4OQOA

Crystal structure of the tryptic generated iron-free c-lobe of bovine lactoferrin at 2.42 angstrom resolution
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the iron-free true C-terminal half of bovine lactoferrin produced by tryptic digestion and its functional significance in the gut.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 105
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2014-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA02
4LZ8A 4IO3A 3WAFA 3PV0E 3FVOA 3DELB 4OFLA 3UN6A 3I6VA 2XD3A 2XHDA 2RINA 3D4GA 1ZU0A 3Q27A 1UTBB 1B3GA 2VD3A 3SEYA 3K00A 3FGSA 2XXUA 3OEMA 4BDRA 2QMXA 1R9QA 1RKMA 3RT6B 4QSEA 4U23A 4ZZEA 3C36A 1OVTA 4ISUA 2QRYA 3S4UA 4IGRA 3IK6B 4X1BA 3V8XB 2X7PA 3PPPA 1WODA 3TUSA 1BLFA 3S9NC 1MY2A 1MY1A 5IAIA 2Q89A 4MLQA 3IL1B 2VHAA 1P1NA 4IY5A 1YAEA 3S9EA 1OLAA 4U4SA 3EHUA 4X9TA 3HSTA 3FXRA 4LA9A 2I4BA 3H4ZA 5CBSA 4GD5A 1US4A 2G29A 2Q88A 3TMGA 1Y3QA 4I9DA 1MXXA 2PX1A 3H7MA 3FVNA 4FORA 4F22A 3OSRA 2DOJA 3K6UA 2DE4A 2ZXTA 2HZKA 4OYVA 1NMUA 1OQGA 1VE4A 2R6GE 4G68C 2OCUA 3RT8A 2H5YA 4ELOA 2XXQA 1JW5A 3KFMA 1B6HA 1FQAA 2RKMA 1S7YA 4KHZE 3PPNA 4NWDA 1ZMGA 3THIA 1FTOA 4LZ5A 1EU8A 4IGTA 3QUJA 3N6TA 3OSQA 4FEDA 2B65A 1BTJA 4NE4A 4R2BA 3EF7A 3N26A 1ATGA 3VE1B 5H8HB 1Y1ZA 1B4ZA 4HCYA 4DXBA 1ANFA 3I3VA 1MDP1 1EH3A 2UYEA 1HSJA 4KYSA 2OWSA 3UA8A 4RK2A 3K02A 4BDQA 1B5HA 2XX8A 2Y7RA 5AA4B 1VFEA 4LZ7A 5KCJA 1LFGA 1PC3A 5DVJA 1N3WA 4FEBA 2UVJA 3PU5A 4IO4A 3ZS6A 1Y4CA 4F1UA 5EHSA 3H03A 4F1VA 5A5XB 2I58A 5CC2A 3FVGA 1LAGE 4Z7EA 1QW0A 4YB5A 1MH4A 1OVBA 3VV5A 1YTVA 3O28A 1Y9UA 3W9VA 4E0XA 1P1QA 4LUBA 5JK4A 3T9VA 4OETA 3TKDA 1YCJA 1NFTA 4YKJA 1OMPA 3PPRA 3RQTA 3QAXA 3TTRA 4RY1A 1IZ1A 4KR5A 4U1OA 3HN0A 3SKPA 2Y84A 1FTMA 1NNPA 4MF3A 4EQBA 3IB1A 2I4CA 1MXWA 4LATA 4BDLA 4OQOA 2DXRA 1FQBA 3MZBA 4EXLA 2XD2A 1JEVA 3MVWA 3BFUA 3G7WA 1SQYA 2OWTA 2I6EA 1Z7NE 3IAZA 4QFOA 3SEXA 3E4RA 2V84A 1OQHA 5TP9B 1VSOA 2D21A 1N84A 