4OEVA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(ii) ion
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
b'KIPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
source organism Campylobacter jejuni
molecule tags Transport protein
total genus 172
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oevA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oevA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oevA02
3G3IA 4PFTA 1FQEA 3TFLA 1B9JA 3OENA 3FUZA 3UORA 4F3PA 1N0TA 3JYRA 1VSOA 4F3GA 1RYOA 1SVXB 1URGA 4F3SA 4WKMA 3K1NA 2OCUA 2OJTA 3IB1A 1B3EA 4FE8A 4DIGA 1YTVA 1NMUA 4BDNA 3M3LA 3PUWE 1MY1A 3V8XB 1VR5A 4PFWA 1JW4A 3D4CA 4QFOA 4PE5B 5TPAB 4YAHX 1XC1A 1B0HA 3IJOB 3W15C 3VVDA 1Y20A 1PB7A 2Q88A 3C33A 2OK2A 1B7ZA 3M8UA 3SDFA 1XVXA 4E0XA 3DP6A 5EHSA 3U94A 1B32A 4YB6A 3TTRA 4NTLA 4MLVA 3RY3A 2F34A 2XX9A 4DXUA 1EZOA 5ISUA 4R6KA 4ZEFA 1Y4TA 1QJMA 4ZZAA 3DLNA 3IB2A 3A3UA 2QS4A 2QRYA 3B6TA 1Y9UA 1NNPA 4KYDA 4RA1A 3MP8A 3MPLA 1MG1A 4BDQA 3MVZA 1OLCA 3I5OA 5KZTA 2DVZA 2YPNA 4ZE9A 1HSLA 1LB8A 3KN3A 4EF2A 4DLDA 3FVKA 3KJTA 1TFDA 2ONKE 2F35A 5B70A 3PMWA 4RJZA 4U2RA 1LCFA 4LP2B 2H4IA 3O28A 1FQDA 1S50A 1XHYA 3KSXA 4IO2A 4JSDA 1AIVA 1FTMA 2F6PA 2Q8JA 5M2VA 2ZYNA 3UIFA 4QSCA 4IO6A 3R7XA 2FNCA 3FXRA 1EH3A 3HN0A 1RKMA 1B7UA 3RYAA 2F7CA 4OEVA 2Q9TA 3JZJA 1MY2A 3FV2A 2E1SA 1GR2A 3TPAA 3OEKA 4NEDA 5AA1A 2Z22A 1N3XA 1II5A 3ODBA 2G29A 1SW5A 3PPPA 3K1PA 1B5IA 1QW0A 2XXQA 1UIVA 2YLNA 1B4HA 4ESWA 1QUJA 4OENA 2P2AA 4YB5A 5ICQA 4NF5A 2B3BA 5JTYA 4R6YA 3K6XA 3HO7A 1Z7ME 4Q30B 5DT6A 2WOKA 3S9NC 4MFIA 3DRJA 1DTGA 3FXQA 3BFUA 1IXCA 2XXTA 3F11A 4BDRA 2NXOA 3C4MA 4G8MA 5BWJA 2VD2A 4EQ9A 3H03A 4QRZA 4KI0E 1ZTYA 1Q35A 3RTWB 2Q89A 2B3FA 5DYHA 3FGSA 1LFIA 4DE8A 5K2XA 3IR1A 3H6TA 4PP0A 2UVIA 3LBSA 4OQOA 3LSXA 5KCJA 3TTLA 2QS3A 3G3HA 1MXWA 5JK4A 2NVUB 5CBSA 1JQFA 4KPTA 2WKYA 4XKNA 3MP6A 1TXFA 4I9DA 2O84X 4OFLA 2X7PA 3G3FA 2UYFA 3HCQA 4IB2A 4P0GA 4R75A 1BIYA 3IOWA 