4OFJA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein SaNikA
total genus 167
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofjA01
3G3FA 1URGA 4IB2A 5FHMA 1ATGA 1KWHA 2QJEA 1H45A 3IJXB 4NEDA 3CFZA 4XKPA 1B52A 5EHSA 2RKMA 5DVIA 5TU0A 3OO8A 3S2VA 1FQFA 1GTKA 4IO2A 3DLNA 5L9MA 1URDA 1URSA 2Q2AA 4R9GA 1MY1A 5H8QB 1P1NA 2RC8A 3FV2A 2ONKE 2Q88A 3OXNA 3SESA 2E1SA 3MVXA 3PU5A 4I9DA 2FNCA 4IY5A 1LCTA 4I62A 1SI1A 2CZLA 3KN8A 4QRZA 4E0XA 4OFLA 4ZEKA 3MQ9A 4F3BA 4R6YA 4YZZA 1H3DA 3E4RA 5EHMA 2WKYA 3VE1B 4F19A 3KN3A 3N5LA 4OWDA 4GL8A 2HEUA 1MY3A 2HAVA 2XXQA 3FZVA 1Y3QA 2UYEA 2REGA 4X1DA 4C1TA 4U1OA 4R2BA 1N0TA 3MPLA 4AQ4A 2DOJA 1MPBA 1XHYA 1B6HA 4EXLA 4PFYA 2RINA 4LZ7A 2XXXA 2QS2A 5JK4A 1B5IA 1IQ7A 4O3CA 5H8HB 5CC2A 3UA8A 1PEBA 4IO7A 3FVGA 2XXYA 5TPAA 2I48A 3WAFA 1SYIA 1PBQA 5AE4A 1VFEA 5IKBA 1Y1ZA 5KCJB 3IORA 1NMUA 5B70A 3FASA 2PX1A 3OSRA 3P7IA 2YJPA 2XXHA 5DTBA 1H76A 3C35A 1RYXA 4JBZA 2F35A 4OXVA 3HHFA 4NMYA 5M2VA 2UVHA 4G8HA 4ELOA 1M5EA 1A7LA 4DCYA 4MFIA 1QUKA 1FTMA 4BDLA 3RN8A 4K3FA 1N3WA 3MVZA 4JSOA 1TXFA 2B4LA 4BDNA 4OQOA 1QKAA 4KYEA 2RC7A 1Y3NA 1NH7A 3G3GA 2QS3A 5DEXA 3IOUA 1P1QA 4THIA 4ZDMA 4YB6A 5CRYA 1LGBC 1US4A 4Q0CA 2XXIA 1B3LA 3T9UA 1WODA 3L6HA 5AA1A 3TTNA 1NL5A 2O1MA 4NE4A 1EH3A 3N26A 5L8DA 2HXWA 3DP8A 3VVEA 4N07A 3MZ1A 4H0WA 1A8FA 1B9JA 1TWYA 3IJOB 4HTGA 5KCJA 1IZ1A 3N6TA 4FECA 4IO6A 1AL3A 2HAUA 3DP6A 1I6BA 3USDA 2IEEA 3WAEA 2D3IA 1UTBB 3GXAA 4G68B 1S50A 2H99A 3JYRA 4RJZA 2V3TA 3LBSA 2I0BA 1MQGA 3PUYE 2DXRA 4OESA 3VFJA 1LAGE 1EZ9A 3FXUA 3FIRA 4L17A 4NTLA 3TUSA 1JEVA 4DXCA 1NNPA 3KJ7A 4RK2A 2DYXA 3SDFA 2OZZA 1FTLA 2XXPA 2CMOA 4U4SA 4FE8A 3B6TA 1Z7NE 2F6GA 3MW0A 2V84A 