4OQOA

Crystal structure of the tryptic generated iron-free c-lobe of bovine lactoferrin at 2.42 angstrom resolution
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the iron-free true C-terminal half of bovine lactoferrin produced by tryptic digestion and its functional significance in the gut.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 105
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2014-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA02
5DVJA 4JXIA 4LA9A 3IAZA 1XHYA 3IK6B 2UVIA 1QKAA 3MP6A 4RYAA 2ONKE 4FAJA 4H5FA 4TLLB 3L6HA 3SEYA 1FQCA 5L9OA 1B3LA 4ZEFA 4XKRA 1II5A 1FQAA 4X1BA 3ONMA 5DEXA 3FV1A 3TDJA 3PMXA 2F7BA 4EF1A 3JV9A 4GQOA 1XC1A 3QK6A 1B4HA 1S50A 3VE1B 2Q2AA 2OJTA 1AH5A 1B4ZA 1LBCA 3GBAA 1TFDA 5ELVA 2ZYOA 3JYRA 2O7IA 2X7PA 4ZE8A 4LZ8A 3U1OA 2F8DA 1EH3A 3S4UA 2QS1A 4YKIA 1B5JA 4PE5B 3HO7A 3TELA 3LSXA 5F1QA 4MH5A 2DWHA 4GF8A 4FATA 1M5DA 3S2VA 4R73A 5EHMA 4FJPA 3TAJA 1B9JA 1SW4A 4IO3A 3TUSA 2X7QA 2PMSA 4U21A 3V89B 4ZEDA 1YPNA 1SVXB 2DVZA 5JTYB 1ZBMA 3U93A 1SW5A 3LSLA 2O84X 3VFJA 4H67A 2CMOA 4F29A 4NF6B 2XXVA 5L9SA 2I3WA 1QUJA 4BDQA 2V93A 1VR5A 2B3FA 5CMMA 1NMUA 1IXHA 1US5A 4ZECA 4X9TA 2UVGA 2DXYA 3PUYE 3FIRA 1MM7A 2OLBA 4DDDA 2O1LA 4RXLA 3VVEA 3UA8A 1B6HA 1UTBA 4DE8A 4OHNA 2NXOA 2YPNA 1NNTA 4POWA 3RT8A 3RY3A 1N7XA 5M2VA 4OFJA 3SKPA 1RKMA 3KJ7A 2DWIA 4GVOA 3EHSA 3HSTA 2RC9A 2F36A 3B6WA 1LAGE 3P7IA 4QSCA 4POXA 4NF5B 3RN8A 2ZNUA 4EQ9A 1PB8A 1B1XA 2M8CA 1B7HA 3OELA 2O6AA 2F7CA 3RTFB 1B3HA 2GH9A 1JW1A 4NWCA 2LAOA 4R9GA 4XTCQ 3K00A 3IO6A 2THIA 1CB6A 1SBPA 3THIA 3SERA 1XVXA 5H8FA 3T66A 2I0BA 3KN8A 1URGA 2Y7RA 3D4CA 4LONB 3PPQA 2ZYMA 3MVXA 4RA1A 1P1NA 2ABHA 3MVWA 3KN3A 4UACA 3QUJA 1PBQA 2YJPA 3DP6A 4JBZA 3FVOA 4WEDA 1B3GA 1IXIA 1BLFA 2A5SA 4NF8B 2I3VA 1OQGA 2DXRA 5F7VA 4WKMA 2PBWA 1PBPA 2DP8A 1Y3PA 3ZKKA 3T9VA 2Z8DA 1FCKA 2DWAA 2D3IA 1OQHA 1Q35A 5AA2D 5FTIA 2QPQA 2RC8A 4P11A 5I2NB 1DPPA 1DOTA 1MDQA 3IB0A 