The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
225
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structure length |
225
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Chain Sequence |
LSEQALNHEKLMRAIVKNLADTPMVLKGETALYLGYGLNRFSEDLDFDCHKKINLLGRVKSAIPNGIILNDIHIKKDTDSVGRYMVRYATKDNKEEQTLKLEISYRDAPKESEVNVIEGMRIAKIERIIDNKLCACFDGEHTRTKARDLFDLHFLAKHYEEHFNLDLASRLKDFSKDPDKLVSDYLVDVKLDALLNQIMDLEETALELGVMAQLIHKKLEKLEHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of JHP933 from Helicobacter pylori J99 shows two-domain architecture with a DUF1814 family nucleotidyl transferase domain and a helical bundle domain
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Helicobacter pylori
|
molecule keywords |
Putative
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total genus |
73
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structure length |
225
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sequence length |
225
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2014-01-21 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OK0 A; 4O8S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CFB A; 1BSE A; 2X9W A; 3X40 A; 3B7C A; 3S28 A; 3CML A; 4U3C A; 5LHI B; 3O9X A; 5FNV E; 1BSD A; 4WYK B; 3GSP A; 2CG1 A; 3AXJ B; 3PUX F; 4MBQ A; 2LSJ A; 3AHS A; 5H6R B; 2NWB A; 1DET A; 4HWC A; 2XF3 A; 3AE9 A; 3FLJ A; 3ZCJ A; 1BNI A; 3IBP A; 4H9R C; 4FCZ A; 2B76 A; 1JJ2 2; 1OHP A; 2JDI H; 2BVL A; 1NWM X; 1ZOY A; 3V5U A; 1U5O A; 2V6Y A; 4ZS3 A; 3Q5D A; 4HEA A; 3MXZ A; 2CW9 A; 4AKR B; 1BAN A; 2H7O A; 4DND A; 1US7 B; 3TKL B; 3TLT A; 2I59 A; 1SHZ C; 3LTD A; 4Z8X A; 3BU4 A; 4EZH A; 1CYV A; 1N33 T; 4FMA A; 4KZ1 A; 2G0U A; 1RCK A; 4IE7 A; 4RNY A; 5LG3 A; 4KI0 F; 4JLE A; 2W9Q A; 1OPY A; 4HM2 B; 3KVA A; 9RNT A; 5IER A; 4WWU C; 4EZ4 A; 1TUH A; 5FP3 A; 5FXX A; 5JDF A; 2H89 A; 2XSH B; 5EK2 A; 2VKJ A; 5D81 A; 1TIJ A; 1R8I A; 6STD A; 3EB8 A; 3T1Y T; 2D0T A; 2XHE B; 3Q1C A; 1KD1 4; 1MMA A; 4X1Y E; 3I1A A; 1OED A; 2WDR A; 1HKX A; 4KHP T; 5L3G B; 1G96 A; 3NZQ A; 4HM4 B; 1YGE A; 4EV6 