The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
119
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sequence length |
511
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structure length |
422
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Chain Sequence |
NDIVLHARRGTIYDRNGNVLAMSVDCKNNTKRVYPYGNVGVQILGFVNADNEGASGLEYYYNDILAGTNGHMISNITEAQNGQDIVLSIDIELQKKAEEQLTAAVKDFEAKQGGSIMAMNPRTGEIYAAASYPLPDFVDYESLNLKLVSSIYEPGSVFKVITTSIGVDNNLFGPNSTFNIPTELQVGDNKVTDDDWRTSAMDMSVREMLRRSSNVGMAFLETQLIGDKRFAEGIDKFGIGHTTGIDFPGEATGIVRSLDQYEGPTGGNMAFGQGLAIPFIQVIRAYTAVANKGTMVTPHFMVSKGGQEVSWPTKDVISSSTASAELDMMTTVVKEGTGVRAGIYGYTVAGKTGTGQQVVEETGSYGENSGFVASFCGIVNPSESDLMVYVGLNDTHQLASQSAAVVFSQFAKDAATRLNIQP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum DSM 20469
rcsb |
| molecule keywords |
Peptidoglycan glycosyltransferase
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Atopobium parvulum
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| total genus |
119
|
| structure length |
422
|
| sequence length |
511
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| ec nomenclature |
ec
2.4.1.129: Peptidoglycan glycosyltransferase. |
| pdb deposition date | 2014-02-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00905 | Transpeptidase | Penicillin binding protein transpeptidase domain |
| A | PF03717 | PBP_dimer | Penicillin-binding Protein dimerisation domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) | Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1U60 A; 3OCN A; 4R1G A; 5TFQ A; 1L0D A; 3EQU A; 5M1A A; 5A90 A; 1N4O A; 5GHY A; 4FH4 A; 3A3F A; 2Y55 A; 2V1Z A; 3OPL A; 4ZJ1 A; 4R0Q A; 4GZB A; 4WM9 A; 1WYB A; 4PMA A; 4E3N A; 3SS4 A; 3VP1 A; 1KVL A; 4ZJ2 A; 5DF8 A; 3CZD A; 2WAD A; 1FOF A; 3WRZ A; 2Y2M A; 1ES5 A; 3DWK A; 5FAO A; 4ZAM A; 1K4E A; 3M6H A; 3Q7V B; 4BD1 A; 1K55 C; 2Z2L B; 5DTS A; 1S6R A; 4MBF A; 3LCE A; 2ZC6 B; 5GHZ A; 1DJB A; 1JVJ A; 3N6I A; 4OLD A; 5CEC A; 3N8L A; 2HP5 A; 3HLG A; 4CJN A; 3LO7 A; 4LCM A; 2JBF A; 5FQQ A; 2ZQA A; 2ZM2 A; 3G30 A; 3IF6 A; 3NBL A; 2FFY A; 2H10 A; 4XXR A; 5EVI C; 4XUZ A; 1ES2 A; 5CEB A; 2ZQ8 A; 1DY6 A; 4Y0O A; 1CI8 A; 2ZM8 A; 1NXY