4OFJA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein SaNikA
total genus 167
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofjA01
1OQHA 4OETA 2V3TA 1NH8A 1DTGA 2VGQA 3DRKA 4LQ2A 2DE3A 5IKBA 1RKMA 1UTHA 5LOMA 3FXQA 5DVJA 1P1QA 3MUQA 4PP0A 1A99A 4O3BA 4AB5A 5B70A 1MY2A 1QUJA 1PBQA 2YJPA 2F97A 1O64A 1B3HA 2DQVA 4R6HA 2NXOA 4PFWA 1B7ZA 4QSCA 1JQFA 2HZKA 2UVGA 3MVWA 1DSNA 4ZECA 1LBBA 3FJGA 3TAJA 4C0RA 5H8FA 4H8JA 4ZEKA 5AA4B 2REGA 3ZKKA 4GFRA 1YCJA 2OWSA 3S9MC 3KBRA 3W15C 3S2VA 1EH3A 5I2KB 5J1DA 2A5TB 2OCUA 2ZNTA 2ZXTA 4PE5B 1B7HA 3TCHA 2X26A 4TLMB 1MXVA 1MQJA 3PUWE 4YAHX 5I56A 1BKAA 1M5DA 2Y7RA 5DEXA 5H8HA 4ESWA 4PETA 2F6GA 5CMMA 4YKKA 2FA7A 1B1XA 5A5XB 1ZU0A 3OO6A 4ZEDA 4KI0E 4R74A 4WEDA 1P1OA 2H99A 4OVJA 2X7QA 3IJXB 1MXUA 4F29A 2REJA 1B6HA 2F35A 1SD3A 3E13X 3FGSA 4HCWA 3O6HA 1LAHE 1IEJA 3MC2A 1MPDA 5AA1A 5CMKA 4U4XA 4QFPA 3I6VA 1US4A 1LB9A 4R6YA 1S7YA 3RNNA 1R9LA 3G3GA 1USYE 4OZ9A 5FTHA 3HCQA 3OEMA 5H8NA 4GL8A 3ZKLA 4OYVA 3SEXA 3JYRA 4OHNA 4ZEFA 2QRYA 4OERA 5CI5A 4ZZEA 3C31A 4FECA 3O6GA 2V93A 4OTEA 1JEUA 4N13A 1QKBA 3BFTA 3G3JA 4YMAA 5CBSA 1IXIA 1AOVA 3ONMA 3PUVE 4BDMA 2G93A 2O7IA 4EDPA 2WOKA 4ZEBA 1N7WA 1N3XA 3OSQA 2WOLA 1TFAA 3TTLA 1MY1A 5HM4B 3IK6B 4LA9A 4U22A 3T9VA 4OMBA 3O66A 3QUJA 1XVYA 3H4ZA 3MWBA 3K00A 4IGRA 3KJ7A 3PMVA 3Q27A 3CIJA 4H1XA 4KHZE 1HSLA 2FYIA 2Z22A 4C1UA 3CG1A 3V83A 2DP8A 1FTKA 2OBGA 1XVXA 2V3QA 4XTCQ 3MBPA 3S9NC 3EHTA 4EF2A 3TCGA 1US5A 2QS2A 1N0TA 5KDTB 3G3HA 1DTZA 1B51A 3MW0A 1VFEA 2ONRA 3CFZA 5CMBA 4X1DA 3H7MA 5B7DA 4PFYA 3K1NA 1B40A 3SEYA 3T9XB 4OQOA 2VP1A 3FVGA 1LFIA 1Y1MA 3LBSA 3VVFA 3IORA 3K6UA 3TTKA 2Y7WA 1II5A 4ND9A 2I48A 3O29A 1Y9UA 1XOCA 4F1VA 3TCFA 1SW1A 2PBWA 2F36A 3K01A 4G8NA 4KCCA 2UVIA 1LLSA 4TLLB 1B1HA 4G4PA 4X48A 4G2ZA 1B0HA 1FQBA 3N6TA 2XD2A 3GBBA 4JWYA 2P1SA 4ELRA 5L9OA 5BUUA 3RYAA 3K0VA 4ECFA 1Z7ME 3A3UA 1A54A 1MXXA 2QMWA 4L17A 4OFJA 