4OQOA

Crystal structure of the tryptic generated iron-free c-lobe of bovine lactoferrin at 2.42 angstrom resolution
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the iron-free true C-terminal half of bovine lactoferrin produced by tryptic digestion and its functional significance in the gut.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 105
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2014-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oqoA02
4GVOA 1ZLQA 4HCYA 4ZZAA 2V3UA 2HQ0A 3PUZE 2UVJA 4KYDA 4U4SA 4LZ7A 3GZGA 3FZVA 4OEVA 1B4HA 1SW1A 1S7YA 4U2RA 4R6KA 4WEPA 3G3HA 3O6IA 1Q35A 2O1LA 4DDDA 4NE4A 3SEWA 4BDMA 2RCAA 4XKNA 4PE5B 4ZZEA 4ELRA 3UIFA 2QRYA 2QPQA 4GL8A 1II5A 4QFOA 4PQJA 4C1TA 1FW0A 5IAIA 4GF8A 2OLBA 4ZS9A 1D4NA 3EQ1A 2RINA 1QW0A 2RF1A 1LBCA 2ZYMA 2DWIA 3B7DA 2F7AA 3KJ7A 2HAUA 2A5SA 1JQFA 3H06B 1MQDA 3LR1A 3PPOA 3DELB 5AA4A 3Q28A 3S9NC 2O7IA 3CRBA 2NWJA 4QFKA 3EHSA 4F2QA 4OXVA 1LCFA 2PT1A 4G4PA 5CC2A 4LVQA 1I6AA 1T0KA 1N04A 3W9VA 3H7MA 2DWAA 3OEKA 3K00A 5L8DA 2DXRA 2XX8A 4UA8A 4I8CA 2H98A 1FQBA 4GFRA 3HHFA 3TTNA 3PV0E 4R2FA 3SERA 1LAHE 3VV5A 1MXUA 4JDFA 5H8NB 1VSOA 1H43A 1VFDA 4LATA 5CMKA 3VVFA 2GHAA 4JSDA 5A5XB 2ZYNA 4IY5A 2DP8A 2O84X 1MQGA 3HHGA 1EZOA 2D21A 4R9GA 3OSQA 3MWBA 3G3GA 3B6WA 3T9XB 3LSLA 2E1SA 1I6BA 1NNFA 1FTOA 4PFUA 4YMBA 3RPWA 3C33A 4F3GA 5FHMA 2DWHA 3KSJA 3MAMA 2DQVA 1YTVA 1A55A 5I2KB 3O6HA 4O3AA 4R75A 2XXYA 1M5EA 3CI8A 1Y3QA 4GXSB 2V93A 2Q88A 3K4UA 1JEVA 3OSRA 1XT8A 1PB8A 4EQ7A 1P1UA 4WKMA 3PMVA 1JW1A 2OZZA 4JWXA 4DE8A 4JBZA 1IXGA 4ZEDA 4DCYA 5DT6A 5DVIA 3D4CA 3GBAA 3PU5A 3CG1A 3H6UA 2XXIA 3TCGA 4G2ZA 2Q2AA 2OCUA 2UVIA 3KFMA 4RPOA 4EF1A 3E13X 3IO4A 2GFEA 5I2NB 2ESNA 2H25A 3HN0A 3VVDA 2Z22A 4I9DA 3IAZA 4RA1A 5EYFA 1B3LA 2PT2A 5ELVA 3KN7A 1ZU0A 3EHTA 3CFLA 4H6DA 1FTMA 1I69A 2DXYA 4QFPA 3OELA 3FUZA 4DIGA 1DPPA 3O6GA 3IL1B 1MXXA 1XC1A 3PPPA 2RC8A 4PFWA 2AL4A 3E9XA 3GBBA 3ECRA 4G8HA 