4OEUA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(l-his)
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
493
structure length
493
Chain Sequence
b'IPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
source organism Campylobacter jejuni
molecule tags Transport protein
total genus 160
structure length 493
sequence length 493
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oeuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oeuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oeuA02
3FGSA 5DEXB 4IY6A 1B6HA 4Q5TA 3TDJA 4F22A 3K6XA 3QXMA 2I3VA 3FXQA 3CG3A 4H65A 4HTGA 3PD9A 2VP1A 4E0XA 2F97A 3OO8A 4GD5A 1S7YA 5AE4A 3C34A 2RINA 4GVOA 5AA4B 2O1MA 2Y7KA 4U1ZA 2QS3A 3H7MA 3LBSA 5L9SA 3CVGA 5TPAA 2WOLA 1EZ9A 5I56A 3Q26A 4F3GA 1A7LA 2NUVA 2RC9A 2B3FA 4NE4A 1B51A 3TQWA 4OESA 4YMBA 2OK2A 2P2AA 1II5A 2VOZA 5B7DA 4JWOA 3N26A 3JV9A 1KWHA 2REJA 1DTGA 1B3FA 2GFEA 1LFHA 3SKPA 4NWDA 2HAUA 3D4GA 3G3GA 4RXLA 5I2KA 4JDFA 3TTNA 3KG2A 5K2YA 5EHMA 1VFEA 4X9TA 1MH3A 3VXCA 2Q9TA 2I48A 1JEUA 4NWCA 5DVFA 1US4A 2WOPA 2QPQA 4KPTA 2VD3A 2IEEA 4JWYA 5ELVA 5L9OA 4ZS9A 3DRHA 1CE2A 3M3LA 3MVWA 5AA4A 2QRYA 4BDMA 5CBSA 4NTLA 1BTJA 5F7VA 1XS5A 1POY1 1LAGE 4QFLA 2ONRA 4F2QA 3VLUA 2F7BA 3UN6A 1WVJA 1MY3A 3OSQA 3MW0A 3VV5A 2RKMA 4M1VA 5JK4A 4WXJA 1ZU0A 1PBQA 4LQ2A 3TYHA 3PUZE 4ELOA 1QUKA 4XXUA 3TFLA 2PYYA 3GLBA 1YTVA 1JVYA 3H4ZA 3OD7A 1B5IA 3C32A 3FVNA 1I6BA 1OLAA 2XXHA 2YPNA 1LAXA 4U21A 4JWXA 1FQAA 4ECFA 5DVIA 4OTEA 4BDQA 3K6UA 2XHDA 4Q8RA 1DMBA 4ZEIA 1IEJA 3ILTB 3E3KA 2X7PA 2OCUA 2UVJA 3O6GA 3HV1A 1HSEA 1UTHA 4G4PA 3DP8A 4OENA 4PFWA 3S2VA 3TPAA 1IXCA 3R6UA 4YKIA 1S50A 1IUDA 4LZ8A 4RK9A 4F3PA 3W9VA 3KOTA 1OQHA 2I6EA 3IB2A 1B32A 3U8QA 4HW8A 3EN3A 1IXGA 1N0TA 2H25A 1GTKA 4FATA 4OFOA 2Z8EA 1URGA 5H8NB 1B3LA 2OLBA 2D5WA 2DXRA 3SEWA 2O6AA 3IL1B 1SQYA 1VE4A 3TEPA 1ANFA 4TLLB 5EYFA 2HAVA 3I6VA 1USYH 4UACA 4KD5A 3P7IA 2FNCA 4KYDA 3S9EA 1XT8A 3EQ1A 3LSLA 3VDFA 3SETA 1QKBA 4ZEKA 1FQFA 