4OFOA

Crystal structure of ynta from yersinia pestis, unliganded form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
THTLQLAIGDEPTEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWKWTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
total genus 143
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofoA01
3K2DA 3TUSA 1MQHA 1SVXB 2RC8A 3MUQA 2ABHA 4OQOA 3M3LA 1L5TA 2Z8FA 1XHYA 2Q2AA 3C34A 4GL8A 4YKJA 5DYHA 2OWTA 3TTKA 4AB6A 3PAMA 1H3DA 3MPKA 4FAJA 1RYOA 2B3FA 2RC9A 2ZMBA 3HHFA 4KCCA 3Q29A 4OZ9A 4YB7A 4BDMA 3FJGA 4XTCQ 1IIWA 4AB5A 4HS7A 1P1QA 2I58A 2XXYA 2Y84A 3O6PA 1Z7NE 4F1YA 5I58A 3PPOA 4R75A 4ZDMA 3UIFA 4NWCA 3PMVA 2CZLA 1BTJA 1H45A 3EF7A 1MH4A 4LZ5A 1BKAA 5JTYB 4IO5A 4KYSA 5L9MA 3FASA 5KDTA 3WAEA 3PGFA 2LAOA 3CFXA 1VFDA 4KD5A 2XX9A 2XXVA 2HXWA 5I2KA 1B52A 2RCBA 4KYDA 3VV5A 5ITPA 1SYHA 1AMFA 1Y9UA 2DS9A 4GXAA 2O7UA 1CE2A 3ILTB 2Y7KA 3LBSA 1D3KA 2Q9TA 2Z8EA 4DXBA 4HW8A 2DE4A 3V83A 4EXLA 3RT8A 1B1XA 4H5GA 1Y20A 3TAJA 1LBCA 4F31B 3DRKA 3M3FA 4TLMB 3OO6A 4KQPA 4F3PA 2F6GA 2XXXA 3KN7A 5H8FB 2R6GE 1B1HA 3S4UA 1S9TA 4F29A 4F39A 1P1UA 4ELPA 3OO7A 2Z23A 4DXCA 3O97A 1Q1KA 3B6WA 3KBRA 1CB6A 3RN8A 3T22A 5A5XA 1B4ZA 2UVGA 4MLVA 2DWJA 3TYHA 3K01A 4MH5A 4QSCA 1NMUA 3KN8A 2FA7A 3E4RA 2OLBA 2RC7A 3IOTA 1Z7ME 5DT6A 3CSBA 3EHSA 3K6WA 4GVOA 3VVDA 3HHGA 4FORA 5I84A 1GR2A 5L9OA 4KFQA 1QUJA 1I6AA 1B3HA 1DTGA 3FD3A 4M4GA 4JBZA 4YU0A 2UVJA 2YPNA 1AOVA 1I6BA 1MXUA 2VGQA 2I0BA 4NF6A 4M1VA 3RYAA 1EZOA 2DOJA 1MY3A 3PPRA 2R9JA 4HCWA 2O84X 4NF4B 3RUMA 5HPQA 3RGYA 4X1DA 4OERA 4F2OA 5TP9B 4F3GA 3SETA 3OSRA 2V3UA 4H1XA 3T66A 4ESWA 3DP8A 5HM4B 2Z8DA 3Q26A 5TPAB 3UK4A 4DE8A 3H03A 3VFJA 3QAXA 1FTOA 3TQWA 2Q88A 1DSNA 3H6WA 1XC1A 3MQ9A 4ISUA 2QJEA 2X26A 1QKAA 3HPIA 4WXJA 2OJTA 4ECFA 3O28A 4UACA 2M8CA 1ELJA 1EU8A 1A99A 4RK9A 3O29A 1SW1A 1OQHA 4O3BA 4F3BA 3DRGA 1QVSA 1MS7A 1B5IA 1JW5A 3VXBA 3B6QA 3SERA 2QS4A 2Q2CA 4F2QA 4KPTA 1AL3A 1SW4A 5IKBA 