4OESA

Crystal structure of nika from brucella suis in complex with fe(iii)-edta
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Brucella suis
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NikA protein
total genus 165
structure length 498
sequence length 498
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oesA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oesA01
1NFTA 4RNSA 4TLMB 1VFDA 3I3VA 2DQVA 3FJGA 1UTHA 2DWIA 2ALUA 2DP8A 4HCYA 5I84A 1IXHA 3W15C 2I4CA 4R9GA 1JW5A 2FYIA 1XOCA 3VLWA 2DWJA 4KCDA 2F8DA 1L5TA 3S2VA 3H4ZA 4XKPA 1P1UA 1POY1 3TTKA 3MPKA 1RYOA 4H8IA 4EF1A 1MH3A 3TQLA 1AH5A 5KZTA 4X9TA 4LZ5A 2I6EA 3M3FA 4E0WA 2RC8A 3H6UA 2DWHA 3PPQA 5FHMA 1FTJA 3K1MA 1SW1A 5L9OA 3N6TA 4EXLA 1N3WA 1LAHE 3O9PA 3CR9A 3LBSA 2FA7A 2DVZA 2V3TA 1QVSA 2F7AA 4U22A 3QSLA 5KCJB 2CZLA 2P0SA 2HEUA 1BIYA 4LATA 1D9YA 2I3WA 5JK4A 3H6TA 1MY4A 3DRFA 1A99A 1FW0A 3Q29A 4R9FA 3BBRA 2DVCA 5FHNA 3SESA 1S9TA 5I2NB 4G4PA 5I57B 4LVQA 3OELA 3L6GA 4RK2A 3B7DA 2D3IA 1B05A 4GRKA 4X1BA 3QYTA 1R1NA 1HSLA 2QPQA 3SEWA 3CIJA 3K6WA 1LGBC 3TPAA 4NF5A 4R74A 3OENA 2W7YA 4XKQA 1M5FA 5DEXB 1HSJA 2O7UA 4F1YA 3IR1A 2RC7A 3TFLA 4XTCQ 5F1QA 3DELB 5ITOA 2GH9A 2PX1A 4R6YA 3JZJA 1P1OA 1B3HA 3MW0A 4NF4B 3IJOB 1MXUA 4PFYA 2PYYA 3KJ7A 2QS1A 3FTOA 3OSRA 1MDQA 2KLFA 1LBCA 3TTNA 1BKAA 4BDMA 1EZPA 4F1UA 4AB6A 1N0TA 4BLAA 2LAOA 3VVEA 4FATA 4BDNA 1M5EA 3ZSFA 3IAZA 4OFLA 3DP4A 1IXGA 2ONSA 3H6WA 1PBPA 3A3UA 4O3BA 5H8NA 2ESNA 2F7BA 1NNTA 1B1HA 4HW8A 3TDJA 2X7QA 1LBBA 3I6VA 1UIVA 1MY3A 3G3JA 3IB2A 2GRVA 1FCKA 4H65A 3OSQA 3SEVA 3K6UA 4QSCA 1UQWA 3TCGA 4X1DA 1N84A 5CMMA 4ELRA 1XVYA 3C34A 3USDA 5TU0A 1MY0A 4F39A 3MZBA 4OHNA 3KFMA 5AE4A 1DOTA 2Q89A 3CG1A 4DCYA 1XC1A 3H6VA 5EYFA 4P0GA 4RXLA 1HSEA 1MQJA 4ECFA 2I58A 4POWA 4ZZAA 5AA1A 2A5TB 2Q8JA 4F3BA 2THIA 3UORA 1P1NA 3CG3A 5DT6A 4DE8A 2DWAA 3N5LA 3PAMA 2NOOA 4FIMA 3TZAA 2V3UA 2DSFA 4RY1A 5HBCA 4F31B 1SI0A 2H5YA 1Q35A 3E4RA 4QF9A 