The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
200
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structure length |
200
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Chain Sequence |
MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPDRQIPFHDVRFPPPVGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTFHKIKLDVPEDLRQMCAKEAAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKRAHMLIDMHFRSLRTKLSLIM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The amino-terminal structure of human fragile X mental retardation protein obtained using precipitant-immobilized imprinted polymers
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Fragile X mental retardation protein 1
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| total genus |
40
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| structure length |
200
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| sequence length |
200
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-02-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05641 | Agenet | Agenet domain |
| A | PF17904 | KH_9 | FMRP KH0 domain |
| A | PF18336 | Tudor_FRX1 | Fragile X mental retardation Tudor domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3E9G A; 5CIU A; 2QQS A; 2LCC A; 3MET A; 4C5I A; 4BDY A; 4B9X A; 5KCO A; 2GF7 A; 3OYL A; 3OYG A; 3PNW C; 4PLI A; 4X34 A; 4E7K A; 2E5Q A; 2JZ2 A; 2RHU A; 3P8D A; 2XDP A; 2X4X A; 3PMT A; 5D6Y A; 4E7H A; 4ZTJ A; 4IUU A; 3BDL A; 2F5K A; 3LLR A; 4OVA A; 5IN1 A; 4IKF A; 3FEO A; 3S3M A; 3KUF A; 3OYE A; 2E6N A; 2RI2 A; 2RI5 A; 3MEW A; 3QII A; 2RHX A; 3OYK A; 1H3Z A; 3PMI A; 3MP1 A; 1XNI A; 3NTH A; 4Q5W A; 3LGL A; 2O4X B; 1OI1 A; 2D9T A; 2EKO A; 2EFI A; 2LTO A; 4N4H A; 2BUD A; 1OZ3 A; 3L42 A; 2WAC A; 4PL6 A; 4QQ6 A; 3L2V A; 1WGS A; 2DAQ A; 4QVZ A; 2M1H A; 4A4E A; 4C5H A; 2M16 A; 3NTI A; 4HCZ A; 4B9W A; 3S3O A; 5KCH A; 3NTK A; 3QKJ A; 4C5G A; 5KH6 A; 3OYI A; 2L8D A; 4QQD A; 3UWN A; 4IUT A; 3H8Z A; 5KE3 A; 4RG2 A; 2X4W A; 3OMC A; 2FHD A; 1G5V A; 5M9O A; 1RI0 A; 2O4X A; 1WJQ A; 2K3Y A; 2QQR A; 2B8A A; 4QQG A; 4C5E A; 5D6X A; 2RO0 A; 3LYI A; 3ME9 A; 3FC3 A; 2PQW A; 5J39 A; 1OYX A; 2R57 A; 4BE1 A; 4IUQ A; 3LX7 A; 2RJC A; 3OY9 A; 4BDZ A; 2GFU A; 2DIG A; 3FLG A; 4ZTF A; 3OQ5 A; 2RHI A; 4Z02 A; 4IUR A; 3S6W A; 4NS5 A; 4A4F A; 4A4G A; 4A4H A; 2HQX A; 3Q1J A; 3S3N A; 3LGF A; 4QW2 A; 3OS2 