4OTEA

Crystal structure of a putative lipoprotein (cd630_1653) from clostridium difficile 630 at 2.20 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
DKKIVVGATLVPGGELLEELKPLIKEKGYTLEVKNFDDYILPNEALNNGEIDANLFQHEPYLKEAVKAKGYKIMAGKKLYVCPAILYSYKIKSVDEFKKGDTIAISNNPSSCSKNLRYLESIGLLTLPKGDGLVSPKDIIENPKGIQFKELDIAQIPSSLPDVTAAFIDTTYAVPAGLDAKKNGIYTAPINDEYANLLAFRTEDKDSEKIKVLQDVLTSDKARSLIEEKYKGIVIPTFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a putative lipoprotein (CD630_1653) from Clostridium difficile 630 at 2.20 A resolution
rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Clostridium difficile
molecule keywords Lipoprotein
total genus 74
structure length 238
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oteA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oteA02
2XD3A 1PC3A 2IEEA 4KD5A 3SEWA 3S9EA 1SQYA 5KCJB 2PT1A 3W9WA 2KLFA 3OO8A 4PP0A 3SEVA 3PGFA 5H8FB 3G3HA 4BDMA 1S9TA 2YJPA 5L9MA 3ZKKA 3CI8A 1P1UA 2F6PA 3MVZA 3TTNA 4KYEA 3GZGA 3C9HA 1R6ZA 4FJPA 1O63A 1TFDA 1SYIA 3PPPA 3KN8A 2O51A 1ANFA 2ANJA 4IY6A 3TYHA 4F22A 2REGA 3TTLA 4UACA 1JW5A 1A7LA 2I0BA 3TMGA 3EHSA 3TPAA 1N76A 1NNPA 4R2FA 4K3FA 4R75A 5ICQA 2QS3A 3O97A 3U1OA 3RGYA 4ONYA 3RNNA 4F1VA 3RN8A 1MY2A 2G29A 3KJ7A 4F3PA 3FXRA 3UA8A 1RKMA 1DTGA 4XIGQ 2AL4A 3K02A 5CBRA 2XD2A 1IUDA 3OOAA 2NXOA 5I58A 2F5XA 2PYYA 4WKMA 4FECA 2PVUA 4GXSB 4U4SA 1UTHB 4IY5A 4GXAA 3IK6B 5JTYA 3TAJA 3LBSA 5K2XA 3T9UA 4FEBA 3CVGA 5A5XA 3VVDA 3FVGA 2XX9A 2I6EA 3S4UA 3CG1A 1Y20A 3W15C 4WEDA 1JW1A 4F3GA 4ZEKA 1JW4A 4LZ8A 3V5AA 5DVJA 4EXLA 1TFAA 1POTA 1MG1A 4OESA 4GL8A 1GVCA 1B7HA 4IO3A 1L5TA 4R6HA 2I4BA 1Q1KA 1A55A 5HM4B 1FQBA 1B7ZA 1Y3QA 4TOZA 4LUBA 5DTBA 5F7VA 4Q5TA 3T96B 1B05A 3KGCA 2HFBA 3MJNA 3S9MC 2DWHA 2P0SA 5FTIA 2AIXA 4GFRA 1R1NA 3IOVA 