4OEVA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(ii) ion
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
KIPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Campylobacter jejuni
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
total genus 172
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oevA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oevA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oevA02
4NF4B 5B7DA 4OHNA 1P1WA 2HQ0A 5ICQA 3H3GA 4ISUA 4DE8A 1UIUA 3MP1A 3CR9A 2XXPA 2DXRA 2F7CA 3DP4A 5ITOA 1GR2A 4EF1A 1JETA 2Q89A 1N7XA 4IGRA 4LZ5A 3VDFA 4THIA 4YKPA 4LZ7A 2B4LA 4X48A 3HHFA 4QSDA 4R6YA 4POWA 5DEXA 3MVYA 2F7AA 5ISUA 1OQHA 4RK2A 4H8JA 5KCJA 2B65A 3TQWA 1M5BA 4QFLA 2Z8EA 5TPAA 1LFIA 3CG1A 5AA2A 1P1QA 1N3WA 4ONYA 2XXYA 1BLFA 4NWDA 3IORA 3R7XA 2AIXA 1A99A 4R75A 2UVJA 4LVQA 3FD3A 4FEDA 2B4MA 5IAIA 5LOMA 4GVOA 1MG1A 4EUOA 3CIJA 3O6PA 4Q5TA 1YAEA 4I9DA 3K0VA 3RY3A 3E4RA 4H65A 4RPNA 5K2XA 3TCGA 3A09A 2Z8DA 4F1YA 3VLUA 1H44A 2PT1A 1N3XA 1PB9A 5F1QA 3DP8A 3PMVA 2O6AA 4JWXA 3HCQA 1R1NA 1DPPA 4YMAA 1A8EA 4FE8A 3LVUA 1B05A 3OSQA 4QRZA 4ESXA 2RCAA 4F22A 4NTLA 4Z7EA 4U22A 3F11A 4AB6A 2UVIA 3UIFA 3C35A 5L9SA 3IJOB 4GXSB 1B46A 4FATA 4U4XA 3N6UA 1FCKA 2Q2AA 3Q26A 2W7YA 4Z0IA 3PUZE 5CRYA 4ELOA 3IR1A 4GFRA 4G68A 1OIBA 3U94A 4OFJA 4IB2A 3V89B 3K1PA 4BDNA 3ZS6A 4NMYA 3FUZA 2F6GA 4KFQA 1B3FA 1SW1A 3UGWA 2BJJX 4G8HA 2XD3A 4R73A 5A5XB 2V3TA 3CG3A 3FJGA 3IOWA 3D4GA 2IEEA 3N94A 2DQVA 3KN8A 2GRVA 2PT2A 3V8XB 3ZSFA 1UQWA 1D4NA 1KWHA 1MXXA 3T93B 1Y3NA 1MXWA 5JK4A 5FHOA 3O6HA 3CRBA 5H8NB 4K3FA 1XVXA 2WKYA 1J1NA 2Y7KA 5H8QB 4LP2B 3PV0E 2NUVA 1ZTYA 4H67A 2FYIA 4PFUA 4OWDA 1RYOA 4YB5A 1ZU0A 3MW0A 2ZMBA 1EZOA 1B7ZA 3PUXE 4F2OA 1Y4CA 2FNCA 5JEIA 1MH3A 4GRKA 1VFEA 4KD5A 4FECA 3RTFB 4H8IA 3UK4A 4RY1A 1NKXA 1MY3A 3S2VA 3EHTA 2UYFA 2OK2A 4YKIA 2H9BA 4QSCA 3H7MA 5I57A 2R9JA 1Z7NE 1TT1A 2F5XA 2DE4A 3FGSA 2F97A 3K6UA 1SYHA 1MXVA 3FIRA 2XXRA 