A; 3L2U A; 3OA6 A; 2L89 A; 3M9Q A; 3MP8 A; 2RHZ A; 2RJD A; 3OYC A; 4L59 A; 3OYA A; 2RJE A; 2EQJ A; 2HQE A; 3DB4 A; 3OYD A; 2LRQ A; 2NLU A; 3MEA A; 1SSF A; 4EDU A; 2BIV A; 3OYH A; 5IAY A; 3OYN A; 3SD4 A; 2K3X A; 3C4S A; 3DLM A; 3QBY A; 4BAC A; 3OMG A; 2X35 A; 2R5M A; 4GY5 A; 2MWP A; 4FL6 A; 1N27 A; 5FRM A; 3LH0 A; 3MO8 A; 4E7I A; 3UT1 A; 2DIQ A; 3O8V A; 4IUV A; 4N4G A; 2R58 A; 4UC4 A; 3ASK A; 1KHC A; 2X4Y A; 3OYF A; 1OZ2 A; 2MWO A; 1MHN A; 5C6S A; 1WJS A; 3P8H A; 2CKK A; 3OYM A; 3OB9 A; 2RI3 A; 3E9F A; 2VYT A; 2R5A A; 3CEY A; 2EQM A; 2YRV A; 1WJR A; 2EQK A; 3H6Z A; 2XK0 A; 2P0K A; 4II1 A; 4BD3 A; 3PFS A; 2RHY A; 3F70 A; 3L2R A; 3MP6 A; 4IUP A; 4E7L A; 5D6W A; 4PLL A; 3DB3 A; 3FDR A; 3OYJ A; 4BE0 A; 3L2W A; 3QJ6 A; 5J26 A; 3OS0 A; 4BE2 A; 5C0M A; 2LDM A; 3GOX A; 3OS1 A; 2M0O A; 2EQU A; 2L3R A; 2GFA A; 2G3R A; 4LD6 A; 5FRN A; 3ZEH A; 4N4I A; 3OYB A; 3EAE A; 4FU6 A; 2IG0 A; 2JTF A; 2LVM A; 2RJF A; 5FRO A; 3MEU A; 4E7J A; 4CRI A; 3L2Q A; 5KE2 A; 2BKD N; 3MEV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MI6 A; 4PJO G; 2P0Q A; 3V8L A; 5KCO A; 3QHS A; 3HFO A; 4BB7 A; 2K9G A; 2LP5 A; 3EFO B; 1VQ4 T; 1WYX A; 3UAT A; 3CPW P; 4E7H A; 1PCX A; 2EKH A; 2DXB A; 5IN1 A; 3G6E A; 3CCL A; 4K11 A; 3OYE A; 2VKN A; 2LCS A; 2KBT A; 1ZA1 B; 2HAX A; 1R0B G; 2YUQ A; 2FL7 A; 4D8K A; 4PFP A; 2EJG A; 1LPL A; 4LD9 K; 2KT1 A; 3GF5 A; 4J5Y A; 2E64 A; 4LDW A; 1D1A A; 2QXF A; 4M78 G; 3H8Z A; 5KE3 A; 1YHQ A; 4RUG A; 2CZ6 B; 1ZSZ A; 3PTA A; 2RK1 A; 4Z89 A; 1BCM A; 2B8A A; 4F04 B; 1KQS S; 4M75 C; 3VS0 A; 5L23 A; 3QDR B; 3JCM X; 2VC8 A; 2F1L A; 3GIB A; 2RJC A; 3JRZ A; 5I2S A; 1D0X A; 4PKC C; 1YNZ A; 3M5A A; 4C92 D; 1Q82 C; 1IHW A; 1VOM A; 3KBG A; 3CCQ T; 2EYW A; 3OYC A; 5GAM e; 3DB4 A; 1HXD A; 2BE7 D; 1RLP C; 1K8A U; 3JAM E; 4BAC A; 5KYU A; 1YIT Q; 2EVR A; 1F1B B; 1SSH A; 2HL3 A; 4XTX A; 1C6V X; 1WHL A; 3M4Y A; 2DXT A; 2JS0 A; 2LQN A; 4M7D F; 3CQT A; 2PZ1 A; 4F7U B; 1Q86 U; 1W4S A; 2V26 A; 2ECZ A; 2J06 A; 1ZUU A; 2M9U A; 3LWH A; 3REB B; 4ELY C; 1N8R C; 5FRN A; 3ZEH A; 1UE9 A; 2E3H A; 3EAE A; 4ZNX A; 1VQ5 A; 2CP2 A; 1YHQ Q; 3EG0 A; 1PD1 A; 1NEB A; 4M7A B; 2IPO B; 1YI2 A; 5CIU A; 4OMN A; 5LJ3 j; 2K5F A; 4JRQ A; 4J83 A; 3JSC A; 2J6F A; 2KI7 A; 4NL2 A; 5GAO p; 4J6W A; 2RQR A; 5A0G A; 2JUF A; 3HP9 A; 1UJY A; 3MEW A; 5LL6 S; 1H3Z A; 1X6G A; 4E7Z A; 2HD0 A; 4BUG A; 3UA7 A; 4OMO A; 4M77 E; 4JRK A; 3RKX A; 3RNJ A; 4QVC