1BLFA 4EQ7A 4H5GA 3MZ1A 2V25A 4TQUQ 4WEPA 4OXVA 3QYTA 3EHTA 1UIUA 1JVXA 1IITA 1M5CA 1B3EA 1PEBA 1MM6A 3ONMA 3PPRA 5I84A 1ELJA 3T9XB 3ILTB 3IOWA 4KR5A 2XXRA 3PMWA 5I58B 3MUQA 4N07A 2X7QA 4QFNA 4RYAA 4M4GA 4ZE8A 4E0WA 4IGRA 4OETA 2DOJA 3MZ9A 4KPTA 1D3KA 3CG3A 3HPIA 5A5XB 3OD7A 3QXMA 4ECFA 4KQPA 3KN3A 1SBPA 4QRZA 1AMFA 1MXZA 2GHBA 2REJA 1XS5A 3I6VA 3N94A 1MQIA 2OZZA 2RINA 3CIJA 4C1UA 1MPDA 5DVIA 1FQAA 1AIVA 2DWAA 1UIVA 1XOCA 3KFMA 4Q0CA 1II5A 2HAVA 4X1BA 1EH3A 4C0RA 4NF8A 1AH5A 4LA9A 2QMWA 2DE3A 5AA1A 2UXAA 3H6WA 3U94A 2QS4A 3SKPA 4AQ4A 2PX1A 2H5YA 1GTKA 1USYH 3RT6B 4BLAA 2RKMA 2Q8JA 4G8NA 3VLWA 1FW0A 2DVCA 3CFXA 1ZIUA 5J1DA 3MPKA 3A3CA 4DXBA 1A8FA 1ZLQA 4YKJA 4THIA 3N6UA 5CI5A 3KOTA 4GOTA 1MM7A 5EHMA 4XKRA 3UP9A 3K4UA 4JBZA 1QJMA 4LATA 3MQ9A 1LFHA 3TTKA 4PE5B 1IZ1A 4F19A 4GVOA 3UIFA 1LCFA 5AA3A 4QFPA 1N84A 3JYRA 4I62A 2I48A 2XXYA 3IB0A 4DCYA 2YPNA 4Q30B 3TTMA 4F1UA 1JEUA 3K2DA 2I3VA 1H45A 4ZS9A 2DXYA 4R74A 3OXNA 4IO2A 4RPOA 4BDRA 3FIRA 3PUVE 3S2VA 1POY1 3RTWB 5IKBA 2ABHA 3TQLA 3PD9A 3TEPA 2OBGA 2FA7A 3HHGA 1N0TA 4F3SA 4ZEBA 1OQHA 2XXTA 1FTKA 1BKAA 3HSTA 2VD3A 3U72A 4GD5A 5TU0A 3LSLA 2GHAA 1SW1A 3MWBA 1WDNA 1JNFA 4LQ2A 4JWYA 4YICA 4XKNA 3G3JA 5AA4B 4OERA 1SW2A 3IB2A 4NF8B 4OEVA 4I9DA 3G3GA 2DE4A 2QMXA 1YPNA 4DDDA 2VD2A 3OSRA 5TPAA 1B4ZA 4MH5A 5DEXA 2M8CA 1FTOA 3KBRA 1QVSA 1MDP1 2ZNSA 4AB5A 3R6UA 3MAMA 4EUOA 4KFQA 1B3HA 1M5EA 1VFEA 1B5HA 2VP1A 1JQFA 2F97A 1TWYA 2NWJA 3QK6A 3BBRA 1MQJA 5I57A 3K0VA 3FXQA 4XXUA 2XXXA 1WODA 4JSDA 1ZKBA 3LC8A 4YB5A 4R6YA 4HCYA 3T93B 1M5BA 1Y1MA 3VLVA 1SW5A 1B46A 4G8MA 1P1OA 3FASA 1UTBA 3WAFA 5K2YA 4RXLA 3JZJA 1YCJA 1LB8A 4ND9A 2OWTA 3SEUA 3H4ZA 4NWDA 1I69A 4OFOA 5DVFA 1LAGE 5L9OA 1XVXA 1N7XA 3C4MA 4DZ1A 4GL0A 1FQFA 3IORA 3B6TA 3C36A 4NE4A 3OO9A 3T66A 3PV0E 4OYVA 