4OO4A

Crystal structure of human thioredoxin mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPCKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDCADVASESEVKSMPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Thioredoxin Mutant Displays a Dynamic N-terminal Loop Surrounding an S-nitrosation Site
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 40
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4oo4A00
3GTUB 1JZDA 3F6FA 4KE3A 3GURA 1GSEA 1G0TA 3D4TA 3GUSA 2DC5A 5DQSA 3ZIJA 1HNAA 3FZ5A 3FZ4A 3KH9A 2LQQA 2KLXA 1ERVA 3QAWA 1M2DA 3K8NA 4NWYA 5CO3A 5DDLA 2LJKA 4J57E 1X0RA 4MCUA 2LKUA 3J7Yk 1UC7A 2JZTA 2I3YA 3UBLA 3ERGA 2IMKA 1AXDA 4E8EA 1AAZA 3HKRA 1VRSD 2HT9A 5F05A 1OC8A 2X8GA 2QGVA 1Z6MA 1XIYA 3A2XA 1NW2A 2VCVA 1Z9HA 1SJ6A 3G9BA 1USBA 3MNGA 2F9SA 2HYXA 1TTZA 1AC1A 1YQ1A 4MF7A 1FOVA 8GSSA 2A2RA 4OD7A 3CTFA 5AN1A 2YJHA 1PKZA 1RW1A 3KJYA 3DYRA 3FRCA 4EKZA 2DIZA 1N2AA 4GWRA 2FWFA 3IK9A 2VIMA 4MPGA 4ZB9A 1SJZA 2HZEB 1O8XA 1GSFA 5HR1A 5KN3A 3V1WA 4POKA 1H4OA 5D9XA 3M8NA 2L6DA 1QQ2A 1JZRA 4KH7A 1YY7A 2H30A 1OE8A 5G5EA 4NHZA 3F63A 2R6KA 5F06A 1PRXA 3EWLA 4F2IA 1GTIA 3F3RA 3HD5A 5CRDA 2P0GA 4KUNA 2H6YA 5ID2A 1F3BA 3F0IA 2DLXA 2VOCA 4FYBA 2VLVA 4YQVA 5JWQB 2G2QA 2X8HA 4XCSA 4WBJA 3I43A 1Z3EA 5D9WA 3PINA 3UJ1A 3TJBA 4BA7A 4I2TA 2JU5A 2C3TA 5AISA 2B5XA 2CX3A 4ZB6A 1VF2A 4HEA2 3ZMKA 5IPHA 4NPBA 3GSTA 2GZPA 4Q5QA 3UAPA 2CX4A 3PGTA 4YQUA 1Z5YE 2H0HA 3VFIA 16GSA 3MAKA 4XS4A 4MF5A 5JCWA 3ZLPA 2WDUA 4YAPA 2MYGA 5IIZA 2WS2A 1PSQA 1B8XA 4BWQA 3M9JA 3APSA 2GTUA 2D2ZA 2B5YA 3KH7A 2C0EA 3A2VA 3M3MA 1AQWA 1PQNA 2IL3A 2L4CA 1EOHA 3EE2A 1Z7RA 4MP4A 1Q4JA 1FVJA 2LEGA 2V6KA 3L9VA 3LYKA 1TW9A 2R4VA 4J2FA 1K3LA 3GKMA 3I6AA 14GSA 4TXOB 3C1SA 1SJIA 1LJRA 2VUPA 4KDXA 3DXBA 5GSTA 2P5QA 4TVEA 1T00A 4PURA 2DMMA 2K8SA 1XW9A 4OFNA 3O76A 2H70A 2X99A 1UN2A 3ZZXA 2KHPA 2FWGA 2L59A 4OCEA 1SL0B 4DVCA 5ECPB 4I8BA 5J4UA 3D5JA 2CQ9A 2XC2A 3APQA 4L5OA 6GSWA 3VLNA 3FW2A 3C8EA 4K1FA 2GSRA 3R2QA 