1VR5A 5I2KB 3BKIB 4EF2A 3HHGA 4R2FA 3E13X 1BIYA 1LBBA 4NF5B 4GWOA 1HSLA 2VP1A 3TQLA 4QRZA 4O3CA 1BKAA 1QUIA 3ECRA 3ZKKA 3GBBA 4BDMA 2CZLA 5JEIA 2XXTA 2I0BA 3L6HA 2YLNA 3KN8A 4NEDA 3TTMA 2DYXA 1A55A 2NVUB 2F7AA 1II5A 5I84A 1RYXA 5DEXB 5TPAA 3IORA 2H99A 5L8DA 3OEKA 3HO7A 1Y4TA 2H25A 3KG2A 1N7XA 4KYEA 5DTBA 3RLFE 1XVYA 5AA1A 3CRBA 1I69A 2F5XA 2F7BA 4OESA 2QS3A 4OERA 1MM6A 2ZNUA 2R9JA 1MQJA 4C1UA 1HSEA 4DXCA 3MQ9A 2O1MA 5HBCA 3K0VA 4XXUA 4R6HA 1IQ7A 4H0WA 2DVCA 3VLWA 3H6WA 3USDA 2UYFA 5ICQA 4DZ1A 1B7ZA 4IO6A 2XXRA 4Q0CA 1D9VA 1MM7A 3GZGA 5ITOA 2VOZA 3IB2A 4O3BA 3N6UA 3UP9A 1UTBA 1B05A 4MLVA 4GXSB 4XKPA 2UXAA 4WXJA 1B9JA 3FXQA 1P1OA 3VXCA 1ZIUA 3T9UA 3RUMA 3G3FA 4ESXA 5FHNA 1B1XA 1B46A 4M4GA 1MY3A 3C4MA 3IJOB 4QFPA 4ELQA 3ILUB 3UIFA 2QS4A 1JQFA 4PE5B 5EYFA 3HHFA 1A8FA 1URGA 3W9WA 3FZVA 1URSA 4WEPA 4YKPA 4RJZA 3SESA 1N04A 2P0SA 1LFIA 3EHSA 1T0KA 4HW8A 3V5AA 4F2OA 3B6QA 2F35A 3R7XA 1POY1 2RCBA 3VFJA 4UA8A 1JETA 1MXYA 1MQDA 2V3TA 1F9BA 2R71A 4H5FA 1JVYA 4POWA 4FE8A 2F6GA 1PBQA 2ZYMA 3M3KA 3SEWA 3K4UA 2ZYOA 3H3GA 3U1OA 2AL4A 3TTKA 3Q25A 1TFDA 5H8FB 4OFOA 4F3SA 4M1VA 3T96B 5KZTA 4YMAA 5CM6A 5K2YA 2FNCA 2CMOA 4C0RA 1I6AA 4IO2A 2OBGA 3PUWE 5I56B 4YU0A 2FA7A 2XXYA 3F11A 3LSFB 3LSWA 1ZKBA 1XS5A 1JEUA 2O6AA 1B3EA 3LR1A 4N07A 1FQFA 1LFHA 5B7DA 5L9OA 1DPEA 1LAXA 2RC9A 1M5EA 1SI0A 2OJTA 1JW4A 2PBWA 2F6PA 1USYE 1H44A 5FTIA 3T22A 3M3FA 2X26A 2HAUA 4YAHX 1FQDA 4RPNA 1JW1A 4JWXA 2Q9TA 3VVEA 5I59A 1DSNA 3D4CA 3LSXA 4OMBA 1D3KA 3QIMA 5AA4A 2ZYNA 1XHYA 1LCFA 1AH5A 2I3VA 4JDFA 4IB2A 5A5XA 1I6QA 4XTCQ 3H6UA 3IX1A 1LB8A 3PMXA 3G3JA 5AE4A 1SD3A 3B7DA 4LQ2A 3C32A 3VLUA 4F3BA 3OO8A 4F3PA 1EZ9A 1UIVA 4O3AA 4QSDA 2XXWA 3C31A 1IXCA 4X1DA 1QUJA 4KD5A 2HAVA 1QULA 3M8UA 3JV9A 4OEUA 1ZBMA 4F1YA 1LLSA 1DMBA 5B70A 4DCXA 3FJGA 4G68B 4EF1A 4NF8B 5TP9A 1MXUA 1XC1A 3K01A 4DLDA 1R6ZA 3BBRA 1NNKA 2PVUA 1B2HA 1N0TA 1B4HA 2DWAA 5I57B 4G8MA 2DP8A 2ESNA 3RTWB 4NF5A 2Y7IA 3HV1A 