4OOTA

X-ray structure of the protein-gold adduct formed upon reaction of aubipic with hen egg white lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Protein Recognition of Gold-Based Drugs: 3D Structure of the Complex Formed When Lysozyme Reacts with Aubipy(c.).
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ootA00
1RFPA 1IP5A 1B7RA 1HNLA 5B06A 4H93A 1IY4A 2HUBA 2ZNWY 3CT1A 4YF2A 1IWZA 5A3ZA 3WU9A 1GAZA 5KXOA 5B05A 4UWUA 4ZIXA 5KY1A 4NGJA 2Q0MX 4LFPA 4BAFA 1BB7A 3HFMY 4HV2A 1JJ1A 1CJ6A 3ATNA 2CJLA 1UUZC 2BQAA 4NG8A 1YROA 4DD0A 1LTMA 1GXV2 1LPIA 1F0WA 4WG7A 3WMKA 1LSEA 2D4JA 2BLYA 3QNGA 2ZILA 2MEBA 4N5RA 2D4KA 3D3DA 4RW2A 3F6ZA 4LGKA 1JSEA 5KXTA 1DI4A 1OUEA 3D9AC 4NWEA 1VDSA 2BQHA 3A34A 1KXXA 2RSCA 1DZBX 3W6AA 4DD2A 5FDJA 1LSCA 1GFVA 5AMYA 1GB9A 1O23A 1PS5A 5D5FA 3RU5A 1NBYC 2H9JA 2CWIA 2WARA 4C3WA 4QY9A 4NGKA 4DD1A 1NDMC 1YKYX 4CFPA 1QTKA 2BQBA 3B0OA 4NGVA 2HEDA 1WQPA 2BQIA 1GFRA 2HECA 1TDYA 4U3XB 4NGYA 1IEEA 4B4EA 4TSBA 1QQYA 4AGAA 5K7OA 1AM7A 1QSWA 1XGQC 1GE4A 2LYMA 2EQLA 3RNXA 2BQJA 4HSFA 4H90A 5LAGA 1LSBA 5F81A 5KJ9A 1LZ9A 1GE0A 5F14A 4XN6A 4HJYA 1OUIA 2EPEA 1GFKA 4H8XA 1IP7A 3IJUA 3N9AA 2HEFA 2MEDA 1GHLA 7LYZA 1LSMA 1XSFA 3OK0A 1N4FA 4RDSA 5KXSA 3RT5X 1V7SA 1HSWA 1B0DA 3LYMA 1MLCE 5APDA 1JKDA 3W6BA 4ETBA 2YBJA 1B7PA 1KIRC 3T36A 5B1GA 1LZ5A 1LHIA 5I53A 3CSZA 2EKSC 1LZ6A 3BKHA 4TUNA 1LHLA 1IWTA 2MEAA 2YBHA 4YENA 1LZEA 3AB6A 5KKIA 3TXBA 2FBBA 4PPOA 3LYZA 1B7QA 5LINA 2ZQ3A 1GF5A 4OOTA 5LVKA 1BWJA 1GB3A 1NWGA 3WU7A 1HC0A 1D6QA 5D5CA 1GB5A 1HEWA 1LZSA 3LZ2A 4WLTA 1IWUA 4YM8A 153LA 2F4GA 1UACY 4LT0A 3AW7A 1LZ4A 1GF7A 5LA8A 5KXYA 3WL2A 1LSYA 5LYTA 3A6BY 4CHXA 1BB4A 3G3AB 4XJFA 1H87A 3A3RX 4J7VA 1GE2A 1GF0A 1IC5Y 4KXIA 4QGZA 4ML7A 5LA5A 4WM2A 1LZNA 1BB5A 1D9UA 1HFYA 5A3EA 1LZAA 1DQJC 3TXKA 1C10A 3AZ6A 1UBZA 4GN3A 5KXWA 3HBEX 5HMVA 5I54A 1IOTA 4ANRA 1VAUA 1GF9A 3M3UA 3TXEA 1LZ8A 3WVXA 5B59A 5DL9A 1G7MC 4G9SA 1WTMA 5DN5A 5L3HA 4WL7A 2XBSA 4XENA 4GN4A 5HLLA 3A67Y 5F9UA 4PRQA 4GCBA 1GBZA 3WYHA 2D91A 2BQFA 6LYZA 5HQ1A 4NSHA 1LSGA 2C8PA 