A; 3CPW A; 2E12 A; 1VQO A; 2C0I A; 2K5L A; 2A0F B; 2L8D A; 1MV0 B; 5CO7 A; 3TCJ A; 4D6W A; 4C8Q A; 2ROL A; 4PFO A; 5HY6 A; 4LXC A; 2J7I A; 3EHR A; 2AHJ B; 2DTI A; 2PQW A; 1Q82 U; 3CBO A; 2ZPE B; 4JLI A; 4GLM A; 3OQ5 A; 4HCB A; 2DKG A; 1YN8 A; 3V7R A; 2ZPF B; 3EH2 A; 5CR2 A; 3PIO A; 2HEQ A; 1WQ7 A; 1WDX A; 4DBF A; 4CC4 B; 1TU0 B; 2EW3 A; 4NOY A; 1NE8 A; 3TU4 K; 3CCS A; 3TEE A; 2BIV A; 1W2B P; 5HCK A; 1YCS B; 2FEI A; 1B3Q A; 2MWP A; 1ACM B; 1XJW B; 1ARK A; 3ASK A; 2X4Y A; 2YRD A; 5CKE A; 1OZ2 A; 2OAU A; 1AZE A; 1N6A A; 2K2M A; 1UG1 A; 3M55 A; 1K1Z A; 2E10 A; 1SRM A; 1VQK A; 3EGX A; 3OYM A; 4FYX B; 4KRT A; 4J9B A; 1HSQ A; 1M2O A; 1K8A R; 4M77 B; 1JO8 A; 3TRE A; 5FWC A; 5I21 A; 3I55 T; 4NL3 A; 1TOV A; 3GOX A; 1I07 A; 1LCK A; 2DFU A; 3GLX A; 3QUI A; 4M78 A; 2G3R A; 2DYB A; 3OW2 P; 4C92 E; 3FRN A; 4X9C A; 4CRI A; 2CSQ A; 2KK4 A; 2KYB A; 1VQP A; 1CKB A; 5I22 A; 4Y28 E; 2FO0 A; 1Q86 R; 3VS7 A; 5J3B A; 2E6Z A; 2FG0 A; 4ELZ C; 5KYN A; 4PLI A; 3QZ5 B; 2DL7 A; 3G4S A; 1I5O B; 4E7K A; 3CC7 T; 1VQ6 A; 1WI7 A; 2GBQ A; 5CKD A; 3NTH A; 5KYW B; 4M7D D; 3CCS Q; 4RTY A; 4N4H A; 5GAN g; 3V7C A; 1KQ2 A; 1QVF S; 1I1J A; 2COZ A; 1AT1 B; 1KHI A; 4RG8 A; 1VQ4 Q; 2MF2 A; 1JJ2 A; 5GAN d; 3QPH A; 1AWX A; 4RG2 A; 2RPN A; 4JJN K; 4JJB A; 1RI0 A; 1E6H A; 1R77 A; 3EG9 B; 2EPD A; 3VUB A; 4RTU A; 2RO0 A; 1WXU A; 3RES A; 4AMC A; 3CXC A; 5GAN 7; 3CME T; 3CC4 A; 1EFN A; 4BY6 B; 4OP0 A; 4XTZ A; 2EWN A; 1NJI U; 4O6J A; 1GCQ A; 4C92 B; 3S3N A; 2QQA A; 2ATC B; 3T9N A; 3TSZ A; 1O75 A; 2XI9 A; 4ZGD B; 2PVG B; 4FSX A; 2DF6 A; 4ESR A; 3CCU T; 2JJ9 A; 4FYV B; 3CMA A; 5ECA A; 2L3Q A; 3BE3 A; 3P8H A; 1JU5 C; 1TUC A; 2KQW A; 1SEM A; 3A5Z B; 3CCQ Q; 1G2B A; 4II1 A; 1W2B A; 3JV3 A; 1VQM A; 2VXF A; 2DJQ A; 1KQS P; 2DD4 A; 2LX9 A; 1PRL C; 4XU1 A; 3SWN C; 4BE0 A; 1IB8 A; 3RUX A; 1MV3 A; 2D8H A; 3M57 A; 1WHM A; 3CCV A; 1BU1 A; 1B7T A; 5D7U A; 4F7U F; 1SKU B; 2DL8 A; 4E7J A; 2LNV A; 2CYZ B; 3IQL A; 1D09 B; 5GMK i; 1N8R R; 1VQN T; 1OU8 A; 1U1S A; 1H92 A; 2IVW A; 2GF7 A; 1QQJ A; 5GMK j; 3WVE B; 2RMO A; 1Z9Z A; 4M75 E; 3GPL A; 2LQW A; 3LLR A; 3G71 T; 4OVA A; 4IKF A; 3DKM A; 2HBW A; 2EYQ A; 2Y90 A; 1NYG A; 2E70 A; 2ED0 A; 2O4X B; 2JM8 A; 4HVW A; 1GFC A; 5GMK l; 5IHN A; 1QCO A; 4PJN A; 5IHI A; 1MNE A; 3CMA Q; 1VQ9 T; 4XTV A; 2KSS A; 3SFM A; 1X2K A; 2QQ9 A; 3OYI A; 4LN2 A; 2OTL T; 4JUV A; 1D0Y A; 1JQQ A; 2DZ9 A; 1WJQ A; 1YFN A; 2K3Y A; 2YLC A; 