4OEVA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(ii) ion
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
KIPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Campylobacter jejuni
molecule tags Transport protein
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
total genus 172
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oevA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oevA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oevA02
1A8FA 2RCAA 5TP9A 1PB7A 4WXJA 4ESWA 4IB2A 3ECRA 2A5TB 5H8FA 1Y4CA 2PT1A 1R1NA 3QUJA 3PPNA 2Y84A 2B3BA 3QUFA 4QSDA 4X48A 4AB6A 4DLDA 1MS7A 2E1SA 2Y7WA 3RTFB 1P1UA 2I49A 3U1OA 2YLNA 2XXPA 1UTHA 3FTOA 4OZ9A 2F6PA 3MQ9A 2AYSA 3IX1A 1L5TA 4F22A 4NTLA 2ZYNA 3S9NC 5F7VA 1GVCA 2I3WA 4HCWA 5DT6A 2REJA 3TZAA 1D3KA 2CZLA 4LQ5A 1B7ZA 5ITOA 1FQEA 4OFLA 3MP1A 4XTCQ 4C1TA 5CBSA 2RC9A 4U21A 4F3BA 2O69A 5L8DA 1H45A 4GLIA 2XX9A 3RPWA 4DXUA 2H25A 4G8HA 1B58A 1H76A 1Y1MA 5TP9B 3S9EA 4AB5A 1B32A 4Z0IA 4M4GA 2UYEA 4NWDA 2Q8JA 2UVJA 3TYHA 3QAXA 1RYXA 1US5A 4H0WA 2QS3A 4P0IA 5AA4A 1I6QA 1ZU0A 3KN3A 3N26A 1BTJA 1FQBA 3RYBA 1Q1KA 3RYAA 1MH3A 4KCCA 3C34A 3O6HA 1PBPA 4TLLB 3V89B 5HPQA 4TQUQ 4OERA 1QUJA 3EN3A 3KJTA 4NF8A 5EHSA 2NXOA 3Q29A 2DS9A 1A55A 1DOTA 2H4IA 5I59A 4MF3A 3MWBA 1B4HA 3OO9A 3VE1B 3U94A 3BFTA 3UN6A 3C35A 3DELB 4EF2A 4EQ7A 4R6HA 2OWTA 1AMFA 4YMAA 2F34A 1JVXA 2F36A 5KZTA 2D21A 1R6ZA 2Y7PA 3KFMA 4AQ4A 5CM6A 3RNNA 2HFBA 5AA2D 4OXVA 3CSBA 5DVFA 2CMOA 3OSRA 3CR9A 4GWOA 4R6YA 2QS4A 3MPKA 2D3IA 2DE3A 2ALUA 4OQOA 5AA3A 1ZKBA 2Y7IA 2WKYA 1LLSA 3O6PA 3LUYA 3OO8A 3DRJA 3TTNA 2Q9TA 2QMXA 3EHTA 3VVFA 4ZEBA 3LBSA 4ZECA 2FNCA 5ICTA 2IA4A 3K6VA 4YU0A 2QRYA 2I4BA 3CRBA 2F7CA 2XXTA 4JXIA 4NF8B 5H8QB 4EF1A 2F97A 1I6BA 4LQ2A 1M5FA 3TQLA 4LATA 1IUDA 2O84X 3MP8A 3TDJA 3U8QA 5CMMA 1DTGA 5AA4B 1XS5A 3G3JA 4X1DA 2V3QA 5CMBA 2NWJA 3MJNA 4U22A 4QSEA 2UYFA 5L9MA 4GL0A 4BDOA 3VVDA 2R6GE 4F2OA 1A40A 2O1MA 3L6GA 4G4PA 1B3EA 1JW4A 