4OESA

Crystal structure of nika from brucella suis in complex with fe(iii)-edta
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NikA protein
molecule tags Transport protein
source organism Brucella suis
total genus 165
structure length 498
sequence length 498
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oesA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oesA01
4PFUA 1VFDA 3MJNA 2Y7PA 4DIGA 3M3LA 4QFPA 4ZZEA 1SW4A 4GF8A 3DRKA 1R9LA 3RYBA 1R9QA 1LFHA 1N04A 3JV9A 1FCKA 5DYHA 4MBPA 1II5A 4I9DA 3MVZA 3SEYA 2FYIA 2I49A 3IO6A 1LBCA 5H8NB 5CMCA 3L6HA 1OLAA 1MQDA 2NUVA 4BDOA 3KOTA 3M8UA 2ALUA 1AMFA 4DXUA 3T9UA 3CIJA 2ESNA 3O9PA 5CBRA 3RUMA 3VFJA 1DSNA 1ELJA 2A5TB 4HTGA 2DWAA 1MXYA 1PDAA 2REGA 2GHAA 2DE2A 4IB2A 1B5IA 3TYHA 3UORA 3K2DA 1HSLA 3TTMA 5I58B 4EDPA 3V89B 2V3TA 3PV0E 4JDFA 4KYDA 5A5XA 3B6TA 4E0WA 1Y3QA 1DOTA 3OO7A 4NF4B 4LQ2A 4EUOA 3H7MA 1FQBA 4ZEBA 2RC9A 2QJEA 3RY3A 5EYFA 3GXAA 4G8MA 3CVGA 4IO6A 5AA2B 4ND9A 3CSGA 4U1ZA 4R6HA 3TAJA 5DVIA 2XXQA 2HXWA 1I69A 4JBZA 3FUZA 5CMKA 4Z7EA 4F19A 4IO3A 2WOLA 4NF5B 2THIA 1WDNA 5I2NB 2NWJA 3KOSA 1SDXA 3FZVA 1AL3A 2ZNUA 3P7IA 4Z0IA 2XHDA 4GIZA 3DLNA 1OQGA 3MP1A 3T9VA 1B3LA 3C31A 1Y3PA 1PBQA 3FVOA 4N07A 3TUSA 3MVWA 1GTKA 5K2XA 1TT1A 3RTWB 3TMGA 1JVXA 3ZS6A 3TKDA 3C34A 3Q29A 3SEWA 3FJGA 2Q9TA 1B3EA 4U4XA 1JVYA 5I84A 5JTYB 4F1YA 2VGQA 3IJXB 1USYE 5H8FB 5ICQA 1S7YA 3KN8A 5F7VA 3MVXA 2OJTA 3K02A 4RPOA 2P0SA 1QUIA 5I2KB 5KCJA 1Y20A 3CHGA 4GWOA 3RTFB 3FVNA 4QSCA 1JNFA 5BUUA 2ONKE 3FJMA 3CSBA 4R2BA 2V25A 1Z7NE 4DXBA 1IQ7A 2GFEA 4C1TA 5H8HA 1FTKA 3H6TA 1XT8A 3S9LC 4GL0A 3CG1A 2RKMA 5ICTA 5IAIA 3SEUA 2V93A 4M1VA 3O6IA 4E0XA 4PFYA 4YU0A 2B4MA 2HAUA 3CR9A 4YICA 4F31B 1CE2A 3PPNA 3OMBA 3ECRA 3HSTA 3HV1A 1BLFA 1SD3A 4X1DA 2XXPA 2XXHA 4H6DA 2Y7IA 3F11A 1B0LA 1OVBA 2HEUA 3QAXA 3GZGA 4RPNA 3OSRA 1H3DA 3H4ZA 3OEKA 1B46A 5H8NA 2PT1A 4P0IA 2RINA 3KSJA 1MXZA 1B2HA 4OTEA 1MM6A 2REJA 3OELA 2A5TA 5AA1A 