4P0IA 3K1NA 3C32A 2QS4A 4C1UA 1ELJA 4TLMB 5I56A 1O64A 1BTJA 2I0CA 5H8QA 4LZ7A 3MP8A 2R71A 3M3FA 2AL5A 5H8NB 4ELOA 3H03A 2NWJA 4PP0A 3TTNA 1Y4CA 1LFIA 5CMKA 3PMVA 1S9TA 1MRPA 3ILUB 3KOTA 1AOVA 3OOAA 3TPAA 1ZU0A 3N26A 1YAEA 1LAHE 3I6VA 4RNSA 4F3PA 3MVZA 5TPAA 3R6UA 4GWOA 1MY2A 4R75A 3DLNA 3SEVA 2E1SA 1XS5A 5I58A 2H9BA 1M5BA 2XX7A 2I6EA 5H8HA 2HZLA 1Y1ZA 5AA3A 2G93A 4NWDA 5I57A 5I2KA 4KHZE 2F35A 2Q89A 5ISUA 4FEBA 3IOUA 2R6GE 1LB8A 5AA2A 3FXRA 4PQJA 5CMCA 1MY4A 1MQIA 1N3WA 4Q5TA 5ICTA 3W15C 3B6QA 1D3KA 4ZZEA 4G8NA 3G3IA 2QMXA 1XVYA 3KGCA 2DE4A 3M8UA 4DIGA 4OENA 3G3KA 4GIZA 2UYEA 3MP1A 3K02A 4RPNA 3H6UA 1QUIA 1N84A 4G68C 2HCAA 2HAUA 2ZNTA 4F39A 4OEVA 1OLCA 1EZ9A 4FIMA 5AA4A 1LCTA 3MZ1A 2QS3A 1IIWA 1MS7A 4U4SA 4R74A 3TKDA 4O3AA 1NNPA 3G7WA 5EHSA 4Q8RA 1LBBA 2DQVA 1B05A 2O7UA 3CFLA 3O6IA 4NEDA 2VD2A 4OESA 4IO4A 4F3BA 3ECRA 1B40A 2H99A 4ZZAA 1UTHB 1Z7ME 3C9HA 4H5GA 1BKAA 1R6ZA 3MZ9A 2YLNA 2HFBA 2ZMBA 2RCAA 3LBSA 3S9LC 3C35A 3KFMA 4H0WA 3E4RA 3PPRA 2OWSA 5BUUA 4F2OA 3IO4A 1O7TA 5FHNA 4IO7A 4DXCA 4FE8A 5TP9B 4DXUA 2PT1A 3EN3A 2HXWA 4XIGQ 4NE4A 3KG2A 4XKQA 3TTRA 1EZPA 3VDFA 1LFGA 1JW4A 1MY3A 3C36A 5KDTA 4MBPA 3E9XA 2F97A 1FTLA 1FTKA 3PGFA 1BP5A 2GHAA 3K2DA 5I59A 3T96B 1Y20A 4QFLA 2REGA 4QFKA 4YICA 1RYOA 4G8MA 1SW2A 4KYSA 2Z8FA 4ELRA 4YMBA 1H3DA 4OXVA 4H6DA 1IEJA 1FW0A 2DOJA 1QULA 1A40A 3MPKA 1MPBA 2FA7A 4HS7A 2ZYKA 2FYIA 2OZZA 1YCJA 3BFUA 4FEDA 3MJNA 4N13A 2XXPA 1PDAA 1B1HA 4G68A 3FASA 4AB6A 2A5TA 3O97A 3CR9A 1IQ7A 1MQGA 4LUBA 5CRYA 1GVCA 1R9LA 3I5OA 3C4MA 4KI0E 2XX9A 4HW8A 5DEXB 5JEIA 3K1PA 1PC3A 2AIXA 2DSFA 3IJXB 4C0RA 4PFYA 4LP2B 1A54A 3K01A 3F11A 3Q27A 1LGBC 2QMWA 3MPLA 2F78A 5ITPA 3TZAA 1P1UA 3TQLA 3BBRA 1MXZA 3TCHA 5FTHA 4JWOA 4QFPA 4MLQA 2UVJA 3PU5A 1B5HA 3RPWA 4U2RA 1PEBA 2Q88A 3HHFA 1B0HA 3RNNA 3FXUA 2XXYA 4JWXA 2XXWA 1B7UA 3PMWA 4ZEIA 3UP9A 5AA1A 4R9FA 2X26A 3S9EA 4R72A 4KD5A 3H3GA 4IY5A 4JDFA 3TODA 1GR2A 2REJA 3TCGA 2V3UA 2ONSA 