4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex component RRP45
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
1GO3F 3SAFA 2HBKA 2MA1A 2DGZA 5C0YA 4CGZA 3CYMA 2HBLA 2E1EA 2HBJA 4O3MA 4NLBA 4NLCA 4QIWF 1YT3A 2HBMA 2KV2A 4CDGA 4QJFB 3SAHA 3SAGA 2RHFA 1D8BA 2E1FA 1WUDA 2CPRA 4OO1J 2RRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z4OA 1SGGA 2AJQA 4IOXA 5AZJA 4JS5A 3WKCA 3AVKA 4YDUC 4M9HA 5J0YA 3KHHA 2HF4A 2PMZC 1TKTA 1EWRA 3V81A 2QWRA 4B9SA 4EZ6A 3CM6A 4Z4EA 1NGAA 1RDAA 4Y0WA 4H0PA 3PSFA 4JEPA 1Y97A 1JROA 5C12A 4FJ7A 3V6DA 2EWSA 2FI1A 4DCCA 5C15A 5EE3A 5KL1B 1ZQGA 2QLTA 2GX9A 1NJWA 2QK9A 1OH5A 4B9TA 3CPWM 3JPOA 3D2EB 3MMVA 5F9LA 4IRKA 2FMPA 2KE7A 4B1XB 4UASA 1HYZA 4FJGA 4J2DA 2PZSA 4KPYA 3OYCA 5HLFA 4CECA 1KLNA 1MA9B 2HOIA 3NH1A 4B3TK 2EZYA 4J03A 1GLAG 2F44A 4DV5K 1N48A 3TTFA 4XUSA 4F5RA 5JS1A 3HSTB 4KLSA 5C25A 3V9UA 4JKAA 1ZQXA 1KEJA 1X9WA 3FDSA 1SAZA 5GIPA 1SIJA 3MEDA 2VG5A 4AHRA 2HSTA 3VESA 1XNQK 3ITHA 3O4QA 3W0LA 4Y2RA 1F21A 2CGJA 4FW1A 1NI3A 2F1HA 3NGYA 4DR5K 2WTUA 1X66A 3DXMB 2OH2A 3H8JA 5DQHA 3LDLA 4GVEA 2AP1A 2IS3A 4O3NA 4YY3K 4FM1A 1U04A 2KG5A 1L7OA 1U2VA 4B9NA 2P9NA 1JCGA 3QETA 3C1ZA 2FLNA 4E7KA 1KQSM 8ICEA 1Y64A 5AI9A 1B0XA 4BREA 2KIWA 5FDLA 4UBCA 4DR4K 2A3VA 3MXIA 3DLRA 4FJ5A 2Z1JA 4GKJK 3TADC 4C7YA 1P7DA 3PX6A 3L2QA 4I6MB 3VOVA 5ADXH 1K1SA 9ICBA 4XEIA 4PKIA 1KFTA 1TVAA 1PK1A 3F5AA 4UARA 2YB4A 5AKYA 3GIMA 3AVBA 5J2PA 9ICWA 3T1HK 4FM0A 4KH6A 3ZEUB 5HROA 4RZRA 1ZBIA 3BGRA 4DCHA 2A42A 3QNMA 1SKSA 2QARB 5EOYA 4MHVA 5DQGA 2P9LB 5GIOA 4FLUA 3GDQA 4BXOA 1UT5A 3LYSA 2PI5A 3VGKA 4UW9A 3S9HA 1BUPA 4B6JA 4DS5A 4P2HA 2W43A 3B6PA 1ATRA 3MR6A 1B9FA 1WUAA 5AR0A 1ITGA 4RCHA 5AQSA 4A2BA 4AF1A 3HP9A 4EAHD 3QEWA 