4OFOA

Crystal structure of ynta from yersinia pestis, unliganded form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
b'THTLQLAIGDEPTEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWKWTC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
total genus 143
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofoA01
2HEUA 4IO5A 3O9PA 1Q35A 3MZBA 5FHMA 3VE1B 3KN3A 3VVFA 4BDOA 2V3TA 3S9MC 1O7TA 2P2AA 4E0XA 3E4RA 4F1VA 2REJA 3EHSA 2D5WA 3G3KA 5AA4A 3G3IA 2NXOA 2HAUA 1XVXA 2DVZA 2ANJA 4GD5A 1SBPA 3H6UA 3T9VA 2A5SA 4FJPA 1BP5A 1Y3QA 4ESXA 1II5A 3GLBA 3H06B 2R6GE 3OELA 1I6AA 4R2BA 2ZMBA 3ONMA 3I6VA 3V83A 4F3PA 4F1YA 1B3EA 1UQWA 3K1PA 3R26A 1JW5A 1XVYA 3PPNA 1GTKA 2I0CA 1NFTA 3QYTA 3BFTA 5JEIA 1N76A 4N07A 3IAZA 3MPKA 2O6AA 3A3UA 5I2KB 4H65A 4OFJA 2RC8A 4I1DA 3T9HB 2AL5A 5EHMA 3MPLA 3T93B 3IB2A 2ZNSA 1B7HA 3S9LC 3O2AA 1SD3A 3FVGA 5LOMA 3DRGA 1NH8A 5CI5A 3C9HA 3EF7A 1MXYA 2YPNA 1FQBA 4QFNA 3TKDA 4QSDA 2F8DA 3T66A 2FYIA 5AA4B 3FATA 2RCAA 1FQCA 3OMBA 4EUOA 1NNTA 1R1NA 1SI1A 1TXFA 1FQEA 1Y4TA 2B4MA 4ZEIA 3E3KA 1LAGE 1IUDA 3MP6A 4DLDA 2Q8JA 5KZTA 1N7WA 2HQ0A 3D4GA 3PPRA 1AL3A 3GZGA 4ZEFA 2F34A 4LUBA 2OCUA 3ZSFA 4F2QA 1IXGA 4KHZE 4G68A 2X26A 5AA2A 2V3QA 2Q9TA 2UYFA 1P1QA 3OO9A 3R7XA 4YICA 3TDJA 3H4ZA 3KSJA 3TELA 4MBPA 3BBRA 1N0TA 4O3BA 2XXTA 4IGTA 2DE3A 3E13X 2I0BA 4OENA 4F29A 3S9EA 3N94A 1MXXA 3K6VA 3P7IA 5KCJA 4NEDA 4NF5A 1WVJA 4ELPA 1FTKA 4ZS9A 4YB6A 3O6PA 3LVUA 3OXNA 1WDNA 3KEIA 3KOTA 3TTMA 3U8QA 1JW1A 4THIA 3L6HA 1LAHE 2B4LA 4F39A 3U92A 4NWCA 4I8CA 4G8HA 4ELRA 4LONB 2QRYA 3DRHA 4QSCA 1O64A 4TLLB 4DXBA 4OVJA 4RY1A 3O29A 1D9YA 2I58A 1VFEA 2B65A 4YMBA 1P1WA 3GBBA 4EXKA 3B6QA 4H5GA 4GVOA 4YAHX 3UK4A 3DRFA 3G3HA 4AB6A 2XD2A 3K2DA 2XX9A 3IX1A 2AIXA 3IOTA 3RTFB 3RY3A 3OO6A 2DXYA 1F9BA 1PB7A 4G68B 5CMMA 4PP0A 5AA2B 5TPAA 3FXUA 1R9LA 4FORA 3UA8A 3TZAA 2I48A 1JQFA 3SEVA 5I57A 3A3CA 1LLSA 3K00A 3F11A 2QPQA 3MZ9A 1VFDA 3RT8A 1H45A 4FEBA 