1TT1A 3ZKLA 4G68A 3H7MA 3HV1A 1SI1A 2HEUA 4OQOA 5IAIA 1MDQA 2HXWA 1PBPA 3LSWA 4PFTA 4ZZEA 2Z8FA 3MW0A 1I6QA 1M5DA 2BJJX 1R9LA 3ILUB 2ZYKA 5I2NA 5TPAB 1NKXA 2HQ0A 2ZYNA 3KJTA 2ONSA 5F1QA 1B0LA 5DEXB 3HCQA 1IXHA 2AL5A 1OMPA 3KEIA 1NNKA 1LBBA 4MF3A 4O3AA 3ZSFA 2I49A 4U4XA 1B40A 3PUXE 2RC8A 1Y1ZA 3MVYA 4LVQA 1SYHA 4NTLA 4O3CA 5AA2D 3B7DA 3PMXA 2RF1A 4BDLA 1JEVA 1SD3A 4M1VA 2V3QA 2RC9A 2UVIA 4ESXA 4OTEA 5I57B 3T22A 3QUFA 1FQDA 1AOVA 4NEDA 3G7WA 3K1MA 2Z22A 4DXUA 2DSFA 1BTJA 2OCUA 3C35A 3FVKA 1H44A 1Y3PA 1S7YA 4P11A 1UTBB 3IL1B 1JETA 4G68C 3EHUA 1Y3NA 2QJEA 3MZBA 4FATA 1QW0A 1SW4A 1B1XA 3RPWA 3MP6A 1YAEA 4I8CA 4LQ5A 2PMSA 2ZNUA 1RYXA 2XXWA 1PBQA 4ESWA 3B6QA 3K6VA 4Z7EA 1OVTA 3M3KA 3V83A 3QUJA 3H06B 3UK4A 1FQCA 3U93A 2DP8A 4NF5A 4G68B 1ZU0A 4OHNA 1SI0A 3O66A 3H6VA 1VSOA 1OQGA 3K6XA 4DIGA 2CMOA 1D4NA 3Q26A 1IXGA 3VXCA 1TXFA 4XKQA 1B32A 2XXVA 1URDA 1D9YA 4JWXA 3PPQA 4MFIA 3QSLA 5I2NB 4IO5A 4H8IA 3PPOA 3K00A 1IQ7A 4R9FA 3N26A 3ECRA 4JB7A 1HSEA 3IJXB 4WXJA 2H98A 3VE1B 1LFGA 1QUKA 4POWA 1B9JA 4U23A 2H99A 3BFTA 1MPBA 4OFJA 3V89B 2QRYA 2B65A 3IO6A 1NNTA 1CB6A 1MQDA 4U22A 2F7BA 4DXCA 2RCBA 1QUJA 1AL3A 1VFDA 2Y7IA 5B70A 3IB1A 4ZEIA 2UVHA 5DYHA 5TP9A 4FIMA 4KCCA 3K6WA 1OVBA 2DYXA 1FTMA 4ELQA 3TZAA 2UVJA 1VR5A 3JV9A 3RQTA 5EYFA 3P7IA 3RY3A 1B5JA 2D3IA 3O28A 3FV2A 1EU8A 4EDPA 4NF5B 4F2QA 5AA4A 3TUSA 3SETA 2XXUA 2O7UA 1FTLA 5CC2A 3PUZE 1OIBA 4OENA 3RT8A 3GBAA 4P0GA 3VLUA 4IGTA 2I58A 3USDA 4RPNA 4MBPA 3MVXA 2O84X 3OSQA 1P1WA 5ITPA 3O29A 1MQHA 3CSGA 4EQ9A 1I6BA 2ZMBA 2NVUB 2O69A 2I4CA 1IXIA 1B7UA 1F9BA 3THIA 4PFWA 4YMBA 2CZLA 2GRVA 2VHAA 3K1PA 1NFTA 3DELB 3KZGA 2R71A 2Y7PA 2DS9A 4IB2A 3BKIB 3EF7A 3N5LA 3UN6A 4FE8A 3N6TA 3KN7A 1Z7ME 4Q8RA 2NUVA 2Z23A 3CSBA 2XX8A 3TODA 1OLCA 3SDFA 2ZXTA 2NOOA 4XTCQ 5I56A 5FHMA 