5BWJA 2ZNTA 4NTLA 2I48A 5DT6A 5CMMA 3FJMA 4P11A 4OTEA 1Y3NA 3QYTA 1XOCA 1CB6A 4DE8A 2AL5A 3IO6A 3KEIA 1B52A 3S9LC 4H8IA 3OO9A 3E3KA 3PPOA 1MQGA 1MQHA 3QXMA 2F78A 3O97A 2OZZA 1ZLQA 2V3UA 4Z0IA 4JXIA 4EXKA 4FJPA 2RC8A 3Q29A 1GGGA 1D4NA 5DEXA 4OXVA 1KWHA 2VD2A 3TZAA 1MDQA 3P7IA 1GTKA 2P2AA 3U8QA 2DE3A 5CMKA 1SBPA 2D3IA 4L17A 4P0GA 1AMFA 4U2RA 2PMSA 4TLMB 3WAEA 1OLCA 3JYRA 5L9SA 4AB5A 3MP6A 2V25A 4ZEKA 4OVJA 2V93A 1IXHA 3S2VA 3CSBA 4PFYA 5H8NB 3KSXA 2XXVA 2DE2A 3O6GA 4U21A 3O6IA 2I49A 1LSTA 3AXFA 4QF9A 4F3GA 4ZEFA 1JNFA 4ZDMA 3PD9A 3GXAA 4H5GA 4XKQA 5JTYB 1BP5A 5AA2D 3Q28A 5AA2B 4F29A 2XXHA 2HCAA 5CBRA 2ONSA 2PYYA 1QUKA 4KFQA 3KN7A 2OLBA 1UQWA 1B1HA 3TFLA 4R75A 4JSDA 2QS2A 3MJNA 5FHMA 5AA3A 3UGWA 4WKMA 4GFRA 5I58B 1EZOA 3EPEA 1FQEA 1TWYA 1US5A 1AOVA 4GQOA 4YB7A 1POTA 5TU0A 2DSFA 3N5LA 1XT8A 4F39A 3EQ1A 4TOZA 3CFXA 3U94A 3M3LA 5BUUA 1FTJA 1WVJA 3W15C 2Z23A 1B0HA 4LVQA 4R9FA 2Z8EA 3G3HA 5F1QA 2Y7WA 4F19A 3GLBA 3KZGA 4MFIA 4NMYA 4H1XA 4K3FA 2NWJA 1SI1A 4FIMA 3SERA 4HS7A 1B51A 4R6KA 3FV2A 1Y1MA 3EN3A 4QFNA 5EHMA 3K6VA 1IXGA 4RXLA 3HCQA 1P99A 1WDNA 2XXXA 5H8FA 2QSXA 4BDNA 1SYIA 1L5TA 2W7YA 4UACA 2NOOA 3CG3A 2ALUA 3RTFB 4P0IA 5ISUA 1PEBA 3SEUA 1DTGA 3MVYA 2YJPA 3OMBA 4GXAA 3CI8A 1LCTA 1DOTA 2ANJA 4KQPA 4NWCA 4GL0A 1IEJA 4ZE9A 3B6WA 1NNTA 1ZJLA 4NF6B 4LONB 2DVZA 3VLVA 2O7UA 2A5TB 2H4IA 3DP6A 2GHBA 1SDXA 3ILTB 3K2DA 2F34A 1H45A 2REGA 4YB6A 3I5OA 1B32A 1OIBA 3U72A 4EQ7A 4POXA 3DP4A 2DWJA 3C35A 2O69A 1I6BA 2RCAA 3TYHA 4RNSA 4XKNA 4KPTA 2GH9A 1XVXA 3TTNA 4KCDA 3TDJA 4QFKA 5FTHA 3R26A 3FASA 2B3FA 3UORA 4KYDA 3MVZA 3PUVE 4ND9A 1MS7A 4YZZA 4XIGQ 1RYOA 1MXZA 4QHQA 5CMCA 3KOTA 4TQUQ 1PB8A 3H06B 2HZLA 1MY4A 3A3UA 3ZSFA 3FD3A 5I2NB 3FUZA 1FTLA 4PETA 3VVDA 4R72A 1GVCA 3KOSA 3TAJA 2Y7KA 5H8QB 3O6HA 1M5BA 4PFUA 2RF1A 3FV1A 3TCGA 3ZKLA 1MPCA 4E0WA 4G68A 2YPNA 4NF4B 4DCYA 4NF8A 4H65A 2O1LA 3O29A 3SETA 3U93A 2O84X 2E0SA 1B58A 1B7HA 5I57A 4RA1A 3OENA 4WEDA 