4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords Exosome complex component RRP45
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
2E1EA 1YT3A 2HBMA 4OO1J 3SAFA 4QIWF 2RHFA 2E1FA 2CPRA 2DGZA 4CDGA 2RRDA 3SAHA 4QJFB 4O3MA 2HBJA 1WUDA 2MA1A 2HBKA 4NLCA 4CGZA 4NLBA 2HBLA 2KV2A 5C0YA 3CYMA 1D8BA 1GO3F 3SAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AK3A 3MDAA 3OYJA 3PY8A 3QXGA 9ICNA 1UPHA 1VJ5A 1DGSA 5AQMA 4JKGB 2Q97A 4BY9C 8ICFA 2ZE2A 4MFAA 1SXDA 5KFRA 5L1LA 3WXMB 2AQ4A 3U3GA 4F4ZA 3EW9A 1SZPA 4H8KA 4NCBA 4R65A 4CIGA 2YMLA 1UQVA 3V9XA 4QZEA 1OVYA 4IQWA 2FMQA 3MFIA 3AU6A 3CPEA 1ZRNA 4CGZA 3H4DA 2DUYA 4PJ0U 2Z1JA 4FLYA 1DTQA 1NG9A 5AI8A 4BDYA 1F0MA 4WFAL 3D6RA 2ZTEA 1CZBA 1D8LA 3R9KA 4ED7A 2JH7A 4W5NA 3ZEUA 1A77A 2Q2RA 1ZQCA 3ID8A 1TAQA 2DFEA 3DLBA 1ZQVA 2QA4N 1RT3A 1C0TA 3WK5A 3GIJA 4EX7A 3SJHA 3DYAA 3UXOA 4I2FA 3AVBA 4BC5A 3UQ0A 1XSLA 4KLLA 8ICBA 5AQVA 5EY4A 3E9PA 2GUIA 1QZ6A 3I8BA 1N63A 1SKRA 2JEJA 4I9LA 1GOAA 4JI7K 1CXQA 3CETA 2OA8A 2JLEA 3GZFA 2KLAA 2VA2A 4UAZA 1VSHA 2AH5A 1N2XA 1MQ3A 5CHGA 2AP1A 2QM1A 4O0IA 5EWFA 1NGJA 4IDHA 4LC9B 3Q8QB 3THXA 3C6AA 4BG8A 1LAWA 2OCEA 1QVFM 9ICIA 3IV6A 3JYTA 4ECVA 4ELTA 3CCRN 2EX3A 3AVKA 4HCBA 4YXMA 2E88A 5KFFA 2Z1HA 3ZX3A 8ICKA 4AHUA 1FEZA 4AM6A 3AEVA 5AKZA 1ZQ1C 2DGZA 1K1SA 3ZSOA 2W7OA 3F2BA 1NZBA 2Q31A 2BQUA 5BR8K 4FWMA 1KTQA 5J0YA 1TV6A 3OYEA 3OJUA 1S0MA 1VAZA 1BCOA 4FVMA 4JK7A 1DKGD 4DSFA 3KTQA 4B8AB 3J7ZO 4M63C 2W55A 2ITMA 2PFQA 2XY8A 1ZQKA 1Z4NA 2W9CA 1B9FA 4FLVA 2ZJ5A 2JZBA 8ICOA 4DFJA 3CCEN 2MUTA 2QTDA 4DOAA 4KX3A 2ZQBA 1X40A 4CZMA 3HJFA 4YN4A 4PL1A 3KLIA 3NF7A 1BPBA 1LOTB 1E4GT 4BR7A 1IKVA 1F5SA 2OH2A 1I3AA 2YMQA 1NGCA 2QKQA 1WB9A 2OPRA 5DGAA 5EVZA 1NJWA 3BF3A 3U8XA 4DQSA 1BOTO 4A2BA 4BC2A 4B3SK 4IO8A 2PXIA 5AQWA 2J6UA 3ETRA 3ALYA 1K8AO 2JWKA 1ASVA 1ASWA 5TKYA 5I9EB 