3RPPA 3GX8A 1JHBA 1WMJA 1WOUA 1O8WA 4HI7A 3DRNA 3U5RE 1BX9A 4LMWA 2CA8A 1X9SB 2FD3A 5HR0A 4E8HA 2H6ZA 1SYXA 2GVPA 1SD8A 2WJUA 1ZMAA 3VWXA 3ZRDA 2KUCA 2DIYA 3F6DA 1TK5B 4H86A 2R2JA 1T1VA 4DSSB 2VL9A 4XRAA 1PL2A 1TOFA 1EWXA 1MD3A 1V40A 3IK7A 2H74A 1V58A 1SENA 2XHFA 2IN3A 4PQIA 1AQXA 3C73A 4K0NA 4MDCA 4N11A 4PUAA 2R37A 1A8YA 5CYYA 3D21A 1GNWA 3RAZA 3ZL5A 2GT5A 5DALB 3HVXA 3TOTA 4AJ6A 1ERWA 4O7HA 3TKRA 5G30A 2P5RA 1YJ6A 4I6XA 3ZREA 4N30A 2AUVA 1XWGA 2P31A 5B8AA 2F51A 4HS1A 4RI7A 2Z9SA 3KTLA 3CYNA 4Q5NA 1GSSA 1BYEA 5EVOA 3ZFLA 2OADA 4IGJA 4O32A 5LCZA 3ZFBA 3GN3A 4GLTA 2K18A 5JCGA 2M46A 1VGLA 4KA0A 2ZNMA 1U3IA 1MDIA 4TN8A 3IAM2 6GSVA 2AAWA 1F3AA 4GCIA 1PD21 1I5GA 1GSYA 1SL2B 1EZKA 4K7NA 3UBKA 2H8LA 3CBUA 3ME8A 2EIQA 3F4TA 1B48A 3HZ4A 1SU9A 4AJ7A 1ZOFA 1GULA 3TCOA 4DSQA 4OFMA 3EVIA 4EE0A 2YN1A 4EUYA 3DD3A 4OO5A 4MF6A 5DVBA 20GSA 4N10A 3GH9A 4XHMA 2PUKC 3LEFA 2VCXA 2HXKA 3IE3A 2VM2A 3VPTA 3HYPA 4MMMA 4AF2A 2JL4A 4JZQA 2JADA 2E2GA 3ERWA 1NSWA 2VL3A 4MA9A 1XWAA 1XBSA 2O8VB 2YV9A 4F0CA 3KMOA 3HA9A 1OVNA 3IOSA 1YZXA 4OFTA 2GLRA 4AJ8A 3UOMA 1GUHA 1VF4A 5ECIB 1B4PA 3KTBA 1U87A 2AYTA 1EEJA 3KMNA 5B8BA 6GSTA 2HRNA 3HJMA 3H79A 4TR1B 1EP7A 2JSYA 2WFCA 1M99A 4ECJA 4ZILA 3FYGA 5IM9A 1K3OA 1NHYA 3F3QA 3ZMLA 2L5OA 2HZFA 5JWOB 4Z7XA 2I1UA 4IP1A 1YF1A 1ZGNA 1R26A 3P90A 2LNSA 2MMNA 3HCZA 2FUG2 4NHWA 4L0WA 3FR6A 1LU4A 3LJRA 5EY6A 1F9MA 2RUEA 4BL7A 4GTUA 3J7Yb 5EPFA 3QFAC 1ZYEA 3LORA 4JR4A 3TKSA 4GF0A 4PNGA 4XS1A 2ZUPA 5ECKB 5JWRB 1WIKA 3DGQA 3NIVA 1GSUA 1FG4A 4WXTA 2WRTA 3DIEA 1XW5A 1S3AA 2YWOA 1KEBA 3KP9A 3Q6OA 2GQKA 5ECOB 2VLTA 4NV2A 1FB6A 3IDVA 4MJCA 4PQHA 3D22A 3RHCA 1PKWA 1T8EB 3WGDA 1TK8B 3FR9A 3P2AA 2TIRA 1A24A 3UARA 2HZEA 13GSA 2I4AA 1N8JA 1PN9A 2C3NA 5AIVA 3M9KA 1I9DA 3CXGA 3GNJA 3IAS2 4PUFC 1WP0A 1EP8A 2EIOA 4HDEA 4CHSA 2EIRA 1O81A 4EDZA 2IIYA 1J0FA 1FB0A 2B7KA 4IS0A 2RUFA 3M0FA 3IRAA 2HRFA 1NM3A 3C7MA 4IELA 2IMEA 1SKRB 2LUSA 3Q19A 2CZ3A 4K0GA 2QSIA 3L0HA 3LG6A 3LXZA 3GYKA 1R7HA 3LXTA 