4QF9A 3SERA 3W9WA 4NF4B 4IO2A 1LB8A 1LAXA 1MG1A 3KN3A 4U1OA 2NWJA 1MQIA 4JB7A 1URSA 3TUSA 2I49A 4FEBA 2Y84A 3FD3A 3QK6A 1LCTA 4Q8RA 4YMBA 4G68B 4F31B 4MBPA 4JBZA 2NOOA 2ESNA 5EHMA 3KOTA 1OLCA 3MPKA 4F1UA 3FVKA 1B5IA 2H98A 2W7YA 3O97A 4U1ZA 3KGCA 1MXYA 1VE4A 1ZLQA 3CSGA 2B4MA 4RA1A 3OD7A 4GD5A 1Y1ZA 3U72A 4M1VA 2DOJA 4THIA 3ILTB 1EZPA 1D4NA 3I3VA 3HV1A 4RK2A 3E4RA 4F3PA 3DLNA 1OMPA 1XS5A 2RF1A 4GL0A 4FEDA 1FQAA 4GXAA 3QXMA 2OWTA 4GLIA 4GRKA 4NF6B 1LFHA 2DVCA 2XD3A 3VLWA 3M3LA 3RGYA 1I6BA 2D5WA 1LFGA 2ONKE 3CFXA 1PC3A 1YAEA 4NF5A 1PB8A 4X1BA 3RTFB 3MZ9A 3SKPA 1VFDA 3S4UA 4NF8B 3A09A 2A5SA 2V25A 2AL4A 1O63A 4NEDA 4TQUQ 1B05A 1ANFA 4PQJA 4E0XA 2V84A 4I62A 2UYEA 2VD3A 3N6UA 1POTA 1JW5A 3PGFA 4GIZA 4LUBA 4XIGQ 2GRVA 2P0SA 4OFOA 1LSTA 4NF4A 2O1MA 3SESA 2HXWA 2QPQA 5HBCA 4R9FA 1QUKA 1NKXA 1OLAA 4LVQA 2QS4A 2F7BA 4E0WA 3K6VA 5ITPA 1B3EA 2QMXA 2RCBA 3CSBA 3DP6A 4JDFA 2RC7A 1NFTA 3VFJA 1UTBA 2XXIA 1AIVA 1QKAA 3ZSFA 3C32A 3B7DA 4N6PA 3ECRA 4YKJA 5ITOA 2H5YA 3FVOA 4KFQA 1H44A 3FV2A 4ZDMA 3PU5A 2XX9A 4YKPA 4NWDA 1SYHA 2ONSA 4JXIA 3R7XA 3RN8A 1H45A 3E3KA 4DE8A 1OQGA 1QUIA 1ZBMA 1FQCA 3RQTA 5TPAA 1B52A 3MAMA 2F78A 1OIBA 4OENA 1Y4TA 3ILUB 3H03A 2XX7A 2VHAA 3FJMA 4H0WA 1B3LA 1R9QA 1URDA 3T96B 2F8DA 3RLFE 1B4ZA 2CZLA 2I0CA 5FHMA 1TFDA 3MP8A 1UIUA 3LC8A 3KEIA 5TU0A 1ATGA 4NF5B 1HSEA 3IB1A 3VE1B 2DWHA 5DT6A 1SYIA 1MY4A 4GOTA 1FQDA 5CRYA 5F7VA 5I2KA 1B2HA 2QJEA 3LSLA 5K2YA 4DDDA 3UK4A 1CB6A 5AA4A 2WKYA 5TPAB 3T9UA 1WODA 2I0BA 1SVXB 1DOTA 5FHNA 2XXPA 2ALUA 1AMFA 1I6QA 1TT1A 3FUZA 3MVYA 1ZKBA 1B32A 3KN7A 5F1QA 3KSXA 1SI0A 4HCYA 1H3DA 3H6WA 2IA4A 4R2FA 4IO7A 1XC1A 4IY5A 3MZBA 2H9BA 1GV8A 1UTBB 4OESA 4JSOA 1LBCA 2KLFA 2RCAA 4WKMA 2XXQA 3KZGA 3MZ1A 3R6UA 3DM0A 3SEVA 3FASA 4EQ7A 4I1DA 3TODA 4F22A 3D4CA 2HAUA 4FATA 3PPQA 1MDP1 3IO4A 3QAXA 4R72A 4F3BA 4Q0CA 3VXCA 3CRBA 3THIA 4RYAA 4YB6A 1FTMA 4QRZA 1UIVA 1IIWA 3H6TA 