4G4PA 4NF8B 3KJ7A 5BWJA 1MPDA 4BDRA 3KG2A 4G68B 1FTLA 3PD8A 2OCUA 1B5HA 3HO7A 4N6PA 3PUWE 5I58A 4QHQA 4G8NA 4F39A 1NH7A 2B65A 2F8DA 4YZZA 2O7IA 1RYOA 3IB2A 1B7UA 4PETA 2F7CA 4DZ1A 1H45A 3FVGA 3VXBA 3T9XB 1FQEA 4QSDA 3FD3A 5I57B 2PMSA 1YPNA 5AA2A 2I3VA 4R74A 3H6VA 2O84X 1SYHA 3U72A 3RNNA 4RY1A 5CRYA 1P1NA 1P1OA 3B7DA 2Q8JA 4OEUA 3MC2A 5B70A 2Q2CA 4NF5A 1GR2A 1S50A 1MH4A 3E9XA 4XKQA 2B3FA 1CB6A 1MG1A 3C35A 3H6UA 1ATGA 2CMOA 2DYXA 4EQ9A 1SW5A 2F5XA 1OMPA 4OZ9A 3N6UA 4RK2A 3RT8A 5J1DA 1NFTA 2HFBA 1MY3A 1Y3NA 3HHGA 4PQJA 1FW0A 4PFTA 2P1SA 3T9HB 1URDA 1EZPA 2V3UA 4EXLA 3KEIA 1T0KA 3HPIA 3TFLA 4JSDA 5JTYA 1SI1A 3LR1A 3V8XB 3LC8A 1NKXA 4LVQA 5I56B 1KWHA 2QSXA 5H8FA 1B1HA 3EHUA 4LATA 3FVKA 1XVXA 1MPCA 5JK4A 4GVOA 3VV5A 3MP6A 2Z8EA 1ZLQA 1B7ZA 1TFDA 4YB7A 2ANJA 4M4GA 3C9HA 4O3AA 3IJOB 1EU8A 4LUBA 4U21A 4GOTA 3PGFA 1B9JA 2PT2A 4PP0A 3RGYA 1WODA 3PPRA 3KGCA 2DQVA 2Z8FA 1R1NA 3PPPA 1PB9A 4R9GA 1A40A 3EHTA 1ZU0A 1POY1 1YCJA 2UYEA 4IY5A 3SKPA 2FNCA 3C4MA 3Q28A 1US4A 4GRKA 1MQHA 2OWSA 3Q27A 3T66A 3KFMA 3RQTA 2NXOA 1URSA 1EZ9A 1AOVA 1H76A 2DP8A 1M5DA 3JYRA 1B32A 4OEVA 5FHNA 3LVUA 1LB9A 1MY1A 5CMMA 3PMWA 3FASA 4R73A 2RC7A 3PMXA 3TTKA 4QF9A 3C36A 3S4UA 3TZAA 4ECFA 3FTOA 1AIVA 4OYVA 4KCCA 3OD7A 2F35A 1TXFA 3LUYA 4OESA 4F2QA 5IKBA 3SDFA 3VXCA 2UXAA 3KN7A 4LZ8A 3ZKKA 1QUKA 1BP5A 4ZE8A 2ZYMA 4JWYA 4NF8A 4G68A 5FTIA 3K1PA 2D5WA 3U8QA 4C0RA 3EQ1A 4GLIA 4H65A 3I6VA 3TPAA 4OHNA 1YTVA 4O3CA 3U94A 2E1SA 2H4IA 5H8QA 2V3QA 2Y7RA 4LQ5A 4ZEFA 2X7QA 3W15C 5I57A 2G93A 3VVDA 3OO6A 4EQBA 2RCAA 2UVIA 4OENA 4AQ4A 4YB5A 1LAGE 4G77A 1LAXA 5DVFA 4X1BA 4ZZAA 1PBPA 2PVUA 3VLWA 1N7XA 1M5CA 2O51A 1LAFE 4IO7A 2AYSA 1HSEA 1UQWA 4P0GA 3CFXA 5DT6A 1ZJLA 4XIGQ 1LLSA 2DWHA 5AA3A 3IAZA 3GBAA 1L5TA 1AH5A 1B6HA 4JSOA 1BKAA 3LBSA 1JEVA 2XXXA 3OO9A 3K1NA 4YKPA 2PBWA 2XXIA 4ELRA 3QYTA 2F7AA 3PPQA 1M5FA 3CRBA 1NMUA 1A55A 4WEPA 1H43A 4R72A 1N0TA 1A99A 2ZYOA 3BFTA 3N26A 1FQCA 5I59A 3PUVE 1RKMA 