4OO4A

Crystal structure of human thioredoxin mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPCKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDCADVASESEVKSMPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Thioredoxin Mutant Displays a Dynamic N-terminal Loop Surrounding an S-nitrosation Site
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4oo4A00
4EUYA 1YQ1A 3AY8A 3KP9A 2C4JA 4OD7A 2A2RA 4X43A 4XRDA 1OC3A 4QQ7A 4KSOA 1UC7A 4IW9A 4N0ZA 14GSA 2YOIA 5EPFA 3BCKA 4I8BA 4IS0A 3IHQA 5ECOB 2ON7A 1FAAA 3APQA 2VCQA 1S3CA 2H72A 5H5SA 3UMAA 3IK7A 3QD9A 4KCAA 3F3RA 2CX4A 2O8VB 1AQXA 2LEGA 2YWMA 2HT9A 2IMFA 4MF7A 3GKXA 2HYXA 3EINA 4EDYA 3ERWA 2AYTA 1GNEA 5CRDA 4XCSA 3MAKA 1PA3A 5KEJA 2ES7A 1HD2A 3CRUA 4IN0A 2RUEA 3EU3A 1YJ6A 1F3AA 3ZL5A 1W4VA 2WZ9A 2ON5A 1AAZA 4J57E 4ZL9A 1EGOA 3S9FA 3VK9A 3HZ4A 4KE3A 2XPEA 3UOMA 4TW5A 4BPYA 3DYRA 2WFCA 4OFTA 2J23A 4I97A 3UVHA 1Q98A 2HI7A 2KLXA 3UAPA 3FZ4A 2ZUPA 2IMEA 1VF4A 2IMKA 1M2AA 2VD1A 2NBSA 2QKEA 4PUAA 2DJ0A 1EZKA 3IPZA 4HQSA 1V57A 1E6BA 3BOAA 3MWHA 1K0MA 2DIZA 1T4YA 4NHWA 1XWCA 3QMXA 3QCPA 1OE7A 1NM3A 4ULXA 3IRAA 2PVQA 3FZ5A 5ECKB 1CQHA 2L6DA 2E0QA 3P8WA 3HCZA 1NHOA 2C3TA 5JWQB 2C8UA 1SJZA 3L9SA 2O87A 1SK2A 3SBCA 5IO2A 4MMMA 4LLRA 4TR0A 3H4KA 3D6IA 5JCWA 3M9KA 5G5EA 2B3SA 5HFKA 5IOXA 2MBTA 4YAVA 1URMA 1Z5YE 1OKTA 3EE2A 2O85A 1M7TA 3UL3A 4G19A 3IAM2 3LQ7A 4F9ZA 4IP1A 5ECIB 5ECNB 4ECIA 2PUKC 1UN2A 4IQAA 2KUCA 5KN0A 1A2LA 2CVDA 2N5BA 4V2MA 1XWAA 4K9ZA 4IJ3A 3VWUA 3N9JA 2XC2A 4HJ2A 4L0UA 2B7KA 4X0XA 2JSYA 1SD9A 3D22A 5GSTA 4IELA 1WIKA 2CAIA 2MMOA 2RIIA 4KAEA 3LYPA 1ERTA 3BD2A 2B1LA 1G6YA 1EOGA 1TU7A 4GCIA 3TJBA 2IJYA 4MA9A 1UVZA 2V41A 2RM5A 1FG4A 2H6ZA 1X5DA 3LORA 4EXJA 3GUSA 2YWNA 3A5WA 5IMDA 1AQWA 3A2VA 4OFMA 1PX6A 3CSJA 1O85A 1K3LA 2IIYA 4PGTA 1SENA 4MZBA 3W8JA 3D5JA 3MNGA 4CDOA 3APSA 1XW6A 4NAXA 1O8XA 1OE8A 5IOWA 3LXTA 2VLUA 4ECJA 4WF5A 5AIXA 2A4VA 5G2ZA 1Z3EA 4GSTA 3F9UA 3P2AA 3MDKA 3FKFA 3TKSE 2GZZA 2VIMA 