The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
292
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sequence length |
962
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structure length |
930
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Chain Sequence |
MDISKAWARDYLDLAQNKGVFQPGSTHVKIKLKDFSFPALPVPDFSSATANGAATSIGGAYAVTVAHNAKNKSSANYQTYGSTQYTQINRMTTGNDFSIQRLNKYVVETRGADTSFNYNENNQNIIDRYGVDVGNGKKEIIGFRVGSGNTTFSGIKTSQTYQADLLSASLFHITNLRANTVGGNKVEYENDSYFTNLTTNGDSGSGVYVFDNKEDKWVLLGTTHGIIGNGKTQKTYVTPFDSKTTNELKQLFIQNVNIDNNTATIGGGKITNKDLVFSGGGKISLKENLDLGYGGFIFDENKKYTVSAEGNNNVTFKGAGIDIGKGSTVDWNIKYASNDALHKIGEGSLNVIQAQNTNLKTGNGTVILGAQKTFNNIYVAGGPGTVQLNAENALGEGDYAGIFFTENGGKLDLNGHNQTFKKIAATDSGTTITNSNTTKESVLSVNNQNNYIYHGNVDGNVRLEHHLDTKQDNARLILDGDIQANSISIKNAPLVMQGHATDHAIFRTTKTNNCPEFLCGVDWVTRIKNAENSVNQKNKTTYKSNNQVSDLSQPDWETRKFRFDNLNIEDSSLSIARNADVEGNIQAKNSVINIGDKTAYIDLYSGKNITGAGFTFRQDIKSGDSIGESKFTGGIMATDGSISIGDKAIVTLNTVSSLDRTALTIHKGANVTASSSLFTTSNIKSGGDLTLTGATESTGEITPSMFYAAGGYELTEDGANFTAKNQASVTGDIKSEKAAKLSFGSADKDNSATRYSQFALAMLDGFDTSYQGSIKAAQSSLAMNNALWKVTGNSELKKLNSTGSMVLFNGGKNIFNTLTVDELTTSNSAFVMRTNTQQADQLIVKNKLEGANNLLLVDFIEKKGNDKNLNIDLVKAPENTSKDVFKTETQTIGFSDVTPEIKQQEKDGKSVWTLTGYKTVNADYKAFLAE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of the passenger domain of plasmid encoded toxin(Pet), an autotransporter enterotoxin from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Serine protease pet
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
292
|
| structure length |
930
|
| sequence length |
962
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2014-01-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RC6 A; 1DY9 A; 2A4Q A; 1QA2 A; 3SU2 A; 5EQQ A; 3O8D A; 3SV7 A; 3EYD A; 3OTP A; 2IJO B; 2WHX A; 1TYU A; 3KF2 A; 2IOU G; 1QA3 A; 2O8M A; 2YOL A; 4A92 A; 4U01 A; 5T1V A; 3U1J B; 3O8R A; 3PV5 A; 2VFM A; 4B76 A; 2QV1 A; 4KH3 A; 3SV8 A; 3ML3 A; 2XNI A; 1WXR A; 4A1T A; 3KN2 A; 2GVF A; 3U1I B; 1W3C A; 4NWL A; 1DAB A; 2F4L A; 2VFN A; 2F9U A; 4WH8 A; 5EQS A; 5ETX A; 3P8N A; 1TYX A; 3SV9 A; 2WV9 A; 3H09 A; 3PV2 A; 3E90 B; 4KTC A; 1JXP A; 3M5N A; 2WZQ A; 3O8C A; 5EQR A; 2XCN A; 3L6P