2JR5A 4AYBF 3H0MB 4B3TK 4MFBA 2BCUA 4RQ0A 3JPPA 1ZQGA 3AO5A 4BXOB 2ZIXB 5ALTA 4I7FA 4F4YA 4Y2YA 1GLEG 1T94A 4CJQA 1Q8KA 1GOBA 3NHGA 2KOBA 3NS1A 5M1PA 3IHQB 4KPYA 4H0XB 2P5OA 8ICJA 4KAZA 3SAHA 1RILA 4F4KA 4CESA 5JVHL 3H8MA 1WWUA 3MX5A 4PHTX 4O4GA 2W11A 2YY6A 2HSTA 3G10A 4LD0A 4J9QA 3CYMA 2LM1A 2F7TA 2YNGA 2DTUA 2KTQA 3E2EA 3PUFA 4XH1A 3H8SA 4CFBA 1URJA 3RMCA 3RB4A 3RAXA 4TUPA 1ATSA 1L8LA 3RFAA 1NGAA 4QZAA 3EPGA 3DDHA 1KQQA 4H0OA 4IOXA 2A1JA 4RQNA 2R8KA 3QMLA 1BGXT 2BGGA 2WF6A 3QB0A 2ZUBA 4DL4A 4B9TA 2KFZA 3KVGA 4BC4A 1OKJA 3K9JA 4HYKA 3DLHA 3QEBZ 1Q7YO 2O8BB 4CZLA 4A5AA 2E1EA 4PH5A 3G25A 4CEBA 5AKKA 3RBEA 5AM4A 5CB1A 4J9SA 1A0PA 1C20A 3SAFA 3BEXA 4A61A 4AF1A 4XQ8A 4DOBA 4YOXA 5AKGA 4M47A 1NLVA 2FSKA 1NGGA 4DTMA 4AP9A 2EH9A 1BI4B 3I28A 3I56N 3PX6A 4YDUC 1X9WA 4F5NA 3HSCA 3MEEA 2DFFA 1HJOA 3PSTA 4J9PA 4YFKA 4KH6A 4ELUA 4NLCA 3IS9A 2P9KA 3QIPA 1RM6C 2P9SB 3PIOL 3CC2N 3LZIA 3M9OB 4EHTA 5M1QA 8ICPA 4CEAA 1Z1VA 5ALQA 1WOQA 2AU0A 3GG4A 4OPAA 4F9OA 3QERA 4JRPA 2JXJA 2WF8A 1BHLA 1ZJMA 3T7ZA 2E8NA 3GDQA 1HIWA 2MUTB 3BQTA 3LK9A 1DEJA 2IGIA 1KAXA 3E9OA 1YTUA 4TUQA 3BS7A 3QYPA 1T7PA 1RDAA 1S97A 4O8UA 4B9UA 3V6KA 3RRGA 3C23A 2CXYA 2Y1IA 2F76X 3RB0A 1GLJO 4QW8A 1S3XA 4IRKA 4RW9A 2MA1A 3VQ6A 1HEKA 1NI3A 4DR7K 2JGAA 3C94A 3QICA 5F3XB 9ICAA 3OS1A 4CEEA 3RB3A 1ZYQA 1NK0A 9ICWA 4M3ZA 3B0XA 1HNWK 3KLEA 3FAHA 4NL9C 3H4BA 1KVAA 4RW8A 2C2DA 1AROP 1MU2A 5FPEA 2VG5A 3K59A 1EX4A 4Y2RA 3HKZC 2W43A 5KI6A 4QZDA 2ZUCA 4DCCA 1L7OA 3CRXA 5AIBA 1ZRMA 2AGQA 2ZGZA 3UKRB 4R64A 5KFXA 1JL2A 4K0KK 1TE2A 2FSNA 3M8PA 3SBTA 4DV6K 3ETLA 2P9NA 1QE1A 1TL3A 3NRZA 4I27A 4IXCA 3HI0A 5CP2A 4I2CA 1SAZA 2BCRA 4NLBA 3QX7A 8ICRA 1QHAA 1ZXOA 2FXUA 4YCXA 4WE1A 9ICCA 4C4TA 1T6DA 3CHWA 2W8KA 3CJBA 3N7PD 1M1KO 4QW9A 4M3YA 1JMSA 5J2CA 2UVRA 1KSPA 1JLQA 3V7LA 2HHXA 3IDHA 4YMMA 2P9PA 4NWIA 3H8WA 