4OQOA

Crystal structure of the tryptic generated iron-free c-lobe of bovine lactoferrin at 2.42 angstrom resolution
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the iron-free true C-terminal half of bovine lactoferrin produced by tryptic digestion and its functional significance in the gut.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 105
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2014-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA02
1ATGA 1ELJA 4TLLB 2PX1A 1B6HA 4N6PA 3ZKKA 1LLSA 1LGBC 4JBZA 3IB1A 2B3FA 2UYFA 4GWOA 3OOAA 3B6TA 5J1DA 2DSFA 2PT2A 4LZ5A 2XXRA 1UTBA 1M5DA 1VE4A 4WEPA 3FV1A 5I2NA 4FECA 3KGCA 1MM7A 3TKDA 2ABHA 4POXA 3SESA 4EDPA 3H6TA 3DP8A 2ZYNA 3LUYA 2I3WA 3RGYA 3O29A 5I2KB 4OETA 3L6HA 2OWTA 2RCBA 4OFJA 4X48A 3TCGA 3VE1B 5K2XA 3MP1A 3VLVA 3PV0E 1ZIUA 3JYRA 1SQYA 4IO3A 2PVUA 4JXIA 2G93A 2F97A 3SEVA 4ZEKA 1N84A 4ZDMA 1P1OA 3H6VA 4I1DA 1LAHE 3OO6A 3O9PA 1Y4TA 1SW5A 1VFDA 3UORA 4ZEDA 2O51A 5AA2D 3SEXA 5CBRA 5CC2A 1B5IA 2RC7A 4R6KA 2F35A 2UVGA 4I8CA 2F36A 4F1YA 3OEMA 3VVDA 1LBBA 2UYEA 3MPLA 4NF4A 3ONMA 5FTHA 2VD3A 3ECRA 3THIA 1YPNA 5CBSA 2GFEA 3TTLA 4ESXA 3RPWA 1IXHA 2O7UA 2Y7IA 1QVSA 4JWXA 2F34A 2QMWA 4EQ7A 3HN0A 3FJGA 5I58A 5H8SA 2H25A 3HCQA 4IY6A 3JZJA 4U1OA 3GZGA 4NWCA 3TPAA 2A5SA 5ISUA 4F39A 3K2DA 3R26A 3MQ9A 4TQUQ 4G8HA 3DP6A 3H6WA 3TZAA 4NTLA 5BWJA 2ALUA 1EZOA 3EHSA 1D9VA 3TFLA 2THIA 4F3BA 3O2AA 1B4ZA 3N5LA 1MG1A 3M3KA 4DXUA 2XXQA 1CB6A 3LSXA 4C1UA 4EF2A 1LCFA 3CG1A 4F29A 3I5OA 2V3QA 3EQ1A 2AIXA 1O64A 1LB8A 4PFTA 3HHGA 2I3VA 3KN7A 3RUMA 3QIMA 3T93B 1ZTYA 4ZEIA 1Y3QA 1M5EA 3V8XB 2GHBA 5L9MA 2ONSA 1XC1A 4E0WA 4NF5B 3U1OA 1MQIA 2REGA 1FQEA 4H0WA 2ONRA 1UTHA 3OD7A 4IO2A 2XXUA 2H99A 2O68A 4F19A 2XXYA 3S9NC 3CG3A 3PUYE 1NNTA 3RLFE 1QULA 3VFJA 2XXWA 3UIFA 1Y1ZA 5EHSA 3W9WA 3HPIA 1P1WA 3H06B 4PETA 1GV8A 4IO6A 2PT1A 5A5XB 1SW2A 1SI0A 3HO7A 3IB0A 2NVUB 3IR1A 4XKQA 3M8UA 1MPBA 3N94A 1DPPA 1A99A 