4OETA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni, unliganded form
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
b'KIPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
source organism Campylobacter jejuni
molecule tags Transport protein
total genus 162
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oetA02
4NTLA 4PFYA 4OEUA 3RT6B 1TT1A 2FYIA 3EHUA 5I58A 4QFPA 3HN0A 2GHAA 3IO6A 3WAFA 3R7XA 3W9VA 1O7TA 1SI0A 3LSLA 5AA2B 1GGGA 1MS7A 1MQDA 1B40A 2P2AA 1BLFA 3LVUA 1NNTA 2VGQA 4YB6A 1B52A 1RYXA 4QFKA 1SI1A 2XXYA 4MH5A 4JWYA 3DP4A 3PMWA 5H8NB 5BWJA 4R2FA 1I6AA 3LSFB 1FQAA 2XD3A 3SKPA 4G77A 2QS2A 5J1DA 3IO4A 3FVGA 3TAJA 1JEVA 1B2HA 1FQCA 4IY5A 2I58A 1IIWA 2REGA 3SEVA 1LFGA 5CBSA 1AIVA 1D9YA 4IO2A 4KQPA 2ZYMA 2ZYNA 3OELA 3DP8A 2G93A 4PFUA 1VE4A 4F31B 3TTRA 4EF2A 3KBRA 5FHOA 3G7WA 3PPNA 3Q25A 3S9EA 3IB2A 1UTHB 3FJMA 5I59B 3UGWA 3DRGA 2PT1A 3PU5A 3MW0A 3KSJA 4F2OA 1AOVA 3ILUB 3C35A 3KEIA 3PPPA 3MC2A 3EHTA 3PUYE 2HQ0A 2XXTA 1IXGA 5KCJB 3TFLA 3U94A 2CZLA 4F3PA 2XXHA 5DT6A 3OEMA 1B7UA 3KN8A 3KJTA 2B3BA 4JWOA 2XXXA 1QUKA 3CFLA 3FJ7A 4YKPA 3N6TA 1H44A 4GOTA 5CBRA 2A5TA 2XX7A 3TTNA 3GBBA 2O7UA 4BDLA 5TPAA 2UYEA 4LQ2A 3KOSA 1XHYA 1B9JA 2F36A 3LBSA 4X48A 1MY3A 4XXUA 5KZTA 4XKNA 3VVEA 4WXJA 4BDOA 3BKIB 3N94A 1R1NA 2Y7RA 1NFTA 1NL5A 1NNFA 4ELRA 2HZLA 4E0XA 3RUMA 1QKBA 5F1QA 4F3SA 3RTFB 5AA1A 2ZYKA 4BDMA 4JSDA 4KYEA 4KYSA 3RN8A 1B1XA 2Y84A 1MXXA 3K6UA 3G3IA 4GL8A 4O3AA 4TLLB 3B7DA 1B3EA 3FZVA 2WOPA 1M5BA 4G8NA 4YU0A 4IB2A 2F78A 4GWOA 1PBQA 3M3LA 1PEBA 4OFJA 3C31A 3LR1A 4HTGA 4Z7EA 1FW0A 4EDPA 2QS3A 4G2ZA 4Q8RA 5H8QA 4K3FA 4ZZEA 5A5XA 3M3KA 3TDJA 1YTVA 1LB9A 1KWHA 5FTIA 4OENA 2IA4A 4GRKA 1P99A 2QL3A 4NWCA 4OWDA 4PFWA 4QSCA 3B6WA 1A54A 1B5JA 2QMXA 3U1OA 4O3CA 2Z8FA 3S9LC 4ZECA 1DPEA 1NNPA 5I2KB 3WAEA 3SEYA 5JK4A 1B6HA 3ZKKA 1RKMA 2UVIA 4C0RA 2Y7KA 4R6HA 1P1OA 4U1OA 4OVJA 3VFJA 5DVFA 4H8IA 3TZAA 1MXYA 3VVFA 3SEXA 1MY2A 4FECA 