A; 3SUG A; 1QRB A; 2F9V A; 3AK5 A; 2FM2 A; 2GGV B; 4NWK A; 5H4I B; 3SUD A; 4R8T B; 3SUF A; 2OBQ A; 1RTL A; 3M5L A; 4WF8 A; 3P8O A; 4TYD A; 3RC4 A; 2FOM B; 2OK5 A; 3RIQ A; 4M9F A; 4K8B A; 5FPT A; 3SU0 A; 5GJ4 B; 5GND A; 1QRC A; 3O8B A; 4B75 A; 1TYV A; 3LKW A; 4B74 A; 5EPN A; 5EPY A; 2OC0 A; 4I32 A; 4JMY A; 3SU3 A; 2A4R A; 2OC7 A; 1QA1 A; 2VBC A; 5ESB A; 2OC1 A; 4B71 A; 3SU6 A; 4WH6 A; 1BT7 A; 2P59 A; 2IJD 1; 3KNX A; 4A1X A; 5FPY A; 3M5M A; 4B73 A; 3TH0 A; 3SUE A; 1RGQ A; 4I31 A; 5GPI B; 3RC5 A; 3LON A; 1N1L A; 3LOX A; 1TYW A; 1QQ1 A; 4B6F A; 3SU5 A; 2VFP A; 4I33 A; 2OBO A; 1A1R A; 2OC8 A; 2VFO A; 3SZE A; 3SYJ A; 3SU1 A; 4B6E A; 4OM9 A; 4RI0 A; 1CU1 A; 1CLW A; 2XCF A; 4A1V A; 3M5O A; 3SV6 A; 3KEE A; 1TSP A; 3OYP A; 5B6L A; 2K1Q A; 1DXW A; 3SU4 A; 1DY8 A; 2XC1 A; 5IDK A; 2VFQ A; 1DXP A; 2V5I A; 5FPS A; 2A4G A; 1NS3 A; 2OIN A; 2FP7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4W8T A; 1P09 A; 1C2E A; 3OAA D; 4BTT B; 1TGS Z; 3SZN A; 1C5W B; 4AYY B; 2JJ2 D; 3AAS A; 1C5X B; 1OP0 A; 2W7Z A; 3FZD A; 1N8O B; 1GJD B; 1SLW B; 2ZO3 H; 3AAV A; 3F68 H; 3QDZ B; 1FDP A; 1GBL A; 5PTP A; 3GCN A; 2PKA A; 4MG3 A; 2GKV E; 2WYJ A; 1SLU B; 2ZQ2 A; 1BBR H; 4YTA A; 1C2D A; 4ABH A; 3F1S B; 3LMW A; 1QIX B; 1QZ8 A; 1FLE E; 1GBF A; 4KTC A; 2HVY B; 1GPZ A; 3TJV A; 1YM0 A; 1QBN A; 1QRB A; 3FZZ A; 5AFY H; 1H9H E; 1YF4 A; 4AZ2 B; 6CHA B; 1P2Q A; 1BTX A; 1ELC A; 2ZFT A; 1VCP A; 2BQ7 B; 2BXT H; 4QT8 C; 1VGC C; 1G32 B; 1PYT D; 1Y3U A; 1NFU A; 5GND A; 1DAN H; 3O8B A; 5EXM A; 4ISH H; 2B0R A; 1SSX A; 1UK4 A; 3LH1 A; 1RRK A; 2ZCL P; 2QF5 A; 2PKS C; 2FWW A; 2GCH G; 3OSY A; 5EU8 A; 1L1J A; 3PRD A; 1GG6 C; 1GHA F; 1CGJ E; 3BH6 B; 3N6Z A; 3NAW A; 1G3D A; 4XLC A; 1N6X A; 1K2I 1; 1C1P A; 3RXP A; 1MTN B; 1GI1 A; 4NIV A; 1ZLR A; 1O3D A; 5JB8 S; 5GPI B; 3FAO A; 3L3T A; 1C1S A; 2D1J A; 1NC6 A; 1MAX A; 3GY5 A; 3KQC A; 1W10 U; 1YKT A; 4AB9 A; 4DCD A; 3TPI Z; 1NFX A; 1K28 D; 2X85 A; 1FY4 A; 1TGT A; 1D9I A; 1V2W T; 1BOQ A; 4ABJ A; 3A8C A; 1V2N T; 3MO9 A; 3Q3X A; 2L6O A; 4A1V A; 1LVY A; 3EQO A; 5DP6 A; 1XUH A; 2PYG A; 2BVS H; 1TFX A; 2FI4 E; 1DWD H; 2VIV A; 3IWM A; 1KXE A; 5FPS A; 4CRA A; 4MXN A; 2BDI A; 1NS3 A; 3FVF B; 4RN6 A; 1AVW A; 1HAY B; 