4J2AA 2B6AA 3ZETA 4B8CA 3QERA 3CFPA 1TAUA 4CW7B 5KI6A 4IFEA 4EZ9A 3RH5A 3ZX0A 3AGKA 3RRGA 1EXQA 1WSFA 1TV6A 4O3OA 5BR8K 4CJQA 4AH9A 5AQYA 4Y2QA 1UPHA 4EX6A 1RM6C 2CH6A 3AVIA 5E84A 3HXMA 4EELA 4O3MA 5ALUA 1KW4A 4QZEA 4AHTA 3HPOA 2KKVA 7ICKA 1UAXA 1NNEA 3I8BA 2W7OA 1SL1A 1RBUA 3WXJA 1Q81O 1IBLK 1CZAN 5AQZA 4PZOA 3S3OA 4CZEA 1J5OA 1HEKA 2PFUA 1CEZA 1HKCA 4BRQA 5JVHL 2EAMA 3CCJN 4DLEA 3QU5A 5DDYA 3V6KA 4H0TB 1VQ8N 3QBXA 1ZQAA 4NWIA 1RILA 1REVA 4OVLA 1BPYA 4C1NK 4IR1A 1BVSA 2ZM6K 3K0SA 1IV0A 1VSHA 3ZT1A 2JZBA 3PX0A 3WXLA 3ZSXA 8ICFA 2HI0A 3ZT3A 3FE1A 2OPPA 5EOZA 3ZSYA 2FE9A 5AM5A 5CP2A 5DB9A 4RNNA 4CJUA 4UAZA 4YD2A 3L4IA 2CRXA 4Q0BA 5E41A 2ZD1A 1E3MA 1NGJA 1RT4A 4BR0A 3MC1A 1BCOA 5CA7A 2VA3A 5GTHU 4FLVA 2KN7A 1S76D 4WQ4C 4Y1CA 4YHHK 1BPZA 5AQFA 1NWKA 1V9PA 4IQVA 4P0QB 1DKGD 3AQEA 2LI6A 3M9MB 3WNFA 5BPMA 3BF3A 4JNEA 1T4GA 5M1PA 4Y2SA 2WHEA 3ZSVA 3RSEA 2BKEA 4DMNA 5ELZA 1ZBLA 4ELVA 3P4IA 4BACA 2LM1A 7ICSA 1L3UA 1KAZA 3HILA 2HNYA 3PSIA 3CJ9A 3SQIA 5J2HA 3OS2A 4OGEA 5AIBA 4U67L 2Q1NA 2W55A 5JVGL 1RBVA 4NLGA 1UA0A 2W03A 4DF8A 3MGHA 3SYZA 2LBOA 1Z4NA 2EH9A 3F73A 3ALYA 1JALA 2B5JA 3LM9A 1CLQA 4KLDA 3SUPA 7ICVA 5AI6A 3WK4A 4QZGA 2E2NA 2F8TA 5C42A 3NTUA 3I0SA 4A57A 3O6WA 4FJ9A 3THYA 2IOFK 4XA5A 5KT4A 5HRSA 1VSIA 4CEAA 1YVUA 1YJ9N 2I5HA 4H4OA 4JK8A 3KZBA 4B3MK 4FCYA 2JGUA 4J9NA 4UAUA 1XSPA 1C1BA 3HRGA 4Y2PA 5AQXA 1MN8A 3AVNA 4CE6A 1RTDA 2UXCK 2EZXA 5J2IA 5DLGA 3IS9A 1ZQUA 3C28A 3B6OA 4QAGA 5SWMA 5AZIA 1RYSA 3PVXA 1JN3A 3OPXA 1MWKA 2VCPA 5AQHA 4BG8A 5J2NA 5L1JA 1L3SA 3QUCA 4CJTA 3Q8RB 5CR0A 2ZIWA 1G15A 2WAQF 5B66U 3L2UA 5ALDA 3QUTA 3F5TA 2RF2A 1GO3F 4QWEA 3MECA 3GV8B 3QBWA 4M41A 3CNHA 3IDWA 4ECVA 3SBGA 1S8OA 3AV9A 3S3NA 3O9SA 4IXCA 