4U1ZA 1FTLA 3N5LA 3SEWA 3KBRA 2PVUA 3KG2A 3PPNA 4ZEDA 2XD3A 1WVJA 2ZNUA 1UTHA 1JW5A 4QFPA 2V93A 3VLVA 5CM6A 1A8FA 2B4LA 3WAEA 5FHNA 4R2FA 3U8QA 3AXFA 3BBRA 5I2NA 1MXYA 2QMXA 1B3HA 1OQGA 3TAJA 3VDFA 3T93B 5ICTA 1R1NA 5IAIA 3MQ9A 3OO9A 1M5EA 1MY0A 1DPPA 1XS5A 2HZKA 5FTHA 1SDXA 3ONMA 1CE2A 4GFRA 2R71A 4ZZEA 3SETA 4R6HA 1L5TA 4OESA 3IORA 2I4BA 1MQHA 3TELA 4EQBA 1UTBA 3HV1A 3QAXA 3O2AA 4OTEA 3EHUA 2RCAA 4XKRA 3PUYE 4C1TA 1NNKA 4I62A 5H8SA 4YKJA 2QPQA 5AE4A 1KWHA 3KZGA 3V83A 1B52A 3CVGA 3K00A 4U21A 2NWJA 1N7XA 4JWOA 4JSOA 4F19A 4H65A 1B58A 3FASA 4YZZA 5L9SA 3K6VA 3E9XA 4MH5A 4YB7A 5DEXB 4F2QA 3K6UA 3TTNA 3I3VA 3I6VA 2DE2A 3MAMA 3QUJA 1JEVA 2CMOA 3UK4A 2PBWA 1I69A 4TLMB 2DXRA 2Z8EA 5TPAA 4OYVA 1B3FA 5AA3A 1ATGA 3S9LC 1O7TA 3IB0A 2UYEA 1Y3PA 4DDDA 4OFJA 2ONSA 1HSJA 2DYXA 4JWYA 5FHOA 2I3WA 4G68C 3C31A 1SD3A 1OVBA 2IEEA 5I2KB 4EXLA 2XX7A 4QHQA 4G68A 5ITOA 4H8JA 5IKBA 3Q25A 4F22A 3QSLA 1MM6A 3N6UA 3R26A 3GBBA 3TCGA 1PDAA 4ESXA 5I59B 5DVFA 3RPWA 5K2YA 3TODA 4LZ7A 1DSNA 2CZLA 4GXSB 1A55A 2LAOA 5HM4B 2I6EA 5HPQA 2VHAA 5DVIA 1WODA 4RY1A 4RXLA 1N04A 3T9VA 4ECFA 2PT2A 4MLQA 1AH5A 3QUFA 2OWTA 2F36A 3FTOA 5I58B 4FIMA 1GV8A 3U72A 3DRHA 5I56B 2QS2A 4NF6B 3MZ1A 2VOZA 1P1OA 2DXYA 2O51A 1B5JA 2O68A 1LBCA 3QIMA 4NF4B 5TP9B 5A5XB 1MQDA 5H8HB 1LFHA 2H98A 1B51A 2DWHA 1MQJA 1Q1KA 1MQGA 1B6HA 4M4GA 4OVJA 1ZKBA 2XXYA 3SERA 4KYEA 2AL5A 1NFTA 4IGRA 4XKPA 4YKIA 3RN8A 3TEPA 1GGGA 3MVYA 3IAZA 1SW2A 3O66A 4Q5TA 1YAEA 1IITA 4YU0A 4ELRA 1QUIA 3MZ9A 1B7HA 1LLSA 4U1OA 2F7BA 2ALUA 3OXNA 1VFEA 1D3KA 3UP9A 1N3WA 4G8NA 3CR9A 2REJA 2O69A 1DTZA 1MQIA 5DVJA 1BLFA 1ZJLA 1H43A 1MRPA 3ZKKA 4H67A 2QL3A 3C32A 3EF7A 1MDQA 3VVFA 4H5FA 1ZIUA 1UIUA 2HFBA 2PT1A 2QJEA 5L9OA 4X1DA 4QSEA 3FXUA 1P1NA 4NF8A 5KDTA 2ZYKA 1FQAA 2I0BA 1B05A 3OO6A 1LBBA 3G7WA 2PMSA 4C1UA 1MXUA 4KYSA 3EN3A 2Q2AA 3V5AA 4OHNA 3O9PA 1IZ1A 1SI1A 3SEYA 1O64A 2Z8FA 4OERA 3C34A 4NMYA 2PX1A 4PFUA 2HEUA 3A09A 1H3DA 4O3CA 3Q29A 5AA2B 2P1SA 