4OFOA

Crystal structure of ynta from yersinia pestis, unliganded form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
THTLQLAIGDEPTEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWKWTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
molecule tags Transport protein
source organism Yersinia pestis
total genus 143
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofoA01
2XXXA 2Q9TA 4KD5A 4ZEDA 4Q30B 1BKAA 3F11A 4O3BA 4GXSB 1UIUA 2DWJA 1XT8A 4IB2A 5DEXA 1OVBA 4NF8A 2OWSA 2Y7PA 2QRYA 3P7IA 3U94A 3ODBA 2E0SA 2QS2A 4WXJA 2P1SA 4GXAA 1Y4TA 2KLFA 1LAFE 4MLVA 4EXKA 2XXQA 2PBWA 4F3GA 4MF3A 1A8FA 3TPAA 5CM6A 2FA7A 1B1XA 1D9VA 5KCJA 2O68A 2O84X 4N6PA 5IKBA 1MDQA 1M5CA 3U92A 3H7MA 2QS4A 2D5WA 4N13A 3G3KA 2DYXA 5CC2A 3V83A 4F3PA 3FJGA 3EHSA 2I3VA 5I84A 3QAXA 1LGBC 3Q27A 4NF4B 1ZJLA 2FYIA 4BDQA 1URDA 3RQTA 2ZNUA 2ONRA 3QXMA 3LBSA 2O51A 4X1BA 3G3JA 2HAVA 1N76A 4Z7EA 3O9PA 1XC1A 1MDP1 4H5GA 3IO6A 3O2AA 4PE5B 1MH4A 1NL5A 1USYE 4EDPA 3CR9A 4C0RA 1ZU0A 1DMBA 3HPIA 2ZYKA 3IB0A 3VDFA 4P0GA 5HBCA 3O66A 4QHQA 4R6HA 1YCJA 5I57B 5KZTA 1MY3A 2ZYMA 4RXLA 3SKPA 2V93A 4DZ1A 5FTIA 4HW8A 1NNPA 3D4GA 1AL3A 4EUOA 3QUJA 2QMWA 4KYSA 1SW1A 2R71A 4FAJA 1LB8A 1NKXA 2CMOA 3UN6A 1S50A 1UTBA 3SEXA 4XKNA 1N3XA 3CG1A 3CIJA 1EZOA 4M4GA 2XD3A 1MQGA 1YAEA 5ICTA 3S9NC 1MY4A 3G3HA 1PB8A 3OEMA 4GL8A 2DE2A 5CI5A 2ZMBA 2F97A 1R6ZA 4LZ7A 3GBAA 2RCBA 2Z8EA 3KSJA 1FTOA 3E13X 3AXFA 1NH8A 3IB2A 3T9XB 4LQ2A 1EZPA 1MRPA 2Z8FA 4KYEA 1JVXA 1A40A 1FQDA 5AA3A 3DRFA 3FD3A 3CHGA 3PUZE 4JB7A 4U4SA 3TTNA 2F5XA 1I69A 3TUSA 1FW0A 4OHNA 3PMVA 4RK9A 4OFOA 1IITA 4FEDA 4R2FA 1P99A 4U1ZA 2QPQA 4GRKA 3DRIA 4IO3A 1N84A 5AA4B 3RT8A 1FTJA 4F1UA 4R75A 3PUYE 3K4UA 5H8FA 5CMMA 4I8CA 1LCFA 2E1SA 3LSFB 4YKIA 2Y7WA 2XX7A 1MPDA 3PD9A 1B4ZA 3VV5A 4TOZA 2Y7RA 4RYAA 1LCTA 3OO7A 1GGGA 4JWXA 1XVYA 4GQOA 4OTEA 1MY0A 5FHNA 4TLLB 3TCHA 4YKKA 1M5FA 1Y3QA 4YB7A 1NH7A 3H6UA 4FE8A 4E0XA 1PDAA 5CMCA 4JSDA 3QIMA 