3UA8A 3SKPA 4U23A 1IUDA 2P0SA 2XXRA 1Y4TA 2XXXA 2R71A 2H4IA 2I49A 4RYAA 4U4XA 4NF4B 2H99A 4LZ8A 3W9WA 1DSNA 1BIYA 2XXTA 2F7BA 3V5AA 4BDRA 1XOCA 4F29A 1MH4A 4BLAA 5H8FA 5CI5A 4KD5A 3MP8A 3L6HA 4JWOA 5DYHA 2E0SA 1VE4A 2R9JA 1H44A 4YB7A 4ZEFA 1B40A 4RNSA 2AIXA 4QFNA 1ZBMA 4NF5B 2WKYA 4DXCA 5K2YA 1TXFA 2RCBA 5TPAA 1B2HA 5DEXA 3M3LA 3FV1A 2F97A 4G8NA 4OTEA 3R26A 3PD8A 3KG2A 4IO6A 2V3QA 3K6XA 4H8JA 3LSXA 3OOAA 5JTYB 1JW4A 3FVKA 3U94A 3IB0A 1BKAA 3RTFB 5KDTB 4P0GA 5ICTA 2O7UA 2CZLA 2DE2A 3G7WA 3O66A 1LCTA 3V8XB 2F34A 5F7VA 2I58A 1CB6A 4OWDA 3K6WA 3I6VA 1UTHA 1SI1A 3EF7A 2THIA 2XXPA 4X9TA 3THIA 4OVJA 5I56A 3JZJA 4IO3A 1UTBA 1EH3A 3TELA 1AH5A 2KLFA 1MPBA 2I48A 2ZYKA 5CBSA 1H3DA 3TDJA 3QSLA 1MPCA 1MY1A 3VLUA 3N6UA 3FGSA 1R1NA 3TPAA 1B5HA 3PMWA 3JV9A 4AB5A 5EHMA 1RKMA 3TUSA 3VXCA 5DVJA 2ONKE 3MVXA 1MS7A 4L17A 1EU8A 2XXUA 2Y7RA 1A54A 3TTKA 3OO9A 4PFTA 4QRZA 4FJPA 3IORA 4MFIA 5CBRA 1CE2A 1HSJA 3CSBA 1Y4CA 2BJJX 3QYTA 1OVTA 4EF2A 2Z23A 1Z7NE 4LQ5A 4F3SA 1EZPA 1MPDA 1FCKA 4KHZE 1P1OA 4GXAA 5HPQA 4NWDA 2GRVA 5I57B 5L9OA 2FNCA 3DP4A 1PBPA 1SD3A 1NL5A 4YKIA 5CMMA 4FAJA 3KOTA 1OQHA 1WDNA 3N5LA 1B52A 3TODA 1QKAA 4NTLA 3HV1A 3A3CA 4QF9A 1B05A 2DS9A 2O6AA 1GV8A 1FTKA 4NF6B 4R6YA 2O68A 4M1VA 3O9PA 5DVFA 4R73A 3FV2A 2HEUA 4DCXA 3QAXA 3TFLA 3CVGA 1DMBA 2UXAA 1GTKA 3A3UA 3LSWA 4NF8B 2A5TB 1SVXB 4MH5A 1USYE 4P0IA 3CFXA 1LAGE 4RK9A 5KCJA 3IOTA 1Y3NA 4YKJA 5I59A 3N26A 4OYVA 3QIMA 2D3IA 3IJOB 4TQUQ 4F39A 3V83A 1Z7ME 4LA9A 2DSFA 3GLBA 2Y84A 3HPIA 5HM4B 2XXVA 1SQYA 2VOZA 3DLNA 1IXHA 4POXA 1SI0A 3SDFA 5FTHA 3R7XA 3SEXA 3UK4A 4H65A 3ILTB 4ZEIA 5B7DA 4ESXA 2XD2A 3G3IA 1JVYA 2F78A 4H5FA 2ONSA 1FTJA 3G3FA 3BKIB 4XIGQ 4TLLB 1AL3A 3K1MA 3O2AA 1US4A 4POWA 4EQBA 1B1HA 3IK6B 1MXWA 3U93A 2OJTA 1N3WA 1ATGA 1RYXA 1PEBA 3HSTA 1B5IA 1GGGA 3FASA 5AA4B 1NMUA 2Z8DA 1ZIUA 3FD3A 4KI0E 1P1WA 3FATA 3PMXA 4H67A 1LFIA 3T22A 1KWHA 3I5OA 3DM0A 4FE8A 2O1MA 2Z8FA 3C34A 3G3JA 3W15C 4FEBA 3MBPA 