2DE4A 1MQDA 4G68B 2RC8A 4H1XA 3K6XA 4OVJA 3MBPA 4WKMA 1RYOA 1OMPA 2QJEA 4KYDA 3WAEA 3TAJA 3P7IA 4ZEFA 1Y1MA 1XT8A 1B5JA 5LOMA 3UGWA 3MC2A 2Z8DA 1PB7A 4NF8B 1FTMA 1YCJA 2ONKE 4DCYA 4F3SA 5IKBA 1JNFA 1A40A 3LBSA 1URDA 1Y4CA 4ZZAA 5FHNA 4OTEA 2V25A 1B32A 1VR5A 1JETA 2CMOA 5JTYA 4GFRA 2DWJA 2H4IA 2NXOA 1UIVA 3EN3A 4HS7A 5B70A 1IXCA 1MQHA 3C9HA 3G3IA 3N6UA 2GHAA 3JV9A 1GVCA 2D21A 4N13A 2GH9A 3LSLA 4NF5A 3FXQA 4U21A 1B3LA 4C1TA 1OIBA 1B7UA 4P0IA 4DLDA 2HEUA 4KPTA 4R73A 1PB9A 3O28A 3U92A 4RPNA 3GLBA 1POTA 3OSQA 4ONYA 3U94A 2A5TB 3BKIB 5DYHA 3PD8A 2UVJA 4YB7A 3TQLA 3O6HA 2BJJX 1UQWA 5KCJB 1OVTA 4H8JA 4MBPA 4FE8A 3FZVA 1R9QA 2DWHA 3QK6A 5A5XA 1SDXA 3E4RA 1HSEA 2NWJA 4RJZA 1PBPA 3PUXE 1LB9A 1LAGE 1B3HA 4G68A 3MWBA 4Q0CA 2VD2A 3ODBA 2Z22A 4QFLA 4POWA 4JDFA 1POY1 4LUBA 3VVFA 5H8NB 4QSDA 2ZXTA 3MPKA 3E13X 4NF8A 3C32A 3PMXA 3OSRA 4GRKA 3IL1B 1WODA 3LSWA 3PU5A 2RKMA 1VFEA 5F7VA 3V5AA 3IX1A 1MY0A 1B05A 4EXKA 4OYVA 4OENA 4RYAA 1BTJA 3K4UA 5EYFA 3MVYA 5M2VA 3ZSFA 3S9LC 4QHQA 5AA3A 2REJA 3IAZA 2QS1A 4NE4A 1MM6A 1TFDA 4Q8RA 3IO6A 1URSA 1US4A 2HFBA 1FQAA 1FW0A 3OENA 1FQDA 5H8FB 1RKMA 2QMXA 5DVJA 3S9EA 3MP8A 3A09A 1JQFA 3AXFA 2I4CA 3PPQA 3MZ9A 2ZNUA 2A5TA 2F78A 1TT1A 5DTBA 1LBCA 4RPOA 5KCJA 3CIJA 2O84X 1USYE 2HCAA 4LA9A 2Z23A 2FA7A 1WDNA 3H3GA 4OHNA 4QFKA 2FNCA 3MW0A 4UA8A 4XTCQ 4FATA 4U1ZA 4R75A 5CMCA 2XXIA 1SYHA 2Y7KA 4OEVA 4ELQA 4DE8A 4ND9A 4R2BA 1N04A 4X9TA 3PUWE 5I59A 1B4HA 3D4CA 5H8NA 3TODA 4RA1A 1LFGA 4U22A 4ZE9A 3T66A 3O66A 5IAIA 4LONB 1MXWA 2O7IA 4TLMB 5AA4B 3TMGA 4U2RA 4AQ4A 4P11A 2OBGA 1P1NA 2OZZA 2I6EA 3FATA 3QXMA 4EQ9A 4MLVA 3E9XA 4QF9A 2OLBA 3OEKA 1IQ7A 3S4UA 4IY5A 4P0GA 3CFZA 3Q28A 3G7WA 3TCFA 4RY1A 3BBRA 3RQTA 4H5FA 3O97A 1GTKA 2O6AA 3Q27A 4BDOA 4GL8A 4N07A 4RNSA 1HSLA 3HSTA 3K6VA 3TDJA 5H8FA 1N0TA 4H65A 4AB6A 1WVJA 1IIWA 3IB2A 1UIUA 2XHDA 1URGA 1B0HA 1O63A 2XXVA 1R1NA 1MPDA 4XKNA 2DWIA 4IO4A 4QSEA 1XHYA 3TCHA 5HPQA 3QAXA 3V83A 4IGRA 