4OPKA

Bh-rnaseh:2'-sme-dna complex
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
b'EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 38
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opkA00
3DLKA 4KRFA 3NH1A 5HRRA 4CEAA 3OY9A 4DTSA 4DLGA 1WSGA 3VA3A 4ELUA 1IO2A 2HNYA 3CQ8A 2KW4A 1BQMA 1CXQA 4ELTA 4AHTA 3O4NA 1L3VA 1SUQA 2XY7A 2PY5A 1A5XA 1I39A 3DRPA 4TSXA 4I9LA 1RT3A 3NH2A 4HCBA 3JSMA 2KTQA 3VQAA 4FM1A 4CGGA 3QESA 1U45A 3NCIA 4F3OA 3CFRA 4OLBA 3ZCMA 4AHCA 3L2WA 1WSFA 2WOMA 4DQIA 2YHBA 3OYMA 3TAGA 3U3YA 1VSLA 1J9AA 1HNVA 5EU7A 4CK1A 4DQQA 2D0CA 2P5OA 4FLZA 3NDKA 3A2FA 1BGXT 1IKXA 1BI4A 1G15A 1XHXA 4KV8A 2QKKA 4HVJA 1WAFA 3PO5A 1HQEA 4Z4FA 1ASUA 3LALA 4I2PA 4DU1A 5CY4A 1TKXA 3QEVA 4HCCA 4LD0A 3V81A 4PA1A 1KVCA 3QIOA 4C8NA 4B3OA 3NGYA 3L3UA 4W5RA 1ZBUA 1RBRA 3K5NA 3TABA 1QSLA 3OYLA 2FC0A 3PX4A 3MEEA 4O5BA 1U47A 1X9WA 3OYHA 4JS5A 2G8IA 3UIQA 2HHQA 5SZTA 1IKWA 4FJ8A 1GOBA 4B9TA 1RTIA 3ZSRA 4E1NA 2B6AA 3WNEA 2ZE2A 3KK2A 4FLXA 4FJMA 5FRMA 1KLMA 2O4IA 1U48A 1LW2A 1T03A 1FKOA 4FLTA 4DLEA 4KO0A 2VG5A 2YHAA 1ASWA 4EZ6A 4IG0A 2D5RA 1JLFA 3SYZA 3QNNA 4F3TA 3VQDA 4C8MA 3VQCA 4OLAA 3WNFA 2RKIA 1IH7A 4E7KA 2PYLA 5FRNA 3S9HA 4CGIA 2FBTA 5I3UA 1XWLA 4CEFA 3LWLA 4J2AA 1KVBA 3KK3A 4OKKA 4JRPA 2E4LA 4HUFA 1X9MA 2KZZA 3ZT3A 3CFOA 4CGDA 2FBVA 3NH0A 1S9EA 1W9HA 5C25A 4CFAA 1CZ9A 3OYDA 1SKRA 4CEBA 4CFCA 4FJ7A 3SUPA 3DOKA 3V9ZA 1VSMA 3S3OA 4DSJA 1S1WA 3DMJA 3G0ZA 2OPRA 3VQ7A 4BWMA 1XI1A 4Q0BA 3SQ0A 4FLUA 3VQ5A 1VSHA 3V9SA 4E1MA 4QOZB 3OYFA 4NYFA 3HXMA 2R7YA 2P51A 2ATQA 2HHWA 1J53A 1JL1A 1Z26A 3AVJA 2KFZA 2D0AA 4AHVA 3S3MA 1IKVA 1RDCA 3AO3A 2F96A 3AVNA 1X9SA 2OPSA 3OVNA 1QE1A 3HP6A 4KTQA 5FDLA 3AA5X 3LAMA 4GW6A 3ZT4A 3V4IA 1S1TA 1BIUA 2WONA 4KREA 4E0DA 2DFHA 3LP2A 1X1PA 3LDSA 1WLJA 3K5LA 4B8AB 4E7LA 1TV6A 3VQPA 2G8HA 3DRRA 4FJNA 3QLHA 4IBNA 4EP4A 1L3UA 1RTDA 