4OMBA

Phosphate binding protein
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
AIDPALPEYQKASGVSGNLSSVGSDTLANLMTMWAEEYKRLYPNVNIQIQAAGSSTAPPALTEGTANLGPMSRKMKDVELQAFEQKYGYKPTAVPVAVDALAIFVHKDNPIKGLTMQQVDAIFSATRLCGSKQDVKTWGDLGLTGDWAKKPVQLFGRNSVSGTYGYFKEEALCKGDFRPNVNEQPGSASVVQSVSQSLNGIGYSGIGYKTASVKTVALAKKEGAAFVEDNEQNALNGTYPLSRFLYVYVNKAPNKPLDPLEAQFLKLVLSKTGQQVVVKDGYIPLPAKVAEKAIKELG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Pseudomonas aeruginosa phosphate transport protein PstS plays a phosphate-independent role in biofilm formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphate binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 94
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ombA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ombA01
1VR5A 1BP5A 1MQDA 1WODA 3O29A 4N13A 1TFAA 3O28A 4H6DA 3H6WA 1NNFA 4R72A 4XIGQ 4H65A 1Y3QA 3PPRA 4DXUA 5A5XA 2PX1A 3BFTA 2A5TA 3FJMA 4U1ZA 2R9JA 5DT6A 2Q2AA 3G3KA 1FTKA 4QFNA 2RCBA 1D3KA 1LAFE 1PBPA 3CSGA 1LFGA 3F11A 3IO6A 3O97A 3TQWA 4UA8A 2UYFA 1VFDA 2E0SA 1OLCA 2XXVA 3LSXA 1POY1 3PPNA 4THIA 2H5YA 1LSTA 4TOZA 4KI0E 3C34A 1PEBA 5LOMA 1P1NA 4ESWA 1SDXA 2DYXA 3CI8A 2O6AA 4P11A 4EF2A 3MVZA 5ICQA 2D21A 3SERA 3G3IA 2GHBA 1FCKA 4O3AA 1QJMA 3TODA 3CSBA 4N6PA 4H8JA 3EF7A 3ECRA 3BFUA 1SW5A 4OTEA 3HSTA 4YKPA 3WAFA 4QSEA 3LUYA 1ZLQA 1B3LA 2ONSA 2HEUA 1BLFA 1Z7ME 5AE4A 1N3XA 4YB5A 2FYIA 2QJEA 4YMAA 4JB7A 4DDDA 2QS2A 4R6KA 3OMBA 2Q8JA 3KSJA 1JVXA 4Q8RA 5CC2A 3V5AA 1N7XA 5ISUA 4Q5TA 3G3HA 3FUZA 3KOSA 4R9GA 1BKAA 5DEXA 1IZ1A 1H43A 2D5WA 3FJ7A 5H8QA 1MM7A 2VD2A 1DPEA 2DE3A 4ZZEA 3TAJA 1NKXA 1AH5A 4F1VA 2OZZA 1US5A 4G4PA 3SEVA 3N6TA 3RN8A 5FHOA 1B7HA 1I6QA 3K6UA 2DWHA 1A8EA 4G8HA 3LBSA 3O6GA 4LZ8A 2GH9A 1IXIA 1A7LA 2X7QA 4H5FA 4O3CA 3GZGA 