4OFOA

Crystal structure of ynta from yersinia pestis, unliganded form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
THTLQLAIGDEPTEGFDPMLGWSHGSYLLLHSPLLKQNEDFSWDSLLLSQYQPSDDGKTWLLTLKPDLKFSDGSPLTAKDVAFTYNNAAASGGKVDMGNFLSAEVIDPLNVRIHLKAPQSTFVNVLGSLGIVSADKYNAKTYAQKPIGAGPYRLVSFQPGQQMIVEANPYYAGNKNDFDKLIFVFLDEDSAFAAAQSGQLGVVRIPPSMAVGSVNNMKLWVRPSVENRGIVFPTTPAGKKDAHGYPIGNDVTADVAIRRAINYAINRQLLADQIMEGHAIPAYTGVQGLPWNNPDSAIKDGDIDKAKQILEQAGWQLNSQGTREKNGLPAKITLWYTSGDTTRRDLAQALRSMLKPIGIDVDLKSGSWETVERNMHANPTLFGWGSLDPMELYHHYSSNAAGVEYYNPGYYKNPMVDKHLQQALDAPTWQQAVPFWQQVDWDGTTGAGIRGDAAWAWLLNIQHTYLANNCVDLGKGTPEIHGSWSLLNSIDSWKWTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Yersinia pestis
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
total genus 143
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofoA01
3EHUA 1AL3A 3K4UA 3U93A 3B6TA 3JZJA 4DCYA 3JYRA 1NNKA 4OFOA 2XXQA 3F11A 3QUFA 1UIVA 1QVSA 3SETA 4TOZA 1B1HA 3RYAA 1LLSA 3MQ9A 1XT8A 1P1NA 2WOLA 1MDP1 1RYOA 4FECA 2REGA 3K1MA 1PB7A 4JWOA 3I3VA 1PBPA 3LSWA 4XKNA 1DSNA 3TODA 2F5XA 3K01A 4LVQA 3BBRA 1QKAA 1M5FA 4ESWA 4OETA 1Y1MA 5AA3A 3KN7A 4QF9A 1B32A 2DWAA 5L9MA 2G29A 1JVXA 3U94A 3C35A 5AA2D 1N0TA 1Q35A 5ITOA 3RUMA 1PB9A 1O63A 4DIGA 3SEVA 2D5WA 3D4CA 1TWYA 2VGQA 3G3GA 4NE4A 1NFTA 3IJOB 2ONRA 1POY1 3UIFA 1FTJA 1Q1KA 4DCXA 3O66A 3PD8A 2GFEA 2XXYA 5AA4B 2RKMA 1MQGA 3KFMA 4RNSA 4P11A 2I0BA 1B7ZA 4X9TA 1LAGE 4G68B 2X26A 3G3JA 2Y7WA 1B5HA 3SEWA 2ONSA 3K1NA 5FHMA 4FATA 1MPCA 4M1VA 2GRVA 1B3GA 4YMBA 4ZEIA 4QFOA 3QSLA 1FTKA 4X1BA 2UVJA 3N26A 3CSGA 5CBSA 1JEUA 4EXKA 3IX1A 3OO8A 4IO6A 4NWCA 2I3WA 1YPNA 1B51A 4K3FA 2XX7A 3MWBA 1NKXA 4LUBA 4JWXA 2ESNA 2V25A 4F29A 