3S2VA 3PUXE 4YMBA 4Q0CA 2A5SA 3KN3A 5JEIA 4DCYA 4KCDA 2Z8DA 3DP6A 5I56A 4POWA 1QW0A 1SYIA 3G3JA 3S9MC 1A7LA 4G68C 3U1OA 4F3SA 2D21A 1I6AA 1MY0A 2H98A 4OFOA 5FHMA 3TEPA 3O6HA 2QS4A 1UTHB 2ZYKA 4TOZA 2LAOA 2UVGA 3K6WA 3MQ9A 3B6WA 4BDMA 4KPTA 4FE8A 1PC3A 4WEDA 3JZJA 3PAMA 4QRZA 3HHFA 4WXJA 5M2VA 3A3UA 5TU0A 2Y7WA 4P11A 4QFOA 5KDTB 1B51A 1IXGA 1F9BA 1N84A 2QS2A 4NTLA 1JEUA 1IEJA 2DE4A 4OETA 2OLBA 2GHBA 4OQOA 4X48A 4O3BA 2Q88A 3ILTB 1LFIA 1QJMA 4NF6B 1A54A 2IA4A 1RYXA 4U23A 4I1DA 2XXYA 3K4UA 3SEXA 3ILUB 3DM0A 1I6QA 1JQFA 2R6GE 2Z23A 5CM6A 4GXAA 3VLVA 2VOZA 1ZKBA 2NVUB 1LGBC 1QKAA 4BDLA 2WOPA 1MY4A 4FEDA 1LFGA 3BFUA 2DE3A 3I3VA 3S9EA 4U1OA 4IGRA 1O64A 3H03A 1DTZA 3UK4A 2F36A 3QUFA 3UIFA 3IR1A 1FQAA 2F6PA 1HSJA 5CI5A 1XS5A 3VE1B 4EQ7A 1XVYA 3R26A 2I0BA 4GFRA 4OXVA 4ZDMA 2ZXTA 3IOWA 1FQFA 4LA9A 4NF4A 5ISUA 1XC1A 3MVYA 4H0WA 1D3KA 2R71A 3MZ9A 1PB8A 2XX8A 4GQOA 2P2AA 4HCWA 4F1VA 3RN8A 4H67A 1US5A 3ONMA 1B4ZA 1VR5A 3UP9A 4H8IA 3T96B 4U22A 3OOAA 4YMAA 2BJJX 4H5GA 1LCTA 1SW2A 4R6YA 5I2NA 3QK6A 3ZKLA 1QVSA 2H99A 3UGWA 1MQIA 3WAFA 3TCFA 5H8SA 4QFNA 4C1UA 4ONYA 4R6KA 1MXWA 4EF1A 3OSQA 3THIA 4XKRA 4DCXA 3G3KA 3QXMA 2H25A 1OIBA 5TPAB 3FV2A 2DVCA 1Y4CA 3VLUA 3QUJA 1P1UA 1J1NA 4QSEA 1B3HA 1NNFA 2YJPA 2H5YA 4YKJA 3RYAA 2I6EA 1ZMGA 4TLLB 2M8CA 4F3GA 3TCGA 2XXVA 3HCQA 3Q25A 1DMBA 1SBPA 4MFIA 2D3IA 1PEBA 1MM7A 3D4GA 2QMWA 4ZEKA 3FXUA 3IL1B 2GH9A 1JETA 2RC8A 1MXUA 2F34A 2ONRA 5FHOA 4KR5A 1UTBB 1N3WA 2ABHA 3C33A 3K00A 4YKIA 5I2KA 2IEEA 1UTHA 3O97A 3ODBA 1IITA 3A09A 4IO5A 1B4HA 1JW1A 1B0HA 1D9VA 5AE4A 4JWXA 2Y7KA 2B3BA 1IZ1A 1B05A 2H9BA 3MZ1A 4F3BA 2I48A 3CFLA 4Q8RA 5KDTA 2HZKA 5KCJB 3IO4A 2AL5A 3Q26A 1B3FA 4OVJA 3CI8A 3O66A 1OVTA 3I5OA 1DPEA 1XHYA 2NOOA 4JWOA 2UVJA 1MH3A 1A8FA 1MQGA 4MH5A 1LB8A 3MUQA 3MW0A 1VSOA 3S9NC 3TELA 2QPQA 3EPEA 5H8HB 3KSXA 3DP4A 2I58A 2R9JA 1FQDA 4Q30B 2DSFA 1QKBA 2O1MA 2DWJA 5L8DA 3KJTA 3ZSFA 3N5LA 1Q35A 1MDQA 2XX7A 1O7TA 4F1UA 1P1WA 