2HSYA 2DBCA 1XFLA 4BWSA 4OO4A 3TRQA 1X5DA 1T7PB 3ED3A 3LFLA 4IQAA 1ZYQB 4WKWA 2GSSA 1T4YA 4MZCA 3IR4A 2ZCTA 4NV5A 2O87A 5GSSA 1MDKA 3F4RA 1XOAA 1VF3A 4JEDA 5D9TA 2NBSA 3APOA 3ZVJA 3QPMA 1K3YA 3ZVJD 3GV1A 3GMFA 4TOPA 1SYRA 2GSTA 2V32A 4IKHA 4PGTA 3KP8A 2PVOC 1K0AA 1TU8A 3FK8A 4Q5FA 3CMIA 3W6GA 5HR3A 2PERA 2OA7A 3SBCA 4KX4A 4D73A 2FA4A 5ABRA 4QQ7A 4YH2A 3EU3A 4KCEA 2DMLA 3S9FA 4TXOA 3C71A 3RHBA 4ZB8A 2VD0A 4ZXGA 2O89A 4EVMA 3WT2A 1THOA 2VCQA 2R3XA 2H66A 4MZWA 2L5LA 4OWYA 4JRRA 1TRWA 1GTUA 4IHUA 18GSA 3TUEA 5KN0A 3VWVA 1HYUA 2GT6A 6GSYA 3Q74A 3FZ9A 4ILFA 3TKSC 1PGTA 4JE1A 1O7UA 2MZCA 2LV3A 2CT6A 3DWVA 1G6WA 5D96A 5IQYA 4EO3A 5D93A 3VK9A 2ON5A 3DKSA 2YOIA 3KGKA 2RLIA 1PA3A 4D73B 2B3SA 5HFIA 5G1KA 1A2LA 3HVVA 5CRGA 1OE7A 4N0VA 1X9MB 3CRUA 2L57A 1ERUA 1T3BA 3F9UA 5A5KA 2GQLA 4YQMA 1F2EA 4DEJA 2VD1A 1TRUA 4DSSA 5IMCA 3ZTLA 1K0NA 4RQXA 4GSNA 2GS3A 1SD9A 3C1RA 1BEDA 1XVQA 2WULA 4BPYA 1R4WA 1KTEA 4ZL9A 4L0UA 2YNXA 1MEKA 3IXRA 2HI7A 4DSRA 1WRYA 3MDKA 5FWGA 5J9BA 2E7PA 1KNGA 3TDGA 2B6MA 5ECRB 3CSHA 2FA8A 5DALA 3QAGA 2YZHA 2VLUA 2CVKA 4HU9A 1J08A 5D8IA 5J5NA 2CV4A 5FHIA 2C0DA 2DJ0A 3TOUA 3QCPA 3G7JA 3PR8A 2PBJA 1GWCA 2YP6A 4WR5A 1HD2A 3FKFA 2DJKA 1QUWA 1KBNA 4HJ2A 5ECNB 4TR4A 2YPMA 1DBYA 1GSQA 2LS5A 1R5AA 4TW5A 2OE1A 4FO5A 1BJXA 1SK2A 4ML6A 3QMXA 3D4MA 5ENUA 5LD0A 1JZOA 1S3CA 4FIWA 1ON4A 4WEYA 5IO2A 5IPGA 3CSIA 3FZAA 5ECSA 1J9BA 1XW6A 2OKAA 2LNTA 2X64A 3WD6A 1PL1A 1Z6NA 3D0ZA 1QK8A 2PGTA 4K7OA 2O85A 3ISOA 4MPFA 2NVLA 5IMVA 4X0XA 2PPTA 1X5EA 3FY7A 4KDYA 3L9UA 3WT1A 1HNCA 3A2WA 5ECHB 4KSOA 1GUKA 1FO5A 4KNDA 4MJBA 3EMXA 2LRCA 1K0DA 2H71A 4P3YB 5ELAA 5KEJA 2GZYA 3IC4A 3GKNA 4HZ4A 1ACVA 2LRNA 2H73A 2LSTA 1V9WA 3HJOA 3FR3A 4MZBA 5E59A 1YF0A 5G5FA 1GP1A 5DBQA 4POLA 1SKWB 3TJFA 2BTOT 1UVZA 1SL1B 4POBA 1GSDA 1ERTA 2E2MA 5CNWA 1BAYA 3EINA 1WWJA 4TR1A 4AGSA 1V2AA 3IBHA 3GIXA 17GSA 3GL5A 2AHEA 4GXZA 2V1MA 1WPIA 1GRXA 2IPAA 2VCZA 2REMA 2H01A 4KSMA 5IMFA 4X1UA 1NHOA 3QR6A 2PWJA 5DCGA 2FY6A 