4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords Exosome complex component RRP45
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
1D8BA 4CDGA 2HBMA 3SAHA 2HBJA 2HBLA 2KV2A 4NLCA 2E1FA 2MA1A 2RRDA 4QIWF 4NLBA 5C0YA 3SAGA 3SAFA 4O3MA 2CPRA 4QJFB 2DGZA 1WUDA 1GO3F 2HBKA 4CGZA 1YT3A 2RHFA 4OO1J 3CYMA 2E1EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DR5K 1DK3A 4K43A 1HR0K 1JX4A 3AAPA 3WUHA 4CEEA 4R79A 4NJ8A 4MO5A 1N5XA 1LAVA 3Q8LA 3ISNC 4AM7A 4DV4K 1YJWN 2K4IA 3C2KA 5J0RA 1SV0A 1DTTA 3GV8B 4BRMA 2QEXN 3MX2A 3VGKA 4IJAA 8ICPA 2PMZC 4MF8A 1NGAA 4OPKA 2WTFA 2P9KB 4O3RA 3N4PA 4OJ6A 5GAEP 5J2QA 4KKOA 1X40A 3OS1A 4GXJA 7ICUA 1IBKK 4M3WA 3VQDA 1TUUA 1IG9A 2A19A 4FLZA 5J2JA 5J0PA 5J2EA 4FZMA 3BQ2A 4FZXC 4R5PA 4F3TA 3FGUA 1QZ5A 3HPGA 3O5BA 1ZQQA 4CGHA 3HJFA 5BPNA 5IINA 4I2IA 3P5JA 1CEZA 1J2NA 5AQQA 5J2FA 9ICNA 4QW8A 1Q9YA 3T3FA 9ICOA 1Z4OA 1ZOLA 3G6EN 2E4LA 4LH4A 3K4GA 4MFAA 2GTDA 1EETA 4ID1A 3BZCA 3WXIA 2DF4B 3CMEN 5KFEA 8ICHA 3TWHA 1W2BM 4A8EA 1TUYA 2HHVA 2UXDK 1BQMA 3SENA 2ZD1A 1RT6A 1WWUA 3MECA 3V72A 3MR3A 1C0FA 4F8RA 2E1YA 3OYGA 1NGBA 2DTUA 4BC2A 1MC8A 4F71A 4DQSA 3QEIA 5IT9O 3L4PA 1RT3A 1RDFA 5AQKA 4O44A 4W5NA 2ZTDA 3GIJA 1CUKA 4KLDA 4Y1CA 4DUYK 1HJRA 1RYUA 4WQ5C 4I2EA 1MWKA 4RQ3A 1YZ6A 4IQVA 3CERA 4BG9A 4CF9A 2G07A 5AQFA 3MEEA 4YG2A 2HHUA 1N32K 3AVMA 4MLHA 3WK8A 4DSJA 3NMUA 4JD2B 3QUQA 2WUSA 4CE9A 1XNQK 2WF6A 4NLNA 3HX0A 1ZQEA 3E58A 1KEJA 4NCAA 2G8HA 5BOMA 4CZHA 1C0GA 2RPIA 1X9XA 5FPEA 4GV3A 3MEDA 3V9WA 5L1KA 2RHKA 3RTVA 1BI4A 4DQ8A 3KK2A 2WB1C 1WSGA 4UB2A 3C23A 4KLLA 3O4QA 4LFBK 2AJQA 2KZ3A 4P0QB 1NJYA 5E79U 7ICNA 3M6KA 3A0IX 3AN1A 2E20A 2OHFA 5J2HA 3PW2A 1B9FA 1ZQ1C 4RPXA 4IWVA 2HBLA 4GW6A 4KTWA 2WOMA 5CZ1A 1RDAA 4PGQA 