4GQOA 2VD2A 1B0LA 3KBRA 4GIZA 1A7LA 1QUIA 3DP4A 3ILTB 4OESA 2YJPA 5H8SA 3SEVA 1SVXB 4G77A 3TODA 1AOVA 5ELVA 3C36A 2XXRA 2RKMA 3PUZE 3TKDA 3KEIA 3TPAA 4IGRA 1UTBB 3O6GA 4BDNA 1Y20A 4TOZA 2QPQA 2Q2CA 3MZ1A 3B6TA 2X7PA 4H1XA 4MLVA 2B65A 3IJOB 4KYSA 4R9FA 5AA2A 3CI8A 1MM7A 3K02A 4F29A 3IL1B 1TXFA 4ZEKA 1MDQA 5DVIA 3ZKKA 3BBRA 1YCJA 3PPRA 3SEUA 2DE4A 5FHOA 2Y7KA 2AIXA 2DWJA 4DZ1A 2Q89A 1XHYA 1FTJA 2XX7A 2ZYKA 3EF7A 2ANJA 4GRKA 2F78A 3VDFA 4OFJA 1F9BA 3K2DA 5CMCA 2V93A 2QSXA 2H99A 4HW8A 4H65A 5FTHA 3T9VA 5JTYA 3H6WA 1B5HA 1IZ1A 4H8JA 3S4UA 1WODA 4XKNA 2DOJA 3OXNA 4OETA 5B7DA 4U1ZA 5JK4A 1Y3QA 2RINA 3N5LA 4PFWA 3IB0A 5M2VA 3N6TA 2O68A 2XD2A 2HAUA 2YPNA 2G29A 4FJPA 4I8CA 1MPDA 4POXA 3W9VA 5AA2B 4Q30B 5A5XB 2GHBA 4TLMB 3TTLA 1CE2A 4I9DA 3PAMA 3ZS6A 4U23A 3RTWB 5CC2A 3SERA 2OZZA 2GH9A 2GFEA 3B6WA 3RGYA 4GOTA 2F8DA 4NWCA 1NNTA 2GHAA 4YB6A 3U93A 3VLVA 3T9UA 3Q26A 3MVZA 3ZKLA 2XX8A 1B51A 1B46A 1P1WA 3PUYE 4LONB 5JTYB 3PD8A 4G8MA 5I59B 3LC8A 3JYRA 1NH8A 3CFLA 1NNFA 4GL8A 1EU8A 3FASA 3IOTA 4DE8A 3MZ9A 3K01A 4IY5A 1MPBA 5CI5A 1SBPA 1PB8A 4PFYA 3E9XA 3OSQA 4YKPA 4H6DA 4NEDA 3OOAA 4DIGA 3LVUA 1PC3A 4OYVA 5B70A 5K2YA 4M1VA 1ZTYA 1TWYA 5A5XA 5J1DA 4YICA 2DQVA 1IXGA 3VVEA 4FAJA 1BIYA 1NNKA 1QW0A 3LR1A 3PUVE 4G8NA 3OEKA 5H8NB 1JEUA 3GZGA 3BFUA 1BLFA 3U92A 1LAGE 1LSTA 3VLUA 5I2KA 4IO3A 3FGSA 3TFLA 3M3LA 4DDDA 1D4NA 1QVSA 4QFPA 1SW2A 2ZYMA 2V3UA 3MPLA 5DYHA 5BWJA 4ZEFA 3T96B 5AE4A 2ABHA 4ND9A 1LFGA 3QIMA 1JQFA 4LA9A 1B3HA 3QK6A 1IEJA 4ZS9A 3E4RA 5KCJA 2O7IA 1LFIA 1I69A 4ZEIA 2DSFA 2O6AA 3C31A 1FQFA 1IITA 1S7YA 4NF5B 4PP0A 3RLFE 4JWXA 3H3GA 1SW4A 1R9QA 1SI1A 2UVGA 3GXAA 2QL3A 4RNSA 1IQ7A 3FV2A 3QSLA 1BKAA 4WKMA 4YKKA 1Y3NA 3FJGA 2HXWA 4O3BA 4OVJA 1PB9A 3B6QA 4G2ZA 4N6PA 5H8NA 4KR5A 3FXQA 4X1BA 3SEYA 2VP1A 4N13A 1B1HA 3V8XB 3W15C 1OLCA 1MM6A 1LBBA 4U4XA 2V25A 5I2KB 1P1NA 3I3VA 4RPNA 5I58B 2ZMBA 2DVZA 2O7UA 3MW0A 3MVXA 1EH3A 4N07A 4YKIA 3I5OA 1OVTA 1VSOA 2H5YA 3HPIA 2B4LA 3HV1A 