4BR7A 3JXUA 3G0ZA 4IZ9A 2J6TA 2FBTA 4GIBA 4ICLA 4K4IA 4Q8FA 1QQCA 1QHAA 5C5JA 5AQKA 1MA7A 3PO5A 1NGBA 3LDQA 1O1WA 1IKVA 4K25A 3CCEN 3P39A 5HR6A 2W40A 2OPRA 2QWQA 4YORA 2G8VA 4MEXA 2WTFA 2RHKA 3MR2A 2HOQA 1VK0A 4FZYA 4KRFA 3M7DA 2HW3A 8ICVA 2JEGA 4IOCL 3E66A 5KFVA 1Q9YA 1HJPA 4IFYA 1HNWK 1MDUB 1KLMA 2IBKA 3H0MB 2YHYA 3UE5A 2RP5A 5KFTA 1DTTA 4N56A 4K0KK 3FZFA 4IG3A 3KHGA 4FWPA 2YJEA 4CJKA 3J7AP 4NV0A 2E1EA 5AFUH 4CJPA 3TTDA 4I2AA 4M3XA 3BZCA 1LWEA 1GLDG 2Z7JA 2KVCA 2Q4TA 3AMZA 1DGSA 2QWOA 4ZOHC 3M6ZA 3THVA 5J0TA 4UBBA 4IL6U 1KVBA 5DG7A 2Q2RA 3N4QA 1JJ2M 5KFSA 5DGAA 4MLEA 4FJHA 4F50A 8ICBA 4QZHA 3BQ1A 4PL8A 3NGZA 4NB4A 5C10A 4K8ZA 4DV4K 2HMPA 1F0MA 3CMAN 4EHTA 3Q8LA 3TAFA 3H0LB 3HM9A 3RH4A 3D6RA 3QNOA 2XIDA 1VQON 1LV5A 3BS5A 4OJRA 3K75D 1B22A 1EETA 3QUBA 2DQNB 1ZXOA 1S9GA 3M8QA 2G8IA 4IJNA 1ZQBA 3D7EO 4B3OA 3CXCM 4FWKA 2IIRA 5KT5A 4P4PA 2ZWHA 8ICHA 1TE2A 1BG3A 5AM1A 3QFPA 2HHHK 4LF7K 2QWPA 3PZPA 8ICOA 3AVMA 1NGCA 2B0CA 1NG9A 4KLOA 4KHUA 1S10A 1NK4A 1XHZA 2YHAA 3CYMA 2ZUCA 5IIOA 1ASWA 2VGMA 5AHXA 4IEEA 2W54A 3DXKA 3QU7A 5KG2A 1IIPA 4GXKA 3R3LA 1O03A 3ULDA 1Z26A 3B9JA 2W9BA 3BQ2A 5AQGA 3ENBA 1Q82O 4B9UA 5DM6L 4OLAA 1WNSA 4QIWC 2M9NA 1N62A 3KZXA 4B8AB 1X1PA 1S9EA 4CIEA 4Q45A 3LDSA 3C2LA 2P9PB 4BVPA 3WT0A 3TAMA 2MUTA 5ALTA 5AK4A 3OYKA 4FJXA 1JLGA 2A1JA 4LF4K 4TQRA 2HNDA 3PV8A 3KWGA 2F4VK 3IDHA 4HTLA 5AKJA 3SQ0A 1FXXA 4KBOA 3KHRA 2KV2A 4FK4A 1LWCA 3KK2A 4OJ6A 4FXDA 5J29A 5IIJA 1XU4A 4JI7K 1N60A 4C0ZA 4ECRA 1KL9A 4KMUA 4M45A 3QDKA 4PA1A 3U3YA 4FE3A 1TK5A 2WF7A 3CJAA 3R9KA 3OTQA 2OYYA 1QSLA 1BL3A 5IIKA 4B08A 3K5LA 3A2FA 4MEYA 3M1YA 4C4SA 4P4MA 3G6YA 3JPSA 4BG9A 1NGFA 4YOXA 3VF4A 3RTVA 4UAWA 4RQ0A 5KFUA 5DKWA 1YF5L 4J2BA 2HHUA 3TAEA 