3PIPL 1WWVA 3IDHA 3HO1A 4PJ0U 3DJCA 4WE1A 5C10A 5KFAA 4L3QA 4Q5VA 2P6RA 4DR4K 3FDSA 1JLGA 2H3IA 4HVJA 3OA9A 2RHFA 1N61A 3FC4A 3OHAA 3M1YA 2FC0A 3F5TA 4CF5A 1S10A 2E1EA 3R8EA 2BZFA 1W97L 4M04A 5F9LA 4W5TA 1XUPO 1UCVA 4EEYA 4DMNA 3J7YP 4Z4IA 4ECSA 2JMGA 3Q8MA 1U48A 7ICGA 3F9MA 2LYBA 3B6OA 5FRNA 4PQUA 4RZRA 3L6QA 5HOOA 5EU7A 5T14A 4B3MK 2RRDA 2D0PA 2WC9A 3L2VA 1ZXIA 3OSPA 4Q45A 5LY3A 4LF6K 2DY4A 1ZQAA 1X3MA 4FWOA 4E3SA 4PZNA 9ICBA 4K42A 4CJWA 3KZBA 1WSIA 1FKPA 4BC3A 3AV9A 3PX4A 4P0PA 4CI6A 4ICAA 2W41A 4RT2A 1ASWA 3ZDCA 4I2PA 4XIUA 3H6EA 2P9NA 2JEJA 4CFAA 8ICQA 3A0BU 2VCPA 4EYIB 2BANA 1N62A 1L6NA 2ZIWA 4B9QA 2DQNB 1N6QA 4M3ZA 1IV0A 4DTOA 3GZFA 1DKGD 3KHRA 1UWBA 2K89A 3T5KA 3QUBA 2VYPA 3WEEA 5KG4A 4I6MB 4FWLA 1ASUA 3VQPA 3RB6A 3VQ7A 4KLSA 3QETA 2V52B 2NRHA 5D3GA 1T3QA 3OYJA 2OEHA 4HUFA 3F9KA 2H3FA 4DSIA 2YNGA 4LY7A 2C2EA 4QS7A 4EIAA 2ZIXB 1WSJA 2XY7A 4FS1A 4ACOA 1BIUA 5HNKA 2WTUA 4B1VA 4OLAA 2UUAK 5HROA 1S1UA 4EP4A 5AKIA 3O9UA 3AGKA 4KH4A 3P38A 1L3UA 2J6TA 3HPHA 3ZSQA 4ECXA 3ZSYA 4CVNE 3PSFA 3SEIA 1S72N 4M9HA 3S3NA 3SUOA 4FS2A 2YQEA 1VQMN 1Z6RA 5ALJA 3C7NA 4DU4A 3MGIA 1ZQKA 5ALUA 1RDWX 2MSNA 3ZSZA 1IXRA 1O03A 5AQTA 3NUQA 1ZQUA 4FPAA 4FK0A 2PZSA 5IIOA 1J5OA 7ICIA 1H38A 4U6PA 4JRPA 3A5LC 3O3HA 3OS2A 3JPTA 3TAPA 4YXJA 1NGEA 5ADXH 2HOQA 2RQ5A 4UQGA 2NO4A 2YB1A 3RH6A 1S0MA 1ZXOA 4OPJA 4U67L 2M9NA 4Z0UA 5K4LA 3QXGA 2Q97A 4H4OA 4CGFA 5EE0A 2V4QA 3JPOA 4BQZA 4AQYK 5HR6A 5AQSA 4CJ5A 3SV4A 2HW3A 5ALOA 1HNWK 1IG8A 4X64K 3FR0A 2I1QA 3ZX3A 4EFHA 1LWCA 3A0HU 3GV7B 1NM1A 2I5HA 4K0KK 3VGLA 4DO9A 3ZD9A 3HYFA 5AQVA 7ICJA 3MABA 3V7JA 4PHPA 4P2HA 1DK2A 3C5GA 5AK5A 3V1RA 4HAIA 3FZMA 3B0YA 7ICOA 1FO4A 5KFKA 3DXKB 3TSPA 4A59A 1SL2A 5ADXA 1TE2A 2KHQA 2ZIUA 4O8KA 