A; 1GA9 A; 4LV1 A; 4RX2 A; 3GVB A; 1PYY A; 4WBG A; 4OP5 A; 2H0T A; 1QME A; 4ZDX A; 1BLC A; 4IBX A; 2EX9 A; 3BFE A; 4B4Z A; 5A93 A; 2EFX A; 3BM6 A; 2EXA A; 1YLW A; 2XR0 A; 3IHB A; 4KZ5 A; 2EX6 A; 3IXH A; 4KZ3 A; 3ZCZ A; 3MXS A; 2E8I A; 4QHC A; 3PAG A; 1GHM A; 1MBL A; 3ZG0 A; 4NK3 A; 4RYE A; 1YLT A; 1KE0 A; 1G6A A; 3HVF A; 3G34 A; 3S1Y A; 1H8Z A; 2WUQ A; 2XFT A; 5FQ9 A; 4ZJ3 A; 2IWB A; 1Q2Q A; 4QY6 A; 3PTE A; 3RXW A; 3GV9 A; 1TDG A; 2Y2N A; 3HUN A; 3IXG A; 1MPL A; 2Y2K A; 1W8Y A; 4JF4 A; 5JYO A; 2B5R A; 1MWT A; 2WZZ A; 4WEK A; 2PBY A; 2Z2M A; 4BL2 A; 1YLJ A; 4MBK A; 1PZP A; 3WWX A; 3G31 A; 5FQM A; 1NY0 A; 4WEL A; 3IH9 A; 3NC8 A; 3VP0 A; 4GD6 A; 3S22 A; 3C4O A; 4UAA A; 4KZ8 A; 1IKI A; 2GDN A; 2WGW A; 4OPR A; 4E6X A; 1IYO A; 1WYC A; 5CHM A; 3TG9 A; 1IYS A; 1JTG A; 2WAF A; 4D2O A; 4KZ4 A; 4E3L A; 4K91 A; 1J9M A; 3FV7 A; 5F83 A; 1YMS A; 3UE3 A; 3BFF A; 1IKG A; 4S2K A; 3IT9 A; 3DTM A; 5E2E A; 3ZNT A; 1K54 C; 3C5A A; 1JWP A; 3RJU A; 1L2S A; 2JCH A; 3BEB A; 3FZC A; 4YFM A; 4OPY A; 4S2M A; 1DJC A; 4X56 A; 3SS5 A; 3MZE A; 3NCK A; 4MNR A; 4RVA A; 3UDF A; 3UO9 A; 3V5M A; 5L2F A; 2EX8 A; 1HTZ A; 4OOM A; 1OME A; 2HDS A; 3ZNY A; 5DTK A; 3HLC A; 1BT5 A; 2P9V B; 1GA0 A; 5E43 A; 3B3X A; 1NZU A; 3NI9 A; 1GCE A; 2VGJ A; 4CPK A; 1ERM A; 1NYM A; 4Y0U A; 1SKF A; 4E3M A; 1KGG A; 2A49 A; 3D4F A; 4KG5 A; 1XGI A; 3G32 A; 4JXG A; 3SH8 A; 5FAQ A; 4EUZ A; 1XP4 A; 1ONG A; 1FR6 A; 1XX2 A; 3A3J A; 2ZQ9 A; 3IHA A; 3QNB A; 4OON A; 4QB8 A; 2Y59 A; 3ZG9 B; 1E4D A; 5FAT A; 1PWD A; 4R23 A; 2ZC4 A; 1W7F A; 3BLM A; 3TOI A; 2ZMA A; 1LI0 A; 5EUA A; 5FSR A; 4DRT A; 1K57 A; 4C75 A; 1SHV A; 3LEZ A; 3NIA A; 5DTT A; 4HEF A; 2Y2Q A; 1Y54 A; 4FCF A; 4JKT A; 5AQ7 A; 3UPO A; 3WRT A; 5J8X A; 4EBL A; 5U47 A; 5FI6 A; 4KZ7 A; 1GHP A; 1YQS A; 3GSG A; 1EWZ A; 1AXB A; 4P6B A; 4JXV A; 1XPB A; 1YLZ A; 2H0Y A; 5GLB A; 1N9B A; 3UE0 A; 1HD8 A; 3UPN A; 4WYY A; 5M19 A; 2H5S A; 4JF6 A; 3PBT A; 4JLF A; 1BLP A; 2A3U A; 2VGK A; 4S2O A; 4RX3 A; 4QU3 A; 5CHJ A; 3M6B A; 3HLD A; 1E25 A; 1NYY A; 1L0E A; 2XGN A; 3P98 A; 4BL3 A; 5EPH A; 3IXD A; 4EQI A; 4IVI A; 1G68 A; 4P87 A; 4H8R A; 4PM9 A; 3SH9 A; 3ZDJ A; 4OQG A; 5BOH A; 1FCN A; 2WYX A; 1W8Q A; 3M2J A; 1Q2P