5I58A 5KZTA 1GGGA 1A40A 2DE4A 2P2AA 2Z8EA 3IO6A 4QHQA 5FHOA 1JEVA 1JNFA 3O6PA 2DXYA 5I58B 4TOZA 4DXBA 5BWJA 3FXUA 5H8SA 4F19A 1B58A 1N04A 3G7WA 4JWXA 1P1WA 4U23A 3U1OA 3S9LC 5EYFA 2DSFA 1O7TA 2GFEA 3BBRA 3UGWA 5IAIA 2Z8DA 5AA3A 1FTJA 1JVYA 1QVSA 3N94A 4KR5A 3B6QA 4Q30B 1L5TA 2ZNUA 3K02A 2I3WA 4NF6A 4YB5A 3C33A 4R73A 3SEUA 2O84X 1A7LA 3RT8A 3FIRA 4P11A 2R6GE 3TDJA 1XHYA 2I4BA 2GHAA 2Z8FA 3C4MA 4GF8A 3TZAA 5KDTA 4LP2B 4KPTA 4QSEA 3HPIA 3VVDA 1DPEA 2Z23A 1F9BA 2PT1A 5DVFA 2I4CA 3CHGA 3FZVA 3VDFA 4ZE9A 1M5CA 1Q1KA 3C9HA 3M3FA 4G68A 1BTJA 1VSOA 4DCYA 2OK2A 2PMSA 4LZ8A 4U2RA 1JW1A 4NF8A 2R71A 4HW8A 3OO7A 4KYEA 1SW5A 4ONYA 5H8HB 4OXVA 4YKIA 3RTWB 2O1LA 1SW4A 4EUOA 3G3FA 2NVUB 3TEPA 5I56B 2B4LA 3QUFA 2Q2CA 4IO4A 1GTKA 2ANJA 3K6WA 4IGTA 4IO6A 4ZZAA 2UYFA 2B3FA 1OVTA 2BJJX 3CR9A 1PB9A 3RYBA 3HHGA 1AH5A 1TXFA 3B6TA 4YICA 3TTMA 3LUYA 4NTLA 1LAGE 3CI8A 5H8FB 1SW2A 3FATA 1YPNA 1TWYA 3D4GA 4KQPA 4R6KA 4O3AA 4UA8A 4ZS9A 3V8XB 2F34A 4DIGA 5CC2A 1XT8A 2IEEA 3EF7A 3DRIA 1NNTA 3FJ7A 2ZYOA 1MQDA 2Q2AA 3FVNA 1IITA 2UVJA 4IO3A 4P0IA 3RPWA 2DE2A 2VOZA 1MPBA 3CVGA 2O51A 2Y7KA 4G77A 3MP6A 3G3IA 3PPNA 5JTYB 3R26A 3AXFA 2R9JA 2RC9A 3EN3A 1IUDA 1BLFA 2E0SA 3S9EA 2DXRA 1QULA 1WDNA 3TKDA 3F11A 4BDNA 3SEWA 2H4IA 3T93B 1T0KA 1OVBA 2CMOA 5DTBA 5TP9A 1N3WA 1IXCA 3EQ1A 4GVOA 3VV5A 4H67A 1P1NA 5DEXB 3IB0A 3LSFB 3H3GA 4OEVA 1R6ZA 4FE8A 1M5EA 1H43A 2UVHA 2UXAA 1MH3A 3IL1B 4BDQA 4U4SA 3DP4A 3K6XA 3FV1A 5A5XA 2F7CA 4JWOA 3KFMA 4C1TA 1SBPA 1MXZA 4GQOA 3PD8A 1Y4CA 2XXWA 3U8QA 2B65A 3N5LA 2OLBA 3PPOA 1FTOA 1R1NA 3TQWA 3TTNA 1B4HA 3MPLA 2RKMA 1SDXA 3LVUA 1P99A 1MPCA 2E1SA 2XHDA 2ZMBA 3OENA 3QYTA 2I58A 3OOAA 2QS3A 4XKNA 4RY1A 3I5OA 3PD9A 3OELA 3EPEA 3KSJA 2I3VA 3IOWA 4QFNA 1POY1 3DRJA 4EXKA 1GR2A 4EQBA 5H8NB 4RNSA 1N7XA 2ABHA 4F39A 5CBRA 4LZ7A 1UQWA 2PYYA 3OSRA 4XKRA 3K2DA 4Q5TA 3QSLA 1J1NA 5ICQA 1B0LA 5CMCA 3MVXA 3PPPA 4MF3A 4I9DA 