1FQAA 1MDP1 2UVJA 2QMWA 4R9GA 1PDAA 4RJZA 3FIRA 3SETA 4GL0A 5KCJB 1N04A 4NF5B 4POXA 1RYXA 5CBSA 3TYHA 1URSA 4F18A 4XKRA 2XXQA 5CMBA 2WOLA 3DELB 5DVFA 5ITPA 4TLMB 2PT1A 1LGBC 3MZ1A 3OD7A 4GIZA 2Z8EA 4O3AA 3HN0A 4BDMA 4NTLA 3Q28A 4HW8A 1UIVA 5HPQA 1LCFA 4NF4A 4H8IA 3VXCA 3HPIA 3DRIA 3IK6B 3N6UA 5IAIA 4GFRA 3N6TA 3DRJA 1IIWA 3IO6A 4KR5A 1S9TA 2O69A 5ICQA 4GXSB 3VXBA 1M5CA 4R73A 3H6WA 3USDA 4Q0CA 2GHAA 4ECFA 3K02A 4HTGA 5JK4A 4ZEDA 5TPAB 4IB2A 5I2NB 4I62A 1MXZA 3IOUA 3LSLA 5I57B 3O6IA 2IA4A 4OFLA 1OIBA 3CSBA 1B40A 1M5BA 2RF1A 2UYEA 1EH3A 1N3WA 2IEEA 2PBWA 3CG3A 1DMBA 1UIUA 4H6DA 4GL8A 3FTOA 3QUJA 4Q5TA 4BLAA 2DWIA 4R74A 4I9DA 2Y7RA 3E9XA 1MXUA 1POTA 2R71A 3IOWA 4YU0A 4PFUA 2O7UA 4F19A 4YZZA 1NNFA 1ZBMA 5B7DA 4NF6A 1PB9A 3CG1A 4DXCA 4KQPA 1ZLQA 1D9VA 1DSNA 2Q88A 3QSLA 3MUQA 2HCAA 4JDFA 3A09A 3C34A 1Z7ME 2H5YA 2F6PA 3TUSA 3VVEA 4ZZEA 3RN8A 4NF4B 1SW5A 2WOPA 3RT6B 2W7YA 3C4MA 4GOTA 2O1LA 2YLNA 1AIVA 1NNKA 4ISUA 2F78A 2P0SA 1LB9A 3IOVA 3R6UA 4RNSA 5EHSA 1Y3NA 2FNCA 4ZDMA 1MPBA 4LVQA 3KSXA 1ZKBA 3QK6A 2OWTA 2REGA 2ONSA 3HSTA 1VR5A 3TODA 2Z23A 4KD5A 4ZZAA 3MVWA 1XC1A 2AYSA 3B6TA 5F7VA 3FJGA 4WKMA 3DP8A 2QJEA 4OXVA 3W9VA 3K01A 5DVIA 3CI8A 4EQBA 1OMPA 1B0LA 1MM6A 2B3FA 4NE4A 4F22A 1KWHA 1MQDA 2XXHA 2DE4A 3PPOA 2OWSA 2V84A 3HHFA 3TCGA 2ZYNA 4ZE9A 1LBBA 4XTCQ 1B7UA 4Z7EA 3SEYA 1I6QA 4QFKA 4AQ4A 1RYOA 4PFTA 3TTLA 3K0VA 1IXIA 2VOZA 2XXRA 3GXAA 1B0HA 2BJJX 2UVIA 4ELQA 2DVCA 4FATA 2Y7KA 1I6BA 4UA8A 4NF8A 2PMSA 2Y7IA 2ESNA 2O51A 3KGCA 4M4GA 2DQVA 1A40A 3PUVE 4G77A 1BTJA 1MXWA 1R9QA 1SDXA 2M8CA 3S9NC 1B3LA 4PQJA 1MY4A 3HO7A 3JZJA 4H5FA 5A5XB 2GFEA 5JTYA 1ZTYA 3TQWA 5J1DA 4KI0E 4F3GA 4XKQA 3H7MA 3CIJA 1B4ZA 2ONKE 5ITOA 1ZIUA 2HFBA 2I6EA 2P1SA 5H8QA 2NVUB 4QHQA 4AB5A 2NOOA 4QFLA 5K2YA 1EZOA 4YKJA 2VD2A 3K1NA 1SYIA 1IXHA 3GBAA 1MS7A 3RUMA 3FUZA 1LSTA 3KZGA 4IO4A 2B3BA 1JVYA 2F35A 1HSJA 5M2VA 2H4IA 4BDRA 3EHUA 4Q8RA 3RYBA 3PMWA 4N13A 3UP9A 1JW4A 