3A3CA 3TEPA 1Y9UA 3K4UA 4GF8A 3CFZA 3QK6A 1Z7ME 3THIA 2Y7PA 3DRHA 1P99A 4ZDMA 3LSFB 1FQEA 2F7BA 3E9XA 3PPQA 4F2QA 4OQOA 2WOLA 4O3BA 4U4SA 2Y7RA 3RLFE 4XKQA 1JQFA 4ND9A 1SBPA 2DS9A 4E0WA 1QW0A 4N6PA 2DVCA 3C32A 3H6UA 3CFXA 2CZLA 1P1NA 4OMBA 3T9UA 1OVTA 3IX1A 4RK9A 2AL5A 2A5TB 2UVGA 4U1ZA 3N6TA 5I57B 5H8FA 2ZYKA 5AA3A 4IO3A 4GQOA 2UYEA 1RKMA 4OFLA 1WODA 4G8MA 3QSLA 4ELRA 3UN6A 3W9VA 5ELVA 3RYBA 4QHQA 4ZEFA 1A54A 1ZIUA 3W9WA 5BUUA 4BDLA 2UVHA 3EF7A 3OOAA 3HN0A 3MVWA 3PPPA 1B9JA 5I56A 3GBBA 1B3HA 1TWYA 2REGA 2XXUA 3EN3A 1IITA 5CC2A 2H4IA 3DRGA 1O63A 1LAFE 3LR1A 1R9LA 1SI0A 2OWSA 5H8HA 4R6KA 5AA1A 4R9GA 3KJ7A 1GV8A 1JW5A 4LATA 4NF8B 3DELB 2QMXA 3VXBA 2XXIA 4ZEDA 4RPOA 2QMWA 2REJA 2QPQA 4PP0A 5JTYA 3OD7A 3GXAA 3H4ZA 5CM6A 3OEMA 1LFHA 2D21A 3PD9A 3LSWA 3G3JA 1UTHA 2DWAA 1OLAA 3OMBA 2F36A 4JSOA 4DXCA 4WKMA 1LBCA 2I49A 2PBWA 1FQFA 1AMFA 2ZXTA 2RINA 4KYSA 4PETA 1UTBA 3BBRA 1QKAA 3N5LA 3G3IA 4PE5B 4IY6A 2HFBA 2ZYNA 1H3DA 1ZKBA 3T96B 3K6VA 2XD2A 4YAHX 3CVGA 5DT6A 5I2NB 4F3GA 1B0LA 1R6ZA 2X7QA 3IOVA 3SETA 1SYIA 5EHMA 2I58A 2XX8A 1DSNA 5H8HB 4KR5A 4TOZA 3FXUA 5EHSA 2DWHA 3O6GA 2Q2CA 3LC8A 4YKKA 4F18A 5AA4B 2NWJA 3SERA 1P1UA 3QUJA 4UACA 4N07A 4OYVA 1FTKA 3WAFA 1MM7A 1XS5A 4LONB 4MF3A 4XKRA 1SW2A 1B6HA 2XX7A 4JXIA 1B32A 4OTEA 2Q9TA 1CE2A 2NXOA 4Q0CA 1UTBB 1TXFA 3E13X 3FV2A 5ITPA 2QL3A 2OCUA 5F7VA 1MXYA 3KSJA 4JSDA 3OXNA 5I2KA 4YB7A 2VOZA 5DYHA 1IZ1A 2O51A 1NNTA 2DE2A 1MDQA 4P11A 1NNPA 4POXA 1D9YA 2G93A 5TP9A 3TPAA 4QFNA 1H76A 2QSXA 4R9FA 1A8FA 2PX1A 2HAVA 3T9XB 3MZ1A 3MVZA 1SW4A 1IXHA 2Y7IA 1O7TA 3Q28A 5DVFA 4R72A 1D3KA 3LSLA 3FVOA 2O7IA 3KSXA 3ZKLA 5HM4B 4G8NA 4GOTA 3C31A 4UA8A 4DLDA 3KZGA 1EZPA 5AE4A 3MAMA 1POTA 3IJXB 1XHYA 4GL0A 3KOSA 3P7IA 4PFYA 3O97A 3EPEA 1OMPA 1BTJA 3K6WA 1PBQA 1ELJA 2F6PA 1MY0A 3ILTB 3SESA 4LUBA 4JB7A 2VHAA 4JWOA 3OENA 1XC1A 4M1VA 3EHUA 3K1MA 5L9OA 4HCWA 4NF6A 1VFDA 1QUIA 2WOPA 3CSBA 5CI5A 1NNKA 2V25A 4PFTA 2KLFA 5TU0A 5DEXB 1XT8A 2LAOA 