1NKEA 2O8EB 1KFSA 2QWOA 1RILA 5BREA 4DU3A 3VA3A 4BC4A 4H0OA 5KT5A 3CCSN 4G9ZA 4FJNA 1Z05A 1FK9A 1R59O 3NHGA 2BH1A 2GBZA 4NO7A 1S6PA 2PYJA 1S9FA 1GOBA 5L1IA 1Y88A 3SLCA 4CFCA 2F8TA 1HKCA 1IJJA 4CJLA 9ICSA 2F8SA 3IMXA 4G9BA 1ZBSA 5SZTA 4DR3K 8ICSA 4ECUA 5AK3A 3O8MA 3NVYA 1HPMA 2FMQA 1CZ9A 3OYEA 5AI9A 4JK1A 1QHAA 4IJNA 1A5WA 3SK3A 5DG9A 1WSHA 2XY8A 4DQPA 3N97B 5AI0A 5KFOA 3I1YA 3PV8A 4DWIA 1S1VA 1KTQA 4Y2JA 3L8BA 5EE3A 2OTLN 4BE1A 3TU5A 2O8CB 3K5MA 3O1BA 3TAEA 5JTIA 4CEZA 4I2DA 2VA8A 4FLXA 2W9CB 8ICXA 2AHOB 1B22A 1IG6A 3JPRA 4MFCA 3H45C 2HHHK 2E3TA 2I7NA 4RW9A 4QZGA 3U8XA 2QI2A 1GOAA 5JVHL 2ZE2A 3U9ZA 4UAZA 2DBYA 2JHDA 5DMRA 3QERA 5KFDA 2QA4N 1J54A 3PR5B 1ILYA 2QKQA 4BDZA 4EBEA 2NRVA 5TISU 3G25A 1BUPA 5AR0A 4LSNA 4HCCA 4QIWC 2UU9K 4YR2A 2KZZA 5AKXA 2D5RA 3LALA 3JPPA 2ZQBA 4G1QA 2OZMA 4RUCA 3QU4A 1XO0A 4B1WB 5AI8A 3SNNA 3RH4A 3QIPA 3IHQB 2KQ2A 3EUB2 4JAXA 1KD1O 1OKJA 2KVCA 1ZQMA 1NK4A 3DI6A 4ZTJA 4BR2A 3P1GA 3QE9Y 4YHHK 3TSQA 4Q8FA 4BRPA 1F0MA 1HPZA 3AVHA 3UKUB 5DBBA 4YMNA 5AQYA 4RQMA 4RU9A 3SZ2A 4JK9A 3K5NA 2BHNA 3DEEA 5KRSA 4DV7K 3M9NB 2E2OA 4ED2A 1S76D 4MEYA 2C28A 1JCEA 4KLJA 4N5SA 3G4SN 4KMUA 3ZT2A 4RQ0A 2OM6A 1J9AA 4RQNA 4Y2TA 1ZRMA 1GLDG 4BDPA 1Y97A 5C12A 1OXJA 3LAKA 4JI1K 1LWEA 3TABA 1UOCA 2Y9TA 3DYAA 1BU6O 4KLOA 4ILGB 1ZRNA 1SXEA 4CECA 4IKFA 3F2DA 5LL6Z 3EEQA 3A5OC 2RLTA 4CIFA 4UBBA 5E41A 4ZHRA 3S3MA 1NG9A 4DSEA 3IG1A 1F21A 4CBWA 2UYTA 4HUGA 5J2PA 1W7AA 3F73A 3HT3A 4BGAA 1QQMA 3HTVA 7ICHA 1SZPA 4CF0A 4ISEA 5AQZA 2VGMA 3AVBA 4M3UA 4F50A 3RR8A 5AQOA 2FSKA 3CCQN 4J9LA 1S9GA 1JN3A 4P4OA 4UATA 4M9NA 3KLGA 3JYTA 3TADA 4XQ8A 1VQ6N 3BQTA 4GVEA 4FM1A 2W03A 2QM1A 2M0NA 2GLEA 5HRSA 2O8FA 3PZPA 2GWSA 2AU0A 2B21A 2YMLA 2N1RA 1SKWA 2A3VA 8ICIA 1T6CA 