3FJMA 2DVZA 4YKIA 4X1DA 4QFNA 4HCYA 1Q35A 3MUQA 2E0SA 3TTMA 4EXLA 1A8FA 1FTKA 3FASA 3SERA 4RXLA 3IOUA 2F5XA 3V89B 2YPNA 4U23A 4H5GA 3KZGA 2Q2AA 3GXAA 3K02A 3FVOA 1B58A 3VXBA 3FV2A 4LZ8A 5I2KA 3G3HA 5KDTB 4M1VA 3MVXA 3DELB 1SBPA 3VDFA 4GD5A 3CSGA 4MF3A 4OEUA 2PYYA 4DCXA 1JEUA 1XVYA 3IJXB 1MY4A 1DOTA 2QPQA 3G3KA 5TPAB 1B51A 1YTVA 5AA4A 1N7WA 3QUFA 4DXBA 5K2YA 3MZ1A 4M4GA 1AMFA 4ISUA 1EH3A 2XD3A 3F11A 2F7BA 4GXSB 3PMVA 1NNKA 5AE4A 3IO4A 2UVIA 3PGFA 2V84A 2O1LA 3OO8A 2UVHA 3HHFA 4OFOA 3RT8A 4BLAA 3QYTA 2NOOA 1JW1A 3FVNA 3H6UA 5BUUA 3IOTA 3TQWA 3C4MA 3K6WA 2IEEA 2HZKA 4ESWA 4G8MA 3IORA 1OLAA 2Y7WA 3IOVA 1ZJLA 2R71A 2OK2A 3SKPA 4FAJA 1NNFA 1NNPA 2Q89A 2H98A 5H8QB 4XXUA 2XXPA 3KG2A 1EU8A 3T9XB 1MXVA 1IXGA 3R6UA 3N6TA 3G3GA 3PUZE 5CM6A 2HAUA 3SEUA 1LAFE 3I6VA 2NUVA 4GVOA 3DLNA 4H67A 4ZE8A 4KCDA 3KBRA 4Q5TA 3OELA 4OERA 4KYEA 5KDTA 2Y7RA 3RN8A 4KD5A 3D4GA 4H6DA 4LZ7A 4BDQA 2QS2A 4THIA 4NWDA 1QW0A 5TP9B 4HTGA 4KQPA 1TFAA 5ICTA 2B65A 2UXAA 3TEPA 2HZLA 2RC9A 1MH3A 3OO7A 5TPAA 2HQ0A 4WXJA 4GL0A 4DXCA 1DTGA 1A55A 2F7AA 4FORA 4OQOA 2ZMBA 3SETA 4NMYA 5KZTA 3FXRA 1GR2A 4YKPA 4DIGA 3RNNA 3ILUB 1H45A 1B3GA 2H5YA 3DP4A 4YICA 3TELA 2Q88A 3FJ7A 4AB5A 2QSXA 4KI0E 4BDLA 1L5TA 1NH7A 2V93A 1MPCA 2ZYKA 4F3PA 1P99A 2XX8A 3K6UA 2F6GA 5FHOA 4XKPA 4U4XA 4LVQA 5I57B 4IO7A 2M8CA 5DT6A 3CSBA 3EHTA 1H44A 3CR9A 1B5HA 1FQBA 1N7XA 4G68C 1IXIA 1DMBA 4FEBA 1R9LA 1BIYA 2AL4A 3K1PA 3T96B 5B7DA 3DM0A 1UTBB 1N3XA 3MVWA 4OESA 1KWHA 4X1BA 1Y20A 2RCAA 3C34A 4OXVA 2B3BA 5H8QA 1SD3A 1OVBA 1B3EA 4YKKA 2QS3A 1YAEA 1SW1A 3H7MA 5JK4A 2F6PA 5DVIA 3C35A 3LSFB 2DQVA 3ZS6A 1DSNA 4EQBA 2P1SA 1A7LA 2Z8FA 1P1QA 1GGGA 4ZZEA 4F31B 2GRVA 3FVKA 3VLUA 2R6GE 3K1NA 4FIMA 2I4BA 3EF7A 4YKJA 3OXNA 4PFWA 4DDDA 5L8DA 4BDNA 2I48A 1ANFA 2XXTA 2XX9A 5ICQA 3U72A 2DYXA 2DP8A 3G3FA 3KSXA 3MAMA 1RYXA 1EZ9A 1LFIA 1T0KA 5FHMA 4QSCA 3S2VA 1I6QA 3SEWA 3KOSA 4ELOA 4Z7EA 2YJPA 4JWOA 1FQCA 1FCKA 1QUJA 1Y3NA 1IEJA 1MXYA 