2Y7PA 4YB6A 1P1NA 5F1QA 1ZTYA 2QS1A 3VDFA 1PC3A 3U1OA 4XTCQ 1XHYA 5CRYA 4N13A 2REGA 4KR5A 1IQ7A 3T96B 4AB6A 3TTRA 2I3VA 1S9TA 3TYHA 1AIVA 3RTWB 5L9MA 3K2DA 4LUBA 2Q89A 3ZS6A 2VP1A 1OVBA 4DXBA 1NH8A 1SW4A 1BP5A 4RPNA 1OQGA 1JVXA 2GH9A 4IGTA 4Q8RA 3VLWA 1I6QA 4MF3A 3PPQA 3RGYA 4GQOA 1YPNA 3CSGA 3CG3A 4BDQA 1QVSA 5H8HA 2I0BA 1LAXA 3PPNA 2X7QA 3TCFA 3SEUA 3HO7A 3RT8A 3KOSA 1POTA 3Q26A 1LAFE 4XKQA 4ZDMA 3KJTA 1ANFA 3EHUA 4MLQA 4F18A 4THIA 5AA2A 2B3FA 3I3VA 4NEDA 2QS2A 3H03A 4JSOA 5EHSA 3FIRA 3T93B 1POY1 2IEEA 1P99A 3O97A 4AQ4A 4G8MA 1OMPA 3FJGA 2QS4A 4ESWA 2HXWA 1XS5A 5FHOA 1USYH 3MJNA 1MDQA 1N0TA 3PGFA 4G77A 3TQLA 3OO6A 4HW8A 4KPTA 2DVCA 3K1PA 3C35A 4K3FA 1MQIA 3SESA 1B51A 3IO6A 3MZBA 2F5XA 4YKKA 4QSEA 3RY3A 3MQ9A 2XXHA 4M4GA 5KZTA 2DWJA 4O3BA 2AL5A 1YCJA 3OMBA 4ZECA 5CMCA 2V3TA 3RNNA 4G68A 2GHBA 3Q29A 4MBPA 3UP9A 1MQHA 2M8CA 1IITA 1O7TA 1NFTA 4F3PA 1O63A 1WODA 2F6PA 4R6HA 4BDLA 3LSFB 3Q25A 3KN3A 1LB9A 1B32A 3D4GA 5H8FB 4OQOA 1M5FA 5B70A 3OO7A 1YAEA 1AMFA 1ZMGA 2NVUB 1WVJA 2ZXTA 2ABHA 1N76A 1QKBA 2CMOA 1Y20A 4N6PA 2ZNTA 2YLNA 3K1NA 2DOJA 1AOVA 1TT1A 3H6VA 3E3KA 3MP1A 2OWSA 4F3BA 5I58A 1VFEA 3QXMA 2VD3A 3U8QA 4EUOA 5TPAB 5DEXB 2V84A 1D3KA 3ZKKA 4OFLA 1LFHA 1Y9UA 3WAEA 3FXQA 4IGRA 4ONYA 4YMAA 3RUMA 1VR5A 5K2XA 3MUQA 3PUWE 1SDXA 2ONRA 4YKPA 4I1DA 1J1NA 1B46A 1UTHB 4LONB 3BFTA 1DTGA 1QUJA 5I56B 1UIUA 4R2BA 1UTBB 3F11A 1SW5A 4ECFA 4F19A 3KEIA 1OIBA 3SETA 1MH3A 4HS7A 2DE3A 4OHNA 1RYOA 1M5CA 4Z0IA 2XD3A 3C31A 1LGBC 3C36A 2I4CA 3C4MA 4BDOA 4F1UA 4U1ZA 1N3XA 2YJPA 5CM6A 5H8QA 2RKMA 4KQPA 3AXFA 4YB5A 5ITPA 4XKRA 1B4ZA 3M8UA 4R72A 4Q5TA 3TQWA 3C32A 4GLIA 2QMWA 3PUVE 2X26A 3T9UA 1XVYA 3USDA 2R6GE 3O28A 2XX7A 2HFBA 3UORA 3OEMA 3K6UA 3CFZA 3E4RA 4LP2B 5ICQA 4YAHX 4F1VA 1SW2A 3M3FA 3V89B 4FORA 3MPKA 1Y3PA 3UGWA 3KZGA 4U21A 1JEUA 4GOTA 3TTLA 3BBRA 4YZZA 4OMBA 1OLAA 2H9BA 3FVOA 1XVXA 4FEDA 3S9EA 1R9QA 2H5YA 2Y7IA 2LAOA 2QJEA 3LC8A 4EXKA 3FVGA 3DP8A 