4OETA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni, unliganded form
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
KIPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Campylobacter jejuni
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
total genus 162
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oetA02
2NWJA 1IEJA 3DRJA 3M3FA 2DXYA 3PUWE 3GZGA 3PPPA 3TTKA 1PBPA 1B6HA 3TDJA 5LOMA 3OO8A 3B7DA 5CI5A 1MQGA 2I0BA 4HCYA 5ITOA 2ONSA 3Q25A 4NF4B 4I62A 1GVCA 3SESA 4F3GA 2Q8JA 4C1UA 1NMUA 2FA7A 3DRGA 3IK6B 2HFBA 2WOKA 1OQGA 2F6GA 3UIFA 2B4MA 1P1WA 3I3VA 1B9JA 3FV2A 3T9XB 1IZ1A 1NNTA 2Y7PA 4PFTA 1JQFA 3G3FA 2F97A 4ZDMA 3R6UA 1MG1A 1NNKA 5AA1A 1B1XA 5JEIA 5I57B 4G68B 5A5XB 4ONYA 1Y1MA 3T93B 1AMFA 3O6HA 3H03A 4IO2A 2Q2AA 4GIZA 1BKAA 1WODA 2X26A 3OO9A 4JSOA 4TLLB 1EZOA 2DXRA 4KI0E 3QUJA 1MQIA 2OK2A 3W9WA 4H0WA 4K3FA 3SEVA 1S50A 3TQLA 1P1UA 5H8HB 3KBRA 2R6GE 4H6DA 3RLFE 4ESWA 1NL5A 1MH3A 2LAOA 4Z7EA 4F3BA 3C34A 3H06B 4DCYA 1EZ9A 2F36A 1SDXA 4Z0IA 5CBSA 2H98A 4H67A 3JZJA 5BUUA 3SETA 2ZMBA 3QK6A 3CG1A 3IOWA 2V3TA 3A3UA 1NH7A 1B1HA 2UVHA 4YKJA 1OMPA 3EQ1A 1MRPA 1OIBA 4NF5B 1POY1 1USYE 3TTMA 3CR9A 1A8EA 5AA2D 4BDNA 3S9NC 3ZKLA 1MDQA 4X9TA 4QFPA 4R2FA 2F8DA 1I6QA 3OELA 3HSTA 3PMVA 3QUFA 4IO3A 1FQBA 4GD5A 2F7AA 2DVCA 4QFKA 3FVOA 4IB2A 3CRBA 4NWDA 2THIA 4EF1A 1TWYA 1QKAA 1FTKA 3WAFA 4KHZE 4EQ9A 4ZS9A 1USYH 1A40A 1T0KA 4KD5A 3TKDA 1IXIA 1FTLA 4U4XA 5AA2B 1SBPA 5I56B 2YJPA 3UGWA 4NWCA 3OEMA 1MXUA 2V3QA 4N13A 2B65A 4N6PA 3IB2A 1ZTYA 2GFEA 3IR1A 2O84X 4XTCQ 3KFMA 2HCAA 4NMYA 4KR5A 4GWOA 4NTLA 1LAHE 1JETA 4O3AA 1FQDA 3OSQA 3W9VA 5H8FA 3OD7A 4YKKA 4ELQA 2B3BA 3TUSA 1MY3A 4G68C 3HPIA 2G93A 1PBQA 3TYHA 1MPBA 3K4UA 4ZZAA 1S9TA 2CMOA 4DXBA 3RNNA 3P7IA 1DSNA 2REGA 4GRKA 1RYXA 1N3XA 2Z22A 4YMBA 3TQWA 1M5FA 4WKMA 2QSXA 4U22A 2V3UA 2VP1A 3E4RA 2GRVA 4Q5TA 3FZVA 5B7DA 5DEXB 3G3KA 2IA4A 4IO4A 4E0XA 2XXRA 2XX8A 2O6AA 2RCBA 2RC7A 