1JW5A 3TTKA 1ZKBA 2DWIA 4X1DA 2Z8EA 3EHUA 3DP8A 4LONB 3LSWA 5AA3A 5M2VA 3E4RA 3PMXA 2W7YA 2H9BA 4JBZA 3U8QA 2O1MA 1N0TA 3O6HA 3T9UA 2O84X 3KN8A 5CMCA 2F78A 2XXIA 2RKMA 4DZ1A 1FQAA 2A5TB 4I8CA 5J1DA 1L5TA 2BJJX 4IGTA 3M3KA 4IY5A 4XKRA 5F7VA 4RPNA 4FECA 4IGRA 5DTBA 1MQHA 3TTMA 4HTGA 4LATA 3VFJA 4LA9A 1JQFA 4KFQA 3TCGA 3DLNA 3RT6B 4OFLA 3RPWA 4GFRA 4LZ7A 2H99A 3PPQA 1N3WA 3K4UA 2RC9A 3TMGA 3CG1A 3OENA 2REJA 4OXVA 3UP9A 2DS9A 1H45A 2ANJA 1SBPA 3PMVA 4G68C 3K01A 2XXHA 1SW1A 4ND9A 4XXUA 4PP0A 1PC3A 1PB9A 1Y9UA 4G8NA 3GBBA 5AA2A 4R75A 1NNKA 1NNTA 2F8DA 3AXFA 2HZKA 4EXKA 3E3KA 1XHYA 3OEMA 1EH3A 4AB6A 4PFUA 3CG3A 2YLNA 4OWDA 2ONKE 4H1XA 3PUVE 3RGYA 2Z23A 4LQ5A 1Y4CA 4O3BA 1IEJA 3SETA 1M5FA 3KGCA 1CE2A 4H67A 5H8HA 3MWBA 3VXCA 2HZLA 5DEXB 2OCUA 3EPEA 3DELB 3MQ9A 4RXLA 5FHMA 5H8QB 1JEVA 1DOTA 1B1HA 3EQ1A 2DXYA 4H5GA 1P1OA 1CB6A 2AIXA 3D4GA 2VHAA 2ZYNA 4Q30B 3VLUA 2A5SA 1MY2A 2QS3A 4MF3A 4YMBA 5FTHA 3FGSA 1O64A 3QSLA 2QMWA 3H4ZA 4EQ7A 1IXHA 2I3VA 2Q9TA 4QFLA 1PBQA 3IJXB 1AMFA 1HSLA 4ZZAA 4GLIA 2H98A 2VOZA 4TLMB 2GRVA 3T66A 3G3FA 1MXVA 4YKJA 2F7BA 5L9SA 4F3GA 3OO9A 4EXLA 1XS5A 4X1BA 1MQIA 3QXMA 2HCAA 1MXZA 3RT8A 4GL8A 3T9HB 3FD3A 1H44A 3MBPA 2I48A 1URGA 1FTOA 2RC8A 2ESNA 4HCWA 4DCXA 3UN6A 4IO2A 4C0RA 3UORA 3ZSFA 4PFWA 4E0XA 5TU0A 3VE1B 5L8DA 4FJPA 2DWAA 1MY3A 1TWYA 2DE2A 4OEUA 1N04A 3PGFA 4ZDMA 3G3GA 3HN0A 1F9BA 1SW4A 4QHQA 3K1NA 3FATA 1B5JA 3HV1A 3FXRA 1AOVA 1ZMGA 1MY0A 2O7IA 1MQGA 3OSRA 1QKAA 5AA2B 2HFBA 2V25A 5DVIA 1M5BA 4OFOA 1USYH 3TTRA 4ZECA 4YKKA 4IY6A 1I69A 4FORA 2XD2A 4IO7A 4P0IA 2I6EA 1OLAA 2V3UA 2NUVA 3RTFB 2XXQA 3OOAA 3Q27A 2QPQA 1MY1A 3R7XA 4PFTA 1Y1MA 1USYE 4WKMA 5H8HB 3Q29A 5I2NA 4F3SA 3C31A 3C32A 4QRZA 2DP8A 3H3GA 4ZE8A 1OVBA 3R26A 4U23A 2PYYA 2I0CA 3BBRA 3TZAA 4YU0A 1S50A 2IEEA 4KYSA 