1S81 A; 2VB0 A; 3ZVC A; 5JB9 S; 2PHB A; 3ZZ4 A; 3AW1 A; 2FYQ A; 1HG8 A; 3OY5 U; 3FP8 E; 1YPL H; 1XVM A; 4YZQ A; 1YY3 A; 1MKX K; 2ZA5 A; 1CT4 E; 3EE0 B; 3MNX A; 4YES B; 2WHX A; 4XKV A; 2K8I A; 4JZI A; 1O5E H; 3I77 A; 4A92 A; 1QBO A; 1TGC A; 4UFD H; 1J8A A; 1JBU H; 1ZSJ A; 3SV8 A; 5HIZ A; 1EKB B; 1C5Z B; 4ZKO U; 3RXQ A; 2FX4 A; 4U30 A; 1EZS C; 4HZH A; 4X1R U; 3DFL A; 4Y0Y E; 2XWB I; 4Z06 A; 2X6Y A; 3P8N A; 1MTU A; 3PMH B; 1KXA A; 2R3Y A; 2J38 A; 1ARB A; 5IK2 D; 1UJ1 A; 1O2J A; 5EG4 A; 4XN3 A; 2NU2 E; 2ZFQ H; 2XC4 A; 1ZPB A; 1HAH H; 2VIQ A; 5H4I B; 4XBB A; 2YMS D; 3OEH D; 1OKX A; 1PPE E; 1T8O A; 2AMQ A; 3T25 A; 1XXD A; 1NU7 B; 1W0Z U; 4B1T A; 3SJO A; 2ZTX A; 4Z03 A; 2VBM A; 1M9U A; 1L2E A; 4WMD A; 3WW7 A; 2EEK A; 3E6P H; 1BIO A; 1UVT H; 5KEC A; 3UW0 A; 1DIT H; 2WIN I; 2FOC A; 7GCH G; 2QXI A; 1OFE A; 2QN5 T; 4AG1 A; 1GBI A; 2J97 A; 1OS8 A; 1A46 H; 1GHW H; 5GWZ A; 1TBQ H; 2C4F H; 2VIO A; 2ZGJ A; 3CP7 A; 1SGQ E; 1GI5 A; 2A7H A; 2BD8 A; 5SGA E; 5F03 A; 3VXF H; 4DW2 U; 1VGC B; 2BZA A; 5C17 A; 5A0A E; 3RC5 A; 2VWO A; 3B8J A; 2BD7 A; 1MKW K; 1EB1 H; 2PKS B; 3P8F A; 4KEL A; 4THN H; 3ZV8 A; 1V2K T; 3K6Y A; 1C9T A; 1FPC H; 1C4Y 2; 3SQH E; 1FV9 A; 1GG6 B; 2PUX B; 5DNS A; 2QXH A; 3EA9 A; 1HAP H; 1HUT H; 1Y5B T; 2QC2 A; 1HFD A; 1B7X B; 5E2P A; 3ZVF A; 3GQA A; 4OJO A; 1ZGV A; 2JET C; 7EST E; 2W6J D; 3A84 A; 2F9P A; 5DGJ A; 2VWN A; 3UTU H; 2ZNK H; 4Z1M D; 4WMF A; 3RC6 A; 4OZY A; 4JYT A; 1XX9 A; 3LDX H; 3GCO A; 5DO4 H; 3MU0 A; 1PFX C; 3SV7 A; 1YPK H; 1QB6 A; 1CSO E; 1CE5 A; 3E91 A; 1FUJ A; 4K60 A; 2WSS D; 1C2J A; 1ANC A; 1C2G A; 1O3L A; 4YOG A; 3TGI E; 4ZRO A; 4NFF A; 1GBH A; 1BTZ A; 1IB4 A; 1TPP A; 2J98 A; 1CT2 E; 1LHE H; 2W6I D; 3RXO A; 4WH8 A; 3A7Y A; 4ZHL U; 2BD5 A; 4CRE A; 2FI3 E; 4P00 A; 3SJK A; 4Y79 A; 4O3U A; 1TBR H; 2Y5H A; 4AN7 A; 1KYN A; 1ANB A; 1G3B A; 1VIT F; 2Z9G A; 3VEQ B; 1TPS A; 3E90 B; 1X0C A; 1FY1 A; 2M2A A; 1BTH H; 4FUE A; 1MKX H; 5JYI A; 4D9R A; 1WMR A; 1T7C A; 2I6S A; 1WUN H; 4WF8 A; 1TAL A; 1UTL M; 1FZZ A; 1V2J T; 3BTW E; 1WDI A; 1K1O A; 1SOZ A; 5HIY A; 3PLK A; 1SVP A; 5C67 A; 5FPT A; 1OX1 A; 3EQN A; 1P57 B; 2AGE X; 2J9N A; 2XTW A; 1BZX E; 1AZ8 A; 5DP5 A; 1TB6 H; 3FN8 A; 4NZQ A; 1GDN A; 