9GSSA 2LSTA 2PWJA 1M99A 3TKPA 2YANA 1H75A 4NHZA 4OWYA 4O32A 3A2XA 2FWGA 2JZRA 4MZCA 4DSSA 1GSFA 5CAXA 2FWEA 3LG6A 1QMVA 5D9WA 4DEJA 1OC9A 4MCUA 3VPQA 3ZRDA 3U6VA 1MDJA 3U5RE 4PUFC 2I4AA 1AXDA 2H30A 5DALA 4QL7A 3TKQA 4KW6A 2YNXA 1EEMA 4GLTA 4K0GA 4LL4B 2M80A 3US3A 4ML6A 4E8EA 3TRPA 1B8XA 4ISDA 2V2GA 3D4MA 5GZZB 2N5FA 3QFBC 4KDUA 4I2UA 1X9WB 1XZOA 2C3NA 3KIJA 2HRFA 3IA1A 1EV4A 3FR9A 5GSSA 18GSA 1S3DA 2R3XA 5G31A 3HY2A 2I3YA 3F0IA 4PQIA 4PNGA 2K6VA 5L71A 5FHIA 5F06A 3P7XA 5ID2B 2E2MA 3CTGA 2AAWA 1QFNA 4RUVA 4K1FA 1SKRB 1V40A 3PR8A 5DCHA 1SJIA 2HE3A 2OBIA 4TXOB 1WE0A 4V1Ap 1EP8A 2D2ZA 3M3MA 1SU9A 1T3BA 2HZEB 3GURA 2FGXA 4ZXGA 4JRRA 4K2DA 4V2LA 1TP9A 1OC8A 3KTLA 1TRVA 3UEMA 2R5GA 5G1LA 4V2NA 4MJAA 4D73A 3TJKA 5DCGA 1GSYA 3I6AA 5KN2A 2DJ1A 1T1VA 4MLYA 3QAVA 1X5CA 1TKDB 1UA5A 2I81A 4NMUA 4XTSA 4YAPA 1GUMA 4BWSA 2LRTA 7GSSA 4F0BA 3GFKA 4GQFA 2PMTA 1K0DA 1TDIA 1BEDA 2QC7A 5DJMA 5IPHA 1F6MC 2R6KA 4HU7A 1JZWA 1M9AA 4XS6A 3DWVA 5G5FA 1TRUA 3G7YA 2H0GA 5IMZA 3FYGA 1BG5A 1XW9A 1K0OA 2FNOA 2PGTA 2XBIA 1TU8A 2F8FA 2JL4A 2CVKA 2F9SA 2H01A 2VCVA 1ZCPA 13GSA 4EO3A 1PKZA 1HNBA 2YJ7A 1VRSD 4LMVA 2H0HA 3F63A 2IL3A 4TXOA 5ENUA 4IGJA 1ZYEA 4TOPA 1TRWA 4ZIJA 3L0HA 1OAZA 2G0FA 1QQ2A 2H1BA 22GSA 4EVMA 19GSA 1S3AA 4EKZA 3ME8A 2CV4A 2GQLA 4EDZA 1ACVA 1LU4A 2DSAA 3DEXA 2IFQB 2F8AA 1HQOA 3GH9A 17GSA 1PN9A 4MZWA 1O73A 2VUPA 2VCWA 5JWRB 1K3OA 1DUGA 20GSA 1G7EA 2A2SA 3HJOA 2KOKA 3FY7A 1EV9A 4DSRA 2AHEA 3GNJA 1GH2A 2R4VA 1DE1A 1T4ZA 2NVLA 1CQGA 1V58A 3VLNA 4IP6A 2PPTA 4K7IA 4F03A 3VWXA 5ECSA 4FIWA 2H0IA 3NOFA 4XS4A 3DRNA 3K8NA 1PMTA 1QK8A 3C73A 1C72A 2GSSA 2GLRA 3UARA 5D9TA 3VURA 4E8HA 4EF0A 1WP0A 3EYTA 3UIWA 3FHKA 3CTFA 2GSQA 3EC3A 3O3TA 5HR3A 1GSUA 3J7Yk 1JZDA 2EIOA 5KN1A 4GF0A 2ZCTA 3QR6A 1XWGA 3IV4A 4K7OA 4I5QA 1MEKA 1MDKA 1TTZA 1ILOA 3ZYWA 2YCDA 5DAKB 4ZBDA 4NV2A 2HFDA 3I69A 5J41A 1B48A 1GTUA 3LGCA 1FB6A 2H19A 1PD21 1OYJA 1IYHA 4KH7A 5LD0A 4MJBA 2VLVA 3HA9A 3HHVA 4TKYA 1A2JA 3UVTA 