4H4OA 2RPIA 1B92A 1RBUA 1EP4A 3NHGA 3SZ2A 5HRPA 5HBMA 1NK4A 3I8DA 2X6NA 4LH4A 3KLIA 3ITHA 2BDPA 2E6LA 1NK5A 4LSNA 3QO9A 1BL3A 1FK9A 4FW2A 1SL0A 2XHBA 1BCMA 1ZBHA 3OJUA 5I42A 1TVRA 1NKBA 4BE0A 1O1WA 3OYCA 1S1UA 1JLEA 2VG7A 3AVAA 4WE1A 1KVAA 3WNHA 2G8UA 1HYSA 4DSIA 4RW6A 4BE2A 4CJLA 4Z4HA 1NK8A 4KTZA 1ZBFA 4XIUA 1U04A 3THVA 1UA0A 3NGIA 4IKFA 1LW0A 2QKBA 1W0HA 3SQ1A 3T3FA 3MXJA 2IDOA 2RF2A 3LPUA 1RDDA 4NCGA 3K5OA 1KSPA 1REVA 4LH5A 1A5WA 1EX4A 4O0JA 4RW8A 1NK0A 2IAJA 1NKCA 2ZQBA 2PYJA 2G8FA 4KFBA 2HW3A 3RMBA 4E7HA 4PWDA 1LWEA 3ALYA 1KCFA 1VSEA 2HHVA 5J2QA 4M41A 3HO1A 4HUEA 3OS1A 1HJRA 3LZIA 2E6MA 2HMIA 3KLHA 3AVMA 2GV9A 1LWCA 3SV4A 3OS2A 3SQ4A 2HB5A 3HPGA 1XC9A 4FYDA 1UWBA 4CHZA 3LWMA 2HHTA 1YTAA 4FXDA 2Z1JA 1YT3A 2GBZA 1RT1A 1WSJA 1LAWA 2Z1GA 3NBPA 3T19A 3OYKA 3IRXA 5HRNA 3F73A 4DMNA 2ZD1A 3O3FA 4FLYA 1QS4A 4ID1A 4DQSA 1TAUA 3QIPA 2PZSA 1HYZA 4DG1A 3TAFA 4KHQA 4OKJA 4DTNA 4M42A 4CESA 3KLGA 1Q9YA 2X6SA 4KAZA 2YKMA 3O4QA 4QAGA 5KRSA 3ASMA 4O55A 3AO4A 1NK6A 4DTOA 4DTUA 4DQPA 4L8RB 3OJSA 2D0BA 4CHPA 4C8KA 4FM0A 4E19A 3NF6A 1U4BA 3BGRA 5JS2A 4Z0UA 3K5MA 4CJTA 3KK1A 3M8RA 3L8BA 4DS4A 4FJ5A 4N5SA 2F8SA 2HHUA 3V6DA 4AHUA 4DF8A 4PQUA 1RTHA 3CM5A 1UA1A 3NF7A 4H4MA 2DFFA 2KZMA 3SPZA 2OZMA 2YNFA 3AVCA 3OYGA 2HNDA 2W42A 3K58A 4DFMA 3QEIA 4EZ9A 2HVHA 1FXXA 4CJPA 2Y1IA 4QCLA 3HP9A 4MQ3A 1B9DA 4CJUA 4KHWA 3ZT1A 1C1CA 3VQ4A 3P1GA 1T05A 4PY5A 3U6FA 2Z1IA 4IFVA 3TANA 4FM2A 1QSSA 1NOZA 2B4JA 3DLEA 4CERA 4UQGA 5HP1A 4E89A 4Y1DA 1NK9A 3S3NA 4IDKA 3L2VA 3EZ5A 2LSNA 5CZ1A 3ZT2A 4KPYA 3AVKA 2GUIA 4ZHRA 2A1SA 2B5JA 2O4GA 5DK5A 1RBSA 4FJJA 4I7FA 2NUBA 3AO1A 3ZSZA 4CEEA 4CECA 1Y97A 3TR8A 4B9UA 4F2SA 1NK7A 4CJQA 1RILA 1RT5A 4O44A 3BDPA 1WNSA 3K2PA 3RR8A 4YNQA 4C8OA 4DWIA 2HHXA 3ZT0A 1DTTA 2YV0X 1JXEA 3TWHA 3WNGA 1Q9XA 1C0TA 3C95A 1VRTA 2IGIA 3AO2A 3CYMA 2X74A 1C6VA 1J54A 2Z1HA 