1SGT A; 2ZTZ A; 1QL8 A; 5BRR E; 1OGM X; 1DUE A; 1GVL A; 5ESB A; 3U8R H; 4IBL H; 1AI8 H; 1G36 A; 2XND D; 1Z8I B; 2W3I A; 2ZU5 A; 1S6L A; 5DK1 A; 4CBO A; 5E2O A; 3PM3 A; 3VB7 A; 4XKW A; 1UMA H; 1BRC E; 4F4O C; 1MZA A; 3M3S A; 3M5M A; 5EXN A; 1F0T A; 1O2Z A; 3RXM A; 4Q63 A; 1GI6 A; 4H4F A; 3EDX B; 1Z6E A; 3MNC A; 2F43 B; 1K1N A; 3DSO A; 2YUH A; 1C1U H; 3U98 H; 5I25 A; 1UTM A; 4E7R G; 4BNR A; 4YEI A; 1FXY A; 3SU1 A; 3ELA H; 1QQU A; 4RI0 A; 3M5O A; 1TE0 A; 2KCA A; 5DP3 A; 3GQ8 A; 3ZZ8 A; 3P70 B; 2XOK D; 3D23 A; 2XC1 A; 2H6M A; 4UE7 H; 4YFO A; 1A2C H; 2QF3 A; 4PMH A; 4AG2 A; 4XNF A; 1O38 A; 1QA2 A; 1LTO A; 2ZFR H; 1EAX A; 1O2K A; 5FHT A; 2NT9 A; 2F83 A; 3LGT A; 4AB8 A; 1FJS A; 1Z8R A; 1NRO H; 4SGA E; 1IQH A; 3K65 B; 2FTL E; 1ELF A; 5C0T A; 3GY4 A; 3UUZ A; 1DOJ A; 3JZ1 B; 3PMB B; 1MKW H; 1UTK A; 3RXS A; 1T4U H; 3OX7 U; 2W26 A; 1O8I A; 1W7X H; 1SHY A; 2JET B; 1IOE A; 3A83 A; 3A88 A; 4TPY A; 2WPJ S; 3U1I B; 3OFN D; 1V2O T; 2F4L A; 3BIU H; 1TPO A; 2VFN A; 1TWX B; 3WY8 A; 2JJ1 D; 1KQ5 A; 1P2I A; 2GDD A; 1TYX A; 2P3U B; 1COW D; 5DP9 A; 4GHQ A; 1PPC E; 1EZQ A; 2X6X A; 4YZX A; 1TRM A; 4YEL A; 1P10 A; 1Q2W A; 1H9I E; 5GCH F; 1PQ5 A; 4YC5 A; 5EQR A; 3VB6 A; 3S9C A; 3ATL A; 4NWK A; 2GZ7 A; 1H9L B; 1MD8 A; 2Y80 A; 4R8T B; 3SO3 A; 8KME 2; 4W8S A; 3SY2 A; 2FDA A; 1DM4 B; 1O32 A; 3UNS A; 2QYU A; 3A82 A; 4AOQ A; 3MH7 A; 4AFU A; 1Y5U T; 1JRT A; 2QYI A; 3W1E A; 3B23 B; 2H9E H; 2KAI A; 4K8B A; 4BOH A; 1C2K A; 3BEF B; 4XN0 A; 1KXD A; 2ZCH P; 5C2Z A; 4XLE A; 2WUB A; 2VWM A; 3SNC A; 2BLW A; 1PJP A; 2PTC E; 4BXS A; 3SJ8 A; 3RDZ A; 4B2B A; 2H9H A; 2B5T B; 1AVX A; 1SFQ B; 2RDE A; 2GT8 A; 2WPH S; 2A5K A; 2AYW A; 2O8T A; 4RT1 A; 1G3E A; 1J9C H; 1O2Q A; 4K1T A; 4NSY A; 1O2W A; 4ZHM U; 2VJI A; 2FS9 A; 4B6F A; 4M7G A; 1J15 A; 2D26 C; 1NTP A; 3M7T A; 2XTT B; 1BRA A; 5CE1 A; 2BDY A; 2BM4 A; 1VR1 H; 2XC5 A; 2B8O H; 2JKH A; 1W7G H; 2JIZ D; 2UUJ B; 3T9G A; 2P3F H; 2ZQ1 A; 3KQ5 A; 3U8T H; 3ATK A; 1QJ1 B; 2P3T B; 3UWJ H; 4Y10 E; 2AGI X; 2VBE A; 1XVO A; 1XMN B; 3E3T A; 1S85 A; 3NWU A; 5I46 H; 1O5C B; 2BDH A; 2ZG0 H; 1DY9 A; 1MBQ A; 2GP9 B; 1O8F A; 4YZU A; 1KCC A; 1KLI H; 2RCE A; 1D3Q B; 3EA8 A; 4MLF B; 5EQQ A; 5A0B A; 4YEJ A; 1Z1J A; 4ACB