4ZEDA 2V84A 3FJGA 5L8DA 1SW4A 2X26A 4IY5A 1TT1A 3K01A 4JSDA 2FYIA 3GBAA 5KCJB 3FVOA 3C33A 1A55A 3MJNA 2HCAA 3FATA 5ICQA 4QSEA 2OJTA 2ONSA 1DPPA 3RGYA 3K1NA 3M3FA 4DLDA 1QJMA 3RTWB 2THIA 3CSBA 1UTBB 3LR1A 3R7XA 5TP9B 1MH4A 2XXQA 3JZJA 1DSNA 5KZTA 1N3WA 3PPOA 1O64A 5FTHA 2HZLA 5AA2D 3SESA 2ESNA 3SEYA 4NF6B 1B58A 1OMPA 1EZOA 2DVZA 4RJZA 4XKRA 4NF5A 4U23A 4NF4B 3SDFA 3W15C 4YKJA 2O1LA 3BFUA 2Z8DA 5HM4B 4DXBA 3C9HA 3TMGA 4HS7A 1B52A 4ZECA 1B2HA 3N5LA 5CRYA 2VD2A 3WAEA 2R9JA 5I57B 1NNPA 1MY2A 4ZDMA 3MUQA 1EH3A 3QSLA 4RYAA 5KCJA 1CB6A 4G8NA 1MXVA 1YAEA 3U94A 5I58A 4ISUA 4R6KA 1B9JA 2I3WA 3PGFA 3KJTA 1H43A 3PV0E 1LBCA 3T9VA 1N84A 3PUYE 1OVBA 3T93B 3K0VA 1MY4A 2KLFA 4NF8B 4F3BA 1WDNA 4GIZA 4WEDA 2ANJA 1NH8A 3IOUA 1I69A 1IQ7A 3O6PA 1N7XA 4MLVA 1MPDA 4EQBA 2FA7A 3TCFA 2R71A 4NF4A 3CFZA 3QUJA 4GQOA 2O7UA 4KCDA 5A5XA 2YJPA 2B3BA 2F6GA 1MS7A 4RNSA 4LVQA 2XXVA 4QHQA 2B4MA 1B05A 2OWSA 4GL0A 1Y1MA 3N6TA 1MDP1 4TLMB 4PFYA 2O51A 1P1QA 3O6IA 2QSXA 1Y3NA 5I56B 1FQCA 1M5BA 3QAXA 4OZ9A 3S9NC 5DTBA 3PUVE 3TCHA 3RT8A 4QFNA 2RC7A 2XXRA 4FIMA 3RTFB 3FD3A 3V5AA 3KSXA 3ZS6A 2ZMBA 1Q1KA 3SERA 1UIVA 4BLAA 2PX1A 5IAIA 2XXUA 4BDLA 1BLFA 2DXYA 2O69A 3D4CA 2I0BA 3O66A 4Q0CA 4ZE8A 3PPRA 1SDXA 2GH9A 4EXKA 2H4IA 5I2KB 1BP5A 1MXUA 4DIGA 5IKBA 1XVYA 3TTMA 4F1YA 2Q89A 1OLCA 2A5SA 5H8QB 3PPQA 1SW1A 2IA4A 1IXIA 1SI0A 1O7TA 4H5GA 4OXVA 3LSWA 2XX8A 5CM6A 4R9GA 5CMBA 2ABHA 1TFAA 4LQ5A 1A40A 4KCCA 4R75A 1SBPA 5I2NB 1D3KA 4G8MA 5B70A 2HFBA 3USDA 1OIBA 3G7WA 2Y7WA 3S4UA 4TQUQ 2GRVA 3F11A 1PDAA 2AYSA 4I62A 3DRFA 3TTKA 3K2DA 3OO6A 4DZ1A 5BUUA 2Y84A 4U4XA 4KYEA 3PMXA 1ZKBA 1HSJA 3H6TA 1AMFA 3G3JA 1HSLA 1A99A 4O3AA 2DE2A 1R1NA 3EHTA 4FJPA 1PC3A 3VFJA 4IO7A 1P1OA 4IO6A 2G93A 2CZLA 4I1DA 1LGBC 3HO7A 4GXSB 2ZYMA 4K3FA 5CI5A 4YB6A 3ILUB 2F5XA 4U2RA 1RYOA 5H8QA 4ESXA 4LATA 2OWTA 2RF1A 2QMXA 3TKDA 1JW4A 4OWDA 3E9XA 3RLFE 2OZZA 3KSJA 4DCXA 1OVTA 3B7DA 2ZYOA 5I2NA 1TWYA 3MP1A 1RYXA 1GV8A 2Z23A 2XXIA 3A3CA 1UTHB 1A8EA 