3MVWA 3OO9A 1UIUA 2GRVA 2UYFA 1LB9A 4RPOA 4EF1A 1B5JA 5AE4A 4P11A 3RPWA 2E1SA 3P7IA 2X7PA 3TMGA 4XKNA 1RYXA 4LONB 3FVKA 3K6VA 5EHMA 4KCDA 2XXWA 3HO7A 3N26A 4MFIA 1FQDA 3CFLA 1A7LA 2HEUA 4RY1A 2IA4A 3G3FA 5BUUA 3LSXA 2D5WA 1MQIA 2DQVA 2HZKA 3FVNA 3W9VA 3DRIA 4H6DA 1MPDA 3EQ1A 4U1ZA 3T9VA 3TTRA 5ISUA 4OEVA 1US5A 2ZYKA 2WOLA 3SEUA 3T9HB 1JNFA 3Q28A 3C36A 2REGA 4OXVA 5AA2A 3O6HA 4YB6A 2NOOA 1GV8A 3DP6A 5I2NA 5H8FA 2HFBA 3UORA 3S9NC 4E0XA 3RT6B 3RNNA 2I4BA 4LZ8A 4NWDA 5CMMA 1LBBA 1M5BA 3FJMA 2NUVA 5I57A 1ZU0A 3UGWA 1PC3A 1B7ZA 4H0WA 5DEXA 5I2KB 4H8IA 4RJZA 4ZZAA 3PUZE 4ELRA 5JEIA 3TTLA 2V93A 4BDRA 4MBPA 3QYTA 3IB0A 1J1NA 3S9EA 3SKPA 2O6AA 2R71A 5EYFA 2WOPA 4DCXA 2X7QA 2DVCA 4LATA 4XKQA 5L8DA 3VVFA 3KEIA 4BDNA 2DWAA 1MXWA 3GLBA 4QFKA 5F1QA 2DWHA 4H5FA 2I3VA 4KR5A 1BIYA 3HSTA 4JWXA 1MY0A 2OK2A 4H67A 1MY2A 4X48A 4I8CA 4LVQA 1B3EA 1ZTYA 3RQTA 1SQYA 2QPQA 2IEEA 3JYRA 4PFUA 3O6IA 4GQOA 4EQ7A 1S50A 3BKIB 3FXRA 2ANJA 5AA4B 4I9DA 1MXVA 3FIRA 1DPEA 3U8QA 4OENA 4IB2A 5I56B 3CG1A 3TEPA 3DP4A 4IY5A 4ZEKA 1B6HA 3ECRA 1DPPA 5H8HB 1LFIA 2DE2A 2HCAA 1XOCA 3EN3A 2PBWA 3FVOA 1B3GA 4YB5A 4R6KA 4JSDA 4GXSB 3TTMA 4C1UA 1H76A 4JWYA 4OETA 2DWIA 5H8QA 4QSEA 4KHZE 3SEVA 1SW5A 4JB7A 3PV0E 1A54A 3IL1B 2F6PA 4PFYA 2PVUA 1ZBMA 2F35A 1LSTA 2ZXTA 3VXCA 4RYAA 1FTJA 2A5SA 1PB7A 3CFZA 2O7IA 4F1UA 2F5XA 2PYYA 3C4MA 3PUVE 4H8JA 3DRFA 1FCKA 1IEJA 3MZ9A 1OMPA 3LUYA 4GOTA 4BDOA 5TP9A 3S9MC 1I6QA 4I1DA 1MQGA 4R2FA 2GH9A 1H43A 3K02A 1URGA 4C1TA 3MZBA 3Q27A 3N94A 2O51A 4IGTA 3W9WA 3M8UA 5JK4A 1LGBC 5CRYA 3O9PA 5KCJB 3PPQA 5ELVA 4ELQA 1FW0A 1P1WA 4U4XA 2I4CA 3O66A 1Q35A 3FJ7A 3FVGA 2YJPA 2I3WA 4HCYA 1R9LA 1D9YA 3LC8A 4FEBA 4QRZA 3VDFA 2H98A 5FTIA 3OOAA 2OWSA 2RINA 1PBQA 2V25A 2VOZA 3KJ7A 2H99A 4GIZA 3IB2A 4HTGA 1A8FA 4O3CA 1WDNA 1N3WA 4DLDA 1NNPA 3K0VA 4MLQA 3BFUA 3IJOB 4I62A 4JSOA 1IQ7A 3GXAA 1SYIA 4ESXA 1MM7A 2XXPA 1MXYA 4U2RA 4YKIA 3D4GA 4EUOA 2YLNA 1URSA 2ONSA 3H6VA 