3O6HA 1B05A 5JEIA 4QSEA 4ND9A 4R73A 4QFPA 1JVYA 5I57A 2F7AA 1EZOA 3IOVA 2H99A 2DVZA 3A09A 2QRYA 1MQHA 2VOZA 2VP1A 2CZLA 5A5XB 4PFUA 3TAJA 4R6HA 3R6UA 4OESA 1VR5A 4N6PA 1LFHA 1DMBA 3H3GA 1OVTA 1PBQA 4H65A 3M8UA 4ZECA 3OOAA 3BFTA 1WDNA 2THIA 3PU5A 2F78A 1LBBA 1IUDA 5BUUA 5H8HA 4Q5TA 2Z23A 2Q9TA 2LAOA 4F31B 3CFZA 2QMXA 1FTMA 3FIRA 4FEBA 4H5FA 1JNFA 3FTOA 5BWJA 1P1QA 3RYBA 4F3GA 4GXAA 5DEXB 2B65A 2AYSA 2ONKE 2CMOA 1SI0A 3IOWA 4BDRA 4HCWA 4IO3A 2DWHA 4ELOA 3RY3A 3TZAA 5FHOA 4JSOA 3PUXE 4QHQA 1MXYA 1IXGA 4R6KA 2ZMBA 1ZBMA 3MPKA 4P0IA 3HV1A 3VE1B 3T22A 2F7BA 3UP9A 3O9PA 3IB0A 1US5A 3M3LA 2HZKA 1B3FA 1Y9UA 2DYXA 1GR2A 3FV2A 4G8NA 1MS7A 1BIYA 1Y4CA 1FTOA 5H8NB 1I69A 1URGA 1LAFE 2I0CA 5H8FA 3RQTA 3DRGA 3C31A 3H4ZA 3EN3A 2W7YA 5DT6A 3OEKA 4MFIA 2XXTA 3FVNA 2Y84A 1US4A 3IB1A 4GXSB 3L6HA 1N7XA 1OIBA 1SW1A 3K6VA 3MAMA 3QAXA 4GQOA 2B3BA 1MG1A 4NF4B 3PD9A 3TTRA 5EHSA 5B70A 4R9FA 2OWTA 3C36A 3IK6B 4H0WA 3FXRA 3ZKKA 3S4UA 4ZEKA 3PMWA 3K6WA 4ISUA 3G3IA 4F3SA 2V84A 1OQGA 4EQ7A 2QS4A 2QS3A 2OZZA 1B3LA 3SESA 3OENA 2O7IA 2X7QA 3TKDA 3K2DA 3CHGA 4KYEA 3MZBA 4GFRA 2O7UA 3S2VA 1PB8A 2F6PA 2B4LA 1QUIA 1FCKA 4OWDA 1B5JA 1DOTA 2Y7KA 3ECRA 4OMBA 4EF1A 5IKBA 3KGCA 2Z8EA 4OEVA 3FUZA 3KOTA 1N84A 1M5DA 4ZZEA 1TT1A 4GL8A 4F3PA 4F19A 3RT6B 1SVXB 1XVYA 1VE4A 2QS1A 3V89B 1MM6A 2HZLA 5CRYA 4JDFA 3PAMA 1OMPA 4GOTA 5FHNA 2WOKA 4IY5A 3TTMA 3WAEA 2XXHA 2O6AA 4LATA 3W15C 1OQHA 1H76A 3EHTA 3VFJA 2IEEA 4KCCA 5EHMA 4YB6A 4YB7A 3SEXA 2O84X 5J1DA 1B3EA 4H8IA 2UVIA 1D9VA 2R6GE 3RPWA 1MXVA 1D3KA 2ALUA 4EUOA 4U21A 2XXIA 5AA1A 4R6YA 4YB5A 4GVOA 1LB9A 3DM0A 3FJGA 3TQLA 1VFDA 3B6QA 3OMBA 4DE8A 4OTEA 3DP8A 3TTKA 1NH8A 5CI5A 4BLAA 4RK2A 3K1PA 3QYTA 1UTHA 