1URSA 3IOWA 3MZ1A 1LB8A 3HCQA 3V89B 4HS7A 2I4BA 3KOTA 3KN3A 2V84A 4F31B 3KBRA 5H8SA 5KZTA 3O9PA 3FXUA 3N94A 4QF9A 4ZEDA 2B65A 1GR2A 1A99A 4C1TA 4FE8A 2OK2A 1B5IA 3H6TA 2VD3A 2F97A 2NVUB 3KJ7A 2CZLA 3MZBA 3A09A 3PUYE 4RA1A 1JETA 5KDTA 2ZXTA 2XXPA 1GTKA 1NFTA 4GRKA 3RQTA 4NMYA 3FVGA 2F7AA 4ZE9A 4M4GA 3QUJA 1MY4A 1QKBA 4YB6A 5ITPA 2OJTA 1MXUA 4KYEA 1IIWA 4GQOA 1LAXA 2F6GA 2Q2CA 2DVCA 3KJTA 5I84A 1UTBA 5ICTA 1ELJA 3TKDA 1OQHA 3O6IA 4QFPA 4IB2A 4R2FA 1B51A 2DXRA 1DMBA 1A8FA 1GV8A 1MS7A 3T96B 2DQVA 3SKPA 1VSOA 1FW0A 2X26A 5I57A 3MPLA 2GFEA 4BDQA 4ONYA 4XKNA 2OWSA 5H8FA 3IL1B 4G77A 3VVFA 4POWA 5EHSA 1B9JA 3W9WA 3TDJA 2I0BA 4OEVA 3MJNA 2WKYA 1OQGA 2VGQA 1PDAA 4JWYA 2PT1A 1BTJA 3QAXA 1T0KA 5I2NB 4BDMA 1BIYA 2P0SA 4U22A 3I5OA 2DVZA 4ELPA 3JYRA 5CMMA 4ZEKA 1LFHA 1LGBC 5K2XA 4EDPA 3E9XA 5I58A 3KN7A 4QFKA 1SVXB 3MP6A 3K6WA 1B0LA 3L6HA 4Q0CA 3BKIB 4ESXA 4DCYA 4R6YA 1LCFA 3ILUB 3ILTB 3RY3A 4EUOA 5DVJA 4L17A 4U4XA 1JW4A 2X7PA 2AL4A 2QS4A 4I1DA 5CRYA 2M8CA 1D9VA 1RYXA 2Y7IA 1ZU0A 3IOTA 4ELRA 1P1UA 3OSQA 1MPDA 4NF6A 3K0VA 5KDTB 3S9EA 3U93A 2PBWA 1RKMA 3K1MA 3UA8A 2Y7RA 3R6UA 1D9YA 4OQOA 4JXIA 3OO6A 5I59A 3TFLA 2UVJA 4OERA 1ZTYA 3DP6A 4AQ4A 1IQ7A 3OEKA 3M8UA 3LR1A 4PETA 4JSOA 1VFEA 3OELA 2G93A 1DSNA 3KSXA 2F6PA 2Q88A 2HAUA 3HHFA 4FEBA 1UTBB 5EHMA 2R6GE 5CM6A 4OVJA 3TTLA 2THIA 4ELOA 4JDFA 1Y20A 4RK9A 4H8IA 4F3PA 1N76A 1H3DA 2O68A 1B32A 1EZOA 3FV1A 5AA1A 5F1QA 3S4UA 2V3QA 4F2QA 1LCTA 5I57B 1O7TA 3CFZA 1B7ZA 3IB2A 2P1SA 4F18A 5K2YA 5H8FB 4PQJA 4WEDA 3IB1A 4EQ9A 3UK4A 2RINA 2YPNA 3FVOA 1Q35A 4ZEBA 2UVIA 3FVKA 2XXWA 4GWOA 1MXWA 1Y1ZA 1Y4TA 4LP2B 4NF5A 5DYHA 3C33A 2I3WA 4KHZE 3S9MC 3PD8A 5AA2D 4X9TA 1D4NA 3CFXA 1RYOA 4MBPA 3HHGA 1B5HA 3MZ9A 4BDRA 1IUDA 5I58B 2D3IA 1LAGE 4GVOA 1FQCA 4YZZA 5I56B 1DTGA 2B3FA 2VP1A 