1NNTA 3K6WA 2LAOA 3R7XA 4F31B 3T66A 1MQHA 4TOZA 5ISUA 5I56B 1R9LA 3O97A 4AB5A 2XHDA 1OVBA 2Q9TA 3VVFA 4XKQA 3V8XB 3RT6B 3TYHA 3HSTA 2ONRA 2WOPA 3LSFB 2B65A 3EHSA 4H65A 1JQFA 4FEBA 5I2KB 5EYFA 1N84A 1ZJLA 3KGCA 3Q27A 2PVUA 3HV1A 2F78A 1UTBA 2DSFA 1CE2A 4G68A 1QULA 4OETA 4JB7A 2HZLA 4NWCA 4IO4A 3IO6A 3RYBA 1IITA 5I58B 4TLLB 3MJNA 2OCUA 1B3EA 3H6TA 3V89B 1SVXB 3C36A 2ESNA 1GVCA 1RKMA 3ZSFA 1MXXA 3RUMA 4RYAA 3KBRA 3TCHA 4ELPA 3C31A 2QS1A 2FA7A 2AIXA 3RTWB 1LCFA 1SW5A 1Y20A 3UIFA 3PUXE 2O6AA 5I56A 3QUFA 1Y4TA 2Y7WA 3L6GA 3U8QA 3IR1A 4BDOA 1M5CA 3GZGA 3RTFB 1MS7A 5ITOA 5JTYB 1OQGA 4GWOA 1SYHA 5I2KA 2XXWA 3G3IA 3UN6A 1MDP1 2O7UA 1B4ZA 4YKPA 1JW1A 2XXUA 4GXSB 4NF4A 3RYAA 1ZU0A 4G4PA 3OO9A 5K2XA 5HPQA 2HZKA 3EHTA 1BTJA 2V25A 4BDQA 1AH5A 3T96B 2F5XA 1MRPA 5CBRA 1UTHB 1GGGA 1MXWA 3A09A 4H1XA 5KDTA 3U93A 3LC8A 1ZBMA 2B4MA 1BP5A 4OHNA 4U2RA 2NXOA 4F1YA 1VR5A 3MZ9A 4H5GA 1P1UA 3KOSA 4WEPA 4DLDA 4GLIA 4ESWA 4LQ2A 2YLNA 1MXYA 1NKXA 1B7UA 3ILTB 1OLAA 5BUUA 1FQAA 3RPWA 1YTVA 3MBPA 1MH3A 3N94A 1LAFE 4EF1A 4QFNA 2OBGA 5CMMA 2QRYA 3JZJA 3O6PA 3MP8A 1FQDA 1SBPA 3K1PA 3PPNA 2QMWA 2PBWA 3TODA 3SEXA 3FJ7A 1YPNA 4NF5B 4LZ8A 1A99A 2DWIA 3G3JA 4WKMA 3PUVE 1MQIA 5A5XB 4GL0A 4EDPA 4YKJA 3Q26A 4GF8A 4YAHX 5I57B 3GBBA 4U21A 2X7PA 4G8NA 1B5JA 4PQJA 1LAHE 4GXAA 1IXCA 3DP4A 3E13X 3IB2A 5AA2B 4F3GA 3T9HB 4NF8B 2F97A 3TMGA 2PMSA 4POWA 3IOWA 2R71A 3S9LC 3H6WA 4MH5A 4RNSA 3CSBA 2O68A 4KQPA 1MPCA 3FXRA 3PPRA 4F2OA 2QMXA 3D4CA 4KYSA 4RY1A 2UVGA 4ISUA 4R9FA 1QW0A 1M5FA 3T93B 3VVDA 1USYE 3IO4A 4NF5A 4IGTA 4BDMA 3OENA 1JVYA 4OMBA 1MM7A 3MPKA 3MVWA 5A5XA 3RQTA 4ND9A 3TELA 4PFWA 1N7XA 1N76A 4LP2B 1IUDA 3PPOA 3VLVA 3HHGA 5I57A 