4OFLA

Crystal structure of ynta from yersinia pestis in complex with ni(l-his)2
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
HTLQLAIGDEPTEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWKWTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
total genus 144
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oflA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oflA01
4R6YA 1A8FA 4F1YA 4OEVA 1GTKA 3DM0A 3C4MA 3IOVA 3ZKKA 1NNTA 3D4GA 5CMMA 3O9PA 1N76A 1RKMA 3M3KA 3IR1A 3O6GA 4R6HA 1B4ZA 1MXWA 5TPAB 3H6WA 2QRYA 5KZTA 2NOOA 1JVXA 3CFZA 1B3FA 4ISUA 1ZTYA 1D3KA 4OWDA 3EQ1A 3W9VA 2PT1A 5FHOA 3MVYA 1TFDA 4RPOA 1YTVA 3QK6A 4DLDA 1UQWA 4F18A 1S50A 1ZJLA 3MUQA 2UVJA 4IGRA 4PFWA 1DSNA 2DWAA 2ALUA 2QS3A 2AIXA 1IXHA 3LSLA 5JEIA 4AB5A 4LZ8A 2DP8A 4U21A 1FQFA 3O28A 3KBRA 2UYEA 4Q0CA 4KPTA 3CIJA 1MY4A 3CRBA 3HV1A 1MG1A 3FJGA 3G3IA 3KJ7A 1B58A 1BIYA 2OLBA 2ESNA 2PBWA 1FTLA 2V25A 3QUJA 4OZ9A 1P1UA 2B65A 4ZDMA 5K2XA 3VXCA 4K3FA 3H03A 3TCHA 1HSEA 3FIRA 3UP9A 3M8UA 3HSTA 1MDP1 2DS9A 3GZGA 3IOUA 2UVIA 3UK4A 4C1UA 2OJTA 4XKPA 2DVCA 2GFEA 1LFIA 5AA2B 1LFHA 2I0BA 4EXLA 1XHYA 3K2DA 1QUKA 1OLCA 1SW1A 1P1OA 1TXFA 2H98A 2I49A 4GXSB 5FTIA 4BDRA 5L9OA 3I5OA 1MQIA 1H44A 4IY5A 4RK2A 2Q88A 5JTYA 2XXUA 1LB8A 1EZ9A 1B51A 3MZ9A 1B7UA 2P0SA 3E13X 4NF6B 4NEDA 5JTYB 1FQCA 1ZKBA 3FVKA 5H8NB 1R9QA 3PUXE 1A8EA 4TOZA 4DZ1A 2NVUB 1URSA 1UIUA 5HBCA 3EPEA 4I62A 4DXBA 2FNCA 2V93A 3FXUA 3PUZE 3RN8A 3CVGA 3ZS6A 2FA7A 3TFLA 2ZYOA 3VV5A 4BLAA 4FE8A 4QF9A 5AA2D 2Y7IA 1DPPA 5CC2A 4GOTA 4QFOA 1Y20A 4G8NA 1Z7ME 4G4PA 1IUDA 3PPQA 4GFRA 1ZU0A 3K1PA 4R73A 4DXUA 5AA1A 3KJTA 3DP4A 3VE1B 3N6TA 3OO8A 5KCJA 1MPDA 1SI0A 2D5WA 1SI1A 1XC1A 1LGBC 3C33A 3FXRA 4GQOA 4H5GA 4FAJA 2DQVA 1Q1KA 1GVCA 2HFBA 3T96B 4JWYA 1DMBA 5CM6A 2XXTA 1QULA 3C36A 3K02A 4MBPA 3SEVA 1FQEA 3ZSFA 1AL3A 1MQDA 1MY0A 3C31A 4FEBA 4G8MA 4ESXA 2ZNTA 1YCJA 3L6HA 1D9YA 1ATGA 4U1OA 3MC2A 1A99A 5AA4A 5DVIA 4ESWA 1MPBA 