4FORA 3N94A 3C9HA 3PV0E 5H8FB 1P99A 3DRIA 4PQJA 4LZ8A 2UVHA 1YPNA 3OD7A 3UA8A 3O6IA 4RPOA 3IOTA 3TZAA 3IL1B 3DRGA 3IOUA 4PETA 4F3BA 3Q27A 2ZYMA 4ISUA 4R2BA 5TU0A 4O3BA 4IY6A 2HAVA 3TTMA 2ANJA 5HBCA 3OMBA 1OLAA 2AIXA 3K0VA 4LA9A 4QFKA 3MC2A 4PFYA 1XVYA 2KLFA 4KFQA 3M3FA 5BUUA 3Q28A 1MDP1 4DCXA 1BP5A 1P1UA 3K6WA 2G93A 3M3KA 4OEUA 3U92A 3OSRA 3TCHA 4YMBA 1FW0A 4BDMA 1FTOA 3VE1B 1TWYA 1URSA 4NWCA 4QFNA 4KCDA 3DELB 3CFLA 4H0WA 3RNNA 3S9EA 5I57B 3PUXE 2DWIA 3MBPA 4ELPA 3KSJA 3PPRA 3FATA 1M5DA 3KOTA 2THIA 4KR5A 2RC8A 1Z7NE 5H8NA 4OMBA 2F5XA 2Y7RA 1S9TA 4LQ5A 4RYAA 3IK6B 1JEUA 5FTIA 1LFGA 5B7DA 5DEXA 1AOVA 3UN6A 4AB5A 4U23A 2OZZA 1LAFE 3O6GA 3H6WA 4XTCQ 4KD5A 1PB9A 4HTGA 2I58A 3KN8A 3H4ZA 4POWA 3QYTA 1IXIA 3MW0A 4Z7EA 5H8QB 4F1VA 4LZ5A 3CRBA 1MXVA 3R6UA 3RT8A 2HCAA 4R9GA 1MPBA 4TOZA 1B40A 2WOLA 3OOAA 3ZSFA 1LB9A 5I2KA 3G3KA 4NF5B 5JTYB 2DWAA 2GRVA 3D4GA 3RGYA 4F1YA 4GWOA 5ELVA 4XKQA 3HSTA 3ZKLA 4X48A 3W9VA 4U4XA 4YICA 2GHAA 3P7IA 3OELA 4ZEBA 1QVSA 1AL3A 5F1QA 4TLLB 2Z23A 4JBZA 2B4MA 3KJ7A 3B7DA 3L6HA 4C0RA 1WDNA 4QSDA 3KGCA 1POY1 5CC2A 1OMPA 2B65A 3SEUA 4QFLA 1A7LA 1A8EA 5I56A 2V3TA 1IUDA 4GF8A 3HHGA 2Y7KA 1I6QA 4NF4A 2XXXA 3T9HB 4XIGQ 3FV1A 5H8HA 3FJ7A 4Z0IA 1TT1A 5KCJB 2R9JA 3EPEA 4N07A 1A99A 2OLBA 2VGQA 4YKPA 3FVGA 4F1UA 2NUVA 3T9XB 4YMAA 3DRFA 1SQYA 2RC7A 3U1OA 4YKKA 3VV5A 1USYE 5AA4B 1LGBC 1MPCA 1FTKA 4DCYA 2UVJA 5DTBA 2X26A 4RNSA 4ZDMA 3MUQA 3OO8A 1UTHB 3TTKA 4HS7A 4GXAA 2ESNA 4ZE8A 4LUBA 2A5TB 1F9BA 2XXVA 1IIWA 2FYIA 5CI5A 4WXJA 5I2NB 1VFDA 2R6GE 2F8DA 1ZMGA 1MS7A 4H5GA 4R74A 2O7UA 1FQCA 1VE4A 4R9FA 4GOTA 2GFEA 1IXGA 3ECRA 3B6QA 1EZPA 4R72A 3MZBA 4EUOA 4GLIA 4EF1A 1MY3A 2IA4A 4FEBA 1M5BA 2RF1A 4OXVA 1Y3QA 3BKIB 3MPKA 4HCWA 4DZ1A 3GZGA 3SESA 1UTBB 3B6WA 3MVXA 3T9UA 3N26A 3TCFA 3H6VA 4F29A 2UVGA 1R9LA 3IO4A 3OEMA 4OFOA 2XXWA 4UACA 2XX8A 1JVYA 1NKXA 4P0IA 3RUMA 5EYFA 2WOPA 3S2VA 3KOSA 4MBPA 1SYIA 3LR1A 1OIBA 2ZYOA 4G8HA 3GBAA 4GRKA 3ZS6A 5AA2A 4IGTA 