4DMNA 5GINA 2NLXA 4Z4CA 4G9ZA 3DI6A 2CH6A 4RU9A 1KVCA 3DXKA 3R6MA 2YX6A 1QH9A 5AQNA 3LZJA 4DU3A 1ILYA 2Z1IA 4IOCL 4CK3A 4FJ5A 1IG6A 1MA7A 1D9FA 3KHLA 2ZTDA 5IINA 4Z4EA 4DTNA 2W6KA 4UASA 3OYAA 4PGYA 4EYIB 2I1QA 2QI2A 4DHYA 3HM9A 5KFUA 2XGPA 4I28A 3IM1A 3FZHA 1BCMA 4CF0A 3DM2A 4P4PA 3QUBA 4I2IA 3Q8PB 3D2EB 5C15A 2WB1F 3THVA 4LF8K 4CCHA 4UATA 3LDLA 4H0PA 1BPDA 4Q45A 1RTJA 3QEWA 3OGUA 4KHSA 4JV5K 2ZIWB 4Q0BA 3ULEA 3S3MA 3C6HA 4FS2A 4OKEA 4DQQA 3HOTA 3TWHA 3VQ7A 1V97A 2IBKA 2E2QA 1LB2B 1YJWN 4MO4A 4ISFA 3QU4A 2K8AA 1GLBG 3VQCA 2HVIA 2KZ3A 3LWLA 2YHYA 4H5WA 4NO7A 3NAEA 4LFBK 1QQ6A 4JYAK 1YITN 2HBLA 3DRSA 4FSVA 1S0OA 4YXJA 1RT4A 5AQXA 4RG8A 1B4FA 1X3MA 3H1QA 3SBGA 3PSFA 4DL5A 4CE6A 2UU9K 5C12A 4EX6A 2R8GA 3HILA 4R66A 2JEIA 5FROA 3O3HA 4FWSA 3PSPA 3VETA 2N1RA 3O4NA 3V9SA 2KQ2A 4W5OA 4B8CA 5GAEP 2BCVA 4FBUA 2LMRA 1VQPN 2HW3A 3DLLL 2I5HA 4KX5A 3FZKA 3L2VA 5HOOA 2ZGYA 2WAQF 3JPTA 3ZETA 3AU2A 1U6ZA 3IKMA 4J2DA 4KV8A 3MGHA 4KHNA 2ZTCA 3CQ8A 3CFRA 5J0OA 3V9UA 4E1JA 2K4PA 3QEVA 4O3RA 7ICIA 3DMJA 3KKSA 2YMMA 2AXTU 1QSSA 1X9SA 7ICJA 5ALMA 1NK8A 3EUB2 2OWOA 5DG8A 4BRMA 2EDUA 2BQRA 1HUXA 5AQHA 4K43A 4DO9A 5ADXA 4F2RA 5AQYA 2VYPA 3DLKA 4E7IA 4HCCA 4N47A 3SUPA 4RZRA 1J53A 2Q0RA 4IZ9A 3L4PA 3CCVN 4NV0A 2NYVA 1HNIA 2VQFK 4FK4A 3KD1E 3UKRA 3UXPA 3RJEA 3OYBA 4BRCA 1KD1O 1RDDA 3TR8A 2BZFA 1T6CA 4NXMK 1Q9XA 2R8HA 1X66A 4LF4K 2A40A 4MDAA 2GLEA 1XNSA 2KV2A 1WAJA 2MSNA 3OPXA 4NY8A 4KHYA 1YJ9N 1SXEA 3I1YA 3TSQA 3J7YP 5IILA 3HW8A 4KITB 9ICUA 3VQPA 3VGMA 3JPNA 2AGPA 2FDRA 3K1ZA 4JAXA 4ED8A 2RN2A 4RCHA 2KHQA 5HHHA 4BR0A 5KFTA 4O5FA 4CNQA 3UB5A 3T5JA 3U6FA 4QZFA 4FZNA 3E1YA 4ECWA 2ZG6A 4FJKA 4E7HA 3CMEN 4XEIA 3GIKA 1ZQIA 5KFMA 1YVNA 2QWLA 2E2OA 3CP8A 1YI2N 1IO2A 4Y1CA 4KHQA 1C7YA 3VTIA 5GADP 3CW2C 3SD7A 3VOVA 1ZQBA 1VSDA 3TSPA 1RQLA 2PBDA 3UKUA 3VQ4A 3K5MA 1NKEA 