 1UTBB 3OMBA 2XXWA 5I56A 3AXFA 5DVJA 2ZYKA 4LA9A 2O84X 3FTOA 3LBSA 4XIGQ 4G2ZA 4OXVA 2IA4A 4KFQA 1P99A 1HSEA 1UQWA 4F1VA 1A40A 1TFDA 1PDAA 3EHUA 2I3WA 1BTJA 4BDQA 1H45A 4I62A 5CMKA 1LAFE 3RQTA 4NF5B 1SBPA 1QULA 2DE3A 2X7PA 4G8NA 2O6AA 4X48A 4ZECA 3M3KA 4EQ9A 4ZEFA 4JXIA 2RINA 4ELOA 2FNCA 2DS9A 4U21A 2DP8A 3T9UA 3H6WA 1R9QA 2OWTA 1VE4A 2RC7A 2OZZA 1JW1A 3ZS6A 3C31A 4OESA 3T9HB 2F97A 2I0BA 3OD7A 2DVCA 1MXXA 5DYHA 3U94A 1LB9A 1JQFA 2I3VA 3GBBA 3F11A 1A99A 3HHGA 3LVUA 1ANFA 4FIMA 4C1UA 2DQVA 1FQBA 1B5JA 3DRKA 3OO9A 2WOPA 1SDXA 3FVKA 3IR1A 2F35A 2I6EA 2OJTA 1AH5A 1LAHE 3KGCA 3HO7A 1YAEA 2Q88A 3SDFA 4YKKA 4FJPA 3DP6A 2H25A 3PUYE 1Q1KA 5BWJA 4BDRA 1Q35A 4HTGA 4I9DA 3QIMA 1B52A 1B9JA 4PFYA 2AL4A 1H43A 4H1XA 1DSNA 4GOTA 1ELJA 2XXUA 3IO6A 1B0LA 2RCAA 2V84A 2PVUA 1B46A 1FQCA 1MQJA 1N7WA 4R2FA 1Y3NA 5H8HA 2WKYA 3C4MA 4IO2A 2DE2A 3I3VA 3WAFA 3RNNA 1A7LA 4XKPA 3ECRA 4PE5B 5CMMA 3R26A 5HBCA 4F3PA 5KCJA 1ZTYA 1B05A 1RKMA 3VFJA 4YB7A 1A54A 1LCTA 3GZGA 4P0IA 3O6IA 5AA2A 2V3TA 4Q5TA 3H7MA 5H8HB 2HEUA 2F34A 1HSLA 3DP4A 4LQ2A 2I4BA 2F7BA 3K2DA 3ZSFA 2R71A 2ANJA 1EU8A 2VP1A 1IXIA 3DRGA 4XTCQ 1MDP1 5KCJB 1SW2A 4P0GA 4POWA 1MPDA 5TPAB 3S9LC 4ZEIA 4OENA 5B7DA 2RC8A 5AA2B 1XHYA 3C35A 4H5GA 2XXPA 3TQLA 2Y7WA 2Y7PA 3DRHA 3K0VA 4XKRA 3KZGA 4O3AA 2D3IA 3MP8A 3O6GA 1VFEA 2ZYMA 3FATA 4R9GA 2HAVA 4H6DA 1MH4A 4RY1A 3U93A 4OFLA 4DXCA 5CBRA 3FXQA 3TTLA 4KCCA 1MXUA 4XXUA 2Z8DA 3ILTB 3QUFA 1OLCA 3VE1B 3Q26A 3OXNA 1B1HA 4KYSA 4RXLA 4GL0A 1Y20A 3G3KA 1B6HA 5F1QA 3VVDA 3K6XA 1D4NA 4MF3A 3MP6A 3B6WA 3K4UA 4IB2A 4OWDA 3S9NC 3T9VA 2ZYNA 3TODA 4RA1A 3JZJA 3PV0E 4ESWA 2O51A 1A55A 2A5TB 1DOTA 5FHMA 3H03A 4ELRA 4DLDA 3QK6A 4IGTA 4JWYA 3UN6A 4GD5A 3A09A 3E3KA 4OERA 4RK9A 2DOJA 3N6UA 3WAEA 4QF9A 4GFRA 4RJZA 3PD9A 2P2AA 4ONYA 4H5FA 5I58B 2YJPA 3VLWA 4E0WA 2VD2A 2YLNA 1OVBA 2ONSA 4R6HA 4NF4A 4ELPA 4QSEA 1B4ZA 5DEXA 4KCDA 1UTHA 4C0RA 5K2XA 3KN8A 4NF6A 3V5AA 2THIA 1URGA 2H4IA 3QSLA 1L5TA 3TELA 4F39A 4M4GA 1JNFA 1MM6A 1SYIA 4YB6A 4FE8A 3S9EA 1XS5A 3IORA 4YMAA 2P1SA 3USDA 1MRPA 2H98A 3M3FA 