3L6GA 4C0RA 2P0SA 3CSGA 3L6HA 2AL5A 1ZJLA 3LSLA 4X1BA 1ZMGA 3THIA 3BBRA 4FIMA 3IK6B 3MC2A 1Y1ZA 4R6YA 3IB1A 1IXGA 1NL5A 2UVIA 1YCJA 1UTHB 2V84A 3ZS6A 1MQDA 3CR9A 3KSXA 4GL0A 4LUBA 5CI5A 3CI8A 5FHNA 3V8XB 4NMYA 4FECA 1O7TA 1SDXA 3PUYE 1UQWA 2NXOA 2QS1A 3I5OA 1XVXA 3N6UA 1KWHA 1XT8A 1AH5A 2I6EA 4ZE8A 3FUZA 3A3UA 3C31A 2Y7RA 3MVYA 2B3BA 5H8NA 2P2AA 4PE5B 1FQBA 5H8QB 4QF9A 4NF4A 1POTA 1WODA 3IORA 3K6XA 2B4LA 5TU0A 1VFEA 4WEPA 3K1NA 1AIVA 3PMXA 3Q25A 2ZYNA 1ZIUA 5FHMA 4X9TA 1JW1A 1LAXA 3LSWA 2FNCA 2ZNUA 3RLFE 2QS3A 3UP9A 3H6UA 3C32A 3IOUA 3MAMA 1FQFA 4N6PA 4YZZA 2F8DA 2Y7WA 2GHAA 1B4HA 5M2VA 2P1SA 5I59A 4R74A 4POXA 1USYH 2XXTA 3F11A 1N7WA 3CHGA 3CG3A 4NTLA 3MVZA 4JXIA 4DDDA 4Q8RA 2F7AA 1UTBA 1O63A 3QIMA 2XXRA 2UYEA 3QK6A 5FTHA 3W15C 1JQFA 3PMWA 1M5DA 1TXFA 4K3FA 4U21A 4BDQA 4ZE9A 2DSFA 4F1VA 5I58B 2XXHA 2O1MA 3FXUA 2BJJX 3PD9A 4NF8A 4TLLB 2RF1A 3E13X 5AA1A 3MZ1A 3UA8A 3VLVA 1R9QA 2F7CA 1MH3A 2XXIA 4R72A 3VVEA 2O1LA 4U23A 1LCTA 3D4CA 1A40A 3RTFB 4L17A 3DRHA 3ILUB 4IO6A 3H06B 5TPAA 1PDAA 1YAEA 3V5AA 3H4ZA 3CRBA 1N7XA 3EHUA 3PPNA 1US4A 1M5EA 2I48A 3I3VA 3V89B 2G93A 3WAFA 3B7DA 2F78A 4ZEDA 3N6TA 3PUWE 3T96B 3OO8A 4R2BA 1UTBB 1FTLA 4G68C 2QMXA 3U93A 1POY1 4DXUA 3U1OA 5AA2D 4EQBA 4G2ZA 4THIA 1FTKA 1OQGA 1IUDA 3OEMA 2ZYOA 2FYIA 3DM0A 3B6TA 1B7HA 2AIXA 2RKMA 2PX1A 3QUFA 3KJTA 2VD3A 4R9FA 4JWOA 1MXZA 3A09A 3G3GA 3IAZA 4QFLA 1SI1A 4OTEA 4ZZEA 3UN6A 3OELA 1NNKA 5KDTB 1MQJA 1UTHA 2A5TB 1ANFA 4F19A 2XXUA 3PUXE 3ZKKA 1VSOA 4OFLA 1MRPA 3MP6A 5ICQA 5L9SA 4Z7EA 1IXCA 2GFEA 1EZPA 3G3KA 3K1PA 3R6UA 3SEYA 3CVGA 1RKMA 5BWJA 2D3IA 3SEXA 5AA3A 3E3KA 4XKRA 1TFDA 4IGRA 1O64A 3IOVA 2WKYA 1OVTA 4QSDA 5ICTA 3S9LC 3K00A 2ALUA 5CBSA 1BP5A 1B0LA 1QUKA 2Q89A 1Y3QA 2REJA 4P0GA 4WKMA 1PB8A 3TTNA 3MP1A 3VLUA 1MM6A 2VP1A 3EPEA 3K4UA 4KYEA 1B3FA 4IY6A 3MVXA 4LP2B 2THIA 4XKPA 4NF8B 3RTWB 2UVHA 2WOKA 1WVJA 3HCQA 3OENA 1SI0A 2AYSA 3KGCA 4U22A 2HQ0A 4DCYA 2QSXA 4IO3A 