1RDUA 4B1ZA 1YT3A 1ZQRA 4QZBA 4CJ7A 4RWTA 2HDOA 9ICWA 4CD1A 5EE1A 5CJ7A 1ZBIA 4I7FA 3C1YA 1V9PA 3C1ZA 2FBXA 5ALSA 1Q3UA 4RNOA 2HF4A 2W6KA 1ED1A 2A3ZA 4C1NI 2VJ4A 1C20A 4JUZA 4GLXA 5HRRA 5J0WA 2E2QA 3CC4N 1YTUA 1ZQWA 1U47A 3V9UA 3O4NA 5FP0A 4DLEA 1DTQA 2H3GX 4JV2A 3TPQA 3DLRA 3SQ1A 2JV3A 2G0AA 4YY3K 2CH5A 3SQ0A 1Z4NA 1KVCA 4GV9A 3HSTB 5ALGA 3V6HA 3EZ5A 1N60A 1TV9A 3U3GA 4YCXA 2IGIA 3O9SA 4FJJA 2I9GA 3NE6A 3GILA 4CZMA 2IVNA 5IIJA 3VESA 3HOTA 3KLIA 5JS2A 4KLGA 1XWLA 1SZ2A 3V7KA 3UXPA 4DQQA 1GLLO 1JLFA 1S1XA 3Q8KA 2ASLA 1HX1A 4JS5A 3TTFA 1N2XA 2KVSA 4NLBA 1JLCA 4IO9L 3C6TA 4CFBA 1QSYA 1ZQCA 5C2DA 4E7HA 1JXBA 2K8BB 4C4RA 2PAVA 4BXOB 1HNXK 2G8KA 3G71N 4FJKA 2EZXA 4F9OA 3QEVA 4DS4A 1IV8A 4LVSA 1J53A 2BCUA 1OVQA 5FPMA 4BRKA 1YVNA 1BQNA 3J81O 1U9LA 2HOFA 2HHWA 2P9PB 3RB4A 2Y9UA 3M8RA 3KZIU 4JI5K 4BRNA 3AL0B 4HHTA 1ZQGA 5CYMA 3DXKA 3KHYA 3DWLA 3V1OA 3L5KA 4ECWA 3C6UA 4FWMA 1QS4A 4OX9K 5HR7A 2JH1A 3MGVA 1HNVA 3UB5A 2G8FA 5AQJA 3T5HA 3RB3A 4A62A 4PGYA 4PKIA 1URJA 1C1CA 5DBCA 4FSVA 5GTHU 1KLMA 3BUZB 4CBXA 4CW7B 2QXFA 2ISOA 4CF3A 1KBUA 2E8AA 2LYHA 1R0AA 2HSTA 4IDHA 3D2FB 2DWQA 2HI0A 4FJMA 4KLIA 4Y2RA 1K8KA 3TAFA 1UT8A 3VERA 1NOZA 2BDUA 1SV5A 4QWEA 2I7PA 4CIEA 3K1ZA 4B3TK 4RT3A 4I2BA 4Y2XA 3PX0A 2LPEA 1VQ8N 3CP8A 5E84A 3H08A 5H2FU 1JKHA 3CQ8A 3RMBA 5ALPA 4PGXA 2O4IA 1TKTA 3K2PA 3PY8A 4H5NA 2CGLA 3NRZA 4RQ5A 4K41A 5CR4A 2P9NB 4JV5K 5BN9A 4NV0A 2QKBA 3UQ2A 4AF1A 3CIPA 3MN7A 4UB3A 3ZETA 5J0QA 3R9KA 5EY4A 4A2BA 4UB8U 5I42A 2IOFA 4CF8A 1ZQDA 4DEZA 2YHXA 3LANA 3K59A 3I33A 2G8UA 2ATQA 4C7YA 2ES6A 4PH5A 1MA9B 3A5MC 4KV8A 1WN7A 4KRFA 2BGGA 4BE0A 2QB0A 3RMCA 4G3IA 4CERA 2P5GA 1KFDA 2ISPA 2W43A 3PW7A 2NV3A 5AM0A 4NLZA 4I29A 2XC9A 4FO6A 2QARA 3FM9A 3TQ1A 3MFHA 