3IAZA 4G68B 4QFOA 1NFTA 3R7XA 5KCJB 3FUZA 3H03A 2ZNUA 1QKBA 5I57B 2DWAA 1B5IA 1B05A 2WOKA 1I6AA 1FQAA 1N3WA 4NF5A 2V3TA 2VHAA 3FXRA 1MDP1 1Y9UA 4X9TA 1FTOA 3A3UA 2XXWA 1MXVA 3N6UA 4ELRA 4R2FA 3TEPA 4ZZEA 1ZBMA 2X26A 2OBGA 5KDTA 4QFLA 2KLFA 1N76A 2A5TA 3PUXE 1A99A 3CIJA 1N7WA 4DCXA 2HQ0A 4ISUA 4MBPA 4EUOA 4F39A 4HCYA 3USDA 2P1SA 1MXZA 4GXAA 3UIFA 1SQYA 3MP6A 3M8UA 1URSA 1MH4A 2DP8A 3IB1A 5DTBA 4ZDMA 2I3VA 4ECFA 1M5BA 3E3KA 5TU0A 3OENA 1LB9A 1SYIA 3HSTA 3O29A 1ZIUA 1LFHA 4EQBA 2R71A 1IIWA 3S9MC 3OO6A 3T22A 4R9GA 2DXYA 4JB7A 2H98A 4PQJA 3TTKA 3A09A 1NH7A 3JV9A 1P1QA 2OLBA 3LSWA 3Q27A 5LOMA 2RC7A 1A8EA 3UA8A 3CFXA 4LZ8A 2P2AA 1XOCA 1OLAA 3DRHA 3SKPA 2AL5A 2XXYA 3KOSA 3K6XA 3P7IA 1LGBC 2XXXA 4HS7A 3IB2A 1EZ9A 3IOUA 3ZSFA 2F6GA 4OEVA 1MG1A 4POWA 3VLWA 1H44A 2ESNA 3PD9A 3UK4A 4KFQA 2F5XA 3CG1A 3IO6A 2O51A 1Y4TA 4FORA 3WAEA 2F35A 1GV8A 1A54A 1MXXA 1POTA 2XHDA 3KJ7A 4NF4A 1B52A 1R9LA 4R6KA 4BDMA 3RUMA 2XXUA 2X7QA 4E0WA 2XXQA 4EXLA 2OK2A 2RF1A 1MY4A 1QUKA 2Z8FA 5EHMA 1MQDA 1MRPA 3DM0A 2XD3A 4FEBA 2OWSA 2ZNTA 4F1YA 3CVGA 1OMPA 3DP8A 3GBAA 4BDQA 2Z23A 1MPCA 2V84A 4R2BA 5I56B 5IKBA 1JNFA 4H67A 1YAEA 1S9TA 1N04A 5I84A 2PYYA 4KPTA 2HZLA 3KN8A 3D4GA 4F3SA 2F7AA 2WOLA 3PPPA 3PU5A 5FHNA 1DPEA 2QS2A 4OENA 4YMBA 3CG3A 2NUVA 1Z7NE 1NKXA 1ZMGA 5DEXA 4O3CA 3TCFA 5ISUA 4WEDA 4ZE9A 4NF6A 4NF4B 3GBBA 4IO4A 4OHNA 4U4SA 5L9OA 3K1MA 1UIVA 2Q2AA 4FE8A 3PMVA 1TFDA 1QULA 2XXHA 2DYXA 3G3HA 3FVNA 1MXYA 4K3FA 5H8QA 3TTRA 3UP9A 4OEUA 4NE4A 1B40A 3EHSA 2Y7RA 1M5CA 4FECA 1NMUA 5H8HB 2GRVA 4JWYA 4U1OA 2E0SA 3H6UA 4DCYA 3MVWA 2ZNSA 5I56A 2WOPA 2R9JA 2RCBA 3DLNA 4LZ5A 4YB7A 4H8IA 3O2AA 4KYDA 2I0CA 3H6VA 1US4A 3PGFA 1DSNA 1Q35A 1H3DA 1QJMA 2H9BA 3IOWA 4C0RA 1H43A 1MXUA 2IEEA 2HAVA 3FVKA 1OIBA 1MY0A 2OCUA 3IR1A 5TPAB 5KDTB 3V83A 5DEXB 1EZPA 4IY6A 3HCQA 4NF6B 1XVXA 4BDRA 3RN8A 5HM4B 5L9SA 2I4CA 2I58A 3HO7A 2ONKE 2F7BA 4EXKA 1UTBA 1LAXA 2LAOA 4GD5A 3TUSA 3PMXA 3SESA 2DXRA 3G3IA 3OMBA 5AA1A 3VXCA 