4E0XA 3PUVE 2CMOA 4WEPA 1USYE 3OEKA 3V5AA 1R9QA 2H25A 4KYEA 2OJTA 3PUWE 5KCJB 1B52A 3IOTA 4R6HA 5TPAB 3LBSA 5AA2B 4DDDA 2ABHA 3TFLA 4X9TA 4H5GA 1EZ9A 2Z8FA 2H99A 4GXAA 2F35A 1UIVA 2ZYOA 1JNFA 1HSLA 1TFDA 3OSRA 1NFTA 1PC3A 4F3BA 1XOCA 2DWJA 1IQ7A 1FTLA 1IEJA 4O3CA 4XXUA 1QULA 1JW1A 1PB8A 1ZJLA 2V84A 4IO5A 3I5OA 2I0CA 3QUFA 2UXAA 3TTLA 3IB0A 1FTOA 3I3VA 4R74A 2X26A 3O66A 5KDTA 4H6DA 4OXVA 1F9BA 2B3BA 4GL8A 1ZBMA 1B1HA 4JWYA 3MP8A 1H43A 1LCFA 3ECRA 1ATGA 2I4BA 1BP5A 4H0WA 3T66A 4ECFA 2PMSA 4I62A 2HXWA 1I69A 2AL4A 4OEVA 3C36A 3IAZA 3M3LA 4P0GA 1FQBA 1VSOA 1MDP1 3TZAA 3O6IA 1N0TA 5I59A 2QS1A 1D9VA 4G68B 4OFOA 4YB6A 2ALUA 1BIYA 3MQ9A 1QVSA 2P1SA 2QRYA 3PMXA 1ZLQA 2P0SA 2O84X 2GHBA 5FHMA 4DXBA 3VE1B 1OVBA 3K00A 1LAXA 2NVUB 1VE4A 1S9TA 1SW5A 2ONRA 1M5CA 3RT6B 3FTOA 5KDTB 3EHSA 5M2VA 5DVJA 2DP8A 3M3KA 2P2AA 1NNFA 1A7LA 1LGBC 3CI8A 3T9VA 4BDRA 5CMCA 4ZECA 1B5JA 4BDMA 4ZE9A 4EQ9A 1Q1KA 4F29A 3RYAA 2XXHA 1II5A 4NF5A 5I59B 3H06B 3FJMA 4FJPA 2GH9A 3G3FA 3Q29A 2DSFA 3JV9A 2OLBA 4KYDA 2VD2A 3SEYA 4C0RA 3TMGA 3L6GA 2YPNA 1FQAA 5B70A 2DXYA 1QJMA 2V3QA 4IO7A 4FEBA 4WEDA 5I58A 2F34A 3MZBA 1N04A 2R6GE 3HHGA 4KPTA 4G77A 3S4UA 3MC2A 4HCYA 4C1TA 3CFLA 3FVNA 5FTIA 1B5HA 1MQIA 3MPKA 3TTMA 1Y1MA 3T9HB 4DIGA 1NL5A 2DVZA 2HZLA 3KJTA 5BWJA 4HTGA 3IB1A 3KG2A 1S7YA 3OO8A 3ZKKA 1LB9A 4BDOA 3O2AA 2D3IA 3LSXA 4I8CA 4KHZE 3UORA 5H8FB 2QS3A 4RYAA 3R6UA 4X1DA 3ODBA 4KCCA 2XXQA 4PFWA 1FTMA 2XXTA 3SDFA 1LSTA 1NH7A 3QIMA 3IB2A 3RNNA 5L9MA 1URGA 5CMMA 1N76A 3A3UA 3RT8A 4KQPA 3C33A 2R71A 2I48A 3AXFA 3KEIA 1MQHA 4IO4A 3VVFA 5I56B 1JVXA 2ZNTA 1M5FA 3U72A 2HAUA 1Y3QA 2RF1A 3G3HA 4QF9A 3TTNA 3VXCA 2F8DA 3FATA 4NEDA 4EDPA 3TDJA 3OO6A 5J1DA 4OEUA 1FTJA 2VP1A 4TLMB 4F31B 4BDQA 3HV1A 4NF4A 4F1UA 3B6WA 3SEXA 3DRIA 3SEUA 1MQJA 1PBPA 4G68C 3DRJA 3JYRA 4ZEIA 1DTGA 1NH8A 4M4GA 2B3FA 4G4PA 5JTYB 3KBRA 4MLQA 1USYH 3KOTA 2A5SA 3G7WA 3GLBA 2O68A 2HCAA 4GIZA 1LB8A 2HEUA 3TELA 4L17A 3RQTA 1UTHB 1SVXB 3E3KA 3RGYA 