1B7HA 1JW5A 3O6GA 4JB7A 1N3WA 5I58B 2HAVA 3L6GA 2HXWA 2XXXA 3VXCA 2DWAA 4F2QA 1ZMGA 3TTKA 3VVEA 5I57A 1AL3A 1LAXA 1NMUA 1SI1A 1US5A 4GOTA 4MLQA 3CRBA 3EPEA 1MS7A 1LCTA 4ZS9A 4ELPA 3VV5A 1S9TA 1ZKBA 2Q9TA 1J1NA 5AA2B 3TTNA 1Z7ME 3M3FA 1MDP1 2Y7PA 4IGTA 1ZLQA 5CRYA 3Q25A 4YU0A 2X26A 1NL5A 1MRPA 3C33A 1TWYA 4YB6A 1MQGA 1BKAA 1BLFA 4HCWA 1FQFA 1R6ZA 4HW8A 1NFTA 3T9VA 3R7XA 1M5BA 1B9JA 4ECFA 1B2HA 4BDMA 4JSOA 1B52A 1XVXA 4PFYA 3B6QA 4O3BA 3WAFA 5CMBA 2DVCA 3E3KA 2OCUA 4R9GA 4OFLA 1SYIA 1PC3A 3G3JA 4OMBA 4EF1A 1OQHA 4PQJA 1MXXA 1UTHB 4L17A 4F1VA 1AH5A 2YLNA 2O1MA 2LAOA 4KHZE 4O3AA 1SW4A 4Z0IA 1N76A 4Q30B 4QFPA 2DXYA 2G29A 1A8EA 5H8HB 3K1MA 4KFQA 2CZLA 3PD9A 3SDFA 3KOTA 5CMKA 2ANJA 3KFMA 2QRYA 4F18A 2DE3A 1QUIA 3CVGA 5ITOA 4KCCA 3ZKLA 1B46A 1JVYA 4NF6B 1PBQA 4LQ5A 3TUSA 3KJTA 5HBCA 1XS5A 2P2AA 3U93A 3KSJA 2ZNTA 1NH8A 1JVXA 2E1SA 2XXHA 3CFXA 1ZBMA 3BFUA 3LR1A 4PFUA 1I69A 1MY3A 4I9DA 3MVZA 1I6AA 1QUKA 4K3FA 3O6IA 4JSDA 4IB2A 1D4NA 3FIRA 5AA2A 3W15C 1F9BA 3UA8A 4O3CA 3PPNA 3M3LA 4PE5B 2ZNSA 2PMSA 1DPEA 3T22A 5EHMA 1B3FA 3H4ZA 1CE2A 3KJ7A 3IJOB 4R6HA 4ZECA 1Q1KA 3RTWB 5JTYB 4NEDA 4GF8A 4ZEBA 4G2ZA 2O69A 1SVXB 1FTLA 5DEXB 3IOWA 2ESNA 2Y84A 2D3IA 3CFLA 2VGQA 2AL5A 4QRZA 1OQGA 1USYH 3QUJA 2VOZA 3MJNA 4OWDA 1AOVA 2XX7A 1IITA 3PPPA 3RY3A 3UK4A 1S50A 1M5CA 4YMBA 1MXUA 4UACA 1H3DA 3KN3A 4MH5A 4DZ1A 2XD2A 1B40A 2D5WA 1D3KA 5H8HA 1B1XA 4H8IA 1BP5A 3K01A 1QKBA 1IZ1A 4KR5A 1II5A 3A3CA 4OZ9A 1ZU0A 1QJMA 4GIZA 5DVFA 4NF6A 4WEDA 2Z8EA 5FTIA 4G4PA 4RK2A 1PEBA 1PDAA 3PMWA 3LC8A 3OO9A 4TOZA 3K00A 3MP6A 3FGSA 4G8NA 3TYHA 2WKYA 3BFTA 2H9BA 3PUVE 5CI5A 5CMMA 4YMAA 4YAHX 5L9SA 4F3GA 2PBWA 2AYSA 1XOCA 3FXUA 4F22A 1Y9UA 3OMBA 4R72A 3C31A 2DXRA 1Z7NE 1MY1A 1FTJA 4U4SA 4LATA 1Y3PA 3GBAA 2DOJA 4GLIA 1MQJA 2QS4A 4YZZA 1S7YA 5I56B 1QKAA 3W9VA 5DEXA 1EZPA 4XKRA 3H03A 4GXAA 1DTZA 1P1UA 4EUOA 3I3VA 4IO5A 1A54A 3QSLA 2V3TA 1OLCA 3SEYA 4LP2B 2V3UA 3FUZA 1NKXA 3CI8A 2DS9A 