208LA 4YEMA 1LJKA 4B0DA 5HMJA 1I56A 2A7DA 1GBSA 1GB2A 4X3BA 2Z2EA 1UIBA 4LZTA 1LJHA 4J1BA 4ETAA 3G3BB 1EQEA 3EMSA 2I25L 1I1ZA 4NWHA 5APCA 5LIOA 1JEFA 4N0JA 1T6VL 4DD7A 2Z18A 1B5VA 2DQDY 1TAYA 1YAOA 4H91A 5B1FA 1F6RA 3LZTA 6LYTA 4NGIA 2LZTA 1WQOA 3N9EA 3ATOA 1GB0A 1KIPC 3VWOA 1GF4A 4NGZA 1LYYA 3QE8A 1HMKA 3CB7A 1JUGA 4ZFPA 1LHHA 4HJZA 1DKJA 4IATA 4J1AA 4LFXA 9LYZA 4W94A 5F9XA 4B4IA 1GFUA 2DBTA 2DQJY 4DT3A 1IOCA 3WUMA 4ET8A 4FDYA 4LYTA 4IASA 1CKCA 5KXKA 1OUAA 3FI7A 4GCEA 4EOFA 3TXJA 1HHLA 2MEGA 2ZWBA 3W6DA 1WQMA 1HEPA 5LVHA 1OUBA 4WM1A 1ZV5L 1LMTA 5E4PA 1F10A 1VDTA 1NF5A 1GBXA 1LKSA 1UA6Y 2CGIA 2N5ZA 1JIYA 2Z39A 1GB8A 4QEQA 3WW5A 1LYZA 4WL6A 3TMWA 1DKKA 4PJ2C 1YL0X 1GDXA 1GE1A 5FHWA 1GB7A 1LAAA 3A90A 1B7LA 1GFJA 4M6DA 4NG1A 1GBYA 1OQMA 5FSTA 1IWXA 1GDWA 2Z38A 4H92A 4O34A 3TMUA 4D9ZA 5II3A 1WQRA 4LYMA 3SP3A 1NMMA 2D4IA 4PGJB 1F6SA 4NGOA 2DQAA 3AGIA 2C8OA 1ZVYB 3P65A 5F16A 1AKIA 5LYMA 1IO5A 1LZ1A 1DPXA 3EXDA 1JISA 4NY5A 4BAPA 2XJWA 2X0AA 2Z37A 4FJRA 5M1YA 1HSXA 2PC2A 3ZVQA 1YAPA 1JHLA 4TTDA 5HNLA 3WH1A 3MGWA 4GCDA 4B49A 3W6EA 3WULA 3E3DA 4H94A 4LT3A 1GB6A 4NHIA 1B9OA 1LJGA 5HNCA 1REZA 4CFOA 133LA 4UWVA 1G7HC 1UIAA 1XGPC 1IY3A 4NFVA 1LSZA 1FKVA 5DN4A 1YQVY 1FKQA 4WM6A 1NDGC 5KXPA 1GBOA 4WOAA 3TXGA 1GF3A 3A96A 2MEHA 1LMPA 3EBAB 1QUTA 1JWRA 1LJIA 1IWWA 1INUA 4EMNA 1B5WA 1AZFA 2ZNXY 1OUFA 1JPOA 5LVJA 3A3QA 1VATA 1UIEA 1QTEA 1LMQA 2LHMA 4M4OA 2BQGA 2EIZC 4TX7A 4CJ2A 5C6LA 4WLDA 4NIJA 1FBIX 1HEMA 1LZDA 4PHIA 3ZEKA 3WPKA 2IFFY 4CGEA 1A4VA 1LJ4A 1LJNA 1GFTA 2BQKA 4HJVA 2W1XA 4WM3A 1LMOA 1OUGA 4H9FA 5ILCA 1JSFA 1J1OY 3M18B 4QDNA 1G7IC 1GFGA 1YAMA 4H9IA 3WUAA 1OUHA 4DC4A 5DLAA 1D0MA 1LZCA 2ZYCA 2BQEA 1IR8A 1TCYA 3CSQA 4WO9A 4YOPA 1JJ3A 4II8A 4GCCA 3WXUA 1PZYA 1ZMYL 5LXWA 2Y8PA 2YBIA 5KXXA 1NKHA 1WQNA 3P66A 2Z12A 4RW1A 4YEOA 1LMAA 1P2CC 4GLAA 4WMGA 2DQHY 3AZ5A 1CKHA 1XGRC 5LVGA 1XFPL 193LA 1IX0A 1D0KA 3P4ZA 1GEVA 1NQIA 1VEDA 1HENA 4G4CA 4H9BA 3WU8A 1OP9B 1XGTC 2DQGY 1IVMA 4AXTA 4B1AA 1C08C 3EO5A 1B7OA 2W1LA 1LHMA 5B07A 2HTXA 4B4JA 4G4BA 1HMLA 4H1PA 