4DIGA 2R9JA 1PEBA 4RXLA 3RGYA 3LC8A 4NF8B 2F7AA 4QRZA 3MP8A 3H6VA 1A8EA 1FTOA 3PMVA 4WXJA 3QXMA 4P0IA 3RQTA 4YMAA 5L8DA 1B32A 1QKBA 3N26A 2DP8A 2HZKA 3LR1A 4KYSA 4OZ9A 1QUJA 3CFXA 1NNPA 1Z7NE 3KOSA 4GQOA 2I4BA 1OLAA 3G3JA 5HM4B 3O6HA 2HZLA 5JTYB 3IJOB 1JETA 5CMKA 2O68A 1US4A 3JYRA 3PGFA 1TT1A 5CMCA 4JSDA 3FASA 4TOZA 2XD3A 5H8QB 3ZS6A 1H3DA 1GGGA 3DP4A 2Q2AA 4HCYA 4Q30B 5L9MA 4XXUA 3C35A 3IO4A 1IZ1A 2DSFA 5KDTA 1QW0A 3OENA 3PU5A 1AH5A 4QFOA 1UTHA 3K6XA 2F5XA 2WKYA 4MLQA 2ZYKA 3FGSA 3ILUB 4RA1A 4WEDA 4G8NA 4U4XA 1IQ7A 2O7IA 3MQ9A 5H8NA 1GV8A 5I59A 2ZNTA 4ZEBA 1DTGA 4F3BA 4YKIA 4IO2A 2X7PA 5CBRA 3TTNA 3TEPA 2VP1A 3BKIB 1GR2A 2ZNUA 2O1MA 1DOTA 1AOVA 1MY1A 1BKAA 1SI0A 1ZU0A 2RC7A 3CRBA 2I4CA 1Q1KA 1LFGA 2F36A 1T0KA 2G93A 1JVXA 4DCXA 3TCFA 2H99A 4U21A 3IORA 1JNFA 3THIA 1ATGA 4R9FA 1IEJA 1A8FA 4OQOA 1D4NA 5CM6A 4JWYA 4ND9A 4U22A 4IY6A 2RKMA 5ICTA 3LUYA 2E0SA 4PE5B 4XKPA 3M3KA 3PD8A 3D4CA 2QS4A 3QAXA 3O66A 3LSFB 1FTLA 4YKPA 2OK2A 1MH3A 3SEUA 5KDTB 4ZE8A 3MP1A 2D21A 1Y1ZA 1LBCA 4ONYA 1UTHB 3QUFA 1I69A 4FECA 1MY3A 4R6YA 1TFDA 1P1UA 5H8NB 1RKMA 3PAMA 1PBQA 5I59B 4PFWA 4R2FA 1B3FA 1MQJA 3FJ7A 2E1SA 2VHAA 3KN7A 2OLBA 1MG1A 4C1UA 4ELOA 1B52A 3G3GA 4OTEA 1PB8A 2ONRA 4N6PA 4MLVA 4OWDA 1M5EA 4DDDA 3KJ7A 4R72A 4UACA 3ZKKA 4F3SA 3PD9A 3C36A 3O28A 1MXVA 5H8HA 1B3HA 2V3UA 5I84A 3LSWA 1EZPA 3K6UA 2F7BA 1YAEA 2UXAA 4F31B 3TAJA 3HV1A 3O97A 4IO6A 4LATA 2QS2A 4R6HA 4TQUQ 3K1MA 4BDQA 1B5HA 1URDA 3PUXE 3I5OA 3CFZA 1TFAA 2CZLA 4KCCA 2I3WA 3U1OA 1M5FA 2QS3A 1YPNA 1MH4A 1A99A 2H25A 3M8UA 3S4UA 1M5DA 2F6GA 3IR1A 3W15C 3HHGA 5EYFA 3MW0A 1MQGA 3FV1A 5B70A 1H76A 3OEMA 4KFQA 3V5AA 3TMGA 2ABHA 1MPDA 3FXRA 5TU0A 3ZKLA 1Y4CA 5ELVA 1MQIA 4EF2A 2QS1A 3SEXA 5H8SA 4OETA 4RYAA 1QULA 4IGRA 3M3LA 3ILTB 2HAVA 3PUZE 4JXIA 3VLVA 4RPOA 4X1BA 1BIYA 3BFUA 4FEDA 3RYAA 3TPAA 3WAFA 2XXUA 5H8FA 3MVYA 1CB6A 2AL4A 2G29A 3IL1B 1SVXB 2F97A 1B6HA 4EQ9A 4KYEA 3U72A 1AMFA 4OESA 5HBCA 