3I6VA 4AB6A 3GZGA 3PPOA 2V3UA 3CFLA 3QUJA 4XTCQ 1B40A 3MZ9A 5L9SA 1P1UA 4NEDA 3CVGA 4IO4A 4F3BA 4O3AA 1B4HA 5H8NA 3N6UA 1RKMA 4FE8A 4ZE8A 2WOPA 5KDTB 1N7WA 1ANFA 4R2FA 2HEUA 3O28A 1N76A 2ZYKA 4E0XA 2RINA 1B6HA 2B3FA 1AH5A 1FQFA 3IJXB 1MH4A 2NWJA 3E13X 2DSFA 4O3BA 1FQCA 4ELQA 3Q25A 3TTNA 3H7MA 4IO5A 1QULA 3ONMA 2Q2CA 4M4GA 1H43A 4R2BA 3TCHA 3KSJA 5M2VA 1JW4A 4YKPA 5KCJB 1JEVA 3N6TA 1D4NA 5I56A 2DXYA 3T66A 2G93A 1ATGA 4KCDA 4NMYA 1LSTA 5I2KB 4FIMA 4LZ5A 3TPAA 4H8JA 4FORA 3MC2A 4H5GA 5ITPA 4H6DA 3C32A 4GF8A 1URDA 4U1OA 1NNPA 4U4XA 4THIA 3PV0E 3W9VA 1QUKA 4DDDA 3KN8A 3EQ1A 3PUVE 1XOCA 2P1SA 2GH9A 2DS9A 4EDPA 2M8CA 5H8QB 3U8QA 3L6GA 1Z7NE 1SYIA 1JETA 1UQWA 2O68A 3T9XB 1VSOA 4GL0A 4C1UA 1I6BA 1B5IA 2P0SA 3E4RA 1MXZA 4JXIA 3FJ7A 3CSBA 3H6WA 1B1XA 3R7XA 1ZIUA 3VV5A 4RJZA 2PT2A 4RYAA 1M5EA 3K02A 3IO6A 4GD5A 5F1QA 4HCYA 1A55A 5I2NB 4ESXA 3ILTB 5I84A 4OHNA 5CMBA 2I3VA 3FD3A 3IO4A 2UXAA 3MP6A 3M3KA 2XD3A 4R75A 5DVIA 5CMMA 3THIA 1WODA 2NUVA 1USYE 3O6IA 4HTGA 3I5OA 3WAFA 5DTBA 4DZ1A 3CG3A 4KHZE 2DWIA 2PBWA 1S9TA 1MH3A 3B6WA 3OSQA 2F8DA 3K6UA 2AL4A 1UTBB 4U4SA 1IXCA 3CI8A 3KJ7A 1GGGA 4OZ9A 1RYXA 1Y20A 1B0HA 4EQ9A 4TQUQ 2OK2A 1A8FA 5KDTA 4RK9A 2R9JA 3USDA 2A5TA 1EH3A 2XX8A 4MBPA 1T0KA 1I6AA 5CMCA 4FEDA 3KN3A 1B52A 4LONB 5TP9B 4G8MA 4LQ2A 1ZJLA 1P1WA 3G7WA 3OO7A 3IB2A 3CFXA 4BDLA 1WVJA 4N07A 4OENA 2KLFA 4KYDA 3DRKA 3MVYA 3FXUA 2QSXA 2ANJA 3RTWB 3PPQA 1Y3NA 3VLWA 4F22A 1PC3A 4NWDA 4G68C 3GBBA 4QFLA 2HFBA 3LBSA 3MUQA 3C4MA 1A8EA 4YICA 1JQFA 1BP5A 4LP2B 1B4ZA 3N5LA 5IAIA 5AA2B 3HHGA 1O7TA 3UA8A 3DP4A 1S7YA 3MVWA 4NF5B 4IB2A 3OO9A 1R9QA 2BJJX 4E0WA 3VLUA 3G3FA 4BDMA 4AQ4A 1SW5A 1OVBA 2D21A 1LB8A 2I4BA 5I58B 2O1LA 3HO7A 3MW0A 