1B5IA 3B6TA 2NOOA 2ESNA 4ZEBA 1IXIA 1GTKA 3N26A 2HZKA 3FVKA 5EYFA 4F39A 4ZS9A 2F78A 5I84A 4IY5A 3KFMA 4YKJA 2OWTA 3K02A 2ZYMA 2H5YA 3K2DA 3IL1B 1BKAA 3HSTA 2I6EA 3H03A 4LQ5A 1JVYA 3C34A 1SI1A 2XXXA 4WXJA 1MQDA 3VVEA 5CBSA 2M8CA 3WAEA 2QJEA 3I6VA 2O7UA 1FW0A 4ELQA 3M3FA 4G2ZA 1MY4A 2VGQA 2O69A 2XXVA 2H98A 2DE3A 4N13A 1PDAA 3FXRA 5CMKA 2THIA 4U1OA 1IXCA 3KN7A 4Q30B 3CSGA 3FV1A 3QXMA 5I2KB 4P0IA 3S9LC 4U21A 1B58A 2I4CA 4DCXA 1B40A 1L5TA 5TP9B 1JEVA 3FJ7A 1RYXA 3G3GA 5A5XA 3USDA 1HSJA 1AH5A 3MWBA 4EXKA 3CHGA 3C4MA 1I6AA 3PAMA 2YLNA 3U8QA 1QUKA 4ZZAA 3O9PA 4MH5A 2Z23A 2VD3A 4OVJA 1A40A 4YZZA 5DVIA 5H8NA 1IIWA 1ANFA 3RTWB 4IGTA 1MM6A 2YJPA 5H8QA 1LFGA 1B7HA 1ZMGA 3V83A 1LBBA 4LZ8A 2Y84A 1DOTA 1T0KA 3VVDA 1URDA 4EF2A 4F1VA 5AA2D 3DRKA 1EU8A 2ONKE 4O3AA 1US5A 3UP9A 4OZ9A 2WOKA 1OQGA 3LUYA 4NF6B 1B3GA 3TKDA 3TODA 3PPNA 4YICA 2E0SA 3VLVA 4IO6A 3OO7A 4OERA 4AB5A 1LCTA 1CB6A 1P1OA 3OELA 3R26A 3ONMA 4EQ7A 4U2RA 5HBCA 3TAJA 2DOJA 4RJZA 2GHAA 4HW8A 1FQDA 1OLCA 3TCFA 4MBPA 3OO9A 1POY1 4XKNA 3B7DA 2G29A 1EH3A 2I0BA 1AOVA 4OESA 1PB7A 4ZZEA 4GLIA 4ELPA 3HPIA 3GBAA 2I3VA 3EQ1A 3VV5A 3MBPA 4AQ4A 3L6HA 3TYHA 4QFOA 1MXZA 4QSEA 2RCBA 2DWIA 2RC8A 4XKPA 1M5DA 3S9NC 3FVGA 2OBGA 1Q35A 4X1BA 1Y20A 4LQ2A 1Y1ZA 1B4ZA 3BFUA 3VFJA 1LAGE 1B3EA 2DYXA 5K2YA 3GZGA 4GD5A 3O29A 2AYSA 4XIGQ 1LLSA 1URSA 2A5TA 1JW4A 4TQUQ 3TCHA 2ZNSA 5FTHA 3MJNA 3RPWA 3S9MC 3HO7A 3Q25A 1B51A 3PD8A 4XTCQ 1O64A 4ZEKA 4Q8RA 3T22A 3SKPA 1WDNA 1JEUA 1IUDA 1DTZA 2QS4A 1AIVA 1YCJA 5L8DA 4IO2A 1MY1A 1B3LA 4ZE8A 3VLWA 3H6VA 2GFEA 3SEVA 2OZZA 1I6BA 5CBRA 4RNSA 1YPNA 5IKBA 3IO6A 5HPQA 2E1SA 4I1DA 3DLNA 4OENA 3IK6B 1PEBA 3H6TA 3SEWA 3B6QA 1SDXA 3U1OA 1DMBA 2XHDA 2RC9A 2D5WA 4FORA 3RN8A 2V3UA 1GVCA 4NF8A 3S9EA 2XXWA 2ANJA 2Q88A 4YMBA 4HS7A 3PPRA 4JDFA 3MZ9A 3K1NA 4DXUA 1MS7A 4KI0E 2O1LA 1FQCA 1MXUA 2RKMA 3TQLA 4NF5B 3K01A 3FXQA 1B2HA 3KGCA 3PMWA 1VR5A 1M5EA 1N7WA 3DM0A 3U92A 4QFKA 1QKBA 2PYYA 2PVUA 1HSEA 2O1MA 4H5FA 