2QMXA 3FVOA 4P0GA 3EN3A 3SEWA 1A54A 4GRKA 2F7CA 3S2VA 4IY5A 4H1XA 1P1NA 1FW0A 2ALUA 4QSEA 4G68C 5DYHA 4F2OA 3IB0A 4EF1A 4NF6B 3C32A 4G8MA 3H6TA 1SW4A 3FV2A 1R6ZA 2PYYA 5DT6A 1B5JA 3OOAA 2CMOA 3VVDA 1B5IA 3EPEA 5IKBA 2GHBA 4GXAA 4NWDA 4ESWA 3T96B 1YTVA 3UGWA 1MPCA 1ANFA 3SKPA 1LFIA 3MBPA 1DPEA 2DE2A 3K6WA 2YJPA 1P99A 4ZECA 1PC3A 3UN6A 3IB1A 4LQ5A 4MF3A 4LZ7A 5L9OA 4H0WA 2OJTA 2XX7A 2D3IA 4R6KA 2THIA 1B46A 5BUUA 1SYHA 1XOCA 3LBSA 1NL5A 3U93A 5H8FB 1ELJA 3CVGA 3OO8A 2V93A 4X9TA 5DEXA 3Q26A 1QJMA 1NMUA 1Y3PA 5I56A 3PPPA 4FAJA 1DTZA 2DXRA 3KFMA 3V89B 3L6GA 4R75A 4H67A 3CFLA 3OEKA 4X1DA 2DOJA 3FD3A 1FTMA 4K3FA 3B7DA 3QIMA 1PBPA 2DS9A 4LA9A 3G7WA 1HSEA 4OFOA 1UTBA 2PX1A 1MY0A 1B51A 1MDQA 1JEUA 3TQLA 4U1OA 3KN8A 2HXWA 4U1ZA 4YKKA 4L17A 1XHYA 3DP6A 5CRYA 1DPPA 2XXXA 4OEUA 3RTWB 4C1TA 5FHOA 2FA7A 1Y20A 3KJTA 2ZXTA 2RCBA 3EHTA 4F1UA 1O63A 4XKNA 1ZJLA 1MQHA 3PMXA 2O84X 3KBRA 1US5A 5I58A 4OMBA 1FCKA 1QKAA 2RC9A 2LAOA 1QVSA 5TP9A 5BWJA 4PFYA 2VGQA 4M1VA 1S7YA 4GF8A 4JB7A 5DEXB 1B1HA 5L9SA 3TTRA 3DLNA 4KYDA 5I56B 4BDLA 1XT8A 1LCTA 1P1OA 2Y84A 1CE2A 1SW1A 3TTKA 4YB7A 1QUIA 2I49A 3CSGA 2Z8FA 3VFJA 3AXFA 1MY2A 2QSXA 3HCQA 3MVZA 1B3GA 1B58A 3SDFA 1OLCA 3C33A 4GWOA 3EQ1A 4OYVA 5ISUA 1UTBB 2DWAA 2OBGA 1B7ZA 3T9XB 2QL3A 1USYH 4LZ8A 2NWJA 1LB8A 4U23A 4DCYA 2A5TA 2OZZA 4FE8A 4LZ5A 2UVHA 1MM7A 1SW2A 4KPTA 2X7QA 4IO7A 3VV5A 3FVKA 3PUWE 3W9WA 3OSQA 5AE4A 4OERA 1A7LA 4LP2B 1ZMGA 1IITA 5AA3A 5CC2A 1POY1 1OVTA 2Q2CA 3VDFA 5I58B 5I2NA 3RNNA 4IO3A 5FTHA 2PVUA 2Z8DA 4KCDA 2ZYOA 1TWYA 3KG2A 1XS5A 3K4UA 1SQYA 5TP9B 1J1NA 1NKXA 3DRKA 1A55A 2DYXA 3RLFE 3CR9A 4JWOA 1URGA 4QFPA 4HCWA 3SESA 3MAMA 5DVJA 3LSXA 1WODA 2H98A 4X48A 1BLFA 5K2XA 4WEPA 3C31A 2XXYA 1Y1MA 4E0WA 5DTBA 5FTIA 1N3XA 2DWHA 2Y7WA 2DWJA 4DXUA 1NH7A 3G3FA 3OSRA 2A5TB 3JV9A 4PETA 1L5TA 4U2RA 1D3KA 1FTJA 1OQGA 2PT2A 2Z22A 3MJNA 1YCJA 4JBZA 4Z0IA 3TCHA 3FVNA 4LQ2A 1JEVA 4RK2A 4BDNA 4MFIA 4HS7A 2XXPA 