4H67A 4ESXA 3FGSA 3LVUA 3CFLA 2DE2A 1B52A 4NF6A 4X48A 1B5JA 4U21A 1VFEA 3Q26A 1FTMA 1IXCA 3IK6B 3LSFB 3PMVA 1B40A 3GLBA 2V25A 1LFHA 1MXXA 2XXUA 3DP6A 4R6KA 4POXA 3B6QA 5CMCA 2V3QA 2OBGA 2O6AA 4WEDA 5JEIA 5KDTB 1Y20A 3RYBA 4GWOA 1IXIA 2RCBA 4N07A 3FXRA 4RK9A 1ZBMA 2AL5A 1UTBB 5AA4A 2XX9A 5FTHA 4U2RA 1FQCA 1D9VA 3C36A 3VDFA 4ZS9A 5B70A 4Z7EA 1S50A 5H8QA 4EF2A 2XD2A 1DPEA 3T96B 4NEDA 4ZEFA 1VR5A 2XXHA 2Q9TA 1MPCA 3TCHA 2R71A 3RLFE 1LB8A 3K02A 1DTZA 3LSLA 3FZVA 4JSDA 1A8FA 1IIWA 2ZNUA 1I6AA 3FUZA 3T66A 3U1OA 4G68A 1H44A 3DLNA 2Q2CA 4FAJA 2V93A 1NNKA 2WOPA 5I59A 3MZ9A 1SYIA 1US4A 1ZIUA 2YPNA 4HCWA 4BDOA 1FTOA 4NTLA 1B6HA 3O6GA 3TEPA 3MZ1A 3HV1A 3IJXB 3LC8A 3MBPA 4QSDA 5ITPA 3N6UA 4ZE9A 2XD3A 1DPPA 1EZOA 4ND9A 3PD9A 4DXBA 2UVIA 3FIRA 1SVXB 4FECA 3CRBA 4GIZA 5AA2D 2M8CA 2I4BA 1N04A 4JSOA 1LFGA 1GV8A 1MM6A 4F19A 1LAXA 3A09A 4HTGA 3U94A 4GXSB 1IZ1A 3KG2A 2OWSA 2AIXA 2YLNA 4KCCA 4MF3A 2HXWA 2REGA 5H8FA 1OMPA 5I2KA 4Z0IA 4WKMA 1ZJLA 4JWYA 4IO6A 2IA4A 4DXCA 4Q8RA 2DXYA 4U1ZA 1IITA 1Y4TA 4G8HA 3MUQA 4KI0E 3ONMA 4M1VA 3FD3A 5AA3A 3DRJA 4OEUA 3U72A 1URGA 3EN3A 4N13A 4ELQA 2HZLA 1A55A 4C1TA 3M3LA 4O3CA 1PB8A 3PD8A 1ZLQA 1MQHA 2H25A 2O69A 3DRHA 4MFIA 3O66A 4LZ8A 1LSTA 4PFUA 3GZGA 3HO7A 4PE5B 4KR5A 2VD3A 3KOSA 3TKDA 3BFTA 5ISUA 3PPNA 3BFUA 1LCTA 3FVKA 4GD5A 2XXYA 3VVDA 3IOVA 1O64A 4JXIA 1EU8A 4TOZA 1MXZA 2Y84A 1B3LA 2ZMBA 1ZKBA 4EQ9A 4PFTA 2V84A 5JTYA 1JQFA 3MC2A 1GR2A 4KYDA 1NH7A 1OLCA 4QFPA 2ONKE 2F34A 1ATGA 1FTLA 1JETA 3T9HB 4OFOA 2GHBA 1WVJA 1WDNA 4TQUQ 1VSOA 2QS4A 3M3KA 3FXUA 1TT1A 3VVFA 4GOTA 1FQBA 4P0IA 1Y1ZA 4GL0A 1USYH 5A5XA 4OERA 3FJ7A 3IO6A 5L8DA 1B7HA 4DZ1A 2ANJA 3VXCA 4ISUA 1LAFE 5H8HB 1AMFA 2R6GE 5M2VA 4QSEA 4JBZA 4G2ZA 1DMBA 5CC2A 2D21A 4IY6A 4MH5A 5TPAB 4ZEDA 4F3SA 3QIMA 4YMBA 1BTJA 1QW0A 2HAVA 1OQHA 2D5WA 3CHGA 2O7IA 3WAEA 5DVFA 1TFDA 3RUMA 5K2XA 3CVGA 2XXRA 2O68A 4RJZA 4LA9A 2Q2AA 4GXAA 2HAUA 3VXBA 1A8EA 1OLAA 3TODA 3OD7A 2P1SA 2Y7PA 3IOUA 