A; 4FSF A; 4KZ9 A; 5EE8 A; 4N1H A; 2XF3 A; 1NRF A; 3NDG A; 3IF6 B; 4DXC A; 3P09 A; 1FCM A; 4IBR A; 2ZD8 A; 4MEZ A; 4IVK A; 5CER A; 4HBT A; 2ZQC A; 3O3V A; 5HW3 A; 3E2K A; 2HDR A; 2Q9M A; 3I7J A; 4HBU A; 4KQQ A; 3UY6 A; 1HZO A; 4EBN A; 2ZQD A; 1W5D A; 1ZG6 A; 2HP9 A; 4WMC D; 3MKE A; 1FSW A; 4Z9Q A; 1KDS A; 3VFF A; 5A91 A; 3IWI A; 5GLD A; 2Y2H A; 3OPH A; 2RCX A; 3V3S A; 1PW1 A; 3HLF A; 3PBQ A; 3HLE A; 3N8S A; 4RA7 A; 1ERO A; 4B88 A; 3BYD A; 4K0X A; 2XFS A; 5CXW A; 2CC1 A; 2V2F F; 4QJG A; 5FI7 A; 5CGS A; 4A5R A; 3IF5 A; 4BLM A; 1L0F A; 3UPP A; 4WZ5 A; 5CED A; 1K56 D; 2WGV A; 1LI9 A; 2DNS A; 5AQ9 A; 2PU2 A; 4X6T A; 3V39 A; 4ZTK A; 2Z2M B; 4R4R A; 4E6W A; 1EI5 A; 3ITA A; 5A92 A; 3AGD A; 5GHX A; 3VP4 A; 4JBF A; 2WKE A; 1YMX A; 3WS4 A; 1MY8 A; 1E3U A; 4Y7P A; 1NZO A; 1LHY A; 1LLB A; 1LL9 A; 1L0G A; 2WGW B; 1IYQ A; 4PM8 A; 4R3J A; 3BFD A; 2C5W B; 2P74 A; 5CGW A; 2OV5 A; 1ERQ A; 4EBP A; 3IF6 C; 3GQZ A; 5EEC A; 1E3U D; 5EOO A; 4S2N A; 3VSL A; 1GHI A; 4Y0T A; 3W8K A; 1ZG4 A; 2WK0 A; 3BRM A; 3CMZ A; 4U0X A; 1CK3 A; 5E2H A; 1CEF A; 2X01 A; 3Q82 A; 1JWV A; 1XA7 A; 3M2K A; 2XD1 A; 1ZC2 A; 3C7V A; 3LY4 A; 3LY3 A; 2Y2J A; 1YLY A; 3MZF A; 2UWX A; 3O87 A; 3G4P A; 2FFF B; 5EOE A; 4UA6 A; 4GB7 A; 3UDX A; 3OC2 A; 5KMW A; 3VMA A; 1PI5 A; 3ZGA B; 4U3T A; 1XGJ A; 4UHU A; 3Q7Z A; 3PBN A; 1DJA A; 1IYP A; 4LV2 A; 4DF6 A; 2Y4A A; 3A3E A; 2WKI A; 4ZBE A; 1BUE A; 1KE4 A; 4MLL A; 1MWU A; 4GDN A; 3C7U A; 4MBH A; 3IH8 A; 5FQI A; 4OOY A; 4U0T A; 4WZ4 A; 4PM6 A; 3UE1 A; 2ZC4 B; 1MXO A; 3V50 A; 1H8Y A; 4P0M A; 3PBR A; 2OSU A; 4BJP A; 4M3K A; 2ZQ7 A; 1LL5 A; 3A3I A; 4DDY A; 5HL1 A; 1SDN A; 3OPP A; 1NJ4 A; 1KGF A; 4LCL A; 1K25 A; 5DVA A; 2Y2I A; 4UA7 A; 5HAR A; 1TDL A; 3AGF A; 1ES3 A; 4R3B A; 3ZVW A; 5KSC A; 1BUL A; 1VM1 A; 2XEP A; 1KGE A; 2HP6 A; 4S2P A; 3ZFZ A; 5CTM A; 3HBR A; 4FD8 A; 5DF7 A; 1K55 A; 4ID4 A; 3TSG A; 2EXB A; 4E3O A; 3PBS A; 4KZ6 A; 4XUX A; 4OH0 A; 1K4F A; 2HDQ A; 2Y2L A; 5HFO A; 4C3Q A; 4E3J A; 2XDM A; 4GDB A; 3AGE A; 2J9P A; 3HRE A; 1PWG A; 3FKV A; 1SDE A; 3IWQ A; 5FQK A; 3S4X A; 5FDH A; 3VP3 A; 2DRW A; 4HES A; 4KQO A; 4LV0 A; 4OPZ A; 2ZC3 A; 2JC7 A; 4OQH A; 5GL9 A; 5EVI A; 1VQQ A; 3CG5 A; 1FR1 A; 2QZ6 A; 