1FCKA 3OMBA 1ZMGA 1B7HA 2I58A 5I2KB 3MVWA 4XKPA 5I58A 1JVYA 1MQHA 3DP6A 3HO7A 3UIFA 3K2DA 4PFUA 4KHZE 4QFLA 4X1DA 2Z22A 1JNFA 2Q88A 5B70A 4BDLA 1HSLA 2O7IA 5L8DA 3IX1A 3DP8A 3FVOA 4IO2A 5HM4B 3K01A 4GWOA 1D4NA 3EHTA 4G4PA 5HPQA 2ZXTA 4HTGA 2QSXA 1Q1KA 3PPOA 3MC2A 4FEBA 5A5XA 1DPEA 4KPTA 4OENA 4RPNA 1EZ9A 1WODA 5H8HB 1SW4A 5CMBA 1LFHA 5AA2D 4G8HA 5IAIA 2XHDA 3IOUA 2OBGA 2G93A 2A5TB 1AH5A 4ELPA 1I6AA 2XXPA 3FXQA 1P1NA 2HZKA 2XD2A 3MQ9A 3UORA 4NF5B 3QSLA 1US5A 2XXRA 3SETA 2HAUA 4OFJA 2X7QA 2DVCA 3MP8A 1D3KA 2AL4A 3L6HA 1MY2A 2AL5A 4KR5A 2I48A 5H8NB 2P2AA 1LAGE 1MXYA 2Q2AA 3RN8A 2DXYA 1B9JA 2DS9A 4RJZA 4ZEFA 3KGCA 1MXZA 2XXWA 2H9BA 3IR1A 5I2NB 1IXIA 1YPNA 2PX1A 1IXGA 5K2YA 2VHAA 2UYEA 4Q0CA 4JSOA 1S9TA 3RGYA 1URSA 3TKDA 2PT1A 2RINA 4QFPA 1Y20A 3SEUA 5FHOA 4IGRA 3PUWE 2H99A 4G77A 3CRBA 1QJMA 3U8QA 4YB6A 1ELJA 1TXFA 4FECA 3W9WA 3K0VA 2GHBA 4DCYA 2XXHA 5CRYA 4DXUA 3CFLA 1UQWA 2DE4A 4WKMA 3O6PA 5EHMA 3EHUA 3HHFA 4F31B 4G8NA 4NF8B 1XVXA 4FIMA 4EQ7A 1MXWA 1JETA 3C33A 4H0WA 4QF9A 1LB9A 4X48A 3VLVA 1ANFA 2XXYA 1WDNA 3A09A 1A7LA 2Q89A 1B4HA 4R6KA 3S2VA 5TP9A 2I49A 4F29A 3IO4A 5I56A 5KCJB 3IL1B 1BIYA 4MFIA 3MJNA 3SEYA 1R1NA 2F6GA 4ND9A 3C32A 3HSTA 1PEBA 4YMAA 1B0HA 3DRJA 3DELB 2YLNA 4X9TA 2QJEA 1Z7ME 3C35A 4RA1A 1JW1A 4QSDA 4U21A 4G68A 3K1MA 3EN3A 3MPLA 3DRKA 4H65A 3EF7A 3IOWA 1A99A 2I4CA 3JZJA 1IIWA 3KG2A 4YB5A 3PPNA 3OENA 1LFIA 3H06B 4GL0A 3RLFE 3U93A 4Z0IA 3H03A 3K02A 3IOVA 3K00A 3TAJA 3CSBA 4LA9A 1OMPA 2I3WA 4NEDA 1B58A 1IXCA 1B40A 4EQ9A 2GH9A 1EH3A 2AIXA 3OSRA 3QK6A 2FNCA 3KN3A 2V25A 1VSOA 4U23A 3GBBA 3M3KA 1RYXA 2HFBA 2RKMA 1URGA 3VXCA 3V5AA 2IEEA 3V8XB 4RK2A 1UTHA 4C1TA 3FV1A 4U2RA 2NWJA 2F7BA 4JBZA 1SQYA 1MXXA 1UTBB 4YAHX 3TCGA 4U1OA 3CSGA 4THIA 2Z23A 4NWDA 5AE4A 5JK4A 3K1PA 1QW0A 3FATA 4ZZEA 1I6BA 2UVIA 3OO6A 3TEPA 4OEUA 1B3FA 3IJXB 4NTLA 3C36A 3THIA 3O6GA 2XXTA 2DQVA 4MLQA 5ELVA 4YZZA 1P1OA 1B6HA 3T9VA 5H8QA 2VP1A 1SYIA 1QKAA 3LSWA 3T9UA 1MS7A 