5KDTB 3PUXE 5ELVA 3OELA 2E1SA 4ONYA 5CMBA 4PFTA 1FW0A 5H8HA 3L6GA 4RK9A 4BDOA 3MPLA 4ZZAA 3IOUA 3RPWA 1Y3PA 4XKRA 3KJTA 4RYAA 3RN8A 2QPQA 2NUVA 4OEVA 1MXVA 3CR9A 3H6VA 3OD7A 4F31B 3KSJA 2Q2AA 3QSLA 1UTHB 1AIVA 2DWIA 4N13A 3VVFA 1TXFA 4FAJA 3A3CA 2I3WA 1LGBC 3KJ7A 2O7IA 4ZEIA 2FYIA 3TELA 1NNFA 1IITA 4JSOA 4EQ9A 1P1WA 2PT2A 5H8NA 5F7VA 1M5DA 1Q1KA 4I62A 1O64A 1O7TA 1JVXA 4GL8A 3LC8A 3U92A 3OO7A 4Q5TA 2PT1A 3CSGA 4JWYA 5JTYA 3TQWA 1H76A 1A7LA 3K1MA 4IY6A 4ZEBA 5AA2A 4IO7A 2F97A 4OHNA 4OFJA 1TFAA 1YPNA 3FJ7A 1P1UA 4DIGA 5I2KA 4PP0A 3TTLA 5I58A 1LAFE 3IOTA 3TCHA 4JWOA 3CG1A 3PPQA 1R1NA 4ZEDA 2B3BA 4MBPA 1MG1A 2QL3A 1LAHE 1A99A 2Q8JA 4N6PA 1QVSA 3ONMA 1M5FA 3UK4A 2UVHA 2G93A 2KLFA 1MPDA 1ELJA 3RY3A 1PB9A 1NH7A 3E9XA 3T9XB 1N76A 1QJMA 5HPQA 5LOMA 1A8EA 3T9HB 3S9MC 3KN3A 4GOTA 4HCWA 4OZ9A 1FTKA 4H6DA 4QSCA 4I8CA 2V3QA 3FATA 3G3GA 3K1NA 1UIUA 3CIJA 2F36A 2QS1A 2O51A 1PDAA 1LBCA 2DWHA 3PUZE 3MWBA 3CFZA 5CI5A 3MAMA 2DQVA 3A09A 3MUQA 5I59B 1H3DA 1IUDA 3FIRA 4DDDA 3MP8A 2I0CA 4EDPA 3MZ9A 4OWDA 5J1DA 1B3LA 4BLAA 2IA4A 3MC2A 1FQCA 1GR2A 4G8NA 4KCCA 4EUOA 3KGCA 2H98A 4IO5A 5DYHA 3FXUA 3O66A 4ELPA 1USYH 5FHOA 3R6UA 4NF6A 5ITPA 2A5TA 3VDFA 1PBPA 2F7CA 1N3XA 1SW1A 2XXIA 4ZS9A 2XXPA 2QJEA 2VGQA 4H8JA 3V83A 4ECFA 4ESWA 5CRYA 5ICTA 1NL5A 4YKKA 5L9MA 1B5JA 1Q35A 3H6TA 4THIA 4RPOA 3RNNA 3KBRA 4FATA 2DS9A 3OOAA 5H8SA 2XX9A 2XX7A 1S9TA 2ZNSA 1DTZA 4GLIA 2O68A 1SW2A 2GFEA 4FECA 1NH8A 3TCFA 3IB0A 3QK6A 1QKAA 1MRPA 2UVGA 2A5SA 4G2ZA 1MPBA 4AB6A 3PMWA 4PQJA 1SW5A 5DVIA 4JB7A 2DXYA 2UVIA 3PD8A 5DVFA 4ZECA 1GV8A 1SYHA 2Q2CA 4R74A 4U22A 4Q8RA 3SDFA 2H9BA 2F8DA 3FVKA 3K6XA 1Y20A 5I2NA 4G8HA 3TODA 4GRKA 3TEPA 1IIWA 4MH5A 3V89B 3MVXA 5H8QA 3GBAA 2NXOA 1SW4A 3PMVA 4GVOA 1NKXA 5M2VA 3LSLA 4DXUA 3IJXB 2M8CA 2ABHA 4NF4A 4LQ5A 2Z8DA 5KCJB 1M5CA 4HTGA 4G4PA 2D5WA 2OK2A 5I56A 3LUYA 3MBPA 1URDA 2AYSA 4GIZA 1AL3A 2QMWA 5KDTA 3HPIA 3MPKA 5HM4B 1MQIA 4R73A 3BFTA 3C33A 2HFBA 4F2QA 