3Q25A 1Y3PA 3M8UA 5H8NB 1EU8A 3OO7A 4P0IA 4TLMB 1I69A 3TKDA 3TFLA 3IB1A 1PB7A 1MPDA 2Y7IA 3O6IA 3TQLA 2HQ0A 4YU0A 3SEWA 3QAXA 4NF8A 4LZ5A 4P11A 3FUZA 5H8QA 3EN3A 1SQYA 4YB7A 3V83A 2I6EA 1VE4A 3CG3A 3IX1A 4R74A 4DXBA 3TPAA 3TCGA 4QHQA 5DVJA 2Z8DA 1P1OA 1GV8A 3VXBA 1B51A 4U4XA 3RY3A 4TQUQ 2D21A 1HSJA 4ZEDA 1JW4A 1HSEA 3DRFA 1NNKA 3T9XB 5LOMA 3KSJA 3K2DA 1DSNA 4GRKA 5FHOA 2G93A 4KHZE 4R72A 1LB8A 5ITPA 3TEPA 3RNNA 1LAXA 4RPNA 3C4MA 1TFDA 3I5OA 4X1BA 5H8NA 3IL1B 3LR1A 1LFIA 2V3UA 2PT2A 3G7WA 4U23A 2VD2A 4ELRA 1SW4A 3FVOA 3OELA 4C1UA 4DXUA 4POXA 2AYSA 3FTOA 1AMFA 2OK2A 3MUQA 4DIGA 1EZOA 2QL3A 3B7DA 3K0VA 4H8IA 2I0CA 3CFXA 2OJTA 1VSOA 1ZIUA 1OMPA 4ZEBA 5H8SA 3VV5A 3E9XA 4LQ5A 1US5A 2Z8EA 3C9HA 1ANFA 3M3KA 3T9VA 3K00A 4QFOA 3MP6A 5H8HA 4O3AA 1MXVA 4KCCA 1MM6A 4KFQA 1MXUA 3O6GA 2GHBA 2Q89A 3TDJA 1QVSA 3TZAA 1YAEA 3U1OA 1Z7ME 4XKRA 3DRGA 2F34A 3QUJA 1BLFA 3MVYA 1NH8A 4UACA 2VP1A 2VD3A 2A5TB 4QF9A 3ONMA 4PE5B 3CFLA 3BBRA 4KYDA 1O63A 1FCKA 3TTKA 1P99A 4RXLA 4PFTA 3SKPA 3VLUA 3H03A 4ZE9A 1B3GA 2D5WA 1UQWA 1JW5A 4R73A 3F11A 3SERA 1A54A 2DS9A 4DCXA 3ECRA 1UIVA 2XX9A 3CIJA 2QSXA 1OIBA 2GHAA 3EF7A 1LB9A 3GLBA 3TTRA 1JNFA 3KSXA 4JDFA 2X26A 3PMVA 1IXGA 5JEIA 4EXKA 1SI0A 3TAJA 1QUJA 1N7WA 3IB0A 5FTHA 1B0LA 1B5HA 1B32A 3S4UA 3K6UA 1PC3A 2A5TA 2NUVA 3OMBA 4Z7EA 3H7MA 2M8CA 1MY0A 2R9JA 2OWTA 1AIVA 3LSLA 2I3WA 2G29A 3LUYA 1MQDA 5DVFA 1DTGA 5CBSA 4NF6B 4U22A 3OEKA 1JEUA 4LATA 3QXMA 3AXFA 1O7TA 1Q35A 3A3CA 3W9VA 4OEUA 1MY4A 1P1WA 3M3LA 4EQ9A 3FJMA 3FJGA 1A40A 4KR5A 3FVNA 4IY6A 1DTZA 1ZMGA 1AOVA 2NOOA 5CMBA 2O7IA 3T22A 2WOLA 4XXUA 4OFJA 2P2AA 1B1HA 1L5TA 1SW1A 4Q30B 3QK6A 3DRKA 2UVIA 4ZEFA 3LSXA 1B1XA 4LONB 2PYYA 