2HQ0A 2V84A 2XX9A 5I57A 4KCCA 2QMXA 4UACA 2Z8FA 3PPRA 1EZPA 4I9DA 4OETA 1II5A 3SERA 3MZ1A 3LUYA 1SYIA 3QYTA 1US5A 3OO9A 4WXJA 4EF2A 4RJZA 2UVHA 1M5EA 3U94A 1MQHA 4RK9A 1IXCA 2R9JA 4BDOA 5LOMA 2LAOA 2Y84A 4U4SA 5H8FB 3RNNA 1O64A 3MVZA 3UA8A 3UGWA 4G77A 1N0TA 2WOLA 4ZEKA 3VXBA 1Y3PA 1H45A 2DE2A 1AIVA 5H8HB 3T22A 3TEPA 4PQJA 3K1MA 2DYXA 3WAEA 4PE5B 2O68A 4OFOA 3S2VA 3S9LC 1SW4A 1QW0A 2QMWA 3C35A 1DTZA 1TFAA 2UXAA 4FIMA 1B46A 4LA9A 1NNKA 4NF8A 4M4GA 1P1WA 1TWYA 4NF4B 1LSTA 3VLWA 3O6HA 4ZEBA 1SW5A 2FYIA 3VLUA 1OQGA 2F35A 4PFUA 3OMBA 1JVYA 3M3FA 2HAVA 2Z8DA 2G29A 1N3WA 2GHAA 3SKPA 2QPQA 1PB9A 3USDA 3HO7A 4GWOA 4H1XA 3DRFA 3U92A 4H5FA 1M5CA 4F22A 1OLAA 4YB5A 2RF1A 3HHFA 3MP6A 2V3TA 4C1TA 3TTNA 3OENA 3V8XB 4YMAA 3RT8A 3U72A 4WKMA 5DT6A 3LVUA 3LBSA 4G68B 3IB0A 4O3AA 1MXZA 2OWSA 2ANJA 1FTMA 2YPNA 1JQFA 3UIFA 4QFPA 1SQYA 4OESA 1O7TA 2E0SA 3FJ7A 4U4XA 2F78A 3V89B 3L6GA 2ZNUA 1VFEA 2QS4A 4ELRA 3AXFA 2Q9TA 4KR5A 4JWOA 4X1DA 1IXGA 2QJEA 3VVEA 2I48A 1A55A 2IEEA 3TCGA 3EF7A 4JXIA 1UTBA 3KZGA 4MLVA 4GF8A 4F29A 1MH3A 3B6WA 1MRPA 2Z22A 1VR5A 4H8JA 2PMSA 5ITOA 5FHMA 3IJXB 3G3JA 3QIMA 1MQGA 4BDMA 1B5IA 4MFIA 2PX1A 1XS5A 4G68A 4I1DA 4JSDA 3Q27A 4R72A 4IY6A 4E0XA 4N6PA 3TYHA 4RPNA 5CRYA 5J1DA 1MM7A 1N04A 1XVYA 4ELOA 2F7BA 1MM6A 4OMBA 1Y1ZA 2YLNA 1ANFA 3RTFB 3THIA 4FECA 5BUUA 2UYFA 3C34A 2NWJA 1NKXA 3KOSA 5A5XB 3G3GA 1MS7A 5I56A 3IB2A 1PC3A 2F7CA 1JEVA 4LQ5A 4I8CA 1N3XA 1USYH 3Q26A 1XVXA 4YU0A 1B40A 1GR2A 1CE2A 1Y1MA 2F6PA 2AL5A 1FQDA 2P1SA 3IK6B 4L17A 1OVBA 3MQ9A 3W15C 4G8HA 1BKAA 1XOCA 2HEUA 2RCAA 4GL0A 1N7WA 4OERA 4ZEDA 1IIWA 2H4IA 4EQ9A 4F19A 4NE4A 4HW8A 3B7DA 2NUVA 4LATA 2I4BA 5KDTB 1OQHA 1DPEA 2Y7KA 4OTEA 4WEDA 3VFJA 1O63A 1PEBA 4HCYA 1RYXA 1P1QA 4ND9A 3TQWA 2THIA 2Q2CA 1FQAA 1RYOA 2XD2A 4NF5B 4TQUQ 1Y4TA 3EN3A 4P0GA 3T66A 1M5FA 4OFLA 2OBGA 3CI8A 3KSJA 5DEXA 1WODA 5FTHA 1LAGE 2I58A 2VGQA 3PUWE 3TTRA 3TZAA 2B4MA 3FUZA 3IO6A 5AA2A 4LQ2A 3N26A 4JWXA 1JNFA 