1W08A 5IELA 1IR9A 1LZBA 4MSTA 1LJEA 4UWNA 4H9AA 2ZIJA 5J7CA 3RW8A 5IDDA 1RE2A 4RLNA 5APFA 2BAAA 1OUJA 3CT5A 4LT2A 5APEA 2DQFC 4N8ZA 2YBMA 1GAYA 1LSDA 2Z19A 3B6LA 2HEBA 4OWEA 4XJBA 2YBNA 4WG1A 5KXZA 3GXKA 4NSGA 132LA 3LYTA 4KT3A 1HF4A 4ETEA 5L9JA 4RLMA 1YKXX 4N1EI 3W3EA 1CJ8A 3KAMA 4OOOA 1GFHA 1LMNA 2BPUA 2W1MA 5ILFA 5KXNA 4MCKA 1JKBA 3N9CA 1XEIA 1H6MA 4KPMA 2MEFA 1A2YC 1JTTL 1LMCA 4Z98A 3AZ4A 5EBHA 2YDGA 1LHJA 4DDBA 1HEQA 1EQ4A 4ETCA 2HEEA 3K3TA 4I0CA 1BHZA 1QDRA 207LA 4NHQA 2BQCA 5LYZA 4TSCA 1B5ZA 3LYOA 3AGHA 4DDCA 1SQ2L 3WW6A 4MR1A 4OWHA 5I5QA 5LVIA 4TWSA 134LA 4HV1A 2LYZA 2HU3A 4DD9A 1YKZX 2VB1A 1GPQC 3CT0A 3TXDA 1AT5A 1IP1A 1YANA 2G4QA 2D6BA 1IP2A 4N9RA 1LKRA 1UCOA 1G7JC 3WVYA 4G4HA 1FLYA 1VDPA 4KL7A 1EL1A 3FE0A 1D0LA 4Z3MA 2G4NA 1LZRA 135LA 5IHGA 3WUNA 1LOZA 4HTQA 4NEBA 1LSAA 5JENB 1RJCB 3J4GA 1JKAA 1HELA 1IP3A 1CJ9A 1B5UA 1BB3A 2BLXA 4GLVA 1CKDA 5KXLA 4Z41A 1LHKA 1ZVHL 1RCMA 1QSAA 1NHEA 3HBDA 1LJ3A 1GWDA 1OUDA 3QY4A 4H8ZA 1FDLY 1TEWA 1E8LA 3A91A 1KXYA 2FYCA 1CKGA 3A93A 5I4YA 1CJ7A 1BB6A 1B5XA 2ZYPA 2DQEY 5E9RA 3P64A 2Z2FA 1LJFA 2AUBA 3WXTA 4W96A 1J1PY 1TBYA 3ZVQB 4R0FA 3AYQA 4LYBA 5FCPA 1JITA 2H5ZA 1C7PA 1DI5A 5L3IA 1C43A 2LYOA 2ZQ4A 4NHTA 1WVUA 4NGWA 1YIKA 4P2EA 5C6JA 5LAFA 1C45A 1UIDA 3IJVA 4NGLA 2CDSA 1B7NA 1LYSA 3RZ4A 4A7DA 1CNSA 4XYYA 8LYZA 1UIGA 1QUSA 2DKVA 3LN2A 4NSIA 5I4XA 1C46A 1EQ5A 4DD3A 4HPIA 1UIFA 1IP6A 1HFXA 1GE3A 1VFBC 2MECA 4NHSA 3ULRA 2MEIA 2YVBA 1Z55A 1LJJA 1KIQC 1JJ0A 3A95A 3TXHA 1SLYA 1YILA 2A7FA 2YSSC 1CKFA 3CQLA 1XEJA 2FBDA 4H8YA 4LT1A 1BQLY 3A6CY 1GFEA 1LZTA 2MEEA 4OWCA 1LSFA 5T3FA 1LZYA 1WVVA 1FLWA 2F4AA 3B72A 1BWIA 1RI8B 4XJHA 1IWYA 154LA 1YAQA 2I6ZA 1QDTA 3HBHA 4XJGA 4DDAA 4G49A 1MELL 1NBZC 1J1XY 2BQLA 4DWXA 4HP0A 1YL1X 1BWHA 3AZ7A 3TXFA 4ET9A 3B0IA 1T3PA 2G4PA 1D6PA 1LSNA 3A94A 1LCNA 1ALCA 1BGIA 1HERA 2F2NA 2BQOA 1GF6A 4LYCA 2XTHA 4OWBA 1IOQA 1LSPA 4H9HA 1UIHA 5KXMA 4E3UA 3AGGG 1AT6A 3OJPA 1BVKC 4L41A 4LYOA 4BS7A 2IHLA 5KKJA 1REMA 2DQIY 1OUCA 3GXRA 1REXA 3LHMA 1IP4A 4WLYA 4XADA 4HTNA 5FEKA 4BADA 1DI3A 194LA 