1M5BA 1M5DA 3B6WA 3FXQA 3K6XA 2ZYMA 4QFKA 2G93A 2VGQA 5KCJA 4DCXA 4FJPA 1KWHA 3PMXA 2OWTA 1URDA 2UYFA 3PUXE 4U23A 3MAMA 4R2FA 3ZKLA 1DTGA 3IX1A 1PB7A 5HM4B 3T22A 5I56B 5CM6A 3CI8A 2OJTA 5AA2A 1H3DA 5ICTA 2PBWA 5DYHA 1PDAA 1PB9A 3KBRA 3FATA 5I2NA 5I57A 2X26A 4C1UA 4KFQA 2OK2A 4F18A 2B4MA 2OCUA 2QMWA 4U4XA 3KN8A 4OMBA 4KYSA 4NWCA 4HS7A 4EQ7A 4H0WA 4GQOA 1MQIA 2I0BA 3SEUA 3JV9A 1Y3QA 5DEXA 4LQ5A 1NL5A 2R9JA 3VLVA 4JB7A 3T93B 3CSBA 4R6HA 4UA8A 5LOMA 2XXVA 3O2AA 3D4CA 1N7WA 4NF4A 4XIGQ 1OIBA 4MLQA 1JVYA 2UVJA 1A54A 3N94A 2RC9A 1FTKA 4QRZA 3C31A 1RYXA 1Y9UA 1EH3A 4F22A 1R9LA 2YJPA 3CFZA 3MP8A 3T9VA 2XXWA 5HPQA 3HN0A 2Y7IA 1ELJA 3S4UA 2Z8FA 4OQOA 3O28A 2B3BA 1SI1A 4PP0A 2XXQA 4YKJA 3RNNA 1NMUA 1ZU0A 4PETA 3G3IA 1POTA 4FEDA 3KSJA 2XHDA 2F7CA 4MLVA 1B4ZA 2A5SA 2VP1A 1LLSA 5I58B 4LZ7A 1CE2A 1TWYA 2QMXA 1PC3A 1R6ZA 2RINA 3OEKA 4JWOA 3M8UA 1VE4A 1LFIA 3O6HA 3RGYA 4XKNA 1O63A 1N3XA 3PUWE 3MQ9A 1WODA 3R6UA 4RYAA 2BJJX 4H5GA 3F11A 1B0HA 3IO4A 3PMWA 3N26A 1GGGA 1AIVA 3RY3A 3KEIA 4XKRA 2F97A 2PVUA 4I9DA 4OVJA 3OO6A 4NF8B 5FTIA 3LR1A 3V5AA 4ZEKA 1LCFA 2NWJA 2A5TA 3TUSA 4BDRA 3O29A 3UA8A 2ZNTA 4GF8A 3KSXA 4YKPA 3OXNA 1MPBA 3O6IA 3ODBA 3K0VA 3RQTA 3QK6A 4R72A 3TQWA 4R73A 1SBPA 3MVZA 3MPLA 1QJMA 3ILUB 1B7UA 3RN8A 2IEEA 1OVTA 3RT8A 2O84X 4ONYA 4GFRA 2H9BA 1MG1A 2UXAA 1P1QA 1B5IA 3C4MA 2VHAA 1BLFA 3K00A 1QUIA 4KHZE 1B7ZA 3KN7A 1PEBA 4H5FA 4EUOA 2X7PA 4Q30B 2F6PA 3Q25A 1YCJA 3EHTA 2REJA 5KDTA 4KQPA 4P11A 1FQDA 4RPNA 2PT1A 5TP9B 1NH8A 4YB6A 3U93A 3U8QA 1OQGA 4BDQA 3K2DA 4G8MA 1UTBA 4F3PA 1JNFA 1IQ7A 4GL8A 4YKIA 1UTHB 1J1NA 2QRYA 3WAFA 4DLDA 2H98A 3TTRA 5CMKA 4JDFA 4FORA 3MJNA 2H4IA 4IO4A 3FV2A 4IY5A 1FQAA 3D4GA 2GFEA 3S9EA 4OEVA 3PUYE 3QUFA 3UK4A 4FEBA 3MVWA 1F9BA 3R7XA 2AYSA 3EHSA 2DS9A 1Y3NA 4DIGA 4K3FA 1MQDA 4RPOA 3HCQA 3RTFB 4GLIA 4RA1A 3V89B 1Z7ME 2I48A 3K4UA 4IO5A 5CRYA 3E13X 2B65A 4WXJA 2RCAA 1UIUA 4LUBA 4Q5TA 1QUKA 3FV1A 1MXWA 2O1LA 1MS7A 2OLBA 3O97A 