1AMFA 1QUKA 1XOCA 1QW0A 5B70A 2HZKA 4ESWA 2UXAA 3KZGA 2XXTA 4EXKA 4G4PA 2XXXA 5HM4B 3ILTB 5B7DA 3V5AA 3VLWA 1ZKBA 1GV8A 4ONYA 2OBGA 3CRBA 3T93B 4OZ9A 1OLAA 1UTBB 2G29A 3KBRA 5AE4A 4Z7EA 1MH4A 4ND9A 3H7MA 3FZVA 1M5EA 3TTMA 4EF2A 2Q2CA 3IOTA 1JEUA 1P99A 3SEXA 3FUZA 5BWJA 2QS2A 5K2XA 1P1WA 5J1DA 1ATGA 2ZYNA 5FHOA 3USDA 3JZJA 5ITOA 3DP4A 4MFIA 4ZEBA 2VOZA 5HBCA 2OCUA 4GL0A 1MXXA 3FJMA 3H6VA 2W7YA 1IUDA 4X1DA 2IA4A 2PX1A 4E0WA 5A5XA 3T22A 2RF1A 1I6AA 3OO9A 4XKNA 5CM6A 5H8FB 3MVYA 3IL1B 2NOOA 3T9UA 3U92A 2VP1A 4F19A 4BDLA 3KEIA 3IB2A 4AB5A 1B0LA 5CI5A 3QXMA 4F1YA 4NF4A 3C34A 1Y9UA 2XXQA 1IXCA 3Q25A 2Y7KA 4G8HA 3SEUA 1JVXA 4R2FA 3TQWA 4F1UA 4R6HA 2AL4A 3TTLA 2XXHA 3MWBA 3PUZE 4K3FA 4F3GA 4G77A 3GXAA 1NNKA 4TOZA 1SI0A 2D21A 3VVDA 1N7WA 1SYIA 3EQ1A 3CFXA 4LATA 2V84A 4R2BA 4DZ1A 3FJ7A 2UVHA 3CI8A 1H44A 3U72A 2V25A 3IOVA 5TU0A 3IR1A 5I56B 3FATA 1DTZA 5H8QB 1P1QA 5KCJA 4GRKA 4WEPA 5DTBA 4LZ5A 4IO2A 2DE2A 1LSTA 1TFAA 1MY0A 4RK9A 3HV1A 3TYHA 4U22A 1ANFA 2PT2A 3PPOA 1IZ1A 5FHMA 4U23A 3IOWA 1B52A 1HSJA 2KLFA 1NH7A 2V3QA 1H45A 4N07A 1JVYA 2IEEA 3RUMA 4I1DA 3EHUA 5TPAB 5JK4A 3MQ9A 3QYTA 2F7AA 1B7ZA 4YMAA 1LCFA 4Q0CA 5CBRA 1JW5A 5I58B 4XKPA 3M3KA 5H8HB 1I6QA 2F5XA 4YAHX 3UN6A 5KZTA 4PFTA 1Q1KA 1TT1A 5I57B 2F34A 5I2KB 3AXFA 4YB5A 5LOMA 4M4GA 2XD3A 4O3CA 1KWHA 5AA2B 4EDPA 1M5CA 1MXWA 4JSOA 1MQDA 1VE4A 1FQDA 3O66A 1QKBA 3N6UA 3LSFB 4RPOA 3TEPA 3MBPA 2OWTA 4U1OA 1MXUA 2R9JA 3HPIA 1UIVA 1R9QA 1NL5A 2VGQA 2F6PA 2ZXTA 3O28A 4MF3A 4GXAA 4O3BA 3DM0A 1TXFA 2DE3A 4LVQA 3KSXA 1GGGA 1T0KA 4YB7A 2Y7WA 1D9YA 3LC8A 3S9MC 5DVIA 4LQ2A 3FVKA 5AA4B 1PB7A 5CMBA 1S7YA 4KYEA 3VXBA 1Y3QA 3WAFA 2O51A 4EUOA 2RCBA 1I6BA 4OMBA 1SD3A 3SESA 4JSDA 4BLAA 1MPDA 3BKIB 2XXIA 3GZGA 4KPTA 1MY1A 4E0XA 1MM6A 3U8QA 4IO6A 3D4GA 4U4XA 4ECFA 3CVGA 3WAEA 2RC7A 1YTVA 1M5FA 4KYDA 1B46A 3QSLA 1FQBA 1H43A 3CG3A 4KCCA 1A8FA 1J1NA 2P0SA 4F1VA 4F31B 2HQ0A 2XD2A 4RK2A 4NTLA 2FNCA 1OVBA 2RKMA 1URDA 4F18A 