2R9JA 3TCGA 4JWOA 1B4HA 3FD3A 4HCWA 2QSXA 4ISUA 3O9PA 4KYDA 4LP2B 4NF4A 5H8HA 3H03A 3FJGA 3S9LC 2OLBA 5TP9B 1GGGA 1FTJA 3MBPA 3VV5A 2VOZA 1NMUA 2F7AA 4OFLA 4N13A 1EZOA 1CE2A 1B1HA 1LCTA 3VVFA 1B6HA 1Y4TA 4H67A 2GH9A 1FCKA 2ONKE 4F18A 3RTFB 1H76A 3O2AA 1MY3A 5H8QA 1XC1A 1RYOA 5DT6A 1B58A 4QSDA 4R72A 3C33A 2QL3A 3KSJA 4KI0E 3FXUA 4LZ5A 3M3LA 3TKDA 3E3KA 2ALUA 3C34A 4GQOA 2QS1A 1FQEA 4EF2A 3RLFE 3SESA 2P2AA 4RA1A 3V8XB 2LAOA 5L8DA 3H6UA 2F34A 3OEMA 1US4A 4ZDMA 4ZE9A 5CRYA 1J1NA 3H6TA 3TTRA 3FVNA 3PUYE 2UYEA 3K6UA 4QF9A 2DQVA 3Q28A 5CMCA 4PFUA 4YZZA 4TLLB 3FGSA 3DP6A 1LFIA 1ZBMA 1NH8A 2Z8EA 1A40A 1IXCA 1S50A 2P1SA 3Q29A 4F3BA 1LAHE 4KCDA 2H9BA 2V3TA 1A99A 2XXHA 2VGQA 4IO6A 4LONB 3U8QA 1B51A 1PDAA 3LR1A 2ZYMA 4H6DA 2AYSA 5I56B 4ZECA 2Y7KA 1ZMGA 1XVYA 5ELVA 4NF4B 5H8HB 4ZEFA 3GLBA 1M5FA 3CRBA 1QULA 2YLNA 4IO7A 5M2VA 4QHQA 4MLVA 4HW8A 1O64A 2F78A 3TFLA 2E0SA 4H8JA 3OEKA 1A54A 5ISUA 2OJTA 4EF1A 2B3BA 1N3WA 5EHSA 4ELPA 5CMMA 2O6AA 4R9GA 4YB6A 4GLIA 1QKAA 2OK2A 4YU0A 1EZPA 3SEYA 1Q35A 5FHOA 5H8QB 1MQGA 2XXQA 2UYFA 2Y84A 3MP1A 3IAZA 4I1DA 2Q89A 4ZZAA 1LAXA 5ITOA 1MPCA 3M3FA 3D4CA 1DPPA 4BDNA 2H4IA 2ZYOA 3K1NA 1SDXA 4KHZE 3TCFA 5I59A 4NF6A 1O7TA 2PT2A 1XT8A 3ZS6A 1N7WA 2ESNA 3IX1A 4QSCA 4OVJA 3S9NC 3Q25A 5AA2A 1DOTA 4FAJA 3R7XA 4KYSA 5KDTA 4QFKA 1DTZA 4G77A 1QUIA 1SVXB 3PPNA 1UQWA 2O68A 1BP5A 4F1YA 1YTVA 1NL5A 4C1TA 4QFLA 1ATGA 4YKKA 3KSXA 2V93A 3F11A 1HSLA 2F6GA 2DE2A 1DMBA 3VXBA 3D4GA 4YB7A 3FJ7A 1URSA 2F36A 2HAUA 2PBWA 2X26A 2GFEA 3LSFB 1D9VA 5JEIA 5I2KA 2F7CA 3U92A 2XX7A 3OELA 3B6WA 4U1OA 3MC2A 2HZKA 4L17A 3TDJA 2V3UA 4EQBA 4PQJA 2HCAA 4POXA 2DXRA 4PFYA 1T0KA 1P1NA 4H0WA 4F39A 1OLAA 5L9SA 4HS7A 3VVEA 2THIA 3KG2A 5CMBA 3TELA 4OWDA 3IO4A 2IA4A 4NWCA 3OO6A 4TLMB 3OMBA 5LOMA 1USYE 1B3FA 3ODBA 4EXKA 3AXFA 