4OETA 3EF7A 2XX8A 4QHQA 2ONRA 4I62A 3FVOA 3SERA 1H45A 3E9XA 3DM0A 4OYVA 1XVXA 3IORA 3C33A 3IB1A 3QAXA 4NF5B 3FVGA 3B6TA 3KGCA 3SEYA 3SETA 3TTLA 2XX7A 2DE4A 4JWXA 3UGWA 4LONB 1Q1KA 1A40A 2WOKA 3G3GA 3L6HA 3VLUA 4ELOA 4ZECA 4U4SA 4H6DA 3V83A 2Z23A 3OO7A 1P1WA 3U92A 4R75A 1SQYA 2UYEA 1Y3PA 3ZKKA 3C9HA 2Z8DA 2FNCA 3K1NA 2ZYNA 1US5A 4IO7A 3SDFA 4OESA 3AXFA 3GBAA 4OFJA 1TFAA 2P2AA 2HCAA 4IO3A 1D4NA 4F1VA 2E1SA 5AA2B 4FE8A 4NMYA 1AOVA 2Y7RA 1M5CA 3G7WA 4YICA 4O3AA 2VOZA 5H8NB 4N6PA 1B0LA 1XHYA 3ZS6A 2PT2A 3S9NC 2ZNSA 3CSGA 1QULA 2UVHA 1XT8A 3IB0A 1B58A 3FJMA 1AL3A 4DXUA 3RTWB 3EPEA 3TMGA 3R26A 4G8NA 3DRKA 1N76A 2F6GA 2Z22A 3Q27A 4EXKA 5B7DA 4YB7A 1B1XA 4ZE8A 2O1MA 1QKAA 2RF1A 1GTKA 3UN6A 1QKBA 5EHMA 3UIFA 1MXVA 1Y4CA 4NWDA 1USYE 1BP5A 4XXUA 4ZEIA 3S9MC 3TTMA 5H8HA 1P99A 4QFLA 3VFJA 2B4LA 1OVBA 3PPOA 1TXFA 3KZGA 5DTBA 4G68C 5TPAA 1B46A 2F36A 5DVIA 1S7YA 1YPNA 1SD3A 4YKKA 4IO2A 4MBPA 4OXVA 4OTEA 4U1OA 4OENA 3OO9A 2HZKA 3G3KA 1I6QA 3DRIA 1IEJA 1URSA 3P7IA 3Q28A 2GHAA 4IGRA 5L9SA 4NF6B 2VD2A 4QFOA 3H03A 4NE4A 2Z8EA 3V8XB 3RT6B 2I3VA 5K2YA 2ZYOA 2QSXA 3ECRA 1Y1MA 4R2BA 2XXTA 3K6VA 1H43A 3E3KA 4PQJA 4KD5A 4THIA 2DYXA 5CBRA 5BWJA 3PPPA 1Z7NE 1H76A 1I69A 2DE3A 1PBQA 2H99A 3OOAA 3W9WA 3H06B 2F5XA 2G29A 1I6BA 3PUVE 4YZZA 4DDDA 5I56A 5F7VA 1FQEA 1YAEA 3TCFA 3FVNA 4WEPA 5CBSA 1ZMGA 4E0XA 5AA4B 4OWDA 1MY1A 4LP2B 4EDPA 1JEVA 5H8QB 4UACA 1R9QA 3T9UA 3LUYA 4IGTA 1MM7A 3QXMA 3KOTA 3MP1A 4I8CA 4GVOA 2PMSA 2NVUB 3EQ1A 4EQBA 4C0RA 3TELA 1GVCA 5BUUA 3C32A 2Y7KA 4G68B 3G3FA 4TLLB 3PGFA 3HHFA 5EHSA 3UP9A 1ZTYA 4YMAA 2XXIA 5I59B 1N7XA 1MRPA 1B9JA 4KYEA 4QFNA 3LSXA 1CB6A 5CMBA 2WOLA 3EHUA 3H7MA 3PPRA 4AQ4A 3S9LC 3W9VA 2OZZA 2I49A 1YTVA 3VE1B 1XS5A 2DOJA 4OZ9A 5ICQA 3HPIA 1SYHA 2QJEA 3A3CA 3HHGA 2RKMA 1LAGE 2CMOA 1IUDA 4YAHX 4IB2A 3MVXA 4BDLA 1MQGA 3PV0E 3TAJA 3GBBA 3OMBA 4LQ2A 3KJTA 1B3GA 1JVXA 3H3GA 2XXPA 3ILTB 4ELPA 5I58A 1SDXA 3THIA 3PU5A 4F2OA 3OO8A 1B5HA 3RPWA 