3EPEA 5AA4A 1B3HA 3GBAA 4Q30B 1EZ9A 4XKPA 1MQIA 3H6UA 3RGYA 4NF8B 2AL5A 5DVJA 4U23A 4G68A 3HN0A 3QIMA 1Y1ZA 3MVXA 2HCAA 1B7HA 5L9OA 3LSXA 5EYFA 1IITA 3T9HB 1A40A 2P2AA 3DRFA 3C34A 2V3QA 3K0VA 4QRZA 1SW2A 4OQOA 4F1UA 3VXBA 2V93A 3PPPA 2XXPA 4GWOA 4KD5A 1IXHA 2O1MA 1FQDA 3C9HA 4DXCA 1GV8A 1M5CA 4BDQA 3DRJA 3IOTA 3QXMA 4YKKA 2I49A 3T9UA 1LFGA 1MPDA 4ZEDA 4IO2A 5I59B 2XD2A 4RPOA 2OCUA 3ZSFA 1USYH 4WXJA 1TFAA 1B9JA 4U2RA 1DTGA 1R1NA 1TFDA 3O6GA 4G4PA 4IY6A 5ICTA 4OEUA 3AXFA 5A5XA 2HAVA 5K2XA 4IO7A 4PE5B 3T93B 1GTKA 1L5TA 5CMKA 4MLQA 1B58A 1UIUA 3T96B 1MQJA 4ZEBA 1AMFA 4RXLA 1XHYA 2XXXA 2H4IA 3FVKA 1I6QA 2O51A 1BTJA 4MH5A 3MP8A 1ZLQA 5ICQA 4F1VA 2QL3A 1XVXA 1LFIA 1ZTYA 3V8XB 1A54A 1MXWA 2H98A 4I62A 1IXIA 3H6VA 1D9YA 3IR1A 2Y7PA 4F18A 1SBPA 5CC2A 4LZ8A 3MP1A 4H1XA 4BDOA 5DEXA 4ELRA 3B7DA 2Q89A 3QK6A 3VXCA 2DE4A 1B2HA 2Q8JA 1PDAA 4ONYA 1MQDA 3ODBA 1Y4TA 2F36A 1DPEA 1OLCA 1H3DA 2RC8A 3RNNA 3LR1A 3RTFB 2I6EA 1MRPA 1AIVA 2H5YA 4XKQA 3H06B 4OXVA 4QSCA 4YKIA 4PFYA 3O97A 3W9WA 3SERA 3ZS6A 2REJA 1IQ7A 4POWA 1FQBA 3VVDA 1HSEA 2XX9A 1P99A 2D3IA 1IIWA 5I57B 1CB6A 4FAJA 1XS5A 3DRHA 4OFJA 1O64A 3KJTA 3OXNA 4F39A 4EF2A 4YAHX 3U1OA 3OO6A 4TLMB 3PMXA 2RF1A 3Q26A 4R72A 1CE2A 4XKRA 2Q88A 4Q0CA 4JBZA 1II5A 2ABHA 4RY1A 3CRBA 5B7DA 4XXUA 3GXAA 3KSXA 1LAHE 5AE4A 5DVFA 5JK4A 5FTHA 4Q8RA 4WKMA 3EHSA 4NF4A 3LVUA 1FQEA 1AOVA 1SYHA 3MBPA 1B46A 2RC7A 3VVEA 5H8HB 4N13A 1EU8A 2F7CA 3O29A 2YJPA 4X1DA 1MXXA 1SDXA 3OELA 2FYIA 4F1YA 3S9MC 3UORA 1KWHA 4AB5A 4DLDA 1YTVA 1URSA 3TTLA 3PUWE 5K2YA 4ZEFA 2VD2A 2DVCA 4ECFA 5I59A 2RC9A 4C1TA 4LZ7A 2QS2A 1POTA 3VLVA 1S50A 4RA1A 3FXQA 3CIJA 2DE3A 1FW0A 3DELB 5CM6A 1QKBA 3TCFA 2ZNTA 4F2QA 2I48A 5FTIA 