3RWUA 4Z4IA 1HNIA 1L3SA 2VWKA 4JS4A 1CXUA 3RRGA 4CJWA 3KKRA 1L5UA 4NCBA 1BISA 3AA2A 4N76A 4KHUA 5CZ2A 1HQUA 4FLVA 4JLHA 4CFDA 3LP0A 4AHSA 4R5PA 1NJZA 3KJVA 5CYQA 1JLQA 4B9VA 4KB0A 4CJSA 2HVIA 3QINA 2G8KA 2OZSA 4O0IA 1SL1A 1GOCA 1Q8IA 1RDBA 3AVIA 3MECA 2Y1JA 2EHGA 4CF0A 4OVLA 1FKPA 4OGEA 5KGXA 3NE6A 3DLHA 3VQ6A 3KKSA 2DY4A 5KTQA 1LWFA 1MU2A 1VSFA 3HT3A 4DSFA 1R0AA 3KLEA 4Z4CA 1JLBA 3OYIA 3V9WA 1DTQA 1RBVA 4I2QA 4OPJA 4DFJA 4CJ3A 1ZBIA 3TAPA 3L3VA 4M3TA 3SJJA 4BE1A 2OYQA 4FCYA 1S1XA 3L2RA 1VSIA 3K57A 1ZBLA 3E01A 2OPQA 2P5GA 4DU4A 4E3SA 2G8VA 3IAYA 3SI6A 1C1BA 1T7PA 1KFSA 1B9FA 4IG3A 1UAXA 4CHNA 2ITGA 4OGCA 4B9NA 4FJ9A 4CF8A 2JLEA 3QEXA 4DU3A 4BACA 4FZYA 4CJVA 2OA8A 1BI4B 4LY7A 4DTXA 3SUOA 4J2EA 4DTJA 4Z4GA 5J2PA 3ZSQA 3AVLA 5KGWA 3SNNA 4OJRA 3VN5A 4N56A 1QHTA 4K8ZA 1WSIA 3HPHA 3ZSXA 4CJRA 2BGGA 4HHTA 4CF2A 1JKHA 4OKEA 4E7JA 3KD5E 1RT7A 1EXQA 4ID5A 2Q3SA 3HYFA 1TK8A 1RNHA 2FBYA 4FZZA 1D5AA 2BANA 1KTQA 4ZTJA 3L2UA 3HM9A 3OYAA 4RW4A 3LANA 3CFPA 1RBTA 3I0SA 5J2MA 2HHSA 4M3WA 2DTUA 3P5JA 4Q5VA 3DLBA 5KI6A 1YTUA 4G1QA 4KKOA 1JLCA 4GVMA 4NCAA 1VRUA 2A1RA 1C1AA 1S9GA 2XY6A 4GMJB 3C6TA 5FROA 4BDYA 4CK3A 1QTMA 2YKNA 1WN7A 5C24A 3MXIA 4C8LA 1K6YA 4CEQA 1NJXA 2QXFA 1RT6A 3SCXA 3HJFA 1BHLA 3KIOA 1TKDA 5HLFA 4B9LA 1HMVA 2X78A 3M8SA 3SPYA 1SKSA 5JS1A 3DOLA 1D9DA 2RN2A 4B08A 1I3AA 1F21A 3AVFA 1Z25A 4CF1A 1LV5A 1WAJA 2VG6A 3NAEA 3AVBA 3VQBA 4AHRA 1BCOA 4LSLA 4E7IA 4FK4A 3FFIA 4B9MA 4CHOA 4AILC 3VQ9A 4CCHA 2DFEA 4Z4EA 3G10A 2FBXA 5CYMA 1N5YA 3ISNC 3OYEA 2VWJA 4BDZA 1BQNA 3LAKA 3ULDA 3AVHA 3PY8A 2YNIA 3M8QA 4M3YA 5KRTA 1S6QA 4YFUA 1HYVA 1YVUA 1C0UA 3O3GA 3RRHA 4JRQA 4CEZA 3QEWA 3V9UA 4CGHA 4DTRA 1S6PA 2G8WA 4CGFA 4CE9A 4CEOA 1IKYA 3QNOA 2XRIA 1TK5A 1J5OA 3C94A 4KB1A 3OS0A 1CZBA 3V1OA 5C42A 3NGZA 3O3HA 4W5QA 1IG9A 3C6UA 5J1EA 1KFDA 1HRHA 1RDAA 1S5JA 3SUNA 4KHSA 4RG8A 4H8KA 