2RC9A 2Y7IA 1FCKA 3KFMA 3CG1A 5H8FA 4LQ2A 3IX1A 1BTJA 2UXAA 3FVOA 4MF3A 1O63A 2VP1A 2HXWA 3E13X 1Y4CA 4AQ4A 2F97A 3IO6A 4BLAA 3VVEA 1DOTA 2W7YA 4JXIA 3VXCA 3FIRA 1B3GA 2M8CA 3EHTA 4F18A 4N6PA 3SKPA 2V3QA 2V84A 2QS1A 5EHMA 2HZLA 3TQWA 2QMWA 1N76A 1Y1ZA 2I4CA 3G3GA 1R9QA 4KQPA 4ONYA 4H8IA 4XXUA 1GTKA 1B2HA 1YCJA 1JW1A 2P0SA 4GQOA 4JB7A 4G68B 1OQHA 2O7IA 2XD2A 4ND9A 1NNFA 3O6HA 1LAHE 4G77A 4BDOA 1US5A 2AL4A 1BKAA 2V25A 1JETA 1GVCA 1IQ7A 3T22A 3TMGA 2DVCA 1B1HA 4X9TA 2XXRA 1HSEA 4IO4A 3K02A 3FVNA 3FZVA 3MVWA 4F39A 5I57A 5CMMA 3PUVE 2I3VA 3CI8A 4M1VA 2F7AA 3RTFB 1SW1A 3PGFA 3KEIA 4OWDA 5L9MA 1MXXA 4FJPA 2NOOA 5ITPA 3T66A 3CSGA 3ILUB 3PU5A 1LAXA 1US4A 4H6DA 4N13A 5AA2D 4FECA 4AB6A 1FQFA 1P1QA 1LSTA 4BDLA 2DE4A 3C35A 2I48A 3GXAA 4G2ZA 4HCYA 2V3UA 2I0CA 1LAGE 4EDPA 2Y7WA 3RYBA 1XOCA 4RPNA 2ABHA 3OO7A 3K01A 3K1MA 4ZS9A 5H8QA 4K3FA 4THIA 1EZ9A 2BJJX 1ZU0A 1URDA 3E4RA 4ZECA 1S7YA 1PB8A 3L6GA 5CBRA 3TDJA 4WEDA 1D4NA 3EQ1A 1XT8A 4OZ9A 4TQUQ 2F6GA 4NE4A 1MH4A 3DRKA 3SEVA 3VXBA 3MP1A 3QXMA 3CHGA 2DSFA 3O97A 1J1NA 5FHMA 4LONB 3FJGA 4RK2A 4GL0A 4KCCA 4G4PA 4JDFA 2O1MA 2GHBA 1AMFA 5CMBA 4H1XA 3S9MC 1PBPA 5LOMA 3C36A 3CFXA 4GD5A 2DOJA 3HHFA 4GL8A 1QUKA 1SYHA 2O6AA 2RKMA 1N7WA 5CMKA 4NF8B 3H06B 4R73A 5CMCA 5KDTB 2ZXTA 1ANFA 1MPDA 2DP8A 2QSXA 2DS9A 2VD3A 2XXIA 2OBGA 1POTA 3LSWA 3GLBA 5CRYA 3CFZA 2Z8DA 3EHSA 2XHDA 3IJXB 3A3CA 3HPIA 4E0WA 4LVQA 1MY4A 2DWJA 4F2OA 2X7QA 2ZMBA 1NNTA 4RK9A 3DP4A 1B5HA 1NH8A 2H9BA 2XXHA 2OWSA 4OETA 4I1DA 1TFAA 2Q2CA 5AA4A 2D3IA 3O29A 4WEPA 4QF9A 1FQBA 3V89B 4F31B 4IO7A 1IXHA 3VFJA 1ZBMA 3TUSA 3PMXA 3TKDA 4FAJA 3OSQA 1N84A 4I8CA 1MM7A 3PAMA 2A5TA 4Q8RA 1MH3A 2E0SA 3T96B 3DM0A 3TYHA 3ILTB 1A40A 2FA7A 2RINA 3PD8A 3UGWA 3WAFA 5I59A 2RCBA 1JNFA 1P1WA 3QK6A 1R6ZA 4IY5A 2Y84A 4LATA 1PEBA 2ZNTA 1EU8A 1B4ZA 1DPEA 3LUYA 4KHZE 3H6UA 4FEDA 2REGA 1Y1MA 1QULA 5I58A 1B1XA 4NF6A 2F78A 4FATA 5F7VA 4DXCA 2XXUA 5TP9A 3S4UA 5A5XA 1Y3NA 2XXPA 1FTJA 5I84A 