4I62A 4Q30B 3N6TA 1B7ZA 3LBSA 4R9FA 4IY6A 4EXLA 3MVWA 3H6TA 5KCJB 2XX9A 3MVYA 4NWCA 5TP9A 1IEJA 1QUKA 3KN8A 5H8SA 3K02A 4JB7A 1URDA 5I59B 3ZSFA 4F31B 1ZKBA 4HTGA 5HBCA 1B58A 3FXUA 1QUIA 3K01A 1JW5A 1URSA 3K0VA 2F8DA 3OXNA 2Q2CA 4C0RA 1D9YA 4G68C 1B7HA 1MY2A 2F7CA 1LB8A 4PP0A 3QUJA 1US5A 1SYIA 4GD5A 3FVNA 1MY3A 1FQAA 2RC9A 3K6VA 1B7UA 2Y7KA 2PMSA 4KYEA 2AYSA 1M5DA 4ZE9A 4ELPA 2OBGA 1LSTA 5BWJA 1MXVA 4OFOA 2B3BA 1ZJLA 5FTIA 1B0HA 3SEYA 1HSEA 2V25A 5BUUA 2UYFA 5JEIA 4U22A 1NKXA 4PFYA 3S9MC 3IX1A 1PBQA 4N07A 1A40A 3IOVA 1UIVA 1NNKA 4RJZA 1IIWA 4BDNA 3M3KA 1GR2A 3PD9A 1MXYA 4E0XA 1PB7A 4IO2A 4FECA 3N94A 4TOZA 2OK2A 1R6ZA 2G29A 4OETA 4XKPA 3MVZA 3IOUA 1MY0A 5DTBA 2RC7A 5FHNA 4OEUA 4RK2A 5M2VA 3MP6A 3OO8A 5H8NA 4X48A 4LZ5A 4YICA 1QJMA 5A5XA 4OENA 3C9HA 1MG1A 1A7LA 1FQDA 1Y1ZA 5IKBA 3IOWA 3FJ7A 1NNPA 3Q27A 3G3KA 2HZKA 1LFGA 2F36A 3S9LC 3MC2A 4F2OA 2DYXA 2P1SA 2ZNUA 1UQWA 5AA3A 5H8HB 1MDP1 4GL0A 5AA2D 3R6UA 2Z8EA 5I2KA 4H8IA 3TEPA 4RY1A 3QUFA 4EQ9A 3VLVA 5AA2B 2OWTA 3UN6A 5AE4A 3TCHA 5JK4A 4H5GA 1B5JA 4TLMB 4H1XA 4ZEKA 4HCWA 1D9VA 1ELJA 2QMXA 3MW0A 1O64A 2B65A 2YPNA 4JWYA 4IB2A 1L5TA 4LQ2A 3HCQA 5I2NA 4NMYA 4MLVA 1B9JA 5TU0A 1JNFA 2HCAA 1H76A 2Y7WA 1FTLA 3TTMA 4OERA 2XHDA 5L9SA 1URGA 1B3EA 3CR9A 3S2VA 2QL3A 2Q8JA 3IB1A 3T66A 1MXZA 3U72A 4QSDA 4C1UA 3PUYE 3OD7A 1QULA 2O51A 2PVUA 4G68B 4GRKA 1TFDA 1BTJA 4FIMA 2NXOA 4QSCA 2QSXA 4DZ1A 3ILUB 1B6HA 4IO5A 4O3CA 2XXQA 5LOMA 1SBPA 4PETA 1EZ9A 3B6TA 1B3FA 2ZNSA 1MM7A 4NF4A 1R9LA 2UVGA 4FATA 1B1XA 4EDPA 1M5BA 1A8FA 2QS3A 3ONMA 4IO7A 1PB9A 3IR1A 3MZ9A 4KCDA 1HSLA 3T9VA 2VGQA 2DVZA 1IXIA 3RLFE 1B0LA 3B6QA 5ISUA 4NF5A 4YU0A 2I3WA 5I84A 3H6WA 3TKDA 1SYHA 1P1QA 1DOTA 1IXCA 5I58B 3DP6A 4ZE8A 3BFUA 4KCCA 2D5WA 2FYIA 2ALUA 1H45A 2UVHA 2ANJA 4F1YA 1B3HA 1TFAA 2REJA 3S4UA 3U92A 2UYEA 1MQJA 5JTYA 2X7PA 2PYYA 4P11A 1N7WA 5KDTA 3IJXB 1N7XA 4GWOA 3OENA 3A09A 3SEVA 3ZKLA 3GXAA 1JETA 3P7IA 2PBWA 3QK6A 3L6GA 1OLCA 1S50A 