3M3LA 4Q8RA 3OO6A 3DRIA 3TMGA 3V83A 3OXNA 4NTLA 3F11A 2XXHA 2AL4A 4XKQA 4NWDA 5CBSA 2Q8JA 5DVFA 2X7PA 3FASA 1OVTA 4R9GA 5L9MA 4FATA 4R2FA 5AA4B 1YPNA 1MH4A 2ONRA 1ZBMA 2ZNSA 3PV0E 4GD5A 3SEUA 1AH5A 1POTA 4FORA 4F3PA 5I58A 3TTKA 1PDAA 4OXVA 2VP1A 1B3LA 1D4NA 4ZZAA 3H06B 3R7XA 3RGYA 3ECRA 3SEXA 4OFJA 4ZE9A 3FGSA 3OSRA 1NH8A 5I2KB 1I6QA 1IEJA 2Y7WA 3OD7A 4R6KA 1SDXA 1H76A 3RPWA 1B3GA 1NNFA 5I2NB 3QUFA 1ELJA 1R6ZA 1MXXA 3DRGA 3CR9A 2F8DA 3FVOA 3N94A 3OO7A 2OCUA 3H6VA 3PPNA 4KI0E 3RLFE 4Q5TA 3C32A 3DP8A 2BJJX 1NL5A 1PBPA 2RC8A 3N6UA 2I3WA 3E9XA 3PD9A 2ZXTA 4GXAA 4BDLA 5TPAA 2IA4A 4JSOA 4NF6A 4QSDA 1N7XA 3RQTA 3TTMA 1I6BA 3CFXA 3E4RA 3MAMA 4GVOA 4IO7A 4H0WA 4DE8A 2ZYKA 4MH5A 3TDJA 2B3FA 3RYAA 1MDQA 4ECFA 1B5JA 4OQOA 4AQ4A 4F3SA 4EF1A 3TUSA 4ZE8A 4TLLB 1SBPA 2GHBA 3R6UA 4DCXA 3K6UA 5JK4A 4G2ZA 2A5TA 3IORA 1IQ7A 2Y7PA 3JZJA 4NWCA 2QSXA 1LBCA 3CSGA 3MBPA 3U1OA 4EUOA 4U22A 3LSXA 2O7IA 3VVFA 3FV2A 3E3KA 2REJA 4R9FA 5H8SA 4F1UA 4LVQA 1JW4A 1UTBB 3HHGA 2W7YA 1LCFA 2I4CA 2XD3A 2XXQA 2DXYA 2XXIA 4U2RA 5EHSA 1LAXA 1LBBA 5TP9A 4PFTA 5L8DA 3TCFA 1M5BA 4EQBA 4O3BA 4LONB 4IGTA 1MY3A 4YB7A 2DOJA 3B6QA 4XIGQ 1A40A 1URDA 1EH3A 3DRJA 4XKNA 2VHAA 4KYEA 3U8QA 2V3UA 3LSWA 4IO2A 4XTCQ 3W9WA 1LB9A 3ONMA 4DIGA 1XT8A 4KFQA 2F7AA 3WAFA 5B70A 5H8HA 1Q35A 3A3UA 3IJOB 3KN3A 3VDFA 1LFGA 1Z7NE 1MXUA 2X26A 4F31B 3BFTA 4U23A 3TPAA 5FHNA 1UIVA 4TLMB 3TAJA 3O2AA 1FQBA 3V5AA 2F34A 4X9TA 5I56B 2QS2A 3HCQA 3VVDA 3LR1A 2GH9A 4EQ7A 5CBRA 2B4LA 3B6TA 3PPOA 1BLFA 2ZYMA 1H3DA 5F1QA 3O29A 5ISUA 1MXVA 2E1SA 1MXYA 1OIBA 1SVXB 3EHTA 3P7IA 4FEDA 4QHQA 5I2KA 2O51A 4NF4A 1CB6A 1PB7A 2O1MA 4N07A 5B7DA 2Q2AA 4QFNA 4MF3A 1Y3NA 2D3IA 4GLIA 1HSJA 1AOVA 4NMYA 2A5TB 4OVJA 1NNPA 2I3VA 5DTBA 3SEYA 3KGCA 3K6XA 4KHZE 3FZVA 3K6VA 3O97A 3TELA 3O6PA 1Y3QA 5I59B 3IOWA 2HXWA 3EHSA 1KWHA 4AB6A 1A7LA 1NMUA 1I69A 5BWJA 2WKYA 4H65A 5DYHA 1N84A 2ABHA 2REGA 3ILTB 3K00A 3UN6A 4H67A 3H6TA 3FATA 2DSFA 3K0VA 2AYSA 3LC8A 