4HYKA 5JLFA 4JI3K 3NVKA 3QINA 3CJAA 3NGIA 1HYVA 1Z1VA 1GO3F 3ZCMA 1YVUA 3H7IA 4E0DA 3CM5A 1HNZK 2VWJA 4YNQA 4JWNA 4DU1A 2JXJA 4MDAA 5BPLA 3WQUA 2G8VA 3MXJA 1Q46A 1HNIA 2VANA 3QDKA 2ASJA 4F4KA 2KHVA 4M7YA 4O5FA 4N47A 3SJHA 5ALFA 1NJWA 5AZJA 1X6IA 2H5XA 5AHXA 1NJZA 1Z25A 3S41A 4YMMA 5KT2A 2VG5A 2EZYA 4BRDA 1IIPA 2E1FA 4FLYA 1TK0A 3QICA 2L5YA 3LWMA 4BRIA 1BHLA 1B0XA 1ZD3A 5KG2A 4F5QA 2KOBA 2F7TA 3NF9A 5BRDA 5HMMA 5JLHA 4DLGA 3CRXA 5DB9A 3CFOA 3CMAN 2E8OA 4TUSA 5C24A 1KN5A 3LPTA 2B0CA 2E6MA 9ICHA 4AHTA 4AM6A 5BRFA 4WFAL 4LJXA 5C42A 1FW6A 5AKHA 1GLCG 3M9MB 3C6AA 3SAHA 3JS6A 1ZQSA 3ENBA 5BPMA 2OYYA 4MQ3A 4AHUA 3A8YA 2XO7A 3VPZA 1XU4A 1ATRA 4R66A 2IMWP 4O5KA 2MRLA 3I76A 2K4PA 5KAIU 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chains in the Genus database with same CATH topology
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4IFEA 1E4GT 1K73O 4QS9A 4DKWA 3QFUA 5GIOA 1VQ9N 4PL8A 2GUPA 2KICA 3AL0B 1J6ZA 2A5XA 3MWPA 2YX8A 3M6GA 3O08A 3DXKA 3PSIA 3KHYA 3DWLA 3CJ1A 4P0PB 3MCAB 3RVCA 1S3XA 3KZXA 4MLEA 4A61A 4FWMA 1K8AO 2F76X 3WXJA 3GL1A 4E1JA 3H0LB 3QBWA 5HR7A 2Q2RA 3F2CA 2JH1A 3IG8A 3MGVA 4P0QA 4JHDA 2LHTA 5AQJA 3UB5A 2CRXA 4A62A 2HBKA 3C29A 5LJWA 4JKDA 3MN6A 2IVPA 4H0TB 4PKIA 1URJA 2YHWA 1KAXA 4XEIA 4FSVA 3PSPA 3BUZB 5AQRA 1YXQA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D8B A;  4CDG A;  2HBM A;  3SAH A;  2HBJ A;  2HBL A;  2KV2 A;  4NLC A;  2E1F A;  2MA1 A;  2RRD A;  4QIW F;  4NLB A;  5C0Y A;  3SAG A;  3SAF A;  4O3M A;  2CPR A;  4QJF B;  2DGZ A;  1WUD A;  1GO3 F;  2HBK A;  4CGZ A;  1YT3 A;  2RHF A;  4OO1 J;  3CYM A;  2E1E A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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