2O84X 3VVEA 4GF8A 1MG1A 3T9HB 4BDNA 4LA9A 2NOOA 1BKAA 3B6QA 3TTRA 3VXBA 5AA3A 1B7ZA 2DWIA 1B0HA 1FW0A 4IO3A 3MVYA 1URSA 2PT1A 1JQFA 4WEPA 3OOAA 5KDTA 4U1OA 2DQVA 4IO4A 3H3GA 3Q27A 4DCYA 3OSRA 4HCWA 1ZJLA 2QMWA 4RY1A 3G3HA 3W9WA 4C1UA 3CG1A 4QFKA 2VGQA 1YPNA 1FQBA 1BIYA 4ZZEA 2UXAA 2WKYA 4TOZA 3T66A 1L5TA 2ONKE 3QK6A 4RK2A 5DYHA 2QJEA 1LSTA 2A5TB 3QYTA 1D9YA 3UK4A 4WKMA 3VLVA 3FIRA 3MP8A 1VR5A 1NNFA 4GFRA 1QUIA 3GBBA 2I58A 4FORA 4ONYA 1ZIUA 1JEVA 1H45A 1MM6A 3CI8A 4ELQA 4YMAA 3KZGA 3UIFA 1AOVA 3DM0A 1Y20A 3KN3A 3VVFA 2ZYKA 3KFMA 3I3VA 3FUZA 4H0WA 3TUSA 1ZTYA 5TU0A 1JETA 3ZKLA 4OFJA 5ICTA 2HQ0A 4GWOA 3H03A 5CBRA 1FTKA 4R73A 4NF5B 3T22A 1D9VA 2CMOA 3FXUA 3TZAA 4YB5A 3MWBA 3LSFB 4KFQA 2UVHA 1DTZA 4QFPA 1LB8A 2DVCA 1GR2A 1QW0A 5CC2A 4MF3A 3KN8A 1NFTA 1SVXB 3Q28A 3IOWA 2F78A 3MP6A 1PEBA 1Y3QA 2V93A 2ZXTA 1NKXA 2I4BA 2A5TA 1XVXA 4RPNA 3L6HA 1MY1A 4THIA 4GL8A 2G29A 1J1NA 3Q29A 1SD3A 1T0KA 3DLNA 5I58B 3N6UA 2F8DA 1Y9UA 1LFIA 4ZZAA 5DT6A 1LAHE 5HPQA 4PQJA 1MQJA 2YLNA 4N6PA 4F19A 2AIXA 1TFDA 3H6UA 4H8IA 3MPKA 1LB9A 2Y7IA 4BDRA 4IO2A 1VFDA 3MAMA 3ONMA 2Y7RA 1MQIA 5A5XB 2RC8A 2GHBA 4FAJA 2DWJA 3U92A 4F1UA 2QS1A 2ZNSA 2ZNTA 3FXRA 1MM7A 5M2VA 4DDDA 3O2AA 3VE1B 1SYIA 1B3GA 2RCAA 3TTLA 4YKPA 2LAOA 2QL3A 1DOTA 4JB7A 1B4HA 4EF1A 3KN7A 1ZBMA 3THIA 3FV1A 5JTYB 4X1BA 3IOTA 3K6VA 3ODBA 4OYVA 4P11A 1MQHA 4HCYA 1B5HA 1N04A 3GXAA 2H98A 1JW1A 4H1XA 4ZEFA 3O28A 1B40A 3CFXA 4H67A 3BFTA 4U22A 2B4LA 4H6DA 5ITOA 3MZ1A 1N76A 3B6TA 4ESWA 4OHNA 3RY3A 3IB1A 1N3XA 2AL5A 4JXIA 4R6YA 3T9UA 4RA1A 3DRKA 1PB9A 1M5DA 1MXZA 4R2BA 4L17A 2Q88A 1IIWA 2ZNUA 3Q25A 4KYSA 4XTCQ 1H44A 2HEUA 2V3QA 3OEMA 3KOSA 1ZMGA 4IGTA 1MPCA 2ALUA 3MQ9A 1F9BA 1P1NA 3PMWA 4DXCA 5JTYA 1A8FA 1SW5A 3TODA 1IITA 4O3BA 1FTLA 2DE4A 2DSFA 1S9TA 3I5OA 4OFLA 5CMMA 2PVUA 5H8HA 1USYE 5ITPA 2F6PA 4NMYA 5EHSA 2I0CA 4F39A 3L6GA 3C36A 3ZSFA 4PETA 2UVGA 3TCGA 4N13A 1IZ1A 2Z8FA 3FV2A 1I6QA 4XKQA 3H6WA 5AA2B 4EF2A 1QVSA 4YAHX 1TXFA 4IO5A 4QRZA 4F1VA 