3PMXA 3U93A 3FTOA 4ZEIA 2A5SA 5I2NA 1WVJA 3MZBA 3CG1A 2DVZA 2HZLA 4H8IA 4DDDA 3BKIB 3O6IA 4JB7A 3DRKA 2OWTA 2ZYNA 1LCTA 1YAEA 3DELB 4KQPA 4EDPA 1B4HA 4NF5A 2F6GA 3IAZA 4O3CA 3PMWA 2O7UA 3HN0A 2V3QA 4LZ7A 3GLBA 1ZIUA 1B9JA 1BTJA 3KEIA 1S9TA 4H6DA 4U1ZA 3ILUB 5H8QB 1JW1A 4X1BA 2D21A 2UVGA 5HPQA 3Q25A 2O84X 2X7QA 3IL1B 4IO4A 2HZKA 3RT6B 3SETA 3K4UA 4PETA 3CFLA 1VSOA 2DXRA 2XXWA 3KG2A 4THIA 1B05A 4E0WA 3OEKA 4QFKA 1I6AA 2I0CA 4IO5A 4KCDA 4GL8A 4OHNA 4F3GA 3CG3A 3CSBA 4YKKA 5AA3A 2ZMBA 1B7ZA 2Z23A 1B1XA 4LP2B 4DXCA 1B32A 4P11A 3VLVA 5A5XA 4PP0A 1Y9UA 1JW5A 2NXOA 2O6AA 3G3KA 3PUVE 1GV8A 1P1NA 2P2AA 3KN8A 4PFYA 4N13A 2DE3A 4RNSA 3Q28A 5CMKA 3I6VA 2F5XA 3FXQA 3PUYE 1MY1A 3FD3A 3RY3A 4YB6A 3TODA 4ELQA 5AE4A 3H7MA 3T93B 2CMOA 3HPIA 3GBBA 1QKBA 4JBZA 1WDNA 5H8FA 3PAMA 1B3EA 1MPCA 4RY1A 1OMPA 1USYE 2H99A 3I3VA 3IO4A 2DWJA 2H25A 3QXMA 3G3FA 1QVSA 4GRKA 5I59A 1B5HA 1ZLQA 4ZS9A 1POY1 4XKRA 3RYBA 3DLNA 4YZZA 1J1NA 1MY2A 3GXAA 4YKPA 1LAFE 5H8NA 5L9SA 3OELA 5TU0A 2H5YA 2Y7RA 1P99A 1US4A 2KLFA 2RC9A 1SD3A 4QFLA 2Q89A 1IXIA 3C9HA 3KSXA 2ONKE 1SYHA 1FTKA 1D9VA 3DRHA 1LAHE 1B52A 1IZ1A 4ONYA 1MQJA 3BBRA 1NFTA 2QS1A 3FVNA 3IOTA 4G68C 4HTGA 3T9HB 3TKDA 4KYSA 5ICTA 2H9BA 2PYYA 4IO3A 3SESA 2OZZA 4Z7EA 4LZ5A 4F2OA 4XXUA 2F36A 2M8CA 2PT2A 2XXRA 3KOTA 4MLQA 3IB1A 4QSCA 5H8QA 3LSFB 4POWA 2RINA 3Q29A 1R1NA 1GGGA 2ONSA 3H3GA 4OYVA 4DCYA 1EU8A 4LUBA 1B2HA 1VFDA 4POXA 4YAHX 2HAUA 4IO6A 4QRZA 5EYFA 4EXKA 2RCBA 3QSLA 3JV9A 3OEMA 5KDTA 1JEUA 4P0IA 5ITPA 1QKAA 2R6GE 4F2QA 2VD2A 3K1NA 3A3CA 3MPLA 4Q30B 3BFUA 4IB2A 4OENA 1FTJA 4YMBA 4BDQA 2YJPA 1B7HA 2HCAA 2WOKA 5ELVA 4C0RA 3PU5A 2B3BA 1B6HA 1F9BA 1BP5A 1B1HA 1NH7A 3S9NC 3K01A 3MPKA 5I58B 4Z0IA 1EZOA 4BDNA 3PMVA 3EHUA 4YKIA 5CMBA 4ZZEA 3PGFA 2I6EA 1M5DA 3CHGA 4YKJA 3A09A 3MJNA 3PPPA 4FJPA 3KFMA 3G3HA 2XXXA 3S4UA 2F97A 1DOTA 5CMCA 2PVUA 4HCWA 3O66A 2QL3A 2CZLA 1T0KA 2DWIA 4KD5A 4F3BA 3QAXA 3TTLA 4RA1A 2DE4A 5TP9B 3RTWB 3FJMA 