3TELA 2RF1A 2UXAA 4OHNA 3TCGA 4JDFA 3V5AA 4ZEBA 2IEEA 3OOAA 1MPDA 4R75A 3M8UA 1EH3A 4F18A 4ZE8A 2F35A 2I58A 1UQWA 3R26A 2UYFA 3MP6A 1ELJA 4PFWA 1MXWA 4FAJA 4GOTA 2DE2A 2GHBA 1YCJA 3L6GA 4POWA 2XXHA 5AA4B 3CIJA 2RC9A 3QSLA 3FGSA 2FYIA 3OO7A 2A5SA 1XVXA 3N5LA 4P0IA 3PUYE 3MVYA 1P1OA 1FQFA 3HHGA 4RPNA 1WDNA 1LCFA 3UK4A 4RPOA 3IJXB 4KYDA 1B7UA 3EHSA 2V84A 5IKBA 3FV1A 1S7YA 4U1ZA 5KDTA 4NEDA 3TAJA 3C33A 3MVWA 2VGQA 4RYAA 4GXAA 3USDA 4F1YA 4NF4A 3G3HA 5FTIA 2R9JA 3VXCA 1ZIUA 2Q89A 3PUXE 4QSEA 4FORA 5H8NA 3ILTB 5H8FB 3OO6A 5L9MA 5JTYB 1QKBA 2E0SA 4N07A 1O7TA 2HAVA 3O66A 1IXCA 4UACA 3TODA 1B0HA 3RUMA 5F1QA 5I57A 1LCTA 4G68A 1DTZA 2DWHA 3SEYA 5FHMA 3Q29A 3FJMA 3HN0A 1NNPA 4XKNA 4RK9A 1OLAA 3MC2A 4GL0A 3LSFB 3LSXA 1SW5A 4HCWA 3IJOB 5H8SA 4LQ5A 1H43A 4MBPA 2UYEA 1ZMGA 3UP9A 4YZZA 1F9BA 1B2HA 1A55A 1P1QA 4R6KA 1FCKA 2GH9A 4TLMB 3IAZA 5L9OA 3FXRA 3IO4A 5F7VA 3KJTA 4G77A 4I8CA 4IY6A 5FTHA 3SEXA 3K6XA 4JXIA 3FATA 3TPAA 3DP8A 4F1UA 3GBAA 2NVUB 5H8QB 3EF7A 4NF5A 3T9HB 2QS3A 2H25A 4F29A 1B3GA 2V93A 4XKPA 1MXZA 4DZ1A 2A5TA 5IAIA 2QMXA 4OEUA 3PAMA 3DRIA 1Y3QA 1DTGA 1P99A 1D4NA 1MXYA 3MWBA 2XX9A 4QFNA 2X7PA 3RY3A 2DOJA 3N6UA 4I1DA 5EHMA 4O3BA 3Q26A 4O3CA 4KCCA 1MY2A 1R9QA 1US5A 1LFGA 5KDTB 3RYBA 3VDFA 3IX1A 4GXSB 3DELB 5DVFA 2O51A 1ZKBA 3JV9A 4EQBA 4IGTA 1LBCA 2BJJX 5FHNA 2O68A 3K0VA 3VLVA 3MZ1A 5AA2A 5I56A 3LSLA 5H8NB 1LFIA 2E1SA 4JSDA 5CMBA 2D3IA 3TTRA 4R6YA 3MZ9A 4GFRA 1VFEA 4F39A 4G8HA 3K1NA 2ZXTA 4LONB 3LSWA 4R9GA 3I6VA 4LVQA 3K1MA 2OBGA 3D4GA 2XXIA 3KG2A 2G29A 3VVEA 4FE8A 3DRHA 1N7XA 2ZNUA 4L17A 3SKPA 3K6VA 2I4CA 1N3WA 2UVGA 2HZLA 1JEVA 2P1SA 4FECA 4RA1A 1YTVA 3V89B 2F5XA 1JW5A 3T22A 5AE4A 3FXUA 4U4SA 1MS7A 4OMBA 5DEXA 4PP0A 4H65A 1FW0A 4U23A 4EXKA 5CMKA 3I5OA 1MH4A 1QVSA 4R9FA 2RINA 4OENA 3MZBA 5CMMA 4RJZA 2A5TB 4HS7A 4PFUA 4NF6A 1VE4A 1M5DA 3H7MA 3FVKA 1B3HA 4C1TA 3KGCA 3VV5A 3PMXA 4EDPA 1ANFA 4KFQA 4OTEA 4RY1A 5AA4A 4GL8A 1LBBA 3DRKA 5TP9A 