4GXSB 1UTHB 3HHFA 1DPPA 3FTOA 1M5BA 1NL5A 1ZMGA 1ZJLA 3DRFA 2OJTA 3VLUA 4F1YA 1MXWA 5M2VA 3K1PA 1MS7A 2Q88A 1I69A 3HO7A 3PMXA 4F2OA 5KCJB 5I57A 3UP9A 1JVXA 1D9YA 3LSWA 1Y20A 3C35A 4BLAA 1EU8A 2LAOA 2Y7PA 1NNKA 4F3GA 1HSJA 1D9VA 1MH4A 4H5GA 4I8CA 2RC8A 4EQ9A 3IOTA 1MQGA 3VXBA 2A5TA 2F6PA 1URGA 1SQYA 4KCDA 2QL3A 4H6DA 5I59A 4MLVA 4LQ5A 4XKPA 5H8QB 3H06B 3HN0A 3P7IA 4RJZA 4G68C 5I59B 1B46A 2XXUA 4DLDA 1MY0A 4YZZA 3VVEA 4LONB 3USDA 4BDLA 3T22A 3DRHA 4DCXA 1FQEA 1WVJA 4H65A 3PPRA 1IQ7A 2QSXA 5AA2A 1DMBA 2Y7IA 1MY3A 3T66A 1I6AA 3EHUA 4R9GA 5L8DA 4POWA 1JW4A 3UN6A 3CFLA 1USYH 2THIA 2AYSA 3IX1A 1LGBC 1VR5A 3JZJA 3KN8A 3V5AA 4DZ1A 2OZZA 2XXXA 3ODBA 3GXAA 4DXUA 3TQLA 1Q35A 2G29A 4KD5A 3MJNA 4K3FA 3T9HB 4QFOA 1MM6A 4IY6A 3Q28A 2RINA 5AE4A 5CM6A 3CG3A 3PAMA 2PVUA 3OO9A 4P0GA 3TYHA 3WAFA 4QFLA 2V3UA 2ZNSA 3L6GA 1S50A 1JETA 4KYSA 3U92A 4POXA 1AL3A 1B5JA 1KWHA 4LZ5A 2VD2A 3IB2A 5ICTA 5JK4A 2O7UA 3KOSA 3O2AA 3BFUA 2QS1A 1N76A 1BIYA 4IB2A 3PV0E 4OFLA 4N07A 4F2QA 1QW0A 2WOPA 3IOUA 4RK9A 2XXTA 1PBPA 4G8MA 4KYDA 3UA8A 2X7PA 2HEUA 4FJPA 2F7AA 2ZYKA 4IO5A 3OMBA 3TMGA 1PB7A 4MFIA 5HPQA 1M5FA 1PDAA 4FAJA 1FQFA 1S9TA 2AIXA 2FNCA 2HZLA 1NH7A 2O68A 3OEKA 1MRPA 2B3BA 1FTLA 3TPAA 2Q89A 2PX1A 3KJTA 1MM7A 3U93A 3E9XA 1P1UA 3OO8A 3UORA 5ISUA 3Q25A 1B5HA 5I2NB 4OEUA 3MVZA 1LCFA 3LSXA 1N84A 3IR1A 1Z7NE 3OXNA 5I2NA 1ELJA 4XXUA 3U94A 4AQ4A 4H8IA 2AL5A 1IXGA 1GVCA 4GWOA 1IXHA 5JTYA 4JSDA 4YU0A 3HSTA 3VLVA 3GBAA 4QSDA 1A8FA 4QFKA 5JEIA 5ELVA 4EXLA 3O28A 4ISUA 1H76A 1Y3PA 1Y3NA 3BKIB 4ZE8A 4HS7A 2NUVA 3WAEA 1B3GA 1A55A 2D3IA 1EZOA 1RYOA 3RY3A 1PEBA 3W9VA 2DWJA 2ZYMA 3H6UA 4M4GA 3O9PA 4ZEIA 2HCAA 4NE4A 3JV9A 3PUXE 4OWDA 2Q9TA 4RPOA 3SETA 1IZ1A 3MQ9A 2I6EA 3K4UA 4F3SA 5DYHA 3IJOB 4F18A 4EF1A 2XXRA 5L9MA 3KG2A 1YTVA 1RYXA 5KCJA 3ZS6A 2HFBA 3PUZE 4HTGA 3SDFA 4BDOA 1NNPA 3MP1A 3IAZA 3L6HA 4R2BA 3RT6B 3DP8A 2DVZA 2XXYA 1FW0A 1QJMA 