1UQWA 1QKAA 4KQPA 5H8HA 2ZXTA 4ELQA 3KOTA 3HN0A 3ONMA 2QJEA 3R6UA 2D5WA 3ODBA 3MVYA 4HTGA 3G7WA 3UGWA 1LBCA 3DRIA 1PEBA 3WAFA 3UORA 4YAHX 3FXUA 1OQGA 3RT8A 4F3PA 5K2XA 3S9LC 4GFRA 1II5A 1POY1 1S50A 5CRYA 5TPAA 3KSJA 3MUQA 3S2VA 4QFKA 1JW5A 3CSGA 1SW1A 4XKRA 3K6UA 2RC8A 3H4ZA 1MXWA 4JSOA 2FYIA 2VD3A 3MAMA 5EYFA 4RXLA 3MZBA 1JEVA 1ANFA 1FTLA 2DVCA 3FJ7A 3KGCA 3O66A 4P0GA 3G3FA 4PE5B 4WEPA 3T9HB 1N0TA 4GF8A 1Y3PA 3I6VA 2PMSA 4H5FA 3TQWA 2Z8DA 5FHMA 1USYE 2Z22A 4F3GA 1GTKA 1M5DA 1O63A 1XVYA 2VOZA 3CFZA 3ILUB 4IO6A 4U2RA 3LSLA 4QSCA 3TCHA 4PFUA 1YTVA 2ZYOA 4KD5A 2B4MA 4L17A 1ZLQA 4KHZE 3FVGA 3M3FA 1XT8A 4XXUA 5FTIA 1AL3A 2DWHA 3HHGA 4MFIA 3FZVA 3T93B 1LAFE 3OELA 3LSXA 4IGTA 3GLBA 3SEXA 3RY3A 1B7HA 1RYOA 1DTZA 1JVYA 3B7DA 4RK9A 4YKJA 5HBCA 1MQGA 3K0VA 4I62A 3KZGA 4JDFA 4R74A 1MQJA 1USYH 1MY3A 1FQDA 2PT2A 2REGA 1B6HA 2M8CA 2UVHA 2XXVA 3C9HA 1RKMA 4THIA 4BDLA 4C1UA 4E0XA 4FATA 5ITPA 4OFOA 1SYHA 2G93A 1FTKA 3TMGA 3VV5A 5I2NB 3G3KA 4FEDA 4JBZA 4LP2B 3PUWE 2ONSA 3FATA 2PX1A 2AL4A 3BKIB 3QYTA 1B3FA 1B0HA 3TAJA 2A5SA 4IO7A 3RT6B 2NOOA 3IO4A 1B9JA 3C33A 3H06B 4JSDA 1HSEA 3C4MA 4PFTA 1N84A 4O3AA 4R73A 2UXAA 3EPEA 3M3KA 4MH5A 4P11A 3EHUA 3IJXB 5F1QA 1FCKA 4DXBA 1M5EA 1FTMA 4IO5A 1ATGA 1WDNA 1MQHA 1T0KA 1SD3A 4EDPA 1KWHA 2I0BA 2PVUA 3L6HA 4ELPA 4F1VA 3Q25A 4QFNA 1PDAA 1EZOA 4F2QA 3FIRA 4LUBA 1FW0A 3HHFA 1B3GA 1AH5A 3MC2A 3Q28A 4JWOA 1NNPA 5I2NA 2O1LA 1UIUA 1SI0A 1TT1A 1D9VA 1URDA 1ELJA 1URGA 1VFEA 1Z7ME 1B7UA 4GXSB 1MY1A 4KCDA 4RJZA 3VFJA 5IAIA 2VGQA 4FIMA 1DMBA 1P99A 3T9XB 5BUUA 3THIA 1O64A 1IXIA 1NL5A 2B3FA 2I6EA 2XXIA 3EQ1A 3PPQA 4OTEA 4ELOA 1BP5A 2QMWA 3E13X 2DWIA 4NMYA 4RYAA 3DRFA 2BJJX 3A3CA 3FD3A 5I58A 1HSJA 1SDXA 4UACA 3AXFA 4LZ7A 1JW1A 3OEMA 3TTMA 5JEIA 1XC1A 3MBPA 1O7TA 4YB5A 4G68C 3FV1A 3FVOA 3IORA 3K4UA 2ONRA 1WVJA 4G68A 3U72A 3SETA 1FQCA 1GR2A 3KN7A 3T66A 3O28A 1PBQA 3OO7A 4RY1A 1HSLA 3K1PA 1N7XA 4XKPA 4R72A 3R26A 4MLQA 4UA8A 1B2HA 1DPPA 4KI0E 1SW5A 4Q5TA 3SEWA 