2C80A 1TK0B 4YAVA 2H1DA 2VL2C 1THXA 1K0CA 3W8JA 4KCAA 1A23A 3CTGA 1OC3A 5F0GA 5J3RA 3GKXA 1JFUA 3RPNA 1OC9B 4ZL8A 3A5WA 1GLQA 2L4QA 4LA1A 1T4ZA 1GNEA 2L6CA 4V2MA 1YEXA 2LJRA 5J9CA 5DAKB 1TJDA 1OKDA 4HQSA 5ELGA 3L4NA 2XPDA 5AGYA 1XWKA 1TDIA 5F8BA 2CAQA 2OJLA 3IV4A 2TRCP 3JCML 1JZWA 2DJJA 4XTSA 1U3AA 1TKDB 1A8LA 1M7TA 4V2LA 1PX6A 3TRPA 4RQRA 4MJEA 4OCFA 5B6MA 4I2UA 2FHEA 2HFDA 2E0QA 1PMTA 1TP9A 4LLRA 3GRXA 4MK3A 3I9V2 4LMVA 4POMA 5A4WA 1QXHA 1JLVA 1Q98A 1TU7A 1EOGA 3ERFA 2WB9A 1U6TA 1XWBA 2JACA 3VWUA 3G7IA 2H75A 1M9BA 2YWIA 5CP1A 7GSSA 2MBTA 3DVWA 2RM6A 2H1GA 2H1BA 3G7YA 3BCKA 2MBSA 3UL3A 3LGCA 2BJXA 5D9VA 5B6NA 1A0RP 6GSSA 4IBPA 4G10A 3GL3A 4F0BA 4G19A 2F8FA 3WGEA 4ULXA 3UIWA 5H5SA 5KN1A 3NOFA 1XZOA 2K9FA 1SK1A 3HDCA 3OR5A 2HE3A 2V41A 2KP1A 5KN2A 5JCUA 4ML1A 4GSTA 4RI6A 3GFKA 2IFQB 4HU7A 2H19A 2H72A 22GSA 4ZBDA 2OBKA 4QL9A 3GSSA 2VAFA 3HZ8A 2B1KA 3H1NA 2HNLA 4I97A 1V57A 12GSA 2C4JA 3UVTA 5L71A 3QAVA 4I5QA 3H8QA 4J56E 4MH2A 5A4UA 5ECLB 3EU4A 2MMZA 2IJYA 3F4SA 1B9XC 3TGZA 4N0ZA 4MLYA 3GA4A 4NAXA 2RM5A 4RUVA 3DMLA 2N5BA 1F6MC 4GRFA 2XBQA 5IMZA 1GTAA 11GSA 1H75A 1YKCA 2OACA 3D6IA 4KAEA 1OAZA 3BCIA 3O3TA 2BMXA 4KGIA 4WF4A 1W89A 4HJMA 4QL7A 5IOWA 5GAPD 3L78A 3TJKA 2CVDA 3BJ5A 4FYCA 3BD2A 9GSSA 1DE2A 2RIIA 3W8SA 2IMDA 4JU5A 2YV7A 2OBIA 5HQPA 2XPEA 2IMIA 2GQMA 5IOXA 4ID0A 1OKTA 2AV4A 1G7OA 2YWMA 2KOKA 4IJ3A 1CQGA 1BQ7A 5A4VA 3TB2A 1K0OA 3KCMA 2A2SA 1XOBA 4EL1A 5CAXA 1BG5A 2M80A 3IA1A 3GKKA 1ZL9A 3QDNA 2FNOA 3UVHA 1DSBA 3ZYWA 5C00A 3KD0A 3MWHA 1AUCA 2LQOA 2LTKA 4EC0A 3I69A 2F3MA 1MDJA 4MH3A 4ZIJA 4PNFA 1X5CA 4XIHA 4TRXA 3LYPA 3BBYA 1EEMA 5H5QA 2X8CA 1A0FA 2IMFA 1B9YC 5HFGA 2GDRA 4FH8A 4ECCA 3TKSE 4MABA 1IYIA 1YEPA 3EMPA 1SKSB 4JBBA 4F9ZA 3EURA 1ZCPA 3GH6A 5ID2B 5FT3A 4G2EA 5GZZB 3BOAA 4IVFA 3L9SA 2C0FA 4OMVA 1A2JA 2WZ9A 1G7EA 2HLSA 2VCTA 2B1LA 3GHAA 2VO4A 2FWHA 2F8AA 1EV9A 1AW9A 1IYHA 5HR2A 3SWLA 2MMAA 4IN0A 4WF5A 1OYJA 1QFNA 2H6XA 2K6VA 5ECMB 5HFKA 1FVKA 1MTCA 1X9WB 2FGXA 1YDKA 