4EUOA 4PETA 3RY3A 3O97A 1A55A 3FTOA 1FTOA 2NXOA 4ND9A 5I56A 1HSEA 4WKMA 3Q26A 3EHSA 1PB7A 2ZNTA 1MRPA 1JW1A 3OO9A 3BFTA 1IXCA 2V3QA 3CIJA 5DYHA 4OXVA 1POY1 3FUZA 4IO6A 2O69A 1MG1A 1MM7A 4FEBA 2I3VA 3MVWA 4NWDA 3UN6A 1B5HA 2DS9A 3PMXA 4G8MA 2GRVA 4NMYA 2Q2AA 1UTBA 1PB8A 2DVZA 4POWA 1URSA 1ZKBA 5AA2D 4M1VA 3MVYA 1Y3QA 5K2XA 5AA3A 3U8QA 4R72A 2ESNA 3V83A 1LFIA 1URGA 4THIA 1N7WA 1GVCA 1P1NA 1WODA 4F19A 3UP9A 3OENA 1BP5A 3FVNA 4H67A 1MY0A 1ATGA 1SW5A 3E9XA 1LAGE 4YMAA 3CFXA 3C4MA 3KJ7A 3C9HA 3B6TA 1SYHA 2HZKA 1MQHA 2DP8A 3PGFA 1QKAA 2RCAA 2A5TB 1MQJA 4NF8A 1Z7NE 5ITPA 3MJNA 4H1XA 1I6BA 3FGSA 2OWTA 4F39A 2RF1A 1M5EA 1B3HA 3EPEA 2VD3A 4RJZA 4ZEFA 4BLAA 1M5FA 1VFEA 5ISUA 5AA4A 2DOJA 2PYYA 4YAHX 2I6EA 3CG3A 3IAZA 4LA9A 5TP9B 1JW5A 4LZ5A 1ZJLA 3IJXB 1US5A 2VP1A 2O7IA 2P0SA 2QS4A 2GH9A 4LONB 4IO5A 3PUXE 3T9UA 2FNCA 1LFHA 4AB5A 1QULA 4OMBA 4G68A 3ZS6A 3IX1A 2Q9TA 2D21A 3IOTA 4TLMB 4UACA 4R2BA 5H8QB 2DQVA 3K4UA 2KLFA 5A5XB 4F1YA 3S9NC 3VLWA 4WEPA 3UORA 5DTBA 3TUSA 4G4PA 3LSWA 1R6ZA 1OVTA 3RNNA 1MDQA 3C34A 3IR1A 4KCDA 3CRBA 4ESXA 4H65A 1LAHE 3HPIA 2XXUA 3GBAA 3TODA 4DXBA 3D4GA 5CI5A 2X7QA 5ICTA 3TTKA 3E13X 4ZEDA 2H4IA 2I49A 1J1NA 4P11A 4BDRA 2B65A 1SW2A 3A3CA 1Y1ZA 5L9SA 2DWHA 3O66A 4G68C 2GHBA 4NEDA 4ELOA 2OK2A 2H99A 3TCHA 3GXAA 3PAMA 5HM4B 2H9BA 5KDTB 3O29A 3E4RA 3DRKA 5HPQA 1MQGA 4HW8A 1MXWA 5ELVA 4GFRA 2PT2A 4RY1A 2XXIA 1PDAA 1LB8A 2HEUA 1S9TA 4H5FA 4DZ1A 1NMUA 5H8HA 3EF7A 3O6IA 3RPWA 5EHSA 2Z23A 2ALUA 1VSOA 1SBPA 3R26A 4AB6A 1B4HA 2ZMBA 1O63A 2B4LA 4RK2A 5L9OA 4QF9A 3OO8A 3IOWA 3V89B 3VE1B 2AIXA 4GQOA 3QSLA 1POTA 4F1VA 1YCJA 3MPLA 2ONRA 5I2NA 3CVGA 1PB9A 1Y1MA 1Y20A 4M4GA 4JWXA 2O51A 2WOKA 5JTYA 1TFAA 1UIVA 3PPQA 3HV1A 4GD5A 1O64A 3MP8A 3SESA 3DLNA 3CG1A 2R6GE 3RYBA 2RKMA 1MM6A 4H0WA 1Q35A 1MDP1 4ESWA 1URDA 2YPNA 3K1NA 2NUVA 4NE4A 1P1WA 1VFDA 2UVGA 3VLVA 3T96B 2P1SA 3S9MC 4ZE8A 3MVXA 1XVYA 1L5TA 3KZGA 1FQEA 3K1PA 3E3KA 1I6QA 2F97A 