2B3FA 2M8CA 3PMXA 4GWOA 4PFUA 4ZE8A 1JW4A 1I6BA 2QPQA 4GQOA 3OOAA 1SI0A 3EF7A 4H8JA 4NF4B 3G7WA 5FTIA 1JETA 3PUWE 4LZ7A 4ELQA 1ZLQA 4YZZA 4OZ9A 2RKMA 1R6ZA 1UTHB 2XHDA 1NNPA 4GXAA 4NF6B 3OO7A 1RYXA 3H6TA 1B3LA 2DXYA 3HV1A 3TCGA 3DP8A 3V83A 2UVGA 3SETA 2V25A 2VHAA 4IO5A 1SD3A 1USYH 1MH3A 4G68A 5I59B 3T93B 5CM6A 2O1LA 4R6KA 3K1MA 5EYFA 4TLMB 3TTRA 2I58A 5DVIA 3SESA 1MPBA 3IL1B 2UVHA 1EZOA 4DE8A 2BJJX 3W9VA 3PUVE 3Q28A 3RN8A 3TEPA 4ESXA 1P1UA 5A5XA 2QS2A 1BIYA 2O68A 5BUUA 2RC9A 1BKAA 4F2OA 5CMBA 4N07A 2F6PA 3EQ1A 2ZYOA 4LP2B 4H67A 5FTHA 1A8FA 3E4RA 3FASA 3MPLA 4G8HA 3LC8A 1FCKA 3QAXA 4DIGA 2Q8JA 3H6UA 4G68B 4IO6A 4YKIA 4QFKA 3FVGA 4NTLA 1MS7A 3U92A 3MZ9A 1NH8A 4G8MA 2B4LA 4NWDA 1B3EA 1D3KA 2GFEA 4ZZAA 3UORA 2UXAA 3SEXA 1MQIA 2PT1A 5FHOA 1EZ9A 1LAGE 3PPNA 4IY6A 1PC3A 4KYDA 1YCJA 3CFLA 3V8XB 4JDFA 3KG2A 1RYOA 4MLQA 3TDJA 3DM0A 5I56B 3T96B 1D9YA 4QRZA 4KYEA 3B7DA 1XT8A 2HZLA 5ICTA 4K3FA 4MFIA 4QSDA 5M2VA 3RT8A 2NWJA 1GGGA 1NNKA 1IXHA 3TQWA 2PBWA 5JK4A 2X26A 1SI1A 1N3WA 4NF8A 2QMWA 3IJOB 1IEJA 1IQ7A 1HSJA 3JYRA 3A3CA 3OSQA 4JWXA 1QJMA 2WOKA 5AA3A 5FHNA 4YKJA 3OENA 5B70A 1NH7A 3HHFA 3ZKKA 5DT6A 1J1NA 1QW0A 3PUZE 5KZTA 3KOSA 3HPIA 4GRKA 4F31B 4YB5A 5H8QA 3D4GA 4GIZA 3FZVA 4EF1A 4ZE9A 3HSTA 4BLAA 3W9WA 2DSFA 4R6YA 2RF1A 1LLSA 4NF8B 3O6PA 2Z22A 1II5A 1R9LA 4RK2A 2Y84A 2V3QA 3PU5A 2GHAA 3KOTA 4DDDA 1B5IA 4OVJA 5I2KA 1ZJLA 1NMUA 2XX8A 1LBCA 4G4PA 2FA7A 3O97A 3MWBA 4M1VA 3FVNA 4OQOA 5H8QB 3SEWA 2O69A 4F1YA 5L9MA 1N0TA 1FTMA 2XXIA 3KJTA 3TYHA 3PGFA 5I2NA 2Q89A 4RYAA 3IB1A 3IOVA 3JV9A 3PAMA 4EQBA 2OLBA 3MZBA 1EH3A 4QFOA 2ABHA 4AQ4A 3OO6A 5ISUA 3E13X 2W7YA 1QVSA 4MH5A 4LZ8A 4U23A 2XXHA 3RGYA 1MXVA 4UA8A 3CR9A 3PPOA 3EHSA 2Q2AA 3H06B 1CE2A 3S2VA 5CC2A 1SW4A 3SEYA 1B32A 3O6HA 3RTFB 4EDPA 4GXSB 1LAXA 1MQDA 3IB2A 4JWOA 4I8CA 3HN0A 2QL3A 4LVQA 2QS3A 1N84A 3TFLA 1XOCA 2ZMBA 1ZMGA 3MP1A 3N94A 3IOUA 2E1SA 1P1WA 4G68C 1M5FA 2PYYA 1PB8A 4HCWA 1DTGA 1USYE 3DRFA 2ZNUA 4YMBA 4YU0A 2CZLA 3G3HA 1M5EA 4YICA 2B4MA 4ZEBA 3K1PA 4BDNA 3I5OA 3PPPA 4I1DA 1XVYA 3VV5A 2AYSA 