1ITGA 3KHHA 1BQNA 2HMXA 3UKUB 3MN7A 3F53A 4X62K 3VERA 9ICQA 3AGRA 3CPWM 2G06A 4DOCA 1PK1B 4ED1A 4YNQA 3DJCA 3IMXA 4E1MA 3NASA 3JPQA 1AQ6A 1O13A 2ZIWA 4BRLA 3L2WA 4DTPA 4KHPK 2HVHA 2YB4A 1VRUA 1T44A 1BNPA 3WU2U 3UIQA 1P7DA 4CJ7A 1IG9A 4GFJA 2RF2A 1CLQA 7ICFA 4BWMA 3ZT1A 2NV3A 1NK4A 3RJKA 3V72A 2KKVA 1BIUA 3O9TA 3MGIA 1ZD4A 2P5GA 5H2FU 2X6NA 1VSMA 2KICA 1X42A 8ICUA 2DQNB 4DSKA 4IR1A 4KLJA 9ICVA 3AARA 3H3OB 4RQ5A 1SL2A 2AA4A 5K4LA 3L5KA 2KFNA 2IDOA 5AKEA 2G5IB 2XY7A 5J8YA 2HOIA 3M3ZA 4A62A 2CH5A 4A5BA 1HX1A 1M6YA 2R8IA 2ZJ8A 2KHOA 3ZDCA 3RJIA 3ATVA 3WXIA 3CCLN 1DT9A 1WSIA 1CEZA 3ZX0A 3C1ZA 2YX8A 4GKKK 2ASPA 5AZJB 5ALEA 1COOA 3CJCA 3ISCA 4PWDA 1C0FA 4U6PA 4QNLA 3H40A 3GV8B 3P1GA 1B92A 5AIAA 2I7PA 2UUBK 3WKAA 3QNMA 4BRKA 5LJWA 4CJVA 1N60A 1IXRA 4O9MA 5ALIA 2FMSA 2DFHA 5DDMA 2XRIA 5J0UA 2KVCA 4OGEA 5TISU 3PW2A 5AM5A 2QW9A 4I6MB 4CGGA 1S5LU 4OLAA 2GTDA 1JKHA 4MO5A 4OCZA 4OKJA 4TQRA 1GLDG 2HNDA 3OYMA 3FZFA 2A19A 4BRPA 4FWPA 3CMAN 1LVHA 3M6ZA 5ALZA 3P4IA 4PA1A 1B9DA 1OH7A 3WKDA 4QWCA 1Y64A 5HNKA 4M3UA 1KFSA 4LSNA 5J0XA 4ACOA 4ECXA 1X9MA 4NLKA 4FWLA 4BROA 1IBMK 5EE0A 4FW2A 3GV7B 1S1UA 5L9XA 3TARA 4WYBA 4GXIA 3NGZA 5KFVA 5GIOA 1LAVA 1L7NA 5KG3A 2J6SA 4QIWC 5AM3A 5KQ8A 5ALXA 4Y2VA 1QQ5A 3A0IX 3THYB 3QU5A 3VF4A 4OPHA 1QSLA 3F2KA 4FWNA 3O8MA 3SMSA 1TK0A 3CC4N 3THWA 3AVCA 8ICYA 3O0FA 4EEKA 1ED1A 3VC8A 5KFGA 4KRFA 5D3GA 3WEEA 8ICLA 2YTUA 2B6GA 4NL9A 5J2DA 3BJYA 3D2FB 3NBPA 1P8ZA 3V1RA 1EXNA 1W97L 3SZ2A 2VWKA 4Y2XA 1NBWA 4GMJB 5IT9O 3DV9A 2QWPA 3BY5A 3A2FA 5C42A 5KFOA 2F2AB 4M7XA 1QCKA 5DG9A 2IVOA 4O0JA 3NE6A 1TV9A 2G8HA 4CHZA 5KG1A 4IRCA 4CHPA 3I0SA 1R0AA 2KMDA 1ZOLA 2KIWA 3QEXA 1XNQK 5FPMA 4CJTA 4FVUA 2DF4B 4YQWA 3ISBA 5HLFA 3HP6A 3EPIA 2UXCK 4Y2QA 3BQ2A 2K4IA 1HKCA 4CHOA 3K4GA 3OYHA 3NVYA 3OA9A 2QWOA 3TI0A 4RPZA 2FBTA 1UWBA 5BPNA 3OHAA 4BDPA 1HNZK 