4OFOA 3C33A 3MZBA 2V3TA 5IKBA 3IK6B 3DELB 1B1HA 3CSBA 3KSXA 4TQUQ 1ZIUA 3SEWA 3K00A 1FTKA 1MPCA 3H06B 4NF4A 1A40A 1ELJA 2PBWA 4R9FA 3OSRA 4HCYA 3CR9A 3M8UA 3MAMA 3H3GA 2W7YA 4H8JA 2I0CA 4KD5A 4TOZA 4OERA 4RPOA 5L8DA 4RA1A 4OETA 2G29A 2NVUB 1T0KA 4F1UA 2ZNUA 1NH8A 3PV0E 4LP2B 4H6DA 3HSTA 3I3VA 4ZEBA 4ZEIA 1MXZA 2RC9A 1A8FA 5DEXA 5AA4B 1N84A 2XXWA 4QFLA 4R6YA 4F3GA 1UQWA 1B58A 3DRJA 3UA8A 4MLQA 3EQ1A 4Q0CA 5L9MA 1USYE 1XT8A 5H8SA 4BDQA 2ABHA 1FQDA 2V84A 3JV9A 2VHAA 4KFQA 1D4NA 5K2YA 2ZNSA 1B51A 2A5SA 3VXBA 4WEDA 1DTZA 3K6XA 2F6PA 2I4BA 1SW4A 4DXCA 1B0HA 1XOCA 1TWYA 4L17A 4R73A 4MBPA 2DYXA 3D4CA 1PBPA 4IGTA 3MPKA 4JDFA 4R75A 3HO7A 3O6GA 3T93B 2F35A 4EQ7A 4RNSA 2WKYA 2XXRA 3O28A 1S7YA 4RK9A 2H25A 1D3KA 1P1QA 4YB5A 2DE3A 1GTKA 2B4MA 2Q8JA 5DVIA 5I58B 3H4ZA 3N26A 5AA2A 2I4CA 4P0IA 1QVSA 4EXKA 1LBCA 4PP0A 3QUJA 3VDFA 1N7XA 3HCQA 4RYAA 5LOMA 5H8FA 3FVKA 5H8NA 3CI8A 1B5IA 1HSLA 1BTJA 1JVYA 3QAXA 4YMBA 1F9BA 2UVJA 1Y4TA 4OTEA 3G3HA 4LZ8A 3IB1A 1PC3A 3MUQA 4R9GA 4I9DA 1B0LA 3F11A 2AL5A 3TTLA 3DRHA 2XXPA 3H7MA 2B3FA 3QK6A 2QPQA 3I6VA 4ECFA 3K01A 1IZ1A 4OHNA 1JEUA 5IAIA 4X1BA 2LAOA 1LBBA 5FTHA 3SERA 3BFUA 3MBPA 3PMVA 2AL4A 1FTMA 4LUBA 3H03A 3KFMA 3LC8A 1UTHA 1FCKA 1N04A 5I59A 2DWIA 1B3GA 4G8HA 2F5XA 5I57A 4YKJA 3G3JA 1JETA 4POXA 1AL3A 3FD3A 1SD3A 1RYOA 3TEPA 3G3GA 2XXQA 3K6VA 2I48A 4QSDA 3G3KA 1H45A 5KCJA 3T9HB 1EH3A 2F7BA 2Z22A 3N6UA 5FHMA 5CMCA 3KOTA 3ZKLA 2QJEA 1MY1A 4X9TA 1N0TA 1GR2A 3OXNA 3OMBA 2I3WA 3ECRA 5F7VA 1QUIA 4AQ4A 2PMSA 2HAUA 3QXMA 2OZZA 3V8XB 5TPAB 2FA7A 3FIRA 4P0GA 4NF5A 1QW0A 1S50A 1DTGA 3MZ1A 4U2RA 3Q28A 1EZPA 3IJOB 3K02A 3PPRA 4FJPA 4U22A 2XHDA 1H3DA 3ILTB 2RC8A 1CE2A 2ZYOA 4ZS9A 2ONKE 4ZEKA 1Y3PA 1B32A 1IEJA 3KG2A 1MH4A 1IXIA 2Y7IA 1DMBA 1FTLA 5EYFA 2OBGA 4U1ZA 3H6WA 2O1MA 4HS7A 3K2DA 2M8CA 3A09A 5HBCA 1FQBA 3K0VA 3VLUA 3W15C 1MXVA 4QSEA 1Y9UA 3T22A 2R71A 3U92A 1B7HA 1Q1KA 3TQWA 5DVJA 3CFZA 2DXYA 1LAFE 3FJGA 3TTMA 1A8EA 