5JWOB 2LS5A 5DQSA 2L4QA 1BYEA 4RQXA 1Y25A 3LFLA 1JFUA 1YKAA 5INYA 5DVBA 2PBJA 2H6YA 3ZVJD 5A4WA 3D4TA 2X8CA 2DIYA 2GTUA 3E9JB 4GSNA 2VL2A 3OR5A 4MDCA 4O92A 2NPBA 4HUAA 2M72A 4KUNA 1VF1A 2REMA 3KGKA 1GTIA 3KP8A 1YZXA 1TI1A 4KNDA 1XVQA 4L8EA 6GSXA 2GT6A 1F2EA 1J08A 3Q19A 3CMIA 2YZUA 1HYUA 2LJKA 1TI3A 4GXZA 2HSYA 3UJ1A 3TGZA 4ECCA 2BMXA 3IXRA 5HFGA 3GL5A 1N2AA 4TR4A 4TR1B 3NZNA 2DJKA 4PQ1A 3DXBA 4JU5A 1O7UA 2VL3A 3E3EA 1XPVA 1WRYA 2H8LA 2RM6A 4HEA2 2K9FA 1R7HA 5IQYA 2DJ3A 1GL8A 4TRXA 2TRCP 3O76A 10GSA 3CRTA 2RUFA 3GTUB 1E2YA 4JEDA 3A2WA 4GTUA 1XW5A 1PRXA 1ST9A 3TJFA 4YQMA 2LJAA 2OE3A 4BL7A 3ZFLA 2V6OA 2FWHA 2VL9A 1X0RA 2VLTA 5GAND 2WRTA 3IOSA 4FO5A 2MBSA 3HJMA 3QDNA 4OCEA 1A8YA 3M9JA 2KP1A 1ABAA 1A0RP 1GLQA 3FZ9A 2AB6A 4HU9A 1OVNA 2GSRA 5E59A 2FHEA 5J3RA 1YF1A 2GQKA 3C7MA 4ACSA 2QSIA 4AJ6A 1TK8B 3DIEA 1AUCA 3ZFBA 1JLWA 5HR1A 3ZLPA 3DD3A 3GA4A 2VAFA 1Z7PA 1O81A 3RHBA 4MPFA 3ZITA 3TDGA 3LJRA 2H1DA 2JU5A 1HNCA 4J2FA 2V32A 3ED3A 3MSZA 1Z6MA 1F9MA 2MZCA 3W6GA 5HR2A 2OJLA 5DBQA 5AIVA 3F3QA 4F0CA 5J9CA 5CYYA 3RPPA 2C80A 3ZIVA 4WF4A 4HDEA 1K0BA 1KEBA 3GKMA 2CZ2A 2XBQA 2AUVA 1GTAA 3G9BA 3KEBA 1VGLA 2GZPA 2MYGA 2P31A 2DBCA 4WR5A 3IC4A 4N30A 4V1Ag 4DVCA 2CA8A 4AF2A 2P5QA 3QAGA 5B7CA 3RPNA 1J9BA 1B9YC 1O8WA 6GSSA 2XHFA 1YKCA 5D9VA 4ZBBA 4MF5A 3UBKA 1B9XC 2L57A 1T7PB 1GULA 4DSQA 2LRCA 1F37A 1G7OA 3QPMA 1TJDA 1V2AA 1EWXA 5D96A 5D9XA 3TB2A 3WYWA 1NW2A 2PERA 3TRQA 5LNKe 5DJLA 5CP1A 1ERVA 3IDVA 4POMA 1JHBA 4EE0A 4PNFA 1X5EA 4XHMA 1USBA 2ALBA 4JR6A 2IPAA 1XBSA 2I1UA 4JR4A 4TN8A 2OA7A 4Q5NA 1MTCA 2BTOT 4ML1A 2DJ2A 3G7IA 2H73A 3VPTA 5FT3A 3KMOA 5JCGA 5ECPB 3H79A 4POLA 3CXGA 4GSSA 3TKSC 2JZTA 1YF0A 5F05A 2IWTA 3M1GA 2NTOA 1R5PA 1FVJA 5IMCA 3TRXA 2LTKA 4I6XA 1X9MB 4ID0A 3NIVA 3CSHA 3GV1A 4KB3A 3D0ZA 4PQHA 1NSWA 1RK4A 1SD8A 3ISOA 4WBRD 1RQMA 3PH9A 3PINA 4ZB9A 1XOAA 1DE2A 1R4WA 2LJRA 1JZRA 4MK3A 5F0GA 4RI6A 5ECRB 3F6DA 2HSHA 3ERGA 1QUWA 1A0FA 5B8AA 3KXOA 5C00A 2L59A 1ZGNA 3HVVA 3LYKA 