3C4MA 1R6ZA 4LZ5A 1MH4A 4GOTA 4XKQA 3MPKA 4R2BA 3ZKLA 3CIJA 1J1NA 4EF1A 1DTZA 1LLSA 1AIVA 3JZJA 3TTNA 1MQJA 4NF6B 1WVJA 3GLBA 4X48A 3VLVA 3SEYA 3VVDA 4M1VA 3OO8A 4OZ9A 1A40A 1SI1A 3SDFA 4KYDA 4FEDA 1LBBA 1JVYA 1TT1A 2QMXA 3LSLA 5KCJB 5I59B 3I3VA 1II5A 4IO3A 2YJPA 2UXAA 3PV0E 4TLLB 4G8MA 3TCHA 3PUWE 2Y7WA 4NF4A 2I4CA 3IR1A 3GBAA 4LQ2A 3Q25A 4DXBA 1MPBA 1YTVA 4R9FA 2DOJA 5JK4A 1EU8A 1NMUA 1PB7A 4C1UA 1P1QA 2XX7A 3KFMA 1LFIA 1IXGA 2AYSA 1TFDA 2I49A 4Z7EA 4G68A 3PU5A 1B52A 3RLFE 1B46A 1MXYA 2ONRA 3N26A 1MPCA 4H0WA 3U94A 2REGA 2QRYA 3G3JA 1B6HA 4HW8A 4ZEIA 5JTYA 3MP1A 1M5CA 4JSDA 1SQYA 3FVNA 3GXAA 3TUSA 3MP8A 2B3BA 3A3CA 3T22A 5CI5A 3MUQA 3SEXA 1ZBMA 3LC8A 3PPPA 2P2AA 4NF5B 5BWJA 5HBCA 1QUIA 2XXXA 2ZYMA 4UACA 4ELQA 1FTLA 3QYTA 1FTMA 1MXXA 3M3LA 4U4SA 4DXCA 2XHDA 3MC2A 3PPOA 2UYEA 3TCFA 4NE4A 4TQUQ 4F22A 2RCAA 2Y7PA 4U2RA 1QVSA 3T9VA 1SW2A 1QULA 1B1XA 1POTA 1US4A 3N5LA 5CMKA 3C36A 3EN3A 3K00A 3SESA 4OETA 4MFIA 1EZ9A 2V93A 3IJOB 4QSCA 4RK2A 1GVCA 2F34A 2XX9A 1XOCA 3OXNA 2XXUA 3TEPA 4POXA 2ZNTA 2XXYA 3A3UA 4IO6A 3T93B 4R6HA 5CMBA 1AL3A 1B3FA 4OENA 1IXCA 5B70A 3FJGA 4OHNA 3TELA 4F2OA 3B6WA 4NF8A 3CRBA 1QW0A 1B3HA 3U72A 5DVFA 3UGWA 2I58A 3W9VA 3H6VA 1B7UA 3FIRA 3CVGA 2ALUA 4OFJA 1URDA 4NWCA 2F35A 3ONMA 4YICA 2OWTA 1MH3A 1S9TA 2F36A 4YKIA 1IITA 3W15C 3VXBA 4FATA 4NF4B 4RPOA 1I6BA 1I6AA 1TXFA 5TPAA 4PFYA 1FQEA 5FHNA 5B7DA 1GGGA 1EZPA 1MG1A 3USDA 1NNPA 3D4CA 4QFOA 4NEDA 4AB5A 3IO4A 4R74A 1S7YA 3M3FA 4GF8A 1OVTA 1NH7A 4XKPA 1QUKA 5AA4A 2RC7A 4G68B 4MLQA 3EHTA 3B7DA 3S9NC 3RNNA 4NWDA 1FQBA 3TYHA 1JW1A 3JV9A 2Y84A 4R73A 3FZVA 4GL0A 5JTYB 3B6TA 5CBRA 3IX1A 4K3FA 1NL5A 3IK6B 1H76A 4KD5A 4GD5A 2OLBA 4PE5B 2O51A 4GXAA 4IO5A 3TPAA 2NXOA 2PMSA 4BDLA 5I56A 2O69A 4RY1A 1B05A 1YAEA 2CMOA 1JNFA 3IOUA 1Y3PA 