A; 1JNZ A; 3RH3 A; 5AQR B; 1BNF A; 4LSO A; 4ILU A; 3SOY A; 2IUB A; 3VF1 A; 1YIJ 3; 3SX1 A; 3RYC E; 3AEG A; 4ZZC A; 3NV0 A; 2XQ9 A; 3ZMV B; 4ZI7 E; 2K24 A; 1KF6 A; 2X0L B; 2KF3 A; 1B2M A; 3AE8 A; 3B4P A; 3F8H A; 1YJ9 3; 4GL6 A; 2CFW A; 1LVF A; 4LFA T; 2CXL A; 3C98 B; 3PCR A; 3KIN B; 3L09 A; 3N5L A; 2YX9 A; 1RGG A; 1BR0 A; 4LF9 T; 1BU4 A; 3DTO A; 3PGB A; 3DGM A; 3QOF A; 3IF8 B; 1C54 A; 1O3X A; 2X67 A; 5HEG A; 3UU4 A; 2K48 A; 3Q5W A; 3ZC0 A; 8CHO A; 5LHH B; 1Q9E A; 2VQF T; 5IG3 A; 1V57 A; 1KK7 A; 2KF6 A; 3CD6 3; 3UT5 E; 3NUV A; 2ZM6 T; 3U3I A; 2UGI A; 1QSD A; 1IVW A; 2NOX A; 4CXX A; 1N8Q A; 1GD4 A; 1X9B A; 3TDG A; 2CHN A; 2CFD A; 2PNC A; 3UU8 A; 3S4U A; 2NW9 A; 2UX0 A; 3N2G E; 5FYM A; 5DJQ C; 2GK9 A; 4AQF C; 1O7H B; 5LCY A; 4GYS A; 2NTX A; 3DMC A; 2MYS A; 3ZST A; 5KX5 E; 2LE8 A; 3CCU 3; 3FZF B; 5HEO A; 3FZH B; 2X51 A; 3RLF F; 5JDL A; 4HE8 A; 3TLV A; 2Z6B A; 2IML A; 2K9A A; 4NXM T; 1VQQ A; 2J8X B; 3GWH A; 1A2P A; 3LT9 A; 3BNC A; 3MYT A; 1UCU A; 1N5H A; 5DRE A; 5J1G A; 4HWI B; 1E2A A; 1KNZ A; 3LTC A; 3ZT5 A; 4YSZ A; 1ULI B; 4JI3 T; 5IEN A; 2JQH A; 3FG4 A; 4B3S T; 1WTH A; 1QUU A; 1D1B A; 3JUP A; 1LOX A; 2Y8D A; 1TP6 A; 5EK4 A; 3HIG A; 2V6X A; 2F4V T; 2OTL 3; 4FMD A; 2IYJ A; 2ACZ A; 4YTN A; 1E3R A; 1UCI A; 3RQW A; 4QH1 A; 4NPP A; 3D5G A; 2VL8 A; 4Q25 A; 2ML6 A; 3EBT A; 4JI2 T; 3PUQ A; 4X1I E; 4DMW A; 3F8X A; 1BNJ A; 5JR9 A; 1UGI A; 2A3D A; 1GY5 A; 1W0A A; 2BIR A; 4GSP A; 2RA1 A; 4PJM A; 1T2H A; 3D3L A; 2VAS A; 1UDI I; 3T8O A; 3WAJ A; 3K9M C; 2QVA A; 1RGA A; 4UV9 B; 3MHE A; 4XBF B; 4EED A; 1LOW A; 2X0H A; 1O7M B; 4KFE A; 3EUH A; 1I2F A; 4BIR A; 4AKG A; 4EIW A; 4PK6 A; 2P38 A; 4CQI A; 5HEH A; 2HMO B; 2WU2 A; 2E2U A; 2GSP A; 5CLK A; 3DUK A; 3J9X 1; 4P1N A; 2C5J A; 3EHC A; 2Z6E A; 4CZZ B; 2OLT A; 1QLB A; 3CKD A; 4YJ3 E; 3P4R A; 4DR1 T; 3O1H A; 1I0V A; 5CF2 A; 5FVK A; 5D82 A; 5LC6 A; 4JF8 A; 1M9G A; 5L4H A; 2WWV A; 5JDM A; 4N6U A; 1KWI A; 2RGQ A; 3H3A A; 1IBL T; 2INX A; 1BNE A; 1O7G B; 2RPA A; 2C10 A; 5L3F B; 2YK0 A; 5BIR A; 1UK5 A; 4AQY T; 1V9D A; 2YDQ A; 1IDP A; 4M1P A; 4J8T A; 1LVN A; 