4P0GA 5KDTB 2ESNA 1ZMGA 1IXGA 3FJGA 1JQFA 4ESXA 5I59B 3G3HA 1D9VA 3UORA 2I49A 3MAMA 4G2ZA 2P1SA 1FQFA 1SW1A 4KCDA 2B3BA 2Y84A 4ZS9A 3K6WA 2QL3A 3HHGA 4X48A 1IITA 1LFHA 3OO8A 4MLVA 4F2QA 4F22A 1LB9A 1WVJA 4DXBA 2HEUA 3IORA 3DELB 3RLFE 1SQYA 3VLUA 4YKJA 3TFLA 3H4ZA 3OSQA 4G68B 2PVUA 5JTYA 3G3JA 3OEKA 1MG1A 3E3KA 3K6XA 3K1MA 2A5TB 4GFRA 4YB6A 3ZKLA 2H25A 4NF6A 1HSEA 5H8SA 4QSEA 2I58A 4RY1A 1USYH 3LR1A 2O69A 2XX8A 3O6HA 1B32A 2Z23A 3QIMA 4FECA 1P1OA 5I84A 4N6PA 2WKYA 1H76A 4RJZA 4QSDA 4JWYA 4AQ4A 3SDFA 4L17A 1DSNA 3CG1A 3N6TA 4ZE9A 4HCWA 3OXNA 3VLVA 2Q8JA 4TQUQ 2O68A 1MQJA 1MXVA 2H4IA 3LUYA 4EQ7A 4U1ZA 2GHBA 4KQPA 4QHQA 2ALUA 4DCYA 2XXUA 1F9BA 4GL8A 1MDP1 4NF5A 3BFTA 4YKPA 2D5WA 4OQOA 1A99A 3U94A 4UA8A 3B6TA 1POTA 2I4CA 3PD9A 4H65A 1EZOA 1LLSA 1Y1MA 3G3FA 5CBSA 3Q26A 3PUXE 2I48A 1VFEA 1EU8A 2B65A 1GTKA 2HAVA 2P2AA 4I9DA 3KN7A 2RINA 1SYHA 1WDNA 4FORA 4OFOA 4OERA 3G3GA 3MUQA 3O6GA 1A55A 3OO7A 1TWYA 4GXSB 3CIJA 3KOSA 3B7DA 3MW0A 1LAXA 3FVGA 5IKBA 1B3FA 4I8CA 3CFZA 3PPNA 2Q9TA 3GBBA 3QAXA 1L5TA 3H6WA 4NF8A 3FGSA 4LQ5A 4F3SA 1US4A 2Y7IA 4H1XA 3IB1A 2GFEA 4M1VA 2DVCA 4BDRA 1OIBA 1ZJLA 1HSLA 5I2NA 1OMPA 3UIFA 3S9NC 2Z22A 3DP8A 5CC2A 3CSGA 3EPEA 3MC2A 5A5XB 4WXJA 3N5LA 3V83A 1B3EA 4PFUA 4BDNA 1QVSA 2Z8EA 4HTGA 4OVJA 4R6KA 5H8NA 1UIUA 1NFTA 1FTOA 1Z7NE 4QFNA 5HPQA 4ELPA 4GOTA 3HN0A 2H5YA 4IO5A 3FXQA 5L8DA 1POY1 4BDMA 3A3CA 4NF4B 3KJTA 4HCYA 1MXYA 4OWDA 4ISUA 1FTMA 2ZNSA 5DT6A 3K6VA 3K4UA 1JNFA 3FV2A 1LAFE 3C33A 3RGYA 1B58A 4GLIA 3OO6A 4KR5A 3K6UA 3EHTA 4OEUA 3M3LA 1MQHA 1N0TA 1AIVA 2OK2A 1ZLQA 3A3UA 5DVFA 3FD3A 3FVNA 3RTWB 5L9MA 1O63A 3PUWE 3Q28A 4H8IA 2O1MA 1UQWA 5KCJB 3ODBA 4YKKA 2XHDA 3C31A 1USYE 1OVTA 5ICQA 4DCXA 3N94A 3ZSFA 3R26A 3GLBA 1A8EA 1B5IA 3PPPA 3A09A 4C1TA 3CSBA 4R6YA 2BJJX 3E13X 2DWJA 3W9WA 3VXCA 3KSJA 3PUVE 1CE2A 1PB9A 3I3VA 2NVUB 1ZIUA 4EQBA 1N76A 2F6GA 2QRYA 2DS9A 3VVFA 1B2HA 3TCFA 4QFOA 4IGTA 3K0VA 3R7XA 1QJMA 3IX1A 3RQTA 