2PYYA 5L9SA 4ESWA 4GF8A 3RPWA 3OOAA 4DCXA 1Z7NE 5L9MA 3FJ7A 1JEVA 2OJTA 3PPRA 1N04A 1LBBA 1DTZA 4F2QA 4BDRA 3E9XA 3CVGA 3OD7A 1XOCA 3DRHA 5H8FB 1N0TA 5CBRA 4WEPA 2WKYA 4OESA 2RC7A 3S4UA 1MPBA 1SW2A 4KQPA 1ZBMA 3I5OA 3KOSA 2UVJA 3C31A 2X7PA 5JTYA 1ZTYA 2QL3A 1FQAA 3PU5A 4WEDA 4LP2B 1J1NA 1IUDA 4BDOA 2HCAA 4R73A 3FZVA 4IY6A 2RC8A 3KJTA 4NF6A 3PPPA 3W9VA 3KEIA 4FJPA 2ONSA 5I58B 1UIVA 4I9DA 2ALUA 1HSEA 3FJMA 3K6UA 3KFMA 3KJ7A 4IO5A 5ITOA 3R26A 5TU0A 3TFLA 4OFLA 4P0IA 5DVIA 1MM7A 2G29A 1PB7A 4E0WA 3W15C 1Y1ZA 3FUZA 5TPAA 1GV8A 5BWJA 3K1NA 3Q28A 1A54A 3CFZA 4TLMB 3VLWA 1LAXA 2RF1A 2DSFA 4LUBA 2ONKE 3GLBA 1JW5A 3T9HB 1O7TA 3RUMA 2M8CA 1Y9UA 3IB1A 5A5XB 3TQWA 1OQGA 4XTCQ 3H3GA 5AA4A 3N5LA 4DXCA 4H67A 1HSJA 2XXUA 5I59A 1NNKA 4HCYA 4F19A 4R2BA 2DWHA 1VFEA 3FXRA 2VD3A 1FTLA 4M1VA 1Y3NA 1LSTA 2XXVA 1B1HA 1LLSA 1R9QA 4FORA 1TFDA 3CI8A 3O29A 4R72A 2F36A 4JWYA 2F78A 3VE1B 1LBCA 4PQJA 1N7WA 3LR1A 1O64A 1SDXA 4IO4A 5EYFA 2BJJX 1L5TA 3CG3A 3H6WA 3R7XA 3KBRA 4R9GA 4NWCA 4R9FA 4P11A 4Q5TA 1OLAA 5KDTB 3SDFA 3IJOB 3QYTA 2F6PA 2HXWA 2UXAA 3T22A 4F1VA 2REGA 1B3GA 5DYHA 4QFNA 3C9HA 4R6YA 2H5YA 2Z8DA 1WVJA 1RYOA 4LQ5A 4AQ4A 4ELQA 3KN7A 2THIA 4ZEIA 2H98A 2O7UA 3QUFA 5FHMA 2AYSA 3MWBA 4EF1A 1MQJA 3K6XA 4AB6A 4F3SA 4F18A 4O3AA 3H4ZA 1B0LA 3FV2A 3UK4A 1I6QA 3PUVE 2D21A 4OYVA 3MPKA 5CBSA 4OEVA 4PFTA 1BLFA 4GIZA 1B3LA 4ESXA 3K6VA 1IEJA 3DLNA 1PBPA 2W7YA 5H8HA 3G7WA 3B6TA 1QVSA 3MP6A 2B4LA 5F7VA 2D3IA 4GLIA 3I6VA 3USDA 3MZBA 1LFGA 3RTFB 2DOJA 4H8JA 5AA1A 2B4MA 2Y7KA 3M3FA 3N26A 1SI1A 4KCDA 2ZNTA 4KYDA 1ZKBA 4KFQA 5AA2B 2GHAA 5I56B 3RYBA 2RCAA 4ECFA 2OWTA 1M5DA 3PAMA 4XKQA 3DRGA 3PV0E 2GFEA 4ZEBA 1B7UA 4YICA 1DOTA 3EPEA 3C34A 5DEXB 5H8SA 3SEVA 1RKMA 1IXHA 3ZKLA 4ZEKA 5I2NA 3E3KA 1JEUA 1BP5A 4G68B 3S9LC 2O1LA 3ZKKA 5FTHA 1OQHA 2HZLA 2YJPA 1SI0A 4YKPA 4DE8A 3TQLA 1PC3A 3IORA 3Q25A 4LATA 2Y7IA 1MH3A 4O3CA 4QFOA 1USYH 5ICQA 3TELA 3DP4A 2B65A 2F8DA 4ZDMA 4PETA 2R6GE 4K3FA 