5CM6A 4FAJA 1N3WA 4KR5A 2Y7WA 3BBRA 3Q29A 4GXSB 5I2KA 2O68A 3QIMA 1IITA 4N13A 3GZGA 4GIZA 4IGRA 1YPNA 4U4XA 4F29A 3FXRA 4Z0IA 1XS5A 3H6VA 2QS1A 4FIMA 3IOUA 2REJA 3MQ9A 4YB7A 4BDNA 2Z8EA 1MPBA 3O9PA 2QMWA 2E1SA 1B7ZA 3GLBA 3DRFA 3RGYA 2CMOA 4DCYA 3U93A 1AH5A 1SW1A 3UK4A 5H8FB 1ANFA 2DVCA 1A7LA 4OFLA 2ANJA 2RCBA 2XXVA 4U23A 2RC7A 3RT8A 3C36A 4F18A 4XIGQ 3RTWB 1UIUA 3N5LA 1AMFA 1IXHA 3KN3A 5I56B 4C1TA 4YKIA 4KYDA 1Y4CA 2D3IA 3OD7A 2HXWA 2QRYA 1OQGA 4X1DA 1A99A 4YICA 3VVDA 2VD2A 2VOZA 1N76A 1HSJA 3HHFA 4C1UA 2HFBA 1M5DA 1JVXA 3RQTA 5ICQA 3MWBA 2O6AA 4IY6A 3I5OA 3FV2A 2DE4A 4EQ9A 5I84A 4FE8A 3DP6A 1US4A 2O1LA 4OEVA 4U21A 2XX8A 2DWJA 1UTBB 4OESA 4MFIA 4F22A 3AXFA 5I57B 4IO3A 4GVOA 1OQHA 2YLNA 2OLBA 1XC1A 2F6GA 1B46A 3PD8A 5CRYA 1SDXA 2Y7PA 4GXAA 2GFEA 2V3UA 1WVJA 2V93A 2NWJA 1I69A 3QUFA 1MPDA 3ODBA 1JNFA 3PUWE 3TKDA 1XVXA 1M5CA 4Q30B 4KHZE 1R9LA 3FVOA 4MF3A 4XTCQ 1MY4A 3JZJA 4LQ5A 1LSTA 2ONSA 4I62A 5CC2A 3C32A 3U72A 1LGBC 2Z8DA 4NF8B 4JSOA 2THIA 4NF6A 1ZLQA 2AYSA 1EZ9A 2YJPA 4NF5B 1H76A 4R6KA 4ZDMA 3H6UA 3OEKA 1EU8A 2PVUA 5AE4A 3TQLA 4YKKA 5TP9A 4YZZA 4FEDA 1TFDA 4RXLA 1GV8A 1II5A 3UIFA 3IB0A 2O84X 1R9QA 4PQJA 4F2QA 3CHGA 3OO7A 1DPPA 4UA8A 3SETA 1H43A 3R6UA 1ZMGA 3HHGA 2HCAA 2X7PA 4QHQA 5EHMA 4ELQA 3Q27A 1JQFA 4G68B 5TU0A 4KCCA 2DXRA 1DSNA 2V25A 3FV1A 3OO6A 3L6GA 3V5AA 1ZTYA 4Q5TA 3O2AA 3USDA 4HCWA 1FTJA 1D9VA 4OZ9A 4JXIA 3PUVE 3K6WA 3TCGA 4RPNA 4ISUA 4QRZA 3KGCA 3S4UA 4GLIA 4U4SA 4FATA 1FQFA 2UXAA 3FXUA 3IL1B 2QSXA 5FHNA 1B3LA 1JW4A 4QFNA 1LCTA 4O3BA 4OYVA 1N3XA 3JYRA 4ZZAA 4PE5B 3M3FA 2DE2A 3THIA 1QUJA 3TELA 5ITOA 1TXFA 4LATA 3DRIA 5KDTA 2DWAA 3MP6A 1IUDA 4E0WA 1EZOA 3IOVA 4OQOA 3ZSFA 3IORA 3A3UA 3EN3A 3FXQA 1BIYA 1B05A 4EQBA 2XX9A 1B3FA 1OIBA 4I8CA 2F7AA 1ZBMA 1SVXB 3O6PA 2OJTA 3ONMA 5H8HB 1MH3A 4DLDA 3L6HA 1VR5A 2PX1A 2UVHA 4ZE9A 1NNKA 1QJMA 4XKPA 3KN7A 3TCFA 4N07A 4DDDA 3TPAA 4QFOA 5I2NB 1MQIA 3PUZE 5BUUA 3B6QA 3VV5A 1OVBA 