1MH4A 3Q29A 3UN6A 3PPRA 5TU0A 1FTOA 3KN8A 4MFIA 5AA1A 5I84A 3TTRA 2OJTA 1VSOA 1MY2A 4R6YA 4KYSA 4FJPA 2ZYMA 1MDQA 2I0BA 2I58A 1LSTA 3KEIA 4QFOA 3C36A 1MXZA 4G77A 2Q8JA 2Q2CA 3B6WA 1LFHA 1H43A 4PP0A 3S9MC 3ILTB 3K0VA 3UP9A 2FYIA 5I2NB 1AIVA 1TXFA 3T9HB 2IA4A 1PB8A 1M5FA 3FD3A 4F2OA 2ZYOA 4BDRA 4C0RA 3GBBA 3EHUA 3U8QA 5I59B 1B1HA 1B7ZA 2R9JA 1I6BA 3B7DA 3N26A 5L9OA 1H76A 2P0SA 3RTFB 1B0LA 3Q26A 2I0CA 2F8DA 1JW4A 5TP9A 2KLFA 3RT6B 1IUDA 3A3UA 4ELRA 2I49A 3FVGA 1O7TA 2X7PA 2F7CA 4E0XA 5ITPA 3USDA 4JWYA 4XIGQ 1D9YA 2W7YA 3VLWA 5I56A 4I62A 2OWSA 4GQOA 5F1QA 4NF4B 4R74A 3T9UA 4F1UA 2VHAA 2VP1A 3PPOA 3MZBA 4R9FA 2RF1A 4R2FA 4YB5A 2QL3A 2RINA 5HM4B 1HSJA 2X7QA 2DE2A 3IK6B 1JEVA 3HV1A 5ELVA 5JEIA 4RK9A 4LQ2A 4FEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IZZA 1ATGA 1ELJA 4TLLB 1FPBA 2PX1A 1B6HA 4N6PA 3ZKKA 1LLSA 1LGBC 4O94A 2CEXA 4JBZA 3IB1A 1NV0A 2B3FA 2UYFA 3KC0A 4XFEA 2WYKA 1FPKA 4GX4A 4GWOA 3OOAA 3B6TA 5J1DA 2CEYA 2DSFA 4MCOA 2PT2A 4LZ5A 2XXRA 1UTBA 1M5DA 1VE4A 1FJ9A 4WEPA 3FV1A 5IZ1A 5I2NA 4FECA 3KGCA 1NV3A 1MM7A 2FBPA 2PFYA 3TKDA 2ABHA 4POXA 3SESA 4EDPA 3H6TA 3DP8A 2ZYNA 4HE1A 3LUYA 2I3WA 3RGYA 4OVSA 1K9ZA 4OVRA 3O29A 5I2KB 4OETA 1FSAA 3L6HA 4PFBA 2OWTA 2RCBA 4PGNA 4OFJA 4X48A 3TCGA 3VE1B 5K2XA 3MP1A 3VLVA 3PV0E 1ZIUA 3JYRA 1SQYA 4IO3A 2KQZA 2PVUA 4JXIA 2G93A 2F97A 3SEVA 1FPJA 4MX6A 1N84A 4ZEKA 4ZDMA 1P1OA 3H6VA 4I1DA 1LAHE 3OO6A 3O9PA 1Y4TA 1SW5A 1VFDA 1IMBA 3UORA 4ZEDA 2O51A 5AA2D 3SEXA 5CBRA 5CC2A 1B5IA 1G0IA 2RC7A 4R6KA 2F35A 2UVGA 4I8CA 1LBXA 2F36A 4F1YA 4NHBA 3OEMA 3VVDA 1LBBA 2UYEA 3MPLA 4NF4A 3ONMA 5FTHA 2VD3A 3ECRA 3THIA 1YPNA 5CBSA 2GFEA 3TTLA 4ESXA 3RPWA 1IXHA 2O7UA 3A29A 1NV5A 4NGUA 2Y7IA 1QVSA 4JWXA 2F34A 2VT5A 2QMWA 4EQ7A 3HN0A 3FJGA 5I58A 3LUZA 2XWIA 4DI4B 5H8SA 2H25A 3D1RA 3MSTA 3HCQA 1XI6A 4IY6A 4QXDA 3JZJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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