1AY7 A; 2P05 A; 2KZ7 B; 5JH7 E; 4IE5 A; 3OYX A; 2BMQ B; 1YD8 G; 3GRD A; 2KAA A; 2ZM0 A; 3CCS 3; 2M6B A; 2N2N A; 2VKH A; 3ZCI A; 3HKD E; 1JKG A; 2L8K A; 4IRE A; 3CCL 3; 3FZL B; 2LT3 A; 5F3J A; 2W04 A; 3RC3 A; 5D83 A; 1RLS A; 3Q2M A; 3QB5 K; 3OBV E; 1I3I A; 4COF A; 4J2C A; 1RN7 A; 5LGT B; 7STD A; 3C51 A; 3RF1 A; 3EBY A; 2OQE C; 5JDQ A; 4ORL A; 5I97 A; 3QK9 A; 3JUO A; 3X41 A; 2YOE A; 3RGA A; 2WZI A; 5LMU T; 2VVN A; 3FG1 A; 1C7H A; 3KN4 A; 1T5Y A; 4CI3 B; 4O2H A; 1S35 A; 1MOL A; 3RQU A; 3ZJ1 A; 1AVL A; 5KP1 A; 3N2O A; 3RX6 A; 1EQK A; 4AQG A; 1SIH A; 3PU3 A; 2X66 A; 5LA6 E; 4CXY A; 3RGL A; 2A2F X; 1EG9 B; 2W66 A; 3UU5 A; 2SPC A; 4HM6 B; 2KCD A; 4DMV A; 1HYF A; 2A9U A; 3CNM A; 3K7C A; 2RBI A; 2B1X B; 3B57 A; 2NR4 A; 3FXD B; 2V7M A; 3KSE D; 3CPO A; 1W00 A; 5HWY A; 3JAE A; 2PJQ A; 3KKG A; 2JMH A; 1B7T A; 4IDQ A; 2SBL A; 1RRL A; 3UUN A; 3CCE 3; 1E7P A; 3EDU A; 2M6I A; 5LB7 B; 4ISS A; 5FY1 A; 3LT8 A; 1GS3 A; 4MEI A; 3IEE A; 3F57 A; 4DR2 T; 4MMZ B; 1M7K A; 2AAE A; 1I0X A; 1FUS A; 2Q07 A; 1XWM A; 4YSX A; 3CC4 3; 2V6Y B; 1DMN A; 3LH4 A; 3K63 A; 3L0R A; 4CI2 B; 4LGQ A; 1JBT A; 1GD3 A; 1W02 A; 5JVD E; 4HKA A; 1UX4 A; 4Z91 A; 5IEO A; 5AQI B; 3N9P A; 3QRD A; 2DHR A; 4QWT A; 2NTY A; 2WAU A; 5BXQ A; 1TFK A; 5HEJ A; 3I56 3; 3C50 A; 3RDE A; 3U97 A; 4OFZ A; 3GN5 B; 3A8Y C; 1IK3 A; 4IE4 A; 2XQ4 A; 4IDZ A; 1VCT A; 3SFD A; 1WFD A; 3AMO A; 1QVG 2; 2O9U X; 2UXN B; 4ZS2 A; 4X2H A; 1HFA A; 4L9I A; 3NXJ A; 2XAH B; 4AIU A; 2FJA A; 1HNX T; 3JUM A; 4JUY A; 2H0G A; 1LXE A; 3FSD A; 1BRH A; 2CFK A; 2CWU A; 3IJE B; 4HBR A; 1OAC A; 2KSR A; 3AHW A; 1OF5 B; 1BOX A; 5JPP A; 2VB6 A; 2C5I T; 1VQ6 3; 1RGH A; 1OED B; 1QJG A; 1RGK A; 2V1L A; 2H0I A; 5JQG E; 1OED C; 4PAG A; 4DBQ A; 3AE3 A; 1OHS A; 2UXD T; 4C91 A; 1XDP A; 2D2S A; 3P8C D; 1DMQ A; 4IIA A; 5L3E B; 2BG9 A; 4TWH A; 5AQU B; 4E7S A; 3N9H A; 3NV0 B; 1IZN B; 3FBZ A; 3OX9 A; 5AFU L; 4ZXL A; 4DVD A; 5ABH A; 4U2Z A; 2MPK A; 5LHG B; 3NQY A; 3IPT A; 1AVK A; 2ZM2 A; 3RGR A; 2Q9Q D; 1G02 A; 3ANW A; 4IT7 A; 1RTU A; 5CXO A; 1W6G A; 2FGT A; 1MWR A; 2OA5 A; 1SA0 E; 3WOE B; 3NM7 A; 