2YPNA 4ELPA 3FJ7A 1VFEA 2XXUA 5K2YA 4QFKA 2QRYA 1Z7ME 1QULA 1SVXB 1YAEA 2GRVA 5TP9B 2F7BA 1MPBA 2RCBA 1H44A 3IB1A 3D4CA 4XKNA 4AB6A 2KLFA 1ZIUA 1O63A 2WOKA 4ESXA 4KFQA 2VD2A 3BBRA 2E0SA 4HW8A 2G29A 3V5AA 3TODA 3DELB 3K6XA 1Y1ZA 1NNTA 4FORA 1GV8A 3R7XA 4JXIA 4G2ZA 5ITOA 3G3IA 2DXYA 2HAVA 1N76A 2VP1A 3DRHA 3VDFA 1B7HA 2XXRA 3T22A 1P1QA 5EHMA 1JW5A 2XX9A 4FJPA 3MPKA 4NWDA 1OLCA 3K6UA 3K6VA 2ZYNA 3LSFB 4H1XA 2RF1A 4RNSA 5TPAA 1IUDA 1MRPA 3BKIB 3PPOA 4HCYA 4RJZA 4IO4A 4F22A 4ELOA 1DTGA 3U93A 4OMBA 3SERA 1B52A 3M3FA 4ZECA 3C32A 5DEXB 3AXFA 1ANFA 3O2AA 3K0VA 3DRFA 1EH3A 4TQUQ 4KI0E 2ONSA 2PX1A 3G3GA 1IIWA 2DXRA 1D9YA 4GXSB 4UA8A 1LBBA 2VD3A 4UACA 3O29A 1DPPA 2I4BA 1UTBA 2OWTA 1IXIA 1OQHA 1WVJA 1M5BA 4R9FA 5LOMA 3OO8A 3FIRA 3TTRA 4POXA 3HN0A 4RA1A 3SETA 3PU5A 4OFLA 3U92A 5HBCA 2I0CA 5CMBA 2F78A 2B4LA 2ZNSA 2QMXA 5L9SA 4PE5B 3FXQA 4LONB 3WAEA 3IOVA 4ELQA 3QIMA 1TFAA 3N6TA 4LZ5A 3FV1A 3FGSA 3H3GA 1MXXA 4FEBA 3OENA 2O69A 2OBGA 1XOCA 2W7YA 3O6PA 5KZTA 1LCFA 3FXRA 4LP2B 4OERA 1B5JA 3UA8A 4BDQA 1PB7A 5AA4B 3IB0A 3GBBA 1VE4A 3FATA 3DRIA 1FTJA 4NWCA 3B6QA 5DTBA 2I3WA 1R6ZA 4H8JA 4R2FA 2F6GA 4QFLA 1SI0A 3EHSA 4ZEDA 1EZOA 1NL5A 4GD5A 2CZLA 2HCAA 4KQPA 3CG3A 3PUZE 1ZTYA 4OWDA 3LSLA 3OXNA 3T93B 4DDDA 2YLNA 2DVZA 3E4RA 3OEMA 5L9OA 1UIVA 3N94A 1LSTA 3W9WA 4MF3A 1LAHE 2OK2A 3CFZA 3R6UA 3TTNA 1Q1KA 2O1LA 2OZZA 4RXLA 2I4CA 3H06B 5TP9A 1JW4A 2DWIA 3RLFE 3RT6B 4F2OA 3K1MA 5B7DA 4U2RA 2XD2A 3O6GA 3RPWA 4MLVA 1B1XA 3VVFA 4NE4A 3VVEA 4BDNA 4F29A 4FECA 3G3HA 1N3XA 5HPQA 3IOUA 4IGTA 2VHAA 3SEVA 3K01A 4R75A 4NEDA 5H8QB 1P99A 5CC2A 1Y4TA 2UYFA 3G3FA 4ESWA 4GL8A 5A5XB 4EXKA 4FIMA 3TCHA 4FAJA 4Q5TA 1MQJA 1NNKA 1MXVA 4BLAA 1FTMA 4ZS9A 3IK6B 3SESA 1N7WA 4K3FA 1MDP1 3KBRA 4L17A 1URGA 3TTLA 3PD9A 5F1QA 1S9TA 4DLDA 3M3KA 2Q89A 2DS9A 1I6BA 3W9VA 2AL4A 2ZMBA 3LSWA 4XKPA 4YKKA 2HQ0A 3KZGA 1B58A 3MP8A 4XXUA 1QUJA 5EHSA 3TQWA 4X9TA 3G7WA 4KYEA 3USDA 1TWYA 4FATA 5HM4B 3A3CA 3DRGA 