3G3FA 1OLAA 4N6PA 5JTYB 2DSFA 1OLCA 1Z7ME 3S2VA 4I1DA 3T9VA 4F3BA 4LVQA 3PPOA 3FATA 1P1UA 3MVZA 3T9XB 4FORA 4IO4A 5M2VA 3SDFA 3OOAA 5CMKA 4PFTA 1LLSA 5B7DA 2F7CA 2UYFA 4MLVA 3T66A 4EF1A 1IQ7A 2HAVA 1USYH 3VXCA 4DXUA 1SYIA 3K1MA 4KPTA 2IEEA 2OCUA 1ZU0A 3OSQA 1MXUA 4EXLA 3SEUA 3RYAA 1BKAA 3MZ9A 1LCFA 1B4ZA 3MP1A 4GL0A 2Q89A 4GF8A 4XKQA 4ONYA 2XD2A 1CB6A 2X26A 4NF4B 3RLFE 4R74A 2NOOA 4ELPA 1LAXA 2WOLA 3P7IA 2R9JA 3O6HA 3W9WA 3TMGA 4LZ7A 5B70A 4NF6B 2I0BA 4JBZA 5CMMA 1SQYA 2H5YA 3LSXA 2OWSA 3CSGA 3QYTA 4DE8A 3FASA 3DM0A 3PD9A 5DEXB 4DCXA 4JB7A 2E0SA 2BJJX 2Q88A 4XKRA 1OMPA 4IO7A 5JEIA 2RINA 1NKXA 4H5GA 2H98A 2D5WA 2Q2CA 2F34A 1WDNA 3H6TA 4KI0E 1Y3NA 4DIGA 2ZXTA 5CMBA 3TYHA 3LUYA 1DOTA 1YAEA 1NH7A 2F8DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NTLA 1NUXA 4PFIA 4PFYA 4OEUA 3RT6B 2DDKA 1TT1A 2FYIA 3EHUA 5I58A 4QFPA 3HN0A 2GHAA 3IO6A 3WAFA 3R7XA 3W9VA 1YXIA 1O7TA 1SI0A 3LSLA 5AA2B 1GGGA 1MS7A 1MQDA 1B40A 2P2AA 1BLFA 3LVUA 1NNTA 5J16A 2VGQA 4YB6A 1B52A 1RYXA 4QFKA 1SI1A 2GQ1A 2XXYA 4MH5A 4JWYA 3DP4A 3PMWA 1DK4A 5H8NB 5BWJA 4R2FA 1I6AA 4G61A 3LSFB 1FQAA 2XD3A 3SKPA 4G77A 2QS2A 5J1DA 3IO4A 3FVGA 5ESYA 3TAJA 1JEVA 1B2HA 1FQCA 3RYDA 4IY5A 4NG7A 2I58A 4GWZA 5EQ7A 1LEVA 1IIWA 2REGA 3SEVA 1LFGA 5CBSA 1AIVA 2HPGA 1D9YA 4IO2A 4KQPA 2ZYMA 2ZYNA 3OELA 3DP8A 2G93A 4PFUA 1VE4A 4F31B 3TTRA 4EF2A 3KBRA 3KC0A 2OWZA 5FHOA 3G7WA 3PPNA 4MCOA 3Q25A 3S9EA 4P1LA 3IB2A 1UTHB 3FJMA 4I3YA 5I59B 3UGWA 3DRGA 4O94A 2PT1A 3PU5A 3MW0A 2P3VA 3KSJA 2CZIA 4F2OA 3BIHA 1AOVA 3ILUB 2KQZA 3C35A 3KEIA 2WBBA 3PPPA 4N91A 3MC2A 3EHTA 3PUYE 3BIGA 4OVTA 2HQ0A 2XXTA 1IXGA 5KCJB 3TFLA 3U94A 2CZLA 4F3PA 2XXHA 2HXRA 2F3DA 5DT6A 3OEMA 1B7UA 3KN8A 3KJTA 2B3BA 4JWOA 4N81A 2XXXA 1QUKA 1EYJA 3CFLA 3FJ7A 4YKPA 3N6TA 1H44A 4GX3A 1NUZA 4GOTA 5CBRA 2A5TA 2XX7A 3TTNA 3GBBA 2O7UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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