2O1LA 1QKBA 4EQ7A 4L17A 1I6BA 1ZLQA 3KN7A 5JEIA 4Q0CA 2D21A 3Q26A 2HAUA 1H44A 3MJNA 4P11A 4U22A 4EXKA 1H45A 1IEJA 5H8NB 1D9VA 3CSBA 1JVXA 3PMVA 2HQ0A 3TQLA 3CIJA 3JV9A 3RQTA 4GIZA 3MWBA 2H99A 2D5WA 3LVUA 1A54A 3O6PA 1ELJA 4NWDA 5L8DA 3PPQA 2ZNSA 1H76A 4UA8A 3FD3A 1MXZA 3G3JA 3H3GA 4JWXA 4U4SA 1CB6A 3PPOA 3CG3A 3USDA 4IO3A 1B46A 3LSFB 4POXA 1B0LA 3LC8A 3K2DA 1RYXA 3U93A 1M5CA 3N6TA 4GVOA 2DQVA 1NH7A 4HW8A 2H25A 3PD9A 3THIA 4ELQA 1I6AA 4ZEIA 3K4UA 1B3LA 2H5YA 3SEXA 2PYYA 1UQWA 1USYH 3FJMA 2ONRA 3DP8A 4O3AA 4X1BA 1QKAA 1OVTA 1M5FA 3LSLA 4ELOA 2A5SA 3E3KA 1SW4A 3IOVA 2DE3A 3RT6B 2AYSA 1SBPA 3W9WA 1D9YA 3VLWA 1SI0A 4DXBA 4IO5A 1T0KA 2YJPA 3BFTA 4ZEKA 5J1DA 3RLFE 2GH9A 1DMBA 3H7MA 1NL5A 1PBQA 2Y7PA 2I49A 3PUZE 3VLUA 1LCTA 1PC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3IA 4PFTA 1FQEA 3TFLA 1B9JA 3OENA 3FUZA 3UORA 4F3PA 1N0TA 3JYRA 1VSOA 4F3GA 1RYOA 1SVXB 1URGA 4F3SA 4WKMA 4JVCA 3K1NA 2OCUA 2OJTA 3IB1A 4N15A 1B3EA 3U65A 5T3JA 4FE8A 4DIGA 1YTVA 1NMUA 4BDNA 3M3LA 3PUWE 1MY1A 3V8XB 1VR5A 4PFWA 4GWXA 1JW4A 3D4CA 4QFOA 4PE5B 5TPAB 4YAHX 1XC1A 3LV0A 1B0HA 3IJOB 3W15C 3VVDA 1Y20A 1PB7A 2Q88A 3C33A 2OK2A 1B7ZA 1EYJA 3M8UA 3SDFA 1XVXA 3DP6A 4E0XA 5EHSA 3U94A 1B32A 4YB6A 3TTRA 4NTLA 4MLVA 3RY3A 2V4CA 2F34A 2XX9A 4DXUA 1EZOA 5ISUA 4R6KA 4ZEFA 1Y4TA 1QJMA 4ZZAA 4NF0A 3DLNA 3IB2A 3A3UA 2QS4A 2XXKA 2QRYA 3B6TA 1Y9UA 4PAFA 1NNPA 4KYDA 4RA1A 3MP8A 3MPLA 1MG1A 4BDQA 3B50A 3MVZA 1OLCA 4PAKA 3I5OA 5KZTA 2DVZA 2YPNA 4ZE9A 1DCUA 1HSLA 1LB8A 3KN3A 4EF2A 1CNQA 4DLDA 3FVKA 3KJTA 1TFDA 2ONKE 2F35A 5B70A 3PMWA 4RJZA 4U2RA 5DW8A 1LCFA 4LP2B 2H4IA 3O28A 1FBPA 1FQDA 1S50A 1XHYA 3KSXA 4IO2A 4JSDA 1AIVA 1FTMA 2F6PA 2Q8JA 5M2VA 2ZYNA 3UIFA 4MNCA 4QSCA 4IO6A 3R7XA 2FNCA 1NI9A 3FXRA 1EH3A 3HN0A 1RKMA 1B7UA 3RYAA 2F7CA 4OEVA 2Q9TA 3JZJA 1MY2A 2WYKA 3FV2A 2E1SA 1GR2A 4OVRA 3TPAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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