2X26A 1MS7A 1UIUA 5DEXA 2Q2AA 4KHZE 3GLBA 3LSXA 5ELVA 4KYSA 3IORA 1D4NA 2WKYA 3IX1A 2QS1A 2QL3A 5FTHA 1IXHA 1NNPA 4YAHX 3MPLA 2Z22A 4N13A 4F18A 2XXWA 1A8EA 4IY6A 4G8HA 5DVJA 3TQLA 5I59B 5AA2D 1Y1MA 3EF7A 4I8CA 3O28A 4I62A 2PYYA 4ZE9A 3MZBA 2F97A 4NMYA 3L6GA 3QSLA 1GVCA 5L9MA 1M5EA 3DRJA 4ISUA 2XXTA 4U4SA 2DOJA 2AIXA 4LZ7A 3E3KA 4JB7A 2UVHA 4PFWA 4KD5A 3PUYE 1GGGA 4TLMB 3MBPA 1SW1A 3E13X 2O7UA 1NH8A 1B40A 4XTCQ 2X7PA 5CBSA 2XD3A 3MAMA 2O68A 1MY2A 4AB5A 3PMVA 4WKMA 3H6WA 2ZNTA 1POTA 2HZLA 1SQYA 4RYAA 5AA4A 4THIA 4ZEIA 1FTOA 3TDJA 2FA7A 4NF6A 3UN6A 4F3PA 3DP8A 1Y9UA 1ZBMA 3V83A 2QS3A 1IXCA 3MWBA 4DXCA 4IO2A 4H5FA 3EN3A 4HS7A 4OFJA 4EF2A 4MLQA 4DE8A 5ITPA 3IOTA 1B3GA 2Y84A 4YB6A 1BIYA 1USYH 2V84A 4RK9A 1BTJA 2O6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDZA 4PFUA 1VFDA 3MJNA 2Y7PA 4DIGA 4MIJA 3M3LA 2ZZXA 4QFPA 2QVUA 4ZZEA 1SW4A 4GF8A 3DRKA 1R9LA 3RYBA 1R9QA 2HXRA 1LFHA 1N04A 3JV9A 1FCKA 5DYHA 4G61A 4MBPA 1II5A 4I9DA 3MVZA 3SEYA 2FYIA 2I49A 3IO6A 1LBCA 5H8NB 5CMCA 3L6HA 1OLAA 1MQDA 2NUVA 4HE2A 4BDOA 3KOTA 3M8UA 2ALUA 1AMFA 4DXUA 3T9UA 3CIJA 2ESNA 1NV5A 3O9PA 5CBRA 3RUMA 4JVCA 3VFJA 1DSNA 1ELJA 2A5TB 4HTGA 2DWAA 1MXYA 1PDAA 2REGA 4PTKA 2GHAA 4GWSA 2DE2A 4IB2A 4PDHA 1B5IA 3IFAA 3TYHA 3UORA 3K2DA 5ESYA 1HSLA 3TTMA 5I58B 4EDPA 3V89B 2V3TA 3PV0E 4JDFA 4KYDA 5A5XA 3B6TA 4E0WA 1Y3QA 1G0IA 1DOTA 3OO7A 4NF4B 4LQ2A 1IMBA 4GWXA 4EUOA 2XA5A 3H7MA 1FQBA 4ZEBA 2RC9A 2QJEA 3RY3A 5EYFA 1NUYA 1FJ9A 3GXAA 2L5VA 4G8MA 4N8YA 3CVGA 4IO6A 5AA2B 4ND9A 3CSGA 4PAIA 4U1ZA 4R6HA 3TAJA 5DVIA 2XXQA 2HXWA 1I69A 4JBZA 4N6KA 3FUZA 5CMKA 4Z7EA 4F19A 4IO3A 2WOLA 4NF5B 2THIA 1WDNA 5I2NB 2NWJA 3KOSA 1SDXA 3FZVA 1AL3A 2ZNUA 3P7IA 4Z0IA 2XHDA 4GIZA 5ET7A 2KQZA 2Q8MA 3DLNA 1OQGA 3MP1A 3T9VA 1B3LA 3C31A 1Y3PA 1PBQA 3FVOA 4N07A 1DBZA 3TUSA 3MVWA 1GTKA 5K2XA 3D1RA 2XWOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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