3BFTA 4GVOA 5I58A 1DPPA 4OTEA 4R75A 1WDNA 2Z23A 4HS7A 2H9BA 3C32A 3UORA 3W15C 2UVJA 4NF6A 1F9BA 5F1QA 4GIZA 5TP9B 1N3XA 1DPEA 3U94A 4QFLA 1LLSA 3PD9A 3CRBA 4KD5A 4PETA 1QUIA 3EPEA 3HO7A 4N13A 1UIUA 3MAMA 1Y4CA 1Y1MA 2ZYNA 2ZMBA 4Q5TA 3O29A 1A8EA 2ZYMA 3H06B 5JTYA 3G3KA 2WOKA 4JWXA 1NNFA 5CM6A 1TT1A 1H44A 2XD2A 4OENA 1QJMA 5FTIA 2V93A 2W7YA 3CR9A 3FD3A 2F6PA 2Q8JA 2H98A 2XXVA 2UYFA 1LBBA 1FQEA 3I6VA 4XKNA 5L9SA 3UK4A 3C33A 3PUZE 2RCBA 4ESXA 1HSLA 2H4IA 3BKIB 3PD8A 1R1NA 3MWBA 4ZEIA 3ZKKA 3CSGA 4ZZAA 2F7AA 2DWJA 1UTHA 5TP9A 5K2YA 2RCAA 2REJA 4MF3A 3PGFA 4H5FA 1O64A 5I2NB 5HBCA 4GQOA 3CHGA 1OVTA 4G77A 1DOTA 1LFGA 4JWYA 3PAMA 1D9VA 4IGRA 4ZZEA 4H8JA 3MZBA 3KZGA 4YICA 5FHNA 3SETA 4ELQA 3HCQA 3KOTA 5DT6A 4LVQA 4BDRA 2DVZA 2O1LA 5IAIA 3O28A 1POTA 2H5YA 3O9PA 4QSDA 1B3HA 4X9TA 3Q29A 2VHAA 4KCDA 1LSTA 2F36A 2Y7PA 1QKBA 2FYIA 1B2HA 3THIA 2VGQA 4I1DA 1B7ZA 3PV0E 4C0RA 4WEDA 3MP1A 1MG1A 5CI5A 1GR2A 2XXTA 3O66A 4JWOA 2OLBA 5I2NA 5TPAB 5I59B 3PUWE 3FATA 2B3BA 3GBAA 1OLCA 4YMAA 5AA2A 1IXIA 4QSEA 2THIA 3Q28A 1II5A 3QIMA 3RLFE 4EQBA 3SEYA 2R6GE 3K4UA 3S9EA 4XTCQ 2O51A 4I8CA 1DMBA 4E0WA 2Y7KA 2V3QA 3S9NC 3TCFA 3IK6B 1FW0A 2PT1A 4G8MA 3K6XA 3EQ1A 1PDAA 3DRHA 4KPTA 3G3HA 5DEXB 2Z8FA 5AA3A 3OEMA 3OOAA 1B46A 2IA4A 5CMKA 1SDXA 3LVUA 5DYHA 2ZNUA 3TTLA 1SD3A 2X7QA 4R6HA 1BIYA 3C34A 4DDDA 1N04A 1T0KA 4FORA 3M3FA 2B3FA 2VOZA 3S9MC 4HCYA 5I59A 3H3GA 1B3FA 3O2AA 4MLVA 1MDQA 1YCJA 5J1DA 3MC2A 2QS4A 4F3PA 3RGYA 3UGWA 4F29A 3PPQA 3K6VA 2ABHA 4IO5A 1XT8A 4OFOA 4U1ZA 2F7CA 4QSCA 2XXRA 1B4HA 3BFUA 4OEVA 1FTKA 4M4GA 3DELB 2ALUA 1Y9UA 4FIMA 3D4GA 1XVXA 3KG2A 1ZLQA 4WXJA 1Q1KA 3V5AA 1FTJA 2ZXTA 3EHUA 3ZKLA 1B40A 2DE3A 