4ZEBA 4WXJA 4IO4A 4ND9A 1FQFA 4DLDA 2W7YA 4F22A 5CMBA 3TAJA 1Q1KA 1MM6A 1F9BA 4ELQA 4Q0CA 1GVCA 3KGCA 2O69A 3ODBA 4UACA 3VFJA 4X1BA 4ELOA 3EN3A 2ZYOA 4OZ9A 2HZLA 1TWYA 1N84A 2NOOA 2ZMBA 1NH7A 5H8QB 4KYSA 5ITOA 3H4ZA 1Y1MA 1FQEA 4KFQA 1B3GA 5J1DA 4OESA 3TZAA 3IB2A 3RT6B 3CIJA 3EPEA 3PPRA 4E0WA 4OFJA 1NNTA 3FJMA 2VD2A 3MPLA 2IA4A 2NUVA 1LLSA 3PUXE 2Q9TA 3LUYA 3T9HB 5I57A 3VXBA 4U1OA 1PDAA 2PX1A 3RN8A 3TMGA 2F6GA 4XXUA 1DTZA 4JXIA 1IZ1A 4QFLA 2FA7A 1DPEA 3RQTA 3FXRA 4H0WA 1A99A 4RXLA 4Z7EA 2DE4A 1MY4A 2XXWA 2P2AA 4X1DA 3VVEA 3MZ1A 1A8EA 3VE1B 2G93A 1MRPA 4NF6A 1BLFA 3H3GA 4WEDA 4QHQA 5AA1A 2HAVA 3KBRA 3WAFA 4NF8A 2A5TA 2I6EA 4R74A 5TP9B 4ISUA 3O29A 3JYRA 4GIZA 1FQCA 2F35A 2I0CA 3KSXA 1LBBA 2I4BA 2VHAA 4DXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVOA 1ZLQA 4N17A 4HCYA 4ZZAA 2V3UA 2HQ0A 2QVVA 3PUZE 2UVJA 4KYDA 4U4SA 4LZ7A 2KQZA 3GZGA 3FZVA 4OEVA 1B4HA 1SW1A 2GQ1A 1S7YA 4U2RA 4R6KA 4WEPA 3G3HA 3O6IA 1Q35A 2FIEA 2O1LA 4DDDA 4NE4A 3SEWA 4BDMA 2RCAA 4XKNA 4PE5B 4ZZEA 4ELRA 3UIFA 2QRYA 2QPQA 4GL8A 1II5A 4QFOA 4PQJA 2PFZA 4C1TA 2XWKA 1FW0A 5IAIA 4GF8A 4O7IA 2OLBA 2HHMA 4ZS9A 1D4NA 2L5VA 3EQ1A 2RINA 1QW0A 2RF1A 1LBCA 2ZYMA 2DWIA 3B7DA 2F7AA 2V4CA 3KJ7A 1D9QA 4NF0A 2HAUA 2A5SA 1JQFA 3H06B 1MQDA 3LR1A 3PPOA 2XXKA 3DELB 5FBPA 5AA4A 3Q28A 3S9NC 1IMBA 2Y5LA 2O7IA 3CRBA 2NWJA 4QFKA 3EHSA 1CNQA 1RDZA 4F2QA 4OXVA 1LCFA 3BIHA 2PT1A 4G4PA 5CC2A 4MIJA 2F3BA 4LVQA 1I6AA 1T0KA 4P8BA 1N04A 4O8MA 3W9VA 3H7MA 5ET6A 2DWAA 3OEKA 1RDXA 5IZ3B 3K00A 5L8DA 2DXRA 2XX8A 3GYYA 4UA8A 4I8CA 2H98A 1FQBA 4GFRA 4I40A 3HHFA 3TTNA 3PV0E 4R2FA 3SERA 1LAHE 3VV5A 1MXUA 3RPLA 4JDFA 5H8NB 1VSOA 1H43A 1VFDA 4LATA 5CMKA 2PCRA 3VVFA 2GHAA 2WEFA 4JSDA 5A5XB 2ZYNA 4IY5A 2DP8A 2O84X 1MQGA 3HHGA 1EZOA 2D21A 2FHYA 4R9GA 3OSQA 3MWBA 3G3GA 3B6WA 3T9XB 3LSLA 2E1SA 1I6BA 1NNFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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