1NKEA 3AA3A 1XHZA 4RW7A 4NYNA 1D9FA 3PUFA 3DM2A 3AV9A 4M45A 3OYBA 4CJEA 3H08A 3DI6A 1ASVA 4HTUA 1RTJA 3MXMA 4O4GA 1NOYA 1EKEA 1KLNA 1ZYQA 3NFAA 1SV5A 3AVGA 3TARA 1WSEA 2YNGA 3LPTA 3ZSYA 1RT2A 3ZSVA 4DQRA 5DMRA 3V1RA 2XY5A 2EX3A 1NJWA 4CEDA 1JLGA 1WSHA 4PUOA 1JXBA 4FK0A 5SWMA 3DRSA 3TAMA 4B8CA 3V1QA 5T7BA 5J2NA 4CHYA 4MFBA 4J2BA 2IOCA 1DLOA 4ICLA 4AH9A 1C0MA 3TAQA 4KHYA 3F9KA 3P83D 4B9SA 5D3GA 3I0RA 1TL3A 1TK0A 4KHNA 2AJQA 5K14A 4BDPA 3JYTA 1CLQA 3K59A 5HRSA 5E41A 3M8PA 3TAEA 4CIEA 3CM6A 3VQ8A 4IFYA 3IG1A 4DFPA 1LAVA 2I5JA 3KLFA 4F8RA 1JLAA 4FJHA 1L3TA 4CJ5A 2XY8A 4CIGA 3SQ2A 3LZJA 4M3ZA 3PX0A 4ELVA 4J2DA 3MEGA 2KFNA 1BIZA 1TKTA 4CJKA 3RMCA 1UOCA 3RR7A 1ITGA 1GOAA 1RCHA 1VSJA 3HVTA 3OYNA 3RMAA 3D0PA 4M3XA 4FJIA 4FJGA 1TKZA 2P1JA 4FZXC 3TI0A 4HUGA 3VQEA 1VK0A 4CK2A 1TGOA 4CHQA 3HVRA 3QERA 1U49A 1SL2A 3B6OA 4FK2A 4F2RA 2YNHA 1EETA 4M3UA 3HK2A 4CGJA 3LP3A 1QSYA 4RW9A 3HL8A 3RTVA 4I9QA 3PO4A 4EP5A 4W5NA 4DSEA 2ETJA 3T1AA 5HROA 1HPZA 1T8EA 2JGUA 3VQQA 3QETA 3QEPA 1TAQA 2KQ2A 3V9XA 3RMDA 4DSKA 3OYJA 3PX6A 2HNZA 3PV8A 4F4KA 4W5TA 2F8TA 1RT4A 3CG7A 3DLGA 4FVMA 4FJLA 4DTPA 4FJKA 3ZSWA 4DSLA 4CJ4A 2XO7A 1KRPA 4CFBA 4CIFA 3HPOA 3VA0A 3NF8A 4FLWA 3SV3A 3EY1A 3DLRA 2QK9A 4K8XA 4FW1A 1QQCA 4DF4A 3D45A 3DYAA 2BE2A 2OPPA 3SUQA 3MEDA 3LP1A 3L2QA 1TL1A 2IS3A 3NF9A 4M3RA 1A5VA 4CF9A 4N41A 1VSKA 3MAQA 4OPKA 1N6QA 3IS9A 3KTQA 4DFKA 3KD1E 4N47A 3HSTB 1D8YA 4KI6A 4ZTFA 1NJYA 2IC3A 1VSDA 4BWJA 4DTMA 3U3GA 4W5OA 3AA4A 3ZSOA 4FJXA 4CJFA 1SKWA 3AO5A 3EYZA 4KI4A 1S1VA 1JL2A 4KTWA 4Y1CA 3B6PA 4DS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THYA 1K8KA 4CZMA 3H46O 1ATNA 2UXDK 4CEAA 4DLGA 1NGIA 1WSGA 4ELUA 2HNYA 1JCEA 3FZMA 3CI5A 4ELTA 1DEJA 3FR0A 3HTVA 2P9NA 2ZM6K 3NH2A 3KWGA 4H5NA 1U2VB 3VQAA 4FM1A 3QESA 4F3OA 3L2WA 3OYMA 3TAGA 3O4WA 3UKRB 3BF1A 1VSLA 3O5BA 4J8FA 2P5OA 