4L0L A; 5JYP A; 3FKW A; 4OQI A; 1BSG A; 5KSH A; 2Y2P A; 1BLS A; 4C6Y A; 3IXB A; 3ZG5 A; 5EVI D; 3W4Q A; 4KEN B; 4R4S A; 1CI9 A; 3WS2 A; 3ZG8 B; 1CEG A; 2XK1 A; 4LV3 A; 4GOG A; 5DF9 A; 3GMW A; 1RGY A; 4E3I A; 1WE4 A; 2Y2G A; 1I2W A; 1JTD A; 4X53 A; 5E2G A; 3C4P A; 4DE3 A; 2QPN A; 4OVD A; 1K57 C; 1PW8 A; 4UA9 A; 1S0W A; 2X71 A; 4WMC A; 1IEM A; 4X69 A; 1YM1 A; 3W4P A; 2J7V A; 2Y91 A; 3A3D A; 2WGI A; 4F94 A; 1HVB A; 1TEM A; 4P85 A; 2EX2 A; 3O86 A; 5F82 A; 3QNC A; 3HUM A; 4QD4 A; 1M40 A; 4K0W A; 1PIO A; 3BFG A; 3Q7V A; 4KG6 A; 3N7W A; 4N9K A; 5G18 A; 4BQM A; 2Z2L A; 2QMI A; 3GTC A; 3VP2 A; 3CJM A; 3IQA A; 4BEN A; 4S2L A; 5E2F A; 1K56 A; 1PZO A; 1ALQ A; 2V20 A; 5GLC A; 2DCF A; 3MZD A; 1PI4 A; 3WS0 A; 4IED A; 4N9L A; 1ESI A; 3N8R A; 4YIN A; 2OLV A; 1KVM A; 2ZM0 A; 3MFD A; 3Q1F A; 2JE5 A; 1SCW A; 3VOY A; 4QY5 A; 1I5Q A; 2XLN A; 3WS1 A; 5HAQ A; 2BG1 A; 2OLU A; 3NY4 A; 2ZC7 A; 1K54 A; 3HLW A; 2XQZ A; 3HL9 A; 5EVL A; 5I94 A; 2BLS A; 5GLA A; 2I72 A; 1RGZ A; 3Q07 A; 4OLG A; 3GR2 A; 3MXR A; 5HAP A; 4KQR A; 4PPR A; 4EV4 A; 1ESU A; 5HAI A; 4KG2 A; 4DE0 A; 2IWC A; 3NDE A; 4PM7 A; 2HPB A; 1MKI A; 2RL3 A; 3ZHH A; 3FYZ A; 1MWR A; 4S2J A; 1TVF A; 3N4I A; 3BLS A; 1IEL A; 4GNU A; 2IWD A; 3VOZ A; 5CGX A; 4N1X A; 3SOI A; 2R9W A; 4DE2 A; 3DWZ A; 4OP8 A; 1FSY A; 5KZH A; 3OPR A; 3DW0 A; 4JF5 A; 3VSK A; 1QMF A; 1RCJ A; 2WAE A; 3UNW A; 2ZC5 B; 1C3B A; 2PU4 A; 3EQV A; 2XH9 A; 1W79 A; 1RP5 A; 2G2W A; 4B4X A; 2HDU A; 5CTN A; 5AQB A; 1JWZ A; 3ISG A; 2C6W B; 4OOL A; 4WEJ A; 4Q8I A; 3SS3 A; 3O88 A; 4BD0 A; 1KDW A; 4WZ5 C; 1M6K A; 5TR7 A; 1O07 A; 3GRJ A; 5FAS A; 2ZJ9 A; 3QHY A; 4EWF A; 3FWL A; 4JXS A; 4KZB A; 2XD5 A; 4OQ0 A; 2EFU A; 3HLB A; 3HUO A; 1BLH A; 5D3O A; 1K6R A; 4JXW A; 5FA7 A; 3WS5 A; 4GKU A; 5AQA A; 3JYI A; 3ZG7 B; 3UN7 A; 5F1F A; 5F1G A; 1YT4 A; 1PWC A; 5FAP A; 4E3K A; 1O7E A; 1ONH A; 2ZLY A; 3IWO A; 4O7D A; 5IHV A; 1BTL A; 2J9O A; 3ZVT A; 5M18 A; 2G2U A; 1ZKJ A; 5CHU A; 3G35 A; 3RXX A; 4S2N C; 4X55 A; 2P9V A; 1I2S A; 1ES4 A; 1K38 A; 2Q9N A; 2Y2O A; 4JPM A; 3OZH A; 1XA1 A; 2WZX A; 2J8Y A; 4FH2 A; 4GN2 A; 4OKP A; 1H5X A; 1KE3 A; 3G2Y A; 3G2Z A; 3PBO A; 5TGF A; 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