1DXJA 4GCFA 4DYGA 1GEZA 1LYOA 2BQMA 1GFAA 2FYDA 3TMXA 1BVXA 1V7TA 1QIOA 4ETDA 1DPWA 3BKVA 4N1CC 5KXRA 2I26L 1HEOA 1JKCA 1IC7Y 2W1YA 3W6CA 1GD6A 4HPEA 1WQQA 2XBRA 2NWDX 1XGUC 4HTKA 4NSJA 3WPJA 4ZEEA 4C5FA 5DM9A 1IC4Y 4H9EA 1GXXA 1I20A 1W6ZA 5I4WA 4J0LA 2ZIKA 1UC0A 4LYZA 1XEKA 1LZGA 4H9CA 1GF8A 3TMVA 4IJ4A 4R6CA 4Z46A 3B0KA 1WTNA 4PRUA 1IORA 2B5ZA 2DQCY 3W6FA 1REYA 1G7LC 1B7MA 4XJDA 1B5YA 1IR7A 1IWVA 3T6UA 3A8ZA 2HU1A 1VDQA 1B2KA 2F30A 2GV0A 2LZ2A 4NHPA 4GN5C 1FN5A 3CSRA 1IIZA 4OW1A 2HEAA 1HFZA 2YBLA 1IOSA 3AJNA 3J6KA 5C6IA 3A92A 5FELA 4WLXA 1FLQA 1GBWA 1UICA 1JTOL 3AW6A 3IWRA 4OWAA 3TXIA 2BQNA 3P68A 4I8SA 1JTPL 4WM4A 3WPLA 4WM5A 2H9KA 1KXWA 2BQDA 1B7SA 1FLUA 4WO6A 4XJIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RFPA 1L47A 4H93A 3CT1A 3C7ZA 1IWZA 2OE4X 3WU9A 5KY1A 2Z6BA 4LFPA 1BB7A 3HFMY 1JJ1A 2BQAA 1LTMA 4EKSA 2D4KA 1DYDA 3GULA 4NWEA 3RUNA 3A34A 160LA 3W6AA 1CV1A 1NBYC 4C3WA 2WARA 4QY9A 1NDMC 1YKYX 209LA 3B0OA 248LA 4NGYA 4TSBA 1QSWA 1XGQC 1CU6A 1L45A 3RNXA 4HSFA 5KJ9A 1G0LA 1GE0A 107LA 4XN6A 4H8XA 1LW9A 3IJUA 3UONA 1C6IA 3N9AA 1L05A 3OK0A 3HU8A 5KXSA 3RT5X 1V7SA 1HSWA 1B0DA 2L78A 4ETBA 1CV0A 1LZ5A 2EKSC 3BKHA 1LHLA 1IWTA 215LA 2YBHA 5KKIA 3TXBA 1B7QA 1C6JA 1L11A 4OOTA 1GB3A 1HC0A 103LA 4ARMA 153LA 1L75A 1L48A 3A6BY 1L89A 128LA 3G3AB 4ARMB 4W59A 4J7VA 1GF0A 4ML7A 5LA5A 2B6XA 1L08A 1C10A 1C67A 3F8VA 1L34A 3HH3A 114LA 5B59A 1G7MC 5DN5A 1D9WA 5L3HA 4XENA 1L06A 4GN4A 252LA 2D91A 4NSHA 2C8PA 1L32A 1LJKA 1TLAA 4B0DA 2Z2EA 1LJHA 4J1BA 3G3BB 5LIOA 1T97A 253LA 5B1FA 1WQOA 1L17A 1LYYA 3SN6R 3CDTA 3QE8A 1L67A 3C8RA 9LYZA 4IATA 4J1AA 4B4IA 1L84A 1IOCA 4FDYA 4DQJA 1L22A 1CKCA 4W55A 3VW7A 1KS3A 2MEGA 2ZWBA 3W6DA 1ZV5L 1JIYA 1GB8A 109LA 4WL6A 3TMWA 1DKKA 1YL0X 1L03A 2RAYX 4NG1A 1OQMA 1IWXA 1L66A 4D9ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RFP A;  1IP5 A;  1B7R A;  1HNL A;  5B06 A;  4H93 A;  1IY4 A;  2HUB A;  2ZNW Y;  3CT1 A;  4YF2 A;  1IWZ A;  5A3Z A;  3WU9 A;  1GAZ A;  5KXO A;  5B05 A;  4UWU A;  4ZIX A;  5KY1 A;  4NGJ A;  2Q0M X;  