3MVXA 2V93A 3QYTA 1MPDA 5I2NA 4LA9A 2XX9A 4TLLB 5H8SA 4DZ1A 5I58B 1US4A 1YTVA 5CMBA 1MPCA 4JBZA 3PGFA 3O28A 1B4HA 3G3KA 4GWOA 5AA4A 1IXGA 4C1UA 1B0HA 3DP6A 3PUYE 1NMUA 3H6WA 1Y3PA 4NE4A 3Q27A 2ONSA 5KZTA 4RXLA 3MPLA 3C9HA 3ILUB 2Y7WA 3JZJA 3U93A 3QAXA 4OETA 1I6QA 3PPOA 3K6XA 1Y4TA 1H45A 5FHNA 4NWCA 4EQBA 5DTBA 2X7PA 3PU5A 4F19A 1QUJA 4F3SA 4RA1A 1GGGA 3KN3A 1MH4A 1S50A 1MQGA 1MRPA 1A55A 2Q8JA 4QFPA 4F3PA 1WVJA 1SD3A 3W15C 2QS2A 3TUSA 3MUQA 1LAHE 4BLAA 5ICTA 1SQYA 1B7UA 4U23A 1MPBA 4YU0A 4R2BA 3IO4A 2Z22A 1AL3A 2RC7A 3DRFA 4EXLA 4FIMA 4R2FA 2FA7A 4MFIA 3MP6A 4H1XA 2ZNUA 4DCYA 4MLVA 1DPEA 3FZVA 1TFAA 2I3WA 1MY2A 3M8UA 3TTRA 4PQJA 3UA8A 3BKIB 3D4CA 1B1XA 4ESWA 3FASA 3TTKA 1N84A 3IOUA 4KCDA 4FAJA 2IA4A 3RUMA 1XVYA 3BFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NF4B 5B7DA 4OHNA 1P1WA 2HQ0A 5ICQA 3H3GA 4ISUA 4DE8A 1UIUA 3MP1A 3CR9A 1FPIA 2XXPA 2DXRA 2F7CA 3DP4A 5ITOA 1GR2A 4EF1A 1JETA 1NUZA 1FBHA 2Q89A 4N17A 1N7XA 4IGRA 4LZ5A 3VDFA 4THIA 4YKPA 4LZ7A 2B4LA 4X48A 3HHFA 3KBZA 4QSDA 4R6YA 4POWA 5DEXA 3MVYA 2F7AA 5ISUA 3BIHA 1OQHA 1JP4A 4RK2A 2F3BA 4H8JA 5KCJA 2B65A 3TQWA 1G0IA 1M5BA 4QFLA 2Z8EA 5TPAA 1LFIA 3CG1A 4OVPA 5AA2A 1P1QA 1N3WA 4ONYA 2XXYA 1BLFA 4NWDA 3IORA 5A5LA 3R7XA 2AIXA 1A99A 4R75A 3PTYA 2UVJA 4LVQA 3FD3A 4FEDA 2OWZA 2B4MA 5IAIA 5LOMA 4GVOA 1MG1A 4EUOA 3CIJA 3O6PA 4Q5TA 1YAEA 4I9DA 4MNCA 3K0VA 3RY3A 3E4RA 4H65A 4RPNA 5K2XA 2QFLA 3TCGA 3A09A 2Z8DA 4F1YA 1YZ0A 1FTAA 3VLUA 1H44A 2PT1A 1N3XA 1PB9A 5F1QA 4P1EA 3DP8A 3PMVA 2O6AA 4JWXA 3HCQA 1R1NA 1DPPA 2VPOA 4YMAA 1A8EA 4FE8A 3LVUA 1B05A 3OSQA 2HPGA 4QRZA 4ESXA 1FPDA 2RCAA 4F22A 4NTLA 3SZPA 4Z7EA 4PGNA 4U22A 3F11A 4AB6A 2UVIA 4PFBA 3C35A 3UIFA 5L9SA 3IJOB 4GXSB 4G61A 5IZ1A 1B46A 4PAKA 3GYYA 4U4XA 4FATA 3N6UA 1FCKA 2Q2AA 3Q26A 2W7YA 4Z0IA 3PUZE 5CRYA 4ELOA 3IR1A 4GFRA 4G68A 1OIBA 3RPLB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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