1B3EA 3V8XB 4LVQA 3IB0A 1Y3NA 1O63A 3ZKKA 3E13X 2PT2A 2HXWA 3PD9A 2Q89A 4Z0IA 5IAIA 4U21A 5A5XB 1UTHA 5HPQA 4F39A 3MW0A 1VE4A 5TP9A 4XTCQ 3Q26A 2ZMBA 2Y7KA 3IAZA 3K1PA 1PB8A 3K6XA 4BDNA 5KCJA 3K02A 1MRPA 2XXTA 1MM6A 3H03A 4RNSA 2G29A 1ZIUA 4QSDA 4G2ZA 1UQWA 1YCJA 5EYFA 1YPNA 5L9MA 4ISUA 2AL5A 3PMWA 1XVYA 3K2DA 4NF8B 4DE8A 2XX8A 3I6VA 1SYIA 3MAMA 2QSXA 3S2VA 1XVXA 2ZYKA 5JEIA 1A55A 2ZNUA 3LSFB 1A54A 3KZGA 1FQFA 1B40A 2V3TA 4ECFA 3K6VA 4F19A 3VV5A 3OD7A 3OO7A 4BDOA 2QL3A 4GIZA 1MDP1 3B6QA 5TPAB 1OMPA 3MVYA 4HCYA 3TQLA 4GXSB 1KWHA 1DPPA 5ELVA 1FTJA 4JWXA 4WEPA 1ANFA 3DP4A 4KQPA 3T9XB 3IOVA 2OBGA 3KEIA 4RYAA 2GHAA 3RUMA 4F1YA 1B4HA 2F5XA 5AA4B 1Z7NE 4F1UA 2Z8DA 1B2HA 1SYHA 2H4IA 3V83A 4JWOA 2HAVA 2FA7A 1Q1KA 2HQ0A 1UIVA 1OIBA 2DE4A 3KG2A 3S9LC 5H8NA 2R71A 4DLDA 5I2KA 2PVUA 1N7WA 4OYVA 2O7UA 4KCDA 2XD3A 4P0GA 3HO7A 2RF1A 3VLWA 1B3GA 2DWJA 4MH5A 3FXQA 4I9DA 3CR9A 3MVXA 3L6GA 1LBCA 4KPTA 1FQDA 4YAHX 1MDQA 1N84A 5IKBA 1NH8A 3FV2A 1UIUA 4KR5A 4DIGA 4NTLA 1B0HA 1M5EA 5CBSA 4EQBA 3P7IA 3H6UA 1R1NA 1R9QA 1UTHB 3DM0A 3ODBA 5HM4B 2LAOA 3H06B 5TP9B 1XC1A 1P1WA 3G7WA 1B4ZA 2Z22A 1M5DA 3U1OA 1P99A 3QK6A 3HPIA 3O2AA 1JEUA 3IORA 1WDNA 4I62A 4ZEFA 4LUBA 1XT8A 1LB9A 3SEUA 2O1LA 2QS1A 4IO4A 1ZJLA 3SEWA 1HSEA 1ATGA 4FAJA 1SD3A 3THIA 3N6UA 4ZS9A 3Q28A 2XXRA 4MLVA 2IA4A 3CFLA 1B58A 4OESA 3QIMA 4F29A 3C9HA 2NOOA 3UIFA 3U92A 3VDFA 2UVHA 3PUZE 4RJZA 3ZS6A 5L9OA 2DSFA 4U1OA 2Z8FA 2UVGA 3VVEA 4YB7A 4BLAA 3H7MA 5BUUA 3MVWA 1LAHE 3O66A 3EHSA 3C35A 1SI0A 4FIMA 1QUJA 4N07A 3QUFA 3FASA 4E0WA 2NWJA 5ITOA 2FNCA 2F7CA 4WXJA 3RTWB 4F3BA 5FTIA 2ZNSA 4OMBA 3WAEA 1HSJA 2ZYOA 2KLFA 3PUXE 5H8NB 1R9LA 2E1SA 4KCCA 2H25A 5I2KB 2ABHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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