2H25A 4NWCA 2XX8A 4Z7EA 4FIMA 4PFTA 3IOVA 4PFUA 2XXHA 5I84A 4NMYA 5K2XA 4MH5A 3PMWA 2HAVA 4YB7A 4MLQA 2D21A 1MQHA 3DRGA 1SI1A 1CE2A 3B6WA 3Q29A 3Q26A 4H5FA 2DS9A 3LR1A 4U21A 5DVIA 2ZYNA 4Z0IA 3FXRA 4O3CA 5L9SA 5AA2B 3H6VA 4X9TA 2Q8JA 3GZGA 2O69A 5H8QA 4UACA 1B7UA 3TTRA 2HQ0A 3V89B 4ELQA 4ESXA 3PUYE 1ZIUA 4R75A 3M3KA 3RUMA 3C36A 4XKQA 3TELA 3C34A 1MDQA 2DYXA 1NMUA 2YPNA 2YLNA 3G3KA 3TFLA 4ELPA 1Y3QA 2XXVA 3DELB 4DXCA 2GH9A 2PT2A 1B9JA 3M8UA 3O6IA 2DWAA 2GHBA 3GLBA 2DWIA 4LATA 4RXLA 1ZTYA 1FCKA 2M8CA 4G8HA 1D3KA 1LAFE 3UIFA 5AA2D 5I57B 2O6AA 3K1MA 5FTIA 1B3FA 3N26A 2F5XA 4RPNA 5EHSA 4ELOA 4AB6A 3A3CA 1BP5A 4WXJA 1A8EA 3EHSA 5TP9B 1NNFA 4FORA 1EZ9A 4WEPA 3QIMA 4BDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OETA 2V3TA 1NH8A 4PCDA 5LOMA 5DVJA 1P1QA 4O3BA 1PBQA 4R6HA 2HZKA 2UVGA 1DCUA 4C0RA 5H8FA 4H8JA 5AA4B 2REGA 2ZZVA 5DW8A 2OWSA 1YCJA 2CZIA 1EH3A 1FBEA 5J1DA 2A5TB 2ZNTA 2ZXTA 3TCHA 2X26A 1MXVA 5CMMA 1B1XA 1ZU0A 1P1OA 4F29A 1MXUA 3FGSA 1MPDA 5AA1A 3RNNA 4OZ9A 4OYVA 1FBDA 3JYRA 2QRYA 4ZZEA 4FECA 2V93A 1IXIA 3ONMA 2WYPA 4EDPA 2WOKA 1N7WA 2HXRA 3IK6B 1XVYA 3H4ZA 3MWBA 4OVRA 4KHZE 2FYIA 4C1UA 5EYHA 2V3QA 4XTCQ 3EHTA 4GBVA 1B51A 2GQ1A 3H7MA 3K1NA 3SEYA 2VP1A 3TTKA 3O29A 4KCCA 2UVIA 1B1HA 4G4PA 4X48A 4JWYA 1FQBA 4ELRA 3RYAA 4JVCA 1Z7ME 4KXPA 3W9WA 1LAXA 1MG1A 2NWJA 4MEVA 3TUSA 4G68B 4JBZA 4F1UA 2B4MA 1Y1ZA 1EZPA 3HV1A 3E4RA 4F3PA 2RF1A 1XS5A 1FPDA 1FQAA 4GRKA 2DVCA 2D5WA 1LFGA 3CFXA 1PC3A 1YAEA 1NV5A 4TQUQ 1B05A 1ANFA 4I62A 3N6UA 4GWYA 4GBWA 1JW5A 4LUBA 4XIGQ 1EYKA 2O1MA 1G0HA 4R9FA 2QS4A 5ITPA 1AIVA 4P47A 4NX1A 1H44A 4N17A 4DE8A 1OQGA 1QUIA 1OIBA 4OENA 3H03A 3FJMA 4H0WA 2F8DA 1B4ZA 5FHMA 4NF5B 5I5PA 5DT6A 5F7VA 5I2KA 1MY4A 1B2HA 3UK4A 1EYIA 1SVXB 4P3LA 1B32A 5F1QA 4I3YA 3H6WA 2IA4A 1G0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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