4LFP A;  4BAF A;  1BB7 A;  3HFM Y;  4HV2 A;  1JJ1 A;  1CJ6 A;  3ATN A;  2CJL A;  1UUZ C;  2BQA A;  4NG8 A;  1YRO A;  4DD0 A;  1LTM A;  1GXV 2;  1LPI A;  1F0W A;  4WG7 A;  3WMK A;  1LSE A;  2D4J A;  2BLY A;  3QNG A;  2ZIL A;  2MEB A;  4N5R A;  2D4K A;  3D3D A;  4RW2 A;  3F6Z A;  4LGK A;  1JSE A;  5KXT A;  1DI4 A;  1OUE A;  3D9A C;  4NWE A;  1VDS A;  2BQH A;  3A34 A;  1KXX A;  2RSC A;  1DZB X;  3W6A A;  4DD2 A;  5FDJ A;  1LSC A;  1GFV A;  5AMY A;  1GB9 A;  1O23 A;  1PS5 A;  5D5F A;  3RU5 A;  1NBY C;  2H9J A;  2CWI A;  2WAR A;  4C3W A;  4QY9 A;  4NGK A;  4DD1 A;  1NDM C;  1YKY X;  4CFP A;  1QTK A;  2BQB A;  3B0O A;  4NGV A;  2HED A;  1WQP A;  2BQI A;  1GFR A;  2HEC A;  1TDY A;  4U3X B;  4NGY A;  1IEE A;  4B4E A;  4TSB A;  1QQY A;  4AGA A;  5K7O A;  1AM7 A;  1QSW A;  1XGQ C;  1GE4 A;  2LYM A;  2EQL A; 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 2F2N A;  2BQO A;  1GF6 A;  4LYC A;  2XTH A;  4OWB A;  1IOQ A;  1LSP A;  4H9H A;  1UIH A;  5KXM A;  4E3U A;  3AGG G;  1AT6 A;  3OJP A;  1BVK C;  4L41 A;  4LYO A;  4BS7 A;  2IHL A;  5KKJ A;  1REM A;  2DQI Y;  1OUC A;  3GXR A;  1REX A;  3LHM A;  1IP4 A;  4WLY A;  4XAD A;  4HTN A;  5FEK A;  4BAD A;  1DI3 A;  194L A;  1DXJ A;  4GCF A;  4DYG A;  1GEZ A;  1LYO A;  2BQM A;  1GFA A;  2FYD A;  3TMX A;  1BVX A;  1V7T A;  1QIO A;  4ETD A;  1DPW A;  3BKV A;  4N1C C;  5KXR A;  2I26 L;  1HEO A;  1JKC A;  1IC7 Y;  2W1Y A;  3W6C A;  1GD6 A;  4HPE A;  1WQQ A;  2XBR A;  2NWD X;  1XGU C;  4HTK A;  4NSJ A;  3WPJ A;  4ZEE A;  4C5F A;  5DM9 A;  1IC4 Y;  4H9E A;  1GXX A;  1I20 A;  1W6Z A;  5I4W A;  4J0L A;  2ZIK A;  1UC0 A;  4LYZ A;  1XEK A;  1LZG A;  4H9C A;  1GF8 A;  3TMV A;  4IJ4 A;  4R6C A;  4Z46 A;  3B0K A;  1WTN A;  4PRU A;  1IOR A;  2B5Z A;  2DQC Y;  3W6F A;  1REY A;  1G7L C;  1B7M A;  4XJD A;  1B5Y A;  1IR7 A;  1IWV A;  3T6U A;  3A8Z A;  2HU1 A;  1VDQ A;  1B2K A;  2F30 A;  2GV0 A;  2LZ2 A;  4NHP A;  4GN5 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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