1J1NA 1O63A 4JBZA 2BJJX 1MY0A 3IO4A 4U4XA 3DLNA 3JZJA 3K6WA 1B0LA 3IOWA 2Z22A 2ONRA 2THIA 1ZTYA 1A54A 1B40A 3TPAA 2HEUA 4C1TA 4U1ZA 3T93B 3O9PA 1Z7ME 1S50A 4X48A 3T66A 3MP1A 1B3FA 3IOVA 3PUYE 2X7QA 2ZYKA 3C9HA 4H67A 4TLLB 3C34A 4R6YA 1R9LA 2REJA 1UTHA 3OO6A 1SVXB 2GRVA 3MZ1A 3DM0A 3VXBA 3QUFA 1MH3A 3G3IA 3EHTA 2HXWA 4I1DA 4G77A 4ELRA 1CE2A 2LAOA 3CVGA 4YICA 3DP8A 2P1SA 4KI0E 1B7UA 1N7WA 4Q30B 1FCKA 2ONKE 1EZPA 3PGFA 2AIXA 2IEEA 3B6TA 2RC7A 4R9GA 2ZMBA 3MW0A 4YMBA 2GHAA 5K2XA 2Z8FA 2Y7PA 1IXIA 1H43A 3CFLA 3Q26A 4OENA 1TT1A 4F18A 4QFLA 5TPAB 3SEVA 4AQ4A 3N94A 3G3KA 4ZE8A 2HQ0A 4GF8A 1VFDA 3K1PA 1QKBA 1DPPA 5IKBA 3RGYA 1PB7A 3OXNA 3ODBA 3O2AA 4YKIA 3IR1A 1B5IA 1D9YA 1A40A 2WKYA 3LBSA 4LP2B 1B3HA 4PFWA 1LB9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZ8A 4IO3A 4JVIA 3WAFA 3PV0E 3E78A 3FVOA 3DELB 4OFLA 3UN6A 3I6VA 1LBXA 2XD3A 2XHDA 4PAIA 2RINA 3D4GA 1NI9A 1ZU0A 3Q27A 1UTBB 1B3GA 2VD3A 3SEYA 3K00A 3FGSA 2XXUA 3OEMA 4BDRA 2QMXA 1R9QA 1RKMA 3RT6B 4QSEA 4U23A 4ZZEA 2CZIA 3C36A 1FBHA 2QVVA 4H46A 1OVTA 4ISUA 4N81A 4G61A 2QRYA 4PCDA 3S4UA 4IGRA 3IK6B 1K9ZA 4X1BA 3V8XB 2X7PA 4PFRA 3PPPA 1WODA 3TUSA 1BLFA 3S9NC 1MY2A 1MY1A 5IAIA 2Q89A 4MLQA 3IL1B 2VHAA 1P1NA 4IY5A 1YAEA 3S9EA 1OLAA 4U4SA 3EHUA 4X9TA 5ESYA 1YXIA 3HSTA 3FXRA 4PAKA 4LA9A 2I4BA 3H4ZA 5CBSA 4GD5A 1US4A 2G29A 4GWZA 2Q88A 4PF6A 2Q74A 3TMGA 1Y3QA 4I9DA 1MXXA 2PX1A 3H7MA 3FVNA 4FORA 4F22A 5EYGA 3OSRA 1YYZA 2DOJA 3K6UA 2DE4A 2ZXTA 2HZKA 4OYVA 4PGPA 1NMUA 1OQGA 1VE4A 2R6GE 4G68C 2OCUA 3RT8A 2H5YA 4ELOA 2XXQA 1JW5A 3KFMA 1B6HA 1FQAA 2RKMA 1S7YA 4KHZE 3PPNA 4NWDA 1ZMGA 3THIA 1FTOA 4LZ5A 1EU8A 4IGTA 3QUJA 3N6TA 2FHYA 3OSQA 4FEDA 2B65A 3LV0A 1BTJA 4NE4A 4R2BA 4X8RA 3EF7A 3N26A 1ATGA 3VE1B 5H8HB 1Y1ZA 1B4ZA 4PF8A 4HCYA 4DXBA 1ANFA 3I3VA 4JVDA 1MDP1 1EH3A 2UYEA 2FIXA 1HSJA 4KYSA 2OWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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