4WEYA 4EC0A 3P90A 4KSMA 2P0GA 1EGRA 2MMNA 1PX7A 5IMVA 2JZSA 3JCML 3KJYA 1SL2B 3KH7A 5ELGA 4K0NA 5B8BA 5IM9A 4ZL8A 4HZ4A 3H93A 1K0AA 2H1GA 2IMDA 3IE3A 4BWQA 3PGTA 3C71A 4RQRA 2QGVA 5ID2A 6GSUA 1AQVA 2YWIA 2CX3A 1MD3A 3HVSA 3QAWA 2OE1A 4OFNA 4HS1A 2H6XA 2CT6A 1GTBA 1I9DA 1GSEA 5J9BA 5E4WA 1R26A 1T8EB 1GLPA 1FW1A 2HZEA 3LEFA 4IVFA 2WGRA 1Q4JA 5D8IA 5FWGA 3ZTLA 3HYPA 3W8SA 1GRXA 1TW9A 1Z6NA 1A2MA 1VF2A 5DDLA 1PSQA 1ZOFA 1I5GA 3VI7A 2H71A 5CRHA 2YV7A 2FY6A 2P5RA 2MMZA 5DQYA 2IN3A 1VF3A 5HQPA 5IO0A 3GH6A 6GSTA 5G1KA 3BBYA 2OACA 3TJGA 3ZVJA 4IKHA 4JE1A 4NPBA 1JLVA 1IYIA 4YQVA 1A23A 1T00A 3KZQA 1JZOA 2B5YA 3D21A 5H5RA 2GSTA 2CVBA 1U3AA 5CREA 1AW9A 2GDRA 1M0UA 5A4UA 5ECQB 1EOHA 3GIXA 2K18A 1ZYQB 1PKWA 2FA4A 1F3BA 1GP1A 2TIRA 1B4PA 4OO4A 2JSZA 5CO3A 1DSBA 2H76A 2I9HA 5D93A 2IMIA 1B4QA 1BJXA 2GQMA 2LNSA 4CHSA 3TKRA 5A5KA 4G10A 2B6MA 1DBYA 4YH2A 3R2QA 3FW2A 3GSSA 1GUHA 2PVOC 1A8LA 3IR4A 4CW9A 2OADA 2DMMA 1YDKA 1LBKA 5HFIA 2V6KA 4F2IA 3GRXA 1WJKA 5D73A 2IFQA 4MJCA 2HNLA 1BX9A 3FR3A 3VWVA 4WKWA 3WT2A 2YZHA 3WT1A 1XIYA 1SL1B 4N11A 2GZYA 4FYCA 1BQ7A 3C1RA 2WCIA 3H1NA 6GSWA 2B1KA 2FWFA 5CRGA 1FVKA 2LQQA 3GX8A 5B6NA 4ZILA 1R5AA 1HNAA 4IBPA 4LL1B 3WGDA 1X9SB 4LMWA 4XIHA 3EU4A 2YPMA 2AJQB 2CZ3A 2F51A 5ELAA 4Q5RA 3TCOA 5HR0A 4TXVA 1AC1A 4N0VA 1TRSA 1WMJA 5IPGA 4BVXA 2FCHA 1Y6EA 1MDIA 3FRCA 3EURA 1PL1A 1Z7RA 2R2JA 1GSQA 4OO5A 3KH9A 2H74A 3TUEA 4IJIA 3RDWA 1XFLA 1A24A 3LWAA 4BVYA 2LQOA 2H1AA 3H8QA 1WWJA 2VL2C 1FB0A 4GQCA 4FH8A 3HJPA 5DAKA 3EWLA 4ZB6A 4O5RA 5KN3A 4KX4A 1TXXA 3GKNA 2Z9SA 3LSZA 2B7JA 1ML6A 3CSIA 4FYUA 1SK0A 3E0UA 2J9HA 4LA1A 1YEXA 2VCTA 1PGTA 3VWWA 3Q18A 4MH3A 1M2BA 3GSTA 2L5LA 1AIUA 2C1YA 2AV4A 1G6WA 2XPDA 1ZL9A 3M8NA 4H86A 2JADA 4MF6A 1SKSB 2LRNA 2VCXA 2OE0A 3HKRA 16GSA 2YWOA 2KP2A 4PXOA 4K8MA 3ZMKA 4DSSB 1THXA 2CQ9A 3HVXA 1ERWA 2R37A 2PU9C 4XS1A 3DVWA 1OC9B 3WD6A 5ECMB 2FD3A 5J5NA 3I43A 2CAQA 5G30A 4KGIA 4N10A 1THOA 2K8SA 2WDUA 3BCIA 2VD0A 2WJUA 3KCMA 2X64A 1XVWA 