2H9BA 5DYHA 4GIZA 2XHDA 3RN8A 1SD3A 1DPPA 3UN6A 4OVJA 3U92A 4JWYA 2OWSA 3PGFA 4KI0E 1MXUA 5H8FB 1LCTA 3H03A 4P0GA 1TXFA 1ELJA 3EF7A 3FV1A 3Q28A 3K6XA 1MDQA 2QMWA 1PEBA 1JW1A 1H44A 5LOMA 3V83A 4Z7EA 5HBCA 3TELA 3HHFA 1NL5A 2Y7RA 2ZXTA 1BKAA 3G3KA 4POXA 4ELPA 3Q27A 1HSLA 2WKYA 5HPQA 4ZS9A 1SQYA 1YAEA 3LC8A 1ZU0A 4WEPA 1NNTA 3SKPA 4U1ZA 4IGRA 3T9VA 2DP8A 4G8HA 3E3KA 3TEPA 4BDNA 3KBRA 3G3HA 1MPBA 4PQJA 4RPNA 1GVCA 2I58A 4EQBA 5JTYB 2FA7A 3H6TA 3FATA 1Y3PA 1HSJA 3E9XA 3DLNA 5HM4B 3ILUB 1F9BA 4ZZAA 3BKIB 3V5AA 2QPQA 1QUJA 4PFTA 1IEJA 3FVGA 4YZZA 2GHBA 1LAXA 1N04A 3ZKLA 2F34A 5H8SA 1XC1A 3HSTA 4X48A 4EXLA 2ZYNA 2H25A 3M3FA 4KR5A 3MPLA 3DRIA 3SDFA 4F2OA 4HW8A 1LBCA 4GRKA 5F7VA 4QSDA 4JSDA 4YMAA 3TMGA 4OYVA 1B0LA 1LCFA 4MF3A 3KZGA 4XIGQ 4HS7A 3RT8A 2NOOA 3S9NC 5TPAB 4ZDMA 5KCJA 4NTLA 2NXOA 2RCAA 2UYFA 4KPTA 3LSLA 3TQWA 3GLBA 5I2KA 3OSRA 2UVGA 2YPNA 5CBRA 3HCQA 3U72A 2DOJA 4NF6B 2HXWA 4FJPA 4YKJA 1J1NA 1FTLA 1UTHB 3Q29A 4C0RA 3O6PA 2ZNUA 3TUSA 3CG1A 1NH7A 2HAUA 5H8QA 4UACA 1A99A 4Z0IA 5L8DA 3PPNA 4WEDA 1NMUA 4O3CA 2RCBA 3VVFA 4LA9A 1IZ1A 2I4CA 4U22A 1VFEA 3IAZA 1P1OA 2PMSA 2XXVA 3FJMA 5I2NA 2OLBA 3PPRA 4R9GA 2AIXA 1DTZA 3OD7A 2Z8DA 2R71A 2Z8FA 3DP6A 3JV9A 3A3CA 3KEIA 1MY4A 2E0SA 1MY0A 1EZPA 3HPIA 4PETA 3MJNA 3S9LC 2UVHA 4QFKA 3LSFB 4I9DA 5ISUA 1QJMA 2DXRA 3S9EA 2Z22A 3BFUA 2VD3A 4KFQA 4JB7A 4MLVA 4H67A 1R9LA 3MZ1A 3VDFA 5ELVA 5I56B 2DWJA 5JTYA 3K00A 3PUYE 2IA4A 1UTBA 4KQPA 2XXUA 2UYEA 4DXBA 3A3UA 2DE2A 4QFNA 2V3TA 2XXWA 2A5SA 3OEMA 4ZE9A 2GHAA 3KOSA 4IGTA 3LUYA 2ZYMA 4G77A 3SEUA 4PFWA 2ZNSA 1QW0A 3FZVA 3PUZE 4KYSA 3UGWA 5KZTA 2ZYOA 3O2AA 5TP9A 2FNCA 2Y7IA 1SI1A 3TYHA 4L17A 1LGBC 3FGSA 1FQAA 2PYYA 1JW5A 3FVOA 