3ODBA 1N7XA 3V8XB 1LAFE 3U94A 3Q25A 2ZYMA 2NUVA 2GH9A 3Q29A 3MVXA 3VLWA 4EQ7A 4O3CA 4YB5A 3PUYE 3OO7A 4GLIA 2XXIA 4FIMA 3I3VA 1B9JA 1FQFA 3PPQA 1B1XA 1USYE 3FXQA 2RINA 3H3GA 3PV0E 4DZ1A 2XX8A 3RPWA 1OQHA 4NMYA 4RPNA 4EXLA 3VLUA 4U4SA 2H9BA 3CHGA 1EZ9A 3N5LA 3O6GA 2WOKA 3B6WA 5AA1A 1FQDA 3DM0A 1VE4A 3FZVA 4EDPA 3T22A 1QUKA 3IJXB 4JSOA 4G2ZA 3MWBA 3Q27A 1EU8A 5F1QA 4C0RA 3T9UA 2Q89A 1LAXA 1S50A 1Y9UA 1H44A 3WAEA 4RK9A 3H03A 1IXCA 1MRPA 3MC2A 4XIGQ 3SERA 2Y7PA 4ZEKA 2XXWA 1LFHA 4P11A 1B4HA 2XXVA 1N84A 1HSLA 4G4PA 3FJMA 4POWA 4QF9A 4OEVA 3UORA 1H43A 3TFLA 4MH5A 5AA2D 3M3FA 2KLFA 1B2HA 3ECRA 4OHNA 5FHNA 4H8JA 5H8HB 4DE8A 5A5XA 3UIFA 1GVCA 2V25A 2XHDA 1VSOA 2GRVA 1B05A 4JWXA 1OVBA 2VD3A 5I2KA 2I3VA 2UVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEUA 1DK4A 4IO5A 3O9PA 1Q35A 3MZBA 5FHMA 3VE1B 3KN3A 3VVFA 2MKZA 4BDOA 2V3TA 3S9MC 1O7TA 1G0IA 4LN5A 2P2AA 4KXPA 4E0XA 4PDDA 3E4RA 4F1VA 4N8YA 5EQ8A 4PFIA 2REJA 3EHSA 2D5WA 3G3KA 5AA4A 4PAKA 3G3IA 2NXOA 2HAUA 1XVXA 2DVZA 2ANJA 4GD5A 1SBPA 3H6UA 3T9VA 2A5SA 4FJPA 1BP5A 1Y3QA 4DI4B 4ESXA 1II5A 3GLBA 3H06B 1YXIA 2R6GE 3OELA 3IFAA 1I6AA 4R2BA 2ZMBA 1AWBA 4P47A 3ONMA 3I6VA 3V83A 4F3PA 4F1YA 1B3EA 1UQWA 3K1PA 3R26A 1D9QA 5EYHA 1FBHA 1JW5A 1XVYA 3PPNA 1GTKA 2KR0A 4NN3A 2I0CA 1NFTA 3QYTA 3BFTA 2WYPA 5JEIA 1N76A 4N07A 3IAZA 3MPKA 2O6AA 3A3UA 2CZKA 5I2KB 4H65A 4OFJA 2RC8A 4I1DA 3T9HB 2AL5A 5EHMA 3MPLA 3T93B 3IB2A 2ZNSA 1B7HA 1RDYA 2HXRA 3S9LC 3O2AA 1SD3A 3FVGA 5LOMA 3DRGA 1NH8A 5CI5A 3C9HA 3GYYA 4PDHA 3EF7A 1MXYA 2YPNA 1FQBA 2BJIA 4QFNA 1FSAA 3TKDA 4QSDA 2F8DA 3T66A 2FYIA 5AA4B 3FATA 2RCAA 1FQCA 3OMBA 2WBDA 4EUOA 1NNTA 1R1NA 1SI1A 1TXFA 1FQEA 4JVDA 1Y4TA 4N8GA 2B4MA 5EQAA 4ZEIA 3E3KA 1LAGE 1IUDA 2F3DA 5I7IA 3MP6A 4DLDA 2Q8JA 5KZTA 1N7WA 2HQ0A 3D4GA 3PPRA 1AL3A 3GZGA 4ZEFA 2F34A 4LUBA 2OCUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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