4YMBA 1Y4CA 3ECRA 3BBRA 4YU0A 3TTRA 5ITPA 3M3LA 3CFXA 3EQ1A 2DXRA 4TQUQ 5BUUA 1ATGA 1ZIUA 4G68C 3LSLA 4H8IA 1M5EA 2NVUB 3JYRA 4LVQA 3HV1A 1AIVA 1UTHB 1B52A 1P1UA 3SERA 2DP8A 3A3UA 4Q8RA 1BTJA 1GVCA 4JDFA 1DPPA 3Q29A 3FGSA 3GXAA 2NUVA 3O6HA 4KI0E 5DVJA 2XX9A 3PMXA 3MUQA 3FVKA 3O6IA 2REJA 2Y84A 3VVDA 4PFYA 3UGWA 1OLCA 1II5A 2F7AA 2DVZA 3G3GA 4I1DA 4DIGA 1Y3PA 4I62A 5LOMA 5EHSA 3HHGA 1TT1A 3MVYA 1N7XA 3LSXA 3PPQA 4NMYA 3RYAA 5H8QB 3ZS6A 2ABHA 3VVFA 2A5SA 3H6TA 3N6UA 3TTKA 1MM6A 2VD2A 1T0KA 4UA8A 2H4IA 3U72A 2XX8A 3OSQA 4U22A 1AOVA 4LZ5A 1QULA 4C1UA 3WAFA 1SYHA 2VGQA 3TTMA 3K6WA 1H76A 4PFWA 4JWOA 3FTOA 2O1MA 3GZGA 4IY5A 4GOTA 3E4RA 1FQFA 3PUXE 2IA4A 4ZECA 3U1OA 1H3DA 2UVHA 3T96B 3JV9A 4NF4A 2PMSA 3B6WA 4UACA 3BFUA 5JTYB 1VFDA 4IGTA 4DXBA 1US4A 1IQ7A 3KN8A 4GD5A 4F2OA 2QS1A 3R6UA 3OO8A 4ZE8A 2LAOA 1SVXB 1FTKA 1QUJA 4IO7A 4U4XA 4NF6B 2I0CA 4LZ8A 1OVTA 1MPCA 1P1QA 3FXUA 2R9JA 5ISUA 1JQFA 5I57A 4GVOA 2ANJA 4MBPA 3V89B 3HCQA 2RC9A 4JXIA 3MVXA 3M8UA 3TMGA 3C4MA 3D4CA 1B5JA 3O28A 4OQOA 3MW0A 4F1YA 4H5FA 4AB5A 3G3IA 5TPAB 3LVUA 1B05A 5DVFA 4QFKA 4HS7A 4ZE9A 2O69A 3S9EA 3VFJA 1B5HA 1AMFA 2PVUA 1N3WA 3PMWA 3MAMA 2H25A 1P1WA 2YPNA 3KOTA 3UP9A 1IZ1A 1POY1 1EU8A 3TTLA 1B2HA 4RPOA 4GFRA 1NNTA 1QUIA 2ESNA 1XS5A 5I59B 4F39A 2Q8JA 1KWHA 2OK2A 1PBQA 3PD8A 3RY3A 3OXNA 1DSNA 1H45A 3B6QA 3SEWA 3VVEA 1MQIA 1MY1A 1NMUA 2WOLA 1ZLQA 4QSEA 1R9LA 1DTGA 1B3EA 3S9MC 4ZZAA 3B7DA 3MZ9A 4YKJA 2Q2CA 1POTA 1VE4A 2ZYOA 1Q35A 4OZ9A 1A8EA 1XHYA 2I6EA 4QRZA 4L17A 1TFAA 1FTMA 3BKIB 2QMXA 3I3VA 2XXIA 5JEIA 3N94A 4XXUA 4G2ZA 1TWYA 1YTVA 4OWDA 2O6AA 4HCWA 3OELA 3HN0A 3OEKA 1B51A 3FASA 1QKBA 4OMBA 4H6DA 4ONYA 1B3HA 2V84A 4EF2A 2F7CA 3MVZA 3BFTA 3RNNA 1FQCA 2V3UA 4OVJA 2DE3A 2WOKA 3MP1A 4POXA 3LUYA 4OERA 3VXBA 2B3FA 3RT6B 1GTKA 3UA8A 1JW4A 2ZNSA 3T66A 2I4BA 3N6TA 1MG1A 5I2KA 4ZS9A 4ELOA 4R74A 4MH5A 4ELRA 4PP0A 3MBPA 3TDJA 1SBPA 1NNFA 3IK6B 2DWAA 2DWIA 4POWA 1H43A 4KCCA 3FIRA 3TCFA 