1B1XA 4F31B 4QHQA 2OJTA 1JETA 3VXBA 2P0SA 2QS1A 1CB6A 1OQHA 4QF9A 4LVQA 4XIGQ 3PPOA 1N3XA 1B3LA 3CHGA 3W9WA 4F1UA 1B5JA 3K1NA 4ZE8A 4ONYA 1MY2A 1GGGA 3G3GA 4R75A 4Z7EA 1MQIA 3DRKA 3H7MA 4ESXA 3KSXA 4OWDA 3V5AA 3JZJA 1Y1ZA 3F11A 1LAHE 3O9PA 4EQ9A 1AIVA 1LCTA 3OD7A 1D9YA 3N94A 2UVIA 5CBRA 3O97A 4Q8RA 3KG2A 2FA7A 3DRGA 4ZZAA 2DE2A 3D4CA 1ZJLA 2I48A 3QXMA 1VE4A 2Q88A 3DP6A 1TFAA 3PV0E 3SDFA 2HCAA 2HEUA 4Q0CA 2HZKA 1IXCA 3IK6B 1VFDA 4RPOA 3K00A 1IXHA 5H8FB 1J1NA 1OVBA 3IOVA 2W7YA 3O6IA 4RK2A 1LB8A 3FJMA 3H6TA 2NVUB 2Z8EA 4KYEA 4ZEDA 5ICQA 3K6WA 4IO2A 4I1DA 1VR5A 4XKQA 3C32A 4PETA 3TCGA 3LSFB 3PMWA 4F19A 1P1OA 1UTHB 2THIA 4YZZA 1B4ZA 1LCFA 4F18A 3RQTA 4RA1A 4BLAA 1YPNA 4GVOA 4DXCA 5CMKA 3TELA 5DVJA 4QRZA 4OMBA 5I57A 2PBWA 4H5GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ET5A 1IMEA 1MS7A 1P1UA 3ROJA 3FTOA 1FPJA 4NTLA 2ZYNA 5DT6A 1D3KA 4LQ5A 5IZ1A 4XTCQ 3RPWA 3S9EA 4M4GA 5ESYA 2UVJA 1US5A 1I6QA 3E79A 1BTJA 4F2OA 3V89B 1QUJA 5EHSA 2Y5LA 3VE1B 3OO9A 4EQ7A 2OWTA 2Y7PA 3KFMA 4AQ4A 5CM6A 4OXVA 3OSRA 3CR9A 4R6YA 2DE3A 1ZKBA 3TTNA 2QMXA 3EHTA 3VVFA 5ICTA 2FNCA 1RDYA 2QRYA 4NF8B 1NV2A 5H8QB 4LQ2A 5I59B 1IUDA 3TDJA 1DTGA 3G3JA 4X1DA 2V3QA 2NWJA 4QSEA 4BDOA 4UABA 1NV1A 2VD2A 4G61A 3KBRA 5H8SA 4G77A 3KEIA 4BDNA 1Y20A 2Q2CA 3B6TA 2X7PA 4H1XA 4R9FA 5DW8A 3BBRA 1YCJA 3PPRA 2DE4A 4DZ1A 2ZYKA 2ANJA 1NUXA 2V93A 5JTYA 4H8JA 3S4UA 2DOJA 4U1ZA 2Q74A 4FJPA 1MPDA 5AA2B 1IMDA 4TLMB 1EYKA 4I9DA 3PAMA 2OZZA 2GH9A 4YB6A 2F8DA 3T9UA 4LONB 3LC8A 3QMFA 4GWUA 1NH8A 1JP4A 1NNFA 3MZ9A 4JVDA 1SBPA 5EQ7A 4NEDA 4DIGA 5A5XA 1NV4A 5IZ3B 3LR1A 1NNKA 4G8NA 3PUVE 3A29A 3OEKA 1JEUA 1FBDA 1LAGE 1RDXA 1LSTA 3VLUA 4IO3A 1D4NA 4N15A 2ZYMA 3MPLA 5BWJA 2QVRA 4ZEFA 2ABHA 3QIMA 5KCJA 1IEJA 4ZEIA 3C31A 1IITA 4PP0A 1IMAA 3RLFE 3H3GA 1SI1A 2UVGA 3GXAA 2QL3A 3QSLA 1BKAA 4QBAA 1Y3NA 4OVJA 1SPIA 5H8NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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