2D9D A; 3WA3 A; 1N8R 4; 3LJC A; 4K1U A; 2Q9Q B; 4Z90 A; 1RRH A; 4AI6 A; 5J2T E; 3F7S A; 2BHM A; 5LXT E; 2JQ9 A; 5CB4 E; 4KX6 A; 3K3Q C; 1KFY A; 1NB3 I; 5FL1 A; 4BJM A; 4X2O A; 2ES0 A; 2HMM B; 3PUR A; 2D1W A; 1YW0 A; 5HYA A; 3UQ4 A; 4G1M B; 2PZV A; 1IQY A; 3EVY A; 2K0M A; 4ILA A; 3ZJ2 A; 2C0S A; 3VSY A; 3AE4 A; 3ZC1 A; 2WS3 A; 1DMM A; 4N6V 0; 1VOM A; 1PU4 A; 1BVI A; 3VKH A; 1IVV A; 3EN1 B; 4DO0 A; 3HA4 A; 3WAK A; 4QX8 B; 1OED E; 4XB5 A; 4HGA A; 2UXC T; 2BU4 A; 3O1J A; 3KV6 A; 3CCM 3; 1DVC A; 5ABF B; 5AIF A; 2L3L A; 3PUS A; 4V1A v; 3BND A; 4O3V A; 2OOV A; 1A90 A; 4DV7 T; 1I70 A; 3P4S A; 4X65 T; 1B2X A; 3EN8 A; 3SYU A; 1JBR A; 2VK9 A; 3MA9 A; 3DGO A; 5CF1 A; 3WDG B; 3B5M A; 2BS3 A; 3KE7 A; 2VWA A; 1B2Z A; 2HHH T; 1F8N A; 3CK6 A; 4EBG A; 3HX8 A; 3E08 A; 4WBO A; 3CMA 3; 4STD A; 4CN6 A; 2AAD A; 4ADZ A; 1Q40 A; 1K8A 4; 2W56 B; 5JTG A; 1IJ6 A; 3SFE A; 5TAO A; 3RRW A; 1SJW A; 2GU1 A; 3I0Q A; 4HN9 A; 3CME 3; 3CPW 2; 1M1K 4; 3UTK A; 1FMW A; 1WRD A; 4HFC A; 4WW0 A; 3NBR A; 2BNG A; 1Q81 4; 1O7W B; 2F4Y A; 4LZI A; 4NIQ A; 3ECF A; 4IIJ E; 1SPU A; 4ILF A; 2CK3 H; 4PK5 A; 1I3F A; 2LRL A; 3LTB A; 2CE7 A; 5JR9 B; 5JDG A; 1OWA A; 1DYU A; 4HFB A; 5JR9 C; 1DE3 A; 3KZT A; 4L7K A; 3L39 A; 4MLK A; 3TLU A; 4DV0 T; 4JI5 T; 4YSY A; 3AA7 B; 1LQG C; 4FJO A; 3RIA A; 1IT7 A; 4H9O C; 1GOV A; 1STF I; 2CWT A; 1N32 T; 4TX4 A; 2VKO A; 4IDP A; 2LYX A; 3FH1 A; 4NRE A; 2D5U A; 2LSK A; 2UUB T; 4IE0 A; 4QXH B; 5LBM A; 4AKL A; 4UVB B; 3VRA A; 2RP4 A; 2Y6X A; 5H6Q B; 4B3M T; 1XMO T; 2ZDJ A; 2P0X A; 2K3D A; 4LYL B; 4ILB A; 2X0Y A; 4H9Q C; 4KHZ F; 4UIG A; 3OKQ A; 3LFM A; 3MWZ A; 3DGY A; 4UR9 A; 2XGL A; 2CBI A; 3GZY B; 1UUW B; 3GN5 A; 2FUP A; 2XQY A; 2IMJ A; 1TFO A; 3PJA A; 3DJB A; 2IC6 A; 1IT8 A; 4LF4 T; 2WGO A; 4DR7 T; 3Q2P A; 3KV5 A; 1GQE A; 1RHL A; 1YGW A; 2UUA T; 3VR9 A; 4DR5 T; 2B1E A; 1A2K A; 1TRQ A; 5IG4 A; 2F98 A; 1VQN 3; 4O4I E; 2P09 A; 3SRZ A; 2E8I A; 2HPL A; 3AEE A; 3NRY A; 5ADX L; 4K0K T; 2HPJ A; 1T3B A; 1T8B A; 2YFI B; 2H88 A; 1OF5 A; 1MIW A; 3I0Y A; 1BUJ A; 3KVB A; 1JKG B; 1ROV A; 4BTX A; 1EKM A; 2WBL A; 3ZT7 A; 