3GP8 A; 1JEG A; 1I8F A; 2CUB A; 3FC3 A; 2SEM A; 1YWP A; 1VQM Q; 1VQ7 A; 2JVV A; 5EC7 A; 3RIR A; 4BDZ A; 4EPC A; 5LJ5 h; 4RCB A; 4LE9 A; 4CC3 A; 3JCM d; 3OSS C; 3CD6 A; 1ZBX A; 3HL8 A; 5GAM g; 4ZN3 A; 1D1C A; 4DQ2 A; 4M7D E; 3DLM A; 2A28 A; 3LH5 A; 4YTL A; 4M75 B; 5AT1 B; 1YJW A; 5CKH A; 1WJS A; 5IXB A; 2YHT A; 2HBP A; 1GBQ A; 2ZPB B; 1NLP C; 4RMO A; 3H6Z A; 3CEY A; 2EQK A; 2P0K A; 4DOW A; 4E7L A; 5A2Q E; 2RHY A; 5GAO r; 2GTO A; 2I0N A; 2NUT A; 1VUB A; 5GJV B; 5J26 A; 1ZHI A; 4MDX A; 3JB9 D; 2KRN A; 4C8Q C; 3J81 E; 2H3E B; 2RJF A; 3OYL A; 2YUP A; 3MEV A; 2E5K A; 1U5S A; 3E9G A; 3G6E T; 3CCL T; 2QEX T; 4MZM A; 2CS7 A; 4PJO F; 1VQ7 Q; 1NG2 A; 4L6V 5; 3C0C A; 2CZ1 B; 2M02 A; 2ESW A; 4OB1 B; 4IUU A; 5GAN 2; 1QCN A; 2RH2 A; 2AKK A; 1OX8 A; 4A63 B; 4F7U G; 3MHX A; 1UGP B; 1D3B B; 9ATC B; 4RTZ A; 2QQB A; 5GAN j; 2O31 A; 5LJ5 d; 1OPK A; 2RQT A; 1WA7 A; 2E1H A; 2CZ0 B; 2D1X A; 4P5N A; 4M7A G; 3CC7 Q; 2JMC A; 4QQD A; 3VV0 A; 3OMC A; 3RR6 A; 2I2L A; 1QVG S; 2K3B A; 1WX6 A; 4XK8 E; 1QCF A; 4OGE A; 2CP3 A; 2R57 A; 4OB0 B; 2LQ8 A; 5IHK A; 2D6F A; 4EMG A; 5DM7 R; 1AHJ B; 1TUD A; 2VGN A; 2JW4 A; 4M78 C; 1KD1 C; 4A4H A; 1Y96 B; 1M2V B; 3A8H B; 3VKI A; 2RJD A; 2CUD A; 1FMW A; 3I5R A; 3VYH B; 1WQW A; 2EYX A; 3C4S A; 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4IUV A; 2JTE A; 1BI0 A; 1MHN A; 4F7U A; 4J7I A; 5LJ5 f; 3JCM e; 4IIO A; 4ZN1 A; 3OB9 A; 4M78 D; 2D8J A; 1UFF A; 1WJR A; 2VUB A; 2VAS A; 2XK0 A; 2YUN A; 4C0G A; 1BI2 A; 2AKL A; 4PLL A; 1Y07 A; 1TS9 A; 4N0A A; 4F14 A; 2CSI A; 2QDY B; 4BE2 A; 2MPX C; 4M7A A; 5GMK h; 5KYX B; 3G4S T; 3EFR A; 4FU6 A; 1D1B A; 5HK3 A; 1UB4 A; 1QMC A; 3A8G B; 5KE2 A; 3RMS A; 4WF2 A; 2P84 A; 1E6G A; 3I56 Q; 2KT8 A; 3JCM V; 1UTI A; 1LNX A; 3SWN B; 4ZTJ A; 2Z0W A; 1PKS A; 3RMQ A; 4HT8 A; 4HVU A; 1ZX6 A; 5GAN 3; 2RI5 A; 1T3L A; 4HA8 A; 4LDY A; 4M7D C; 3MP1 A; 3U23 A; 4MZT A; 2K6D A; 3REA B; 2HL5 C; 2QEX Q; 1BKB A; 3D7S B; 4JPB W; 1A0N B; 4RKU E; 2FZG B; 5CKF A; 2DK3 A; 2M16 A; 1NEG A; 4B9W A; 2EIF A; 1HD3 A; 1G5V A; 3CCJ Q; 2X4J A; 3H9N A; 2O9S A; 2V8K A; 4B6M A; 3CCM T; 2RNA A; 2A36 A; 3UDC A; 5LJ5 e; 2QAS A; 2M0Y A; 3EHQ A; 3Q1J A; 4QW2 A; 2P4R A; 2YUO A; 1HYO A; 4J6Y A; 4PJM A; 3PT9 A; 4AFS C; 2QA4 T; 3TVT A; 1KD1 R; 1QP3 A; 2NUP B; 2XD0 A; 3QBY A; 4C8Q E; 5DY9 A; 4HVV A; 1X2Q A; 1ZBJ A; 1JB0 E; 1UGV A; 1AWW A; 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