A; 1HB0 B; 4XOR A; 2ANY A; 1GJ9 B; 1WTH D; 4ISL A; 3GOV B; 1O2V A; 8GCH G; 2FZZ A; 3RXB A; 3PV5 A; 1C1V H; 1OWK A; 1QB1 A; 2EI7 A; 2FOB A; 4K3J A; 4ZXY H; 1P01 A; 2BVX H; 1WXR A; 1BN8 A; 5K7R A; 1BHX F; 2CXV A; 3F2G A; 4I8J A; 4AFZ A; 1A3B H; 1O2I A; 4FET A; 2F9U A; 1WOF A; 1HIA B; 2IN2 A; 3SV9 A; 1OWJ A; 3MU8 A; 5C1E A; 1LM1 A; 2TPI Z; 3MI4 A; 3PV2 A; 1W12 U; 1JXP A; 4H6T A; 3RXA A; 5ABW A; 3TK5 A; 1PQ7 A; 1C5M D; 2EY4 C; 3RML H; 3GY6 A; 3URD A; 1EA0 A; 2PYH A; 1MH0 A; 1EZX C; 1O30 A; 4JZF H; 4Q4L A; 1BHE A; 2ZFS A; 3M5L A; 1BJV A; 1F0R A; 3RC4 A; 3QO6 A; 1JOU B; 3BTK E; 4UDW H; 4EST E; 1ZR0 A; 2H5C A; 4X1N U; 2STA E; 1YPG H; 1O3J A; 3OY6 U; 3UAI C; 3QTV H; 4BAM B; 3A7Z A; 2GJG A; 1BQY A; 3SU3 A; 1L4D A; 2BQ6 B; 3KHV A; 3MO3 A; 1OOC A; 4BAQ B; 4P02 A; 2OC1 A; 3ZV9 A; 4JZE H; 2V3O H; 4DG4 A; 1H80 A; 1UW7 A; 1GHA G; 4XM3 A; 1DS2 E; 4MDS A; 2ZHQ H; 4B73 A; 2AS9 A; 3PLB A; 3MH6 A; 2HVX A; 1K1P A; 1UHB A; 1NN6 A; 3NRL A; 3A7X A; 2G8T A; 2V0B A; 4OJ5 A; 1J17 T; 2VFP A; 2AER H; 2QF4 A; 2O0V A; 4FUH A; 3ZZ9 A; 1V2V T; 4CRD A; 2XW9 A; 1IDK A; 4GUX A; 1HAZ B; 2CV3 A; 2P16 A; 4LOY H; 1KIG H; 2PSX A; 1V2Q T; 3BG4 C; 4ABB A; 1EZU C; 2AIP A; 4BAK B; 5C0U A; 5F6M A; 4ISI H; 1PYT C; 1ID5 H; 3MFJ A; 4R0I A; 3ZZB A; 3LYC A; 5IDK A; 4FUI A; 1THP B; 3VFE A; 1QRX A; 1ELE E; 1NPM A; 2OTV A; 4XBC A; 2L74 A; 1T4V H; 2BD3 A; 4IMZ A; 2ZEB A; 2ZHF H; 3DU1 X; 2QIQ A; 1EAW A; 4BAO B; 1UTQ A; 3SBK A; 3M3V A; 4ZAE A; 1GI9 B; 1DIC A; 1CO7 E; 2KFW A; 3PWB A; 2JDI D; 3UNQ A; 2THF B; 3P6Z B; 1S0R A; 5LPE A; 1C1W H; 1K1I A; 3ZYE A; 3BV9 B; 1F5K U; 2GZ8 A; 4FU8 A; 2ZCK P; 3A8D A; 3UPE A; 1HPG A; 1HYL A; 1GBB A; 1GHV H; 4NWL A; 3PYH A; 4CH8 B; 2O9Q A; 2G0Y A; 3EA7 A; 2BZ6 H; 1O3A A; 2WV9 A; 1E1R D; 2Z9K A; 2W5E A; 2A5I A; 2WV4 A; 1O5F H; 1K21 H; 2O6W A; 3K9X B; 1W14 U; 1RIW C; 1O2R A; 3KRG A; 1MCV A; 3S69 A; 2GD4 B; 1H8D H; 2EST E; 2GZ9 A; 2ZDL A; 1HAI H; 2NU0 E; 2RG3 A; 1GHB F; 2V3M A; 4NIY A; 3ZVG A; 1V2S T; 1HLT H; 3UNR A; 3SU0 A; 1BMM H; 2C3S A; 2INV A; 1ZGI A; 1QHR B; 1V2L T; 3RU4 T; 1ELA A; 5EPY A; 2CGA A; 2OC0 A; 4X2V A; 4Y0Z E; 2EI8 A; 2PGB B; 1QA1 A; 1CA0 C; 1SGE E; 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