1X79 A; 3C4Z A; 3ETU A; 4TN7 B; 1K9M 4; 2JQK A; 1GOY A; 5AQO B; 1KQS 2; 4MJD A; 1BRG A; 3K8P C; 2LQV A; 4WNK A; 3A76 A; 2XM1 A; 3RIU A; 4CN1 A; 5M4Y A; 4RBN A; 1PYL A; 5M1A A; 5RNT A; 4MAL A; 3WHO A; 1FGQ A; 2HN1 A; 4PJJ A; 3A7M A; 3VU7 H; 3S29 A; 4CXW A; 4MFR A; 3JC6 D; 2YKS A; 1NNV A; 3D79 A; 2GBW B; 2XSB A; 4H3U A; 2V26 A; 3D0T A; 2MOZ A; 3B4O A; 3K3N A; 5IG5 A; 4NHF A; 3NKZ A; 2WY2 A; 2Q9Q A; 3JC6 C; 4ZI3 D; 4KMC A; 2LKG A; 2IA7 A; 2NW7 A; 2BZB A; 2XQ7 A; 1BSC A; 4YJ2 E; 2RSX A; 3AE6 A; 1WNH A; 4EEB A; 3M8C A; 1S72 3; 2BT3 A; 3Q3F A; 3MAC A; 3FZM B; 3NBB A; 1J1J A; 5AII A; 4KFD A; 1N34 T; 1DVD A; 2MF7 A; 2XM2 A; 1SII A; 1D6Y A; 3ZG5 A; 5LG4 A; 3TLS A; 5HOH A; 5HCJ A; 1BNS A; 2CWV A; 4EV2 A; 4TWF A; 3WOF B; 5FXW A; 1NAF A; 2CLY B; 5DQV A; 2E5V A; 4GHO A; 3S67 A; 3X3X A; 5JPU A; 1U4Q A; 2FNQ A; 2ODU A; 3KBT A; 3LOY A; 2L4V A; 5M18 A; 2UXB T; 4K90 B; 4MMY B; 3KSP A; 5E0O A; 1LNH A; 5ABF A; 3N9M A; 2M7O A; 2JJ9 A; 4O8S A; 4UEM A; 5AQH B; 2YDS A; 5CJ5 A; 5LGN B; 4G2A A; 3UB1 A; 3PUY F; 4DV6 T; 3RNT A; 1YKE B; 3EDV A; 2BDE A; 5LOV E; 5A0O B; 1I2E A; 2YU2 A; 4U7I A; 4IE6 A; 4IL9 A; 4FMC A; 4OVM A; 1Z8U A; 1IV9 A; 1R4C A; 1MMG A; 5CGM A; 2KLQ A; 2KMF A; 4JYA T; 2IDO B; 4PJN A; 2V7K A; 2FJE A; 3AMO B; 1CUN A; 5DQW A; 3Q5E A; 4ASK A; 4KT3 B; 2W56 A; 3STD A; 4EV5 A; 4EB6 E; 2QGS A; 3NX0 A; 2W61 A; 3LK3 B; 3O4X E; 3FCS B; 4N6O B; 1JB4 A; 5KMG P; 2IW5 B; 2H3R A; 1FGR A; 2CFG A; 2ML5 A; 4HM3 B; 3CX8 B; 4EXT A; 3LTA A; 5AYR B; 3JUQ A; 3RKO A; 5IUX A; 1RKY A; 3ZEF B; 2XR8 B; 2LHR A; 5ELJ A; 3CCV 3; 1PFP A; 1NWW A; 3UU3 A; 1BUQ A; 3UL6 A; 2LM2 A; 3GMI A; 1CQS A; 2ZA4 A; 4TWD A; 5L3D B; 3ONJ A; 1IVX A; 2CHO A; 1U5P A; 4O02 B; 3EQQ B; 3AE5 A; 3ZKR A; 1J5E T; 3OW2 2; 2V1D B; 3AE7 A; 4AKZ A; 3RRC A; 2BG9 B; 2BG9 C; 3QB5 A; 3CCR 3; 3FZK B; 4OUQ A; 3URP A; 4X20 E; 1YVS A; 5C8Y E; 1MND A; 1WLX A; 3LML A; 4A98 A; 4R4K A; 3HR0 A; 2YN6 A; 3DY5 A; 4DUZ T; 1FGO A; 1YQ4 A; 5LYJ E; 4BL2 A; 1D1A A; 2XRX B; 1E3V A; 1VQ8 3; 3ANW B; 5AQP B; 1OH0 A; 5LNK A; 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