2D21A 4FEDA 3OXNA 2WOKA 4XIGQ 3HHFA 3HPIA 3RYAA 1I6AA 3EPEA 2B65A 1OQGA 4R74A 3KJ7A 3IOVA 3MZBA 1AL3A 1B7HA 2REGA 4EDPA 2I4CA 1JW5A 1SI1A 2DYXA 3QUFA 1ZLQA 3EHUA 5LOMA 5I59B 5KDTB 4P0GA 3IK6B 3RNNA 1R9LA 1GVCA 3FVGA 4QSCA 3V8XB 5CMCA 5F1QA 1B0LA 5FHNA 3IJXB 2XXYA 1MXXA 3JYRA 1R6ZA 4GOTA 4Z7EA 5K2XA 1LCFA 1NL5A 1SYHA 3EF7A 4OEVA 2OBGA 3B6WA 3DRGA 3HN0A 1NH7A 1QKAA 5FTIA 2F7AA 3T96B 3LVUA 3PUWE 4QSDA 5JEIA 1Y4TA 2HXWA 5AA2A 4N07A 3C4MA 3HSTA 2XX7A 2V25A 1O63A 4AQ4A 5H8SA 5DEXA 3KGCA 1MQGA 4KHZE 3C31A 3OO9A 3CSGA 3E4RA 4GXAA 4JBZA 3MPLA 2F7CA 4ELPA 3DP4A 3PMVA 3V83A 3U1OA 4IGRA 4F3SA 4NEDA 4ZEBA 3WAFA 5J1DA 3FTOA 3DP6A 2QS2A 2BJJX 5I59A 1B3EA 1B46A 1H76A 1MXWA 4ELRA 4QFOA 3K1PA 1IXHA 3RN8A 2P1SA 3LUYA 3IB0A 3SEUA 1XHYA 4AB5A 1LFGA 4C0RA 2X7QA 3O29A 1Y4CA 2DOJA 4EXLA 1Z7NE 4OETA 1MXYA 2UYFA 1ELJA 1GGGA 4F18A 4RPOA 1B5JA 2XXWA 1YCJA 2NWJA 3UGWA 1B3HA 4F2OA 4ZE9A 1QUJA 1VSOA 2Q2AA 1AIVA 4G68B 3FZVA 1URDA 3TELA 4PFTA 3SEXA 3KBRA 2DWAA 4EUOA 3IX1A 3OELA 2NVUB 1XC1A 4POWA 3LSXA 4I9DA 2F35A 3IAZA 3CIJA 4KI0E 3S9LC 4P0IA 4EQ7A 1A54A 3U72A 2XXXA 4IB2A 2H5YA 4H5FA 2UYEA 3CHGA 2H9BA 1FQDA 2O7IA 4PP0A 4O3CA 4ND9A 3TAJA 2DWHA 3FJMA 4KQPA 4LONB 4UA8A 4PFUA 1MQDA 2PBWA 3PPPA 1MPBA 5BWJA 2XXTA 3HHGA 1Y3PA 1LBBA 1EU8A 2DE3A 4LZ7A 2P0SA 4XKPA 4Z0IA 1US5A 1FTJA 2Y7PA 4R72A 2M8CA 4KR5A 4G68A 4FEBA 4OERA 4PE5B 1P1WA 3RT6B 1B1XA 1NMUA 4OQOA 2PMSA 2D3IA 4H8JA 4DE8A 3ECRA 3R26A 1N7WA 5I84A 1AH5A 3VVDA 5H8FB 3FJ7A 4F29A 2Q2CA 4GLIA 3T9XB 3DRJA 1B1HA 5FHOA 2V3UA 4X48A 3VLWA 4X1DA 3RUMA 4QF9A 3S9MC 3PUXE 2UVIA 2ZYNA 2DP8A 1XOCA 3PD8A 1PB8A 2GHAA 4MBPA 4MLQA 2E0SA 4R2FA 2VHAA 3BKIB 3O6HA 1POTA 1SW2A 3H06B 4YU0A 4E0WA 1EZPA 4JSOA 3E13X 3HCQA 1MDQA 3OMBA 4U4SA 4OMBA 3O97A 3MVZA 1M5FA 4G8HA 4M4GA 3MVXA 1B7UA 3K02A 3G3KA 3K00A 1PBPA 2O68A 5H8NA 4EQ9A 2V3TA 1FQEA 3CRBA 1P99A 3RPWA 2XXPA 2W7YA 3MZ9A 2RCBA 3IO6A 3DRIA 2AL4A 2QS4A 1R9QA 3H6VA 3C35A 3IO4A 3UORA 3EHSA 2Q8JA 5DVJA 1MRPA 3A09A 4GRKA 