3KZGA 1B5IA 2NOOA 4XKRA 3DM0A 2WOPA 4EXLA 1NFTA 4QSCA 2I0BA 1MXUA 2HEUA 4H1XA 4XIGQ 2UYFA 5L9OA 4BDMA 1CB6A 1FQEA 1VR5A 3RTWB 1LAHE 3T93B 1D9YA 1B7ZA 3L6GA 4BDNA 3ONMA 1FQBA 5KDTA 3VLUA 2A5TA 3O97A 4FATA 5B7DA 4F22A 3WAEA 2GRVA 1QUKA 1H44A 3G3FA 2OCUA 4NF5A 5CMKA 3ILTB 1SW5A 5TP9B 1F9BA 1A55A 5DT6A 4EQBA 4F3BA 2VOZA 4DDDA 4IO6A 4RNSA 5F1QA 5H8NA 3PGFA 2V3QA 3KSXA 1B32A 1Y1MA 2B3BA 2V3TA 3TYHA 3Q26A 3FVNA 4BLAA 3FVGA 3LC8A 2OLBA 1O63A 1CE2A 2X26A 4G8MA 3A3CA 4NE4A 5M2VA 2UVGA 1PB9A 3ILUB 1MXVA 1B46A 1GR2A 2OZZA 4OXVA 3ZSFA 3TODA 2F35A 5DTBA 2F34A 4N07A 3H6VA 4ISUA 1S7YA 1M5BA 1SD3A 2ZYNA 4OETA 1OIBA 3SESA 4LONB 4RY1A 1MQDA 2QS3A 2HQ0A 5J1DA 2NXOA 4DLDA 2PT2A 3MZ1A 3OO9A 5AA2A 3IOTA 5K2XA 2CZLA 3IAZA 3TZAA 2P0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXXA 2Q9TA 4KD5A 4ZEDA 4Q30B 1BKAA 3F11A 4O3BA 4GXSB 4MHFA 1UIUA 2FHYA 2DWJA 1XT8A 5IM2A 4IB2A 4OANA 5DEXA 1OVBA 4NF8A 2OWSA 2Y7PA 2QRYA 3P7IA 3U94A 3ODBA 2E0SA 2QS2A 4WXJA 4OVQA 1FJ9A 2P1SA 4GXAA 1Y4TA 2KLFA 2ZZWA 1LAFE 4MLVA 4JVCA 4EXKA 2F3DA 2XXQA 2PBWA 4F3GA 4MF3A 1A8FA 3TPAA 5CM6A 2FA7A 1B1XA 1D9VA 5KCJA 4H46A 2O68A 2O84X 5I3SA 4N6PA 5IKBA 1MDQA 1M5CA 4GWSA 3NOHA 4JVIA 3U92A 3H7MA 2QS4A 2D5WA 4N13A 3G3KA 2DYXA 1LEVA 5CC2A 3V83A 3E79A 4F3PA 3FJGA 3EHSA 2I3VA 2Y5LA 5I84A 3QAXA 1LGBC 4NAPA 3Q27A 5ET5A 4NF4B 1ZJLA 2FYIA 4BDQA 1URDA 3RQTA 2ZNUA 2ONRA 3QXMA 3LBSA 2O51A 4PDDA 4X1BA 3G3JA 2QFLA 2HAVA 1N76A 4Z7EA 3O9PA 5EYHA 1XC1A 1RDYA 1MDP1 4H5GA 4P1LA 3IO6A 4NGUA 3O2AA 4PE5B 1IMCA 1MH4A 1NL5A 1USYE 4EDPA 3CR9A 4C0RA 1ZU0A 4X8RA 1DMBA 3HPIA 2ZYKA 3IB0A 3VDFA 4P0GA 5HBCA 2QVRA 3O66A 4QHQA 4R6HA 1IMAA 1YCJA 5I57B 5KZTA 1MY3A 1FPGA 4NHBA 2ZYMA 4RXLA 4P9KA 3SKPA 2V93A 4DZ1A 5FTIA 4HW8A 1NNPA 3D4GA 1AL3A 4EUOA 3QUJA 2QMWA 4KYSA 1QGXA 4LN5A 1SW1A 2R71A 4FAJA 4N15A 4N6DA 1LB8A 1NKXA 2CMOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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