3PGFA 3M3LA 3RTFB 1PDAA 3N94A 3KN7A 3FTOA 2Y7WA 4KCDA 1N76A 4MH5A 3FXQA 3TCFA 4Q0CA 3JYRA 1I6AA 1GGGA 1R9LA 1R1NA 2DP8A 4MF3A 3G3JA 2ZNTA 1VR5A 3S9MC 1PB8A 1UTBB 4M4GA 1LAGE 1A8FA 1GR2A 3UN6A 2XXPA 4YB6A 1MQHA 5CBRA 4FEBA 1Y20A 5I84A 3A09A 2ABHA 3SERA 4GVOA 4R72A 1LB8A 3IOVA 1A99A 4ZEFA 1XT8A 1ZBMA 3DRFA 2UVIA 3K6UA 4GQOA 2ZYNA 2V25A 2X7QA 3HHFA 2F7CA 5JTYA 2RC8A 2QS4A 4YKIA 3VE1B 1B58A 3EPEA 1QUJA 5KZTA 3DP4A 4GF8A 3FD3A 1H3DA 1MM6A 4UA8A 4ESXA 3G7WA 4F1VA 1QULA 1ZJLA 2XXQA 1QUKA 1I6BA 2Y7RA 3C32A 4OQOA 3QAXA 3H6WA 3HO7A 2XD3A 5TPAA 3VVDA 1GV8A 3CHGA 3VVFA 3QXMA 4ELOA 1NH8A 1HSLA 3VLUA 3O29A 5ITPA 1SQYA 4Q30B 1B46A 4NF6B 4XXUA 2FNCA 3E3KA 3LC8A 4I9DA 4F2OA 1B5HA 2XD2A 3PD8A 1Q1KA 1SW4A 4JB7A 1AL3A 3K1PA 1NFTA 1LAFE 2XXTA 5H8QA 1Y1ZA 5ICTA 3IL1B 2VD3A 4PE5B 3KOTA 3LBSA 1DOTA 4KYSA 5TP9B 1FQAA 3PPQA 4ISUA 4E0WA 5I58A 3CI8A 3VXBA 2O1MA 1H44A 4OEVA 4WXJA 4WEPA 1VFDA 2O69A 2F6PA 3IB1A 2Q2CA 3MQ9A 3PMWA 3R7XA 1JW1A 2ZNSA 1URSA 1TFAA 1Y3PA 1ATGA 5BWJA 4OERA 1SD3A 2O7UA 4X48A 4G2ZA 1Y4TA 4F2QA 4EF2A 3Q28A 1B3EA 4EUOA 5HPQA 2Q9TA 2QL3A 1UTHA 5B70A 2DWJA 4NF8A 4HW8A 1Y4CA 2DQVA 4MFIA 4G8NA 4F3PA 1VSOA 3PPNA 1B32A 3CFZA 4GLIA 2R71A 1BP5A 1SYIA 5M2VA 2XHDA 5ISUA 2DSFA 1US4A 1EU8A 2ANJA 3H6UA 4YU0A 5CM6A 4LATA 1BIYA 4YAHX 1QJMA 4P0GA 3PPOA 3C35A 1MDP1 2HXWA 3ILUB 4BDOA 5J1DA 5TPAB 1POTA 3TTNA 1DPPA 3VFJA 2HAUA 2NOOA 4ZECA 1JEUA 2Z8EA 2PBWA 3OSRA 4H5FA 3N6TA 3SDFA 3O97A 5L8DA 1SI0A 5L9SA 3FIRA 1Z7NE 4U21A 4OFOA 4IO6A 2F34A 3LVUA 3SEUA 1ZU0A 1A7LA 2Y7KA 5DVIA 3H6VA 5ELVA 1OQHA 3FASA 3Q27A 4EXLA 2PYYA 3PUZE 5I58B 2PMSA 1II5A 1IXHA 4RK2A 2GHAA 5CRYA 3U94A 1TT1A 3KN3A 1NNFA 2ONRA 2DWAA 4QFOA 3OMBA 1LB9A 3RYAA 3EHTA 5K2XA 4LZ8A 2AIXA 1OVBA 5DT6A 1PEBA 3IORA 2NXOA 1AH5A 5TU0A 3GBBA 3S4UA 2DE3A 4PETA 1N0TA 1L5TA 3AXFA 2H4IA 4R6HA 4LP2B 4PQJA 4QHQA 3IO6A 4BDMA 3MPKA 3PUVE 4H8IA 5JK4A 2I4BA 1CB6A 3GLBA 4KPTA 1UTHB 4NF8B 1XS5A 3TTLA 4OZ9A 4C0RA 