1B3FA 1MPDA 1DSNA 1T0KA 5CI5A 3BKIB 1B4HA 1D3KA 1O7TA 4H8JA 1MDP1 5L9MA 2ZXTA 3IOWA 4KPTA 2DXRA 3VV5A 4ZZEA 1II5A 1B3EA 5H8FB 5I2KB 3T9XB 2I0CA 3K1PA 1JW4A 5DVJA 4F29A 2QL3A 3G3HA 1B2HA 3KN3A 1A7LA 4NF8A 2E0SA 4I1DA 3C35A 2Y7WA 2NUVA 1NNFA 3MP6A 2HFBA 1SW2A 1SW5A 2ABHA 4YU0A 4F2QA 1RKMA 1B51A 3K01A 1MY2A 3SEXA 2ZYKA 3QUJA 4Q0CA 2QS2A 2NXOA 1FQFA 2WKYA 4M4GA 4G77A 3FASA 2O51A 2F35A 1B32A 4F3GA 4AB5A 4ZDMA 5J1DA 3OEMA 2XXXA 2F78A 3GXAA 3RYAA 1SW4A 2UVGA 3PUZE 1EZ9A 4YB5A 4ZEBA 1NNPA 5JTYB 3IL1B 5FHOA 3LSWA 1MH4A 5ELVA 3SKPA 5IAIA 3MWBA 3TYHA 1LB9A 1JEUA 3O6PA 1ANFA 1JW1A 2B3FA 4PFWA 2Q88A 5IKBA 1MXYA 3DP8A 2QS3A 4ESWA 1QUJA 2HQ0A 5H8SA 5A5XB 1NKXA 3CFXA 2AL4A 3JYRA 3I5OA 3HSTA 4L17A 5TP9A 3DRGA 3IOTA 3MVYA 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NFTA 2FVZA 4RNSA 1FPGA 3SZPA 4TLMB 1VFDA 3I3VA 2DQVA 1FSAA 3FJGA 1UTHA 4PFIA 2DWIA 2ALUA 2DP8A 4HCYA 5I84A 1IXHA 3W15C 2I4CA 4R9GA 1JW5A 2FYIA 1XOCA 3VLWA 2DWJA 4KCDA 2F8DA 1L5TA 3S2VA 3H4ZA 4XKPA 1P1UA 1POY1 3TTKA 3MPKA 1RYOA 1YXIA 4H8IA 4EF1A 1MH3A 3TQLA 3RPLA 1AH5A 3QMFA 5KZTA 4X9TA 4LZ5A 2I6EA 1IMCA 3M3FA 4E0WA 2RC8A 3H6UA 2DWHA 3PPQA 5FHMA 1FTJA 3K1MA 1SW1A 5L9OA 1K9YA 3N6TA 4MIJA 2XWIA 4PDHA 4EXLA 1N3WA 1LAHE 3O9PA 3CR9A 3LBSA 2FA7A 2DVZA 5EYHA 2V3TA 1QVSA 2F7AA 4U22A 3QSLA 5KCJB 2CZLA 2PFZA 2P0SA 2HEUA 1BIYA 4LATA 2L5VA 1D9YA 2I3WA 2ZZVA 5EQ9A 5JK4A 3H6TA 4O7IA 1MY4A 3DRFA 1A99A 5ET8A 1FW0A 3Q29A 4R9FA 3BBRA 2DVCA 5FHNA 2OX3A 3SESA 1S9TA 2FBPA 5I2NB 3LV0A 4G4PA 5I57B 4LVQA 3OELA 3L6GA 4RK2A 3B7DA 2D3IA 3ROJA 4XF5A 1B05A 2XWVA 4GRKA 4X1BA 3QYTA 1R1NA 1HSLA 2QPQA 3SEWA 3CIJA 4NN3A 3K6WA 1LGBC 3TPAA 4NF5A 4R74A 3OENA 2W7YA 4XKQA 1M5FA 5DEXB 1HSJA 2O7UA 4F1YA 3IR1A 2RC7A 3TFLA 1LBVA 4XTCQ 5F1QA 3DELB 5ITOA 2GH9A 2PX1A 4R6YA 3JZJA 1P1OA 1B3HA 3MW0A 4NF4B 3IJOB 1MXUA 4PFYA 2PYYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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