1FQEA 1WODA 3L6GA 1D4NA 3MZBA 4ZDMA 3SETA 3TTKA 4GD5A 4OFLA 2VHAA 4EXLA 4IY6A 3V8XB 2Y7PA 1R1NA 3LSWA 4DLDA 2ANJA 2E0SA 2V3TA 3Q29A 3RT6B 1UTHA 1RYXA 3QUFA 3ZS6A 4OYVA 2CZLA 2QJEA 3T9HB 5EYFA 1MH3A 2QSXA 3OD7A 5K2YA 5IAIA 2PYYA 2NUVA 3EF7A 1NNFA 1MPCA 4QRZA 4OTEA 4THIA 4NMYA 3O9PA 4XXUA 3SEWA 1BIYA 4BDOA 4OETA 4QF9A 5TP9A 3H06B 2I4BA 4JB7A 1DTGA 3OMBA 4IB2A 4ELQA 3OENA 2GRVA 4KFQA 1JETA 4Z0IA 1B51A 1I69A 4IGRA 1FTJA 3O2AA 1DPEA 1SI1A 3VV5A 3H6TA 2H98A 3HCQA 3TMGA 3PV0E 1SDXA 1JEVA 4Q30B 3OEMA 1ZTYA 1N3XA 1NKXA 4YU0A 2UYFA 1NH8A 1VSOA 4H8JA 3O29A 1Y4TA 3PD8A 1DMBA 4ZEKA 2VD3A 4YZZA 2DYXA 3IJOB 2AYSA 5DYHA 4PETA 3OSRA 2XXRA 1N04A 1XT8A 3W9VA 1AL3A 3UGWA 4PFWA 4I62A 3T9XB 3UK4A 1A7LA 1Y3NA 1VFDA 2ONRA 1URSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DVJA 2VPOA 2HXRA 4JXIA 4LA9A 3IAZA 1XHYA 3IK6B 2UVIA 1QKAA 3MP6A 4RYAA 2ONKE 4FAJA 4H5FA 4TLLB 3L6HA 1CNQA 1NV1A 3SEYA 1FQCA 5L9OA 1B3LA 4ZEFA 4XKRA 1II5A 1FQAA 4X1BA 1G0HA 3ONMA 5DEXA 2B4LA 3FV1A 1EYKA 3TDJA 2BJIA 2XWOA 3PMXA 2F7BA 4EF1A 3JV9A 4GQOA 4H46A 1XC1A 4NGUA 3QK6A 1B4HA 1S50A 3VE1B 2Q2AA 2OJTA 1AH5A 1B4ZA 3U65A 1LBCA 3GBAA 1TFDA 5ELVA 2ZYOA 3JYRA 1VDWA 2O7IA 2X7PA 4ZE8A 4LZ8A 5EQ7A 3U1OA 2F8DA 1EH3A 4GWWA 3S4UA 2QS1A 4YKIA 1B5JA 4PE5B 4DI4B 3HO7A 3TELA 3LSXA 5F1QA 4MH5A 2DWHA 4GF8A 4FATA 4O7MA 1M5DA 3S2VA 4R73A 5EHMA 4FJPA 3TAJA 1B9JA 1SW4A 4IO3A 3TUSA 2X7QA 2PMSA 4U21A 3RPLA 4FBPA 3V89B 4ZEDA 1YPNA 1SVXB 2DVZA 5JTYB 1ZBMA 3U93A 4MNPA 1SW5A 3LSLA 2O84X 3VFJA 4H67A 5IM2A 2CMOA 4F29A 1FBFA 4NF6B 2XXVA 5L9SA 2I3WA 1QUJA 3T1BA 4BDQA 2V93A 1VR5A 2B3FA 5CMMA 1NMUA 1IXHA 1US5A 4ZECA 4X9TA 2UVGA 2DXYA 3PUYE 3FIRA 1MM7A 2OLBA 2WX9A 4IR8A 4DDDA 2O1LA 4RXLA 3VVEA 2KR0A 3UA8A 2CEXA 1B6HA 1UTBA 4DE8A 4OHNA 2NXOA 2YPNA 1NNTA 4POWA 3RT8A 3RY3A 2Q8MA 1N7XA 5M2VA 4OFJA 3SKPA 1RKMA 3KJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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