3FJGA 1PB9A 2AL5A 1O63A 3C9HA 4DLDA 3OXNA 3OEKA 2VOZA 4F3SA 3E13X 1B4HA 1UTBA 5I2NB 2H99A 3DP6A 3KSXA 2DWIA 2Z23A 1RKMA 3O6IA 2HZKA 5KCJB 1B52A 1PC3A 1XHYA 2ZYKA 3RGYA 1WVJA 4M1VA 4OXVA 4RNSA 3MW0A 2QS1A 3FVGA 4H8JA 1LLSA 3EHUA 3A3CA 4JWYA 2VHAA 3B6TA 4KQPA 5I2KA 5EYFA 1I69A 3LR1A 1M5BA 4BLAA 1M5EA 4X1DA 5HBCA 2H5YA 3EN3A 3TMGA 5DTBA 1IITA 2ESNA 3B6WA 3MJNA 1FQCA 2P0SA 2HEUA 4JBZA 2O1LA 1Q35A 1MPCA 3O28A 3K6WA 3IOUA 3FJ7A 4FIMA 3TFLA 1MY1A 1NKXA 4LA9A 4G8MA 3MAMA 1XC1A 4OFJA 3H4ZA 3O2AA 4YICA 1B3FA 3O6PA 4ECFA 1RYOA 1BLFA 3BKIB 5I59B 2XX7A 1R6ZA 3W15C 1MXVA 4ZZEA 1TXFA 4KYEA 3C36A 4FATA 2ONKE 1B5IA 4LZ7A 1N7WA 2DE4A 1YPNA 4MLQA 2I49A 4OFLA 4NE4A 1BTJA 2M8CA 2P2AA 4DCXA 1B4ZA 4YMAA 4YKPA 2WOLA 3WAEA 1YAEA 3G3GA 4DXUA 2I3VA 4U1OA 4OVJA 1LGBC 4BDRA 3ECRA 2REJA 3U1OA 1FTOA 1MQDA 4XIGQ 1B51A 4FEDA 3KSJA 2OZZA 1N84A 3S9LC 4XKQA 3O9PA 2KLFA 4OESA 3SEWA 4QF9A 2I0CA 4ZEIA 3U72A 3U8QA 3BBRA 5FHOA 2ZYOA 3PPRA 2Z8DA 4ZEKA 3T9VA 3CG3A 3B6QA 3QIMA 3V83A 4H5GA 4LQ2A 3MVXA 1B5JA 1MY4A 5I2KB 1DPEA 3CFLA 2H9BA 3TEPA 1OVTA 1LFHA 1JVXA 3D4CA 2QJEA 4THIA 3G3IA 3HCQA 2VD2A 4DDDA 3ODBA 1B7ZA 1Y3NA 2XXVA 2B3FA 1O64A 1AOVA 1SW2A 2QRYA 1HSEA 3IOTA 3T66A 3KOSA 4LZ5A 1EZPA 2AL4A 2OCUA 3MUQA 4PFYA 3K00A 3TZAA 4IO5A 2UVJA 1URGA 4R73A 1JNFA 3C31A 1B3LA 3RTWB 3UORA 3HV1A 2Z8FA 1B05A 1B7HA 4F22A 1H45A 2ALUA 3MVZA 1MY0A 1FTMA 2XXYA 4OYVA 4QSDA 4IO7A 5DVJA 2XXUA 3TCHA 1HSJA 2PX1A 3MBPA 1MXXA 1N04A 2PT2A 4QFLA 3DLNA 2AYSA 3VLWA 2DVZA 1IIWA 1IUDA 1UIVA 3F11A 1ZLQA 4DXCA 2D21A 2ZYMA 1PB7A 1D9VA 3N26A 3BFUA 4AB6A 4IY5A 3RT8A 4YB7A 1XVYA 4LUBA 2Q88A 4OWDA 3T9UA 5HM4B 3U92A 3C4MA 3ZS6A 1QW0A 1QUIA 2O7IA 4JWXA 3CFXA 3M3KA 3RPWA 4AQ4A 4RXLA 1B40A 2YPNA 2DS9A 1JW4A 2F7BA 4XKRA 5AA3A 3S2VA 1CE2A 4Q8RA 4OETA 2QPQA 3PD9A 2I48A 1XOCA 4QSCA 4ZEDA 4H1XA 2QS2A 3GXAA 2I3WA 3ZSFA 1Y9UA 1LAXA 1TFDA 3V8XB 4BDLA 4R2BA 2F78A 1FTJA 3BFTA 2OJTA 3LUYA 1SVXB 3RN8A 4ELRA 4WEDA 3DM0A 3KJ7A 