1K0CA 1QXHA 1KBNA 5DALB 4YQUA 3CYNA 1WOUA 4K7NA 1XXUA 4TR1A 2VCZA 2O89A 1XWBA 4P3YB 3FR6A 2LUSA 4TVEA 4G9HA 1MD4A 3GYKA 2BJXA 3Q74A 4QL9A 5IMAA 4PX1A 2KHPA 5CRWA 4NWYA 3RBTA 3A3TA 3GTUA 1OKDA 1GWCA 2MMAA 3Q6OA 2GVPA 2GS3A 4RI7A 1SKWB 3LXZA 3G7JA 2DMLA 3O6TA 4AGSA 5B6MA 4KDXA 4X1UA 4HQZA 3GKKA 3KMNA 1FHEA 5LCZA 1SYRA 3F8UA 4IHUA 2YP6A 1ON4A 3HD5A 4OCFA 4WR4A 2WULA 3EMPA 5ABRA 4I2TA 2GGTA 1J0FA 4JBBA 12GSA 2C0DA 1K3YA 2E7PA 2LV3A 2NDOA 3ME7A 6GSYA 4AJ7A 5AGYA 4D73B 4K6XA 3IK9A 3CBUA 1ZZYA 2FUG2 1U6TA 5IMFA 3TKSA 1YY7A 8GSSA 4WXTA 3RAZA 3APOA 2EIRA 4ILFA 1GSSA 1GUKA 3KTBA 3GHAA 2X8HA 3V1WA 2E2GA 3C8EA 3GL3A 3TOTA 4EL1A 4L0WA 1XCCA 2C3QA 3TJJA 2YV9A 3ERFA 5GAPD 3HZ8A 2N5AA 4NXIA 4FYBA 2VOCA 4HOJA 1U88A 4IQ1A 3F4SA 2LNTA 4XRAA 1TK0B 1G0TA 4GWRA 1XWKA 2L4CA 1V98A 1KTEA 3ZREA 4MH2A 4OMVA 2ZNMA 4BA7A 1QGVA 2DLXA 2EC4A 2C0GA 4MPGA 5F8BA 2GT5A 1ZMAA 1RW1A 2X8GA 2F3MA 3RHCA 2L5OA 2HLSA 3GN3A 3F4TA 5IIZA 2YJHA 3WGXA 1PL2A 5A4VA 2M46A 3DGQA 2C0FA 2VO4A 5ECLB 1EEJA 3FZAA 1TOFA 4Q5FA 3L4NA 4ZL7A 3BJ5A 5H5QA 3M0FA 3F4RA 3EMXA 4KDYA 1M9BA 4KA0A 2H66A 2OKAA 1W89A 4ZB8A 3FK8A 2C0EA 3ZIJA 5F07A 1EP7A 1TK5B 3SWLA 1YEPA 6GSVA 3L78A 3GMFA 5ECHB 3HDCA 2RLIA 5COHA 2JACA 2H70A 2FA8A 3F6FA 4L5LA 1WPIA 4MABA 3C1SA 4HZ2A 3KM6A 2O7KA 4O7HA 11GSA 2YN1A 3VFIA 2L6CA 3UBLA 4L5OA 1KNGA 1GNWA 4WETA 4XS4B 1FO5A 3KD0A 2WS2A 4Z7XA 4POBA 2X99A 2LKUA 2DC5A 4KCEA 1ERUA 2EIQA 2V1MA 2WB9A 4Q5QA 2H75A 1SK1A 2VM2A 3EVIA 5CNWA 3FEUA 4POKA 4HI7A 4JZQA 4MP4A 3I9V2 4ZBAA 5JCUA 4NV5A 4ECBA 3TOUA 1PQNA 5AISA 3IAS2 2TRXA 1V9WA 2OBKA 2HZFA 3HXSA 2G2QA 1M2DA 1SYXA 2HXKA 5J4UA 1SL0B 3GX0A 2B5EA 1NHYA 2FLSA 3IBHA 3QFAC 2VM1A 1O6JA 1XOBA 4WBJA 1GSDA 5EVOA 3DMLA 4MJEA 2DJJA 5EL8A 1H4OA 3ZMLA 5C04A 4AJ8A 3QOUA 4F82A 4G2EA 3N5OA 3L9UA 1N8JA 4HJMA 4TR3A 1LJRA 2HRNA 1K0NA 3VI5A 4PURA 3DVXA 2K8VA 1Z9HA 1BAYA 5EY6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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