5DBBA 3I76A 2D4WA 1KL9A 4ICAA 1HYVA 3JPSA 2HMIA 3OBWA 3ZT4A 2A5XA 3NUQA 1RDUA 2WB1C 5CRXA 3HVRA 4CBXA 2H3FA 8ICHA 1HYZA 4Z4IA 3LDSA 2FI1A 4KI4A 1CI4A 3R9PA 4RNMA 4UBBA 4M9HA 2Q3SA 4ISEA 2PZSA 3BUZB 4JD2A 4DQ8A 3SQ0A 3O6WA 4KN4A 4ECUA 4PGQA 2UVVA 4XH5A 3QNNA 2QK9A 5JS1A 2NO5A 5J2BA 3O9SA 2LSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E1E A;  1YT3 A;  2HBM A;  4OO1 J;  3SAF A;  4QIW F;  2RHF A;  2E1F A;  2CPR A;  2DGZ A;  4CDG A;  2RRD A;  3SAH A;  4QJF B;  4O3M A;  2HBJ A;  1WUD A;  2MA1 A;  2HBK A;  4NLC A;  4CGZ A;  4NLB A;  2HBL A;  2KV2 A;  5C0Y A;  3CYM A;  1D8B A;  1GO3 F;  3SAG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SYZ A;  4WQ5 A;  3H6E A;  4MLH A;  1QQM A;  5AQR A;  2F1J A;  4IS7 A;  4NXZ A;  5JRT A;  3HT3 A;  1RBR A;  4NM1 A;  2HHV A;  1COK A;  3GE1 A;  4PUO A;  3CCM N;  3HTV A;  4JS5 A;  2IOF A;  3TAD C;  1CXU A;  2KHV A;  3CQX A;  2E1Z A;  4ISG A;  4DF8 A;  5BN9 A;  5KFN A;  1Q46 A;  5AQT A;  3NVM A;  4UB8 U;  3MCA B;  1NGF A;  2MU2 A;  2PFN A;  2DBY A;  4RQ8 A;  5AZI B;  3LDN A;  4Q8E A;  3UMB A;  1NM1 A;  4Z0U A;  3WQU A;  2W3S A;  5AZI A;  1LV5 A;  2P9U B;  5J0P A;  3NFA A;  1Q8I A;  5DLG A;  3L3V A;  3ZSW A;  2IA6 A;  2FLL A;  1KW4 A;  4YOW A;  1JCG A;  1NU0 A;  5FRM A;  2G8K A;  1A5W A;  3J81 j;  4JV1 A;  2HMP A;  2AHO B;  9ICP A;  2QB1 A;  1ZQJ A;  4OJ6 A;  2H3V A;  2H3Q A;  4JHD A;  1SZ2 A;  2I7N A;  3CCU N;  4JHD B;  3HP9 A;  1SS6 A;  1RT7 A;  1KBU A;  2X74 A;  2ASJ A;  4YD1 A;  5I42 A;  3W3D A;  9ICM A;  3MAB A;  1YUW A;  4AYB C;  4CBU A;  2OPP A;  2RE2 A;  1RYU A;  4J9O A;  4GW6 A;  5DM6 L;  5KTQ A;  2JWL A;  4DL3 A;  2W41 A;  1ZBI A;  3GV5 B;  1UAX A;  1N62 A;  1Z4O A;  4DSI A;  2FLN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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