2F76X 1Z05A 3H1VX 2LYHA 1TK0A 2I1QA 3ISBA 1VQPN 3DRPA 4BQLA 1QE1A 2QB0B 4FOIA 1IKWA 1KAYA 1YXQA 1I94K 1ESVA 3UKUA 3O3HA 2BCVA 5L1LA 5F9NA 1LCUA 1URJA 1TUYA 2ZGYA 3ORYA 1L6NA 4FJNA 3H45C 3SPZA 1V38A 2ZJ5A 2F9TA 4UB4A 4I2GA 4NXMK 3CQXA 4KMOB 1ECWA 1WN7A 4C7ZA 2CGLA 3HJFA 5KFJA 3SV4A 3KJVA 1XI1A 4LFBK 2ISPA 4BC5A 3F2BA 1IV8A 3O4WA 4PHPA 2NYVA 4PHDA 2MRLA 5AI0A 2FSJA 4JKDA 4X64K 3RJIA 1VDVA 2NNWA 3A5LC 4DTUA 5J0PA 2O8CA 3EZWA 1BI4B 3M3ZA 1T7PA 4ELUA 3LM2A 4MFCA 3V1QA 3K5NA 4F5PA 3O9TA 2XY6A 4DR1K 1ZQLA 1K8KA 5GAEP 1X40A 9ICHA 2QI2A 1JI7A 1HRHA 1L7MA 1RBTA 2P9UA 3DI6A 4DTNA 5BPLA 3NAEA 4NXZA 4H0VB 4JD2A 3WNEA 4H4MA 2Z1HA 4RQ3A 1HLUA 3OYLA 1VRTA 3LALA 4OD0A 1SZHA 5CEHA 5KFPA 1JIHA 3O1BA 2PAVA 3IG1A 3AO3A 4IDKA 5KFLA 2ALZA 1OW5A 3R9PA 3SAFA 2BPCA 2E1ZA 3JYTA 2O8BA 4BR9A 4WF9L 4E7LA 8ICNA 4DL7A 4OKJA 1LWFA 2LYBA 2ZJQL 5ALMA 1VLBA 4BROA 4RNMA 1EXNA 1WSEA 1SL2A 4RQ1A 4IOAL 4CBWA 3RAQA 2ATQA 2VG7A 3EKSA 1T3VA 3MABA 1GLJO 5FROA 2KKZA 1UA1A 4QJFB 2CH5A 3QU9A 3FAHA 1K73O 4KLLA 4EYIB 3D2QA 3O80A 2VA8A 4QW8A 1COKA 4KI4A 3MAQA 5LJWA 4UB6U 3M8RA 3D6JA 4GVMA 4H8KA 3CJ7A 2Q97A 5IWAK 1B92A 2ZIVB 4ECTA 1XS9D 1WSHA 4QZFA 2YV0X 2P9SB 2Q3SA 4NCGA 4BR2A 2JGAA 2O8EB 4E1NA 1VHXA 1WLJA 3VQEA 3NGIA 9ICOA 3NMUA 5DBCA 4BE1A 3KK1A 1I39A 4Z4IA 2VJ4A 3S41A 2VA2A 4FLZA 2VG6A 5JLHA 7ICUA 4E1MA 3IN5A 2RN2A 1ILYA 5G5HA 4EBEA 1T44A 2ZJPL 2UVWA 3TSPA 9ICAA 1RBRA 1YITN 3L3VA 1U9LA 4ID5A 3J81j 3CG7A 3RMAA 4F92B 3KLEA 4RQNA 1UOCA 2FJ6A 8ICMA 3VQAA 3KOOA 2CXYA 2ZE2A 2GO7A 3SLCA 3H1QA 4I2BA 5AKGA 4YR0A 1WSJA 4H5VA 3ISDA 8ICTA 2E2OA 2KHQA 1TKDA 4GKKK 3C95A 3KLGA 3H8WA 3IMXA 4E1JA 2YMPA 1O13A 4CZLA 2DF4B 3ZD8A 2PI4A 5M1FA 4F5QA 2YQEA 5KFAA 2E5LK 7ICTA 3LDPA 1J5EK 1EX4A 