5DTBA 4LZ5A 4Z7EA 4JB7A 1FTJA 3TTMA 5CI5A 1EZPA 1IXGA 1NKXA 4RNSA 1OMPA 4NMYA 5KDTA 3H6VA 3HCQA 3KSJA 3ZKLA 3Q29A 3U8QA 2E0SA 2RCBA 3K6WA 5H8FA 4EUOA 2H9BA 5IAIA 1S50A 3C33A 3FXUA 4EXLA 1Y4CA 4Q8RA 5LOMA 1QUIA 3KJ7A 1B40A 3G3FA 1JVYA 4N6PA 1QKAA 1FTKA 3TTNA 5DVFA 4RPOA 3QYTA 3PD8A 5HM4B 5AA2D 3Q25A 3CG1A 5KDTB 1SW1A 2ZNSA 5EHSA 5ITPA 4JBZA 4OFOA 5H8FB 1POY1 3PPQA 4FORA 5CRYA 3FXRA 4KPTA 3BFUA 3VVFA 3MPKA 2F6GA 3DRJA 2XX7A 4ZEKA 1SVXB 2QSXA 3CFXA 1B51A 4F22A 1LFHA 1MXWA 3BBRA 4KI0E 4OYVA 4FEDA 3TZAA 4OHNA 3E9XA 2DWAA 1FQAA 4QFPA 3LR1A 2PMSA 1MXYA 1MXZA 1B3GA 2QS1A 3TUSA 2B3BA 4PP0A 2DWHA 3K01A 1TFAA 1POTA 3B6QA 1MG1A 4WEDA 2LAOA 3O2AA 3OO8A 4C1TA 3O66A 5L9OA 3K1NA 2X7QA 3MVWA 4P11A 1PBPA 1QUKA 3R7XA 4AB6A 2F5XA 3MJNA 3TPAA 4OEVA 4Q0CA 1Z7NE 3IAZA 4AB5A 2NXOA 4H65A 2GRVA 5DEXB 1MDQA 3KFMA 5I57A 3T22A 1PB9A 1DPPA 4IGRA 3BFTA 2V93A 3A3UA 1TT1A 4O3BA 4DXUA 1AIVA 1LCFA 1B7HA 3LSWA 1OQHA 4HW8A 1I6QA 3G3JA 3UGWA 1O64A 3U72A 4BDOA 3H3GA 4EXKA 4F18A 4GF8A 1GR2A 3MQ9A 4HCYA 3RT6B 1Y1MA 3QXMA 5TP9A 4IY5A 1ZBMA 2OCUA 1URSA 1US5A 4QHQA 1UTBA 3KSXA 1B2HA 1UIVA 1O7TA 3MUQA 1OVTA 1QUJA 5I57B 1Y1ZA 1ZU0A 5JTYA 2DWJA 4WEPA 1GVCA 1N7XA 1SQYA 1MY2A 3T9XB 3MC2A 4L17A 4IO3A 1FTOA 4QSCA 3C32A 2VD3A 4POXA 2Z23A 2XXVA 4NE4A 3K02A 1N04A 3DELB 5K2YA 3EN3A 4NF5A 3FD3A 3SEUA 2F36A 1AMFA 1WDNA 1JW5A 4N13A 2GH9A 4KR5A 3CRBA 5CBSA 3S4UA 1CB6A 5L9SA 5A5XB 2XXQA 4H8IA 5JTYB 4WXJA 3CSGA 1DMBA 2O7UA 5F7VA 3V89B 3G3GA 1FTLA 3N26A 3VVEA 2Z8FA 3IOTA 4R9FA 1QKBA 2UYFA 2Y7IA 4ZS9A 3FV2A 2A5SA 2Z8EA 1IUDA 2R9JA 4DCXA 5TU0A 4TOZA 2XD3A 3LSLA 3MAMA 2AIXA 3U1OA 3T66A 1B7ZA 1BLFA 3FIRA 1Y4TA 3EHTA 2HCAA 4ND9A 3TAJA 4TQUQ 3C34A 2DYXA 4G77A 2HAUA 4FATA 2REJA 1P1OA 3RYAA 5I84A 1ZIUA 4EF2A 3PUXE 1PEBA 2DXRA 2HXWA 3KEIA 2XXXA 5HPQA 3DRIA 1VR5A 3N5LA 4F2QA 3Q27A 4U4XA 1I6AA 3FJMA 3VLUA 4RPNA 4GLIA 2F7AA 2OK2A 5ELVA 2Q9TA 1S7YA 1P1QA 1I69A 3MVZA 2V3UA 1PB7A 2I0CA 4OFJA 4R72A 3RPWA 2PT2A 2XXTA 2P0SA 4NWCA 3FJ7A 2ZNTA 5ITOA 2XXRA 2DWIA 3CG3A 3LSXA 2QMXA 1B3FA 1H76A 2GHBA 3QUJA 1WODA 2G93A 