1GGGA 1H44A 4O3AA 4LQ2A 2PMSA 1B0HA 1Y3PA 3G3JA 1FQCA 4FE8A 5DVFA 4N07A 5K2XA 2H5YA 4LZ7A 5HBCA 1LCFA 1JW4A 3JZJA 3S2VA 4OWDA 3TCFA 1N0TA 1EZ9A 1MPCA 1P99A 4IO7A 3I6VA 3TZAA 1M5CA 1Y4TA 4F18A 3U72A 5I59B 4GFRA 1BLFA 3U94A 1ZLQA 4RK2A 5DEXB 5AA4A 1JETA 3KSJA 2XXQA 3DELB 3H6TA 3IR1A 1MDQA 3MP8A 4G4PA 2E0SA 2XD3A 1HSLA 3C35A 4TQUQ 4AQ4A 5B70A 1B7UA 1Y1MA 2F34A 3LVUA 1QUIA 4PFTA 1JEUA 1NKXA 2F7BA 2ESNA 4JDFA 2CMOA 4UA8A 1B46A 3GBBA 4PQJA 4G8HA 2DE3A 4N13A 5EHSA 3TKDA 1N04A 1PB9A 4TOZA 3KFMA 3OXNA 1JEVA 2HAVA 4PP0A 4RA1A 2O68A 4NF6B 5DTBA 5H8HA 2NVUB 3TODA 1MXXA 4YMBA 5CM6A 5CBRA 1MY1A 1FQAA 5A5XB 1PEBA 4Q5TA 2O69A 4ZEBA 2H9BA 2V3QA 1N84A 3OMBA 2UXAA 2ONKE 4RPNA 4OHNA 3A3CA 3CIJA 4FJPA 4PETA 4RXLA 3ZKLA 4ND9A 4XXUA 4LA9A 2DYXA 1B2HA 5F7VA 4QFNA 3TCGA 2PT1A 4OYVA 1TT1A 4QFPA 3FXQA 1A8EA 1S7YA 3ONMA 4OFJA 3G7WA 2QL3A 4OVJA 5ITOA 3FV2A 1NFTA 4FATA 4YMAA 4MF3A 3HV1A 3DLNA 3GBAA 1YTVA 1D9VA 1ATGA 4R6HA 3T9UA 3T9XB 3ZSFA 4IO2A 1B3LA 5H8SA 1P1NA 3SEWA 2G29A 2XD2A 4POWA 4E0WA 1SD3A 2D21A 1XVYA 3FATA 3IOWA 1I69A 4ZEIA 1F9BA 3ODBA 5K2YA 1IXHA 3O6GA 1GVCA 1IITA 3SDFA 1NH8A 4YICA 5I56A 1GTKA 1D4NA 3RYBA 1PBPA 3LSFB 4FEDA 2B4MA 2XHDA 3O2AA 3T93B 1USYE 1II5A 3OEKA 3VE1B 3H3GA 1MPBA 1DTZA 4QHQA 5I57B 4NE4A 3MW0A 5KZTA 2I49A 3N5LA 3TFLA 1NH7A 1URDA 1N3XA 3KG2A 3IJXB 4OFOA 5I2NB 4OEUA 1HSJA 3FV1A 5JTYA 2GHBA 1MY4A 1LB8A 4F3SA 3PU5A 3TDJA 2H25A 5CC2A 1P1OA 5H8NB 2OZZA 3QXMA 3KOTA 3SESA 4EF2A 3VLWA 1NNFA 2XX8A 1OLAA 4IO4A 1R6ZA 4EXKA 3U92A 2W7YA 4EQ9A 3FGSA 2VHAA 4P0IA 1MG1A 4EDPA 1FQEA 3IO6A 3M3KA 3OD7A 2QMWA 3RY3A 2V3TA 3MWBA 4RNSA 4U1OA 1LAGE 1B9JA 2QS2A 2DVZA 3IX1A 2ZYMA 3QSLA 4G77A 4OMBA 4WEDA 4YKKA 4G68A 3QUJA 4ZEFA 5IAIA 3G3HA 1HSEA 4YAHX 3MJNA 4G8MA 4GWOA 2QRYA 3HN0A 3G3IA 4F22A 5AA2B 1OLCA 3C33A 1SBPA 4H65A 4G8NA 2A5TA 3E9XA 3H7MA 4ELOA 1B51A 4G68B 3R26A 3KN3A 1B32A 3KZGA 5J1DA 3MBPA 2RCAA 1IZ1A 2ZNTA 1MDP1 1UIVA 5CMBA 3FTOA 2B65A 4LQ5A 