1JLFA 2Y9UA 4YOUA 1N63A 3SEIA 3SQ4A 4JI1K 3D2FB 3NVYA 1IH7A 4XH4A 2KEYA 3UXPA 1RCHA 3D0PA 2WF9A 1NKCA 3G71N 3BUZB 2R8KA 3SNNA 3H3NO 3NVMA 4CGJA 4E7JA 4CZJA 3RMBA 4H03B 3I28A 2KLAA 5CHGA 4CIGA 1HNZK 4JI5K 1BO5O 1PZNA 2W9CA 9ICSA 4RWTA 3NVVA 3HT3A 4RT2A 4O8UA 1RXVA 5KNIA 3SAGA 2G8KA 4M6WB 4R8UB 1ZD4A 3WQUA 3TR8A 4CGDA 2JH7A 1Z00A 4A2AA 3IRUA 4R65A 2KSOA 4QWAA 2ZF5O 4IG0A 4EYHB 5KG4A 1GOCA 3VTHA 2UVRA 2ZQBA 3DLBA 3AVLA 2W9AA 4YP3A 3NS1A 4FZMA 4DL6A 9ICJA 1QQOA 3LDAA 4DO9A 1Z25A 1KVAA 2G09A 2FBXA 1N5WA 4JI4K 4UATA 1KC8O 2HMXA 3C5FA 1ZQNA 4AYBF 4NCBA 4EBCA 5AKIA 5AJ3K 5CRXA 2NRVA 3Q8MA 4RPXA 1TK8A 3PW7A 3E9OA 4UB8U 4BRNA 1JXLA 4QWDA 5AM2A 3DLKA 3QMLA 4C23A 2W6LA 5ALGA 4UB3A 2EANA 1NK7A 1DK2A 3T3FA 4YOTA 5J0WA 1ZQOA 4CJRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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3VEXA 2UYTA 2P9IA 1DGKN 2VYPA 4FOEA 5M1KA 4IO9L 4C1NI 3DLLL 3FZKA 5C0YA 3MN5A 4DHYA 4RTFD 1A0PA 1A6SA 3NVKA 4WJ3B 2KNJA 1V4TA 1C0GA 1T6DA 4OJ5A 5JICA 1T94A 2KICA 3SBTA 3I56N 2XICA 2NRXA 2KOBA 5AQWA 3E9LA 4BRHA 3TSUA 2K8BB 3MWTA 2BH1A 2H3QA 3J7ZO 4F9OA 3N7SC 1VQKN 1D8BA 3VEWA 2PMZF 2ZXHA 4PHTX 3KK7A 1BA0A 3C6AA 4A5AA 5HOOA 3HI0A 3FLCO 1XUPO 1ATNA 4BY9C 4AYBC 1D4XA 1NBWA 3E0FA 3ATUA 1HX1A 3H46O 5CE3A 2VGNA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GO3 F;  3SAF A;  2HBK A;  2MA1 A;  2DGZ A;  5C0Y A;  4CGZ A;  3CYM A;  2HBL A;  2E1E A;  2HBJ A;  4O3M A;  4NLB A;  4NLC A;  4QIW F;  1YT3 A;  2HBM A;  2KV2 A;  4CDG A;  4QJF B;  3SAH A;  3SAG A;  2RHF A;  1D8B A;  2E1F A;  1WUD A;  2CPR A;  4OO1 J;  2RRD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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