3B6WA 2DP8A 4AB6A 3PMWA 1S9TA 1PBPA 4XIGQ 1ELJA 4FAJA 1MXZA 4F3SA 2I49A 1POY1 1ZTYA 4OERA 4ONYA 3PPPA 1FQBA 4NWDA 4ECFA 4F22A 3ILUB 1SW2A 1XC1A 3E3KA 5ICQA 2GFEA 2RF1A 4G68C 1XS5A 2AL5A 2O69A 4RK9A 4MBPA 1J1NA 2XX8A 3O6HA 4OZ9A 4YMBA 3PMXA 4GOTA 1VFDA 4YB5A 4EQ7A 4O3BA 3JV9A 3FV1A 3DRJA 1B58A 2F7BA 1M5BA 2YPNA 3VDFA 2ZYOA 3LSWA 3HN0A 2I58A 4HCWA 4UA8A 2P0SA 1R6ZA 1LBCA 1B7HA 1PB8A 2P1SA 5HM4B 3QYTA 1FTOA 2ANJA 4F18A 4F2QA 3B6QA 3FGSA 1I6QA 3OSQA 1A55A 2ZYKA 3TTMA 4ZE8A 2AL4A 2HCAA 1BKAA 2Y7RA 1D4NA 3H6UA 4HW8A 1IXHA 2OWSA 2ZNSA 4R6KA 5BWJA 4RPOA 2HFBA 1MH4A 4FEDA 3CI8A 1MQJA 5AA4B 3IOTA 3DM0A 3I3VA 2Q2CA 2I4BA 4LA9A 3H4ZA 2O84X 4N6PA 4OVJA 4KI0E 1D9YA 3UP9A 4JXIA 2DWAA 4GFRA 2KLFA 2DE4A 3QSLA 4FJPA 5CMCA 4X48A 3HPIA 5B7DA 5ICTA 3A3UA 4P0GA 4QFKA 3OD7A 4QFPA 2GH9A 2I3VA 3SEUA 4NF4B 3H6VA 4Q8RA 4ZECA 4YKKA 1NFTA 4R2FA 1USYH 3FVKA 3CVGA 4ZS9A 1M5DA 4DZ1A 5KZTA 1R9QA 4IO3A 5KDTB 2DQVA 5AA4A 2DVCA 1TFAA 3ODBA 1B05A 3FXQA 3K02A 1B0HA 3U92A 4BLAA 4F39A 1MY2A 3IAZA 4H6DA 1IIWA 4MLQA 3R26A 4RA1A 1XVYA 2Z22A 4LUBA 2I4CA 2NVUB 3ZS6A 2XD3A 1ZKBA 1JVXA 3KN7A 3TQWA 2RC9A 4OYVA 4F1VA 1PB9A 3IOVA 1LFHA 5F7VA 3VXCA 5AA2D 2NWJA 1S7YA 2F8DA 3K01A 5H8FB 3CG1A 1D3KA 3R6UA 2UXAA 4F1UA 5ELVA 1RYOA 3W9WA 4JSDA 3K1MA 2BJJX 4EUOA 2H25A 2E0SA 3K1NA 5L9OA 2ONSA 1OQHA 1I6AA 3N6UA 1IEJA 2QPQA 4Z0IA 3VLWA 3RT8A 3KEIA 4PFUA 2GRVA 1WVJA 4EF2A 3U72A 4PP0A 3DRIA 3OO6A 1XOCA 1JETA 3KFMA 2DWHA 5I84A 4GD5A 2DXYA 2A5SA 4DE8A 1CB6A 4YKIA 4M1VA 4G2ZA 2XX7A 3SEVA 2DE2A 5H8FA 1H43A 3KJTA 1FQCA 2ZNTA 1EZPA 2Y84A 4H67A 4FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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