1LLSA 4OESA 4NF5B 3TPAA 2AL4A 1B5HA 2DP8A 5CMKA 4BDLA 1YPNA 4R9GA 2ZNSA 2HAUA 5DVJA 1B40A 4GLIA 5CMCA 3K1MA 1TWYA 3OSQA 3PD8A 4Q30B 2VD2A 4ONYA 4NF5A 4ZS9A 1B05A 2NWJA 3USDA 2Y7PA 2ONRA 1N76A 5FHOA 1OIBA 1TFAA 4GD5A 4U4SA 2F36A 1OVBA 1QW0A 3AXFA 3LR1A 4Q0CA 4NEDA 1LFHA 2PT2A 2F97A 1DMBA 1LAFE 2XX7A 3JV9A 5LOMA 1Y3NA 2OBGA 2KLFA 1M5FA 1LAHE 1JVYA 1QJMA 2I0CA 2H4IA 3FZVA 1XS5A 1IXIA 3KOSA 1QKBA 1B58A 3BFTA 4QFOA 1A55A 4GRKA 3PPPA 4GF8A 1FTMA 1SW2A 1ZKBA 3IO4A 4R73A 3TCHA 4XIGQ 2Y7IA 3MPLA 2OCUA 4DIGA 2Q8JA 1DOTA 1VR5A 1JVXA 3EHTA 3GZGA 4KI0E 4YKPA 5DVIA 3C9HA 1VE4A 1LFGA 4Z0IA 1EH3A 1Y4CA 1T0KA 3R7XA 4ZECA 2DXYA 2Z22A 5KCJA 4PFWA 1NNTA 2DXRA 4DZ1A 3TQLA 4BLAA 1R1NA 3K6UA 5B7DA 2HZLA 1QULA 3TELA 3DRJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RC8A 3MUQA 4OQOA 2Z8FA 1IMEA 4GL8A 3PAMA 5LTCA 4BDMA 3FJGA 4N15A 2I58A 2XXYA 3PPOA 4ZDMA 5L9MA 4LZ5A 4PFRA 3PGFA 1VFDA 1NV7A 2HXWA 5ITPA 1LEVA 1Y9UA 2DS9A 2O7UA 3LBSA 4DXBA 3TAJA 4F31B 3DRKA 4TLMB 4F3PA 2L5VA 2F6GA 2XXXA 3KN7A 5H8FB 2R6GE 4F39A 3B6WA 5A5XA 3KBRA 3TYHA 4MH5A 1NMUA 3E4RA 3IOTA 2RC7A 3VVDA 5I84A 3CSBA 4FORA 4PGNA 1QUJA 1I6AA 1B3HA 1MXUA 4XF5A 2VGQA 4PFIA 4NF6A 2DOJA 4GBVA 1MY3A 5HPQA 1IMDA 4X1DA 2PFZA 4F2OA 3OSRA 4H1XA 2Z8DA 3Q26A 5TPAB 3QAXA 3TQWA 1DSNA 2QJEA 2X26A 4ECFA 3O28A 1EYIA 1OQHA 2XWIA 3DRGA 1QVSA 1B5IA 1FPDA 1JW5A 3VXBA 3SERA 2QS4A 1AL3A 4GWXA 4N8GA 1B5JA 2X7PA 3FVKA 3K6VA 2OX3A 3CFLA 5BUUA 3T9VA 2ZYKA 3T9HB 1JNFA 2REGA 5AA2A 2NOOA 1GV8A 3DP6A 5H8FA 4E0XA 4GWYA 5I2KB 4H8IA 4RJZA 4ELRA 5JEIA 1FSAA 1RDYA 3IB0A 3S9EA 4MNCA 2DWAA 1MXWA 2DWHA 4JWXA 1MY2A 3EKIA 2HHMA 4EQ7A 3FXRA 1DPEA 4OVTA 2PBWA 1FBPA 4GXSB 1H76A 4JWYA 2PVUA 1LSTA 3MZ9A 4GOTA 4I1DA 5EQ7A 2WYKA 2ZZWA 3MZBA 1D9QA 3N94A 5JK4A 5CRYA 5ELVA 3RPLA 1FW0A 1P1WA 4U4XA 3O66A 3FVGA 1D9YA 4O7IA 4QRZA 1FBCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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