2GSQA 3IHQA 3N9JA 2VL2A 1M0UA 3ME7A 1DE1A 3VI7A 1O73A 2DSAA 3A3TA 1WJKA 4IW9A 4TR0A 4EDYA 3LSZA 5INYA 2J9HA 3M1GA 4ZBBA 2ON7A 3VWWA 5C04A 4XS4B 4F82A 2PVQA 3KM6A 1GUMA 1Y25A 1RQMA 2QC7A 2H76A 2VM1A 3RBTA 1U88A 3CSJA 2A4VA 4GQCA 2LJAA 3E0UA 3KZQA 4NXIA 1XVWA 1EGOA 3PH9A 5H5RA 3UMAA 1XCCA 5GAND 2EC4A 1HQOA 3DVXA 3HY2A 5COHA 1GTBA 5G31A 3H93A 2YANA 2YZUA 2NDOA 1DUGA 2WCIA 4IQ1A 4EXJA 2XBIA 2H0GA 3E9JB 5EL8A 3E3EA 3FHKA 4IP6A 1TI3A 3NZNA 19GSA 3VPQA 1G6YA 5IMAA 5G1LA 2J23A 4TKYA 4LL1B 5ECQB 4K8MA 1M2BA 4ISDA 3VI5A 5E4WA 1GLPA 3TJGA 1F37A 5B7CA 2V6OA 3Q18A 1E6BA 4O5RA 10GSA 3KXOA 5CRWA 2H0IA 2KP2A 1V98A 5J41A 2V2GA 1QMVA 2DJ3A 4V1Ap 3HHVA 2N5AA 1GL8A 4ACSA 4XRDA 4KDUA 2M72A 2TRXA 2FCHA 2ALBA 2B5EA 1FW1A 1ZZYA 4ECBA 3TKQA 3N5OA 1URMA 4K7IA 2K8VA 3TKPA 5AIXA 4KB3A 1W4VA 1VF1A 4CDOA 1Z7PA 2DJ1A 4TXVA 3EC3A 3US3A 1UA5A 2I9HA 4G9HA 5DJMA 3RDWA 2AJQB 1CQHA 1JLWA 1WE0A 4NMUA 1SK0A 2VCWA 4EF0A 1ABAA 1AIUA 4K2DA 1B4QA 4TR3A 1XXUA 4HOJA 3HVSA 2C8UA 3DEXA 1A2MA 1MD4A 1TRVA 1OC9A 2PU9C 3GX0A 2YCDA 2NTOA 3HXSA 1K0BA 5IMDA 2CZ2A 2QKEA 1M2AA 2H1AA 4HUAA 4O92A 5DAKA 2JZRA 5G2ZA 6GSXA 3IPZA 3QOUA 2IWTA 3ZIVA 4L5LA 3HJPA 1EGRA 1FHEA 1PX7A 5CREA 4HZ2A 4BVXA 3CRTA 4V2NA 5CRHA 1EV4A 1ST9A 3VURA 3P7XA 2C3QA 3O6TA 4HQZA 4KW6A 4WBRD 5DCHA 1LBKA 2I81A 2R5GA 3EYTA 4GSSA 5IO0A 3KIJA 2B7JA 4MJAA 4WETA 4PX1A 1GH2A 1TI1A 1R5PA 4GQFA 4K6XA 3AY8A 2JZSA 6GSUA 1HNBA 1QGVA 4F03A 2ES7A 2PN8A 3LQ7A 3QFBC 1XWCA 2OE3A 1FAAA 4L8EA 2JSZA 2GZZA 2YJ7A 5DQYA 2CAIA 2CVBA 2FWEA 1S3DA 3QD9A 3F8UA 3TJJA 4CW9A 1K0MA 2C0GA 1O6JA 3FEUA 1TRSA 1ILOA 4PQ1A 3U6VA 2PMTA 2AB6A 2YWNA 2WGRA 3GTUA 2FLSA 2GGTA 1M9AA 2C1YA 3KEBA 4ECIA 1YKAA 2O7KA 4ZL7A 4WR4A 1C72A 4IJIA 5LNKe 2NPBA 4V1Ag 4XS6A 4Q5RA 2OE0A 4ZBAA 3P8WA 3UEMA 1O85A 4JR6A 1ML6A 5DJLA 2G0FA 1AQVA 3WYWA 1RK4A 2LRTA 4BVYA 4FYUA 1E2YA 3LWAA 2IFQA 5D73A 3TRXA 1XPVA 2N5FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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