4GLIA 3TFLA 1Z7ME 1H45A 2PVUA 4DXUA 1B7UA 3R26A 5TPAA 2VHAA 2YLNA 2Q2AA 3P7IA 4OERA 1N3WA 3TCGA 3D4GA 4OFLA 4PP0A 5AA2A 5TU0A 2F97A 2HQ0A 2PT1A 2F6GA 4R74A 1ZMGA 3KG2A 2OJTA 2PX1A 4G2ZA 4NF6A 2X7PA 4YU0A 1A7LA 1BLFA 2F35A 4NF5A 1MM7A 1ZKBA 2QJEA 2B4MA 2DQVA 2OBGA 4I1DA 1Y3QA 4TLLB 2E1SA 1MY2A 3SEYA 2O69A 3MVZA 3IORA 3RLFE 3C33A 1MY1A 5I58A 3FASA 3UK4A 1M5BA 2XXRA 1SW4A 3IOUA 3TDJA 3CR9A 1N3XA 4NF8A 4I8CA 1YCJA 2A5TB 1OLAA 1R6ZA 3N94A 3IL1B 4LQ5A 1NNFA 4UA8A 1MY3A 3PMVA 2NVUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EHUA 1AL3A 3K4UA 3U93A 3QMFA 1FTAA 3B6TA 2XXKA 3JZJA 4DCYA 3JYRA 1NNKA 4OFOA 2QVVA 2XXQA 3F11A 3QUFA 1UIVA 1QVSA 3SETA 4TOZA 1B1HA 3RYAA 1LLSA 1RDXA 4IR8A 3MQ9A 1XT8A 1P1NA 2WOLA 1MDP1 1RYOA 4FECA 2REGA 3K1MA 3KC0A 1PB7A 4JWOA 3I3VA 1PBPA 3LSWA 4NN3A 4XKNA 1DSNA 3TODA 2F5XA 3K01A 1FSAA 4LVQA 3BBRA 1QKAA 1M5FA 4ESWA 4OETA 1Y1MA 5AA3A 3KN7A 4QF9A 1B32A 5ET6A 2XWVA 2DWAA 5L9MA 4N15A 2G29A 1JVXA 1FPKA 3U94A 3C35A 2XA5A 5AA2D 1N0TA 1Q35A 5ITOA 3RUMA 1PB9A 1O63A 4DIGA 3SEVA 2D5WA 3D4CA 1TWYA 2VGQA 3FXBA 3G3GA 4NE4A 1NFTA 3IJOB 1FJ9A 2ONRA 1POY1 3UIFA 1FTJA 1Q1KA 4DCXA 3O66A 1INPA 3PD8A 2GFEA 2XXYA 2Q8MA 5AA4B 1FPEA 2RKMA 1MQGA 3KFMA 4RNSA 4P11A 2I0BA 1B7ZA 4X9TA 1LAGE 4G68B 4QBAA 2X26A 3G3JA 2Y7WA 1B5HA 3SEWA 2ONSA 3K1NA 5FHMA 4FATA 1MPCA 4M1VA 2GRVA 4O8MA 1B3GA 2WBBA 4YMBA 4ZEIA 4QFOA 3QSLA 1FTKA 4X1BA 2UVJA 3N26A 3CSGA 5CBSA 1JEUA 4EXKA 3IX1A 3OO8A 4NGUA 4IO6A 4NWCA 4HXVA 2I3WA 1YPNA 1B51A 4K3FA 2XX7A 3MWBA 1NKXA 4LUBA 4JWXA 2ESNA 2V25A 4F29A 3O6HA 1B05A 5JEIA 4QSEA 4ND9A 4R73A 4QFPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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