2DWHA 1FW0A 3FV1A 3KN7A 3T9XB 3S9EA 3T9UA 1B0HA 5K2YA 1H43A 4UA8A 3GBAA 3MWBA 5DEXB 4GIZA 3PD8A 1S7YA 3MP8A 1A54A 4RXLA 4R2BA 4F1VA 1IITA 1QUIA 3G7WA 4M1VA 2GRVA 1PB8A 1QJMA 2XX8A 2XX7A 3TQLA 2O69A 3MVXA 5KCJB 3S9MC 3ODBA 1QUJA 3N5LA 2XHDA 4X48A 3MVWA 4RYAA 4ZECA 3UORA 1B0LA 2VOZA 1B3HA 4OEUA 5ICQA 1FCKA 1TT1A 5DVJA 2WOPA 2XXPA 4F39A 1AMFA 2RC7A 1ZMGA 3MP1A 3OOAA 4R75A 5HM4B 4HS7A 1PBQA 5IKBA 4WEPA 4ZEFA 4JDFA 3FVGA 3H4ZA 3DP6A 3OSQA 4ELPA 1SW2A 3D4CA 1FTOA 2R71A 3IX1A 2OK2A 4NF8B 2XXVA 2Z8EA 3SDFA 3SEWA 1Y4CA 5I57B 2XXYA 2O1LA 2VD3A 3JYRA 4R74A 5CI5A 4YICA 1URGA 5EHMA 5M2VA 3H6UA 1HSLA 1L5TA 3ZKLA 1VE4A 1DTGA 4QSEA 3T9VA 5I84A 3MW0A 2G93A 1JETA 2RKMA 1R9LA 1UTHA 4KYDA 5IAIA 1UTHB 3K6WA 1LLSA 3R26A 3RUMA 5F7VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A8FA 3C4MA 1NNTA 5ET5A 1RKMA 5TPAB 1JVXA 3MVYA 4DLDA 1UQWA 1S50A 2ALUA 1IXHA 2R8TA 4AB5A 4Q0CA 3CIJA 3CRBA 1BIYA 2ESNA 1P1UA 1HSEA 3FIRA 3M8UA 3UK4A 2OJTA 4XKPA 3K2DA 4GXSB 4BDRA 1RDZA 1EZ9A 1B51A 3MZ9A 4NF6B 3PUXE 1UIUA 5HBCA 2V93A 4N8YA 3CVGA 3ZS6A 3B50A 4PF8A 4QF9A 2Y7IA 3U65A 4GOTA 4QFOA 1Y20A 1IUDA 3PPQA 1ZU0A 1XC1A 3FXRA 1GVCA 1Q1KA 3KC0A 2ZNTA 1ATGA 5DVIA 1MPBA 5I57A 2Z8FA 5IZZA 4I9DA 4OETA 3SERA 1SYIA 2BJIA 2VT5A 2LAOA 2Y84A 4U4SA 3RNNA 2FIEA 1N0TA 4ZEKA 2DE2A 4OFOA 3S9LC 1SW4A 4PFBA 4MNCA 1DTZA 1TFAA 3ISPA 4OVRA 2P3NA 1LSTA 3O6HA 4UABA 1SW5A 1LBXA 4PFUA 1JVYA 3M3FA 2Z8DA 3TTNA 3OENA 4YMAA 4G68B 3IB0A 1FJ9A 4QFPA 4U4XA 3FJ7A 2F78A 3AXFA 2Q9TA 4KR5A 2I48A 2IEEA 3KZGA 4F29A 1MH3A 3B8BA 1IMCA 4BDMA 2PX1A 4G68A 5J1DA 4ELOA 1MM6A 4OMBA 4MX6A 1ANFA 4PCDA 5BUUA 3C34A 2NWJA 1NKXA 5I56A 3IB2A 4LQ5A 1USYH 4MHFA 1Y1MA 2F6PA 1FPBA 4G8HA 4GL0A 4OERA 4NE4A 4HW8A 3B7DA 4LATA 1PEBA 4ND9A 1FBCA 1EYKA 1WODA 3PUWE 4Q8RA 4NTLA 2XXHA 5CBSA 4XKQA 2X7PA 4FATA 1IMBA 5AA4B 4FORA 3RGYA 3ECRA 3SEXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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