1MM7A 1B7UA 2F78A 1MPCA 3GXAA 1M5DA 1IIWA 2KLFA 1JEUA 1FQDA 4GVOA 4YKPA 2B65A 3SEVA 1F9BA 4O3CA 1D9VA 2REGA 1N3XA 3LUYA 4U22A 3SKPA 3M3LA 1OLAA 3C9HA 3CI8A 3S9MC 2Y7RA 1B0HA 2XD2A 1AL3A 3L6HA 1Y9UA 2UVIA 3IJXB 3RLFE 5I2KB 2UYEA 2UVJA 5EHMA 4F3SA 3FJGA 4ECFA 5TPAA 3H4ZA 3KN3A 2XX9A 4YAHX 3K6VA 2ONRA 1FQEA 2FYIA 4UACA 4ISUA 3O28A 5AA1A 5I2NB 4OEUA 5CMCA 4HS7A 3FV1A 3K00A 1H44A 4R75A 2HQ0A 1B4HA 3R6UA 4F3GA 2OWSA 1NNTA 3TKDA 3KBRA 4DZ1A 3VXCA 1LB8A 3ONMA 1UIUA 3RTWB 4KD5A 1NFTA 3W15C 2DE4A 3RY3A 1P1NA 1PBQA 3TCHA 4R73A 4ZZEA 2I48A 3I6VA 1NNFA 1DPEA 1Y3QA 2R6GE 4PFWA 3CVGA 3GLBA 1OQGA 2XXYA 2NOOA 3BKIB 3UIFA 1MQHA 4KHZE 1LSTA 4E0XA 1ATGA 3PMWA 1MQGA 3MZ1A 3O9PA 2Q2CA 3UA8A 1LGBC 4X1BA 4LONB 3L6GA 3D4CA 3G3IA 4PETA 3GBAA 3M8UA 2YPNA 4F1UA 4OMBA 1MY0A 1URDA 5L8DA 2A5TA 4U1OA 1IITA 2G29A 3EPEA 4ZEDA 3FGSA 4DCYA 3ODBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLNA 1IMCA 3FUZA 1M5BA 3RYBA 2QRYA 5JEIA 3B6TA 5EYHA 2I4CA 4X04A 1TXFA 2H99A 3VXBA 2CMOA 1SYHA 4XKNA 1OIBA 4U4SA 1M5CA 4QFNA 4JSDA 2IEEA 1N76A 4KQPA 1Y3PA 3IOWA 3CFZA 1FPIA 1DTZA 5I58A 4MJOA 4LUBA 1IXCA 2H5YA 4MLVA 2F8DA 2FBPA 2DVZA 3CHGA 1RDZA 3THIA 1GTKA 2FVZA 2D5WA 4PFIA 4TLLB 4X9TA 4H0WA 3OEKA 3UK4A 4EQ7A 4F29A 2O1MA 1FJ9A 4OVRA 4O94A 3TCFA 2QJEA 4QFLA 1TWYA 4OTEA 5H8SA 5H8NA 5ET7A 5AA4A 2WYKA 4F3BA 1LFIA 3RUMA 4P9KA 4MBPA 3MW0A 1BP5A 4PFTA 4BDLA 4F19A 4N8YA 4LATA 2KR0A 1A8EA 4I3EA 4DXBA 2D21A 5AE4A 1JEVA 4XKQA 3K6UA 1WVJA 3VLVA 1AOVA 3N6TA 4BDMA 1H3DA 4R74A 4THIA 3UP9A 4FECA 4GWWA 3E78A 1B3HA 3MVXA 1VSOA 3IX1A 5J1DA 2F7CA 4LQ5A 5IZZA 4U1ZA 2AL5A 5ICQA 1FW0A 3OSRA 2I49A 4FAJA 1NL5A 1KWHA 2O7IA 5H8NB 5AA4B 5IKBA 3KN7A 5I59A 3OELA 1SW5A 2HZKA 3PMVA 1B1XA 1YXIA 3O29A 3VDFA 1LBBA 5IM2A 3SERA 3SZPA 4Z0IA 3CSBA 4NEDA 2ESNA 2OBGA 4JSOA 3MVYA 4Q30B 1T0KA 1R1NA 3MBPA 2ALUA 1IZ1A 1VFDA 2QS4A 1B58A 3IB0A 1MY3A 4ZDMA 2VGQA 3TMGA 3PPRA 1YPNA 3IFCA 2NUVA 4P1LA 1B5HA 1IMAA 1MY1A 4R2BA 3ILUB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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