3VGLA 3TU5A 1G15A 1XHXA 4K0KK 1WAFA 4Z4FA 1ASUA 4I2PA 3QEVA 5CY4A 3I55N 3V81A 1V4TA 1G99A 4YOVA 3A5MC 1GLCG 3OYHA 3VF4A 4NXMK 1IKWA 1GOBA 1KC8O 3ZSRA 4BG8A 2F7TA 1LW2A 4BY9C 2VG5A 4Z94A 2D0PA 4IG0A 3SYZA 2VCPA 3VQDA 4C8MA 3VQCA 4OLAA 2GWJA 4MO4A 1EWRA 1IH7A 4YOXA 5FRNA 5I3UA 3LWLA 3MX2A 2EWSA 3ZT3A 5C25A 5AQGA 4JI8K 1CZ9A 3OYDA 4CEBA 4Q0BA 3DMJA 4BWMA 3SQ0A 1VSHA 4EFHA 4E1MA 3HXMA 2R7YA 4H0TB 2W6LA 2P51A 2NRHA 2O8BB 1ZC6A 3SAFA 5FPNA 2D0AA 1RDCA 2IIRA 3AO3A 3VENA 3AVNA 1YF5L 4H0OA 3ZT4A 1BIUA 4E0DA 4BRIA 3G6EN 1OKJA 1X1PA 3MMVA 4B8AB 4E7LA 3QLHA 3M3ZA 1YIJN 2RPIA 1EP4A 3NHGA 1NK4A 5HRPA 3I8DA 3FGUA 1NK5A 2VYPA 1YVNA 1BCMA 1ZBHA 2HSTA 5I42A 1NKBA 3E1YA 2NNWA 3N4PA 1S1UA 2VG7A 3WNHA 3VF6A 4DR3K 1MWMA 4DSIA 1K8AO 3PIOL 4CJLA 4CZGA 1NK8A 1ZBFA 4XIUA 1UA0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FFK B;  2ASO A;  3OBW A;  3CCJ N;  3TAQ A;  4A5A A;  1QZ6 A;  3T7Z A;  4B9S A;  4GV3 A;  4BR4 A;  2AJQ A;  4BDP A;  1N32 K;  2DPN A;  3CPE A;  3TAE A;  3CM6 A;  4IFY A;  1LAV A;  2FLO A;  1K8K B;  1P90 A;  1GLF O;  4CD1 A;  3A5O C;  1GOA A;  1RCH A;  3OYN A;  4FJI A;  3MWP A;  3CC4 N;  3TI0 A;  2YX6 A;  1VK0 A;  4CK2 A;  1TGO A;  1SL2 A;  4BRD A;  3HK2 A;  1NGG A;  2YHY A;  3ID8 A;  1QSY A;  4KH6 A;  1S3X A;  3WXJ A;  5HRO A;  1NG9 A;  1HPZ A;  1T8E A;  2JGU A;  1HNZ K;  3OYJ A;  4JI6 K;  3PV8 A;  4BR5 A;  3CG7 A;  1KAZ A;  4FJL A;  5F1X A;  2HHH K;  1YJN N;  1C0F A;  4CIF A;  3HPO A;  4JKD A;  4FLW A;  3SV3 A;  1Q86 O;  1C0G A;  4DF4 A;  1QQC A;  3SUQ A;  2IS3 A;  4M3R A;  4N41 A;  3OBY A;  4XH1 A;  4OPK A;  3FZK A;  3IS9 A;  4DR6 K;  3KD1 E;  3BUZ B;  5AQO A;  5C2F A;  2IC3 A;  1HJO A;  4HWI A;  2A41 A;  5IWA K;  2OAN A;  3AA4 A;  1JL2 A;  4Y1C A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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