4YICA 4I8CA 3QIMA 2F36A 1LCTA 4G68C 4AB6A 3M8UA 5H8FA 1JNFA 4OEUA 1Z7ME 2PT2A 4LUBA 4YB7A 5H8HB 4Q30B 3OEKA 4R9FA 3PPNA 1LAFE 3KEIA 3AXFA 3O9PA 3BBRA 4R6HA 4MFIA 1Y1ZA 1PB7A 2E1SA 3G3IA 1UTBA 2HZKA 4G77A 1FTOA 3MBPA 4YZZA 1NNTA 2XD2A 3LC8A 5TP9A 5CMKA 4XKNA 5L9MA 3K1MA 1NNKA 3OO7A 3DELB 2H99A 4NF6A 1DPEA 3V89B 1ATGA 4LP2B 2F34A 1LLSA 3M3KA 1FTMA 3SEVA 2NXOA 4C1TA 3IR1A 1UIUA 3OENA 1RKMA 3A3UA 3CR9A 3GZGA 4FECA 3ZKKA 4POXA 3CFLA 3K6WA 3U93A 3RQTA 3IORA 4YKKA 2XX9A 1M5EA 2I49A 1H3DA 4F31B 1QULA 3UP9A 3N94A 1P1UA 2R6GE 3PAMA 5ISUA 4MH5A 4LZ5A 4G2ZA 1WODA 5AA1A 5TPAB 1FCKA 5I57A 4DXUA 3FVKA 3G3FA 3TQLA 5HBCA 4OVJA 4BDOA 1B4ZA 3UA8A 3MC2A 1D4NA 2Z22A 2DS9A 3RYBA 1MY0A 3K4UA 5FHMA 1JVXA 3PU5A 3IJOB 1Q35A 1M5CA 4FE8A 1UQWA 2XD3A 4NF8A 3FASA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FGSA 5DEXB 4IY6A 1B6HA 4Q5TA 3TDJA 4F22A 3K6XA 3QXMA 2I3VA 3FXQA 3CG3A 4H65A 5EQ9A 4HTGA 4NHBA 3PD9A 1FPIA 2VP1A 3NOHA 4E0XA 2F97A 3OO8A 4GD5A 1S7YA 5AE4A 2WBDA 3C34A 2QVVA 2RINA 4GVOA 5AA4B 2O1MA 2Y7KA 4U1ZA 2QS3A 3H7MA 5EQ7A 3LBSA 5L9SA 3CVGA 2VT5A 5TPAA 2WOLA 1EZ9A 5I56A 3Q26A 4F3GA 3IFCA 1A7LA 2NUVA 2RC9A 2B3FA 4NE4A 1B51A 3TQWA 4OESA 4YMBA 2OK2A 2P2AA 1II5A 2VOZA 5B7DA 4JWOA 3N26A 3HFUA 1DK4A 3JV9A 1KWHA 2REJA 1DTGA 1B3FA 2GFEA 4HE2A 1LFHA 3SKPA 4NWDA 2HAUA 3D4GA 3G3GA 4MNCA 4RXLA 5I2KA 4JDFA 5LDZA 3TTNA 3KG2A 5K2YA 5EHMA 1VFEA 1FPLA 4X9TA 1MH3A 3VXCA 2Q9TA 2I48A 1JEUA 4NWCA 5DVFA 1US4A 3EKIA 2WOPA 2QPQA 2QFLA 2VD3A 4KPTA 4GWWA 4PAFA 2IEEA 4JWYA 5ELVA 5L9OA 4ZS9A 3DRHA 1CE2A 3M3LA 3MVWA 5AA4A 2QRYA 4BDMA 5CBSA 4NTLA 1BTJA 4N15A 5F7VA 1XS5A 1POY1 4MJOA 1LAGE 4GWSA 2BJIA 4QFLA 2ONRA 5IZ3B 4F2QA 3VLUA 2F7BA 3UN6A 1WVJA 1MY3A 1YYZA 3OSQA 3MW0A 3VV5A 2RKMA 4MNPA 4M1VA 5JK4A 2XXKA 4N8GA 4WXJA 1ZU0A 1NUZA 1PBQA 1FTAA 4LQ2A 3TYHA 3PUZE 4ELOA 1QUKA 4XXUA 3TFLA 4JVCA 2PYYA 3GLBA 1YTVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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