1DMBA 4BDQA 4U2RA 5I2NA 1Z7ME 2CZLA 3O6GA 3MP8A 1A54A 5DYHA 1B0LA 5K2YA 5KCJA 1OLCA 2W7YA 3KZGA 3CVGA 4QRZA 1D3KA 1SI1A 1J1NA 2WOPA 2QMWA 4ND9A 1SYHA 1IXGA 3H3GA 1FQEA 3UA8A 2PT1A 4EQ7A 2XXWA 4YB5A 3IB0A 3THIA 4HTGA 5A5XA 1IQ7A 3K2DA 2I6EA 4IGRA 1MM7A 4ELPA 2NUVA 5CC2A 1KWHA 3PV0E 1M5CA 2DYXA 4P11A 4DE8A 3RQTA 4F19A 3CSGA 3MP1A 4MLVA 3KEIA 5CMCA 2B4LA 5H8HA 1URDA 3ZKKA 2PVUA 3T96B 2D5WA 4TQUQ 2OLBA 3QYTA 2RKMA 3KN8A 4AB5A 2OWTA 5EHSA 4G4PA 1LSTA 1SW1A 5ICQA 2Y7IA 3RT6B 3U93A 1MQJA 3FUZA 1UIUA 3ONMA 4R74A 3FVNA 5I59A 4ZE9A 4F31B 3H6TA 2XXXA 3K02A 3K01A 2OWSA 3CSBA 1P1NA 3L6HA 4POXA 2YLNA 4FJPA 1GTKA 4JWOA 2Y84A 2WKYA 3PU5A 4X1BA 3S9EA 1AIVA 1JVYA 4DIGA 2RCAA 4TOZA 1H76A 3E9XA 2HQ0A 1D9YA 3MPLA 3OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWSA 4QXDA 2NWJA 1IEJA 3DRJA 3M3FA 2DXYA 3PUWE 3GZGA 1D9QA 5IM2A 3PPPA 3TTKA 1PBPA 1B6HA 3TDJA 5LOMA 3OO8A 3B7DA 5CI5A 1MQGA 2I0BA 4HCYA 5ITOA 2ONSA 3Q25A 4NF4B 4I62A 1GVCA 3SESA 4F3GA 2Q8JA 4C1UA 1NMUA 2FA7A 3DRGA 2XWIA 3IK6B 4MNPA 2HFBA 4PGNA 2WOKA 1OQGA 2F6GA 3UIFA 2B4MA 4GBVA 1P1WA 4N8YA 3I3VA 1B9JA 1FPKA 1FBDA 3FV2A 1IZ1A 1NNTA 3T9XB 5LTCA 2Y7PA 4PFTA 1JQFA 4HXVA 3G3FA 2F97A 4ZDMA 3RYDA 3R6UA 1MG1A 4OA4A 1NNKA 5AA1A 1B1XA 5JEIA 5I57B 4G68B 5A5XB 4ONYA 1Y1MA 3T93B 1AMFA 3O6HA 3H03A 4IO2A 2Q2AA 4GIZA 1BKAA 1WODA 2X26A 4AS4A 3OO9A 4JSOA 4TLLB 1EZOA 2DXRA 4KI0E 1FPGA 3QUJA 1MQIA 2OK2A 3W9WA 4H0WA 4K3FA 3SEVA 1S50A 3TQLA 1P1UA 5H8HB 3KBRA 2R6GE 4H6DA 3RLFE 4ESWA 1NL5A 1MH3A 2ZZVA 2LAOA 4DI3D 1FPBA 4Z7EA 4XF5A 4F3BA 3C34A 4PGPA 3H06B 4DCYA 1EZ9A 2F36A 1SDXA 4Z0IA 5CBSA 2H98A 4H67A 2WYKA 3JZJA 5BUUA 4MNIA 3SETA 2ZMBA 3QK6A 3CG1A 3IOWA 2V3TA 3A3UA 1FBPA 1NH7A 1B1HA 2UVHA 2L5VA 4YKJA 1OMPA 3EQ1A 1MRPA 1OIBA 4NF5B 4I40A 4PBHA 5I3SA 4I3EA 1POY1 1USYE 3TTMA 3CR9A 1A8EA 5AA2D 4BDNA 3S9NC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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