4H1XA 4YKPA 4GF8A 3DM0A 1B3GA 2RCAA 3QAXA 3G3IA 5I59B 1PB9A 4ELOA 4NF6B 4RY1A 2Q2CA 4RJZA 3IR1A 1MY4A 5AA2B 4G4PA 4E0XA 1H3DA 4F2OA 4X1DA 5KDTB 4P0IA 3A3UA 3E4RA 2I3WA 2D21A 3HO7A 3OO7A 3SEXA 4X48A 4DLDA 5H8SA 4DCXA 2Q2AA 2Q9TA 1ZJLA 2R6GE 1H43A 2XXIA 4JDFA 4RK2A 3FUZA 5CBSA 1XHYA 3C31A 2OWSA 2Z8DA 4U1ZA 2UVGA 4X9TA 4RK9A 1B3LA 1URGA 3I5OA 3L6HA 4PETA 1P1QA 4MLQA 3GBBA 3IOTA 4OEUA 4F29A 4YKIA 2WKYA 3TQWA 2XHDA 3G3FA 2HZLA 2O1MA 5JTYB 1QKBA 5I2KB 1NNFA 3PUWE 5BUUA 1GR2A 3EN3A 4GRKA 4AB6A 1MS7A 2QS2A 4LZ7A 3MVWA 5HPQA 1P99A 3FATA 5JK4A 1MH3A 1MXYA 1N3XA 1ZTYA 4ELRA 3R26A 4FORA 4U21A 2FYIA 3IJOB 3FV1A 3E9XA 3BFUA 3TCHA 3VDFA 1MY1A 2DVZA 1BIYA 4XKPA 1LSTA 3K01A 3O6GA 1NH7A 4G2ZA 1MXWA 3LSXA 1IEJA 4N6PA 4JXIA 1MXXA 1N04A 2H25A 3CFLA 4OMBA 3UGWA 4R2BA 1A8EA 4GIZA 2B3FA 3MP8A 4IO4A 4BDQA 5KZTA 4R73A 3H3GA 2W7YA 1MXUA 3KOSA 3L6GA 4F31B 2A5TA 2Y7WA 4R6KA 5ICTA 5HBCA 2ONRA 2Y7RA 2F35A 3O6HA 3DP4A 1WVJA 1B0HA 3A09A 1R9QA 1HSJA 3EPEA 2G93A 1DPEA 1B5IA 4U2RA 4H5FA 1DSNA 3GXAA 1GV8A 3O6IA 1US5A 2DWIA 2I0CA 3FVOA 2E1SA 5H8NA 1PB7A 1LLSA 4UA8A 3DLNA 4JSOA 1IIWA 1JVYA 1MY0A 4DE8A 1MXVA 4GWOA 4QFOA 4FEDA 3PD8A 1KWHA 5KCJA 3WAEA 3LUYA 3PU5A 1MRPA 1LB9A 4BDOA 4O3BA 5AE4A 5H8FA 5FTHA 1LBCA 3FJMA 1LGBC 5CMKA 3I3VA 3C32A 3RUMA 1Y4CA 2FNCA 2O1LA 4G8HA 3E13X 3SERA 3EQ1A 3M8UA 3MPLA 4QSEA 3VFJA 3FZVA 4H65A 3CR9A 1MH4A 3HHFA 3HN0A 2QPQA 3DP8A 2V84A 3Q27A 1Y9UA 3W9VA 5FHNA 1VE4A 1PB8A 2RC7A 4HTGA 3QIMA 2Q88A 3UORA 2A5TB 3T9VA 1B52A 4YMAA 4NMYA 4RNSA 1B2HA 2D5WA 4OZ9A 3OENA 2XXPA 1Z7NE 3G3KA 2X7PA 1EZ9A 3IOUA 4ZEDA 3T9HB 2A5SA 1UTHA 2O7IA 2F8DA 4YAHX 3CFZA 2DWJA 5BWJA 5B7DA 3PMVA 1LAFE 5H8NB 5CM6A 2ZNTA 4Z0IA 1I6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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